固本解毒方调控肺腺癌免疫微环境的分子机制研究及实验验证

目的：通过网络药理学探究固本解毒方干预肺腺癌免疫微环境的作用机制,并通过动物实验验证。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)等数据库筛选出固本解毒方的候选化学成分及其相关靶点,利用疾病靶点数据库获取肺腺癌及肿瘤免疫微环境的相关靶点,取交集后获得潜在作用靶点;运用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析数据库(STRING)建立PPI网络,以Cytoscape软件构建“中药-活性成分-靶点”网络图。最后,通过分子对接及动物实验进行结果验证。结果：共获得固本解毒方的候选活性成分251种,潜在作用靶点217个;中药的核心有效成分包括槲皮素(Quercetin)、β-谷甾醇(Beta-sitosterol)等,关键潜在作用靶点为促分裂原活化的蛋白激酶1(MAPK1)、促分裂原活化的蛋白激酶3(MAPK3)、信号转导及转录激活因子3(STAT3)、促分裂原活化的蛋白激酶14(MAPK14);所涉及的主要信号通路主要包括磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)、促分裂原活化的蛋白激酶(MAPK)等信号通路;分子对接结果显示Beta-sitosterol与各核心潜在作用靶点均...     

基于网络药理学研究补阳还五汤治疗急性高原低氧性脑损伤的作用机制

目的 基于网络药理学研究补阳还五汤治疗急性高原低氧性脑损伤的有效活性成分及作用靶点,分析其作用机制。方法 运用TCMSP、Swiss ADME、Swiss Target Prediction数据库筛选补阳还五汤的有效成分及作用靶点;运用OMIM、Gene Cards数据库获取急性高原低氧性脑损伤的疾病靶点,筛出疾病与药物的共同靶点;运用String在线数据库构建疾病与药物蛋白质相互作用图;运用Cytoscape3.7.1软件绘制“药物-活性成分-靶点-疾病”网络图;运用Metascape在线数据库进行GO分析和KEGG信号通路富集分析。结果 补阳还五汤中发挥治疗急性高原低氧性脑损伤的主要成分是木犀草素、杨梅酮、芒柄花黄素、山奈酚、鞣花酸、毛蕊异黄酮等活性成分,主要靶点是蛋白激酶B1、白介素-6、肿瘤坏死因子、肿瘤蛋白P53、血管内皮生长因子A、白介素-1β、缺氧诱导因子1α等;通路主要富集在磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B信号通路、缺氧诱导因子-1信号通路、Janus激酶/信号转导子和转录激活子信号通路等。结论 补阳还五汤治疗急性高原低氧性脑损伤的机制可能是通过调节炎症反应、抗氧化应激...     

基于网络药理学预测五眼果活性成分、作用靶点及疾病谱

目的 运用网络药理学方法预测五眼果活性成分、作用靶点及可能干预的疾病。方法 通过文献检索五眼果果核的活性成分，利用Chemdraw绘制化学结构，并运用SwissADME筛选有效活性成分，经TCMSP、Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在作用靶点，使用STRING平台构建靶点相互作用(PPI)网络，在Metascape数据库对潜在作用靶点进行GO及KEGG通路富集分析，利用DAVID数据库进行疾病分析，然后运用Cytoscape 3.8.0软件构建“成分-靶点”“成分-靶点-疾病”网络，提取核心成分并预测可能干预的疾病。结果 共得到15个有效成分对应167个靶点。以“成分-靶点-疾病”网络及PPI网络分析结果显示，鞣花酸、柚皮素、β-谷甾醇、没食子酸、棕榈油酸、原儿茶酸可能是发挥药效的主要物质基础；相关度较高的靶点为AKT1、TP53、MAPK3、CASP3、SRC等。GO和KEGG富集分析结果表明，其潜在靶点具有抗炎、抗氧化、调节蛋白激酶、脂质代谢过程的作用，并且对癌症、代谢性疾病、肾脏疾病、精神疾病、呼吸系统疾病等影响较大。结论 该研究初步揭示了五眼果果核...     

