基于网络药理学与分子对接的丹皮酚治疗结直肠癌的分子机制研究

目的 基于网络药理学与分子对接探讨丹皮酚治疗结直肠癌的靶点与作用机制。方法 通过PubChem、SwissTargetPrediction和TargetNet数据库检索丹皮酚的药物靶点,使用Genecards、OMIM和TTD数据库检索结直肠癌的疾病靶点,通过Venny在线工具获得交集靶点。利用Metascape数据库完成交集靶点的基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组数据库（KEGG）信号通路富集分析。交集靶点经STRING数据库与Cytoscape软件分析其相互作用关系并筛选枢纽节点。采用LeDock与CB-Dock2软件完成丹皮酚与枢纽节点的分子对接,以筛选丹皮酚的核心药物靶点。结果 经筛选得到21个药物靶点。富集分析结果显示,丹皮酚发挥作用的分子机制涉及癌症通路、Ras信号和Rap1信号等通路,而其涉及的生物过程包括细胞对缺氧的反应以及调控激酶活性等。蛋白质-蛋白质相互作用分析发现9个靶点为蛋白质相互作用的枢纽。分子对接结果显示,丹皮酚和枢纽节点中的SRC、EP300、MMP9具有最高亲和力,提示SRC、EP300以及MMP9可能是丹皮酚治疗结直肠癌的核心靶点。结论 丹...     

基于网络药理学及分子对接探讨华蟾素注射液治疗结直肠癌的分子机制

目的:基于网络药理学的方法研究华蟾素注射液治疗结直肠癌的分子机制,并采用分子对接实验进行验证。方法:通过Pubmed,Embase和CNKI数据库筛选华蟾素注射液成分,通过Swiss Target Prediction和STITCH数据库筛选成分靶点;通过TCGA数据库数据,运用R软件进行结直肠癌差异表达基因分析;华蟾素注射液靶基因与结直肠癌差异表达基因取交集后进行GO、KEGG、PPI分析,并运用Cytoscape 3.6软件筛选Hub基因; Auto Dock Vina用于分子对接验证。结果:共获得华蟾素注射液23个成分,共筛选413个靶基因;通过生物信息学方法获得TCGA结直肠癌数据差异表达基因5 672个;取交集后共获得75个基因。KEGG通路主要富集在“癌性通路”等; Hub基因包括SRC、STAT3、SIRT1、PTGS2、CDK4、PTK2、ITGB1、CDK2、ITGB2和PTGER4。分子对接实验证实所有Hub基因均与成分存在较低的分子对接能。结论:基于网络药理学和分子对接实验初步证明华蟾素注射液通过多靶点、多途径、多通路在结直肠癌的治疗中发挥重要作用,为临床中华蟾素...     

基于网络药理学和分子对接探讨西黄丸治疗结直肠癌作用机制

目的 应用网络药理学和分子对接技术探讨西黄丸治疗结直肠癌的分子机制作用.方法 分别应用系统药理学数据库与分析平台计算系统TCMSP、Stitch数据库、Batman-TCM数据库、Tcmid数据库、Bindingdb数据库、Omim数据库、David数据库、GEO数据库等,分别进行结直肠癌疾病靶点预测及西黄丸药物靶点预...     

基于网络药理学及分子对接探讨痛泻要方治疗结直肠癌的作用机制

目的:预测痛泻要方治疗结直肠癌(colorectal cancer,CRC)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选痛泻要方的活性化合物和靶点,MalaCards数据库以Colorectal cancer为关键词检索提取CRC作用靶点,二者经映射去重后合并交集靶点.在DAVID 6.8数据库中对交集靶点进行GO功...     

