阳春砂与绿壳砂、海南砂的ITS-1测序鉴别

目的:从分子水平鉴别阳春砂及其伪充品。方法:从阳春砂及其常见伪充品绿壳砂、海南砂中提DNA,以核基因组通用引物ITS-1为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果:样品ITS-1序列长度均为248bp,但绿壳砂有7个碱基与阳春砂不同,海南砂有12个碱基与阳春砂不同。结论:1序列可有效地鉴别阳春砂及其伪充品。     

不同产地何首乌的ITS序列研究

目的研究不同产地何首乌的ITS片段遗传差异性,分析该片段在何首乌道地性的DNA分子鉴别和野生资源品种的鉴定及种质资源研究中的意义。方法从来自不同原产地的何首乌中提取总DNA,以核基因组ITS通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果各样品rDNA的ITS及5.8S rDNA完全序列,18S和26S rDNA部分序列,共约648bp,其中ITS1长度为195bp,5.8S长度为164bp,ITS2长度为189bp。序列间共有17个变异位点。结论ITS序列可对何首乌的道地性做出鉴别,对野生资源品种的鉴定具有较好的分辨性。     

3种DNA分子标记法联合鉴别草珊瑚及其混伪品

目的采用18 S rRNA基因、ITS2序列、SCAR标记等3种DNA分子标记法鉴别草珊瑚,为其分子鉴定提供依据。方法通过PCR扩增、克隆测序后获得草珊瑚18 S rRNA基因序列,并进行Blast比对;通过PCR扩增、测序并注释后获得草珊瑚ITS2序列,从GenBank上收集混伪品和其他植物的ITS2序列,使用MEGA5.5软件,计算种内种间遗传距离,构建系统聚类树;通过RAPD法获得草珊瑚SCAR分子标记,克隆测序后,设计特异性引物扩增草珊瑚及其混伪品。结果获得的草珊瑚18 S rRNA基因长度为1 820 bp,Blast比对显示草珊瑚与金粟兰科同源性最高,同源性为99%,证明其为草珊瑚的18 S rRNA基因。获得的草珊瑚ITS2序列长度为500 bp,草珊瑚与其混伪品之间的遗传距离为0.190～0.219,混伪品之间的遗传距离为0～0.074,聚类分析显示草珊瑚聚为一支,混伪品聚为一支,与其他植物距离较远。获得草珊瑚的SCAR分子标记,用特异性引物扩增出现草珊瑚特异性产物,混伪品未出现特异性产物。结论 3种分子标记法联合可更有效地鉴别草珊瑚及其混伪品,从而建立一套新的鉴别草珊瑚与混伪品的方法,为其鉴别提供新的思路。     

不同种群蒲公英的内转录间隔区（ITS）序列及其亲缘关系分析

 目的对20个不同种源蒲公英样品内转录间隔区（ITS）序列进行序列测定与分析,分析其遗传关系。方法用特异引物进行PCR扩增,扩增产物纯化后,用PCR产物直接测序法测序。用DNASRTAR软件分析测序结果。结果各样品的内转录间隔区序列总长为711bp,ITS1、5.8S、ITS2序列长度分别为225、262、226bp。5.8S区较为保守,ITS1和ITS2碱基频率差异显著。结论内转录间隔区序列分析技术可用于蒲公英不同种群的亲缘关系分析。     

5种习用柴胡的ITS序列鉴别

目的:用PCR扩增方法测定5种常用柴胡的ITS序列,为柴胡的分子鉴定提供依据。方法:分别从5种柴胡的叶片中提取总DNA,以核基因组通用引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序。结果:各样品的ITS1长度为214～220bp,ITS2长度为230～231bp。5种柴胡的ITS序列分别有多个特异性信息位点。结论:ITS序列可以作为柴胡分子鉴定的依据。     

蒲公英属植物rDNA ITS序列测定及分析

目的研究蒲公英属内4种植物的rDNA ITS序列遗传差异性,为探讨蒲公英属植物的系统演化关系、分类、品种鉴定提供DNA分子依据。方法提取不同产地的蒲公英总DNA,以核糖体基因组ITS通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果蒲公英属植物ITS序列总长度约为641～642 bp,其中ITS-1长度为255～256 bp,5.8S长度为162 bp,ITS-2长度为224 bp。序列间共有23个变异位点。运用DNA Star软件进行系统分析得到蒲公英属内4种植物的系统进化树,这一分析结果与来自形态学的研究结果基本吻合。结论此法可用于蒲公英属植物种间及真伪品鉴别。     

