基于生物信息学方法分析SHCBP1基因在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：分析SHC的SH2结构域结合蛋白1(SHCBP1)在肺腺癌（LUAD）中的表达及临床意义。方法：应用Oncomine、TIMER、UALCAN、GEPIA、Kaplan-Meier plotter、STRING数据库探索SHCBP1对LUAD进展及免疫浸润的影响。结果：LUAD组织中SHCBP1 mRNA表达显著高于正常肺组织（P<0.05）。有吸烟史、发生淋巴结转移、临床分期较晚、TP53突变的LUAD患者组织中SHCBP1 mRNA表达明显升高（P<0.05）。GEPIA和Kaplan-Meier plotter数据库进行的生存分析表明SHCBP1 mRNA高表达的LUAD患者总体生存率较低（P<0.05）。SHCBP1 mRNA与LUAD肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞标记物、免疫检查点表达相关。结论：SHCBP1高表达与LUAD患者的不良预后和肿瘤免疫浸润相关。     

肺腺癌组织B细胞中乳清酸性蛋白4-二硫键核心结构域2(WFDC2)的表达与患者生存率的相关性分析

目的探讨乳清酸性蛋白4-二硫键核心结构域2/人附睾蛋白4(WFDC2/HE4)在肺腺癌(LUAD)中的表达及临床意义。方法分别利用BioGPS数据库、 GEPIA数据库、 Oncomine数据库和Kaplan-Meier Plotter数据库分析WFDC2在正常肺组织与LUAD中的表达及对LUAD患者生存预后的意义;利用癌症细胞系百科全书(CCLE)分析WFDC2在癌组织T细胞与B细胞中的表达。利用String数据库分析WFDC2相关基因及其基因本体(GO)功能注释和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集。利用cBioPortal数据库分析WFDC2相关基因在LUAD中的共表达关系、相关性和显著性。肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库用于分析WFDC2在免疫浸润物中的表达及对LUAD患者生存预后的意义。结果 BioGPS数据库分析结果显示WFDC2在正常肺组织中低表达,而在人体正常组织的T细胞和B细胞中不表达。GEPIA数据库分析结果显示WFDC2在LUAD组织中较正常肺组织高表达。Oncomine数据库检索出WFDC2差异表达的结果414项。其中, WFDC2表达增高19项, LUAD有4项; WFDC2表达降低15项, LUAD有1项;对符合设定条件的4项高表达研究结果进行Meta分析,发现WFDC2在LUAD组织中呈高表达状态; Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果显示WFDC2高表达组的LUAD患者总体生存(OS)较低表达组显著延长。CCLE分析结果显示WFDC2在癌组织T细胞和B细胞中的表达较正常组织显著增高。String数据库分析显示与WFDC2相关联的基因30个,参与4条信号通路, GO注释分类结果表明富集于8类细胞学组分、 4类分子功能和27类生物学过程。cBioPortal数据库分析显示分泌性白细胞蛋白酶抑制物(SLPI)与WFDC2在LUAD中相关性和差异最显著。TIMER数据库分析显示在免疫微环境中高表达WFDC2的B细胞可显著延长LUAD患者1年、 3年、 5年和10年生存预后时间。结论 WFDC2在LUAD组织中高表达,具有抗肿瘤免疫抑制作用,可显著延长LUAD患者的OS,可作为LUAD临床预后的候选标志物。     

