基于系统药理学和分子对接探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的从分子层面探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制,并探索青娥丸的潜在治疗靶点。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选青娥丸的化合物成分,随后在PharmMapper数据库进行潜在靶点识别。通过Gene Cards、PubMed及CTD数据库,检索绝经后骨质疏松症的相关靶点。而后使用David软件对青娥丸作用于绝经后骨质疏松症的关键靶点进行GO富集及KEGG通路富集分析,运用Bio GPS数据库对关键靶点进行器官定位,利用i GEMDOCK软件进行分子对接分析。结果通过网络药理学方法分析青娥丸的4味中药,发现其有效化学成分32个,对应100个作用靶点;通过GO分析,45个关键靶点富集出150个生物学过程、28个细胞组成及38个分子功能;通过KEGG分析得出关键靶点显著富集的信号通路有36条;通过Bio GPS软件进行器官定位分析,发现靶点富集于肺、肝、心、肾和卵巢等5个关键器官;通过分子对接分析发现关键靶点CYP3A4与主要化合物hirsutin_qt有较高结合度。结论青娥丸具有多成分、多靶点的作用特点,并通过参与多种生物过程,调控多条信号通路,调节多个组织器官以干预绝经后骨质疏松症发挥其药理疗效。     

青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的　基于文献研究并借助网络药理学探索分析青娥丸治疗绝经后骨质疏松症(ｐｏｓｔｍｅｎｏｐａｕｓａｌ ｏｓｔｅｏｐｏｒｏｓｉｓ?ＰＭＯＰ)的 作用机制? 方法　通过查阅文献总结青娥丸在治疗ＰＭＯＰ 中的临床应用、药理机制和活性成分?依托传统网络药理学基础上 联合高质量蛋白组学数据库ＨＩＮＴ 对ＰＭＯＰ 疾病靶标进行拓展?分析探索青娥丸治疗ＰＭＯＰ 的关键途径并运用分子对接技术 对关键蛋白进行验证?从而推测其潜在机制? 结果　青娥丸中有效成分３７ 个?有效成分作用靶点２１８ 个? 在ＤｉｓＧｅＮＥＴ 数据 库中筛选并通过ＨＩＮＴ 拓展得到青娥丸治疗ＰＭＯＰ 的关键靶点７９ 个? 其治疗ＰＭＯＰ 可能主要涉及ＴＮＦ、破骨细胞分化、雌激 素等信号通路? 分子对接显示青娥丸中槲皮素、山奈酚、β￣谷甾醇等成分对关键靶点ＪＵＮ、ＶＥＧＦＡ、ＩＬ６、ＡＣＴＢ 等具有良好的结 合能力? 结论　通过总结发现青娥丸临床疗效突出?安全有效?网络药理研究发现青娥丸具有通过多途径、多靶点治疗ＰＭＯＰ 的作用?为这一经典方剂的二次开发以及新药的研发具有重要意义?     

基于网络药理学的水陆二仙丹治疗肾病综合征的机制探索

目的:运用网络药理学方法探讨水陆二仙丹治疗肾病综合征的药理机制.方法:通过中药系统药理学数据库及分析平台、Swiss Target Prediction数据库分别获取水陆二仙丹药物主要活性成分和作用的靶点,在Genecard数据库中查找NS对应的靶点,将最终筛选的靶点建立靶点相互作用网络,并用DAVID数据库对靶点进行...     

基于网络药理学和分子对接探讨顾步汤治疗糖尿病足作用机制的研究

目的:通过网络药理学和分子对接方法,预测顾步汤治疗糖尿病足(DF)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库获取顾步汤各中药有效成分并预测其作用靶点;通过检索TTD数据库和CTD数据库筛选DF的靶点,并将成分靶点与疾病靶点取交集得到关键靶点;通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;运用Cytoscape...     

桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的网络药理学和分子对接研究

目的 运用网络药理学和分子对接的技术,研究桃红四物汤作用于骨质疏松性骨折的潜在作用机制。方法 检索TCMSP,获取桃红四物汤药物的有效成分、潜在靶点,运用GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET数据库收集骨质疏松性骨折的相关靶点,获取药物和疾病的交集靶点,并通过Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络图,筛选出药物关键成分。将交集靶点上传到STRING数据库,并绘制PPI网络图,筛选核心靶点;并使用Metascape数据库进行交集靶点的GO以及KEGG通路的富集分析。最后运用AutoDock Tools1.5.6和Pymol2.4.1软件,分子对接关键成分与核心靶点。结果 桃红四物汤与骨质疏松性骨折的交集靶点有152个,“药物-成分-靶点-疾病”网络图及PPI提示IL6、JUN、AKT1、MAPK1、TNF可能是桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的关键靶点。GO富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点的生物功能主要涉及炎症免疫、细胞增殖分化、细胞凋亡等方面。KEGG通路富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点主...     

