多位点PCR用于安徽391株分枝杆菌分离株的快速鉴定

摘要：目的 评价多位点PCR用于分枝杆菌临床分离株快速鉴定效果。方法 收集从临床结核病患者分离到的抗酸染色阳性的培养物,经PNB/TCH鉴别培养基进行培养鉴定后,采用聚合酶链反应(PCR)对16SrRNA、Rv0577、IS1561、Rv1510、Rv1970、Rv3877/8和Rv3120 基因位点进行扩增,鉴定至种,再经rpoB-PRA、hsp65和rpoB基因测序进行验证。结果 共对391株分枝杆菌临床分离株应用多位点PCR进行了鉴定,结果显示结核分枝杆菌378株,非洲分枝杆菌I型6株,非结核分枝杆菌7株。7株非结核分枝杆菌分别为鸟分枝杆菌1株,马赛分枝杆菌2株,胞内分枝杆菌4株。而PNB/TCH鉴别培养基培养鉴定结果为结核分枝杆菌复合群385株,非结核分枝杆菌6株。多位点PCR结果与rpoB-PRA、hsp65和rpoB基因测序结果一致。结论 多位点PCR技术鉴定分枝杆菌菌种结果准确可靠,且具有简便和快速等优点,有较大的分子流行病学应用价值,且对于临床诊断和治疗都具有重要意义。     

四川省川南地区结核分枝杆菌Spoligotyping分型研究

目的 了解四川省川南地区结核分枝杆菌基因型构成情况,为结核病防控提供分子流行病学依据。方法 采用间隔区寡核苷酸分型(Spacer Oligonucletide typing, Spoligotyping)方法对四川省川南地区267株临床分离菌株进行基因分型,结果采用BioNumerics(Version 5.10)软件进行分析,并将Spoligotyping分型结果与SpolDB4.0数据库中的菌株进行比对分析。结果 267株结核分枝杆菌表现出66种基因型,其中51株表现为独特基因型,其余216株可聚为10个基因簇。与SpolDB4数据库比对分析发现,267株结核分枝杆菌中,144株为北京家族菌株(53.93%),79株为T家族菌株(29.59%),9株为H家族菌株,3株为U家族菌株,2株为MANU家族菌株,其余30株表现的基因型为数据库中不存在的基因型。结论 四川省川南地区结核分枝杆菌存在较高的基因多态性,北京家族菌株和T家族菌株为主要的流行菌株,应加强对这两类菌株的流行趋势的监测及生物学特性研究。     

结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的二重PCR快速检测

目的建立一种鉴别结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的二重PCR快速检测方法。方法根据已发表的结核分枝杆菌23SrRNA和牛分枝杆菌特殊基因序列,设计并合成了两对可扩增结核分枝杆菌和牛分枝杆菌特异性基因片段的引物,建立二重PCR快速检测结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的方法,测定其特异性和敏感性,并对238份牛临床样品的DNA分别进行了检测。结果该方法对牛分枝杆菌能扩增出838bp和631bp的特异性基因片段,结核分枝杆菌只扩增出838bp基因片段而扩增不出631bp的特异性基因片段,对参试的其它牛菌株的DNA扩增结果均为阴性。敏感度检测可达到50pg的DNA含量。临床样品检测结核分枝杆菌阳性有21份,牛分枝杆菌阳性有1份,其它临床样品扩增结果全部为阴性。结论本方法可作为牛分枝杆菌的快速检测和流行病学调查的工具。     