HMMR基因与肺腺癌患者预后及浸润性免疫细胞关系的生物信息学分析北大核心CSCD

目的:透明质酸介导的运动受体(HMMR)基因在多种肿瘤中异常表达,然而,其在肺腺癌(LUAD)中的预后价值及与浸润性淋巴细胞的关系未知,因此,本文着重研究HMMR在LUAD中的预后价值及与浸润性免疫细胞的关系。方法:从TCGA数据库下载LUAD组织和正常组织间的转录表达谱及相应临床信息。通过RT-PCR反应评估LUAD细胞系及正常支气管上皮细胞系HMMR的表达水平。通过临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)评估HMMR蛋白表达情况。受试者工作特征(ROC)曲线用于区分LUAD组织与邻近正常组织。通过单因素及多因素Cox分析及Kaplan-Meier方法评估HMMR对患者预后的影响。通过STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。采用R语言“ClusterProfiler”包进行功能富集分析。通过TIMER评估HMMR在不同肿瘤中的表达情况及与LUAD浸润性免疫细胞浸润丰度间的关系。结果:HMMR在肺腺癌组织及细胞系中的表达较邻近正常组织或正常支气管上皮细胞系中显著上调。HMMR表达增加与吸烟超过40年、R1或R2残留肿瘤、高T分期、淋巴结转移、远处转移和高TNM分期相关。Kaplan-Meier生存分析显示,HMMR高表达组的LUAD患者预后较低表达组患者差(41.9个月vs 59.9个月,P<0.001),各亚组分析也显示相似的结果。ROC曲线分析表明,在截断水平为2.103的情况下,HMMR区分LUAD与相邻对照的敏感性和特异性分别为98.3%和86.2%。相关分析表明,HMMR的表达水平与肿瘤浸润性免疫细胞的浸润丰度相关。结论:HMMR表达上调与LUAD预后不良和免疫浸润显著相关,可以作为LUAD预后不良的生物标志物及免疫治疗靶点。     

肺鳞状细胞癌预后标志物ACE2和免疫相关

目的：血管紧张素转换酶2(ACE2)与非小细胞肺癌进展有关。然而，ACE2在肺鳞状细胞癌（LUSC）患者预后和免疫中的作用尚未阐明。方法：通过UALCAN、TCGA、TISIDB等数据库分析ACE2在LUSC组织中的表达，及其在LUSC进展和免疫中的作用价值。结果：ACE2在LUSC组织中低表达。ACE2低表达与LUSC患者种族、癌症分期、吸烟史、组织学亚型和免疫学亚型相关。ACE2高表达的LUSC患者预后较好。基因富集分析显示ACE2可能通过药物代谢酶、TGF-β信号通路、ECM受体相互作用等途径参与LUSC进展。ACE2表达水平与LUSC免疫浸润细胞、免疫激活分子、免疫抑制分子、MHC分子、趋化因子及其受体分子水平相关。结论：ACE2有望成为LUSC患者预后的生物标志物，且与LUSC免疫相关。     

基于生物信息学分析POSTN基因在胃癌中的表达及免疫意义

目的：探讨骨膜蛋白（POSTN）在胃癌免疫和预后中的价值。方法：利用生物信息学方法分析POSTN在胃癌中的表达及其与胃癌患者生存预后的关系。比较TCGA胃癌队列中癌组织和正常组织中的免疫细胞分布。从TISIDB数据库提取POSTN相关免疫调节剂，并通过GO和KEGG通路富集分析POSTN相关免疫事件。基于POSTN相关免疫调节剂，采用Cox回归开发一个多基因风险预测模型，由此产生风险评分。使用受试者工作特征曲线评估模型的预测准确性。构建带有校准曲线的预后诺模图预测个体五年生存率。结果：POSTN在胃癌组织中的表达明显高于非肿瘤组织。POSTN高表达组总生存期比POSTN低表达组缩短。POSTN高表达与多数免疫细胞高免疫浸润水平呈正相关。基于46个POSTN相关免疫调节剂进行的KEGG路径分析显示，NF-κB信号通路和细胞黏附分子参与其中。风险评分可作为胃癌患者预后的独立预测因子。结论：POSTN在胃癌组织中高表达，其表达与胃癌患者总体生存相关。POSTN与肿瘤免疫浸润相关，提示POSTN可能是胃癌的潜在免疫治疗靶点。     

ARHGAP10基因在肺腺癌中的表达及其机制

目的:基于生物信息学技术探讨Rho GTPase活化蛋白10（ARHGAP10）在肺腺癌发生发展中的潜在分子机制,为后续深入研究提供生物信息学证据。方法:通过利用TCGA数据库,获取肺腺癌患者RNA高通量序列及相关患者的临床资料,其中包括514例肺腺癌患者的癌组织以及59例相关的癌旁组织;GSE115002肺腺癌基因芯片数据从GEO下载,芯片包含52例肺腺癌患者的癌组织和匹配的癌旁正常组织。通过R语言技术比较ARHGAP10在TCGA和GSE115002中肺腺癌组织和癌旁正常组织之间表达差异,并进一步分析ARHGAP10表达与肺癌患者临床预后的相关性;挖掘两个数据库中ARHGAP10重叠基因,对重叠基因进行GO和KEGG富集分析,采用STRING数据库获取ARHGAP10的相关基因互作蛋白网络,TIMER数据库分析ARHGAP10与免疫浸润的相关性。结果:与癌旁正常组织相比较,肺腺癌组织中ARHGAP10呈现低表达状态（P<0.01）。与ARHGAP10低表达组相比较,ARHGAP10高表达患者拥有更长的总生存期和无进展生存期（P<0.05）。TCGA和GSE115002肺腺癌数据库中ARHGAP10的共同相关基因共133个,与MAPK、PI3K-AKT等信号通路以及细胞外基质受体结合、肌动蛋白细胞骨架、肿瘤信号通路等生物学进程相关。本研究发现PRELP、LIMS2、PPAP2B、MRPL42、SRP9、TSNAX等蛋白在ARHGAP10相互作用网络中发挥重要作用,ARHGAP10与DC细胞、中性粒细胞浸润正相关,与PD-L1表达呈正相关。结论:ARHGAP10在肺腺癌中起抑癌作用,与肺腺癌的生存预后正相关,可作为肺腺癌患者潜在的临床预后标志物。     

