青岛地区链霉素耐药结核分枝杆菌的rpsL43基因突变特征

目的：探讨青岛地区链霉素耐药结核分枝杆菌rpsL43基因突变特征。方法应用PCR-DNA测序法对来自青岛地区的70株链霉素耐药的结核分枝杆菌（低浓度耐药菌株30株、高浓度耐药菌株40株）和20株链霉素敏感的结核分枝杆菌的rpsL基因片段进行测序,并进行分析。结果20株链霉素敏感菌株中均未发生rpsL43突变,而70株链霉素耐药菌株中有49株发生了rpsL43突变,突变率为70．00％,均为AAG→AGG突变。 rpsL43突变在链霉素敏感菌株和链霉素耐药菌株中的分布比较,P＜0．01。30株链霉素低浓度耐药菌株中有12株发生了rpsL43突变,而40株链霉素高浓度耐药菌株中有37株发生了rpsL43突变,rpsL43突变在链霉素低浓度耐药菌株和链霉素高浓度耐药菌株中的分布比较,P＜0．01。结论青岛地区链霉素耐药结核分枝杆菌rpsL43突变率高,均为AAG→AGG突变,且在链霉素高浓度耐药菌株突变率高于在链霉素低浓度耐药菌株。     

应用基因芯片分析结核分枝杆菌常见耐药基因型的研究

目的应用基因芯片快速检测结核分枝杆菌耐药基因型,建立一种新的分子药敏试验方法。方法以传统药敏试验和PCR-直接测序方法为对照,应用基因芯片快速检测157株结核分枝杆菌临床分离株异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(SM)和乙胺丁醇(EMB)耐药基因(katGr、poB、rp-sLr、rs和embB)的带荧光素标记的PCR产物。结果PCR-直接测序和基因芯片检测36株结核分枝杆菌药物敏感株的5种耐药基因均为野生型。121株结核分枝杆菌耐药分离株中,56株耐INH分离株,katG基因突变率为62.5%,其中katG缺失率为7.5%,315位密码子突变率为55.4%,279位密码子突变率为1.8%;104株耐RFP株,rpoB基因突变率为94.2%,最常见的突变位点为531位和526位密码子(突变率分别为60.6%、15.4%),双位点突变率为5.8%,还发现511、513、515、516、517、518和533位密码子突变;62株耐SM分离株,rpsL和rrs总突变率为88.7%(两者分别为82.3%、6.5%),rpsL突变位于43位和88位密码子(突变率分别为77.4%、4.8%),rrs突变位于513位和516位碱基(突变分别为4.8%、1.6%);57株为耐EMB株,embB基因突变率为61.4%,均为306位密码子突变,最常见的突变为ATG→GTG或ATA(突变率分别为35.1%、15.8%),还发现306位密码子ATG→ATC、ATT和CTG突变。通过基因芯片检出的突变与基因测序结果一致。结论应用基因芯片可分析大多数结核分枝杆菌耐药基因型,弥补传统药敏试验方法的不足,指导临床治疗。     

应用基因芯片分析结核分枝杆菌常见耐药基因型的研究

目的应用基因芯片快速检测结核分枝杆菌耐药基因型，建立一种新的分子药敏试验方法。方法以传统药敏试验和PCR－直接测序方法为对照，应用基因芯片快速检测157株结核分枝杆菌临床分离株异烟肼（INH）、利福平（RFP）、链霉素（SM）和乙胺丁醇（EMB）耐药基因（katG、rpoB、rpaL、rrs和embB）的带荧光素标记的PCR产物。结果PCR-直接测序和基因芯片检测36株结核分枝杆菌药物敏感株的5种耐药基因均为野生型。121株结核分枝杆菌耐药分离株中，56株耐INH分离株，katG基因突变率为62．5％，其中katG缺失率为7．5％，315位密码子突变率为55．4％，279位密码子突变率为1．8％；104株耐RFP株，rpoB基因突变率为94．2％，最常见的突变位点为531位和526位密码子（突变率分别为60．6％、15．4％），双位点突变率为5．8％，还发现511、513、515、516、517、518和533位密码子突变；62株耐SM分离株，rpsL和ITS总突变率为88．7％（两者分别为82．3％、6．5％），rpsL突变位于43位和88位密码子（突变率分别为77．4％、4．8％），rrs突变位于513位和516位碱基（突变分别为4．8％、1．6％）；57株为耐EMB株，embB基因突变率为61．4％，均为306位密码子突变，最常见的突变为ATG→GTG或剐rA（突变率分别为35．1％、15．8％），还发现306位密码子ATG→ATC、ATT和CTG突变。通过基因芯片检出的突变与基因测序结果一致。结论应用基因芯片可分析大多数结核分枝杆菌耐药基因型，弥补传统药敏试验方法的不足，指导临床治疗。     

