基于网络药理学探究络石藤-牛膝药治疗关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学分析“络石藤-牛膝”药对治疗关节炎（Arthritis）的潜在作用机制。 方法 通过检索中草药系统药理学数据库平台（TCMSP）进行药对“络石藤-牛膝”有效成分及靶基因筛选;以“Arthritis”为关键词,在GeneCards数据库、NCBI基因数据库以及OMIM数据库进行人类基因检索并获得关节炎相关基因;将筛选出的药对靶点与疾病靶点输入韦恩图制作软件Venny2.1,获得共有靶点;运用STRING数据库进行PPI网络构建,Cystoscape构建“药物-成分-靶点-疾病”网络;运用R语言软件对关键靶基因进行基因本体论（GO）功能富集分析及与基因组百科全书（KEGG）通路的集分析。 结果 从TCMSP中筛选获得络石藤9种化合物成分,94个靶点;牛膝获得21种化合物成分,205个靶点。Venny映射得到128个共有靶点,STRING数据库筛选出5个基因簇和4个核心基因构建PPI网络。GO功能富集分析显示,“络石藤-牛膝”药对涉及2329条生物过程,150项分子功能相关,60项细胞组成相关。通过KEGG通路富集分析,“络石藤-牛膝”药对治疗关节炎富集到154条信号通路。 结论 基于网络药理学,从有效成分、基因靶点、信号通路等方面初步验证了“络石藤-牛膝”药对治疗关节炎的作用机制。     

基于生物信息学的息痛散治疗痛风性关节炎的作用机制

目的:挖掘中药复方息痛散的有效成分、预测其潜在功能靶标,通过网络药理学和实验验证的方法探讨息痛散治疗痛风性关节炎的作用机制。方法:利用TCMSP、TCMID数据库筛选出息痛散的活性成分及靶标;通过NCBI、GeneCards数据库筛选痛风性关节炎的疾病靶点;将两者靶点通过Cytoscape软件构建蛋白互作网络图并进行拓扑学分析;筛选出核心靶点;通过R软件进行KEGG和GO富集分析;最后分子对接及Western Blot实验验证网络药理学富集分析结果。结果:共筛选出146个活性成分以及158个关键靶点,涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路和MAPK信号通路等,实验验证显示通路关键节点蛋白存在差异性表达。结论:本研究系统揭示息痛散通过多成分-多靶点-多途径共同调控痛风性关节炎的物质基础和作用机制,为中药复方息痛散的临床应用提供理论基础和科学依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨郁金治疗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨郁金治疗乳腺癌的分子机制。方法 利用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索筛选郁金的有效成分，查询有效成分作用的靶点，利用UniversalProtein数据库（Uniprot）进行靶点注释；在Genecards和人类孟德尔遗传综合数据库（OMIM）检索乳腺癌相关基因；绘制有效成分作用靶点和乳腺癌相关基因的维恩图；使用Cytoscape3.7.2软件构建郁金-有效成分-靶点-乳腺癌网络；使用STRING平台构建蛋白互助网络（PPI network），并获取核心基因；运用Bioconductor进行GO生物过程富集及KEGG信号通路预测；运用Autodock vina软件对有效成分和靶点进行分子对接。结果 郁金筛选出有效成分15种，有效成分对应作用靶点78个，与乳腺癌交集靶点49个，预测郁金作用于乳腺癌主要成分为柚皮素（naringenin）、β-谷甾醇（beta-sitosterol）、谷甾醇（sitosterol），核心基因为AKT1、MAPK3等，GO功能主要涉及磷酸酶结合、G蛋白偶联胺受体活性、抗氧化活性等过程，KEGG信号通路4条，柚皮素...     