多重PCR快速检测鉴别牛布鲁氏菌和牛分枝杆菌的研究与应用

目的利用多重PCR方法建立一种同时快速检测鉴别牛布鲁氏菌和牛分枝杆菌的方法。方法根据牛布鲁氏菌具有种特异性的BCSP-31K基因和牛分枝杆菌23SrRNA，设计并合成了两对分别扩增牛布鲁氏菌和牛分枝杆菌的特异性引物，建立了多重PCR同时快速检测鉴别以上两种病原体的方法。其扩增片段大小牛布鲁氏菌为311bp、牛分枝杆菌为838bp。对所建立的多重PCR方法进行特异性试验和敏感性试验。并应用所建立的方法对临床样品进行检测。结果该多重PCR方法对所有供试的牛布鲁氏菌都能扩增出311bp，结核分枝杆菌都能扩增出838bp目的片段，对其它参试牛的菌株则无311bp和838bp条带，该多重PCR方法对牛布鲁氏菌和牛分枝杆菌的DNA最低检出量为10pg。305份临床样品中10份牛奶样品为牛布鲁氏菌阳性，41份包括36份PPD阳性鼻粘液样品、3份PPD可疑鼻粘液样品和2份PPD阳性牛奶样品为牛分枝杆菌阳性，其余样品均为阴性。     

结核分枝杆菌和牛分枝杆菌TaqMan荧光PCR检测的建立

目的对结核分枝杆菌和牛分枝杆菌分别建立荧光PCR快速检测方法。结核分枝杆菌荧光PCR对H37Rv标准菌株、结核分枝杆菌临床分离株的检测结果呈典型阳性反应，牛分枝杆菌荧光PCR对牛分枝杆菌标准菌株、BCG菌株的检测结果呈典型阳性反应，对其它分枝杆菌菌株以及常见微生物样品为阴性反应。两种荧光PCR对对应阳性重组质粒模板的检测灵敏度可达单个基因拷贝，对结核分枝杆菌或BCG标准菌株的检测灵敏度可达单个菌细胞。对临床样品的检测结果显示，荧光PCR对模拟感染奶样、血样的检测灵敏度可达单个菌细胞。所建立的方法，全过程包括血样、奶样、痰液等临床样品的前处理、核酸提取和荧光PCR检测，可在5～6h内完成。采用上述荧光PCR方法从临床采集的疑似病人痰液中检出多份结核分枝杆菌阳性样品。     

Spoligotyping和MLVA用于71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株基因分型的初步研究

目的初步探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)和多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)用于浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解浙江省结核分枝杆菌的基因型特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集菌体,提取基因组DNA。采用聚合酶链反应(PCR)扩增整个DR区进行Spoligotyping分型,同时分别扩增15个VNTR位点进行MLVA分型。聚类分析采用BioNumerics软件。统计学分析采用卡方检验。结果对70株菌进行了基因分型,Spoligotyping结果显示,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占70和30,49株北京家族菌株中,89.8为典型北京家族;MLVA结果显示,可分4个基因群,分别为Ⅰ群占8.5,含5个基因型,Ⅱ群占18.3,含13个基因型,Ⅲ群占70.4,含38个基因型,Ⅳ群占2.8,含2个基因型。两种方法对菌株的基因分型结果非常吻合,Spoligotyping分型为北京家族的菌株均分布在MLVAⅢ型中,非北京家族菌株的基因多态性,分属于MLVAⅠ、Ⅱ和Ⅳ型。MLVA将70株菌分为58个基因型(含53个独特基因型),而Spoligotyping只分为18种基因型(含12个独特基因型)。结合对临床一线4种药物的耐药检测结果分析,两种方法的分型结果均显示北京家族菌株中表现为全敏感者71.4(35/49),表现为耐药者为28.6(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7,表现为耐药者为33.3,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(χ2=0.158,P>0.05)。结论初步证实浙江省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族。北京家族与耐药无明显相关性。MLVA株水平鉴定能力明显高于Spoligotyping,尤其是在鉴别北京家族菌株上具有明显的优势。     

