基质辅助激光解析-电离-飞行时间质谱法检测单核苷酸多态性的研究进展

单核苷酸多态性(SNP)是人类基因组中单个碱基的变异和备受关注的第三代多态性遗传标记，其最低基因频率不低于1％，在复杂疾病、遗传病研究及法医个体识别和亲权鉴定方面都有重要作用。在器官移植和骨髓移植方面，高产量的SNP分析使较大规模、设有较好对照的完整研究得以进行；而通过详细分析移植物预后显著变异性的复杂基因决定因素，则将更有可能获得个体化治疗和改革治疗概念的机     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测药物代谢酶基因多态性平台的建立

目的 建立基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术检测患者体内药物代谢酶基因多态性的平台。方法 选取2013年10月～2014年6月在北京协和医院门诊就诊患者53例EDTA抗凝外周血,提取全血基因组DNA,用MALDI-TOF-MS技术检测53例患者药物代谢酶基因CYP2C9*2(rs1799853),CYP2C9*3(rs1057910),CYP2C19*2(rs4244285),CYP2C19*3(rs4986893),CYP2C19*4(rs28399504),CYP2C19*5(rs56337013)和CYP2C19*17(rs12248560)的单核苷酸多态性(SNP)位点,并用Sanger测序法进行验证。结果 用 MALDI-TOF-MS 技术可以同时完成53份样本,2个药物代谢酶基因,7个SNP位点的检测。53例患者中,发现CYP2C19*2(rs4244285)AG型25例,AA型6例,GG型22例,A等位基因频率为34.9%。CYP2C19*3(rs4986893)AG型4例,GG型49例,A等位基因频率为3.8%。CYP2C9*3(rs1057910)CA型5例,AA型48例,C等位基因频率为4.7%。未发现 CYP2C9*2(rs1799853),CYP2C19*4(rs28399504),CYP2C19*5(rs56337013)和CYP2C19*17(rs12248560)位点突变。经与Sanger测序法比较,两种检测方法结果的符合率为100%。结论 成功建立MALDI-TOF-MS技术检测药物代谢酶基因多态性的平台,该平台具有高通量、准确的特点,对个性化用药治疗具有重要的临床应用价值。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测华法林代谢酶基因多态性

目的用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术建立检测人群中华法林代谢酶基因多态性的方法。方法选取2011年1月至2013年1月北京安贞医院心脏外科心脏机械瓣膜置换术后接受华法林抗凝治疗的患者10例,采集外周血,提取全血基因组DNA,用MALDI-TOF-MS技术检测10例患者华法林代谢酶基因CYP2C9*2(rs1799853)、CYP2C9*3(rs1057910)、CYP2C9*6(rs9332131)、VKORC1 CT(rs9923231)(-1639GA)、GGCX GC(rs11676382)的单核苷酸多态性(SNP)位点,并用Sanger测序法进行验证。结果用MALDI-TOF-MS技术可以同时完成10份标本3个华法林代谢酶基因5个SNP位点的检测。10名服华法林的心脏机械瓣膜置换术患者中,发现VKORC1-1639GA AG型2例,AA型8例,A等位基因频率为90%。未发现CYP2C9*2(rs1799853)、CYP2C9*3(rs1057910)、CYP2C9*6(rs9332131)和GGCX GC(rs11676382)突变。经与Sanger测序法比较,符合率为100%。结论成功建立MALDI-TOF-MS技术检测华法林代谢酶基因多态性的平台,该法具有高通量、快速、准确的特点,在个性化医疗上有较大的推广应用价值。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术在快速检测病原菌中的研究进展

摘要：传统的临床微生物学检验依赖于长时间的对病原菌的分离、培养及复杂的生化鉴定,有些病原微生物的生化反应不典型则难以准确鉴定。分子生物学技术如PCR技术要求较高,常规实验室不易开展。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）作为一种跨学科的检测新技术,在细菌和真菌的快速鉴定、细菌的耐药性检测、流行病学分析方面呈现出较传统鉴定法较多的优势。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱在临床病原菌鉴定中的应用

