基于多基因构建胰腺癌预后模型及临床价值

目的 利用数据集分析对胰腺癌具有预后价值的重要基因,并构建预后模型。方法 通过单因素Cox回归分析获得与胰腺癌预后明显相关的基因,利用Lasso Cox回归构建基因预后模型,并结合相关临床因素绘制列线图。结果 共鉴定出着丝粒蛋白E(CENPE)、肌动蛋白结合蛋白(ANLN)和细胞骨架相关蛋白2类似物(CKAP2L)3个基因,均在胰腺癌组织中高表达,且与胰腺癌患者的不良预后相关。基于三基因构建的预后模型将患者分为高危组和低位组,采用单因素和多因素Cox回归分析,结果显示预后模型和化疗均是独立预测因素(均P<0.05)。列线图预测1年总体生存时间的的曲线下面积为0.78。结论 CENPE、ANLN和CKAP2L的高表达预示着胰腺癌患者的不良预后,基于三基因表达的列线图模型对于指导临床治疗具有重要价值。     

胰腺癌预后的多因素分析

目的 :探讨影响胰腺癌的预后因素。方法 :对 113例病例资料完整的胰腺癌病例进行回顾性统计 ,应用COX比例风险模型对 9项指标进行了多因素分析 ,并用Kap lan Meier法计算其生存率。结果 :本组生存期 0 .1～ 82 .0个月 ,中位生存期 3.0个月。 6、12、18、36月的生存率分别为35 6 %、2 0 3%、15 9%、6 2 %。多变量分析显示 ,影响胰腺癌预后最明显的因素是黄疸、转移、治疗方式以及是否行综合治疗。结论 :胰腺癌预后由多种因素决定 ,伴有黄疸、转移的的胰腺癌病人预后差 ,行根治性切除术、综合治疗可改善预后。     

基于TCGA数据库的胰腺癌临床预后风险模型的构建与药物筛选

目的：基于基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库构建胰腺癌预后风险模型和筛选候选药物。方法：通过TCGA数据库下载胰腺癌转录组和临床数据，通过R软件进行加权基因共表达网络分析(weighted correlation network analysis,WGCNA)、预后风险模型的构建、差异分析、Kaplan-Meier法生存分析、风险分析和临床相关性分析。通过受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve，ROC曲线)的曲线下面积(area under curve，AUC)和多因素cox回归分析判断模型准确性和独立性，最后运用CMAP平台进行胰腺癌药物的筛选。结果：下载得到胰腺癌转录组数据182例和临床数据185例，数据合并交集后纳入病例样本177例。WGCNA分析筛选模块基因为“MEgreen（P=0.04<0.05）”；通过单因素cox回归分析得到28个预后相关免疫基因和70个预后相关的lncRNA，进一步用Lasso回归和多因素cox回归分析进行预后风险模型构建。模型评价显示该模型可区分高低风险组的患者，高风险的患者较低风险预后较差（P<0.05）。训练组和验证组ROC曲线下面积（AUC）显示该模型具有一定的准确性。多因素cox回归分析显示风险得分可作为胰腺癌独立预后因子（P<0.05）。临床相关性分析显示年龄、性别、Grade、Stage、M和N期等临床性状在高低风险组之间无明显差异（P>0.05），T期在高低风险组之间具有明显差异（P=0.0215<0.05）。利用CMAP平台筛选出前5抑制胰腺癌高风险基因表达的药物中，HDAC抑制剂2种，FLT3抑制剂、种VEGFR抑制剂与细菌细胞壁合成抑制剂各1种。结论：根据TCGA患者生存数据和表达谱，结合基因库获得胰腺癌预后相关免疫基因和lncRNA构建的预后风险模型能作为胰腺癌预后判断的新指标。     

胰腺癌手术患者预后的多因素分析

目的 :探讨影响胰腺癌预后的重要因素。方法 :以 1990年 1月～ 1995年 12月 6年间诊断为胰腺癌并接受外科治疗的病人为对象 ,选择其中资料完备 ,并获得随访的 174例手术患者 ,运用 Cox's多因素分析模型进行分析。结果 :肝转移、腹膜转移、手术术式、综合治疗、侵及门静脉、手术合并症 6个因素影响胰腺癌患者的预后。结论 :有肝转移、腹膜转移、侵及门静脉及手术合并症的胰腺癌患者预后不良 ,而行根治性切除术、综合治疗在一定程度上能改善患者的预后     