基于网络药理学探讨益气复元汤治疗肺癌的作用机制

目的：基于网络药理学方法探讨益气复元汤治疗肺癌的作用机制。方法：通过TCMSP平台筛选出益气复元汤的主要药物成分,通过GeneCard、OMIM、TTD数据库检索肺癌疾病靶点,使用软件Cytoscape 3.8.2建立蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,基于DAVID数据库对核心靶点进行基因本体(GO)功能与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：共获得益气复元汤主要活性成分131种,潜在靶点273个,肺癌相关疾病靶点13215个,药物-疾病靶点256个。PPI网络显示主要靶点有雌激素受体1、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1、肿瘤坏死因子、白细胞介素6、丝裂原活化蛋白激酶1、肿瘤相关蛋白53、丝裂原活化蛋白激酶3等。GO功能主要包括药物反应、细胞缺氧反应、细胞外空隙、细胞溶质、酶结合、药物结合、蛋白结合等。KEGG通路主要有信号转导、肿瘤及癌症的特定类型、病毒相关通路等。预测丝裂原活化蛋白激酶3为益气复元汤治疗肺癌的主要靶点。结论：益气复元汤治疗肺癌具有多成分、多靶点、多通路的作用机制,其主要作用成分可能为槲皮素,作用机制可能与信号转导、肿瘤及癌症的特定类型、缺氧诱导因子-1...     

基于网络药理学探讨瓜拉纳治疗阿尔兹海默症的潜在作用机制（英文）

目的 通过网络药理学方法及分子对接研究瓜拉纳治疗阿尔茨海默症（AD）的主要活性成分及其潜在作用机制。方法 基于文献挖掘获取瓜拉纳的化学成分并进行化学成分的类药性分析,运用本草组鉴（HERB）、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）等数据库获取瓜拉纳活性成分的潜在作用靶点并关联靶点相关疾病。利用GeneCards人类基因数据库、DisGeNET数据库收集阿尔兹海默症的疾病相关基因,利用韦恩图构建瓜拉纳治疗阿尔兹海默症的潜在靶点,运用CytoScape软件构建相应的网络互作图。找出运用STRING在线数据库建立关键靶点之间的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,并对关键靶点蛋白进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。使用AutoDock软件对重要活性化合物与关键靶点进行分子对接验证。结果 瓜拉纳治疗阿尔兹海默症潜在靶点共140个。PPI蛋白互作网络分析发现白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子（TNF）、胰岛素（INS）、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、转录因子（JUN）、肿瘤蛋白p53(TP53)、胱天蛋白酶3(CASP3)、c-Fos蛋白质（...     

基于网络药理学的鱼腥草滴眼液治疗干眼作用机制探讨

目的:探讨鱼腥草滴眼液治疗干眼的成分靶点及作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台检索收集鱼腥草滴眼液中化学成分并筛选活性成分,多个数据库联用检索查询成分和疾病对应的靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-疾病-靶点”网络拓扑图,对成分靶点与疾病靶点进行可视化分析;利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并进行分析;运用Bioconductor数据库R语言软件包进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集,进一步分析靶点功能及机制通路。结果:共筛选出鱼腥草有效活性成分30个,与干眼的交集靶点128个。根据“药物-成分-疾病-靶点”网络拓扑图,鱼腥草治疗干眼的主要有效成分有23个,包括癸醛、乙酸龙脑酯、山柰酚、槲皮素、芦丁等。根据PPI网络,鱼腥草治疗干眼的潜在作用靶点度值排名前10的有Jun、蛋白激酶B1(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-6(IL-6)、转录因子p65(RelA)、白细胞介素-8(CXCL8)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、表皮生长因子受体(EGFR)、MAPK8和IL-1β。GO分析提示,鱼腥草治疗干眼的关键靶点富集在细胞因子受体结合、受体配体活动、细胞因子活性等功能上;KEGG通路富集分析则显示,鱼腥草治疗干眼涉及了包括糖尿病并发症中的晚期糖基化产物及其受体信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和IL-17信号通路等在内的多条作用通路。结论:鱼腥草滴眼液主要成分鱼腥草治疗干眼的作用机制可能与抗炎、抑制细胞凋亡等有关。     

基于网络药理学探究茵陈-栀子药对乙型肝炎肝硬化的作用机制

目的：基于网络药理学探究茵陈-栀子药对治疗乙型肝炎肝硬化的作用机制。方法：通过药物数据库筛选出茵陈-栀子的有效化学成分及靶点,并预测和筛选茵陈-栀子药对治疗乙型肝炎肝硬化疾病的作用靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点的网络图。绘制关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络。采用Metascape数据库对有效作用靶点进行基因本体论（GO）注释分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：筛选出茵陈的化合物36个,有效靶点481个;栀子的化合物101个,有效靶点798个;通过筛选得到茵陈-栀子药对与乙型肝炎肝硬化的交集靶点254个。蛋白质-蛋白质相互作用网络发现丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor, TNF）、肿瘤抑制蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)等可能是茵陈-栀子药对治疗乙型肝炎肝硬化的关键靶点。GO注释分析涉及对激素的反应、对异种刺激的反应、膜筏、受体复合物、蛋白激酶活性、激酶结合等信号通路。KEGG通路...     