目的探讨基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)系统用于快速鉴定临床分离菌的可靠性和实用性。方法收集南京军区南京总医院2013年7~10月自临床标本分离的非重复细菌1 061株,分别使用MALDI-TOF MS和Vitek 2 Compact全自动细菌鉴定仪系统进行鉴定,结果不一致的菌株采用16S r DNA测序验证。结果 1 061株临床分离菌中1 058株(99.7%)经MALDI-TOF MS系统正确鉴定到属水平,1 016株(95.8%)正确鉴定到种,其余3株(0.3%)未给出鉴定结果。5株鉴定结果不一致的菌株经16S r DNA测序确认,结果与MALDI-TOF MS和Vitek 2 Compact鉴定符合率分别为40.0%(2/5)和0(0/5)。结论 MALDI-TOF MS可以作为一个快速、准确和价廉的工具应用于临床分离菌的鉴定。     

基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱的病原菌耐药性分析研究进展

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）微生物识别分析系统现已发展为成熟的技术体系，其凭借简单、快速、经济、高通量以及高敏感性、高特异性的特点，在病原菌耐药性分析研究领域展现了巨大的潜力。 近年来，基于MALDI-TOF MS的病原菌耐药性研究也取得了长足进展。 本文将从定性和定量分析的角度阐述MALDI-TOF MS在病原菌耐药性分析领域的研究进展，并对其应用前景进行展望。     

基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱在临床病毒学中的应用

基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)是一种新型的微生物鉴定技术,具有准确、快速、高通量等特点,目前在细菌和真菌的鉴定方面已比较成熟,但在病毒方面应用较少。本文从病毒的诊断、分型及耐药基因检测3个方面对MALDI-TOF MS在临床病毒学中的应用作一综述。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定布鲁菌1例

正布鲁菌病(布病,brucellosis)又称波浪热或马耳他热等,是由布鲁菌引起的人畜共患的烈性传染病,主要以牛、羊、猪为传染源。布鲁菌可通过皮肤、呼吸道、消化道进入人体引起感染,以长期发热、多汗、关节痛及全身乏力、疼痛为主要特征。该病以往多见于牧区,近年来散发于大中城市,以青壮年为主。我院近期从1例来自山西的反复发热的患儿血培     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱在采供血机构环境污染调查中的应用

目的 用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术调查采供血机构环境污染情况,评价应用价值.方法 采集消毒后献血场所空气、献血者皮肤穿刺部位、血小板保存箱、血小板采集设备、相关实验耗材的物体表面和工作人员袖口表面,培养后挑选典型菌落使用微生物质谱技术进行鉴定,与2017～2021年5月间血液成分中...     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱在临床微生物领域的应用进展

在临床微生物实验室,革兰染色、菌落形态、显微镜检查、选择培养基的生长特点、各种手工或自动的生化试验是细菌、酵母、真菌的主要鉴定方法。这些方法依赖细菌生产代谢过程,需要长时间的孵育,一般需要24～48h,不能满足临床对感     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定丝状真菌的影响因素分析

  目的  评估菌株培养条件、培养天数以及结果判定截断值(cut-off value, COV) 3种因素对基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)鉴定丝状真菌能力的影响。  方法  将78株受试丝状真菌分别接种到沙堡弱葡萄糖琼脂(sabouraud dextrose agar, SDA)、土豆葡萄糖琼脂(potato dextrose agar, PDA)两种培养基及28、35℃两种培养温度共4种组合的培养条件下进行培养, 并于培养第2、3、4、5天以及第7天对其进行MALDI-TOF MS分析, 根据鉴定率的差异筛选菌株MALDI-TOF MS鉴定用最佳培养条件和培养天数; 下调MALDI-TOF MS结果判定COV, 分析其对MALDI-TOF MS丝状真菌鉴定率的影响。  结果  受试菌株在SDA和PDA两种培养基间的MALDI-TOF MS鉴定率无显著性差异(χ²=0.467, P=0.792), 但28℃培养温度下的鉴定率高于35℃培养温度(χ²=7.195, P=0.027);培养第2、3天种水平(40.3%和34.3%)和属水平(44.8%和46.3%)鉴定率均较高; 将MALDI-TOF MS种水平判定COV由 > 2.0下调至 > 1.7后, 受试菌株种水平判定率显著提升(85.9%比32.1%, χ²=40.119, P < 0.01)且不增加错误鉴定率。  结论  丝状真菌以SDA或PDA培养基28℃培养2~3 d, 并以分值> 1.7作为种水平判定COV, 可有效提高MALDI-TOF MS对丝状真菌的鉴定能力。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术在临床微生物鉴定中的应用及价值