黄芪-生地治疗糖尿病肾病作用机制的网络药理学研究

目的:应用网络药理学方法探讨黄芪-生地干预糖尿病肾脏疾病(diabetic kidney disease, DKD)的物质基础及作用机制。方法:应用TCMSP及TCMID数据库及结合相关文献筛选黄芪、生地药物成分,运用Swiss Target Prediction分析平台获取活性成分关键靶点,GeneCards数据库获取疾病靶点信息;利用韦恩图获取药物和疾病交集靶点,String数据库对交集靶点进行PPI分析;将交集靶点上传至Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape3.8.2软件构建“成分-靶点-信号通路”网络。结果:共查找符合筛选条件药物成分33个,活性药物靶点263个,疾病靶点756个,药物和疾病交集靶点67个,设定条件下,GO功能富集分析共得到53个条目,涉及分子功能、细胞组成及生物过程,KEGG富集分析筛选18条信号通路,关键靶点VEGFA、JUN、MET、EGFR、IGF等主要富集在肿瘤信号途径、c型凝集素受体信号通路、白介素17信号途径等相关信号通路。结论:黄芪-生地可通过多靶点、多途径干预DKD进展,预测中药潜在作用机制,为进一步...     

滋肾降糖丸治疗糖尿病骨质疏松的作用机制探索

目的 通过网络药理学及分子对接的方法探讨滋肾降糖丸治疗糖尿病骨质疏松的作用机制。方法 首先分别在TCMSP及BATMAN-TCM数据库中检索滋肾降糖丸(Zishen Jiangtang Pill, ZJP)的活性成分及作用靶点,GeneCards和OMIM数据库中检索DOP的相关靶点,并利用Venny系统获取ZJP作用于DOP的靶点;然后通过String数据库制作蛋白互作网络,运用Cytoscape软件构建“有效成分-靶点”网络图并利用插件CytoNCA获取网络核心靶点;再通过DAVID数据库对靶点进行GO功能及KEGG富集分析;最后通过PubChem数据库、PDB数据库、ChemOffice软件,进行分子对接,分析结合活性。结果ZJP中主要活性成分236个,关键活性成分5个,ZJP作用于DOP的靶点151个,核心靶点16个,GO富集条目66条,KEGG通路富集条目104条,分子对接良好。结论 ZJP可能作用于TNF、IL-6、VEGF、mTOR、ESR1、PPARG等靶点,通过糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、Wnt/β-cat...     

川乌、白芍治疗类风湿关节炎的网络药理学研究

目的:研究川乌、白芍治疗类风湿关节炎的作用机制.方法:以口服生物利用度(OB)≥30％、类药性(DL)≥0.18为指标,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库分别获取川乌、白芍的活性成分、作用靶点,GeneCards数据库获取类风湿关节炎靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建川乌、白芍活性成分...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨夏枯草治疗甲状腺癌的作用机制

目的 运用网络药理学联合分子对接技术分析夏枯草治疗甲状腺癌的分子机制。方法 利用TCMSP数据库预测夏枯草的主要活性成分,并用TCMSP和PubChem数据库获取所有活性成分对应靶点;通过GeneCards及OMIM数据库收集甲状腺治疗甲状腺癌的靶点。利用STRING数据库获取蛋白间的相互作用信息,并通过R语言进行拓扑学分析及可视化。利用R包clusterProfiler对上述取得的药物和疾病的交集靶点进行GO和KEGG pathway分析。利用Cytoscape 3.7.2构建活性成分-靶点-疾病网络,并进行拓扑学分析,得到核心化合物,用分子对接对核心靶点和化合物进行验证。结果 槲皮素、木犀草素、山奈酚、谷甾醇可能是夏枯草治疗甲状腺癌的核心成分,AKTI、VEGFA、CASP3、MYC、JUN、MAPK8、IL6、EGFR、MAPK1、EGF可能是治疗的重要靶点。结论 夏枯草治疗甲状腺癌体现了多成分、多靶点、多通路的特点,为夏枯草有效成分的筛选及进一步研究提供了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接挖掘黑骨藤治疗强直性脊柱炎的作用机制