m6A修饰相关lncRNA与宫颈癌的预后不良及免疫治疗的相关性分析

  目的   本研究旨在通过挖掘宫颈癌TCGA数据库,分析N6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine, m6A）修饰相关长链非编码RNA（lncRNA）与宫颈癌预后不良及免疫治疗的相关性,从而有效地评估宫颈癌患者的预后和宫颈癌免疫治疗的可行性。   方法   基于TCGA数据库宫颈癌样本,利用生物信息学的方法鉴定与宫颈癌预后相关的m6A修饰相关lncRNA,并以此构建宫颈癌的预后风险模型。   结果   从304例患者样本中筛选出343个m6A修饰相关lncRNA,通过单因素Cox回归分析得到26个m6A修饰相关lncRNA与宫颈癌患者预后相关,并利用Lasso回归分析得到7个m6A修饰相关lncRNA（DLEU1、AC099850.4、DDN-AS1、EP300-AS1、AC131159.1、AL441992.2、AL021707.6）用以构建预后风险模型。Kaplan-Meier曲线显示低风险组的OS高于高风险组（P<0.001）;ROC曲线下面积（AUC）表明本风险模型准确性高、可信度强;多因素Cox分析显示风险评分是评估宫颈癌患者预后的独立因素。TIDE评分预测高风险组接受免疫治疗后获益更大。免疫检查点PD1与DDN-AS1等m6A修饰相关lncRNA表达相关,且在高风险组中表达更高（P<0.05）。   结论   基于上述7个m6A修饰相关lncRNA构建的预后风险模型能够有效预测宫颈癌患者的预后,并能评估以PD1为靶点的免疫治疗疗效。     

Syndecan-1在胰腺癌组织中的表达与预后的关系

目的 探讨syndecan-1表达水平与胰腺癌患者预后的关系.方法 回顾性分析行胰腺癌根治性切除的30例病例资料,对肿瘤组织行syndecan-1免疫组化染色,在光学显微镜下分别观察syndecan-1在肿瘤上皮细胞及间质中的表达,分析染色结果与患者生存期之间的关系.结果 肿瘤上皮细胞和间质中,syndecan-1表达阴性,弱阳性、中等阳性和强阳性患者1～2年和2～4年生存的例数比较,差异有统计学意义(P<0.05).上皮细胞syndcan-l表达阳性,间质syndcan-1表达阴性的患者1～2年和2～4年生存的例数明显多于上皮细胞syndcan-1表达阴性,间质syndcan-1表达阳性的患者(P=0.039).结论 Syndecan-1在胰腺癌上皮细胞及间质中的表达水平不同,上皮细胞中syndecan-1表达水平升高及间质中syndecan-1表达水平降低提示预后良好.     

Syndecan-1在胰腺癌组织中的表达与预后的关系

目的探讨syndecan-1表达水平与胰腺癌患者预后的关系。方法回顾性分析行胰腺癌根治性切除的30例病例资料,对肿瘤组织行syndecan-1免疫组化染色,在光学显微镜下分别观察syndecan-1在肿瘤上皮细胞及间质中的表达,分析染色结果与患者生存期之间的关系。结果肿瘤上皮细胞和间质中,syndecan-1表达阴性、弱阳性、中等阳性和强阳性患者1~2年和2~4年生存的例数比较,差异有统计学意义(P<0.05)。上皮细胞syndcan-1表达阳性,间质syndcan-1表达阴性的患者1~2年和2~4年生存的例数明显多于上皮细胞syndcan-1表达阴性,间质syndcan-1表达阳性的患者(P=0.039)。结论Syndecan-1在胰腺癌上皮细胞及间质中的表达水平不同,上皮细胞中syndecan-1表达水平升高及间质中syndecan-1表达水平降低提示预后良好。     

影响胰腺癌手术预后临床病理多因素分析

目的：综合分析和评价临床病理因素对胰腺癌手术预后的影响。方法：对手术切除44例胰腺癌12个临床病理因素进行单因素和多因素COX模型分析。结果：单因素分析表明：肿瘤大小、淋巴结转移、胰周浸润、大血管侵及、肿瘤残留、远隔转移和临床分期与胰腺癌手术预后显著相关（P＜0．05或P＜0．01）;年龄、性别、肿瘤部位、病理组织类型、分化程度与预后无关（P＞0．05）。应用COX模型对上述筛选出的7个有显著意义的因素进行多因素分析表明：淋巴结转移和肿瘤大小是影响胰腺癌手术预后最显著的两个独立因素。结论：上述结果对胰腺癌手术预后判定和合理的外科治疗具有一定的临床指导意义。     

两种化疗方式治疗中晚期胰腺癌预后的多因素分析

目的:探讨影响中晚期胰腺癌预后的榴关因素.方法:回顾性分析2007年1月至2000年6月间本院经临床、病理和影像学诊断证实的189例中晚期胰腺癌患者,单因素分析采用Kaplan-Meier法,两组间生存率曲线比较的假设检验采用log-rank法;多因素分析采用Cox比例风险回归模型.结果:多因素分析提示:伴有阻塞性黄痘、CA19-9≥500U/ml、化疗方式为独立的预后因子(P<0.05),相对危险度分别为:1.773、1.702、0.132.结论:伴有阻塞性黄疸、CA19-9≥500U/ml为中晚期胰腺癌治疗后生存的危险因素,而化疗方式为患者长期生存的保护因素.     