基于网络药理学分析牛膝-桑寄生药对治疗骨关节炎的作用机制

文题释义： 网络药理学：基于系统生物学的理论,对生物系统网络进行分析,从成分-靶点-通路进行整体预测及阐明药物在体内的作用机制。 骨关节炎：是以中年后可动关节的关节软骨退行性变和继发性骨质增生为特征的慢性关节疾病,以关节疼痛、活动受限和关节畸形为主要表现,又称退行性关节炎。 背景：牛膝-桑寄生是临床治疗骨关节炎最常用的药物组合,但其药理机制尚不明确。 目的：基于网络药理学的方法,对牛膝-桑寄生的主要活性化学成分进行筛选,并收集化合物对应的靶点,构建药物-活性成分-治疗骨关节炎潜在靶点网络,对其治疗骨关节炎的药理作用机制进行系统阐述。 方法：利用TCMSP数据库获取牛膝-桑寄生药物活性成分及靶点,与DisGeNET和GENE数据库获取的骨关节炎疾病靶点映射,筛选出牛膝-桑寄生治疗骨关节炎的潜在靶点;利用String数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建药物-活性成分-治疗骨关节炎潜在靶点网络及潜在靶点间的蛋白互作网络,同时通过Omicshare云平台和DAVID数据库分析潜在靶点的GO生物学功能和KEGG通路富集分析。  结果与结论：①从牛膝-桑寄生中共筛选出了21个活性成分及48个防治骨关节炎的潜在靶点;②GO富集分析共获取1 970个GO条目,其中生物过程1 862个,细胞组分占29个,分子功能79个(P < 0.01);③KEGG通路富集分析筛选出了76条牛膝-桑寄生防治骨关节炎的潜在信号通路(P < 0.01);④表明牛膝-桑寄生通过作用于多个靶点,影响不同的代谢通路,相互作用、相互协调,从而起到对骨关节炎的防治作用;⑤初步阐述了牛膝-桑寄生通过多成分-多靶点-多通路防治骨关节炎的作用机制,为骨关节炎的防治提供了新的思路与线索。 ORCID: 0000-0002-2014-9844(黄泽灵) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

基于网络药理学的黄连治疗糖尿病的作用机制研究

目的 利用网络药理学手段研究黄连治疗糖尿病的作用机制。方法 从TCMSP数据库获取黄连的有效成分以及作用靶点,与GeneCards数据库中糖尿病的作用靶点取交集获取黄连治疗糖尿病的预测靶点,利用Cytoscape软件构建中药化合物-靶点网络及STRING数据库构建PPI网络,利用 DAVID在线工具进行GO功能分析及KEGG通路富集分析。结果 黄连的活性成分有14个,关键有效成分有11个,治疗糖尿病靶点137个。黄连主要活性成分作用的核心靶点为JUN、MAPK1、IL-6等靶基因,参与调控Insulin resistance,Regulation of lipolysis in adipocytes等多个信号通路。结论 黄连能发挥多靶点、多通路的协同治疗糖尿病作用。     

枇杷清肺饮基于 MAPK/NF-κB 信号通路调控 HaCaT 细胞炎性损伤机制研究

目的：采用网络药理学和体外细胞实验研究枇杷清肺饮通过MAPK/NF-κB信号通路调控LPS诱导的HaCaT细胞炎性损伤机制。方法：通过TCMSP数据库、GeneCards、OMIM和TTD数据库,取枇杷清肺饮和痤疮交集靶点,使用STRING数据库建立PPI网络,DAVID数据库筛选靶点GO功能并进行KEGG通路富集分析,Cytoscape软件构建“活性成分-靶点-KEGG-痤疮”网络,预测其作用机制。进一步采用细胞实验验证预测靶点的准确性,采用LPS诱导HaCaT细胞炎症模型,CCK-8检测不同浓度枇杷清肺饮含药血清对细胞活力的影响,qPCR和ELISA检测HaCaT细胞IL-1β、AKR1B1、IL-4、TNF-α的mRNA及蛋白表达水平,Western blot检测NF-κBp65、P38-MAPK和JNK-MAPK蛋白的表达水平。结果：通过网络分析可知,6种中药包含153个活性成分共304个靶标,与痤疮共有靶标基因118个,关键靶点涉及IL-1β、IL-4、TNF-α、AKR1B1等;GO功能富集分析得到条目1 922个（P<0.05）;KEGG通路富集分析筛选到131条信...     

