基于综合生物信息学筛选骨关节炎潜在生物标记物的研究

目的:基于基因芯片筛选骨关节炎特征基因谱及信号通路。方法:基于Gene Expression Omnibus(GEO)数据库的2个人类关节滑膜组织微阵列（GSE82107和GSE55235）,包括20个骨关节炎样本和17个健康对照样本,采用GEO2R工具筛选骨关节炎和健康对照之间的差异表达基因(DEGs)。使用注释、可...     

颈椎后纵韧带骨化症肥胖相关基因的筛选及鉴定

目的：探索颈椎后纵韧带骨化症（OPLL）肥胖相关基因及其功能特征。方法：从高通量基因表达（GEO）数据库中下载颈椎OPLL相关的转录组数据集GSE69787,与Gene数据库中肥胖相关基因进行筛选,获得颈椎OPLL肥胖相关差异表达基因（DEGs）。使用DAVID软件和R软件对肥胖相关DEGs进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,应用Cytoscape软件将数据可视化,并通过cytoHubba工具包计算得到中心基因。采用实时定量PCR(qRT-PCR)检测中心基因在颈椎后纵韧带组织中的表达水平。结果：通过GSE69787数据集与肥胖相关基因筛选得到24个颈椎OPLL肥胖相关DEGs,构建并计算这24个肥胖相关DEGs的蛋白质相互作用网络,最终筛选出10个中心基因。GO/KEGG富集分析结果显示这10个肥胖相关DEGs主要富集于蛋白激酶B信号通路及其调控、骨化、炎症反应调控、骨矿化及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等生物学过程和生物信号通路。最后通过qRT-PCR验证发现LEP、IGF2、IL18、BMP2和LOX在颈椎OPLL组韧带组织中高表达（P...     

基于生物信息学胰腺腺癌关键基因的筛选及支持向量机诊断模型的构建

背景与目的：胰腺癌是一种常见的消化道恶性肿瘤,其主要病理类型为胰腺腺癌（PAAD）,因早期诊断困难且缺乏有效的治疗措施,故预后极差。因此,寻找PAAD的诊治新靶标具有重要意义。本研究通过生物信息学方法筛选与PAAD诊断和预后相关的关键基因,构建分类PAAD样本和正常样本的支持向量机（SVM）模型,以期为PAAD的诊治及机制研究提供依据。 方法：从基因表达数据库（GEO）中下载3个芯片数据（GSE28735、GSE62165、GSE62452）,应用R语言的Limma包筛选出PAAD组织和正常组织间的差异表达基因（DEGs）。利用STRING数据库对DEGs进行GO和KEGG通路富集分析。再以STRING数据库构建DEGs的蛋白互作网络（PPI）,利用Cytoscape软件进行可视化编辑,并通过MCODE插件进行关键子网络分析。使用R语言的survival包筛选PPI和关键子网络中与预后相关的关键节点,将其上传至Metascape进行功能富集分析。利用R语言caret包中递归式特征消除（RFE）算法筛选关键节点中的最优特征基因,在GEPIA数据库中验证最优特征基因的表达差异,随后通过R语言的e1071包构建最优特征基因的SVM模型,并在3个芯片数据中借助R语言的pROC包对该模型进行验证。在TCGA数据库中,用R语言的survminer包筛选出最优特征基因中与PAAD预后相关的基因作为关键基因。 结果：共筛选出257个DEGs,包括168个上调基因和89个下调基因。GO分析结果表明DEGs主要参与细胞外基质的组成、细胞黏附、丝氨酸肽酶活性等生物学过程。KEGG分析显示,DEGs主要富集于蛋白质的消化和吸收、胰腺的分泌、黏着斑、PI3K-Akt信号通路。生存分析筛选出14个关键节点同时在GSE28735和GSE62452中与预后相关（均P<0.05）,这些基因在肿瘤侵犯和肿瘤发生中发挥一定作用。RFE筛选出8个最优特征基因：LAMA3、FN1、ITGA3、MET、PLAU、CENPF、MMP14、OAS2;GEPIA数据库验证发现这8个最优特征基因在PAAD组织中明显上调（均P<0.01）;这些基因构建的SVM模型在3个芯片数据中ROC曲线的AUC依次为0.898、1.000、0.905。TCGA数据库验证发现LAMA3、ITGA3、MET、PLAU、CENPF及OAS2的上调与PAAD预后不良有关（均P<0.05）。 结论：关键基因LAMA3、ITGA3、MET、PLAU、CENPF及OAS2可能成为PAAD诊治的新靶点;基于8个最优特征基因构建的SVM模型可有效诊断PAAD。     