BAP1表达与肿瘤免疫浸润及卵巢癌患者临床预后的关系

目的 旨在分析BAP1表达与肿瘤免疫浸润及卵巢癌患者临床预后的关系。方法 通过基因组织表达数据库（GTEx）和癌症基因组图谱（TCGA）数据库分析人类泛癌（包括卵巢癌）中BAP1的表达情况。通过单变量生存分析和Kaplan-Meierplotter曲线分析卵巢癌组织中BAP1表达与患者总生存期（OS）、无病生存期（DFS）、无进展生存期（PFS）等预后的关系。基于TISIDB和TIMER数据库和Spearman相关系数分析BAP1与卵巢癌肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及免疫检查点标志分子之间的相关性。最后,从TCGA数据库下载了RNA-Seq数据,选择BAP1及其共同表达基因进行基因集富集分析（GSEA）。结果 BAP1在卵巢癌组织中呈显著高表达（P<0.001）,经单变量生存分析和Kaplan-Meier曲线分析,BAP1高表达与患者总生存预后、无病生存预后、无进展生存预后不良有显著相关性（P<0.001）。基于TISIDB数据库和TIMER数据库分析,卵巢癌BAP1与9种TILs丰度和27种常见种免疫检查点标志物表达呈显著正相关性（P<0.05）。基于LinkedO...     

肾透明细胞癌VSIG4表达及其与免疫细胞浸润的相关性研究

目的：探究VSIG4在肾透明细胞癌（ccRCC）中的表达及其与免疫细胞浸润和预后的关系。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中下载ccRCC的RNA-seq数据和患者相应的临床数据;通过Wilcoxon秩和检验分析ccRCC及正常肾组织中VSIG4 mRNA表达水平;Wilcoxon秩和或Kruskal-Wallis秩和检验分析VSIG4表达与临床病理参数的相关性;Kaplan-Meier法分析VSIG4表达与患者预后的相关性;基因集富集分析（GSEA）探究VSIG4在ccRCC中参与的信号通路;使用R软件运行CIBERSORT算法分析VSIG4表达与肿瘤浸润免疫细胞的相关性;Western blotting检测人正常肾上皮细胞系293T和人肾癌细胞系ACHN、A-498、786-O、OS-RC-2中VSIG4蛋白表达。结果：VSIG4在ccRCC中的表达水平显著高于正常组织（P<0.05）;VSIG4的表达与患者远处转移分期和淋巴结转移分期显著相关（P<0.05）;生存分析显示,VSIG4高表达组患者总体生存率显著低于低表达组患者（P<0.05）;GSEA富集分...     

核因子κB抑制物(IκB)家族在人肺腺癌中表达的生物信息学分析

目的 生物信息学方法筛选核因子κB抑制物(IκB)家族基因在肺腺癌(LUAD)中的差异表达基因(DEG),探究其在LUAD中的临床意义。方法 采用R语言筛选出IκB家族基因的差异表达基因,并进行生存分析;R语言分析IκB家族基因表达与临床病理学特征的相关性;基于LinkedOmics对差异表达基因进行基因本体论(GO)富集、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集;肿瘤免疫评估资源(TIMER)分析差异表达基因与免疫细胞浸润的相关性;比例风险(COX)分析差异表达基因与LUAD预后的关系。结果 IκB家族中核因子κB抑制物δ(NFKBID)基因和核因子κB抑制物ζ(NFKBIZ)基因在LUAD组织中表达显著降低,且NFKBID和NFKBIZ低表达的LUAD患者具有更短的生存期;NFKBID、NFKBIZ与肺腺癌T分期显著相关;富集分析显示NFKBID、NFKBIZ可能参与能量代谢、蛋白质表达和运输;NFKBID、NFKBIZ的表达与B细胞、CD4⁺ T细胞、中性粒细胞、树突状细胞(DC)的浸润呈正相关;COX分析提示NFKBIZ基因或可作为LUAD的独立预后因子。...     

