中国汉族人HIV-1协同受体CXCR4基因编码区新的突变位点研究

目的 对中国汉族人群HIV—1协同受体CXCR4编码区的基因多态性进行研究，为中国的获得性免疫缺陷综合征(AIDS)防治提供依据。方法 CXCR4(cDNA编号AFl47204)编码区用2对引物进行PCR扩增，然后分别测序，测序样本数为48例。用DNAstar分析测序结果，寻找SNP位点。结果 在编码区发现了7个SNP位点，其中3个同义突变(129位C→T、426位C→T，968C→T)，3个有义突变(38位C→T、90位A→T、712位A→C)，1个终止突变(106位C→T使谷氨酸密码子变成终止密码子)。其中38位C→T、90位A→T、712位A→C、106位C→T，基因突变频率为4．2％、4．2％、9、4％和3．1％。结论 在CXCR4编码区找到的7个SNP位点中，4个引起氨基酸改变，1个已有报道，对HIV—1感染和AIDS病程的影响值得研究。     

血管紧张素转换酶2基因多态性与原发性高血压的关系

目的 研究血管紧张素转换酶2（angiotensin I converting enzyme 2，ACE2）丛闪单核苻酸多态性（single nucleotid epolymorphisms，SNP）与华北地区汉族人原发性高血乐的相关忡。方法 对ACE2牲吲的启动子区、5’非编码区、外显子及邻近内禽子和3’非编码区没计引物进行分段扩增，采用直接测序法抉得ACE2基因的SNP，并对所发现的SNP在商血压和正常血压人群中进行病例对照研究，推测ACE2基因在原发性高血压发病中的作用。结果 共检出1个G8790A，位于第3内含子，为G／A多态，基因型分析示高血压组和对照组G与A基因型的分布差异无统计学意义，但在高血压伴心功能不全的患者中A基因型明显升高，与对照组相比差异有统计学意义（P〈0．05）。结论 ACE2基因多态性与华北汉族人原发性高血压合并心功能不全者可能具有一定相关性。     

广东地区汉族人群TLR1 基因多态性的测序研究

目的: 人类Toll样受体1(TLR1)在先天性免疫中起着重要作用。本文将着重研究广东地区汉族正常人群中TLR1 基因功能区的单核苷酸多态性(SNPs)图谱和频率分布。方法: 随机收集50例健康、无亲缘关系的中国广东地区汉族人外周血液,对TLR1 基因的启动子区、5'和3'非翻译区、4个外显子区的序列进行PCR扩增和直接测序,找出多态性位点及其频率分布规律。在此基础上对多态性位点进行Hardy-Weinberg平衡分析、中性进化分析和连锁不平衡分析。结果: 共发现17个SNPs以及2个插入/缺失多态位点,其中2个是首次发现的新多态性位点。位于编码区的新SNP位点+1 378 A/G为非同义突变位点,能导致460位丝氨酸(Ser)残基替换为甘氨酸(Gly)残基,并且这个氨基酸残基的替换处于TLR1胞外区的LRR结构域中,从而有可能影响蛋白的识别功能。另外,频率最高的SNPs是+743 A/G和+1 518 A/G,其次要等位基因频率均达到48%。所有多态性位点均符合Hardy-Weinberg平衡。中性检验显示广东汉族人群 TLR1 基因不符合中性进化假说,很可能是其调控区受到平衡选择作用的原因。连锁不平衡分析显示多态性位点-6 912 C/TA、-6 876 C/T、-6 399 C/T和-6 375 C/T之间,-6 847 A/G和-6 737 A/T之间,以及-5 984 -/CT、-5 531 A/G和-5 490 C/G之间完全连锁。结论: 本研究首次报道了汉族正常人群TLR1 基因的功能性多态性图谱,发现了一些种族特异性的多态性位点及频率分布规律,为今后开展汉族人基因多态性与疾病相关性研究打下一定的基础。     