基于网络药理学的黄连干预2型糖尿病潜在靶点研究

目的:基于网络药理学方法研究黄连干预2型糖尿病的潜在作用靶点。方法:筛选出黄连中口服生物利用度大于30%和类药性大于0.18的化学成分作为候选药效成分,然后利用PharmMapper发现与药效成分匹配的生物大分子,构建成分-靶点网络。通过GeneGards数据库筛选与2型糖尿病相关的基因,构建疾病靶点PPI网络。合并成分-靶点网络、疾病靶点PPI网络和靶点-通路网络得到疾病-成分-靶点-通路PPI网络。通过网络分析发现黄连降糖作用的关键成分和潜在作用靶点。结果:研究得到11个药效成分和25个关键靶点,GO功能富集分析涉及到生物过程和分子功能两方面,KEGG通路富集分析发现5条相关通路。结论:SORD、HSD11B1、F2、MMP3、PTPN1、GSK3B、NR1H2、MAPK14等靶点可能是黄连干预2型糖尿病的潜在作用靶点。     

昆仑雪菊黄酮类提取物抗脂多糖诱导的小胶质细胞活化作用及网络药理学机制分析

目的:研究昆仑雪菊干预小胶质细胞功能的作用机制。方法:采用CCK-8法检测昆仑雪菊总黄酮对BV2细胞的增殖抑制活性,Griess法和ELISA检测细胞炎症因子一氧化氮(NO)、白细胞介素-6(IL-6)的分泌。借助自建昆仑雪菊成分-靶点数据集对昆仑雪菊中9个主要黄酮成分和相关作用靶点进行筛选。通过GeneCards、GENE、STRING数据库及R语言收集并筛选小胶质细胞功能靶点,筛选昆仑雪菊改善小胶质细胞功能的靶点,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并用Cytoscape软件的NetworkAnalyzer功能筛选核心靶点。利用基因集富集分析(GSEA)软件对分子特征数据库MSigDB中的相关靶点进行Hallmark基因分析。使用Bioconductor数据库进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:昆仑雪菊黄酮类提取物在4μg·mL–1时可以显著抑制小胶质细胞激活分泌NO和IL-6。昆仑雪菊黄酮类成分可能作用于蛋白激酶B(Akt)、肿瘤坏死因子(TNF)、IL-6、TP53、酪氨酸激酶C(SRC)、表皮生长因子受体(EGFR)、JUN、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、CTNNB1等靶点干预小胶质细胞的功能。涉及的通路包括磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路、信号转导子和转录激活子(JAK)-STAT信号通路等。结论:昆仑雪菊黄酮类成分可能通过参与调控PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路、JAK-STAT信号通路等的相关靶点,实现调节胶质细胞活化的作用。     

丹参对视网膜色素变性病理过程Müller细胞特征性基因变化及关键蛋白表达的影响

目的基于网络药理学和生物信息学方法探讨丹参(SM)通过干预Müller细胞(MC)特征性基因和关键蛋白表达治疗视网膜色素变性(RP)的分子机制。方法运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索、筛选SM的入血活性成分和作用靶点;通过GEO数据库获取正常和RP小鼠MC差异表达基因;通过疾病数据库检索RP相关的基因靶点;采用Cytoscape构建MC差异表达基因和疾病靶点、成分靶点的蛋白质-蛋白质交互作用网络并提取交集;运用DAVID数据库对特征性基因进行基因本体和KEGG通路分析;采用cytoHubba分析筛选关键蛋白靶点。结果检索得到与SM相关的化学成分202个,依据ADME参数筛得活性成分65个,其中入血活性成分13个,进一步检索配对得到这些成分可能作用的靶点117个;从芯片数据中分析得到正常和RP小鼠MC中差异表达基因242个;从疾病数据库获得与RP密切相关的靶点206个;提取交集得到85个SM影响RP病理过程MC的特征性基因;这些基因主要涉及转录调控、凋亡信号通路调控、DNA核内复制调节等生物学过程,分子功能主要包括转录辅激活子活性、蛋白激酶活性、核心启动子结合等,富集于细胞核、核质、转录因子复合物、Rb-E2F复合体等区域,主要与剪接体信号通路、肌动蛋白细胞骨架调控信号途径、细胞周期调控通路等有关;分析筛选出SM干预RP病理过程MC中的8个关键蛋白靶点。结论 SM药效作用的物质基础为隐丹参酮、木犀草素、丹参酮ⅡA等13个化学成分;其所干预的RP病理过程MC特征性基因与剪接体信号通路、肌动蛋白细胞骨架调控信号途径、细胞周期调控通路等机制相关,关键靶点包括RB1、E2F1、TFDP1等8个蛋白。     

