应用激光捕获显微切割技术纯化的鼻咽癌蛋白质表达谱的建立

目的：建立鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)蛋白质表达谱,为NPC蛋白质组学研究奠定基础。方法：应用激光捕获显微切割（laser capture microdissection,LCM）技术从NPC组织纯化NPC细胞,应用二维凝胶电泳（2-DE）分离LCM 纯化NPC细胞的蛋白质,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)鉴定蛋白质,利用生物信息学资源构建NPC的2-DE蛋白质组数据库。 结果：建立了NPC蛋白质2-DE参考图谱,2-DE图谱共显示（1 312±30）个蛋白质点,共鉴定了427个蛋白质点,包括241个非冗余蛋白质,并构建了NPC的2-DE蛋白质组数据库,这些数据可从本实验室网站(http://www.xyproteomics.org)上进行查询。结论：首次建立了LCM纯化NPC细胞2-DE蛋白质表达谱,为NPC蛋白质组学研究提供了重要的信息和资料。     

激光捕获显微切割技术纯化的肺鳞癌原发灶与 淋巴结转移灶肿瘤细胞的比较蛋白质组学

目的：筛选肺鳞癌淋巴结转移相关的蛋白质。 方法：采用激光捕获显微切割技术(laser capture microdissection,LCM)分别从肺鳞癌原发灶组织和匹配的淋巴结转移灶癌组织中切割纯化鳞癌细胞;应用二维凝胶电泳(two-dimensional electrophoresis,2-DE)分离LCM纯化细胞的蛋白质;图像分析识别差异表达的蛋白质点;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定差异蛋白质点,Western印迹验证差异蛋白Rho-GDIα在LCM纯化的肺鳞癌原发灶肿瘤细胞（lung primary tumor cells, LPTC）和匹配的淋巴结转移灶肿瘤细胞（lymph node metastatic tumor cells, LNMTC）中的表达。结果：建立了LCM纯化的LPTC和匹配的LNMTC的2-DE图谱,质谱鉴定了22个差异蛋白质,与LPTC相比,8个蛋白质在LNMTC中表达明显增高。结论：22个差异蛋白可能与肺鳞癌淋巴结转移有关,为筛选肺鳞癌转移标志物奠定了基础。     

激光捕获显微切割技术纯化的肺鳞癌原发灶与淋巴结转移灶肿瘤细胞的比较蛋白质组学

目的：筛选肺鳞癌淋巴结转移相关的蛋白质。方法：采用激光捕获显微切割技术（lasercapture microdissection,LCM）分别从肺鳞癌原发灶组织和匹配的淋巴结转移灶癌组织中切割纯化鳞癌细胞;应用二维凝胶电泳（two-dimensional electrophoresis,2-DE）分离LCM纯化细胞的蛋白质;图像分析识别差异表达的蛋白质点;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定差异蛋白质点,Western印迹验证差异蛋白Rho-GDIα在LCM纯化的肺鳞癌原发灶肿瘤细胞（lung primary tumor cells,LPTC）和匹配的淋巴结转移灶肿瘤细胞（lymph node metastatic tumor cells,LNMTC）中的表达。结果：建立了LCM纯化的LPTC和匹配的LNMTC的2-DE图谱,质谱鉴定了22个差异蛋白质,与LPTC相比,8个蛋白质在LNMTC中表达明显增高。结论：22个差异蛋白可能与肺鳞癌淋巴结转移有关,为筛选肺鳞癌转移标志物奠定了基础。     

鼻咽癌细胞系5-8F和6-10B的差异蛋白质组学研究

目的:比较不同转移潜能的鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)细胞系5-8F和6-10B细胞蛋白质组的差异,筛选NPC转移相关蛋白质.方法:应用二维凝胶电泳(two-dimensional gel electrophoresis,2-DE)技术分离具有相同遗传背景、不同转移潜能的鼻咽癌细胞系5-8F和6-10B细胞的蛋白质,图像分析识别差异表达蛋白质点,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)鉴定差异表达的蛋白质,Western免疫印迹方法验证部分差异蛋白质在2株细胞中的表达水平.结果:建立了5-8F和6-10B细胞蛋白质的2-DE图谱,识别了65个差异表达的蛋白质点,鉴定了15个非冗余的差异表达蛋白质.Western免疫印迹分析证实了差异蛋白质膜联蛋白A1和14-3-3 protein sigma在5-8F和6-10B细胞中的差异表达水平.结论:15个非冗余的差异表达蛋白质为研究NPC转移机制提供了实验依据.     