基于网络药理学和生物信息分析研究土茯苓抑制结直肠癌的作用机制及实验验证

目的 通过网络药理学和生物信息分析土茯苓治疗结直肠癌的作用机制,并检测土茯苓核心成分豆甾醇对结直肠癌细胞增殖的影响。方法 在中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索土茯苓的活性化合物和作用靶点,在数据库Gene cards、OMIM查找结直肠癌的相关靶点,构建“药物-共同靶点-疾病”网络图。对于核心组分与结直肠癌的共同靶点,构建蛋白之间互作网络(PPI),完成GO、KEGG的富集分析。利用GEPIA和TIMER数据库分析潜在靶点在泛癌和正常组织中的差异性表达以及与免疫细胞浸润表达水平的相关性。针对主要化合物和核心靶点,利用Autodock软件进行分子对接,计算其结合能。使用MTT实验检测土茯苓核心成分豆甾醇对结直肠癌细胞增殖的影响。结果 将生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18作为筛选标准,最后筛选出土茯苓的活性化合物共有15种,作用靶点有369个;将高相关性作为标准,筛选出与结直肠癌高度关联的靶点一共有10 418个,药物与疾病之间的共同靶点一共有264个。GO富集分析包含1004条,KEGG富集分析包含142条。发现CASP3在结直肠癌和泛癌中皆为高表达,可作为预测结...     

基于网络药理学的乌梅抗结直肠癌机制研究

目的:基于网络药理学方法分析乌梅治疗结直肠癌的关键靶点以及作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选乌梅的有效成分、潜在靶点,运用GeneCards、DisGeNET数据库搜集结直肠癌的疾病靶点,借助Cytoscape3.7.2软件构建"药物成分-靶点"网络,使用STRING数据库绘制PPI网络,利用DAVID数据库对关...     

基于网络药理学解析青蒿素治疗结直肠癌的分子机制

目的 基于网络药理学解析青蒿素治疗结直肠癌的分子机制。方法 通过TCMSP、OMIM等数据库对青蒿素的作用靶点及结直肠癌的疾病靶点进行检索筛选,将药物成分靶点与疾病靶点取交集,采用STRING数据库、Cytoscape3.8.2软件及相关插件构建蛋白相互作用网络图,利用DAVID对核心靶点进行GO富集分析、KEGG通路富集分析。采用AutoDock Vina进行分子对接。结果 共筛选获得青蒿素活性成分22个,作用靶点499个,将药物成分靶点与青蒿素疾病靶点取交集共获得靶点12个,构建PPI网络,经拓扑及聚类分析后获得TP53、EGFR、CCND1、CDKN2A、AKT1和RB1等关键靶点。GO分析显示,青蒿素对结直肠癌的作用机制涉及从RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、蛋白质磷酸化、对雌激素的反应等过程。KEGG通路富集为Pathways in cancer通路等;分子对接结果显示,关键靶点TP53与活性成分青蒿素结合能为-4.0Kcal/mol;免疫浸润结果显示TP53表达与CD8⁺T Cell呈正相关。结论 青蒿素治疗结直肠癌具有多靶点、多通路的特点,可能通过关键靶点T...     

厚朴果实及种芽的厚朴酚与和厚朴酚定量分析

目的探讨厚朴果实及种芽的开发利用价值。方法采用高效液相色谱法测定厚朴酚、和厚朴酚含量,流动相为甲醇-水(78:22),检测波长为294 nm。结果除了种子的厚朴酚与和厚朴酚含量较低之外,厚朴果实、种芽等各部位中酚含量大于0.3%;外种皮酚含量高达4%以上;种芽从小到大,酚含量逐渐上升。结论厚朴果实及种芽中厚朴酚与和厚朴酚含量较高,值得开发利用。     

厚朴酚与和厚朴酚药理作用的研究进展

厚朴酚(m agno lo l)与和厚朴酚(honok io l)是我国传统中药厚朴的两个主要活性成分,具有抗菌、抗炎、抗肿瘤、肌肉松弛、降胆固醇和抗衰老等广泛的药理作用。早在1930年日本杉井首先从我国厚朴树皮中分离得到了厚朴酚,并证明日本厚朴中也含有此种成分,但量很低。1973年藤田先后从日本厚朴与厚朴中分离得到厚朴酚及其异构体和厚朴酚。由于厚朴在传统中医中药中具有广泛而又重要的用途,国内外学者对其活性成分厚朴酚与和厚朴酚进行了诸多研究。本文就这两种成分的植物来源及药理作用作一综述,以期为今后的研究提供参考。1厚朴酚与和厚朴酚的…     

基于网络药理学解析百里醌治疗炎性肠病相关结直肠癌的分子机制

目的 探讨百里醌治疗炎性肠病相关结直肠癌可能的分子机制.方法 运用PharmMapper、SwissTar-getPrediction、STITCH、GEO、TTD、OMIM、GeneCards数据库预测百里醌靶向治疗炎性肠病相关结直肠癌的共同靶点.采用STRING和Cytoscape软件构建PPI网络图,用DAVID...     