应用PCR-RFLP分析结核分枝杆菌rpsL基因突变

目的 了解结核分枝杆菌链霉素(SM)耐药基因突变情况,建立快速检测耐药突变株的方法?方法 通过PCR-RFLP分析62株结核分枝杆菌临床分离株的rpsL基因突变的部位和性质?结果 以H37RV标准株为对照,13株敏感株的rpsL基因有MboⅡ酶切位点;37株耐SM分离株中,31株(838%)无MboⅡ酶切位点;12株耐其它抗结核药物株中,也有2株无MboⅡ酶切位点?结论 大多数结核分枝杆菌SM耐药分离株的核糖体S12蛋白编码基因(rpsL)第43位密码子有点突变?PCR-RFLP可能成为快速检测结核分枝杆菌耐药突变株的一种新方法?     

耐多药结核分枝杆菌基因突变分析

目的对临床分离的耐多药结核分枝杆菌株进行基因突变分析。方法对耐多药结核分枝杆菌临床分离菌株进行耐药基因的PCR检测,利用基因序列测定方法分析耐药基因突变情况。结果从耐多药结核病（MDR-TB）患者临床分离菌株中快速检测到rpoB、katG、rpsL、embB基因及其突变。耐多药菌株、全耐及单耐利福平分离菌株均检测rpoB基因点突变,突变位点主要为第516、526和531常见密码子,1例MDR-TB出现第479位和第531位密码子同时突变。耐多药菌、全耐菌及单耐异烟肼的菌株均检测有katG基因点突变,突变位点均为第2066位碱基C突变为Go全耐菌和对乙胺丁醇（EMB）耐药的耐多药菌株均检测有embB基因点突变,突变位点均为第306位密码子ATG突变为ACG。全耐菌和对链霉素（SM）耐药的MDR-TB菌株均检测有rpsL基因点突变,突变密码子为CCT突变为CTT,其中从1株对SM敏感的MDR-TB中也检测到突变。全敏感株、标准株及利福平（RIF）、异烟肼（INH）或EMB敏感的耐药株均无rpoB、katG或embB基因突变。结论PCR及基因序列测定可快速检测耐多药结核基因,结核分枝杆菌耐多药性与多个基因突变相关。     

链霉素耐药结核分枝杆菌临床分离株gidB基因突变研究

目的探索gidB基因突变在结核分枝杆菌链霉素耐药中的作用。方法结核分枝杆菌临床分离株中,60株为链霉素耐药,30株敏感。同时进行链霉素MIC测定并采用DNA测序法分析gidB,rpsL和rrs基因突变。结果20%的耐药株含有gidB单基因突变,80%的耐药株除gidB基因突变以外,还有rpsL或rrs基因突变。敏感株中也有gidB基因突变。gidB突变呈散在分布,未发现突变热点。结论gidB基因突变在结核分枝杆菌链霉素耐药中的作用尚不能肯定。     

链霉素耐药结核分枝杆菌临床分离株gidB基因突变研究

目的 探索gidB基因突变在结核分枝杆菌链霉素耐药中的作用.方法 结核分枝杆菌临床分离株中,60株为链霉素耐药,30株敏感.同时进行链霉素MIC测定并采用DNA测序法分析gidB,rpsL和rrs基因突变.结果 20%的耐药株含有gidB单基因突变,80%的耐药株除gidB基因突变以外,还有rpsL或rrs基因突变.敏感株中也有gidB基因突变.gidB突变呈散在分布,未发现突变热点.结论 gidB基因突变在结核分枝杆菌链霉素耐药中的作用尚不能肯定.     