基于肿瘤干性相关基因的肾癌预后模型构建

目的 通过挖掘基因表达汇编(GEO)数据库中肾癌干细胞芯片数据,寻找肾癌细胞干性标志物,并联合癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的肾癌临床及转录组数据构建一种评估肾癌预后的模型.方法 从GEO数据库GSE48550数据集中下载芯片数据,筛选肾癌干细胞和正常肾小管上皮细胞之间的差异表达基因,通过基因本体(GO)和基因集富集分析进行功能及通路分析,通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建确定肾癌干细胞核心基因.从TCGA数据库下载肾癌患者年龄、临床分期、预后情况及相关基因的表达水平,通过单因素及多因素Cox回归分析筛选肾癌预后的独立危险因素,构建预测肾癌患者总生存期的列线图模型.结果 通过分析肾癌干细胞和正常肾小管上皮细胞的芯片数据,发现差异表达基因富集在细胞趋化、细胞外基质形成及受体配体活性等模块,炎症反应通路、P53通路及TNF-α/NF-κB通路在肾癌干细胞中显著激活.单因素及多因素Cox回归分析结果表明,年龄、临床分期为肾癌预后的独立危险因素,趋化因子家族中的C-X3-C基序趋化因子配体1(CX3CL1)是肾癌预后的独立保护因素.通过评估模型区分度,发现基于年龄、临床分期及CX3CL1表达水平的风险模型可准确预测肾癌患者总体生存率,其中C指数为达到0.803.结论 通过GEO和TCGA数据库联合分析筛选肾癌干性相关基因,构建了一种联合患者年龄、临床分期及CX3CL1表达水平的新模型,新模型可用于评估肾癌患者预后.     

利用上皮源性卵巢癌预后的多基因信息建立预测预后模型

目的 通过基因表达谱汇编(GEO)数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选并建立与上皮源性卵巢癌(EOC)患者预后有关联的多基因模型,并验证其预后价值。 方法 从GEO数据库中下载EOC有关芯片数据(GSE14407),筛选出在EOC组织和正常卵巢上皮组织中差异表达的基因(DEGs),采用单因素和多因素Cox回归模型筛选出与预后有关联的DEGs,建立多基因预后模型和预后指数(PI)公式。对TCGA数据库中EOC患者的mRNA数据及临床信息进行整理,通过PI公式对患者进行评分,并根据评分将患者分为低风险组和高风险组。通过Cox回归风险模型分析临床病理参数(年龄、发病位置、组织分级、肿瘤残余及FIGO分期)和预后指数参数与EOC预后的关系。根据年龄、发病位置、组织分级、肿瘤残余及FIGO分期进行分组,采用Kaplan-Meier(K-M)生存分析验证多基因模型对卵巢癌的预后价值。 结果 共筛选出47个在EOC组织和正常卵巢组织中的DEGs,其中有37个表达下调的DEGs和10个表达上调的DEGs。将上述DEGs进行单因素和多因素Cox回归分析,共筛选出4个DEGs,分别是PACSIN3、KCNT1、LAMP3及KIR3DX1。PI公式:(-0.169×PACSIN3的表达量+0.078×KCNT1的表达量-0.246×LAMP3的表达量-0.147×KIR3DX1的表达量)。Cox回归模型分析证实,年龄、肿瘤残余和预后模型是卵巢癌患者的独立预后因素(P<0.01)。通过K-M生存分析证实,在TCGA数据库的312例EOC患者中,预后评分低风险的患者总体生存期(OS)较高风险患者延长,差异有统计学意义(P<0.05)。在不同的年龄、临床分期、发病位置(单侧和双侧)、肿瘤残余<10 mm的EOC患者亚组中,预后评分低风险的患者OS较高风险患者延长,差异有统计学意义(P<0.05)。 结论 四基因预后模型是EOC患者的独立预后因素,并在总体和根据各临床病理特征分组的EOC患者亚组中得到了验证。     