特发性间质性肺炎蛋白质组学初步研究

目的应用蛋白质组学的方法筛选出特发性间质性肺炎(IIP)相关蛋白质,为阐明IIP的发病机制和预后提供理论依据。方法收集8例通过小切口开胸肺活检获取的新鲜肺组织及5例远离肺部良性病变的肺组织,提取组织总蛋白,运用固相PH梯度(IPG)双向凝胶电泳(2-DE)技术分离组织总蛋白,图象分析软件识别差异表达的蛋白质点,运用基质辅助电离解析飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)获取肽质量指纹图谱(PMF),检索数据库鉴定差异表达的蛋白质点,明确其生物学功能。结果建立双向电泳图谱,质谱分析鉴定出7个差异表达的蛋白质,分别为热休克蛋白70、膜联蛋白Ⅱ和触珠蛋白等。结论建立了重复性较好的IIP与正常肺组织的双向电泳图谱,并鉴定出一些与IIP发病机制相关的蛋白质,为进一步寻找IIP特异分子标志物和靶向治疗打下坚实的基础。     

正常乳腺与乳腺癌核基质蛋白的双相电泳-飞行时间质谱研究

目的：应用比较蛋白质组学方法分析正常乳腺与乳腺癌组织的差异表达核基质蛋白,为人乳腺癌发病机制及其早期诊断的研究提供理论依据．方法：应用双相电泳（2-DE）每组分离4例乳腺组织核基质蛋白;应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）获得差异蛋白点的肽质量指纹图谱（PMF）;通过Mascot软件查询NCBI数据库鉴定蛋白质．结果：每张图谱约检测到900个蛋白质点,共发现27个差异表达蛋白,选择背景清晰、重复性及分辨率较好、蛋白表达差异明显的点进行质谱分析,结合表观分子质量及等电点,初步鉴定了12种蛋白质．结论：这些差异蛋白质部分有望成为乳腺癌诊断及治疗的分子标志物．     

应用激光捕获显微切割及蛋白质组学技术筛选鼻咽癌间质相关蛋白

目的筛选与鼻咽癌（NPC）发生发展相关的特异性间质蛋白。方法采用激光捕获显微切割技术（LCM）,获取高纯度的NPC间质和正常鼻咽黏膜（NNM）间质,二维凝胶电泳（2-DE）及质谱技术,分离鉴定间质相关蛋白。Western blot及组织芯片免疫组织化学技术,验证差异蛋白S100A9在鼻咽癌间质和正常鼻咽黏膜组织中的表达水平。结果建立了鼻咽癌间质和正常鼻咽间质的2-DE图谱,高通量筛选与肿瘤发生相关的间质蛋白,质谱鉴定得到60个差异蛋白。Western blot及免疫组织化学技术验证结果与蛋白质组学结果一致。结论这些差异表达的蛋白将有助于揭示鼻咽癌细胞和周围间质的关系。对间质蛋白功能的进一步研究,将有助于解析间质在肿瘤发生发展中的作用机制,从间质途径寻找肿瘤治疗的靶标。     