铁死亡相关基因DPP4与肿瘤免疫及预后的生物信息学研究北大核心CSCD

目的：分析铁死亡相关基因DPP4在泛癌中的表达及其在肿瘤免疫、预后等方面的作用，探讨DPP4在肿瘤免疫治疗及临床预后中的价值。方法：利用CCLE、TCGA及GTEx数据库对铁死亡相关基因DPP4进行泛癌的差异表达分析，并通过Kaplan-Meier及Cox回归分析DPP4与肿瘤预后的相关性；使用CIBERSORT算法评估TIMER数据库中肿瘤免疫细胞浸润情况，ESTIMATE算法评估肿瘤微环境，Spearman检验分析基因表达与免疫新抗原、肿瘤突变负荷及微卫星不稳定性的关联；GSEA软件研究DPP4在肿瘤中的表达与信号通路的相关性。结合人类蛋白质图谱数据库、TCGA数据库及GEO数据库对分析结果进行验证。结果：DPP4基因在多种肿瘤中的表达差异具有统计学意义，且与多种肿瘤的生存及预后密切相关，其中在嗜铬细胞瘤和副神经节瘤（PCPG）、胸腺癌（THYM）中可作为保护因素，对肿瘤预后有正向作用；DPP4与肿瘤的多种免疫细胞浸润及免疫微环境密切相关，最显著相关的3类肿瘤为膀胱尿路上皮癌（BLCA）、乳腺浸润癌（BRCA）、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤（PCPG）;DPP4与免疫新抗原、肿瘤突变负荷与微卫星不稳定性显著相关；GSEA分析结果显示存在多个与DPP4在肿瘤中高低表达相关的生物学通路，主要集中于物质代谢及炎症反应等通路；人类蛋白质图谱和TCGA、GEO数据库证实DPP4在肺癌、乳腺癌、直肠癌和前列腺癌中表达存在差异。结论：铁死亡相关基因DPP4可作为肿瘤免疫治疗的生物靶点用于泛癌预后评估，对临床肿瘤诊断、治疗及预后具有重要意义。     

PRKDC在肝癌中的表达及其与免疫细胞浸润、预后的相关性分析北大核心CSCD

目的:利用生物信息学方法分析PRKDC在肝癌中的表达及其与肿瘤微环境中免疫细胞浸润、预后的关系。方法:采用Oncomine、UALCAN、HCCDB、HPA、TCGA、Kaplan-Meier、cBioPortal、LinkedOmics、TIMER数据库和R软件包ggstatsplot、IOBR、psych(version 2.1.6)研究PRKDC基因在肝癌组织和正常肝组织中的表达差异,分析基因表达、基因突变与肝癌预后的相关性,并对GO、KEGG通路进行GESA富集分析;分析PRKDC表达与免疫检查点、免疫标志基因、肿瘤免疫细胞浸润、肿瘤微环境中免疫细胞和基质细胞浸润的相关性。结果:肝癌组织PRKDC呈显著高表达,高表达的PRKDC显著缩短肝癌患者OS和DSS,PRKDC基因组改变与肝癌患者OS和DFS无显著相关性;PRKDC表达与B细胞、嗜中性粒细胞、巨噬细胞、CD4+T细胞和树突状细胞呈显著正相关,与多数免疫检查点、免疫标志基因显著相关,与肝癌肿瘤微环境呈显著负相关。结论:PRKDC可作为肝癌诊断、预后和免疫细胞浸润水平的标志物,与免疫检查点、免疫标志基因、免疫细胞浸润性、肿瘤微环境免疫细胞和基质细胞浸润等相关。     