前列腺癌相关基因及功能的生物信息学分析

目的: 利用生物信息学方法和体外实验,寻找前列腺癌发生的关键基因。方法: 从GEO 数据库下载基因芯片数据 GSE60502,其中包括48例正常前列腺组织样本和47例前列腺癌组织样本。利用Morpheus(https:∥software.broadinstitute.org／morpheus／)在线工具分析前列腺癌组织和正常前列腺组织的差异表达基因,然后使用GCBI(https:∥www.GCBI.com.cn)在线进行差异表达基因的基因本体富集论(gene ontology,GO)分析、Pathway分析,对同时参与GO分析和Pathway分析的差异基因取交集,构建基因共表达网络和基因相互作用网络。最后通过CCK8实验进行验证。结果： 共筛选出6 903个表达差异的基因,差异最大的前15个基因中,有上调基因9个,下调基因6个,其中表达差异最大的基因为CRISP3。GO分析提示差异基因主要参与的分子生物学过程包括小分子代谢过程、信号转导、DNA依赖的转录过程、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节等。Pathway分析提示差异基因主要参与的通路包括PI3K-Akt信号通路、代谢途径、MAPK信号通路以及Wnt信号通路等。CACNA1A基因位于共表达网络的核心位置,而ADCY5、PIK3CB基因位于基因相互作用网络的核心位置。 体外CCK8实验证实下调CACNA1A表达可明显抑制前列腺癌细胞增殖能力。 结论： CRISP3、CACNA1A、ADCY5、PIK3CB基因可能是影响前列腺癌发生的关键基因。     

通过加权基因共表达网络分析法探索胰腺癌特异表达的关键基因及表达网络

目的通过使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)法研究胰腺癌潜在的分子机制,并寻找关键基因。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中获得胰腺癌和对照组的基因表达数据。通过limma包在R中识别差异表达的基因(DEGs)。采用WGCNA构建胰腺癌的基因共表达网络,并识别共表达模块,进行蛋白质相互作用(PPI)分析,及进行关键基因的筛选。结果共鉴定出胰腺癌106个DEGs,通过WGCNA分析,确定了一个关键模块(MEpurple)。进一步筛选出10个关键基因,包括PKP3,EPCAM,RAB25,CBLC,AP1M2,PRP15L,B3GNT3,ESRP1,AGR2,ARHGEF16。结论 WGCNA法可以识别出与胰腺癌相关的模块和基因,为进一步研究胰腺癌发生发展的分子机制以及靶向治疗提供理论依据。     

基于生物信息学筛选甲状腺乳头状癌相关预后基因

目的:通过生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌预后相关基因,为后续实验提供理论基础,以便进一步研究甲状腺乳头状癌发生的可能机制。方法:利用生物信息学方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)数据库中下载甲状腺乳头状癌和癌旁组织样本的RNA测序数据,通过差异分析获取差异基因;利用基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes Genomes, KEGG)进行差异基因生物学功能和通路富集分析;通过蛋白交互网络分析法(protein-protein interaction, PPI)筛选出关键基因;通过生存分析研究关键基因对甲状腺乳头状癌患者生存预后的影响。结果:在TCGA数据库中共筛选出甲状腺乳头状癌患者237例,其中甲状腺乳头状癌组织212例,甲状腺癌旁组织25例。通过差异基因分析后共筛选出715个差异基因;通路富集分析显示,神经信号转导活性、逆行内源性大麻素信号为主要的信号通路;通过PPI法共筛选出18个关键基因,包含9个上调基因和9个下调基因;通过生存分析发现高表达...     

B超对胰腺癌的诊断分析

本文回顾性分析B超对11例胰腺癌病例的诊断结果，全部病例的诊断均得到手术和（或）病理证实，诊断符合率与手术对比，诊断率符合率为100％。笔者认为，B超对胰腺癌具有检出率高、无创伤、安全等优点，可作为诊断胰腺癌的首选方法。     

结肠癌核心基因和独立预后因子筛选的生物信息学分析

挖掘基因表达综合（GEO）数据库和癌症基因组图谱（TCGA） 数据库中结肠癌基因表达数据,探讨引发结肠癌的潜在核心基因及独立预后因子。     

乳腺癌相关差异表达基因的筛选及分析

目的构建乳腺癌组织与癌旁正常乳腺组织差异表达的cDNA消减文库,筛选乳腺癌相关基因并进行分析。方法应用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术对15对乳腺癌组织及正常癌旁乳腺组织进行差异基因的消减,构建cDNA消减文库,并转化大肠杆菌进行文库扩增,采用数字表法随机挑选克隆经PCR鉴定后,对200个阳性克隆插入片段的序列进行测定及同源性分析。结果建立了乳腺癌差异表达片段cDNA消减文库;通过测序和同源性分析,得到173个差异表达基因,其中26个与肿瘤发生发展相关;26个基因中有15个已被文献明确报道在乳腺癌组织或细胞中有差异表达。结论应用SSH技术成功建立了乳腺癌差异表达基因cDNA消减文库,为乳腺癌的发病机制研究及寻找潜在的治疗靶点提供了有力的支持。     

Comprehensive therapy of pancreatic cancer by integrative traditional and western medicine

In recent 20 years, there has been an increasing trend in the incidence of pancreatic cancer both at home and abroad. An estimated 31 860 new cases and 31 270 deaths are expected to occur in the United States in 2004 due to this disease, the 4th and 5th leading cause of cancer death for men and women respectively(1).