人耐药肺腺癌A549/DDP细胞株的差异蛋白质组学

目的：建立A549与A549/DDP两组细胞株的双向凝胶电泳图谱,识别并鉴定其差异表达的蛋白质,筛选肺腺癌耐药相关蛋白质。方法：收集A549与A549/DDP两组细胞株的总蛋白质,应用二维凝胶电泳（two-dimensional gel electrophoresis,2-DE）进行分离应用,图像分析识别差异表达的蛋白质点,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定差异蛋白质点。使用Western免疫印迹对其中4个蛋白质进行验证。结果：建立了A549与A549/DDP细胞蛋白质的2-DE图谱,识别了40个差异表达的蛋白质点,鉴定了23个差异表达蛋白质。Western免疫印迹证实了差异蛋白质热休克蛋白β1,膜联蛋白A4,丝切蛋白l和波形蛋白在A549与A549/DDP细胞中的差异表达水平。结论：23个差异表达蛋白质为研究肺腺癌耐药机制提供了实验依据。     

RASSF1A表达或缺失的两类早期肺腺癌组织差显蛋白的筛选与鉴定

目的:建立RASSFlA表达或表达缺失的两类不同早期肺腺癌组织蛋白质的双向电泳凝胶图谱.筛选并鉴定存在明显表达差异的蛋白质.方法:采用Western印迹技术,从RASSFlA转录缺失和RASSFIA转录正常的早期肺腺癌标本中筛选出RASSFlA表达和表达沉默的癌组织各5例.提取组织可溶性总蛋白,采用固相pH梯度双向凝胶电泳技术分离总蛋白,建立两类不同早期肺腺癌组织蛋白质的双向电泳凝胶图谱;PDQuest凝胶图像分析软件比较分析,筛选出差异表达的蛋白质点;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱获得相应蛋白质点的肽质量指纹图谱;搜索蛋白质数据库鉴定差异表达的蛋白质.结果:建立了重复性较好的RASSFIA表达或表达缺失的两类不同早期肺腺癌组织蛋白质双向电泳凝胶图谱;筛选出存在明显表达差异的蛋白质点17个,挖取其中的9个进行质谱分析,9个蛋白质点均得到了满意的肽质量指纹图谱;搜索蛋白质数据库鉴定出5种蛋白质,分别是:细胞色素b5(cytochrome b5),60S磷酸核楮体蛋白P2(60S acidic ribosomal protein P2),碳酸酐酶1(carbonic anhydrase-1),5-吡咯啉羧酸还原酶1(pyrroline-5-carboxylate reductase-1)和载脂蛋白A-I前体蛋白(apolipoprorein A-I precursor).结论:成功建立了RASSFlA表达或表达缺失的两类不同早期肺腺癌组织蛋白质的双向电泳凝胶图谱,从中鉴定出5种存在明显表达差异的蛋白质,为进一步研究RASSFIA作用的信号转导途径奠定了初步的基础.     

异体异位发育睾丸组织的蛋白质组图谱构建及差异蛋白分析*

[摘要] 目的 应用蛋白质组学实验方法对在异体异位生长发育的新生小鼠睾丸组织进行差异蛋白分析,从而对睾丸组织体外移植模型用于生精细胞发育研究的可行性提供进一步的理论依据。方法 以新生小鼠睾丸组织为供体,免疫缺陷小鼠为受体进行组织移植,移植8周后收集移植物组织,采用双向凝胶电泳（2-DE）分离移植物组织总蛋白,同时分离8周正常小鼠睾丸组织总蛋白作对比分析,运用ImageMaster 2D Elite 5.0图象分析软件识别移植物组织与正常组织差异表达的蛋白质点,应用基质辅助电离解析飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）获取肽质量指纹图谱（PMF）,检索数据库鉴定差异表达的蛋白质点。结果 正常睾丸组织和移植物组织双向电泳图谱的平均蛋白质点数分别为(1 326±15)个和(1 561±20)个,3次重复实验的蛋白质点位置重复性较好。通过比较两者的双向凝胶电泳图谱,得到表达差异量较大的蛋白质点21个。选取6个仅在正常睾丸组织中有表达的蛋白质点进行质谱和生物信息学分析,鉴定出的6种蛋白质,除血红蛋白α1链（Hba-a1）外,其他5种蛋白均为在小鼠睾丸中有较高表达的蛋白质,包括A激酶锚定蛋白结合的精子蛋白(ASP)、磷脂过氧化氢物谷胱甘肽过氧化物酶(GPX4)、精子蛋白(Sp17)、天门冬酰胺酶样蛋白(ASRGL1)和过氧化物氧化还原因子4(Prdx4)。结论 在本实验中,从异体异位生长发育成熟的新生小鼠睾丸组织中检测到5种在睾丸中特异性高表达蛋白质的缺失,这些蛋白质主要在精子运动、精子顶体形成以及精子的受精等功能中发挥作用。     

