不同基因型乙型肝炎病毒的HBx蛋白氨基酸序列的差异及意义

目的研究不同基因型HBV的HBx蛋白氨基酸序列差异及差异的意义。方法从美国生物信息中心（NCBI）搜索不同基因型HBV的全HBx蛋白氨基酸序列（154aa）,使用生物信息软件Clustalw2.0对搜索到的氨基酸序列进行比对,找出不同基因型HBV的HBx蛋白氨基酸序列差异及可能的差异规律,并分析差异的意义。结果 1.不同基因型HBV的HBx蛋白的氨基酸序列之间的同源性为73%～100%;2.HBV的各基因型（B、C、D、F、A、H）同型间的HBx蛋白氨基酸序列之间的同源性分别为87%～99%、88%～96%、87%～99%、86%～96%、96%～98%、99%～100%;3.在HBx蛋白A区（1～20aa）第5位和第12位的氨基酸在各基因型变异较大,其余位置的氨基酸很保守,很少发生变异。在HBx蛋白的B区（21～57aa）的氨基酸变异较大,即使在同一基因型别内部也出现了较大的变异,变异没有规律,呈现出了随机突变的特点。在C区（58～84aa）的氨基酸比较保守,除3个H型HBx的第60位氨基酸为A（丙氨酸）外,其余HBx蛋白的第60位氨基酸均为V（颉氨酸）,第60位以外的氨基酸很少突变。HBx蛋白D区的氨基酸（85～119aa）变异较大,并且变异呈现随机突变的特点。在HBx蛋白的E区（120～140aa）的氨基酸变异比较大的位置是130/131位置的氨基酸,其余位置的氨基酸较少发生变异,不同基因型130/131位置的氨基酸变异率是不一致的。在HBx蛋白F区（141～154aa）中,150～154aa区域的氨基酸比较保守,各基因型之间无变异,其余位点变异较大,没有一定的规律性。结论不同基因型的HBV的HBx蛋白氨基酸序列之间的同源性低于同种基因型HBV的HBx蛋白氨基酸序列之间的同源性;即使在比较保守的HBx蛋白区域也存在变异较大的氨基酸位点。     

亚洲1型口蹄疫病毒衣壳蛋白前体P1-2A基因和蛋白酶3C基因在昆虫细胞中的共表达

目的在昆虫细胞中表达亚洲1型口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)衣壳蛋白前体P1-2A基因和蛋白酶3C基因,为进一步研究FMDV空衣壳抗原和疫苗奠定基础。方法从质粒pTOP-P1-2A和pTOP-3C中分别扩增出编码亚洲1型口蹄疫病毒衣壳蛋白前体P1-2A基因和3C蛋白酶基因,构建转移载体pDual-P1-2A-3C并与大肠杆菌(Escherichia coli)DH10Bac中的Bacmid质粒重组,构建重组转座质粒rBacmid-P1-3C。在脂质体介导下将rBacmid-P1-3C转染Sf9昆虫细胞获得重组杆状病毒。在Sf9昆虫细胞中共表达P1-2A和3C蛋白,通过SDS-PAGE、Western blot和Dot-ELISA试验鉴定重组蛋白。结果目的基因在昆虫细胞中得到了正确的表达,表达蛋白与抗亚洲1型FMDV血清发生特异性反应,有良好的抗原性。结论成功在昆虫细胞中表达亚洲1型口蹄疫病毒衣壳蛋白前体P1-2A基因和蛋白酶3C基因。     

CRF07-BC亚型HIV的gag-pol区基因序列分析

目的对2株人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)CRF07-BC亚型病毒的完整gag基因和部分pol基因进行基因重组和耐药位点突变分析。方法从确诊的HIV感染者的全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增后,将扩增产物进行纯化和测序,然后将所得序列进行系统进化树和氨基酸变异分析。用Simplot软件进行序列重组分析以确定重组断点区域,并分析其pol基因的耐药位点突变。结果在所研究的基因区段内,2份样本均未发现重组断点的变化,在蛋白酶区(PR)出现2个次要耐药相关突变,而未发现主要耐药相关突变。结论所研究的2株HIV-1CRF07-BC亚型病毒与在我国新疆地区广泛流行的CRF07-BC模式毒株非常接近,且不存在天然耐药的情况,适于抗逆转录类药物的应用。     