联合免疫分型构建肺腺癌铁死亡相关长链非编码RNA风险评分模型

目的：依据肺腺癌（LUAD）患者铁死亡与长链非编码RNA(lncRNA)之间的相关性，结合免疫分型构建新型风险评分模型以评估LUAD患者的预后。方法：基于生物信息学技术下载TCGA数据库中LUAD样本转录组数据和临床数据，获取来自FerrDb数据库铁死亡相关的基因，通过“caret”包将整理后的504例LUAD样本随机分为50%训练集与50%验证集，采用Pearson相关性分析、单因素Cox回归得到与LUAD预后有关的铁死亡相关lncRNA，利用R软件的“ConensusClusterPlus”包和CIBERSORT软件进行免疫相关分析，LASSO回归分析建立铁死亡相关lncRNA模型，受试者工作特征（ROC）曲线及曲线下面积（AUC）评估预后模型的效能，并通过验证集进行验证。结果：单因素Cox及LASSO回归分析筛选出9个铁死亡相关lncRNA构成的风险评分模型。单因素以及多因素Cox回归分析均显示，本预后模型可以作为一个独立的预后因素（P<0.001），该模型在训练集、内部验证集及外部验证集中均具有较好的预测效能。结论：本研究构建的LUAD患者风险评分模型可作为一种新的独立预...     

INHBA基因表达上调与左、右半结肠癌临床病理特征及预后的相关性

目的初步探讨左、右半结肠癌基因转录水平的分子差异,及其差异表达基因INHBA与结肠癌临床病理特征及预后的相关性。方法收集具有完整随访资料的结肠癌标本,分析左、右半结肠癌患者的生存情况,同时利用公共数据库中的结肠癌数据,筛选左、右半结肠癌组织的差异表达基因,并应用RT-PCR及免疫组化分析差异表达基因INHBA的表达水平与结肠癌临床病理特征及预后的相关性。结果结直肠癌公共数据库分析结果显示,左、右半结肠癌转录组水平差异表达基因在TGF-β、NF-κB等信号通路中显著富集,TGF-β通路中的相关差异表达基因INHBA在右半结肠癌组织中的mRNA及蛋白表达水平显著高于左半结肠癌(P 0. 05),并且INHBA高表达与右半结肠癌的脉管浸润、远处转移及不良预后呈正相关(P 0. 05)。结论 INHBA基因在右半结肠癌组织中的表达水平显著高于左半结肠癌,并且其表达与患者的恶性进展及不良预后密切相关,INHBA表达上调可能在右半结肠癌的发生和演进过程中发挥着重要作用。     

基于生物信息学筛选并分析与浸润性乳腺癌免疫浸润有关的预后基因北大核心CSCD

目的:筛选并分析浸润性乳腺癌(BRCA)发生发展过程中与免疫浸润有关的预后基因,为进一步寻找BRCA潜在的预后生物标志物及治疗靶点奠定基础。方法:从TCGA数据库下载BRCA患者的mRNA表达信息数据和临床数据,并进行预处理,ESTIMATE网站获取患者的免疫/基质评分;分析免疫/基质评分与临床病理分期TNM系统间及与总生存率间的关系。按照评分中位数分别将患者分为高免疫评分组和低免疫评分组,基质评分分组同上,利用R软件分别筛选差异表达基因(DEGs),并取交集;对上步取交集的DEGs进行GO和KEGG富集分析;通过Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络,并筛选出枢纽基因。利用GSEA分析肿瘤免疫相关基因富集的主要通路;运用GEPIA2.0数据库分析枢纽基因在肿瘤与癌旁组织的表达情况及与总生存期的关系。结果:筛选出1 244个与BRCA免疫浸润相关的DEGs,富集分析表明这些基因主要参与信号转导、免疫反应、炎症反应等生物学过程;GSEA富集分析表明这些基因主要参与趋化因子信号通路、TOLL样受体信号通路、JAKSTAT信号通路及T细胞受体信号通路等。PPI网络筛选出CD19、IL-2、PTPRC、CD28、IL-6、CD40LG和CCR7共7个枢纽基因;GEPIA2.0数据库分析结果显示IL-2、CD40LG和CCR7与患者总生存率显著相关。结论:筛选出IL-2、CD40LG及CCR7基因与BRCA免疫浸润密切相关,并具有预后价值,为进一步预测BRCA患者预后的生物标志物及治疗靶点奠定基础。     

