南海稀有放线菌的分离及其卤化酶基因分析

目的 探究中国南海沉积物中放线菌的多样性并从中发现合成药物先导化合物的新菌源.方法 采用6种选择性培养基分离24份来自南海沉积物样品中含有的放线菌.挑选不同培养特征的放线菌进行初步分类鉴别、16S rRNA基因序列系统进化分析及基于PCR的卤化酶基因筛选.结果 共分离到900株放线菌,挑选的210株放线菌分别属于放线菌9个科,13个属,210株菌中有38株含有卤化酶的生物合成基因片段.结论 海洋环境蕴含丰富的放线菌资源并具有产生天然的有活性卤化物的潜能.     

海南三亚红树林放线菌多样性及抗菌活性

目的 研究海南三亚红树林底泥样品中放线菌的多样性及抗菌活性,以期发现可以产生新颖活性物质的药用放线菌资源。方法 采用11种分离培养基以稀释涂布法对样品中的放线菌进行选择性分离;对分离菌株的16S rRNA基因序列进行扩增、比对,开展多样性分析;放线菌发酵液经乙酸乙酯萃取,采用纸片法对粗提物进行抗菌活性筛选;同时对放线菌的生物合成基因NRPS、PKS I和PKS II进行筛选。结果 共分离到149株放线菌,它们分布于6个目12个科16个属,其中小单孢菌属为优势菌属;菌株MG16072的16S rRNA基因序列与最近有效菌株Actinomadura hallensis H647-1T的相似率为97.94%,为潜在Actinomadura属新种;抗菌活性检测结果显示,有20株放线菌至少对1株检定菌具有抗菌活性;NRPS、PKS I、PKS II基因筛选结果显示,有82株放线菌至少含有1种生物合成基因。结论 海南三亚红树林含有丰富的药用放线菌资源,具有从中发现新颖活性物质的潜力。     

库姆塔格沙漠可培养放线菌多样性及抑菌潜力评估

沙漠土壤蕴藏丰富的放线菌资源,尤其是稀有放线菌类群,是挖掘新放线菌资源的理想生境。本研究开展库姆塔格沙漠可培养放线菌抑菌活性筛选,以期为该地区放线菌资源开发和利用提供菌株资源。根据分离菌株的16S rRNA基因序列分析放线菌多样性;从库姆塔格沙漠4份土样中分离纯化到370株放线菌,分布于11个目12个科的22个属,其中链霉菌属和糖丝菌属为优势菌属,分别占分离放线菌菌株的63%和13.8%。对14株放线菌潜在新种(16S rRNA基因序列相似性低于98.65%)进行高氏一号、ISP2、TSB培养基液体发酵,获得提取浓缩物样品进行抑菌活性筛选,发现11株潜在新种的发酵产物有广谱抗菌活性。本研究表明,库姆塔格沙漠中含有丰富的放线菌资源,具有从中发现放线菌新菌种和抗生素的潜力。     

塔克拉玛干沙漠南麓土壤放线菌资源勘探及抗菌活性筛选

目的探测塔克拉玛干沙漠南麓放线菌多样性及抗菌活性,以期发现新药用微生物资源,为新抗生素发现奠定基础。方法采用10种分离培养基,以稀释涂布法分离放线菌;采用16S rRNA基因序列分析放线菌多样性;放线菌液体发酵,发酵液乙酸乙酯萃取,菌丝体丙酮浸提;对获得的提取浓缩物,采用纸片扩散法进行抗菌活性筛选。结果从17份土壤样品,共纯化到368株放线菌;其中166株经过16S rRNA序列分析的放线菌分布于16个科的24个属,链霉菌属和拟诺卡菌属为优势菌属;菌株SC8A-24的16Sr RNA基因序列与最近有效菌株Nocardioides salaries CL-Z59T(DQ401092)的相似率为96.41%,为潜在的新种;发酵96株放线菌,其中62株在至少一个抗菌活性筛选中显示为阳性,总阳性率为64.58%。结论塔克拉玛干沙漠南麓土壤中存在较为丰富的药用放线菌资源,具有从中发现放线菌新物种及新结构抗生素的潜力。     