福建省2005-2008年临床乙脑病毒分离株的序列分析

目的分析2005-2008年福建乙脑病毒毒株的部分基因组序列,探索乙脑病毒临床分离株的变异和进化。方法临床标本(血清或脑脊液)接种BHK-21细胞,分离乙脑病毒,从培养液上清提取病毒RNA,RT-PCR扩增病毒基因组片段,并进行克隆、测序以及序列分析。结果共分离到5株乙脑病毒。对病毒C/prM区240bp和全长E基因的序列分析表明,近几年的这些临床分离株基因型仍然全部属于G3型。种系发生分析结果显示,新分离株与2002、2003年分离株存在较大同源性。虽然病毒E基因存在少量氨基酸改变,但总体上这些变异不足以影响病毒的致病性。结论近几年福建省的临床乙脑病毒分离株为G3型,新分离株亲缘关系比较接近2002、2003年毒株。     

猪源Pdm/09 H1N1甲流NA定点突变拯救毒株的生物特性研究北大核心CSCD

目的利用定点突变技术突变Pdm/09 H1N1流感病毒的NA基因119位点并拯救,研究其生物特性。方法利用重叠PCR的方法进行定点突变,再应用反向遗传学体系中的pBD-NA质粒后在293T细胞中转染拯救流感病毒,通过血凝试验和RT-PCR方法鉴定病毒拯救结果,通过细胞学和攻毒试验研究该位点变异的生物学意义。结果定点突变测序结果显示,突变的pBD-NA质粒核苷酸第336位由A突变为G,使氨基酸位点发生E(核苷酸:GAA)到G(核苷酸:GGA)的变化,而其他位置的氨基酸均未发生改变。拯救的病毒转染后的细胞悬液接种MDCK细胞连续传代3代后突变毒株(rMT)血凝效价为27,亲本毒株(rWT)为26。神经氨酸酶的二级结构预测结果显示,rMT与rWT相比,Alpha Helix分值明显下降,均值同比下降约为10.62%,经突变后的rMT Alpha Helix结构分值表现为下降趋势。用rWT和rMT病毒攻毒BABL/c小鼠后第3天的小鼠肺组织、鼻甲骨、脾和肾的病毒滴度,rMT攻毒组均比rWT攻毒组高,鼻甲组织与肺脏中的病毒滴度相比差异不显著,脾和肾的差异显著。结论NA119位点的定点突变对病毒的复制能力没有明显影响,突变株对BABL/c小鼠的致病力有一定增强,临床症状明显,神经氨酸酶活性下降。     

乙型肝炎病毒变异与重症肝炎关系探讨

乙型肝炎病毒(HBV)是一种高度变异的病毒,由于病毒变异后往往引起抗原性和致病性改变,所以认为HBV感染在临床上出现的不同疾病谱与病毒变异有关。乙型病毒性肝炎病情轻重由宿主和病毒两方面决定,随着HBV变异研究的不断深入,变异所引起的生物学意义也不断被人们所认识,它既可使肝病加重,又可使病毒逃避机体免疫而持续感染[1 ] 。本文就重型肝炎(重肝)相关的HBV变异,并对HBV变异引起重肝的机制作如下综述。一、前C区终止密码子突变HBV前C区1896G→A突变,产生一终止密码子TAG ,使HBeAg不能转录合成。在日本、以色列和南欧一些地区…     

国人HCV1b型NS5A区基因结构与IFN疗效

目的观察国人HCV1b型基因结构NS5A区核苷酸、氨基酸的变异情况，并探讨其与IFNα疗效的相关性．方法用PCR法扩增22例丙肝患者血清中HCV病毒NS5A区部分基因片断，并用直接测序法测序．与HCV-J株及HCV-河北株比较核苷酸及氨基酸同源性，并进一步推导出氨基酸2209～2248位的序列，根据IFNα疗效分析国人HCV1b是否存在IFN敏感决定区．结果在22例丙肝患者中，HCVNS5A区核苷酸序列比较保守，与HCV-J及HCV-河北株（HCV-HB）相比有很高的同源性，且无显著差异，推导的氨基酸序列2209~2248极少有变异．核苷酸变异大多为同义突变，18例患者经IFNα治疗，仅4例有效.疗效与氨基酸变异无明确相关．结论国人HCV1b型核苷酸及氨基酸序列高度保守，目前并未证实该区存在IFN敏感决定区．     