目的：运用网络药理学技术研究黑骨藤治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法：通过检索文献和TCMSP数据库获取黑骨藤的活性成分信息。疾病靶点基因由DISGENET数据库和GeneCards数据库获得,通过瑞士目标预测数据库预测药物成分靶点,借助cytoscape软件构建“中药-化合物-靶点”网络,使用STRING在线平台下载靶点相互作用数据,构建PPI蛋白相互作用网络,挖掘核心靶点;运用DAVID平台对所预测核心靶点网络中的蛋白进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析。最后将筛选出的主要活性成分与核心靶点在pymol、autotool等软件下完成分子对接。结果：筛选出黑骨藤12个有效成分及422个药物靶点,与强直性脊柱炎交集靶点71个,其主要成分有异丙基二烯酚、汉黄芩素、山奈酚等,核心靶点是STAT3、MAPK1、MAPK14、JAK2、JAK1等。GO功能和KEGG通路分析获得主要通路：参与生长激素信号通路JAK-STAT级联反应、JAK-STAT级联、STAT蛋白的酪氨酸磷酸化、Th17细胞分化、Th1和Th2细胞分化等。分子对接显示,成分与靶点都可有效结合,汉黄芩素与JAK1结构最优。...     

基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制

目的基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制。方法借助TCMSP和Uniprot数据库筛选二仙汤活性成分和作用靶标;通过TTD、Genecards、OMIM、DisGeNET在线数据库搜索骨质疏松症基因;运用Cytoscape3.7.0软件构建“二仙汤药物-活性成分-交集靶标基因”网络图;使用STRING数据库构建PPI网络并基于CytoHubba插件中的MCC算法筛选获得关键基因;运用g:Profiler对关键基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,并使用Omicshare工具绘制高级气泡图,使用R软件绘制通路机制图。结果二仙汤活性成分有104种,二仙汤作用靶标与骨质疏松症基因的交集靶标基因有145个,基于MCC算法得到关键基因50个。GO分析结果显示,生物途径主要包括信号转导、生物过程的阳性调节等;细胞组分包括胞内细胞器腔、核浆等;分子功能主要包括酶结合、信号受体结合等。KEGG富集通路结果显示关键基因主要富集在PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路。结论二仙汤中的淫羊藿苷、槲皮素、山柰酚等活性成分可能通过PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路,作用于JUN、TNF-α、IL6、AR等多个关键基因,起到调节骨代谢,促进成骨细胞生成和抑制破骨细胞分化,治疗骨质疏松症的目的。     

金匮肾气丸防治骨质疏松症的机制研究

目的探讨金匮肾气丸防治骨质疏松症的作用机制。方法从TCMSP数据库中筛选金匮肾气丸活性成分与作用靶标,用Cytoscape3.6构建金匮肾气丸"药物-活性成分-靶标基因"网络图;在DisGeNET、GeneCards数据库中查询骨质疏松症疾病基因,与金匮肾气丸活性成分靶标基因取交集后,从STRING数据库获取PPI网络信息,导入Cytoscape3.6构建网络图,再用CytoHubba插件中的MCC和Degree算法筛选并获得关键基因;用David对关键基因进行GO生物功能和KEGG通路富集分析,使用Omicshare绘制高级气泡图,通过KEGG数据库找出重要通路并标记关键基因。结果金匮肾气丸活性成分47种,对应196个作用靶标,与骨质疏松症疾病基因有145个交集靶标,筛选得到30个关键基因。GO富集分析结果表明,生物途径主要有药物反应、转录正调控和DNA模板化、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控等;分子功能主要有酶、相同蛋白、蛋白等的结合;细胞组分为核浆、胞浆、细胞核等。关键基因则主要富集在TNF、MAPK、PI3K-Akt及其他重要信号通路上。结论金匮肾气丸中的槲皮素、豆甾淳、β-谷...     

基于网络药理学探讨六君安胃方减少结肠癌化疗期间消化道不良反应的作用机制研究

目的 通过网络药理学方法探讨六君安胃方减少结肠癌化疗期间消化道不良反应的作用机制.方法 通过检索中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)对六君安胃方中六味中药的化...     