广西茅尾海红树林根围淤泥放线菌多样性及抗菌活性

目的 对广西茅尾海红树林保护区植物根部淤泥中的放线菌进行分离鉴别,研究放线菌的多样性和抗菌活性。方法 选用10种分离培养基,经稀释涂布法分离放线菌;通过PCR扩增,测序后获得菌株16S rRNA基因序列;邻接法构建系统发育树并进行同源性分析,探测放线菌的多样性;针对发酵液经乙酸乙酯萃取后的有机相、水相及菌丝丙酮浸泡液共3类样品,采用纸片扩散法开展抗菌活性研究。结果 从8份红树林植物根围淤泥样品中分离纯化得到244株放线菌,分布于5个目13个科29个属,优势菌属为链霉菌属和小单孢菌属;16S rRNA基因序列相似性低于98.65%的放线菌共有4株,可能为潜在新物种;抗菌活性筛选结果表明,83株放线菌的抗菌活性阳性率达71.1%。结论 广西茅尾海红树林保护区植物根围淤泥中抗菌活性放线菌的多样性丰富。     

广西北仑河口红树林植物根际淤泥放线菌的分离、鉴定、多样性及抗菌活性研究

从红树林根际淤泥中分离鉴定放线菌并进行多样性分析及抗菌活性研究,为新抗生素的发现提供药用放线菌资源。方法 用6种分离培养基,利用涂布平板法分离放线菌;通过PCR扩增获得菌株16S rRNA基因并进行同源性比对,分析放线菌多样性;发酵液经处理分别形成发酵液酯相、发酵液水相和菌丝丙酮浸提液3类样品;纸片扩散法进行抗菌活性测试。结果 从5份红树林植物根际淤泥样品中分离纯化得到56株放线菌,分布于7个目7个科12个属,优势菌属为小单孢菌属和红球菌属;菌株L9T122、L1T1Jb1的16S rRNA基因序列与有效发表菌株Agromyces bracchium IFO 16238T(AB023359)、Streptomyces radiopugnans R97T(DQ912930)的相似率最高,分别为97.49%和97.07%,为潜在壤霉菌属和链霉菌属新种;抗菌活性检测结果表明,在20株放线菌中,15株具有抗菌活性,总阳性率为75.00%。其中L2T1Gb21、L9T122对金黄色葡萄球菌和铜绿假单胞菌均有较强的抑菌作用。结论 广西北仑河口红树林植物根际土壤中含有较为丰富的放线菌资源,菌株L2T1Gb21、L9T122有较强的抗菌活性,具有开发抗菌新药的潜力。     

锡林郭勒盟高原盐湖放线菌资源勘探及抗菌活性筛选

摘要：目的 探究锡林郭勒盟高原盐湖放线菌的多样性、新颖性及抗菌活性,为新型抗菌活性产物的发掘储备菌种资源。方 法 采用20种分离培养基,以平板涂布法分离放线菌;依据16S rRNA基因的同源性对菌株进行分子鉴定;PCR检测代表菌株的I型聚 酮合酶(PKS I)、II型聚酮合酶(PKS II)和非核糖体多肽合成酶(NRPS)功能基因;菌株的发酵液上清和菌体分别经乙酸乙酯和丙酮提取, 提取样品经纸片扩散法进行抗菌活性检测。目标菌株合成次级代谢产物的能力通过antiSMASH对基因组序列进行分析预测。结果 从 7份盐湖土壤样品中分离获得了365株放线菌,其分布于放线菌纲的8个目15个科28个属,优势菌属为链霉菌属和拟诺卡菌属。分离获 得的链霉菌新颖性突出,13株链霉菌与近缘菌株16S rRNA基因的最高相似度≤98.0%,推测其归属于10个链霉菌属新种。受试放线菌 对革兰阳性菌的抗菌活性显著,并从中筛选出3株抗菌作用强且抗菌谱较广的链霉菌;20株受试放线菌同时含有3种抗生素生物合成基 因。菌株XMNu-295基因组含有24个潜在的次级代谢产物生物合成基因簇,以聚酮类、非核糖体多肽类和萜烯类等为主。结论 锡林 郭勒盟高原盐湖中可培养放线菌多样性较为丰富,新颖性突出,目标菌株值得进一步开展次级代谢产物的化学研究。     

