东莞地区诺如病毒ORF2基因克隆与进化树分析

目的探讨东莞地区婴幼儿感染的诺如病毒ORF2基因序列特性,分析东莞地区诺如病毒的基因型。方法收集2004年和2009年东莞地区婴幼儿腹泻标本66份,参考诺如病毒Farmington Hills株(AY502023)基因组序列,自行设计了引物两段扩增ORF2基因的引物,短片段作为检测标本的片段,分段扩增病毒ORF2全长基因,PCR产物克隆于T载体上,序列测定,用ClustalW/X和MEGA5.0等软件进行序列特性分析和基因型分析。结果获得了3株ORF2全长基因,全长为1623bp,ORF2编码主要结构蛋白衣壳蛋白(VP1),VP1蛋白有两个主要区域:P区(protruding)和S区(shell);将病毒株NVdgsl0902、NVdgsl0910的P2区与诺如病毒GⅡ-4基因型中a、b、c、d、e、f 6个亚型的P2区氨苷酸序列进行同源性比较,同源性为86.0%～91.0%,而与2006b新变株为97.0%,病毒株NVdgsl0412的P2区与诺如病毒GⅡ-4基因型中a、b、c、d、f5个亚型的P2区氨苷酸序列进行同源性比较,同源性为88.0%～93.0%,与e亚型的同源性为98.1%。结论 NVdgsl0412属于GⅡ-4e型,NVdgsl0902、NVdgsl0910属于GⅡ-4f亚型的2006b新变异株,2004年与2009年东莞地区的诺如病毒流行株发生了变异,目前是以2006b新变异株作为主要的流行株。     

长沙市GI.6[P11]重组型诺如病毒引起的暴发疫情全基因组序列特征分析

目的 对长沙市2017年5月一起诺如病毒暴发疫情中的病毒基因型别进行鉴定,并对病毒全基因组序列特征进行分析。 方法 采集疫情中4份病例粪便标本和2份饮用井水标本,提取病毒核酸后实时荧光逆转录聚合酶链反应进行诺如病毒GI和GII型检测,逆转录聚合酶链反应扩增病毒开放阅读框(open reading frame,ORF),测定ORF1与ORF2连接区域序列并进行基因型别鉴定,应用二代测序技术对阳性标本进行全基因组序列测定和分析。 结果 采集的6份标本中有2份病例标本和1份井水标本诺如病毒GI型阳性,基于核酸序列的进化树分析发现ORF1区域序列位于GI.P11型别分支,ORF2区域序列位于GI.6型别分支。3份阳性标本毒株序列之间的同源性为99.8%~100.0%。全基因组序列毒株编号为Hu/CSNV0501/2017,基因组编码区全长为7 602 bp。Simplot软件分析重组位点位于ORF1区域序列约5 341 bp。 结论 本次疫情的传染源为井水污染传播,引起此次胃肠炎疫情的病原体为诺如病毒GI.6[P11]重组型。应加强对长沙市诺如病毒少见重组亚型的监测,为重组毒株的遗传进化和疫情防控提供参考。     

新疆猪戊型肝炎病毒株CHN-XJ-SW33全基因组序列分析

目的测定从新疆南部地区分离的猪戊型肝炎病毒(HEV)株全基因组序列,并在此基础上分析猪HEV与人源HEV的关系。方法设计HEV基因4型通用PCR引物,用逆转录巢式聚合酶链反应法(RT-nPCR)分段扩增猪HEV株CHN-XJ-SW33的全基因组序列;用cDNA末端快速扩增法(RACE)扩增其末端序列;对扩增的目的片段进行克隆测序,并对拼接后的基因组进行序列比对和进化分析。结果除3′poly(A)尾外,CHN-XJ-SW33基因组全长为7 238 nt,由3个开放读码框(ORF1-3)组成,分别编码1 706、674和114个氨基酸。CHN-XJ-SW33全基因组序列与HEV基因1-3型病毒株同源性仅为72.1%~74.9%,而与HEV基因4型病毒株同源性高达82.8%~95.5%,其中与日本人源中国输入型HEV株JKO-ChiSai98C同源性最高,为95.5%。基因进化分析显示,CHN-XJ-SW33属于HEV4a基因亚型。结论猪HEV与人HEV在全基因组核苷酸序列上高度同源,提示基因4型HEV可能由猪传染给人。     

2020年湖北省1起学校水痘疫情中水痘-带状疱疹病毒基因特征

目的分析2020年湖北省1起学校水痘疫情中水痘-带状疱疹病毒(Varicella-zoster virus, VZV)基因特征。方法收集该起水痘疫情病例疱疹液标本,采用荧光定量RT-PCR方法检测VZV核酸,用普通PCR扩增VZV核酸阳性标本的ORF22、ORF38和ORF62基因序列,分析其单核苷酸多态性位点核苷酸,确定VZV基因型和毒株类型。结果该起疫情涉及6例水痘病例,年龄为8-14岁,其中5例未接种水痘疫苗(Varicella vaccine, VarV),1例曾接种1剂VarV。在6份VZV疱疹液标本中5份VZV核酸阳性,均鉴定为野毒株。ORF22核苷酸亲缘性关系树显示,VZV流行株与Clade2基因型代表株处于同一分支。VZV流行株的ORF38序列69349位点和ORF62序列106262、107252和108111位点的核苷酸与Dumas野毒株相同。结论本研究该起学校水痘疫情的VZV流行株属于Clade2基因型野毒株。需加强学校水痘免疫预防措施。     