基于黄芩汤治疗结直肠癌作用机制的网络药理学和分子对接分析

目的：通过网络药理学和分子对接技术分析黄芩汤治疗结直肠癌（CRC）的潜在作用靶点,阐明其相关分子机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）构建黄芩汤活性成分和作用靶点数据集,通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传（OMIM）、药物遗传学和药物基因组学知识库（PharmGKB）等数据库构建CRC疾病相关靶点数据集。利用R软件、Cytoscape软件和STRING数据库构建药物-疾病靶点交集、黄芩汤中药复方调控网络和蛋白-蛋白互作（PPI）网络。利用R软件和Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用AutoDock和PyMol软件进行分子对接验证,评估配受体结合情况。结果：筛选黄芩汤有效活性成分136个,黄芩汤治疗CRC的潜在靶点242个,核心靶点18个,基于信号通路分析获得CRC密切相关核心关键靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、原癌基因FOS、肿瘤蛋白P53 (TP53)和原癌基因MYC。GO功能富集分析,主要参与多种细胞应激反应的生物过程。KE...     

HPLC法测定厚朴浓缩颗粒中厚朴酚、和厚朴酚的含量

目的：探讨厚朴浓缩颗粒的质量。方法：采用HPLC法对厚朴浓缩颗粒有效成分厚朴酚、和厚朴酚的含量进行测定。结果：厚朴酚平均回收率102.4% ,RSD=0.6%(n=5）,和厚朴酚平均回收率 99.25%,RSD=1.6%(n=5）。结论：HPLC法可以用于厚朴浓缩颗粒的质量控制。     

反相高效液相色谱测定厚朴不同炮制品中厚朴酚及和厚朴酚的含量

采用反相高效液相色谱法测定了厚朴及五咱不同炮制品中厚朴酚及和厚朴酚的含量，用ＯＤＳ柱，以甲醇－０．５％磷酸（７０：３０）为流上，流速为１ｍｌ／ｍｉｎ，检测波长ｕｖ２９４ｎｍ，本方法准确快速，灵敏，为考察厚朴的质量及筛选厚朴制工提供了一定的科学依据。     

HPLC法测定保济丸中厚朴酚和和厚朴酚的含量

目的 测定保济丸中厚朴酚和和厚朴酚的含量。方法 HPLC法;流动相：φ(乙腈：水：冰醋酸)60：40：4。检测波长：294nm。结果 厚朴酚在13．3～79．5ug／mL之间,浓度与峰面积呈良好线性关系,回归方程：Y=125．9426ρ 1．857333。平均回收率为99．69％,RSD=1．17％(n=5)。和厚朴酚在4．06～24．36ug／mL之间,浓度与峰面积呈良好线性关系,回归方程：Y=143．1972ρ 4．49077。平均回收率为99．06％,RSD=1．29％(n=5)。结论 方法简便、准确,可作为该产品的质量控制方法。     

闽产厚朴叶中厚朴酚、和厚朴酚提取工艺研究

目的 探讨闽产厚朴叶厚朴酚及和厚朴酚的提取工艺及其含量测定方法 . 方法 采用正交设计实验,以厚朴叶中的厚朴酚及和厚朴酚含量为考察指标,对影响厚朴叶厚朴酚及和厚朴酚提取率的因素进行探讨,采用HPLC法测定其含量. 结果 超声波提取法对厚朴叶的厚朴酚及和厚朴酚提取率最高;最佳工艺为:甲醇为溶剂,料液比1:75(g/mL),50℃,超声20 mn.并用HPLC建立了其含量测定方法 ,厚朴酚在10～60μg·mL<'-1>范围内线性良好,r=0.9996;和厚朴酚在20～120μ·mL<-1>范围内线性良好,r=0.9997,含量分别为0.09%和0.16%,两酚平均含量为0.25%. 结论 采用超声波提取法提取,HPLC进行含量测定,探作简便,稳定性好,结果 准确,适合用于厚朴叶厚朴酚及和厚朴酚的提取和含量测定.     