丙型肝炎病毒1b亚型E2区序列与干扰素治疗应答的关系

目的探讨上海地区丙型肝炎病毒(HCV)1b亚型感染者E2区的高变区1(HVR1)和高变区2(HVR2)、双链RNA激活的蛋白激酶真核翻译启动因子磷酸化同源区域(PePHD)及其邻近区域的基因序列与干扰素应答的相关性。方法收集上海地区24例HCV1b慢性感染者在α干扰素治疗前后及随访过程中的血清标本,用逆转录聚合酶链反应扩增E2区的HVR1、HVR2、PePHD及其邻近区域的基因并进行测序和氨基酸同源性分析。结果治疗前的HVR1区氨基酸序列高度变异,基于HVR1序列的种系发生树提示序列变化与干扰素应答类型无关。持续应答组(SR)、无应答组(NR)和复发组(TR)治疗前的HVR2区平均氨基酸变异数分别为2.0、1.0和1.5,统计学分析显示SR组与NR组差异有显著性(t=3.098,P<0.05)。治疗前的PePHD序列高度保守,无1例存在氨基酸变异。观察4例NR患者治疗过程中的PePHD序列,也未发现有任何氨基酸的突变。进一步比较PePHD邻近区域的氨基酸序列发现存在个别位点的变异(平均氨基酸变异SR组6.67,NR组5.75,TR组7.43),但变异的多少与疗效无关(SR组∶NR组t=1.413,P=0.195;SR组∶TR组t=1.706,P=1.107;TR组∶NR组t=0.682,P=0.504)。结论与HCVE2基因的HVR1区、PePHD区及其邻近区域序列与患者对干扰素的应答无相关性比较,HVR2区的序列变化可能与干扰素应答存在     

中国部分地区人免疫缺陷病毒耐药及其影响因素分析

目的分析吉林、黑龙江、河南、陕西、辽宁、内蒙古、云南7省人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者耐药变异情况及其影响因素。方法2005年5月至9月将中国医科大学附属第一医院艾滋病研究所问卷调查的718例HIV感染者治疗和漏服情况,RT-PCR和套式PCR扩增HIVpol区基因,逆转录酶和蛋白酶基因序列,与国际HIV耐药数据库比对辨别耐药变异。结果治疗组HIV抑制情况显著好于未治疗感染者(P<0.01),但其耐药变异高于未治疗组(P<0.05);抗病毒治疗6个月以内组耐药突变率显著低于6个月以上组(P<0.01);依从性好的患者HIV耐药突变率明显低于依从性差的患者(P<0.05),HIV抑制情况明显优于依从性差的患者(P<0.05);D4T/3TC/NVP方案HIV抑制效果明显优于其他方案(P<0.01),HIV耐药突变率也较低(P<0.05)。结论随着抗病毒治疗时间延长,耐药突变率显著增高,服药依从性与耐药突变显著相关。一线治疗方案首选D4T/3TC/NVP。     