广西沿海红树林土壤放线菌多样性、新颖性及抗菌活性研究

摘要：目的 研究广西3个主要红树林生态区土壤放线菌资源的多样性和新颖性,为研发微生物药物提供菌种资源储备。 方法 从广西茅尾海、北仑河口、山口红树林自然保护区采集27份土壤样品;采用稀释涂布法和8种分离培养基进行放线菌的 分离纯化;菌株纯化后,采用Chelex-100法提取基因组DNA;通过PCR扩增和测序,获得菌株16S rRNA基因序列,并提交到 EzBioCloud数据库中进行相似性搜索比对;构建基于16S rRNA基因序列的系统进化树,进行多样性和新颖性分析;潜在放线 菌新种经发酵离心后,上清液用乙酸乙酯萃取、浓缩,采用纸片扩散法进行抗菌活性检测。结果 分离出菌株246株,其中放 线菌181株,分布于6个目12个科19个属,菌株M2SK6-2、M2SK3-10、M5SK3-12和M1QZ16-11分别与最近有效种Streptomyces avicenniae DSM 41943T、Rhodococcus olei JCM 32205T、Agromyces kandeliae Q22T和Humibacillus xanthopallidus KV-663T的16S rRNA基因序列相似性最高,相似率分别为97.4%、97.7%、98.4%和98.4%,为潜在新种;4株潜在放线菌新种中,菌株M2SK6-2 对多种革兰阳性菌具有较强的抗菌活性。结论 广西沿海红树林放线菌资源丰富多样,新颖性高,具有从中发现放线菌新物种 和新次级代谢产物的潜力,值得深入研究。     

角果木树皮来源放线菌多样性及生物活性初探

摘要：勘探红树植物角果木树皮来源放线菌多样性,挖掘具有高效广谱抗农用真菌、高产多种功能酶和一定耐药性的放线 菌,为开发农用生防菌肥提供参考依据。应用可培养技术和16S rRNA基因序列的系统发育分析研究红树植物角果木中可培养放 线菌的多样性,并对其进行抑制植物病原菌、功能酶活性及其基因组DNA的聚酮合酶(PKS)基因与非核糖体肽合成酶(NRPS)基 因筛选;同时对抑菌活性菌株开展有机磷农药耐受试验。结果表明,从角果木树皮中共分离到30种放线菌,隶属于10科12属; 从中筛选出10株放线菌在至少1个抗菌活性检测中显示阳性,且对多种有机磷农药均表现出一定的耐受性;此外,其中24株放 线菌具有至少一种功能酶活性,及18株放线菌的基因组DNA扩增出抗生素生物合成基因。综上所述,海南东寨港红树林保护区 内红树植物角果木树皮来源放线菌具有丰富的物种多样性和多种显著的生物活性。     

罗布泊地区沙生植物根际放线菌多样性及生物活性的研究

目的研究罗布泊地区沙生植物根际放线菌多样性及其生物活性,以期发现新药用微生物资源。方法采用2种分离方法,6种分离培养基,从两种沙生植物24份根际土样中分离放线菌;对其中131株放线菌发酵液及乙酸乙酯提取液采用抗菌、杀线虫模型进行活性筛选,并根据活性测定结果结合菌株形态特征对其中66株进行16S rRNA基因序列分析。结果共分离到放线菌154株,53株在其中一个或两个活性筛选模型中都显示为阳性,总阳性率为40.46%,16S rRNA基因序列分析表明这66株放线菌分布在12个属,除了优势菌链霉菌(Streptomyces)外,还发现了拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis),拟无枝酸菌属(Amycolatopsis),疣孢菌属(Verrucosispore),喜冷杆菌属(Cryobacterium),异壁放线菌属(Actinoalloteichus),假诺卡氏菌属(Pseudonocardia),普氏菌属(Prauserella),链单孢菌属(Streptomonospora),贫养杆菌属(Modestobacter),放线产孢菌属(Actinomycetospora),芽生球菌属(Blastococcus)等稀有放线菌属,菌株CA15-2与GenBank数据库中最近种Nocardiopsis nikkonensis YU1183-22T(GenBank登录号:AB491226)的相似性约为94%,可能为潜在的新属或新种。结论罗布泊地区沙生植物根际存在较为丰富的放线菌资源并能产生多种活性次级代谢产物,值得进一步的研究。     