变性高压液相色谱技术在检测结核分枝杆菌对链霉素耐药性中的应用

目的利用变性高压液相色谱（DHPLC）技术快速检测结核分枝杆菌rpsL基因的突变，从而对结核分枝杆菌是否耐受链霉素类药物做出初步判断。方法体外药物敏感性试验，确定122株结核分枝杆菌临床分离株对链霉素的敏感程度。提取试验菌株基因组DNA。扩增rpsL基因片段；分别与H37Rv标准株的相应PCR产物混合、杂交后，利用WAVE核苷酸片段分析系统对各杂交产物进行DHPLC检测；序列测定结果与相应的DHPLC检测结果进行比较以验证DHPLC检测的准确性。通过比较药物敏感性和DHPLC检测结果。建立两者之间的对应关系。此外我们还检测了32株对链酶素敏感的临床分离株进行了DHPLC法检测。以明确该检测方法的特异性。结果结核分枝杆菌临床分离株对链霉素耐药性经体外实验证明，rpsL基因43位氨基酸突变通常会引起较高程度的链霉素耐药性。88位氨基酸突变菌株对链霉素的耐药性较低。链霉素耐药菌中发生rpsL基因突变的菌株约占78．69％（96／122）。其中以43位氨基酸突变为主（75．41％）。利用DHPLC技术检测rpsL基因突变，虽然不能检出缺失突变形式，但与直接测序法相比检出率为98．95％（95／96）。对所有耐受链霉素的结核分枝杆菌临床分离株而言。利用DHPLC技术可以达到77．87％（95／122）的耐药菌检出率，与序列测定法的检出率相近（96／122）。并且根据DHPLC检测图谱能够很好地判断rpsL基因的碱基突变形式。32株链酶素株的DHPLC检测图谱都与H37Rv标准株相同。结论DHPLC法是快速检测出结核分枝杆菌rpsL基因碱基突变的好方法．具有很高的特异性和敏感性。对链霉素耐药菌而言，碱基突变与结核分枝杆菌耐受链霉素类抗生素存在高度的相关关系，因此DHPLC技术用于临床早期检测结核病人对链霉素的耐药性具有良好的应用前景。     

结核分枝杆菌基因组变异及其耐药调查北大核心CSCD

目的调查结核分枝杆菌基因组变异及耐药情况,分析其耐药机制,以指导临床治疗。方法收集511例结核病患者痰液标本,进行结核分枝杆菌检查及鉴定。采用比例法进行药物敏感性试验;采用PCR扩增gyrA、katG、rpoB、rpsL基因,分析基因变异情况。结果共分离144株结核分枝杆菌,其对氧氟沙星、异烟肼、利福平、链霉素的耐药率分别为60.42%、52.78%、43.75%、36.81%。其中对氧氟沙星、异烟肼、利福平、链霉素低耐和高耐药率分别为36.11%和24.31%、33.33%和19.44%、13.19%和30.56%、4.86%和31.94%,药物低耐率与高耐率之间差异无统计学意义(P>0.05)。72株发生gyrA基因变异,基因突变率为82.76%。其中Asp→Gly在94位点突变39株(44.83%),Ala→Val在90位点突变21株(24.14%),Asp→Ala在94位点突变12株(13.79%)。另15株(17.24%)未发生基因变异。53株发生katG基因变异,基因突变率为69.74%。其中Ser→Thr在315位点突变43株(56.58%),Gly→Ser在299位点突变8株(10.53%),Ser→Gly在315位点突变2株(2.63%)。另23株(30.26%)未发生变异。49株发生rpoB基因变异,基因突变率为77.78%。其中Ser→Leu在521位点突变34株(53.97%),His→Leu在526位点突变13株(20.63%),Leu→Pro在533位点突变2株(3.17%)。另14株(22.22%)未发生变异。41株发生rpsL基因变异,基因突变率为77.36%。其中Lys→Arg在43位点突变37株(69.81%),Lys→Arg在88位点突变4株(7.55%)。另12株(22.64%)未发生变异。结论 gyrA、katG、rpoB、rpsL基因变异可能是导致结核分枝杆菌耐药性逐年增高的主要原因,应给予重视。     