黑龙江省活禽市场6株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析北大核心CSCD

目的了解2018年黑龙江省活禽市场H9N2亚型禽流感病毒变异特点和进化规律。方法采集黑龙江省禽流感监测点活禽市场的环境标本进行H9N2亚型的核酸检测,阳性标本进行病毒分离,对分离的禽流感病毒毒株进行全基因组序列测定,应用生物信息学软件分析其基因特征。结果 6株H9N2亚型禽流感病毒HA基因裂解位点附近氨基酸序列均为PSRSSRGLF,符合典型低致病性禽流感病毒基因的特征,HA蛋白受体结合位点第226位Q→L,具有与α-2,6唾液酸受体亲和力增强的特性,第183位突变为天冬酰氨;NA蛋白中63-65位茎部全部缺失,使病毒的生长受到抑制,在3个可能的血凝素结合位点中,6株病毒发生变异(368N,369G,402D);另外,HA和NA基因潜在糖基化位点也存在增加或缺失的现象;与参考序列相比,PB1、PB2蛋白有3处发生突变,增强了病毒的致病性;M2蛋白发生V27G和S31N突变,对金刚烷类药物产生耐药;NP和NS基因在几个关键位点上均未发生变异。遗传进化分析显示,6株H9N2亚型禽流感病毒在NA、M和NP基因中相似度更高,HA、NA基因位于Y280/97-like分支,PB2、M基因位于G1/97-like分支,PB1、PA、NP和NS基因均位于F/98-like分支。结论 6株H9N2亚型禽流感病毒发生了3配体重组,可能成为高致病性禽流感病毒H5、H7亚型部分基因的供体。因此,应加强对H9N2亚型禽流感病毒的监测,密切关注其变异情况及重组趋势。     

口蹄疫病毒O型与A型编码基因的密码子使用

对于54个编码口蹄疫病毒O型和A型多聚蛋白质编码序列密码子使用的方差分析表明,这两种血清型多聚蛋白质的密码子(GCC、GCG、AGA、CGG、GGC、GGU、CAC、CAU、AUA、AUU、CUG、CCC、AGC、UCU、ACA、ACC、ACG、ACU)使用偏性有显著区别。然而,通过对氨基酸使用偏性的分析,我们只是找出Ala、Arg、Leu、Phe、Ser在O和A型多聚蛋白质中的使用偏性有显著差异。由此我们发现,密码子的使用偏性比氨基酸使用偏性能提供更多的信息。通过对A型和O型的密码子使用整体性分析,两者密码子使用偏性的相似性可能与tRNA丰度相关的。这些密码子使用偏性的内在联系表明口蹄疫病毒A型和O型的基因组变异所涉及到同义密码子的选择上可能存在着某种选择机制。     

Equine rhinovirus 1 is more closely related to foot-and-mouth disease virus than to other picornaviruses.

Equine rhinovirus 1 (ERhV1) is a respiratory pathogen of horses which has an uncertain taxonomic status. We have determined the nucleotide sequence of the ERhV1 genome except for a small region at the 5' end. The predicted polyprotein was encoded by 6741 nucleotides and possessed a typical picornavirus proteolytic cleavage pattern, including a leader polypeptide. The genomic structure and predicted amino acid sequence of ERhV1 were more similar to those of foot-and-mouth disease viruses (FMDVs), the only members of the aphthovirus genus, than to those of other picornaviruses. Features which were most similar to FMDV included a 16-amino acid 2A protein which was 87.5% identical in sequence of FMDV 2A, a leader (L) protein similar in size to FMDV Lab and the possibility of a truncated L protein similar in size to FMDV Lb, and a 3C protease which recognizes different cleavage sites. However, unlike FMDV, ERhV1 had only one copy of the 3B (VPg) polypeptide. The phylogenetic relationships of the ERhV1 sequence and nucleotide sequences of representative species of the five genera of the family Picornaviridae were examined. Nucleotide sequences coding for the complete polyprotein, the RNA polymerase, and VP1 were analyzed separately. The phylogenetic trees confirmed that ERhV1 was more closely related to FMDV than to other picornaviruses and suggested that ERhV1 may be a member, albeit very distant, of the aphthovirus genus.     

Identification and sequencing of cDNA clones encoding the granule-associated serine proteases granzymes D, E, and F of cytolytic T lymphocytes.

Cytoplasmic granules of cytolytic T lymphocytes contain at least six related serine esterases (granzymes) that are released together with perforin, a pore-forming protein related to complement component C9, during target-cell lysis. Polyclonal antibodies were used to isolate a large number of cDNA clones from an expression library derived from cytolytic-T-cell mRNA. Three distinct full-length cDNA clones coding for granzymes D, E, and F were identified by restriction site mapping and nucleotide sequencing. The three deduced amino acid sequences are highly similar to one another (between 72% and 90% amino acid identities) and to the sequences of granzymes B and C, cathepsin G, and rat mast-cell proteases I and II (between 43% and 57% amino acid identities). Cysteine residues capable of forming intramolecular disulfide bonds are conserved, as are the catalytic-site residues characteristic of serine proteases. Comparison of the cDNA-derived protein sequences with the amino termini of the isolated granzymes provides evidence that they are stored in a fully processed, activated form after removal of the signal peptide and two additional residues (propeptide) at the amino terminus. Immunoelectron microscopic studies demonstrated that granzymes D, E, and F are present in the same morphologically distinct cytoplasmic granules in which perforin has been found previously.     