多重PCR和间隔区寡核苷酸分型技术应用于不同流行地区的牛结核病研究

目的 在牛结核病监测中联合应用菌株的多重PCR鉴定和间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping),快速鉴定分离菌株并分析不同地区流行菌株的特点。方法 分别在牛结核病清净地区和流行地区进行牛型PPD变态反应试验,扑杀阳性牛后进行病理检查,并采集病料分离细菌。获取分离菌株,进行多重PCR鉴定和spoligotyping分型,分析不同地区的菌株特征。结果 结核病清净地区监测到16头牛型PPD阳性牛,扑杀后未见有病变,采集病料分离到4株分枝杆菌,经多重PCR鉴定均为非典型分枝杆菌。流行地区监测牛型PPD阳性23头,扑杀后发现14头有病变,采集病料后共有11头分离到疑似菌,经多重PCR鉴定均为牛型分枝杆菌。用spoligotyping分析共分为4个型,其中2个为未见报道的新型,报英国AHVLA牛结核spoligotyping数据库后获取通用编号SB1903和SB1904。结论 分离菌株中的优势菌株为首次报道的SB1903,但也检出有国际流行菌株SB0140,证实该地区牛结核病的流行是以“独特菌型地域内相互传播为主、输入性感染为辅”为特征。本次监测发现国内有SB0140菌株分布,提示应调查该型菌是否已经传染至我国人间。     

Spoligotyping对广西地区208株结核分枝杆菌临床分离株的基因分型

目的用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)对广西地区结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,并分析北京家族菌株与耐药的相关性。方法收集广西地区结核分枝杆菌临床分离株,应用Spoligotyping进行基因分型研究和比例法进行药物敏感性检测。基因聚类分析采用BioNumerics软件。统计分析采用χ2检验。结果共在广西地区收集到208株结核分枝杆菌临床分离株,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)或称北京基因型(Beijinggenotype),和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占55.3%(115/208)和44.7%(93/208),47种基因型,其中36株为独特类型,剩余172株分为11簇。北京家族菌株中,90.4%(104/115)为典型北京家族(TypicalBeijingfamily),非北京家族菌株表现为高度的基因多态性,可分为39个基因型,31株为独特的基因型。有耐药结果的205株菌株中,北京家族菌株,76.25%(76/113)表现为全敏感,而23.75%(37/113)表现为耐药;非北京家族菌株,75%表现为全敏感,而25%表现耐药,经卡方检验(Chi-SquareTests)(表2),两者间的差异无统计学意义(χ2=2.9721,P>0.05)。结论广西结核分枝杆菌存在明显的基因多态性。本研究证实北京基因型与耐药无明显相关性。     

结核分枝杆菌和牛分枝杆菌TaqMan(R)荧光PCR检测的建立

目的 对结核分枝杆菌和牛分枝杆菌分别建立荧光PCR快速检测方法 .结核分枝杆菌荧光PCR对H37Rv标准菌株、结核分枝杆菌临床分离株的检测结果 呈典型阳性反应,牛分枝杆菌荧光PCR对牛分枝杆菌标准菌株、BCG菌株的检测结果 呈典型阳性反应,对其它分枝杆菌菌株以及常见微生物样品为阴性反应.两种荧光PCR对对应阳性重组质粒模板的检测灵敏度可达单个基因拷贝,对结核分枝杆菌或BCG标准菌株的检测灵敏度可达单个菌细胞.对临床样品的检测结果 显示,荧光PCR对模拟感染奶样、血样的检测灵敏度可达单个菌细胞.所建立的方法 ,全过程包括血样、奶样、痰液等临床样品的前处理、核酸提取和荧光PCR检测,可在5～6h内完成.采用上述荧光PCR方法 从临床采集的疑似病人痰液中检出多份结核分枝杆菌阳性样品.     