基于网络药理学分析三七治疗股骨头坏死的免疫炎症分子机制

文题释义： 三七：为五加科植物三七Panax notoginseng (Burk.)F.H.Chen的干燥根和根茎,具有通脉行瘀、和营止血、行瘀血而敛新血的功效。 网络药理学：融合了系统生物学和多向药理学的思想,从整体角度探索药物、靶点、疾病之间的相互关联性。 背景：近年来,临床上运用中药治疗早中期股骨头坏死获得了比较满意的疗效,但与西药相比,中药成分复杂、靶点和机制不清。网络药理学是一门新兴且热门的学科,网络药理学的整体性、系统性和注重药物间相互作用的特点与中医药学的基本特点相吻合, 符合中医药对疾病本质的认识。 目的：运用网络药理学方法筛选三七主要活性成分,构建活性化合物-靶点网络,对其治疗股骨头坏死的分子机制进行科学阐释。 方法：利用TCMSP数据库筛选出三七的作用靶点,OMIM、GeneCards数据库筛选出股骨头坏死疾病的作用相关靶点。利用STRING数据库进行蛋白互作网络分析,Cytoscape构建蛋白相互作用网络,利用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络并进行网络拓扑学分析,通过生物学信息注释数据库(DAVID)分析靶点基因功能及信号通路,利用ClueGO插件进行GO分析和KEGG信号通路富集分析。 结果与结论：筛选出8个三七化学活性成分,98个三七药物作用于股骨头坏死的潜在靶点。GO富集结果表明三七主要涉及细胞过程、代谢过程、对应激的应答等生物过程,KEGG靶点分析表明三七主要通过Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、核转录因子κB信号通路、氨基末端激酶/信号转导与转录激活子(JAK-STAT)信号通路影响来发挥免疫炎症作用。三七治疗股骨头坏死的过程体现了中药多成分-多靶点-多途径的作用特点,为三七抗免疫炎症作用机制的研究甚至进一步开展中药复方治疗疾病提供了新思路和新方法。 ORCID: 0000-0001-5801-8391(曾平) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

基于网络药理及分子对接预测青蒿素对银屑病的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术，探讨青蒿素防治银屑病的作用机制。方法 通过PubChem数据库和Swisstarget数据库获取青蒿素的主要有效成分及其作用靶点，从GeneCard数据库获取银屑病的治疗靶点，然后利用STRING数据库和Cytoscape构建靶点PPI网络，并进行聚类分析和筛选关键靶点。利用R软件进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析和目标基因可视化。最后通过AutoDock软件对青蒿素与靶基因进行分子对接验证。结果 共获得41个交集靶点，通路富集分析显示，这些靶点通过调节神经营养蛋白信号通路、血清素突触通路等发挥防治银屑病的作用。对接结果显示，青蒿素可与关键靶点HSP90AA1、EGFR、MAPK14、MAP2K1匹配。结论 通过网络药理学及分子对接的方法，找到了青蒿素治疗银屑病可能的潜在靶点，预测了其发挥药理作用的关键通路。     

基于网络药理学和分子对接探讨蠲痹汤治疗骨关节炎的机制

目的采用网络药理学和分子对接探讨蠲痹汤治疗骨关节炎的机制。方法应用TCMSP数据库获取蠲痹汤的活性成分和对应靶点,检索GeneCards数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库和TTD数据库获得骨关节炎的治疗靶点。运用R语言软件(版本4.0.2)获得蠲痹汤治疗骨关节炎的交集靶点,使用Cytoscape软件(版本3.8.0)构建“活性成分—治疗靶点”网络并将关键成分进行排序,同时通过蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出其核心靶点。运用R语言软件对蠲痹汤治疗骨关节炎的作用靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。运用AutoDockVina(版本1.1.2)等软件对上述核心靶点及关键成分进行分子对接验证。结果应用TCMSP数据库共得到蠲痹汤活性成分165个及对应靶点2529个,药物药效靶点与骨关节炎治疗靶点取交集得到115个靶点,关键成分有槲皮素、山柰酚、柚皮素等,核心靶点有STAT3、TNF、MAPK14等。GO富集分析得到2306个生物过程条目,144个分子功能条目,69个细胞组成条目;KEGG富集分析得到TNF信号通路、IL-17信号通路、PI3K-AKT信号通路等相关通路。分子对接结果显示,蠲痹汤治疗骨关节炎的关键成分槲皮素、山柰酚、柚皮素、甘草酮A、刺芒柄花素与其对应的核心靶点有较好的结合性。结论蠲痹汤可能通过多成分、多靶点、多通路的相互作用发挥对骨关节炎的治疗作用。     