基于网络药理学探讨仙灵骨葆胶囊治疗骨质疏松症的作用机制

目的运用网络药理学分析方法进行仙灵骨葆治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的药理机制分析。方法借助中药系统药理学数据库和分析平台以及中药综合数据库获取仙灵骨葆活性成分以及相关靶标,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“活性成分-靶标”网络图,以“osteoporosis”为关键词从GeneCards:The Human Gene Database获取OP相关基因,运用STRING数据分析平台进行PPI(protein-protein interaction)网络分析,运用DAVID数据分析平台进行基因本体(gene ontology,GO)生物过程富集以及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,并运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“通路-靶标”网络图。结果共获取仙灵骨葆相关活性成分115种,核心活性成分有槲皮素、山奈酚、木犀草素、淫羊藿苷元、丹参酮IIA等。活性成分所涉及的靶标共有301个,核心靶标有PTGS2、PTGS1、ESR1等。PPI网络显示了111种核心蛋白之间的互作关系,主要与调节细胞周期有关。GO富集生物过程经筛选后共获得46项,所得生物过程亦与细胞周期有关,正调控NF-kappaB转录活性因子的过程是OP发生的机制之一,与现有研究符合。KEGG通路富集共获得37项,提示仙灵骨葆治疗OP作用集中于PI3K-Akt、TNF、MAPK、Estrogen等信号通路。结论仙灵骨葆核心活性成分中,黄酮类化合物主要通过调节OPG/RANK/RANKL,抑制破骨细胞,促进成骨细胞分化;淫羊藿苷元可增强成骨细胞活性。核心靶标PTGS2可限制M-CSF以及RANKL的表达,进而影响成骨/破骨细胞分化;雌激素受体与绝经后骨质疏松密切相关。核心通路如PI3K-Akt信号通路可增加骨量、促进成骨细胞分化;TNF信号通路、MAPK信号通路等均与成骨细胞分化有关;雌激素信号通路以及GnRh信号通路为仙灵骨葆干预绝经后骨质疏松提供依据。因此仙灵骨葆干预OP机制是通过多种途径、多种靶标、多种信号通路同时进行的,运用网络药理学方法可以在一定程度上对其进行预测。     

二仙汤防治骨质疏松症的网络药理学研究

目的通过网络药理学分析二仙汤防治骨质疏松症(osteoporosis,OP)的关键靶点,探讨二仙汤防治OP的可能机制及信号通路。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选二仙汤的入血活性成分并预测其作用靶点;利用基因表达数据库(GEO)获取GSE56116基因芯片原始数据,分析二仙汤的治疗靶点;从疾病相关数据库检索已知OP致病基因;通过STRING和Cytoscape软件映射获得二仙汤治疗OP的关键靶点,建立关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行KEGG和GO富集分析揭示其可能的作用机制。结果通过检索TCMSP获得符合筛选标准的二仙汤活性成分84个,21个活性成分预测出145个作用靶点;通过R语言对基因芯片进行分析筛选出84个可能致病靶点,通过疾病相关数据平台获得691个OP相关致病靶点,利用STRING和Cytoscape构建PPI网络筛选出40个关键作用靶点和9个核心作用靶点。KEGG和GO分析结果显示,二仙汤治疗OP的关键靶点主要富集在RNA聚合酶II启动子对转录的正向调节、一氧化氮合酶等生物学进程,主要富集的信号通路为TNF信号通路、低氧诱导因子1信号通路和雌激素信号通路等。结论通过网络药理学方法阐释二仙汤可能通过TNF信号通路和HIF-1信号通路治疗OP,本研究为揭开中药复方治疗疾病的作用机制提供了科学的方法。     

基于网络药理学的“淫羊藿-熟地黄”配伍治疗骨质疏松症作用机制研究

目的基于网络药理学方法探究"淫羊藿-熟地黄"药对治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的分子机制。方法BATMAN-TCM数据库收集"淫羊藿-熟地"药对化学成分及对应靶点; Gene Cards、OMIM数据库收集OP靶蛋白; Venny 2.1. 0在线工具找出映射,绘制韦恩图; STRING 11.0数据库建立蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI); cluster Profiler R包对所得共有靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析; Cytoscape3.7. 2软件构建相关数据分析网络。结果获得"淫羊藿-熟地黄"药对中13个主要化学成分和134个蛋白靶点,OP相关基因3 231个,映射后获得药物与疾病共有靶点57个,PPI分析显示前列腺素内过氧化物合酶(PTGS2)、雄激素受体(AR)、雌激素受体(ESR1)等可能是"淫羊藿-熟地黄"药对治疗OP的核心靶点。GO富集分析包含血液循环、细胞钙离子稳态、G蛋白偶联胺受体活性等生物功能。KEGG通路富集分析主要包括神经活性配体-受体相互作用、类固醇激素的合成、c AMP信号通路等11条相关信号通路。结论 "淫羊藿-熟地黄"配伍通过多途径、多靶点发挥治疗OP的作用。     