VPS13C基因作为黑色素瘤患者预后预测指标及免疫细胞浸润相关研究

目的 探讨VPS13C基因表达水平对黑色素瘤患者预后的影响及其潜在机制。方法 采用GEPIA数据库分析VPS13C基因在肿瘤和正常组织中的表达差异;通过Prognoscan数据库分析VPS13C基因表达与黑色素瘤患者预后的关系;通过TIMER及GEPIA数据库分析VPS13C基因低表达与免疫细胞浸润的相关性。结果 相较于正常组织,VPS13C基因在黑色素瘤中低表达,且具有统计学差异(P<0.05;Prognoscan数据库及TCGA数据库分析结果显示VPS13C基因低表达时黑色素瘤患者预后更差。VPS13C高表达的黑色素瘤患者预后更好,生存时间更长;TIMER数据库分析结果显示,在黑色素瘤患者中,多种免疫细胞浸润与VPS13C基因表达水平呈正相关,包括CD8⁺T细胞,CD4⁺T细胞等;VPS13C基因表达水平与耗竭前体CD8⁺T细胞相关基因, Th1细胞相关基因,cDC1相关基因,M1型巨噬细胞相关基因表达水平呈正相关。结论 VPS13C基因低表达与黑色素瘤患者不良预后明显相关,可能与耗竭前体CD8⁺     

基于生物信息学分析CENPN在肝癌中的预后价值和作用机制北大核心CSCD

目的:基于生物信息学方法分析着丝粒蛋白N(CENPN)在肝细胞癌(LIHC)中的表达及预后价值,并预测其调控LIHC的可能机制。方法:基于TIMER2.0和GEPIA2数据库分析CENPN在TCGA LIHC组织中的表达。基于GEPIA2数据库,通过Cox和Logistic方法分析CENPN表达与LIHC患者病理分期和预后的关系。基于LinkedOmics数据库,通过Spearman方法分析CENPN在TCGA-LIHC中的共表达基因。基于DAVID数据库对Top 500差异性共表达基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,并在KEGG网站中可视化细胞周期通路。基于cBioPortal数据库,通过Spearman和Pearson方法分析CENPN表达与甲基化的关系。基于TIMER数据库,通过Spearman方法分析CENPN表达与6种肿瘤浸润免疫细胞的关系。结果:CENPN在LIHC组织中的表达显著高于正常组织。此外,随着肿瘤分期进展,CENPN表达明显增多,在LIHC患者中,CENPN高表达患者总体生存期明显低于低表达患者,CENPN高表达患者无病生存期明显低于低表达患者。与CENPN表达存在相互作用的差异表达基因有TK1、C16orf61、KARS、COX4NB、COG4等,其主要富集于细胞裂解、蛋白质结合、细胞周期等生物过程。LIHC中CENPN的高表达与甲基化有关。CENPN的表达与6种肿瘤免疫细胞变化均相关。结论:CENPN可作为LIHC预后不良的标志物,其在LIHC中的高表达与甲基化有关,可能通过细胞周期和影响免疫细胞浸润相关通路调控LIHC的发生与发展。     

卵巢癌中ETV4基因高表达对患者预后的临床意义

目的　探讨ETV4在卵巢癌中的表达及与预后的关系。 方法　分别利用BioGPS数据库、Oncomine数据库、癌症细胞系百科全书（CCLE）和Kaplan-Meier Plotter数据库分析ETV4基因在正常人体组织中的表达、卵巢癌组织中的表达，以及卵巢癌患者预后生存分析；利用cBioPortal数据库分析ETV4在卵巢癌中基因突变和预后关系。 结果　BioGPS数据库分析结果显示ETV4在正常卵巢组织低表达；Oncomine数据库检索出340项，ETV4表达水平有差异意义的结果32项，其中ETV4表达增高30项，ETV4表达降低2项；对符合设定条件的2项研究进行Meta分析发现，ETV4在卵巢癌组织中呈高表达状态（P<0.05）；CCLE分析结果显示ETV4在卵巢癌细胞中高表达；Kaplan-Meier Plotter数据库结果显示，ETV4高表达组的卵巢癌患者总体生存时间（OS）与无病生存时间（DFS）较低表达组均显著延长（P<0.05）。cBioPortal数据库结果显示ETV4在卵巢癌中基因突变率为2.5%，但对卵巢癌患者的OS与DFS均无显著影响（P>0.05）。 结论　ETV4在卵巢癌组织中高表达，且具有显著延长卵巢癌患者OS与DFS的作用，可作为卵巢癌临床预后的候选标志物；ETV4基因的突变对卵巢癌患者的OS与DFS无显著影响。     