220株结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型研究

目的了解结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型种类和特征,为结核病防治研究提供基础科学依据。评价两种分型方法在北京地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集北京市结核分枝杆菌临床分离株,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)二种分型方法进行基因分型,结果聚类分析采用BioNu-merics(Version5.0)软件。结果共在北京地区收集到220株结核分枝杆菌临床分离株。采用Spoligotyping分型方法,220株菌可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(non-Beijing family),20种基因型。其中北京家族含有202株菌,占91.82%。北京家族菌株中,典型北京家族菌株占95.05%(192/202),非典型北京家族占4.95%(10/202)。北京家族菌株的耐药率为22.55%(22/98),非北京家族菌株的耐药率为16.67%(1/6),两者间的差异无统计学意义(fisher analysis,P=0.5835>0.05)。采用MLVA分型方法,202株菌可分成5个基因群59种基因型,主要为Beijing family、China2和China3,分别占91.37%、2.73%和4.55%。结论北京地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族。北京家族菌株与耐药性无明显相关性。     

复方PCR用于分支杆菌菌种鉴定的初步研究

目的　寻找新的、快捷简便的分支杆菌菌种鉴定技术,进一步提高临床结核病诊断的水平。方法 将3套分支杆菌基因组DNA的不同标记引物同时放入一个体系中,并在同一退火温度下进行PCR扩增,通过对扩增产物的不同带型进行分析,对已知标准株和部分临床株进行菌种鉴定。结果 复方PCR方法可将结核复合群中的结核分支杆菌、牛结核分支杆菌与非结核分支杆菌一次性地区分开,特异性达到100%,灵敏度为10ng/反应。结论 复方PCR技术是一种有效而又简捷的分支杆菌诊断方法,可用于临床上分结核与非结核分支杆菌或分支杆菌与非分支杆菌的初步区分。     

应用多重聚合酶链反应技术快速鉴定牛分支杆菌卡介苗株

目的 建立快速鉴定牛分支杆菌卡介苗(BCG)菌株的方法。方法 依据最近研究发现的牛分支杆菌BCG菌株不存在命名为缺失区1(deleted region 1，RD1)的基因区，而其他牛分支杆菌菌株和其他结核分支杆菌复合群(MTC)菌种(结核分支杆菌、非洲分支杆菌和田鼠分支杆菌)存在RD1基因区的遗传学信息，应用多重聚合酶链反应(PCR)检测RD1基因区存在与否，以鉴别BCG菌株与其他牛分支杆菌菌株及其他MTC菌种。结果 所试5株BCG疫苗生产用标准菌株和近期国内发生的1例小儿BCG接种后全身播散性感染致死病例的2株BCG分离菌株，均缺失RD1基因区；其他牛分支杆菌菌株，包括3株牛分支杆菌标准菌株、5株分别从结核病牛或鹿分离的牛分支杆菌菌株，1株从结核病患痰标本分离的牛分支杆菌菌株，以及其他MTC菌种，包括结核分支杆菌H37Rv和H37Ra标准菌株、48株从结核病患痰标本分离的结核分支杆菌菌株、3株非洲分支杆菌标准菌株，均存在RD1区。结论子多重PCR技术用于牛分支杆菌BCG菌株的鉴定简便、快速、特异，适于在临床实验室应用。     

基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型的临床应用研究

目的 利用基于PCR熔解曲线技术的结核分枝杆菌Spoligotyping基因分型方法(McSpoligotyping)对结核分枝杆菌分离株进行基因分型,以评价其在结核病流行病学调查中的应用价值。方法 对广西2017年结核耐药监测点收集的949株结核分枝杆菌,采用McSpoligotyping分型方法对其进行基因分型。首先,通过对其中的361株菌株的McSpoligotyping 分型结果与全基因组测序(WGS)结果的一致性比较来评价McSpoligotyping分型方法。其次,对949株菌株分型数据与SITVITWEB数据库进行比对,获取间隔区寡核苷酸国际型别(spoligotype intemational type,SIT)编号,将分型结果提交到https://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index.faces 网站进行聚类分析。结果 McSpoligotyping分型与WGS结果一致率为94.18%(340/361),在结果不一致标本中,出现不一致较多间隔序列在第5间隔。在949株菌株中新发现基因型为121株,已定义基因型为828株;其中已定义基因型共分为84种基因型,主要归属于5种基因家族(BEIJING、T、H、EAI、LAM)和3个家系(Lineage 1、Lineage 2、Lineage 4);5种基因家族主要流行为BEIJING和T基因家族,家系中主要流行为Lineage 2。949株菌株中的822株聚为49个簇(2~528株),最大一簇为Beijing家族SIT1基因型,其余的127株菌表现为独特的基因型。结论 利用PCR熔解曲线技术可快速对MTB进行基因分型,此技术较传统方法操作简便、耗时短,对结核病疫情处置及结核病分子流行病学研究具有重要意义。     