不同毒力EV71济南分离株全基因组序列比较分析

目的研究EV71济南分离株的基因特点,寻找潜存的EV7l毒力决定位点。方法将6株EV71济南分离株（JN200803、JN200804、Jinanl002、Jinanl004、Jinan1005和Jinan1006株）分别接种1d龄BALB／c小鼠,确定其对小鼠的致病性程度。对6株EV71全基因组核苷酸、氨基酸序列进行比较,对非编码区进行RNA二级结构的预测和分析,对VPl区进行遗传进化分析。结果通过动物实验可将6株EV71济南分离株分为强、中、弱毒力株。小鼠感染强毒株（JN200804、Jinan1002、Jinanl004、Jinanl005株）的主要症状为后肢麻痹并死亡,感染弱毒株（Jinanl006株）的主要症状为后肢麻痹但能自愈,感染无毒株（JN200803株）未引起明显症状。不同毒力EV71分离株全基因组序列比对发现,共有40个核苷酸位点的差异,导致编码区8个氨基酸突变,其中第937位氨基酸（位于2A片段）在强毒株、弱毒株和无毒株间发生了连续突变（937aa：S→C→G）。非编码区RNA二级结构预测表明,5’UTR第115位核苷酸突变对内部核糖体进入位点（IRES）的结构有较大影响。遗传进化分析显示,与同内2003年以后的流行毒株相同,6株EV71济南分离株均属C4亚型的C4a进化分支。结论全基因组序列比较分析发现不同毒力EV71济南分离株之间存在差异位点,为采用反向遗传学方法鉴定EV71毒力决定位点奠定了基础。     

One of the two cytoplasmic actin isoforms in Drosophila is essential

Actin is a highly conserved protein found in all eukaryotic organisms. Most organisms have multiple cytoplasmic actin genes that encode isoforms with slightly different amino acid sequences. These different isoforms are coexpressed in many cell types. Why organisms have multiple very similar cytoplasmic actin genes is unclear. We have addressed this question with the cytoplasmic actins in Drosophila, Act5C, and Act42A. These isoforms differ by only two amino acids and both genes are expressed in all cells at all times during development. We identified P element insertions in the Act5C gene that resulted in a lethal phenotype. The lethal phenotype is rescued by a transgene with a genomic fragment that includes Act5C regulatory and amino acid coding sequences. A hybrid transgene containing the protein coding sequence for the Act42A isoform, under the control of the regulatory regions of the Act5C gene, also rescues the lethality of the Act5C mutants. Furthermore, flies that carry only one copy each of Act5C and Act42A are viable. These results suggest the amino acid differences between these two cytoplasmic actin isoforms are not important for function and the need for increased gene dosage to provide more actin is not likely to explain the existence of multiple genes. Instead, our results suggest that regulated expression of Act5C is essential to the fly.     

Two types of abnormal genes for plasminogen in families with a predisposition for thrombosis.

The gene coding for plasminogen has been compared with several abnormal genes from Japanese patients by the polymerase chain reaction and DNA sequence analysis. Two types of abnormal genes coding for plasminogen were identified in these patients. In the type I mutation, a guanosine in GCT coding for Ala-601 near the active-site histidine was replaced by an adenosine resulting in ACT coding for threonine. This mutation was also shown by the loss of a cleavage site for Fnu4HI endonuclease, a restriction enzyme that recognizes GCTGC but not ACTGC. In the type II mutation, a guanosine in GTC coding for Val-355 was replaced by a thymidine resulting in TTC coding for phenylalanine. This change was readily shown by digestion with Ava II endonuclease, a restriction enzyme that recognizes GGTCC and not GTTCC. The type I mutation has been found to be identical to a plasminogen variant identified in Japanese patients by amino acid sequence analysis and also detected by isoelectric focusing, whereas the type II mutation is a unique amino acid substitution in the connecting region between the third and fourth kringles in plasminogen. DNA sequence analysis also revealed that the abnormal genes carry several silent nucleotide substitutions located primarily within introns and 5' and 3' flanking regions.     