炎症性肠病的MIF-173位点单核苷酸多态性研究

目的：探讨中国浙江地区汉族人群中巨噬细胞移动抑制因子（MIF）基因单核苷酸多态性（SNP）分布，分析其与炎症性肠病（IBD）的相关性。方法：分别应用四引物突变特异性扩增系统（ARMS）法和限制性片段长度多态性（RFLP）-PCR方法对142名健康个体和99例IBD患者MIF基因-173位点SNP多态性进行分型，并将PCR产物克隆及测序鉴定。结果：MIF基因-173位点检测到3种基因型，其基因型分布皆符合Hardy-Weinberg平衡定律。四引物ARMS法和RFLP-PCR两种方法结果完全一致。统计分析显示，溃疡性结肠炎（UC）患者MIF-173位点CC基因型频率15．5％显著高于正常人中的5．6％（P〈0．05）。MIF-173位点等位基因和基因型频率在IBD患者和正常人群中差异无统计学意义（P〉0．05）。进一步分析发现CC基因型与UC患者的临床特征无关。结论：四引物ARMS是一种准确、快速和经济的SNP测定方法。MIF-173位点CC基因型可能与UC的发生相关。     

TLR4基因多态性在中国人群中的初步研究

目的检测中国人Toll样受体4(Toll—like receptor 4．TLR4)基因调控区和编码区的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，SNPs)．寻找TLR4基因的遗传标记。方法采用直接测序的方法检测基因的5′区、编码区、部分内含子区和3′区，以确定中国人群中TLR4基因SNP的位置和类型，并用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性对重庆汉族样本进行了抽样调查。结果在4．98kb的测序范围内，发现5个新的SNP，3个位于5′区．2个位于3′非翻译区。在重庆地区汉族样本中．两个高频分布SNP的等位基因频率分别是0．266和0．404。结论在TLR4基因新发现的两个高频多态性位点在我国人群中比较常见，可以作为关联分析的遗传标记。     

纤维蛋白原Bβ基因启动区单核苷酸多态性及连锁不平衡分析

目的　探讨纤维蛋白原 B(fibrinogen,FGB)基因启动区 - 14 8C/ T、- 4 5 5 G/ A、- 85 4 G/ A3个位点单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism,SNP)在中国南方汉族人群的分布特征及连锁不平衡关系。方法　应用聚合酶链反应 -限制性片段长度多态性技术结合 DNA测序分析检测 377名中国南方汉族人 FGBβ基因型和等位基因的分布频率 ,群体数理遗传学方法分析 FGBβ 3个基因位点 SNP的遗传平衡吻合度和相互间连锁不平衡关系。结果　 3个 FGBβ SNP位点等位基因频率分布符合 Hardy-Weinberg平衡。检出了 FGBβ3个位点 SNP的共 9种基因型 ,- 14 8CC、CT、TT基因型频率分别为0 .5 97、0 .35 8和 0 .0 4 5 ;- 4 5 5 G/ A SNP各基因型频率与 - 14 8C/ T SNP相同 ;- 85 4 GG、GA、AA基因型频率分别为 0 .82 0、0 .178和 0 .0 0 2。各 SNP位点的少见型等位基因频率分别是 0 .2 2 4 (- 14 8T)、0 .2 2 4 (-4 5 5 A)、0 .0 92 (- 85 4 A) ;常见型等位基因频率分别为 0 .776 (- 14 8C)、0 .776 (- 4 5 5 G)、0 .90 8(- 85 4 G)。男女性别间各基因型和等位基因分布频率差异无显著性 (P>0 .0 5 )。经连锁不平衡检验 ,- 14 8C与 - 4 5 5 GSNP为完全一致型 ,- 85 4 G/ A与 - 14 8C/ T、- 4 5 5 G/ A为随机分布。结     

