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相似文献
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1.
目的:运用网络药理学方法挖掘桂枝-柴胡治疗慢性心力衰竭(CHF)伴抑郁(MDD)的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库和相关文献检索桂枝-柴胡主要活性成分及其作用靶点,经BAT-MAN-TCM平台对预测靶点予以补充,构建药物靶点库;通过GeneCards、DisGeNET数据库分别获取CHF与抑郁相关靶标,二者取交集,建立疾病靶标库;利用R语言将药物靶点库与疾病靶标库取交集,构建Venn图;通过STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件及其内在插件构建化合物-靶标网络及PPI核心网络;最后利用DAVID数据库对核心网络靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析.结果:筛选出桂枝-柴胡有27个活性成分,288个靶基因;筛选出CHF伴MDD相关靶基因882个,药物与疾病Venn图提取关键靶点83个,PPI核心网络构建筛选出12个关键基因;GO分析(P<0.05且靶点基因富集度>10%)得到19条生物过程,13条细胞组分表达过程,8个分子功能相关过程;KEGG分析(P<0.05)显示72条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路等.结论:桂枝-柴胡活性成分通过多成分、多靶点、多通路发挥CHF伴MDD的治疗作用.  相似文献   

2.
目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。  相似文献   

3.
王乐琪  李冰冰  王倩  支运霞  肖雪  关永霞  张贵民  郭姣 《中草药》2020,51(19):4861-4872
目的基于网络药理学方法研究参芪降糖颗粒治疗糖尿病微循环障碍的潜在分子机制。方法通过GeneCards数据库查询糖尿病肾脏病、糖尿病视网膜病变、糖尿病神经病变、糖尿病足病和糖尿病合并脑小血管病的疾病靶点,整合为糖尿病微循环障碍疾病靶点。借助PubChemSearch和Swisstargetprediction在线工具得到参芪降糖颗粒药效成分治疗糖尿病微循环障碍的作用靶标,利用Cytoscape 3.3.0软件构建参芪降糖颗粒化学成分-糖尿病微循环障碍作用靶标网络,通过STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络,利用Clue GO插件进行GO分析和KEGG通路富集分析。结果从参芪降糖颗粒中共筛选出85个化学成分,以及10个与糖尿病微循环障碍相关的作用靶点,分别为ACE、VEGFA、TNF、IL6、STAT3、ALB、PON1、PTPN22、PPARG、NOS3。经GO和KEGG通路富集分析,发现参芪降糖颗粒治疗糖尿病微循环障碍可能参与HIF-1信号通路、胰岛素抵抗、AGE-RAGE信号通路、炎症性肠病、类风湿性关节炎、肥厚性心肌病信号通路等多条信号通路。结论参芪降糖颗粒治疗糖尿病微循环障碍具有多成分-多靶点-多途径的作用特点,为进一步拓展参芪降糖颗粒的临床应用提供了借鉴和参考。  相似文献   

4.
目的 基于网络药理学探索葛根-丹参药对治疗冠心病心绞痛的作用机制.方法 借助多个在线数据库筛选并预测葛根-丹参药对活性成分及治疗治冠心病心绞痛的作用靶标.借助STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络;通过Uniprot数据库获取靶标蛋白的基因名称,利用DAVID在线工具进行潜在基因的GO分析及KEGG富集通路...  相似文献   

5.
目的运用网络药理学的方法探讨巴戟天治疗抑郁症的分子作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP数据库)筛选出巴戟天的活性成分和对应的作用靶点;利用GeneCard、OMIM等数据库筛选出抑郁症的潜在靶点;采用Cytoscape 3.6.1软件构建药物-成分-疾病-靶点的可视化网络;以STRING数据库对关建靶点构建蛋白互作网络分析;最后进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果从巴戟天中筛选出有效成分20个,得到可作用于抑郁症的靶点22个。GO分析富集得到65个生物学功能,KEGG通路分析富集得到48条信号通路。结论巴戟天通过多靶点、多通路发挥对抑郁症的治疗作用,其作用机制可能与胆碱能突触、神经活性配体-受体相互作用、甲状腺激素信号通路、PI3K-Akt信号通路、雌激素信号通路等相关。  相似文献   