DPH2在前列腺癌中的免疫浸润及预后预测的研究

目的 白磺酰胺生物合成蛋白2(DPH2)基因是白喉毒素靶标白硫胺生物合成的关键酶，它对前列腺癌患者的预后和免疫浸润的影响尚不清楚，探讨其在前列腺癌中的免疫浸润及预后预测中作用。方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获得的前列腺癌患者的表达谱和临床信息。使用Wilcoxon秩和检验，比较前列腺癌和正常前列腺组织之间的DPH2表达水平。进行功能富集分析以探索所涉及的潜在信号通路和生物学功能。使用单样本基因集富集分析评估免疫细胞浸润。UALCAN数据库用于分析DPH2的甲基化状态。采用Kaplan-Meier方法和Cox回归分析确定DPH2的预后价值。构建列线图以预测癌症诊断后1年、3年和5年的复发转移率。结果 DPH2在前列腺癌中过表达，与T分期(P=0.013)、N分期(P=0.025)、PFI事件(P=0.023)和OS(P<0.001)显著相关。DPH2过表达导致OS和疾病特异性生存率显著下降。多变量Cox分析将DPH2确定为OS的独立预后标志物。同样，DPH2的低甲基化状态也与预后不良有关。功能富集分析表明，富集途径包括葡萄糖醛酸盐代谢过程、脱氧核糖核酸-结合转录激活物R...     

FOXL2NB在结直肠癌中的表达和临床意义

目的 分析叉头框L2旁基因(FOXL2NB)在结直肠癌(CRC)中的表达及临床意义，探讨FOXL2NB对CRC细胞的作用。方法 RT-qPCR和蛋白免疫印迹分析CRC组织和细胞中FOXL2NB的表达；Transwell和CCK-8实验探讨FOXL2NB在SW620细胞增殖和迁移的作用；Kaplan-Meier法和多因素Cox回归分析评估FOXL2NB对CRC预后的影响；基因集富集分析比较高、低风险组间分子信号通路差异，CIBERSORT R包计算CRC组织中FOXL2NB表达与免疫细胞浸润的关系，limma R包计算与FOXL2NB表达显著相关的分子。结果 FOXL2NB在CRC组织和细胞中的表达水平显著升高(P<0.05);敲低FOXL2NB可抑制CRC细胞的迁移及增殖；高水平的FOXL2NB与CRC患者不良预后相关(P<0.05),可作为CRC预后的独立风险因素(HR=2.27,95%CI=1.78～2.9,P<0.001);FOXL2NB高表达的CRC中细胞黏附分子和肿瘤免疫相关通路被显著富集，CD8⁺ T细胞和活化树突状细胞显著增多，M0...     

基于生物信息学筛选与分析胰腺癌的生物标志物半胱氨酸蛋白酶抑制剂S北大核心CSCD

目的:应用生物信息学方法分析筛选与胰腺癌(PAAD)发生发展相关的基因,探究半胱氨酸蛋白酶抑制剂S(CST4)在PAAD中的表达、预后价值及生物学功能。方法:选取GEO数据库胰腺癌芯片GSE15471和GSE16515为研究对象,并筛选出两个芯片数据集共同的差异表达基因(DEGs)作为关键基因。应用GEDS分析CST4 mRNA在TCGA和CCLE数据库的表达情况,并通过GEPIA2进一步分析CST4在消化系统肿瘤及正常组织中的差异表达。应用Kaplan-Meier Plotter分析CST4mRNA表达与TCGA数据库中PAAD患者五年总生存率及无复发生存率的关系。TIMER2数据库分析PAAD患者CST4 mRNA表达与多种免疫细胞浸润情况的相关性。通过STRING构建CST4蛋白互作网络并进行GO功能富集分析。结果:筛选两个GEO数据芯片的DEGs,韦恩图取交集后获得关键基因CST4。基于TCGA和GTEx数据库分析显示CST4在PAAD中的表达明显高于正常胰腺组织。CST4表达水平与患者的预后呈负相关,与肿瘤相关成纤维细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞免疫浸润情况呈正相关。PPI网络图显示CST1、CSTA、CSTB、CTSB、CTSL与CST4相互作用连接度较高,GO分析提示CST4基因的表达与细胞蛋白质分解代谢过程、内肽酶活性的调节、细胞凋亡通路等密切相关。结论:CST4在PAAD组织中表达升高且高表达组患者预后不良,CST4有望成为PAAD诊断及患者不良预后潜在的生物标志物。