基于网络药理学探讨独活-桑寄生治疗骨质疏松症的活性成分及生物学基础

目的运用网络药理学探究独活-桑寄生治疗骨质疏松症的活性成分,并通过筛选分析阐述独活-桑寄生治疗骨质疏松症的生物学基础。方法中药独活、桑寄生的活性成分及靶标通过中药数据库TCMSP、BATMAN检索出,骨质疏松症的预测靶点通过疾病靶点数据库Gene Cards检索出,将药物和疾病靶点进行映射,利用网络可视化软件Cytoscape3.6.0整理并筛选出核心成分及有效靶点,再将有效靶点通过Omic Share云平台进行GO富集分析、David6.8数据库进行KEGG通路富集分析。结果独活和桑寄生活性成分根据筛选条件得到核心成分共3个,分别为槲皮素、蛇床子素和补骨脂素;核心靶点24个,包括PTGS2、PTGS1、ESR1、ADRB2等;获得2 509条GO生物过程,包括对含氧化合物的反应、对有机物的反应、细胞对化学刺激的反应等; 193条分子功能,包括对酶结合、同一蛋白结合、信号受体结合等; 113条细胞组成,包括膜筏、膜微区、膜区等;获得KEGG信号通路12条,肿瘤坏死因子信号通路、低氧诱导因子-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等为治疗骨质疏松症关键通路。结论独活和桑寄生配伍的多成分、多靶点、多通路通过抗炎和抗氧化的作用,从而治疗骨质疏松症,为中药复方治疗疾病的作用机制提供科学依据。     

基于网络药理学探讨柚皮苷治疗骨质疏松症的潜在机制

目的基于网络药理学探讨柚皮苷治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的潜在机制。方法根据TCMSP数据库、Swiss Target Prediction数据库和Uniprot数据库得到柚皮苷的结构及其靶点,利用Gene Cards、OMIM数据库获取OP相关靶点,将交集靶点输入到STRING数据库以获取蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)信息,借助Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络、"柚皮苷-交集靶标-骨质疏松"网络,并使用Cytoscape 3.7.2软件、R软件进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果筛选得到柚皮苷105个作用靶标,其中与OP相关靶标44个,GO功能富集分析获得607个结果(P0.05),KEGG通路富集分析获得43个结果,其中相关信号通路有11条(P0.05),涉及p53、IL-17、NF-κB、Estrogen、Prolactin等信号通路。结论柚皮苷可能通过多靶点、多通路调节炎症反应、细胞周期和激素代谢来治疗OP。     

基于网络药理学的济生肾气丸治疗骨质疏松症的分子机制研究

目的应用网络药理学分析技术研究济生肾气丸治疗骨质疏松症(OP)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库查询并筛选出济生肾气丸全方共10味中药的活性成分及有效靶点;检索Comparative Toxicogenomics Database (CTD)、Gene Cards、Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)三大疾病靶点数据库查询骨质疏松症相关靶点;利用Venny 2.1统计复方与疾病的交集靶点,并绘制Venn图。利用Cytoscape 3.6软件,绘制活性成分-交集靶点网络图。将交集靶点导入String数据库后获得的数据经Cytoscape的Cyto Hubba插件构建蛋白互作网络图。通过DAVID数据库进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析,并利用R-studio软件进行气泡图绘制。利用Cytoscape绘制核心靶点与KEGG通路的网络图。结果济生肾气丸中共得到63个活性成分,预测出211个相关靶点;经过三大数据库共检索出OP相关靶点3 126个;复方与疾病交集靶点132个。通过Cytoscape构建交集基因蛋白互作网络图与核心靶点-通路网络图,按照连接节点(degree)大小排列显示济生肾气丸主要通过作用于AKT1、MAPK1、IL6、MAPK8、JUN、VEGFA等靶基因及调控肿瘤坏死因子信号通路、白细胞介素17信号通路、AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化信号通路等发挥治疗OP的作用。结论济生肾气丸治疗OP具有多成分、多靶点、多系统的特点,其作用机制可能通过抑制破骨细胞的生成、刺激成骨细胞的活性、调节骨代谢平衡、降低炎症反应等途径有关。