6.
目的:通过网络药理学和分子对接探究丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法:获取丹参、郁金的中药活性成分及其作用靶点,检索PCOS疾病相关靶点,将二者取交集后利用Cytoscape 372构建“药物-成分-共同靶点”网络。并将共同靶点导入string数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。再将共同靶点基因导入DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后根据活性成分、作用靶点的相关节点参数进行排序,使用AutoDock Tools将核心活性成分和筛选出的靶基因编码的蛋白进行分子对接。结果:丹参、郁金共筛选出潜在活性成分80个,其中木犀草素、丹参酮Ⅱa、β谷甾醇等19种为主要活性成分,活性成分的作用靶点共157个。PCOS疾病相关靶点1 847个,交集靶点为93个,PPI网络及拓扑学分析显示AKT1、TP53、IL6、VEGFA、MAPK3、MAPK1是丹参、郁金治疗PCOS的核心靶点。GO功能富集分析显示丹参-郁金主要参与RNA信号转导、酶的调控等生物过程,KEGG通路富集分析得到了癌症信号通路、PI3K/AKT、FoxO、HIF-1等20条相关性最高的通路。将核心靶点编码的蛋白作为靶点分别与对应的药物核心活性成分对接,结果良好。结论:通过网络药理学研究及分子对接验证,显示丹参-郁金可通过多靶点、多信号通路对PCOS的疾病发生及进展起到一定的治疗、干预作用。  相似文献   

7.
目的:研究"远志-石菖蒲"药对治疗阿尔茨海默病的网络药理学作用机制。方法:采用网络药理学方法筛选远志、石菖蒲中的活性成分,并获取药物活性成分靶点与阿尔茨海默病的靶标蛋白。构建药物活性成分-阿尔茨海默病靶标网络,对靶点进行基因本体(GO)富集分析及基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:远志-石菖蒲药对中共筛选出有效成分12个,相关靶标40个;筛选得到阿尔茨海默病相关靶点14个;富集分析结果筛选通路得到KEGG分析5条,GO分析2条。通路分析结果结合参考文献表明,远志-石菖蒲治疗阿尔茨海默病主要通过PI3K-Akt信号通路、ErbB信号通路、雌激素信号通路等发挥作用。结论:"远志-石菖蒲"药对治疗阿尔茨海默病具有多成分、多靶点、多途径的特点。该研究结果可为该药对的临床应用和进一步应用提供参考,并为进一步研究其治疗阿尔茨海默氏病(AD)的机理奠定基础。  相似文献   

8.
目的:利用网络药理学分析探讨丹参饮治疗胃癌前病变的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取丹参、砂仁、檀香的活性成分及靶点,通过GeneCards数据库获取胃癌前病变疾病基因,在与丹参饮靶点映射后获得交集靶点,利用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-有效成分-交集靶点-疾病”网络图,并分析该网络;通过STRING数据库结合Cytoscape 3.7.1软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络;将交集靶点导入至DAVID(2021 Update)数据库,进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:预测获得丹参饮治疗胃癌前病变的有效活性成分76个,67个交集靶点。蛋白质-蛋白质相互作用分析得到18个核心靶点。GO功能富集分析获得369项条目,KEGG富集在90条通路上。结论:丹参饮可能通过木犀草素、丹参酮ⅡA等有效成分调节磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、叉头框蛋白(FoxO)信号通路、缺氧诱导因子(Hypoxia Inducible Factor,HIF)-1α信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,发挥抗炎、...  相似文献   