摘要：20世纪90年代末,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS）技术开始用于病原菌鉴定,目前已逐步用于临床微生物检验工作,对临床感染性疾病的快速诊断意义重大。本文阐述MALDI-TOF-MS技术鉴定微生物的原理和流程、在临床微生物鉴定中的应用和对微生物检验结果回报时间（TAT）改进的作用。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱快速鉴定革兰阴性杆菌的研究

目的评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix assisted laser desorption ionisation time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF-MS）技术检测临床常见革兰阴性杆菌的临床应用价值。方法1665株革兰阴性杆菌经VITEK2Compact鉴定到属和种,采用MALDI—TOF—MS对1665株革兰阴性杆菌进行种属检测,并计算鉴定正确率。结果1665株菌包括27个菌属,73个菌种。主要革兰阴性杆菌菌属鉴定整体正确率为95．7％,菌种整体正确率为85．5％。其中菌属鉴定正确率最高的是布鲁菌属和沙门菌属,正确率均为100．0％;菌种鉴定正确率最高的为危险罗尔斯顿菌和摩氏摩根菌,正确率均为100．0％。结论MALDI—TOF—MS技术鉴定细菌快速、准确、方便,且成本低,适用于临床实验室的快速鉴定诊断。     

不同基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱系统对链球菌鉴定性能的比较

目的了解基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对链球菌属临床菌株的鉴定能力。方法收集2015-2019年同济大学附属东方医院临床分离的链球菌,16SrRNA基因测序确定细菌种类。采用直接涂抹法平行使用Autof MS1000型质谱仪、VITEK MS质谱鉴定系统及Bruker Biotyper系统对菌株进行质谱鉴定。结果134株链球菌属细菌中,3套质谱鉴定系统对无乳链球菌、化脓链球菌、解没食子酸链球菌、戈登链球菌及变异链球菌的准确鉴定率均为100%。Bruker Biotyper和Autof MS1000型质谱仪对21株停乳链球菌及14株星座链球菌未能鉴定到亚种,5株缓症链球菌鉴定为口腔链球菌,肺炎链球菌和咽峡炎链球菌各有1株鉴定错误;Autof MS1000型质谱仪鉴定链球菌种水平置信度高于Bruker Biotyper系统。VITEK MS质谱鉴定系统可鉴定停乳链球菌的部分亚种,但14株星座链球菌未能鉴定到亚种,7株缓症链球菌鉴定为缓症链球菌/口腔链球菌,2株咽峡炎链球菌分别鉴定为星座链球菌和肺炎链球菌。结论3套质谱鉴定系统对链球菌属中临床常见的无乳链球菌、化脓链球菌可准确鉴定、直接报告,但是对一些种类菌株鉴定结果有误或不能鉴别亚种,需要DNA序列分析或结合血清学或其他补充实验来准确鉴定。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱微生物鉴定系统性能验证方案的建立

目的建立基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱系统(MALDI-TOF MS)在常规临床微生物鉴定中的性能验证方法,指导临床实验室规范微生物鉴定程序。方法选取标准菌株、质控菌株和临床菌株共115株,包含革兰阳/阴性球菌30株、革兰阳/阴性杆菌31株、真菌30株,厌氧菌、苛养菌各12株,所有菌株均经Vitek Compact鉴定和/或细菌16S r DNA、真菌ITS DNA测序分析验证。任意选择3种MALDI-TOF MS微生物鉴定系统厦门质谱、布鲁克质谱、安图质谱,采用检测系统推荐方法进行菌株鉴定,进行准确度验证试验。精密度验证:选取标准菌株和临床菌株10株,1位操作者使用3个检测系统对10株菌株分别进行质谱鉴定3次,连续鉴定3 d; 3位操作者使用3个检测系统对10株菌株每d分别进行质谱鉴定3次,连续鉴定3 d,从而验证鉴定结果的重复性。结果厦门质谱、布鲁克质谱、安图质谱对标准/质控菌株(除外厌氧菌)的鉴定符合率为100%;对临床菌株的属水平鉴定符合率为100%;对革兰阴/阳性杆菌的种水平鉴定符合率分别为100%、100%、96.77%;对革兰阳性球菌的种水平鉴定符合率分别为96.67%、96.67%、100%;对真菌的种水平鉴定符合率均为90%一致;对苛养菌的种水平鉴定符合率均为100%;对厌氧菌鉴定符合率为91.67%种水平一致。精密度验证试验结果重复性100%。结论 3种MALDI-TOF MS系统在革兰阳/阴性球菌、革兰阳/阴性杆菌、真菌、苛养菌鉴定的准确度和精密度符合要求,验证通过。本文建立的微生物鉴定质谱仪性能验证方案可满足综合性医院临床微生物实验室常规鉴定基本要求。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱临床检测微生物的专利及行业发展分析