基于网络药理学分析五味消毒饮治疗关节假体周围感染的作用机制

文题释义：网络药理学：是基于系统生物学和药代动力学的理论，对生物信息的网络分析，选取特定节点进行多靶点药物分子设计，以多靶点作用、多种信号途径综合分析为特点，旨在预测药物治疗疾病的潜在机制，提高临床研究成功率，减少研究经费的新兴学科。 关节假体周围感染：是人工关节置换术后的一种极具破坏性的并发症，主要由金黄色葡萄球菌等致病菌引起假体周围发生化脓性感染及假体表面形成生物膜为主要特点，临床表现为术口及周围红、肿、热、痛，窦道形成，渗液流脓等。 背景：五味消毒饮在临床中已被用于治疗关节假体周围感染，但因五味消毒饮所含有效成分复杂，其分子作用机制尚不明确。 目的：探究五味消毒饮治疗关节假体周围感染的作用机制。方法：通过中药系统药理学成分分析数据库(BATMAN-TCM)预测获得五味消毒饮的有效化合物及靶点基因，利用GeneCards和OMIM数据库获得关节假体周围感染疾病的相关靶点基因，取两者交集后得到五味消毒饮-关节假体周围感染疾病交集基因。随后采用STRING在线数据库构建蛋白相互作用网络(PPI)，根据度值筛选核心基因。将交集基因输入Cytoscape 3.7.2软件以构建WWXDY-靶点-关节假体周围感染可视化网络图，并借助DAVID在线工具进行交集靶点的基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，探讨其抗关节假体周围感染的作用机制。结果与结论：①从BATMAN-TCM平台共预测出五味消毒饮的有效化合物37个，作用靶点共914个；从GeneCards和OMIM数据库筛选出关节假体周围感染疾病的相关靶点基因286个；取交集获得药物与疾病交集靶点39个，经筛选得到核心基因16个；②GO分析结果显示，交集靶基因的生物过程主要是趋化因子生物合成过程的正向调控、蛋白激酶B信号、炎症反应、脂多糖媒介的信号通路、细胞因子分泌的负调控参与免疫应答等；分子功能为细胞因子活性、生长因子活性、ICAM-3受体活性、Ⅲ型转化生长因子受体结合、前列腺素-内过氧化物合酶活性；细胞组分为细胞外空间、细胞表面、细胞膜外侧面、胞外区、整合蛋白αL-β2复合体；③KEGG通路富集结果主要涉及类风湿性关节炎、疟疾、细胞因子-细胞因子受体相互作用、南美锥虫病、利什曼病、炎症性肠病、阿米巴病、肿瘤坏死因子信号通路、肺结核、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等信号通路；④提示五味消毒饮治疗关节假体周围感染疾病的作用机制呈多个有效化合物、多个作用途径以及多个靶点基因的特点，为后续实验提供了新思路、新方向。ORCID: 0000-0001-5949-6483(张海涛) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：人工关节；骨植入物；脊柱；骨折；内固定；数字化骨科；组织工程     