9.
目的 采用网络药理学和分子对接技术探究黄芪-丹参治疗缺血性脑卒中(IS)的作用机制。方法 通过中医药整合药理学研究平台(TCMIP)V 2.0获取黄芪与丹参的活性成分及靶点,利用GEO数据库检索IS的靶点信息,构建蛋白互作网络(PPI)、成分-靶点网络,筛选黄芪-丹参治疗IS的关键成分和核心靶点,并利用Autodock 4.2软件进行分子对接技术验证,GO和KEGG富集分析预测黄芪-丹参治疗IS的分子机制。结果 共筛选出黄芪-丹参治疗IS的7个核心靶点和6个关键成分。GO生物过程涉及脂质定位、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性调节、脂质转运、急性炎症反应正向调控、脂肪酸转运等,KEGG通路富集主要集中在抗叶酸剂、一碳单位池、脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路等。分子对接结果提示黄芪-丹参中关键成分与核心靶点存在结合位点。结论 黄芪-丹参中多种活性成分通过调控靶点蛋白,调节叶酸代谢、脂肪代谢、炎症反应等信号通路,发挥了对IS的治疗作用。  相似文献   

10.
《中成药》2019,(5)
目的分析左金丸活性成分-靶点-多维作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取左金丸活性成分及对应靶点,TTD数据库预测分析左金丸潜在治疗疾病,Cytoscape软件分别构建活性成分-靶点、靶点-疾病网络,STRING平台构建靶蛋白互作网络,BINGO和MCODE插件对靶基因进行GO生物过程富集和聚类分析,生物学信息注释数据库(DAVID)对靶点进行KEGG信号通路分析。结果左金丸中13种活性成分作用于49个潜在靶点,涉及炎症反应调节、突触传递、细胞分化、凋亡等19个生物子簇;KEGG富集得到消化液分泌、癌症、内分泌、神经递质、炎症、信号转导、心血管7大类22条信号通路,在消化、神经、心血管系统疾病以及炎症、癌症等方面具有治疗价值。结论本研究揭示了左金丸活性成分、靶点、多维作用机制,可为其临床治疗价值拓展提供新的线索。  相似文献   

11.
目的 采用液质联用技术分析白鲜皮中的主要化学成分;基于网络药理学技术研究白鲜皮治疗皮肤湿疹的活性成分、作用靶点及作用机制。方法 利用液质联用技术(LC-MS)对白鲜皮主要成分进行分析,通过质谱数据结合文献资料,对各主要成分进行快速识别;通过利用SwissADME数据库对白鲜皮潜在活性成分进行预测,筛选主要作用靶点。进行KEGG通路富集分析,最终得到白鲜皮成分-靶点-疾病-通路网络图。采用分子对接技术对主要成分和作用靶点进行验证。结果 从白鲜皮中共分析鉴定了12种成分,进一步筛选得到4种潜在活性成分,可作用于48个关键靶点和14条主要通路。结论 采用LC-MS技术结合网络药理学方法,可以快速分析白鲜皮的潜在活性成分,并初步揭示了成分-靶点-通路之间的关系。通过分子对接技术可以做作用靶点进行验证。  相似文献   

12.
[目的]基于网络药理学和分子对接法研究蒲公英抗乳腺癌的作用机制,以期为其临床抗乳腺癌机制的阐明提供参考。[方法]通过Batman-TCM、TCMID、TCMSP和CancerHSP数据库筛选蒲公英有效成分及其作用靶点,运用Cytoscape软件构建蒲公英有效成分与其靶点的互作网络;通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET、Pharmgkb、Malacards数据库筛选乳腺癌疾病靶点;通过STRING构建蛋白互作网络(PPI),并通过DAVID数据库对核心靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;通过Pymol软件和AntoDock软件预测结合能力。[结果]通过4个成分靶点数据库和6个疾病数据库共筛选到10个蒲公英潜在有效成分和136个作用靶点,1 856个乳腺癌疾病靶点,41个潜在靶点基因;PPI网络中得到10个蒲公英治疗乳腺癌的关键靶点,经过GO和KEGG分析后得到53条GO分析结果和12条KEGG通路,GO分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能与RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始过程、核染色质、DNA结合等过程相关;KEGG分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能涉及癌症通路、含血清...  相似文献   