本文从专利申请趋势、技术来源国、专利申请人的分布、检测特征标志物、专利授权趋势、授权的发明主题类型等方面,对全球基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI TOF MS)临床检测微生物的研究现状进行了专利信息分析。结果表明,该检测领域具有重大潜在市场空间,但尚未被国外企业引起重视。虽然我国在该领域初步形成了技术垄断企业,但仍然需要进一步深入研究、拓宽应用领域、积极开展专利布局工作,并需要各级政府加大对该产业的扶持力度。     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术在新生儿β-地中海贫血筛查中的应用

目的建立基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术的β-地中海贫血(β-地贫)基因突变检测方法,探讨其在新生儿β-地贫筛查中的临床价值。方法收集新生儿脐血DNA样本515例,针对中国人群中常见的10种β-地贫基因突变类型,分别设计一套PCR引物和延伸反应引物。待测样本经PCR和延伸反应后,所得产物用Sequenom Mass Array飞行时间质谱仪进行检测,根据质谱图中的峰值确定每份样本的基因型,并用反向点杂交进行验证。结果 515份样本10个突变位点的总判读成功率为99.55%,检测结果与反向点杂交结果完全一致;共检出β-地贫14例,均为突变杂合子,阳性检出率为2.72%;其中,基因型CD41-42/N 6例,CD17/N 5例,IVS-Ⅱ-654/N 2例,CD71-72/N 1例。结论 MALDI-TOF MS技术准确性高,检测时间短,通量高,适用于新生儿β-地贫筛查。     

基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱的克柔念珠菌遗传分化研究

目的在蛋白质水平明确克柔念珠菌的遗传分化特征，建立基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）的不同谱系克柔念珠菌的鉴定方法。方法选取20株克柔念珠菌，采用MALDI-TOF MS结合分析软件ClinProTools，确定克柔念珠菌不同谱系的质谱标志峰，构建基于遗传算法（GA）的分类模型，用于区分不同谱系的克柔念珠菌菌株，选择25株克柔念珠菌对该模型进行验证。结果利用20株克柔念珠菌构建的GA分类模型，反映模型正确鉴别能力的识别能力值（RC）为100%，反映模型处理测试谱图变异能力的交叉验证值（CV）为97.89%。 25株克柔念珠菌、150张谱图外部验证模型显示其分类能力为95.30%。 确定13个克柔念珠菌谱系相关的特征峰（m/z 3 971.40、3 136.95、3 427.33、2 405.28、2 996.73、2 913.95、3 376.97、6 736.13、5 819.03、4 045.16、5 869.00、3 618.10及3 946.14），可用于正确区分来自不同谱系的克柔念珠菌。结论本研究论证并确认了克柔念珠菌的群体遗传分化事件，同时也建立了一种简便而有效的快速谱系分型方法。     

应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术鉴定临床常见厌氧菌

目的：应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）技术对临床分离的厌氧菌进行鉴定,与传统Vitek32 ANI鉴定卡及16 S rRNA基因序列法鉴定进行比较,分析MALDI-TOF MS技术用于鉴定临床常见厌氧菌的可行性。方法收集从临床标本培养分离的厌氧菌56株,运用 MALDI-TOF MS 技术对其进行鉴定,同时运用 Vitke32 ANI 鉴定卡及16 S rRNA基因序列法分别进行鉴定,将三者的结果进行比较。结果56株厌氧菌中有41株采用 MALDI-TOF MS技术鉴定至种的水平（分值大于或等于2．0）,11株鉴定至属的水平（分值为1．7～2．0）,4株无可靠结果（分值小于1．7）。MALDI-TOF MS和16S rRNA基因序列法鉴定结果一致的占94．6％（53/56）,不一致的占5．6％（3/56）。MALDI-TOF MS与Vitke32 ANI 鉴定卡的鉴定结果一致的占80．4％（45/56）,不一致的占19．6％（11/56）。结论 MALDI-TOF MS与16S rRNA基因序列法鉴定的符合率高,可应用于临床常见厌氧菌的鉴定。