基于网络药理学预测白藜芦醇抗胰腺癌靶点与分子机制研究

目的:采用网络药理学的方法对白藜芦醇抗胰腺癌的作用靶点进行预测,探讨其关联的分子作用机制。方法:通过DisGeNET数据库检索胰腺癌靶点,同时将SuperPred数据库和Swiss Target Prediction数据库预测白藜芦醇的共同靶点导入STRING数据库和Cytoscape-v3.2.1中,构建"成分-靶点"相互作用网络以及"疾病-靶点"相互作用网络,然后取交集部分(白藜芦醇抗胰腺癌靶点网络)进行拓扑分析,筛选白藜芦醇抗胰腺癌的核心靶点;通过对核心靶点进行生物功能和通路富集分析,预测白藜芦醇发挥治疗胰腺癌作用的生物过程以及关键信号通路。结果:TP53、EGFR、PTGS2、AKT1、MAPK3、MYC以及ALB是白藜芦醇治疗胰腺癌的7个核心靶点;运用DAVID软件进行功能和Omicshare云平台可视化分析显示,白藜芦醇治疗胰腺癌主要与调节细胞增殖正调控、细胞凋亡过程的负调控、细胞对表皮生长因子刺激的反应、一氧化氮生物合成的正调控、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程,进而调控各类癌症相关信号通路密切相关。结论:白藜芦醇治疗胰腺癌的机制可能与抑制细胞增殖以及调控癌症相关的代谢通路有关,其中7个核心靶点可作为预测与治疗胰腺癌潜在的分子标记物。     

基于网络药理学推测当归肉苁蓉配伍治疗功能性便秘的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨当归肉苁蓉配伍治疗功能性便秘(Functional constipation,FC)的作用机制.方法:基于公共数据库收集当归、肉苁蓉的活性成分、对应靶点信息和FC疾病靶点信息,交集靶点为共有靶点.Cytoscape 3.7.0构建"当归-肉苁蓉-活性成分-靶点网络"、"当归-肉苁蓉-活性成分-FC共有靶点网络",CytoNCA插件筛选关键基因,构建其蛋白互作网络,并通过DAVID数据库分别进行药物靶点和关键基因的GO功能和KEGG通路生物信息学分析.结果:收集到当归-肉苁蓉药对活性成分39个,包括β-谷甾醇、豆甾醇、阿魏酸等核心成分.成分相关靶点237个,FC疾病靶点2428个.当归-肉苁蓉药对靶点与疾病靶点的交集共有靶点132个,筛选到关键基因74个,涉及PTGS2、PTGS1、AKT1、VEGFA、TP53、CASP和MAPK等核心靶点.富集到TNF信号通路、p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等112条FC相关通路信息.结论:初步表明当归-肉苁蓉可能通过β-谷甾醇、豆甾醇、阿魏酸等关键活性成分,参与TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等调节肠道功能,发挥其多成分、多靶点、多通路治疗FC的作用.     

基于网络药理学和蛋白模块分析淫羊藿治疗骨关节炎的作用与机制

文题释义：网络药理学：是基于系统生物学的理论,对生物系统的网络分析、选取特定信号节点进行多靶点药物分子设计的新学科。网络药理学强调对信号通路的多途径调节,提高药物的治疗效果,降低毒副作用,从而提高新药临床试验的成功率,节省药物的研发费用。 淫羊藿：为小檗科多年生草本植物,其性温,味辛,归肝经、肾经,传统中医药理论认为淫羊藿具有补肾壮阳、强筋健骨、祛除风湿痹痛等功效,临床上广泛将其应用于骨关节炎疾病的治疗。淫羊藿参与调控骨关节炎的信号通路主要有白细胞介素受体通路、肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、NF-κB信号通路、破骨细胞分化通路(RANK/RANKL/OPG)。 背景：现代中药药理学研究表明淫羊藿苷在骨关节炎方面有着非常积极的作用。由于淫羊藿所含化学成分较为复杂,且在分子水平上治疗骨关节炎的机制尚不明确,因此利用网络药理学从分子水平来解释淫羊藿治疗骨关节炎的潜在化学成分及作用机制,可为后期药物研发及疾病治疗提供一定理论依据。 目的：采用网络药理学方法探讨淫羊藿治疗骨关节炎的分子机制。 方法：通过TCMSP数据库筛选淫羊藿的药效成分,通过TCMSP、Swiss Target Prediction和STITCH数据库预测淫羊藿药效成分的调控靶点,通过OMIM、GeneCards和TTD数据库预测治疗骨关节炎的靶点,将淫羊藿药效靶点与骨关节炎治疗靶点取交集,得到淫羊藿治疗骨关节炎的靶点,并构建“药物-成分-靶点-疾病”网络。通过STRING数据库分析蛋白互作关系,运用DAVID数据库分析蛋白模块的相关信号通路和功能。 结果与结论：①筛选得到23个淫羊藿药效成分,共预测得到230个淫羊藿药效靶点和1 221个骨关节炎的治疗靶点,取交集后得到95个淫羊藿治疗骨关节炎的靶点,蛋白互作分析提示JUN、AKT1、RELA、MAPK1、IL6、CXCL8、MAPK8、MAPK14、FOS、IL1B为蛋白互作网络中的核心靶点;②关键蛋白模块主要涉及白细胞介素受体通路、肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、NF-κB信号通路和破骨细胞分化通路,可能通过调控细胞增殖与凋亡、免疫细胞及免疫反应、炎症因子及炎症反应、脂多糖的细胞反应等多种生物过程发挥治疗骨关节炎的作用。 ORCID: 0000-0002-2572-0229(章晓云) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