13.
杨艳妮  袁培培  冯敖梓 《中草药》2022,53(5):1463-1470
目的 采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点,采用Cytoscape3.7.1软件绘制"化学成分-靶点-R...  相似文献   

14.
目的 采用超高效液相-四级杆-静电场轨道阱高分辨质谱(UPLC-Q-Exactive Orbitrap-MS)鉴定赶黄草全草及其茎、叶主要成分,结合网络药理学和分子对接探究赶黄草保肝作用机制。方法 利用质谱采集数据结合对照品、相关文献、数据库检索,鉴定和表征赶黄草及其茎、叶化学成分;运用TCMSP数据库结合文献报道筛选活性成分,通过TCMSP、SwissTargetPrediction数据库查找活性成分靶点;通过基因数据库筛选疾病靶点。药物靶点与疾病靶点取交,输入String11.5数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络筛选出核心靶点。利用DAVID 6.8进行富集分析,Cytoscape 3.7.2软件构建“活性成分-靶基因-通路”网络,利用AutoDockTools 1.5.6软件对活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果 在赶黄草及其茎、叶提取物中共鉴定出64种化学成分;筛选活性成分28个,成分靶点与疾病靶点交集126个,关键活性成分15个,核心靶点24个;基因本体(gene ontology,GO)功能富集163个条目,京都基因与基因组百科全书(Kyoto e...  相似文献   

15.
目的 研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法 从TCMSP数据库中获取人参、陈皮的活性成分和潜在靶点,疾病靶点利用DrugBank、TTD、GeneCards数据库获取。“药物-化合物-靶点”互作网络可视化由Cytoscape3.6.1软件完成。通过绘制韦恩图得到人参、陈皮和COPD的共有靶点,运用Cytoscape平台获取共有靶点相互作用关系。通过DAVID数据库对共有靶点进行GO、KEGG富集分析。活性成分和关键靶点的分子对接由autodock vina实现,并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果 从人参和陈皮中共筛选得到27个活性成分,800个疾病靶点,药物和疾病共有靶点70个。GO功能富集分析得到GO条目213个(P<0.01),KEGG通路富集筛选得到99条信号通路(P<0.01)。分子对接结果显示,甾醇类成分和黄酮类成分与关键靶点有较高的结合性。体外抗炎活性验证结果表明,川陈皮素、山奈酚、柚皮素、人参皂苷rh2能够减少炎症因子的分泌。结论 人参-陈皮配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放,达到治疗COPD的效果。  相似文献   

16.
目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路,探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分;运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点;借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点,与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点;使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络;将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI),然后进行核心靶点筛选;利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析;使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接;采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用,验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点,其核心化学成分主要为黄酮类化合物;另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等;GO功能富集得到GOBP条目1841条,GOCC条目109条,GOMF条目105条;KEGG通路富集筛选得到130条信号通路,其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示,黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放,达到治疗COPD的效果,为其分子机制研究奠定一定的基础。  相似文献   