基于网络药理学的知柏地黄丸治疗性早熟机制研究

目的:采用网络药理学方法研究知柏地黄丸治疗性早熟的关键靶点和潜在分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以吸收、分布、代谢和排泄(ADME)参数筛选活性化合物,并预测活性成分靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获取性早熟相关靶点,两者相互映射得到交集靶点;采用Cytoscape 3.3.0软件构建成分-靶点网络;采用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络;采用R软件进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:共获得知柏地黄丸中与性早熟相关的潜在活性成分63个[槲皮素、山柰素、β-谷甾醇、脱水淫羊藿素、(S)-氢化小檗碱等],潜在靶点70个[前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、PTGS1、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)、孕酮受体(PGR)、雄激素受体(AR)等],主要涉及信号通路7条,包括色氨酸代谢、类固醇激素生物合成信号通路等。结论:知柏地黄丸通过多成分、多靶点、多途径综合调控性早熟。     

基于网络药理及分子对接探讨茵陈五苓散治疗原发性胆汁性胆管炎的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨茵陈五苓散治疗原发性胆汁性胆管炎(PBC)的潜在作用机制.方法:运用系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索茵陈五苓散的活性成分和作用靶点.通过GeneCard、OMIM数据库收集疾病靶点.运用Cytoscape3.7.2软件构建化合物-靶点网络.采用R语言进行基因本体(GO)...     

基于网络药理学的甘草治疗溃疡性结肠炎作用机制研究

目的:采用网络药理学方法探讨甘草治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选甘草的活性成分并检索出活性成分的作用靶点;通过CTD数据库查询与溃疡性结肠炎相关的靶点;采用UniProt数据库、Cytoscape 3.7.2软件构建成分-靶点、靶点蛋白相互作用和成分-靶点-生物学通路网络。结果:通过筛选,得到甘草中92个活性成分,相应靶点227个,其中与溃疡性结肠炎相关的靶点41个,主要包括肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL-6)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等;这41个靶点主要涉及IL-17、阿米巴病、炎症性肠病等28条生物学通路。结论:甘草治疗溃疡性结肠炎是多成分、多靶点、多途径相互作用的结果,为其进一步深入研究提供参考。     

基于网络药理学的雷公藤治疗干燥综合征作用机制研究

目的:基于网络药理学探讨雷公藤与干燥综合征的关联关系及潜在作用机制.方法:通过检索TCMSP数据库,结合口服生物利用度和类药性分析,筛选出雷公藤中的主要活性成分及作用靶点;检索GE O数据库筛选干燥综合征的预测靶点,并将有效化合物和疾病靶点进行映射;采用Cytoscape软件构建雷公藤化合物-干燥综合征靶点相互作用网络...     

基于网络药理学探讨小半夏汤防治化疗性恶心呕吐的作用机制

目的:运用网络药理学探讨小半夏汤防治化疗性恶心呕吐机制。方法:通过药物作用靶点数据库(TTD),Drugbank数据库和Dis Ge NET数据库收集化疗性恶心呕吐的靶点,经Uniprot数据库对靶点基因进行标准化;在中药系统药理学数据库与分析平台数据库(TCMSP)中按口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.14条件并结合文献研究筛选出半夏、生姜的有效成分,通过Pub Chem数据库,ALOGPS2.1数据库和Swiss Target Prediction数据库收集半夏、生姜靶点并经Uniprot数据库标准化;通过DRAR-CPI数据库对重要成分6-姜酚进行分子反向对接;通过DAVID 6.8数据库进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;通过Cytoscape3.2.1软件绘制关系图并进行网络拓扑参数分析;通过Image GP工具绘制GO和KEGG气泡图。结果:获得化疗性恶心呕吐148个靶点,小半夏汤27个有效成分,其中22个与化疗性恶心呕吐相关,38个防治靶点,GO分析67个生物学过程,11个细胞组分,18个分子功能,21条KEGG通路,包括环腺苷酸(c AMP)信号通路、钙离子信号通路及Rap1信号通路等。结论:基于网络药理学对化疗性恶心呕吐、小半夏汤进行分析,为探讨小半夏汤防治化疗性恶心呕吐机制提供思路。     