四川省木里县1株C/D基因型重组乙型肝炎病毒基因组序列分析

目的 分析四川省木里县1株乙型肝炎病毒基因组特征.方法 从HBsAg阳性的血清标本11B18中提取病毒DNA,经多聚酶链反应和核苷酸片段测序后,用Mega4软件和Simplot软件做进化树分析和重组分析.结果 S基因和C基因核苷酸序列进化树分析显示11B18分别属于D基因型和C基因型,全基因组核苷酸序列进化树分析显示此株与C1基因亚型参考株在同一进化分枝上;重组分析证实此株为C/D基因型重组株,与D基因型的重组位点大约在nt140～nt740.结论 与我国西部地区的CD1和CD22种C/D基因型重组株比较,11B18属于C1基因亚型,其与D基因型的重组位点也有差异.     

华东地区散发性戊型肝炎病毒系统进化分析

目的 了解华东地区散发性戊型肝炎病毒(HEV)的系统进化特征.方法 2005-2008年收集华东地区14家二级或三级医院413份散发戊型肝炎患者血清,应用巢式RT-PCR方法检测HEVRNA并测序.参照GenBank相关序列,分析各序列之间的同源性,并构建进化树.结果 413例患者的男女性别比为1.75:1,40～69岁患者居多(61.5%).413份患者血清有140份分离出HEV RNA,阳性分离率为34%.所有分离的140份病毒株均属于HEV Ⅳ型,与Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型参考病毒株的核苷酸同源性分别为77.9%～88.3%、80.8%～90.6%、73.4%～85.2%和91.0%～95.4%.结论 基因Ⅳ型HEV是引起华东地区散发性戊型肝炎的优势病毒株,其起源和进化等问题仍需进一步研究.     

重组GII型诺如病毒长沙株全基因组序列的测定与分析

目的 对2016年长沙地区一起由GII型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情致病原进行全基因组序列测定,掌握其基因类型、分子进化特征和抗原重组情况。方法 提取疫情中患者粪便标本的总RNA,反转录成cDNA,PCR扩增病毒全基因组并采用Sanger法测序,比对拼接后获得病毒全基因组序列;通过BLAST比对和诺如病毒在线分型工具(typing online tool)确定其基因型别;从GenBank中下载GII型诺如病毒参考序列,采用DNA Star软件进行序列多序列比对和同源性分析,绘制系统遗传进化树,基因重组特征分析采用SimPlot软件。结果 通过一代测序获得病毒基因组序列长7491bp,有3个开放阅读框(ORF),长度分别为5100bp,1647bp,765bp。多序列比对和同源分析发现ORF1区与GII.P12型代表株同源性最高,VP1区则与GII.3型同源性最高;因此,将该毒株命名为Hu/GII.P12-GII.3/CS02/2016 /CHN。分子遗传进化分析显示其与中国其他地区如北京、上海、广东等地流行的GII.P12-GII.3重组型诺如病毒亲缘关系最为接近。抗原重组分析发现Hu/GII.P12-GII.3/CS02/2016 /CHN长沙株重组位点在5080bp,为ORF1与 ORF2重叠区的起点。结论 除了GII.P16-GII.2重组诺如病毒的广泛流行外,长沙地区仍存在GII.P12/GII.3重组诺如病毒的散发流行,需加其强监测。     

兰州市猪戊型肝炎血清学及病毒基因型分析

目的 调查甘肃省兰州市猪戊型肝炎病毒(HEV)感染情况以及基因型.方法 收集兰州市部分地区猪血清,用ELISA诊断试剂盒分别检测HEV抗原和抗体;其中抗原阳性的血清,采用HEV ORF2引物进行套式逆转录聚合酶联反应(RT-PCR)扩增,对阳性扩增产物进行克隆和测序,并对序列进行分析,确定其基因型.结果 3月以下猪戊型肝炎病毒抗原、抗体阳性率分别为1.56%和90.27%,3个月以上分别为2.35%和86.99%,抗原、抗体水平在3月龄以上和以下二者中差异无统计学意义,抗原阳性血清共有22份,其中7份为HEV核酸阳性,其核苷酸序列与HEV 4型的同源性为82.2%～99.3%,分别为4a,4d和4f亚型.结论 兰州市猪群存在HEV感染,且为基因4型.     

华东和华南地区商品猪戊型肝炎病毒携带率和基因分型分析

目的 了解华东和华南地区商品猪戊型肝炎病毒(HEV)的携带率和基因分型.方法 2007-2009年收集华东和华南地区5家屠宰场商品猪胆汁600份,应用巢式RT-PCR方法检测HEVRNA,测序后做系统进化分析.结果 600份猪胆汁中有47份(7.83%)分离出HEVRNA.基于HEV ORF2区域内150-nt序列的系统进化分析结果,分离的47份HEV病毒株均属于Ⅳ型,与Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型参考病毒株的核苷酸同源性分别为75.0%～83.4%、75.0%～84.6%、71.9%～80.7%和88.1%～91.5%,且大部分病毒株按采样地区来源表现出地区聚集性.结论 HEV在华东和华南地区的商品猪中广泛存在,应加强对商品猪食用安全问题的关注.