变性高效液相色谱法检测中国汉族人SCN1A外显子16T1067A基因多态性

目的 建立检测SCN1A外显子16 T1067A单核苷酸多态性(SNP)的变性高效液相色谱(DHPLC)方法,并检测中国汉族人SCN1A外显子16 T1067A基因多态性.方法 设计针对SCN1A编码区引物,应用DHPLC技术检测其序列多态性,并检测127例中国汉族人SCN1A外显子16 T1067A基凶多态性.结果 127例汉族人中,SCNIA T1067A AA、AG、GG表型频率分别为0.8031、0.1969、0,SCNIA T1067A A、SCN1A T1067A G基因频率分别为0.9016、0.0984.结论 DHPLC简便、快速、准确.适合于大规模的人群调查.SCN1A外显子16 T1067A基因多态性在不同种族间分布存在着明显的差异.     

广东汉族人群TLR2基因的多态性研究

目的:人类Toll样受体2(TLR2)是先天免疫系统中一个重要的病原微生物识别受体。本研究将建立广东汉族人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,为下一步疾病相关性研究打下基础。方法:收集200例健康、无亲缘关系的中国广东汉族人外周血液,随机抽取其中24例样品,对TLR2基因的启动子区、3个外显子以及它们周围的部分内含子序列进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和直接测序,找出多态性位点,对剩余176例样品分别用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-SSP)及PCR技术对发现的单核苷酸多态性(SNPs)和插入/缺失(INDEL)多态性位点进行基因分型,分型结果进行Hardy-W e inberg平衡分析、中性进化分析以及连锁不平衡分析。结果:发现5个SNPs位点,其中2个位于启动子区的SNPs是首次发现,位于编码区的3个SNPs位点均为同义突变,频率最高的SNP是rs3804099,其次要等位基因频率为26.3%;在第1外显子区发现1个长度为22bp的INDEL多态位点(-196到-174),其缺失等位基因所占的频率为31.8%。所有多态性位点均符合Hardy-W e inberg平衡。中性检验显示广东汉族人群TLR2基因符合中性进化假说。连锁不平衡分析显示位于调控区的-18945 C/T和-18883 C/G 2位点之间完全连锁,而位于编码区的rs3804099和rs3804100两位点之间紧密连锁。结论:本研究首次建立了汉族正常人群TLR2基因座位的功能性多态性图谱,并研究了其分布频率,发现了一些种族特异性的多态性位点,为今后开展汉族人基因多态性与疾病相关性研究以及人群进化研究提供了重要资料。     

安徽省汉族SLE患者和正常人RANTES单核苷酸多态性及CCR5基因多态性的比较

目的　探讨中国汉族系统性红斑狼疮 (SLE)患者和正常人群RANTES单核苷酸多态性(SNP)及其受体CCR5多态性。方法　收集 14 6例确诊的SLE患者和 15 9名正常对照。通过PCR RFLP方法检测研究对象RANTES启动区SNP及其受体CCR5△ 32突变频率。结果　病例组RANTES 4 0 3位点G G、G A、A A基因型频率分别为 76 .71%、2 1.92 %、1.37% ;对照组分别为 6 7.30 %、2 9.5 6 %和3.14 % ,两组间基因型分布差异无显著性 (P >0 .0 5 )。两组突变等位基因 4 0 3A频率分别为 12 .3%、17.9% (P >0 .0 5 )。病例组RANTES 2 8位点C C、C G、G G基因型频率分别为 93.15 %、6 .85 %、0 ;对照组分别为 86 .79%、12 .5 8%和 0 .6 3% (P >0 .0 5 )。两组突变等位基因 2 8G频率分别为 3.4 %、6 .9% (P>0 .0 5 )。病例组和对照组突变等位基因CCR5△ 32频率分别为 0、0 .3% (P >0 .0 5 )。中国汉族人群RANTES突变基因型 4 0 3A A低于北美黑人和西非黑人 (P <0 .0 5 ) ,与北美高加索、北美西班牙人和北美亚洲人一致。RANTES 2 8位点基因型分布与北美亚洲人一致 ,但与北美高加索、北美西班牙人、北美黑人和西非黑人相差较大 (P <0 .0 5 )。结论　本次研究发现RANTES 4 0 3位点和 2 8位点单核苷酸多态性与SLE发病没有直接的关系。CCR5△ 32     