Low oral BCG doses fail to protect cattle against an experimental challenge with Mycobacterium bovis

Studies were undertaken to determine whether a dose of oral Mycobacterium bovis bacillus Calmette–Guérin (BCG) which did not induce skin test reactivity could protect cattle against bovine tuberculosis (TB). Groups of calves (n = 9) were vaccinated by administering 10⁸, 10⁷ or 10⁶ colony forming units (CFU) of BCG orally or 10⁶ CFU subcutaneous (s.c.) BCG. A control group (n = 10) was not vaccinated. All animals were challenged with M. bovis 18 weeks after vaccination and euthanized and necropsied at 16 weeks following challenge. Positive responses in the single cervical tuberculin skin test (severe interpretation) at 15 weeks post-vaccination were only observed in the s.c. BCG and 10⁸ CFU oral BCG groups (four of nine animals/group). Following experimental challenge with M. bovis, both these BCG-vaccinated groups had significant reductions in lesion scores and bacterial counts whereas there was no protection in calves vaccinated with oral doses of 10⁶ or 10⁷ CFU of BCG. In conclusion, low oral doses of BCG did not induce skin test responses, IFN-γ responses or protection against TB, however, in the BCG vaccine groups where protection was observed, there was no correlation between protection and skin test responses or IFN-γ responses.     

间隔区寡核苷酸分型技术用于结核分枝杆菌多重感染的初步研究

目的 初步评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术在鉴定结核分枝杆菌多重感染中的应用。方法 选取结核分枝杆菌临床分离株,5 μm孔径滤膜过滤法制备单个细菌菌悬液,平板接种37 ℃培养,选取生长良好的单个菌落培养增菌,提取基因组DNA,Spoligotyping进行基因分型鉴定,比较临床分离株与相应的单克隆分离株的分型结果。结果 共选取32株结核分枝杆菌临床分离株,获得306个单克隆分离株。Spoligotyping分型鉴定结果显示30株结核分枝杆菌临床分离株与相应的单克隆分离株的分型结果一致,2株临床分离株的单克隆分离株呈现了多种基因型,多重感染率为6.25%。结论 Spoligotyping可用于快速,有效地区分结核分枝杆菌多重感染。     

卡介苗(BCG)D2株分泌型抗原85A基因的克隆与序列分析(英文)

目的　分离BCGD2株分泌型抗原 85A基因并测定DNA序列 ,为研制抗结核病新型疫苗奠定基础。方法　PCR法从BCGD2株基因组DNA中分离Ag85A基因 ,PCR产物连接入 pUCm -T载体 ,重组克隆用单菌落PCR法、BamHⅠ和SacⅠ双酶切以及DNA测序进行鉴定。结果　分泌型Ag85A基因经过分离和测序后发现 ,它有 10 4 1bp组成 ,与LukDeWit等人测定的来自于BCG1173P2株的同一基因的DNA序列是一致的 ,表明Ag85A基因在分枝杆菌中是高度保守的。 结论　BCGD2株分泌型抗原 85A基因的成功克隆与序列分析将会促进对Ag85A基因深入的研究 ,以及为研制抗结核病候选疫苗奠定基础