基于网络药理学和分子对接探析健脾丸治疗慢性胃炎的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接技术，分析健脾丸治疗慢性胃炎的作用机制。方法:通过TCMSP数据平台、化学专业数据库及SwissADME平台筛选出健脾丸的主要成分，通过TCMSP数据库及SwissTargetPrediction平台对主要成分进行靶点预测，通过UniProt数据库获得对应的靶点基因，通过GeneCards数据库获取慢性胃炎的靶点信息，在STRING平台分别构建健脾丸和慢性胃炎的PPI network，导入Cytoscape软件，获取健脾丸治疗慢性胃炎的靶点信息，导入Metascape数据库进行KEGG富集分析，通过PubChem数据库及ChemDraw软件获得健脾丸关键活性成分的3D结构，通过PDB数据库达到已验证的与慢性胃炎相关的BBC3、IL-17A的蛋白结构，导入Autodock Vina软件进行分子对接，将结果导入Pymol软件进行可视化分析。结果:健脾丸治疗慢性胃炎的潜在关键成分主要有黄柏酮、槲皮素、表儿茶素、木犀草素、柚皮素等，可调控88个核心靶点，通过细胞凋亡信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、C型凝集素受体信号通路等多个信号通路发挥作用。结论:健脾丸通过多个成分、多个靶点、多条通路发挥治疗慢性胃炎的作用。     

祛痰逐瘀治疗股骨头坏死的网络药理学分析

文题释义：祛痰逐瘀法：是中医根据辨证论治理论对有痰瘀互结证的疾病提出的治疗方法。股骨头坏死属于中医“骨蚀病”范畴,中医认为早期的骨蚀病多表现为痰瘀互结证,因此提倡早期治疗股骨头坏死采用痰瘀同治法,常用桃红四物和二陈汤加减。 网络药理学：网络药理学是围绕生物信息学、系统生物学等学科的技术和知识,并在网络数据库检索基础上,进行生物信息网络的构建和分析,可构建药物的“成分-靶标-通路-疾病”网络,深入探究药物与疾病的关系,阐明药物的作用机制。 背景：中医认为早期的骨蚀病多为痰瘀互结型,故早期治疗股骨头坏死多采用痰瘀同治法。网络药理学可构建药物的“成分-靶标-通路-疾病”网络,深入探究药物与疾病的关系,从而多层次地阐明药物的作用机制。 目的：构建祛痰逐瘀方活性成分-股骨头坏死-靶点网络,探讨祛痰逐瘀方治疗股骨头坏死的关键靶点和作用机制。 方法：桃红四物汤合二陈汤是治疗早期股骨头坏死的有效方剂,截取其中代表药物：半夏、陈皮、茯苓、桃仁和红花,命名为祛痰逐瘀方。在中药计算系统药理学分析平台(TCMSP)检索并筛选祛痰逐瘀方的主要有效成分和作用靶点;通过人类基因数据库和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)检索股骨头坏死的相关疾病靶点;制作韦恩图获取祛痰逐瘀方与股骨头坏死的共同靶点,利用Cytoscape软件构建中药-成分-疾病-靶点调控网络,然后通过STRING数据平台建立PPI网络,最后利用Bioconductor平台和R语言进行基因本体(GO)富集分析和基因相互作用(KEGG)通路分析。结果与结论：①祛痰逐瘀方中发挥治疗股骨头坏死的成分主要是sitosterol、naringenin等78个活性成分,发挥治疗作用的靶点可能包括NCOA2、PTGS1等61个关键靶点;②影响治疗股骨头坏死生物学过程主要为近端启动子序列特异性DNA结合、DNA结合转录活性调控等,发挥治疗的关键作用通路包括白细胞介素17信号通路、细胞凋亡等;③祛痰逐瘀方对股骨头坏死的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多通路的特点,提示其作用机制可能是通过多成分、多靶点、多通路实现。 ORCID: 0000-0002-0976-9735(凡一诺) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