β2—肾上腺素能受体基因单核苷酸多态性及在汉族人群中的分布

目的 研究中国人β2－肾上腺素能受体（beta2-adrenoceptor,β2－AR）基因单核苷酸多态性（single nucleotide Polymorphism.SNP),并观察这些SNPs在汉族人群中的多态性分布。方法 应用荧光标记自动测序法测定来自安徽大别山地区80名非亲缘关系人群β2－AR基因序列,确定单核酸多态位点及基因型。结果 在3．8kb长度范围内共发现8个SNPs,其中5个位于编码区,平均274bp出现一个SNP,3个位于调控区,平均721bp出现一个SNP,与国外报告相比－468－G,－367T－C,4．－47C－T,－20T－C,＋79C→G,＋100G→A, 491C→T, 1098T→C未在研究人群中检测到,各SNPs等位基因频率在人群中的分布符合Hardy-Weinberg平衡,结论 β2－AR基因SNPs呈不均匀分布,且具有很大的种族差异,其等位基因频率在人群中分布符合Hardy=-Weinberg 平衡。     

Sequence variations in the mu-opioid receptor gene (OPRM1) associated with human addiction to heroin

Human mu-opioid receptor (OPRM1) is the major site for the analgesic action of most opioid drugs such as morphine, methadone and heroin. It was previously reported that a single nucleotide polymorphism (SNP) in exon1 (c.118A-->G) of OPRM1 might modestly alter the affinity in beta-endorphin-Mu interaction. Using denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC) the complete coding region of the OPRM1 gene was screened for SNPs in Han-Chinese heroin addicts and normal control. Three novel SNPs were detected, one in exon3, one in intron3 and one in the 3' untranslated region. The SNP c.118A-->G reportedly altered the interaction of Mu receptor with opioid had no statistically significant correlation with heroin addition in Han Chinese. However, addicted subjects with the SNP in intron2 (IVS2 +31G-->A) tended to show much higher heroin intake dosages than those without this SNP. We also observed that individuals carrying both SNP c.118A-->G and IVS2 +31G-->A consumed relatively more drugs compared to other addicts. Thus our study further highlights the importance of studing the various regions of the mu opioid receptor gene, coding as well as non-coding, for genetic markers that may be linked to, or directly contribute to opioid drug-seeking behavior.     

应用复合诱导突变分离PCR法检测mtDNA的单核苷酸多态性

目的应用复合诱导突变分离PCR(multiplexed mutagenically separated PCR,MS-PCR)技术、银染分型,建立线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)编码区单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)分型系统,探讨其应用价值。并调查了成都汉族群体mtDNA编码区4个SNP基因座等位基因频率和单倍型分布情况。方法根据SNP基因座(C12705T、A8701G、G8584A、C10400T)设计两条片段相差4个碱基的等位基因特异性引物和一条公共引物,4个SNP基因座复合扩增,PCR产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染显带后确定样本的基因型。结果不同SNP基因座为长度不同的单一谱带,其分型结果与直接测序一致。在成都汉族160名无关个体中,4个SNP基因座C12705T、A8701G、G8584A、C10400T等位基因频率分别为0.3813/0.6187、0.4813/0·5187、0.8250/0.1750、0.4938/0.5062;共检出6种单倍型,单倍型的基因多样性为0.7137。结论建立的MMS-PCR银染分型系统是一种简单、快速、准确、有效的SNP分型方法,对建立mtDNA编码区SNP数据库,研究群体遗传学、进化学和进行法医学个人识别和亲子鉴定有重要意义。     

海南汉族、黎族人葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症的基因突变型分析及一种新的G6PD基因突变型的鉴定