基于多数据库分析转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因及其生物学特征

目的通过生物信息数据库的挖掘, 探究转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的关键调控基因、生物学特征和通路。方法使用基因表达综合(GEO)数据库中转移性黑色素瘤和乳腺癌脑转移的样本数据集GSE8401、GSE46517和GSE12237进行差异基因筛选, 设定P<0.05及logFC>2具有统计学意义, 找出差异基因(DEGs)。进一步对DEGs进行基因本体论(Gene Ontology)分析和DAVID数据库通路分析, 使用String数据库制作DEGs的蛋白质相互作用(PPI)网络并利用Cytoscape可视化, 使用分子复合物检测(MCODE)插件用于筛选Cytoscape中PPI网络的显著交互模块, 使用cytoHubba插件对网络进一步分析, 采用六种算法来选择枢纽基因, 最后使用GeneMARIA数据库构建了枢纽基因和具有共同生物学功能的基因的共表达网络。结果最终得到158个DEGs(P<0.05, logFC>2), 其中45个基因显著下调, 113个显著上调。筛选所得的DEGs主要GO富集为:(1)生物过程(BP):DEGs主要富集在RNA剪接的调控, 通...     

骨关节炎软骨细胞衰老潜在生物标志物的筛选

[目的]采用生物信息分析学方法,筛选骨关节炎（osteoarthritis, OA）软骨细胞衰老潜在生物标志物,为揭示OA的发生机制及探索新的治疗方法提供理论依据。[方法]从基因表达综合数据库（gene expression omnibus, GEO）获取OA软骨组织数据集,使用RStudio软件筛选出差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）,并进行富集分析,再将DEGs与SenMayo衰老基因集取交集获得Hub基因,并进行验证,最后用miRNet在线平台及Cytoscape软件构建竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA, ceRNA)网络。[结果]数据集GSE169077和GSE114007经差异分析并取交集后共得到DEGs 272个;对DEGs行基因本体论（Gene Ontology, GO）分析,发现其主要富集在细胞外基质组织、细胞外结构组织等条目中;行京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG）分析,发现其主要富集在PI3K-A...     

骨性关节炎软骨下骨改变中的潜在生物标志物

目的:通过生物信息学分析骨性关节炎(OA)软骨下骨改变过程中的潜在生物标志物及相关通路。方法:从基因表达数据库(GEO)下载GSE51588数据集,鉴定差异表达基因(DEGs)并进行富集分析。构建蛋白互作网络(PPI),模块分析并筛选Hub基因。预测Hub基因的靶向MicroRNAs(miRNAs),鉴定关键miRNA...     

基于GEO数据库脓毒症心肌病差异基因的筛选与生物信息分析

目的 利用脓毒症心肌病（SCM）的差异性基因,检测与SCM有关的潜在靶点,为寻找最新的诊断方法与疗法提供新途径。方法 从美国GEO数据库上下载GSE79962基因芯片,并使用NetworkAnalyst的网络大数据分析技术工具分析SCM病人和对照组患者（NF）所表达的差异基因,并将结果可视化。将不同差异基因（DEGs）经过分析,使用Metascape网络数据库系统和String网站对其经过富集分析及蛋白质互助作用构建PPI网络图,从而检测出重要基因组和功能模块。结果 一共筛选出了390个DEGs,包括上升基因288个,下降基因162个。而基因组本体分析则表明,DEGs在生物过程学中一般富集在对药物反应、对血栓形成的积极调控、对细菌繁殖的负性调控等;在细菌组成方面一般是富集于细胞外区段、细胞外间隙、浆膜的整体成分等;在分子物质作用功能则一般是富集于与蛋白质的融合、钙离子融合、受体结合等。通路分析提示,DEGs主要富集于PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗等。利用Cytoscape的在线数据库,检测出了2种显著作用模块和10个重要基因,它们为STAT3、SERPINE1、TIMP1、TP5...     

结直肠癌奥沙利铂耐药关键基因的生物信息学分析及意义

目的筛选与结直肠癌（CRC）中奥沙利铂（OXA）耐药性相关的基因和通路。 方法首先通过GEO数据库分析GSE76092的基因表达谱,筛选出CRC的OXA敏感和OXA耐药细胞系之间的差异表达基因（DEGs）。利用DAVID数据库进行基因本体论（Go）分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。通过STRING工具构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。经MCODE插件选择关键基因,并利用GEPIA工具进行生存分析。最后使用miRWalk数据库预测相关的miRNA。 结果通过数据分析总共获得474个DEGs,并筛选了相关的信号通路和PPI网络。筛选出15个中心基因,其中7个显著参与NF-κB和趋化因子信号等通路。对7个关键基因的生存分析表明,CXCL8、IL-1β和PTGS2表达水平与CRC患者的总体生存相关。预测hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-7851-3p和hsa-miR-96-3p是OXA耐药相关核心miRNA。 结论基于生物信息学筛选出来的OXA耐药关键基因和信号通路,为CRC中OXA耐药的潜在机制提供更深入的了解。     