基于rDNA-ITS序列及相似度分析的中药赤芍分子鉴别研究

目的:分析中药赤芍正品及混伪品ITS序列的种内相似度及特定位点序列碱基差异,为建立中药赤芍的分子鉴别标准提供思路。方法:采用PCR扩增产物直接测序的方法对市场上购得的未知来源赤芍样品S1、S2的ITS序列(包括ITS1,ITS2,5.8S)进行测定,测定结果进行BLAST比对、相似度分析、序列特异性碱基位点差异比较;用DNAMAN对GenBank上已注册的正品赤芍和混伪品赤芍的ITS序列进行分析。结果:建立了赤芍药材分子鉴别的3个指标,即根据BLAST结果定属,种内相似度缩小属内范围并定种,再通过特异性碱基位点差异最终确定并证实样品的物种;确定了样品S1来源于芍药属植物芍药Paeonia lactiflora Pall.,样品S2来源于芍药属植物川赤芍Paeonia veitchii Lynch.。结论:本文为赤芍的分子鉴别提供较为有效的思路与方法,同时为基于rDNA-ITS相似度及序列分析进行其他中药品种鉴别提供依据。     

黄芪与其混伪品的ITS序列分子鉴定研究

目的:研究黄芪与其混伪品之间的DNA分子鉴别方法.方法:采集不同产地的黄芪药材13份,替代品红芪2份,混伪品紫花苜蓿3份和蜀葵1份,所有样品进行总DNA的提取,PCR扩增,并对扩增产物进行测序得到相应的序列,同时从GenBank下载蓝花棘豆、锦鸡儿2种伪品的ITS序列.用MEGA 4计算其种间的K-2-P距离,最后利用ITS序列构建其系统发育树.结果:测得了19份样品的ITS序列全长,分别为蒙古黄芪646 ～ 650 bp,膜荚黄芪为646～650 bp;红芪为664 bp;紫花苜蓿为659 bp;蜀葵为728 bp,在GenBank中注册,获得登记号.通过以ITS序列重建系统进化树进行的聚类分析可以将黄芪与其混伪品有效的区分开.结论:ITS序列能够成功鉴定黄芪及其易混伪品,可以作为黄芪与其混伪品的分子鉴定方法.     

基于SNP位点鉴定砂仁药材物种

目的：为建立基于单核苷酸多态性（SNP）技术鉴别砂仁3 个基原（阳春砂Amomum villosum、海南砂Amomum longiligulare、绿壳砂Amomum villosum var.xanthioides）的方法,对这3 个种共计60 份材料ITS2 序列进行分析比较。方法：将实验所得砂仁ITS2 序列,应用CodonCode Aligner 软件进行序列拼接比对。用MEGA 5.0 导出各序列变异位点,并对变异位点进行分析。为验证结果准确性,下载砂仁3 个基原GenBank 的所有ITS2 序列,共计34 条,对结果进行验证。结果：砂仁ITS2 序列比对后长度为230 bp,3个不同基原在135 bp 和199 bp 处存在稳定SNP（s）变异位点。结论：本研究开发的两个稳定的SNP（s）位点可以快速准确地鉴定砂仁药材3 个基原。     

太子参及其混伪品的rDNA ITS区序列分析及鉴别

目的：比较太子参与混伪品之间的rDNA ITS碱基序列的差异及其规律，同时为太子参及其混伪品的鉴定提供依据。方法：运用PCR产物直接测序法对太子参及其混伪品的rDNA ITS区（包括ITS1，5、8S，ITS2）碱基序列进行序列测定。结果：测定了太子参及其混伪品的rDNA ITS区序列，其长度为609～631bp不等。ITS1长度范围为218～246bp，5．8S为．154～156bp，ITS2长度范围为230～259bp。直立百部、蔓生百部、宽叶麦冬、细叶麦冬与太子参之间的亲缘关系较近，繁缕稍远，淡竹叶和沿阶草最远。结论：rDNA—ITS可以作为太子参与其混伪品之间的一种分子鉴定方法。     

斑叶兰属7种药用植物rDNA ITS序列的克隆与分析

目的克隆和分析7种斑叶兰属药用植物的ITS序列,为该属植物的分子鉴定提供依据。方法利用PCR法克隆ITS序列,在测序的基础上,借助生物信息学软件进行序列分析和系统发育分析。结果 7种斑叶兰属植物的ITS全长为700~702 bp,ITS1的长度为239~240 bp,ITS2为298~300 bp,而5.8 S的长度十分保守,均为162 bp;序列中检测到可变位点107个,其中信息位点34个。7种斑叶兰属植物的遗传距离为0.006~0.110,大花斑叶兰与高斑叶兰的遗传距离最大,亲缘关系最远,而斑叶兰和小斑叶兰的遗传距离最小,关系最近。结论克隆到7种斑叶兰属药用植物的ITS序列,它们信息位点丰富,这些位点可将7种植物完全区分。     