人鼻咽癌组织中转录因子相关基因的差异表达分析

目的 用cDNA微阵列膜比较鼻咽癌组织及正常组织的基因表达谱,研究鼻咽癌组织中转录因子相关基因的差异表达,为进一步探讨差异表达基因的调控机制奠定基础.方法 24例鼻咽癌组织总RNA和正常对照总RNA(24例正常鼻咽组织RNA等质量混合)分别经逆转录探针标记与微阵列膜杂交.然后用Pathway4.0软件分析杂交结果,并用RT-PCR反应验证微阵列杂交结果.结果 在1625个鼻咽癌差异表达基因中,共有转录因子相关基因35个,12个基因表达上调,23个基因表达下调.结论 在鼻咽癌组织中,多个转录因子相关基因的表达水平发生了变化,这些转录因子在鼻咽癌组织的基因表达调控中发挥重要作用.     

用原代细胞培养和人全基因表达谱芯片筛选鼻咽癌差异表达基因

目的 利用细胞的原代培养技术及人全基因表达谱芯片技术初步筛选出鼻咽癌差异表达基因,以发现与鼻咽癌发生、发展相关的新的候选基因.方法 分别用1例鼻咽癌细胞株C666及5例鼻咽癌培养出的原代细胞和3例鼻咽正常上皮的原代细胞,进行基因表达谱分析,并以荧光定量PCR及免疫组织化学验证芯片结果.结果 原代培养的鼻咽癌细胞和鼻咽正常上皮细胞通过细胞角蛋白的免疫细胞化学染色、EBER1原位杂交和EBV-DNA荧光定量PCR证实;鼻咽癌原代细胞和鼻咽正常上皮原代细胞的基因表达谱有显著差异;4例以上共同表达的差异基因有493个,包括上调基因264个,下调基因229个.荧光定量PCR及免疫组织化学结果和芯片结果一致.结论 用原代培养细胞及人类全基因组基因芯片构建基因表达谱能够准确、高效地筛选出鼻咽癌相关的差异表达基因,该基因表达谱的建立为研究鼻咽癌分子生物学机制、鼻咽癌的分子分型和分子诊断提供了重要的分子依据.     

鼻咽癌血清比较蛋白质组学研究

目的 采用双向电泳-质谱技术优化肿瘤抗原筛选方法,筛选鼻咽癌肿瘤抗原.方法 鼻咽癌转移组、鼻咽癌未转移组和正常对照组血清先采用高丰度蛋白去除、脱盐预处理等以优化双向电泳,图像分析3组血清图谱寻找差异蛋白质点,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱对差异蛋白质点进行鉴定.结果 通过调整、优化各个阶段的实验条件,实验结果比较稳定,重复性也比较好,分辨率得到一定的提高.图谱比较所得29个差异蛋白质点,成功鉴定了23种蛋白质.与正常组比较,转铁蛋白、锌指蛋白544、甲状腺激素结合蛋白、NM23-H1蛋白和FAD合成酶在两组鼻咽癌患者中低表达,12-脂氧合酶、血清淀粉样蛋白A1前体、细胞色素P450、sICAM-1、组织蛋白酶G和组蛋白赖氨酸特异性脱甲基酶1等在两组鼻咽癌中均高表达.其中12-脂氧合酶、sICAM-1、组织蛋白酶G和组蛋白赖氨酸特异性脱甲基酶1在鼻咽癌转移组中比未转移组中表达增高,而热休克蛋白70则只在鼻咽癌转移组表达.结论 双向电泳-质谱技术可发现鼻咽癌发生发展过程中血清蛋白表达谱质或量的变化,从而为鼻咽癌的早期诊断和治疗奠定基础.     