Streptomyces sp. 1S1 isolated from Southern coast of the Red Sea as a renewable natural resource of several bioactive compounds

Red Sea represents one of the most remarkable marine ecosystems. However, it is also one of the world's least explored areas of marine biodiversity. The aims of this investigation were therefore, to isolate marine microorganisms from the seashore sediments and water in shallow region from west Yemen coast, to assess their antimicrobial potential, to identify the highly active isolate, and to purify and identify the bioactive compounds from it. In this regard, twenty-five bacterial strains have been isolated from twenty samples and tested for their antimicrobial ability against some pathogenic bacteria and yeast by using the agar disk diffusion and agar well diffusion assay. Out of the total 25 marine actinomycetes isolates only 13 exhibited interesting antimicrobial activity. The morphological, biochemical, and phylogenetic characteristics of the potential isolate 1S1 were compatible with their classification in the genus Streptomyces. The 16S rRNA gene sequences have shown that the isolate 1S1 clustered with Streptomyces longisporoflavus. The strain Streptomyces sp. 1S1 was cultivated and extracted with ethyl acetate. The GC–MS study of the extract indicated the presence of certain fatty acyl compounds e.g., tetradecanoic acid, 9-octadecenoic acid, hexadecanoic acid, and 9,12,15-octadecatrienoic acid. Using chromatographic techniques, three compounds were isolated and by spectroscopic methods e.g., IR, MS and NMR structurally elucidated. The three compounds were identified as a triacylglyceride, 9-octadecenoic acid, and hexadecanoic acid. The study reinforces the evidence of the potential of Streptomyces sp and the ability to produce several antimicrobial compounds.     

Taxonomic and ecological studies of actinomycetes from Vietnam: isolation and genus-level diversity

Actinomycetes were isolated from 109 soil and 93 leaf-litter samples collected at five sites in Vietnam between 2005 and 2008 using the rehydration-centrifugation (RC) method, sodium dodecyl sulfate-yeast extract dilution method, dry-heating method and oil-separation method in conjunction with humic acid-vitamin agar as an isolation medium. A total of 1882 strains were identified as Vietnamese (VN)-actinomycetes including 1080 (57%) streptomycetes (the genus Streptomyces isolates) and 802 (43%) non-streptomycetes. The 16S ribosomal RNA gene sequences of the VN-actinomycetes were analyzed using BLAST searches. The results showed that these isolates belonged to 53 genera distributed among 21 families. Approximately 90% of these strains were members of three families: Streptomycetaceae (1087 strains, 58%); Micromonosporaceae (516 strains, 27%); and Streptosporangiaceae (89 strains, 5%). Motile actinomycetes of the genera Actinoplanes, Kineosporia and Cryptosporangium, which have quite common morphological characteristics, were frequently isolated from leaf-litter samples using the RC method. It is possible that these three genera acquired common properties during a process of convergent evolution. By contrast, strains belonging to the suborder Streptosporangineae were exclusively isolated from soils. A comparison of the sampling sites revealed no significant difference in taxonomic diversity between these sites. Among the non-streptomycetes, 156 strains (19%) were considered as new taxa distributed into 21 genera belonging to 12 families. Interestingly, the isolation of actinomycetes from leaf-litter samples using the RC method proved to be the most efficient way to isolate new actinomycetes in Vietnam, especially the Micromonosporaceae species.     

南极普里兹湾海绵共附生放线菌的分离及其次级代谢潜力评估

【目的】通过研究了解南极海域海绵共附生放线菌的多样性以及活性次级代谢产物的合成潜力。【方法】采用11种分离培养基对南极海绵进行放线菌的分离培养,对分离到的菌株进行抗菌及微藻克生活性的筛选,对活性菌株的进行基于聚酮合酶、非核糖体肽合成酶和卤化酶的基因筛选。【结果】共分离得到59株海绵共附生放线菌,分布于9个属中,以链霉菌最多。21株具有较好的抗菌活性;6株菌表现出明显的赤潮微藻克生活性;有7株活性菌株至少含2种关键的功能基因,菌株OAct311和408同时含有4种功能基因。【结论】研究结果揭示了南极海绵共附生放线菌物蕴含丰富的放线菌资源并且有较高的合成活性次级代谢物的潜力,具有深一步研究的价值。