目的 阐明海南汉族、黎族人群中葡萄糖－6－磷酸脱氢酶缺乏症的分子基础。方法 用聚合酶链反应、限制性内切酶消化筛查了1388G→A、1360C→T、1024C→T、517T→C、493A→G、487G→A、392G→T和95A→G突变。用单链构象多态性分析筛查其它突变;用核苷酸顺序分析鉴定具有SSCP异常区带样品的突变;。结果 在59例汉族G6PD缺乏症患者中,发现1388G→A14例（23．7％）、871G→A3例（5．1％）、835A→T1例（1．7％）517T→C1例（1．7％）、392G→T3例（5．1％）95A→G4例（6．8％）;在32例黎族G6PD缺乏症患者中,发现1388G→A6例（18．8％）、871G→A3例（9．4％）和95A→G2例（6．3％）;在1例汉族患者中发现了一种新的G6PD基因突变－835A→G突变,此突变导致第279位的苏氨酸被丙氨酸取代,将此突变型命名为G6PD－海口,其酶活性约是正常的10％,此835A→T突变的活性低,后者的酶活性约是正常的40％。分析人G6PD的三维结构模型表明,第279位苏氨酸残基的羟基是维持G6PD亚基相互作用的基团。结论 海南汉族、黎族人群中具有共同的常见G6PD基因突变型;与中国其它地区人群的G6PD基因突变谱比较,结果表明某些G6PD基因突变广泛分布于中国南方不同地区人群中;G6PD第279位苏氨酸残基的可能是维持G6PD亚基相互作用及酶活性的必需基团。     

Single nucleotide polymorphisms in MHC2TA, the gene encoding the MHC class II transactivator (CIITA)

The MHC class II transactivator (CIITA) is the master regulator for HLA-D (DP, DQ, DR) gene expression. In this report the coding and promoter regions of the CIITA gene, MHC2TA, were evaluated for polymorphisms in 50 normal Caucasian individuals. Allele frequencies were obtained for four separate single nucleotide (nt) polymorphisms (SNPs) identified in the MHC2TA coding region: nt 1614 (C-->G), nt 2509 (G-->A), nt 2536 (T-->G), and nt 2791 (G-->A). MHC2TA sequence analysis of 100 chromosomes from these 50 individuals revealed a SNP in MHC2TA promoter (p) III at nt (-)155 (A-->G), but none in CIITA pI or pIV. In addition, we demonstrate the presence of splice variant at a previously undiscovered intron, accounting for a three nt (TAG) insertion at position 474 that was originally described in association with one of the disease-causing CIITA cDNA mutations in bare lymphocyte syndrome.     

中国人膜联蛋白A1基因单核苷酸多态性及其与2型糖尿病的相关性

目的　筛查上海地区汉族人群中膜联蛋白 A1(annexin A1,ANXA1)基因的单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphisms,SNPs) ,并通过关联分析研究其与 2型糖尿病的相关性。方法　选取2 4例 2型糖尿病患者的 DNA样本 ,采用直接测序法对 ANXA1基因的启动子区、全部外显子及其临近内含子区作 SNPs筛查 ,并在其余的 171例 2型糖尿病和 189名正常对照间作进一步的基因分型。结果ANXA1基因测序长度 6 798bp,共检出 7个 SNPs,其中启动子区 2个 (- 7974 C>T,- 70 4 0 G>T) ,内含子区 3个 ( 90 5 9A>G, 92 0 4 C>T, 10 4 86 A>G) ,5′-非翻译区 1个 (- 6 6 14 A>G) ,编码区 1个( 1784 A>G)。进一步的基因分型后显示这些 SNPs的等位基因频率在 2型糖尿病和正常对照组之间差异无显著性 (P>0 .0 5 )。结论　ANXA1基因多态性与上海地区汉族人群中 2型糖尿病无显著相关性。     

Evidence for association between novel polymorphisms in the PRODH gene and schizophrenia in a Chinese population.