结核分枝杆菌基因组变异及其耐药调查

目的调查结核分枝杆菌基因组变异及耐药情况,分析其耐药机制,以指导临床治疗。方法收集511例结核病患者痰液标本,进行结核分枝杆菌检查及鉴定。采用比例法进行药物敏感性试验;采用PCR扩增gyrA、katG、rpoB、rpsL基因,分析基因变异情况。结果共分离144株结核分枝杆菌,其对氧氟沙星、异烟肼、利福平、链霉素的耐药率分别为60.42%、52.78%、43.75%、36.81%。其中对氧氟沙星、异烟肼、利福平、链霉素低耐和高耐药率分别为36.11%和24.31%、33.33%和19.44%、13.19%和30.56%、4.86%和31.94%,药物低耐率与高耐率之间差异无统计学意义(P0.05)。72株发生gyrA基因变异,基因突变率为82.76%。其中Asp→Gly在94位点突变39株(44.83%),Ala→Val在90位点突变21株(24.14%),Asp→Ala在94位点突变12株(13.79%)。另15株(17.24%)未发生基因变异。53株发生katG基因变异,基因突变率为69.74%。其中Ser→Thr在315位点突变43株(56.58%),Gly→Ser在299位点突变8株(10.53%),Ser→Gly在315位点突变2株(2.63%)。另23株(30.26%)未发生变异。49株发生rpoB基因变异,基因突变率为77.78%。其中Ser→Leu在521位点突变34株(53.97%),His→Leu在526位点突变13株(20.63%),Leu→Pro在533位点突变2株(3.17%)。另14株(22.22%)未发生变异。41株发生rpsL基因变异,基因突变率为77.36%。其中Lys→Arg在43位点突变37株(69.81%),Lys→Arg在88位点突变4株(7.55%)。另12株(22.64%)未发生变异。结论 gyrA、katG、rpoB、rpsL基因变异可能是导致结核分枝杆菌耐药性逐年增高的主要原因,应给予重视。     

31株结核分枝杆菌异烟肼耐药相关基因检测及序列分析

目的了解贵阳地区分离的结核分枝杆菌katG基因、inhA启动子和oxyR-aphc间隔区基因突变特征。方法对31株结核分枝杆菌临床分离株（异烟肼耐药株17株,异烟肼敏感株14株）的katG基因、inhA启动子和oxyRaphc间隔区进行DNA片段的PCR扩增,并进行测序分析。结果 17株异烟肼耐药菌株中有16株检出katG基因突变,其中70.5%（12/17）为315位密码子变异,且变异类型均为AGC→ACC,敏感株未发现315位点突变。11株敏感菌和4株耐药菌在463位密码子发生变异,变异类型均为CGG→TGG,变异率分别为78.6%（11/14）和23.5%（4/17）,差异无统计学意义。有12株耐药株的变异类型为katG基因双重位点突变,其中10株为katG315（AGC→ACC）和463（CGG→TGG）位变异,463（CGG→TGG）和299（GGC→AGC）变异及463（CGG→TGG）和419（GAC→CAC）位变异各1株。2株异烟肼耐药菌检出oxyR-aphC启动区G32A突变,其中1株为联合katG463和299位突变。结论贵阳株结核杆菌菌株异烟肼耐药基因突变具有多态性,主要的变异类型为katG315位点突变。     

Molecular analysis of isoniazid, rifampin and streptomycin resistance in Mycobacterium tuberculosis isolates from patients with tuberculosis in Düzce, Turkey