网络药理学联合动物实验探讨润燥止痒胶囊治疗湿疹的作用机制

目的 通过网络药理学和动物实验,揭示润燥止痒胶囊（RunZao ZhiYang capsule,RZZY治疗湿疹的药理学机制。方法 选取RZZY中23个成分为研究对象,利用数据库筛选方药靶点,使用Metascape数据库对靶点进行KEGG通路富集分析,Cytoscape软件构建“成分-靶点-通路”网络,筛选湿疹关联通路,开展动物实验评价RZZY对湿疹的疗效,验证RZZY对关键靶点调节作用。结果 RZZY与湿疹关联靶点72个,包括JAK2、STAT3、PIK3R1、AKT1、MAPK1等;KEGG富集得到AGE-RAGE、TNF、Th17 cell differentiation、PI3K-Akt等关键信号转导通路;动物研究发现RZZY显著减轻湿疹模型大鼠皮肤肿胀、表面溃烂和渗透,降低湿疹面积及严重度指数评分、皮肤厚度和病理评分,确证RZZY对湿疹关键靶点JAK2和STAT3蛋白有下调作用,与网络药理学预测结果相一致。结论 本研究联合网络药理学和动物实验验证RZZY对湿疹的作用机理,为其临床应用提供理论依据。     

网络药理学方法预测附子-熟地黄配伍治疗 COPD 作用机制以及初步验证研究

目的：系统阐明附子和熟地黄药对的化学成分组成,并初步探索治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的有效成分和作用机制。方法：网络药理学分析“附子-熟地黄”治疗COPD过程中起作用的化学成分及起调控作用的靶点和通路;采用高分辨质谱技术（UPLC-Q-TOF-MS/MS）对“附子-熟地黄”水煎剂（FZSD）进行分析,验证药物水煎剂中起作用的活性成分,以A549炎症细胞为模型,通过ELISA和Western blot分析方法对KEGG分析中的通路进行验证。结果：经蛋白互作分析及网络拓扑分析后,获得核心靶标23个,活性成分45个,涉及20条信号通路（P<0.05）。高分辨质谱分析验证网络药理学中的8个成分,可通过调节体内炎症反应、肿瘤坏死因子（TNF-α）信号通路、小细胞肺癌、IL-17信号通路、细胞凋亡、NF-κB信号通路等生物过程来发挥治疗COPD的作用。结论：FZSD可通过多途径多靶点多通路共同发挥作用,其中对炎症通路上的IL-17、TNF-α、MAPK8、AKT1蛋白表达的抑制,最终达到抑制肺部细胞的炎症反应从而起到治疗COPD的作用。     