17.
于淼  李佳鑫  辛国松  綦峥  薛沁冰  王娟  王楠楠 《中草药》2021,52(11):3321-3330
目的运用网络药理学筛选文殊兰的主要活性成分及其靶点,探究文殊兰抗肿瘤的潜在作用机制。方法通过TCMID数据库检索文殊兰的化学成分,再经Batman与Swisstargets并结合相关文献筛选出文殊兰的主要活性成分及其潜在靶点,建立靶点数据;通过Gene Cards、NCBI数据库筛选出肿瘤相关靶点;用Cytoscape3.6.3软件构建"文殊兰-成分-肿瘤-靶点"网络可视化关系图;以蛋白互作网络分析数据库,确立文殊兰和肿瘤的蛋白互作网络;利用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库对相关靶点进行富集分析,了解文殊兰抗肿瘤可能的生物过程及其通路;利用分子对接进行半柔性对接反向验证。结果从文殊兰中筛选出15种活性成分,与肿瘤有关的通路有25个,文殊兰抗肿瘤主要作用于INS、GAPDH、VEGFA、EGFR、TNF等靶蛋白,KEGG通路富集结果显示,文殊兰主要作用于prostate cancer、proteoglycans in cancer、microRNAs in cancer、viral carcinogenesis等信号通路。结论文殊兰可能对前列腺癌、非小细胞癌、胰腺癌、膀胱癌、乳腺癌等具有一定的治疗作用,诱导肿瘤细胞凋亡是文殊兰成分抗肿瘤的一个重要机制。初步推测并验证了文殊兰抗肿瘤的主要靶基因和通路,为后续进一步探讨文殊兰靶向抑制肿瘤细胞提供新思路。  相似文献   

18.
李霞  曹旺  唐标  邓常清 《中草药》2020,51(15):3987-3995
目的采用网络药理学方法探讨黄芪-当归配伍改善血管内膜增生的药效物质和可能的作用靶点。方法利用TCMSP数据库,获取黄芪-当归的有效成分,利用Pharmmaper数据库搜集活性成分所对应的靶标。通过Genecards、DigSeE和OMIM数据库,收集血管内膜增生相关的靶标,并与药物作用靶标相比较,筛选出共同部分,作为药物成分作用的预测靶标。利用STRING获取预测靶蛋白之间的相互关系,根据相互关系大小筛选出核心靶标。利用Cytoscape 3.6.1软件,绘制"药物-成分-疾病-靶标"网络图、核心靶标相互作用网络图。用R语言进行核心靶标的KEGG通路富集分析和GO生物过程分析。结果收集到黄芪-当归药对的20个活性成分,共得到193个潜在药物作用靶点、487个潜在疾病靶点,主要作用于EGFR、ESR1、ALB、MAPK8、PGR等多个靶标,涉及PI3K-Akt、MAPK、Ras等多条信号通路以发挥抗血管内膜增生的作用。结论基于网络药理学方法,初步探讨了黄芪-当归配伍改善血管内膜增生可能的靶标和信号通路,可为黄芪-当归配伍作用机制的研究提供参考。  相似文献   

19.
目的:基于网络药理学方法研究加味桃核承气汤干预2型糖尿病的潜在作用靶点。方法:基于TCMSP数据库及Uniprot数据库筛选出加味桃核承气汤有效成分及靶点基因。通过Gene Cards数据库及OMIM数据库筛选出2型糖尿病的疾病靶点基因,并用Cytoscape软件构建"活性成分-靶点"相互作用网络图。将有效成分靶标与疾病靶标上传到STRING数据库,构建蛋白互作网络图(PPI),并计算其特征值,使用R语言对得到的PPI进行核心基因的筛选。最后,运用R语言对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:预测得到加味桃核承气汤治疗2型糖尿病的有效成分155个及共作有效靶点106个。有效成分中度值较高的为槲皮素(quercetin),山柰酚(kaempferol)及异鼠李素(isorhamnetin),作用靶点中度值较高的为雌激素受体(ESR1),过氧化物酶体增殖剂激活受体γ(PPARG)与雄激素受体(AR)。PPI网络中核心基因为表皮生长因子受体(EGFR)及ESR1等; GO富集分析显示会影响基因的转录、核受体活性及激素的受体结合、神经递质等; KEGG通路富集分析显示流体剪切应力和动脉粥样硬化通路为显著性最高的通路,其次为晚期糖基化终末产物及其受体通路。结论:通过网络药理学的方法预测加味桃核承气汤防治2型糖尿病的关键作用靶点及相关通路,结果提示此方剂具有多靶点、多通路等复杂机制,不仅表明加味桃核承气汤具有降糖的作用,而且其还具有抗炎、改善胰岛素抵抗、调节脂代谢等生物学功能。  相似文献   

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