M2-PK蛋白在宫颈及癌变组织中的差异表达

目的：筛选、验证肿瘤标志物M2 PK在宫颈及癌变组织中的差异表达。 方法：选择永生化的人宫颈粘膜上皮细胞株H8和人宫颈癌细胞株Caski,采用双向凝胶电泳技术通过比较二者的双向电泳图谱筛选明显差异表达的蛋白质,并行MALDI TOF MS质谱鉴定;Western blot法检测差异蛋白质M2 PK在宫颈及癌变组织中的表达。结果：获得H8和Caski细胞的双向电泳图谱;蛋白M2 PK在Caski细胞中的表达量明显高于H8细胞;M2 PK在宫颈的正常组织、癌前病变组织和癌组织中的表达逐渐增加。结论：筛选出H8细胞和Caski细胞间的差异蛋白M2 PK,M2 PK在宫颈及癌变组织中的表达量不同。     

鼻咽癌差异表达miRNAs筛选研究

 【目的】应用miRNAs芯片筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，并寻找差异表达miRNAs调控的靶基因，为进一步研究其在鼻咽癌发病机制中的作用打下基础。【方法】运用miRNAs芯片技术筛选原代培养的鼻咽癌细胞差异表达miRNAs，同时运用miRNAs特异的引物组对差异表达的miRNAs进行荧光定量RTPCR验证。运用靶基因预测软件并结合全基因组表达谱芯片结果预测差异表达miRNAs可能调控的靶基因，并利用westernblot技术检测预测的靶基因在原代培养的鼻咽癌细胞中的表达。【结果】miRNAs芯片结果显示，鼻咽癌中miR-203、miR-503、miR-424、miR-141和miR-148a表达下调，而miR-25、miR-195和miR-15a表达上调，其差异表达均在2倍以上；荧光定量RTPCR结果与miRNAs芯片的结果较符合；其中miR-203的预测靶基因为CCNG1和SPARC，Western blot结果显示，其在原代培养的鼻咽癌细胞亦高表达。【结论】miR-203、miR-503、miR-424、miR-141、miR-148a、miR-25、miR-195、miR-15a在原代培养的鼻咽癌细胞与正常鼻咽上皮细胞中存在差异表达；CCNG1和SPARC可能是miR-203调控的靶基因，可能参与了鼻咽癌的发生发展。     

CR2和MXLIP在低分化鼻咽癌组织中的差异表达

目的 为了解低分化鼻咽癌组织与非癌症组织之间的基因表达差异,进一步找出有明显差异表达的基因作为诊断鼻咽癌新的分子标志.方法 实验通过14 112个点的cDNA基因表达谱芯片,比较20例低分化鼻咽癌组织和15例鼻咽慢性炎症组织之间的表达差异,并通过荧光实时定量PCR对50例鼻咽癌组织进行验证.结果 基因芯片的分析结果显示,9个基因（q〈0.01）至少在17例（85%）鼻咽癌组织中有2倍差异表达,包括8个下调基因（TAOK3,SLC16A2,PRB4,AMY2B,B3GALT4,MSMB,RPS27,CR2）和1个上调基因（MXLIP）.进一步研究表明,选用CR2和MXLIP对50例低分化鼻咽癌组织荧光实时定量PCR分析与3例鼻咽慢性炎症组织进行比较,与芯片实验结果相同,CR2在41例（82%）鼻咽癌组织中下调,MXLIP在42例（84%）鼻咽癌组织中上调.结论 我们认为这两个基因可以作为诊断低分化鼻咽癌新的标志基因.