Haploinsufficiency for or mutation in at least one gene from the velocardiofacial syndrome (VCFS) region at chromosome 22q11 is implicated in psychosis. Linkage disequilibrium mapping of the region in patients identified a segment containing two genes, proline dehydrogenase (PRODH) and DGCR6, as candidates [Liu et al., 2002a] and by analysis of additional polymorphisms the PRODH gene was associated with schizophrenia in adult and early onset patients. In the present study we provide additional evidence in support of genetic association between PRODH and schizophrenia in a Chinese population. We analyzed the PRODH gene in a samples of schizophrenic patients and their families from Sichuan, SW China consisting of 528 family trios and sibling pairs. We genotyped six SNPs, PRODH*1195C-->T, PRODH*1482C-->T, PRODH*1483A-->G, PRODH*1766A-->G, PRODH*1852G-->A PRODH*1945T-->C, two of which (PRODH*1483A-->G and PRODH*1852G-->A) have not been previously reported. We found association with schizophrenia for two haplotypes consisting of PRODH*1945T-->C and PRODH*1852G-->A (Global P = 0.006), and PRODH*1852G-->A and PRODH*1766A-->G (Global P = 0.01) which include one of the newly identified markers. After six-fold Bonferroni correction for multiple testing the PRODH*1945T-C/PRODH*1852G-A haplotypes remained significant. This is a sub-haplotype of the PRODH haplotype previously associated with schizophrenia and it also maps to the 3' region of the gene, indicating that this is the region most likely to contain the underlying risk alleles. Overall this finding supports a role for the PRODH locus in schizophrenia.     

中国人早发性糖尿病GCK基因突变的筛查

目的了解葡萄糖激酶（glucokinase）基因GCK突变和序列变异在中国人早发性糖尿病人群中的发生情况。方法应用直接测序方法对174名无亲缘关系中国人（其中80名为非糖尿病对照组，94例为早发性糖尿病家系先证者）进行GCK基因启动子区、10个外显子及其侧翼内含子区筛查。结果未在编码区发现突变，但发现几种先前已经报道的序列变异：外显子1a的5’非翻译区，位于翻译起始点上游84bp处GGCGG→GGGGG（糖尿病组G等位基因频率0．106比对照组0．075，P=0．355）；IVS1b＋12（A→T）（糖尿病组T等位基因频率0．005而在对照组未发现该变异）；IVS5＋29（G→T）（糖尿病组T等位基因频率0．027比对照组0．019，P=0．731）；IVS9＋8（T→C）（糖尿病组C等位基因频率0．585比对照组0．694，P=0．044）。此外，还发现1个未被报道的新的序列变异IVS9＋49（G→A）（糖尿病组A等位基因频率0．011比对照组0．006，P=1．000）。未发现外显子1a的5’非翻译区，-84bp处（C→G）、IVS 5＋29（G→T）、IVS9＋8（T→C）和IVS9＋49（G→A）变异与血糖、胰岛素、C-肽及空腹血脂谱等临床变量相关。结论GCK基因突变不是中国人早发性糖尿病发病的主要原因。     

广东客家人 G6PD基因突变型研究

目的　研究广东客家人葡萄糖 - 6 -磷酸脱氢酶缺乏症 (glucose- 6 - phosphate dehydrogenase,G6 PD)遗传多样性。方法　应用突变特异性扩增系统法 ,聚合酶链反应 -单链构象多态性并结合 DNA测序技术 ,确定客家人 G6 PD基因突变型的类型及频率。结果　在客家人中发现 G6 PD c DNA1388(G→ A)、1376 (G→ T)、95 (A→ G)、392 (G→ T)、10 2 4 (C→ T)及 1311(C→ T)复合 11内含子 93位 (T→ C)的突变。结论　 G6 PD基因 c DNA1388(G→A)、1376 (G→T)、95 (A→ G)、392 (G→ T)、10 2 4 (C→ T)、1311(C→T)复合 11内含子 93位 (T→C)突变是共同存在于中国人群中的 G6 PD基因突变型。c DNA1388(G→A)、c DNA 1376 (G→ T)是客家人群中最常见的 G6 PD基因突变型。在广东客家人群中未发现新的 G6 PD基因突变型。