The aim of this study was to use DNA sequencing analysis to analyze the mutations in the most commonly targeted genes (katG, inhA, rpoB, rpsL) in isoniazid (INH)-, rifampin (RIF)- and streptomycin (SM)-resistant Mycobacterium tuberculosis strains obtained from subjects in Duzce, Turkey. Four isolates were found to be INH-resistant, 3 were RIF-resistant and 5 were SM-resistant, out of a total of 52 M. tuberculosis strains. In 3 of the 4 INH-resistant strains, a mutation in the katG gene in codon 315 appeared as AGC-->ACC (Ser-->Thr), and the other INH-resistant strain showed a mutation in the katG gene in codon 314 as ACC-->CCC (Thr-->Pro). There were no mutations in the inhA gene in INH-resistant isolates. Two of the 3 RIF-resistant strains were found to have mutations in the rpoB gene in codon 516 appearing as GAC-->GTC (Asp-->Val), and the other RIF-resistant strain has a mutation in the rpoB gene in codon 531 as TCG-->TTG (Ser-->Leu). These 3 RIF-resistant strains are also INH-resistant. All 5 SM-resistant strains have mutations in the rpsL gene in codon 43 appearing as AAG-->AGG (Lys-->Arg). Thus, we found common gene mutations that bring about the resistance of M. tuberculosis to antituberculosis drugs in all of our isolates from Duzce. To the best of our knowledge, the ACC-->CCC (Thr-->Pro) mutation in the katG gene in codon 314 has not been previously defined.     

结核分枝杆菌DNA促旋酶基因突变与耐氟喹诺酮类药物的相关性研究

目的 分析MDR TB结核分枝杆菌临床分离株的DNA促旋酶（gyr）基因突变特点,初步探究MDR-TB对氟喹诺酮类药物耐药与gyr基因突变的相关性.方法 采用最低抑菌浓度（MIC）法筛选MDR-TB,对17株临床MDRTB菌株应用DNA直接测序法检测gyr基因的突变情况,分析细菌基因突变与耐药产生的相关性.结果 Mtb 1株标准菌株（H37Rv）未见gyr A亚单位基因（gyrA）和gyr B亚单位基因（gyrB）基因突变,所有17株临床菌株gyrA均存在95位AGC→ACC.12株耐环丙沙星和左氧氟沙星菌株中,10株gyrA产生了错义突变,突变率为83.3％;突变位点位于89位、90位、91位和94位;1株发生了gyrB突变,突变位点位于500位.耐莫西沙星的9株耐药株中,8株gyrA发生突变,占88.9％.结论 gyrA基因突变是Mtb对氟喹诺酮类药物产生耐药的机制之一;gyrA的错义突变主要发生在第89位、90位、91位、94位密码子上.     

寡核苷酸探针膜杂交法检测耐药结核菌

目的应用寡核苷酸探针膜杂交法快速检测临床分离株中结核分枝杆菌对异烟肼(INH)、链霉素(SM)、乙胺丁醇(EMB)的耐药性。方法设计与合成用于检测结核分枝杆菌3种药物常见耐药基因的寡核苷酸探针,点于硝酸纤维素膜上,与结核分枝杆菌临床分离株生物素标记的聚合酶链反应(PCR)产物进行反向斑点杂交。结果26株耐INH菌株中,16株Klb杂交阳性;7株inhla杂交阳性;23株耐SM菌株中,17株rpsl基因突变型探针Slb杂交阳性,2株突变型探针rrslb杂交阳性;31株耐EMB菌株中,13株Elb杂交阳性,1株Elc杂交阳性,5株Eld杂交阳性,1株Ele杂交阳性,11株与El探针杂交。kagG、inhA、rp-sL、rrs和embB基因膜杂交突变检出率分别为61.5%,26.9%,74%,8.7%和64.5%,与PCR-DS分析结果一致。结论寡核苷酸探针膜杂交技术可能成为检测部分结核分枝杆菌耐药基因型简便、快速的方法。     

聚合酶链反应-单链构象多态性技术检测耐多药结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL突变的研究

目的　应用PCRSSCP技术快速检测耐INH,RFP,SM结核分支杆菌分离株KatG、rpoB、rpsL基因突变,评价其在检测结核分支杆菌耐药性方面的价值。方法 32株耐INH、RFP、SM结核分支杆菌临床分离株及25株结核分支杆菌敏感分离株用PCRSSCP方法分别检测,rpoB、KatG、rpsL基因突变。结果 32株耐多药结核分支杆菌分离株中,rpoB、KatG、rpsL PCR扩增产物PCR-SSCP分别有28株(87.5%)rpoB基因,19株(59.3%)KatG基因和23株(71.9%)rpsL基因电泳条带与结核分支杆菌标准株H₃₇Rv电泳条带相比有明显差异,而25株结核分支杆菌敏感株的PCR-SSCP条带与结核分支杆菌H₃₇Rv相似,特异性为100%。结论 PCR-SSCP方法敏感、特异,可快速检测结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL耐药基因突变,有利于耐多药结核分支杆菌耐药性的快速检测。     