云南草果种质资源DNA条形码序列分析

目的 筛选与评价适用于云南草果居群的DNA条形码。方法 以云南省草果种质资源为样本对ITS、psbA-trnH、matK、rbcL和ycf1 5条DNA条形码常用序列进行筛选与评价,并对草果居群进行扩增,测序,测序序列用Genestar进行拼接,然后用Mega进行数据处理,并对草果多样性及其鉴定进行分析。结果 引物ITS5和ITS4对草果的扩增片段长度大约为520 bp;rbcLa-F和rbcLa-R对草果的扩增片段长度大约为498 bp;引物ycf1-bF和ycf1-bR对草果的扩增片段长度大约为800 bp;引物psbA-trnH-1F和psbA-trnH-1R对草果的扩增片段长度大约为400 bp;引物matK-2F和matK-2R对草果的扩增片段长度大约为470 bp。扩增及测序的成功率均较高,结果大多可用。通过对草果ITS、psbA-trnH、matK和ycf1序列的扩增结果进行分析,草果与其他豆蔻属植物都可以被清晰地区分开;ITS序列所有样本分为MG5白花草果居群和其他居群;psbA-trnH序列所有样本分为MG5白花草果居群,MG6黄花草果居群和其他居群;matK序列所有样本分为MG6黄花草果居群和其他居群,MG5白花草果样本扩增失败;ycf1序列所有样本分为MG6黄花草果居群和其他居群,MG5白花草果居群与其他22个草果居群聚为一支;rbcL序列对所有样本的扩增均一致。结论 ITS、matK、psbA-trnH及ycf1序列均能将草果与其他同属植物进行准确区分;MG6的matK、psbA-trnH及ycf1序列发现了序列位点的变异,为草果品种的选育做出贡献。ITS和psbA-trnH序列可将黄花和白花草果序列区分开;草果白花黄花所有样本rbcL序列无任何变异,且用rbcL序列无法鉴别草果与其他同属植物,可将其舍去。     

17种毛茛科藏药材的分子鉴别＊

目的 毛茛科的多种植物是民族药的基原，本研究以ITS2序列作为DNA条形码对17种毛茛科藏药材进行鉴定，为药材的安全使用提供可靠的检测方法。方法 从四个省份采集或购买17种毛茛科藏药材样本，分布于8个属。采用试剂盒法提取基因组DNA，PCR扩增ITS2序列后，将扩增产物进行双向测序。利用CodonCode Aligner（v.9.0.1）软件进行序列拼接，将拼接后的序列在NCBI网站进行在线比对。在GenBank数据库中下载相关物种的rDNA序列（包含完整的ITS2区域）。上述序列经过CodonCode Aligner（v.9.0.1）软件剪切后，采用BLAST方法进行比对，然后再采用两种评估ITS2序列的鉴定能力。第一种是系统聚类树法（Tree-based method），用MEGA（v.5.0）软件构建NJ系统聚类树（Neighbour-Joining tree）；第二种是遗传距离法（Distance-based method），用TaxonGap（v.2.4.1）软件分析物种的种内与种间变异关系。结果 29份试验样本的ITS2序列测序成功率为100%，与93条数据库中下载的ITS2序列合并后，长度为213-230 bp，比对长度为244 bp，变异位点数72.1%。BLAST结果表明，29条ITS2序列可以将全部物种鉴定到属。系统聚类分析结果表明，ITS2序列能够成功鉴别8个物种；遗传距离分析结果表明，ITS2序列能够成功鉴别7种毛茛科药材。两种方法总共可以鉴别9种药材，它们是露蕊乌头（Aconitum gymnandrum）、草玉梅（Anemone rivularis）、多小叶升麻（Cimicifuga foetida var. foliolosa）、短尾铁线莲（Clematis brevicaudata）、长花铁线莲（Clematis rehderiana）、甘青铁线莲（Clematis tangutica）、腺毛黑种草（Nigella glandulifera）、拟耧斗菜（Paraquilegia microphylla）和芸香叶唐松草（Thalictrum rutifolium），鉴定效率为52.9%。结论 ITS2序列可以快速、准确地识别和鉴定部分毛茛科藏药材，为原植物和药材的分子鉴定提供依据。     