高效液相色谱法测定潜朴中厚朴酚及和厚朴酚的含量

目的建立潜朴药材中厚朴酚（magnol01）及和厚朴酚（honoki01）的含量测定方法。方法采用HPLC法,色谱条件为：AglinentC18ODS柱,甲醇-乙腈-水（45：20：35）为流动相,流速1．0ml／min,检测波长294nm,柱温25℃。结果和厚朴酚在0．136-2．720μg（r=0．9998）,厚朴酚在0．197~3．940μg（r=0．9992）范围内与峰面积呈良好的线性关系;平均加样回收率分别为98．37％、97．97％,RSD分别为1．81％、2．57％。结论本方法简便、准确、可控,为潜朴药材的质量控制提供了依据。     

基于网络药理学探讨“防风-白术”抗结直肠癌作用机制

目的基于网络药理学方法探讨“防风-白术”两药配伍治疗结直肠癌的潜在靶点及作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(CMSP)数据库检索“防风-白术”的主要活性成分、作用靶点;借助GeneCards及在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库获得结直肠癌相关标靶点;运用Venny2.1.0绘制出防风-白术与结直肠癌的基因交集,并将交集基因导入STRING在线网站构建PPI网络;利用cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点(基因)网络;运用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果最终得到35个有效成分-疾病交集靶点;主要信号通路有靶点基因富集的蛋白功能主要包括诱导细胞凋亡、抑制细胞增殖、调节免疫等;     

基于网络药理学解析紫花牡荆素治疗结直肠癌的分子机制

目的 基于网络药理学解析紫花牡荆素治疗结直肠癌的分子机制,为紫花牡荆素治疗结直肠癌提供潜在作用靶点和新思路。方法 在Pubchem数据库以及药物靶点预测数据库SwissTarget Prediction获取紫花牡荆素相关潜在作用靶点,借助人类孟德尔遗传病数据库(OMIM)平台检索结直肠癌相关靶点,并将其与紫花牡荆素相关潜在作用靶点在Venny数据库相互映射获得共同靶点;运用STRING数据库构建紫花牡荆素-结直肠癌共同靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;利用DAVID数据库对紫花牡荆素治疗结直肠癌靶点进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因百科全书(KEGG)通路富集分析,并使用Cytoscape 3.8.2软件构建紫花牡荆素通路网络图;利用微生信在线网站绘制KEGG气泡图;通过对紫花牡荆素和关键靶点进行分子对接验证。结果 预测结果显示紫花牡荆素和结直肠癌中的靶点取交集后获得6个共同靶点,其中关键靶点2个,分别是络氨酸蛋白激酶(SRC)和丝氨酸蛋白激酶(ATK1)。GO富集分析涉及生物过程35个、细胞组分2个、分子功能8个。KEGG通路富集筛选得到28个相关通路,主要作用于...     

基于网络药理学和体外实验验证白及对头颈鳞状细胞癌的抑制作用及机制

目的 探讨白及抗头颈鳞状细胞癌(HNSCC)的潜在靶点和作用机制。方法 从中药TCMSP、Swiss Target-Prediction和SymMap数据库挖掘白及的活性成分及其主要靶点。从TCGA数据库下载HNSCC相关数据集,通过R语言获得HNSCC中的差异表达基因,以STRING数据库和Cytoscape软件构建药物-疾病共同靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),用R软件进行GO和KEGG富集分析,用Autodock软件进行分子对接。通过乙酸乙酯萃取和乙醇提取获得白及提取物,通过CCK-8法检测白及提取物对HNSCC细胞(Cal27)存活率的影响。结果 白及9个主要有效成分对应235个作用靶点。GO和KEGG富集分析发现53条通路受白及调控,包括蛋白质自磷酸化、细胞周期、p53及IL-17信号通路等。分子对接预测发现白及有效成分2,3,4,7-四甲氧基菲与多个靶标具有良好的键合活性。体外细胞实验表明白及提取物处理Cal27细胞48h后,Cal27细胞生长显著抑制,IC₅₀为8.3μg/mL。结论 白及可能通过多种靶点有效抑制HNSCC增殖。