Anti-drug pattern of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis and analysis of mutation in drug-target genes

The antimycobacterial susceptibility test was performed and minimal inhibitory concentration (MIC) to drugs was determined in 98 strains of Mycobacteium tuberculosis (MTB) isolated in Tokyo from 2000 to 2003, to find which were resistant to any of the four main anti-MTB drugs, isoniazid (INH), rifampicin (RFP), streptomycin (SM), and ethambutol (EMB). 27strains of them were resistant only to SM, and 16 strains were resistant only to INH. 51 strains of them were resistant to not only INH but also other drugs. 38 strains were resistant to both INH and RFP. 19 strains were resistant to all four drugs, including 7 strains resistant to new quinolon anti-biotics also. Nucleotide or amino-acid mutations in drug resistant MTB genome were determined by DNA sequencing method. Mutation of codon 516, 526, or 531 of rpoB gene was detected in 98% of MTBs resistant to RFP. Deletion or insertion of katG gene or nucleotide mutation at regulatory region of ahpC gene was detected in MTBs highly resistant to INH. Amino acid mutation of katG gene, especially at codon 315, was detected in MTBs resistant to INH intermediate. Nucleotide mutations at regulatory region of inhA gene were detected in MTBs resistant to INH at low level. Amino acid mutation at codon 43 or 88 of rpsL gene was detected in MTBs highly resistant to SM, and nucleotide mutation at 512, 513, or 516 of rrs gene was detected in MTBs resistant to SM at low level. Amino acid mutation at codon 306 of embB gene was detected in 87% of MTBs resistant to EMB.     

Molecular characterisation of streptomycin-resistant Mycobacterium tuberculosis strains isolated in Poland.

Primary drug resistance of Mycobacterium tuberculosis strains in Poland increased two-fold between 1997 and 2000. Among 3705 drug-resistant strains investigated in 2000, 169 were resistant to streptomycin alone or in combination with isoniazid, rifampicin and/or ethambutol. The molecular basis of streptomycin resistance for 88 (52%) of these strains in comparison with 15 susceptible controls was determined. The most prevalent mutation was the single substitution Lys43Arg in the rpsL gene, found in 30.7% of the strains analysed. However, as many as 51% of the strains investigated carried no mutation in the rpsL or rrs genes. The multiple mutations present in two Beijing family strains were also identified.     

江西省结核分枝杆菌耐二线抗结核药的分子学特征

目的 初步明确江西省耐二线抗结核药相关基因突变的特征,评价等位基因特异性多重PCR（multiplex allele-specific polymerase chain reaction,MAS-PCR）检测二线抗结核药耐药性的可行性。 方法 采用DNA测序方法和MAS-PCR技术,对江西省52株耐二线抗结核药的结核分枝杆菌进行耐药相关基因突变位点检测。 结果DNA测序分析：39株耐氧氟沙星（Ofx）菌株中,32株存在gyrA基因错义突变,2株发生gyrB基因错义突变。29株耐卡那霉素（Km）或卷曲霉素（Cm）菌株中,22株为rrs1401位点A→G突变。52株耐二线抗结核药的结核分枝杆菌,40株为北京基因型（76.92%,40/52）,其中17株北京基因型菌株发生gyrA-GAC94GGC突变（42.50%,17/40）,19株北京基因型菌株发生rrs-A1401G突变（47.50%,19/40）。北京基因型与基因突变类型gyrA-GAC94GGC和rrs-A1401G无明显相关性（χ²=1.16、1.92,P值均＞0.05）。MAS-PCR检测Ofx耐药株的敏感度为61.54%（24/39）,检测Km或Cm耐药株的敏感度为79.31%（23/29）。 结论 gyrA基因94位密码子突变是江西省结核分枝杆菌Ofx耐药的主要机制; rrs-A1401G突变则是Km或Cm耐药的主要原因。MAS-PCR方法对于快速检测二线抗结核药的耐药性有一定的临床应用价值。