川乌与草乌的ITS序列分析

 目的比较川乌、草乌及市场流通的混淆种类的内转录间隔区(ITS)序列,分析该片段在乌头类药材的DNA分子鉴别中的意义。方法利用PCR扩增和ABI377自动测序。结果川乌、草乌及其混淆种类之间在内转录间隔区(ITS)序列特征、碱基频率和遗传距离等方面都存在一定差异。结论ITS序列可准确鉴定川乌和草乌,以及草乌与其混淆种类,该方法更具简单性和实用性。     

基于ITS2序列及二级结构的维吾尔族药材孜然及其混伪品鉴别

目的 应用DNA条形码技术,建立维吾尔族药材孜然及其混伪品小茴香、芫荽子的分子鉴别方法。方法 提取38批孜然及其混伪品的基因组总DNA,聚合酶链式反应（PCR）扩增内转录间隔区2（ITS2）序列并双向测序,测序结果经CodonCode Aligner软件进行序列拼接,利用MEGA软件分析序列特征,计算种内、属间遗传距离,构建邻接（neighbor-joining,NJ）系统聚类树,预测其ITS2二级结构。结果 孜然药材ITS2序列中主体单倍型为A₁,序列长度均为226 bp,鸟嘌呤（G）+胞嘧啶（C）占比为47.79%~48.23%;小茴香ITS2序列中,主体单倍型为B₁,序列长度均为224~227 bp,G+C占比为53.30%~55.36%;芫荽子ITS2序列中,主体单倍型为C₁,序列长度均为220~227 bp,G+C占比为56.82%~56.83%。孜然的种内遗传距离明显小于属间遗传距离。二级结构表明,孜然及其混伪品螺旋区的茎环大小、数目、位置及螺旋角度均有明显差异。结论 ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确地鉴别孜然及其混伪品药材,为保障孜然临床安全用药提供了有效技术手段。     

基于ITS2序列的苍术属植物遗传关系

目的:应用内部转录间隔区2(ITS2)序列鉴定东北产栽培和野生苍术及其近缘种药材,明确其种间遗传关系远近,并对东北产朝鲜苍术的栽培起源进行初步探索。方法:提取不同栽培区包括北苍术、朝鲜苍术在内的五种苍术属40份样本以及朝鲜苍术7份野生种质样本的基因组DNA,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增ITS2序列并进行双向测序,所得所有序列用MEGA5. 0软件进行比对分析(clustal W),去除两端5. 8S和28S序列,获得完整的ITS2序列,构建系统聚类树(NJ树)。结果:苍术属5种药材ITS2序列长度均为232 bp。根据NJ树和ITS2二级结构结果,除北苍术和朝鲜苍术未被区分开,其余几种药材均可明显区分,表现出良好的单系性。根据NJ树结果可知,朝鲜苍术的栽培品系和野生种质也能很好的聚在一起。结论:ITS2序列能稳定、准确鉴别苍术属5种药材。朝鲜苍术与北苍术亲缘关系很近,可认为是苍术北方分支中的一种变种,建议将朝鲜苍术并入北苍术。且在辽宁有大规模栽培的朝鲜苍术可能起源于辽宁本地的野生群体,种源可能来自于辽宁岫岩等地的野生种。     

不同地理居群破布叶的psbA-trnH和ITS2序列及其聚类分析

目的探讨破布叶Microcos paniculata不同地理居群间的DNA序列变异与地理分布的关系,为其种质资源评价和基原植物的分子鉴定提供参考。方法对破布叶14个居群14份个体样品以改良的3×CTAB法提取基因组DNA,选择特异的引物扩增ITS2和psb A-trnH序列;PCR扩增产物直接双向测序分析。DNAMAN 8.0软件处理测序数据,MEGA6.0软件计算K2P遗传距离,运用NJ法构建系统聚类树。结果破布叶14个居群的ITS2序列均为462 bp,共检测到14个变异位点,居群间遗传距离0.000 0~0.019 8。除云南景洪居群样本的psb A-trnH序列存在8 bp缺失外,其他13个居群样本的psb A-trnH序列均长387 bp,无变异,居群间遗传距离为0.000 0。结论不同地理居群破布叶的psb A-trnH较ITS2更为保守,二者PCR扩增引物特异性好,扩增效率和测序成功率高,对其药材及基原植物的分子鉴定可采用psb A-trnH为主,ITS2序列为辅的DNA条形码技术。