多维生物网络探讨鸦胆子治疗溃疡性结肠炎的潜在药效成分和分子机制＊

目的研究中药鸦胆子治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative colitis,UC)的潜在药效成分及其分子生及SwissTargetPrediction数据库查询化学成分对应的靶点;在GeneCards数据库查询UC的靶点。找出成分与疾病的共同靶点,作为鸦胆子治疗UC的潜在靶点,并通过String数据库得出潜在靶点间互相作用关系图;使运用ClueGO插件对潜在靶点进行相关通路分析。结果鸦胆子治疗UC的活性成分有37个,并通过影响PTGS2、IL6、PPARG、AKT1、JUN、EGFR、STAT3、MMP9、MMP2、HIF1A、PTPRC等41个关键靶点,调节HIF-1信号通路、AGE-RAGE信号通路、趋化因子信号通路、癌症相关通路以及其他疾病通路等发挥作用。结论鸦胆子治疗UC可能主要通过木犀草素、亚油酸、棕榈酸等成分调控PTGS2、IL6、AKT1、EGFR、STAT3、HIF1A药理学研究能为其临床应用提供更多理论依据。     

藏药圆穗兔耳草中的黄酮类化合物

 目的对藏药圆穗兔耳草(Lagotis ramalana Batalin)中黄酮类活性成分进行分离纯化和结构确定。方法利用普通硅胶柱色谱和制备薄层色谱等方法进行分离、纯化,并经超导核磁共振(NMR)、质谱(MS)等现代波谱技术确定其结构。结果从其乙醇(体积分数95%)室温提取物中获得5个黄酮类化合物,其结构被确定为:5,7,3′-三羟基-4′-甲氧基黄酮(Ⅰ),洋芹素-7-O-β-D-葡萄糖苷(Ⅱ),木犀草素-7-O-β-D-葡萄糖苷(Ⅲ),3′-甲氧基木犀草素-7-O-β-D-葡萄糖苷(Ⅳ),5,6,4′-三羟基-3,7,3′-三甲氧基-黄酮-6-O-β-D-葡萄糖苷(Ⅴ)。结论黄酮类化合物I~V均为首次从该植物中分离得到。     

不同采收时期及不同部位绿凤藤茶中总黄酮含量比较与分析

目的 探讨恩施地区绿凤藤茶的最佳采收时期及采摘部位.方法 采用分光光度法测定不同采收时期及不同部位绿凤藤茶中总黄酮的含量.结果 不同采摘时间及不同采摘部位的绿凤藤茶中总黄酮含量具有明显的差别.结论 不同时间采摘的藤茶以6月总黄酮含量为最高,不同采摘部位的藤茶总黄酮含量以茎尖为最高.     

基于网络药理学的雷公藤干预IgAN潜在靶点预测及作用机制分析＊

目的 基于网络药理学的理念，运用网络分析的技术，拟探讨雷公藤干预IgAN（immunoglobulin Anephropathy）的潜在靶点预测及其作用机制。方法 利用TCMSP平台收集雷公藤的重要活性成分及潜在相关靶点信息，分别从 GeneCards数据库、OMIM数据库中获取与IgAN相关联的靶点；采用STRING平台构建PPI作用网络，使用Cytoscape 3.7.0对药物-活性成分-潜在靶点-疾病网络进行构建；通过DAVID数据库对相关疾病-药物靶点基因进行GO生物功能富集分析和KEGG代谢通路分析。结果 检索出雷公藤成分共144个，筛选获得重要活性成分共29个；收集到潜在作用靶点基因122个。检索出IgAN相关靶点333个，基因功能GO富集分析及KEGG代谢通路富集结果显示，雷公藤中的9个有效成分干预26个疾病靶点，通过对20个生物过程、12个分子功能、13个细胞成分产生作用。得到通路共50条，通过可视化分析，取靠前的30条通路，其中6条通路可能与IgAN发生及发展密切相关。结论 该研究基于网络药理学方法，表明了雷公藤中药多成分、多靶点、多功能、多通路干预IgAN的作用，为后续临床及研究开展相应工作提供了较为可观的信息和理论依据。