基于网络药理学研究寒湿痹颗粒治疗强直性脊柱炎的机制

文题释义： 寒湿痹颗粒：由附子、制川乌、黄芪、桂枝、麻黄、白术、当归、白芍、威灵仙、木瓜、细辛、甘草等10多味中药组成,具有温肾散寒、祛风、益气活血、止痛等功效,可用于治疗强直性脊柱炎、风湿性关节炎、骨关节炎等病。 网络药理学：基于系统生物学的理论,对生物系统网络进行分析,从成分-靶点-通路进行整体预测及阐明药物在体内作用机制。 背景：寒湿痹颗粒已被临床中用于治疗强直性脊柱炎,但其药理作用机制不明确。 目的：基于网络药理学的方法,对寒湿痹颗粒的主要化学成分进行筛选,并收集其化合物对应的靶点,并构建化合物-靶点网络,对其治疗强直性脊柱炎的药理作用机制进行系统阐述。 方法：寒湿痹颗粒化合物及与药物靶点的收集主要基于TCMSP数据库及文献报道,强直性脊柱炎疾病靶点来源于DRUGBANK、GeneCards、Home-OMIM-NCBI、PALM-IST数据库。所获得药物基因和疾病基因经过Uniprot数据库校正后使用Draw Venn Diagrams分析工具获得交集基因。结合STRING数据库与Cytoscape3.6.1对交集基因进行PPI分析。通过使用Cytoscape3.6.1插件ClueGO对交集基因进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。 结果与结论：①从TCMSP获得69个活性成分,142个药物靶点,利用DRUGBANK、GeneCards、Home-OMIM-NCBI、PALM-IST数据库获得595个强直性脊柱炎疾病靶点;②使用Draw Venn Diagrams工具分析获得交集基因39个,通过PPI分析,肿瘤坏死因子、白细胞介素6、前列腺素内过氧化物合酶2在PPI网络中连接度较高;③通过GO富集分析发现,其主要涉及活性氧代谢调节、脂肪酸代谢、急性炎症反应、神经递质的生物过程、花生四烯酸的代谢等生物功能;④通过KEGG通路富集分析发现,其主要涉及AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化、白细胞介素17信号通路、核因子κB信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路等;⑤研究初步预测寒湿痹颗粒治疗强直性脊柱炎的药理作用机制,为老药新用及实验研究提供新思路。 ORCID: 0000-0001-9827-9537(王卓) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

生物信息学分析桑白皮汤治疗慢性阻塞性肺病急性加重的关键靶点和潜在机制

目的 运用网络药理学探究桑白皮汤治疗慢性阻塞性肺病急性加重期的关键靶点和分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索桑白皮汤的活性成分，预测其对应靶点；利用基因库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、药品数据与综合药物靶点信息DrugBank数据库检索慢性阻塞性肺病急性加重疾病相关靶点，利用全球蛋白质资源(Uniprot)数据库将预测靶点和疾病靶点名称标准化后筛选出交集靶点，利用Cytoscape3.6.0绘制并分析中药-成分-靶点网络图。将共同靶点导入检索互作用基因/蛋白质的搜索工具(STRING)数据库获得蛋白质相互作用网络并利用Cytoscape3.6.0 CytoNCA插件筛选出核心靶点。将共同靶点导入富集分析库(Metascape)数据库进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析，并利用自动对接工具(Auto Dock Tools)软件进行分子对接。结果 桑白皮汤有效活性成分126个，预测对应靶点1351个，疾病相关靶点2296个，主要活性成分为槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、 β谷甾...     

IL-17调控溃疡性结肠炎分子机制的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法分析溃疡性结肠炎(UC)的枢纽基因和关键通路。方法 通过基因表达数据库(GEO)下载UC表达谱芯片GSE134025。利用R语言的Limma包筛选UC组与正常组肠黏膜细胞差异表达基因，对这些基因进行GO和KEGG分析；利用STRING数据库构建蛋白互作网络(PPI)并将结果导入Cytoscape筛选出核心基因；利用KEGG mapper绘制核心基因所在的信号通路图。结果 筛选出190个差异表达基因，其中147个上调，43个下调。GO分析结果表明，差异表达基因主要涉及炎症反应、细胞增殖的正调控等生物学过程，主要富集于细胞膜、质膜等细胞成分，具有肝素结合、生长因子等分子功能。KEGG分析显示差异基因主要富集于趋化因子信号通路，细胞因子受体相互作用等相关信号通路。从PPI网络中筛选出10个枢纽基因：白细胞介素6(IL-6)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、CXCL10、CXCL1、CXCL9、膜联素A1(ANXA1)、IL-1β、CC趋化因子配体20(CCL20)、CXCL2、CXCL11,其中多个基因位于IL-17调控的信号通路下游。结论 发现了10个与UC发病...