致病性大肠埃希菌O2、O（78）及融合双价弱毒菌株O（2,78）（Chl^rNor^r）ompA基因的克隆及序列分析

目的 应用PCR扩增大肠埃希菌O2、O78及融合双价弱毒菌株O2,78的外膜蛋白A（ompA）基因,并进行克隆。方法 根据GenBank中人源大肠埃希菌K-12的ompA核苷酸序列设计特异引物,应用PCR对大肠埃希菌O2、O78及融合双价弱毒菌株O2,78的ompA基因进行体外扩增、克隆和序列分析。结果 O2、O78和O2,78经PCR获得的ompA基因片段大小为1 041 bp,与理论值相符;经过克隆和测序分析,该基因的核苷酸序列均由2 271 nt组成,编码1个由346个氨基酸组成的前外膜蛋白A,三菌株ompA基因核苷酸序列与GenBank提供的已知基因序列比较,同源性均为100%。结论 本研究成功克隆了大肠埃希菌ompA基因全长。     

MYH7基因Glu931del突变导致恶性肥厚型心肌病

目的 本研究拟查明1个中国汉族肥厚型心肌病（HCM）家系的致病突变,并探讨基因型-表型关联。方法 利用二代测序技术,全面筛查家系先证者的28个HCM相关致病基因。通过Sanger测序,在家系中验证和筛查发现的可能致病突变,并对突变携带者进行表型分析。结果 二代测序发现先证者携带MYH7基因Glu931del杂合突变。家系筛查发现4名患者均携带该突变,突变与疾病共分离,该突变为此HCM家系的致病突变,常染色体显性遗传。Glu931del突变位于MYH7基因第23外显子,三个核苷酸缺失（c.2791_2793del GAG）,导致其所编码的心脏β-肌球蛋白重链的第931位谷氨酸缺失。MYH7基因第931位谷氨酸残基在不同物种间高度保守。临床表型分析发现,家系中4例患者的左心室最厚厚度在19mm-30mm之间,静息状态均无明显左室流出道梗阻,表现为胸痛、心悸和呼吸困难,并伴黑曚或有晕厥史。该家系另有两例患者在家系筛查前发生猝死,确诊年龄分别为5岁和6岁,死亡年龄均为16岁。该家系随访12年,HCM临床症状进展较快,1例患者左心室最大厚度由7mm发展为30mm,两例患者心功能进展为NYHA分级Ⅲ/Ⅳ级。结论 MYH7基因Glu931del突变导致的HCM表型较严重,易发生猝死和心衰,但也存在较大的表型异质性。二代高通量测序可以用于HCM致病基因的全面筛查。     

2009-2013年无锡地区新甲型H1N1流感病毒基因变异分析

目的了解2009～2013年无锡地区新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）的基因变异情况。方法选取2009～2013年哨点医院分离的新甲型H1N1流感病毒，进行HA和NA核苷酸序列测定，用Bioedit和MEGA version4．0分析软件进行基因种系进化特性分析。结果无锡地区2009～2013年种型H1N1流感病毒HA基因序列的同源性为98．9％～99．5％；氨基酸序列分析显示，无锡地区分离株第203位与国内、国际代表株比较发生氨基酸替换：S→T；第83位和321位与国内代表株相同，而与国际代表株不同，分别为S→P、V→I。NA基因序列与国内、国际代表株同源性为99．2％～99．8％；第87位和349位与国内代表株相同，而与国际代表株不同，分别为R→Q、D→G。结论通过对HA和NA基因序列的比对分析，2009-2013年无锡地区新甲型H1N1流感病毒流行株基因序列与国内、国际代表株高度同源。表明该地区近期不会发生新甲型H1N1流感大流行。