基于基因表达汇编数据库的外周血中脊柱椎间盘退行性变诊断标志物的生物信息学分析

目的 通过生物信息学分析椎间盘退行性变（IDD）相关的差异表达基因（DEG）,寻找疾病的新型诊断标志物。方法 通过基因表达汇编（GEO）数据库GSE124272、GSE150408数据集下载IDD相关的外周血样本芯片数据,筛选出IDD组和正常组之间的DEG。使用DAVID在线数据库对DEG进行基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集,然后利用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并获取关键基因,并利用GSE23130数据集中的纤维环样本芯片数据进行验证。利用GSE124272、GSE150408数据集中的数据,采用受试者工作特征（ROC）曲线评估外周血中关键基因的诊断效能。结果 联合分析后筛选出597个DEG,包含363个上调基因和234个下调基因。GO功能富集分析发现DEG主要参与细胞黏附、细胞凋亡、趋化作用和细胞迁移等功能,KEGG分析发现DEG主要参与细胞外基质受体相互作用和癌症中的信号通路。PPI网络分析筛选出17个关键基因,经验证获得RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C这4个基因,ROC曲线分析显示这4个基因对IDD诊断效能显著,曲线下面积分别为0.763、0.741、0.710、0.702。结论 RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C或可成为IDD的新型诊断标志物,为该病进一步的功能研究提供理论依据。     

通过生物信息学分析发现胃癌的靶点基因和生物学特性

目的从公共数据库获取数据，筛选差异表达基因，旨在发现胃癌潜在的靶点基因并揭示其生物学特征。 方法基因表达谱（GSE29272、GSE54129、GSE13911、GSE79973、GSE19826）从GEO数据库获得；差异表达基因通过GEO2R筛选出，韦恩图绘制出5个基因表达谱的交集，从而得出共同差异表达基因；使用DAVID数据库进行共同差异表达基因的KEGG通路分析和GO富集分析；共同差异表达基因通过STRING数据库获取其蛋白质-蛋白质互作（PPI）网络图并用Cytoscape软件进行可视化，同时通过Cytoscape软件中的插件CytoHubba筛选胃癌靶点基因；靶点基因在GEPIA数据库和UALCAN数据库中进一步验证其表达及生存分析；CMap数据库预测其潜在的靶向小分子化合物。 结果韦恩图筛选出105个共同差异表达基因，其中包括57个下调基因和48个上调基因；经DAVID数据库中的KEGG通路分析和GO富集分析显示，这些上调基因主要与细胞外基质组织、细胞黏附、局灶性黏附、PI3K-Akt信号传导途径、细胞外基质-受体相互作用相关。通过Cytoscape软件筛选出8个靶点基因：BGN、SPARC、COL5A2、COL5A1、COL1A2、COL4A1、COL6A3和COL11A1；在GEPIA数据库和UALCAN数据库验证后，确认了这8个关键基因与胃癌发生发展有关。生存分析显示，COL4A1（P=0.029，HR=1.4）和COL5A2（P=0.009 5，HR=1.5）的高表达与生存能力降低有关。CMap数据库分析显示吡咯酰胺和芳香维甲酸最有可能逆转胃癌的状态。 结论BGN、SPARC、COL5A2、COL5A1、COL1A2、COL4A1、COL6A3和COL11A1可能被用作改善胃癌诊断和免疫疗法生物标志物的潜在靶标，吡咯酰胺和芳香维甲酸最有可能成为治疗胃癌的小分子化合物，这些分析结果为胃癌的病因研究提供了新的方向，也为深入探究其发病机制提供了理论基础。     

肾移植术后BK病毒相关性肾病核心基因及免疫微环境的生物信息学分析

目的通过生物信息学方法分析肾移植术后BK病毒相关性肾病(BKVAN)的核心基因及其与浸润的免疫细胞相关性。 方法从美国国立生物技术信息中心基因表达综合数据库下载BKVAN相关数据集GSE75693和GSE72925,BK病毒(BKV)血症相关数据集GSE47199。合并GSE75693和GSE72925后筛选差异表达基因(DEGs),然后进行基因本体生物过程(GOBP)以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并通过蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络进一步筛选核心基因。使用CIBERSORT进行免疫浸润分析,然后计算差异的免疫细胞和核心基因的相关性。最后,在GSE47199数据集筛选BKV血症和BKVAN共同的核心基因,使用基因集富集分析(GSEA)鉴定共同的核心基因分别在BKVAN和BKV血症中的生物过程。所有统计分析及可视化均基于R语言(4.0.2)。P<0.05为差异有统计学意义。 结果在合并数据中共筛选出175个上调及70个下调DEGs。在PPI网络中,通过5种方法交集得到9个核心基因,核心基因主要富集在免疫细胞活化与功能相关的进程;在KEGG分析中,核心基因主要富集在病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体间相互作用、细胞因子-细胞因子受体间相互作用以及趋化因子信号通路等。免疫浸润分析表明PTPRC、CCL5、TYROBP、CXCL10、CD2和CXCL9与BKVAN中浸润的免疫细胞相关。CD2是BKVAN和BKV血症的共同核心基因。 结论通过生物信息学方法筛选出BKVAN的核心基因,其中PTPRC、CCL5、TYROBP、CXCL10、CD2和CXCL9与BKVAN中浸润的免疫细胞相关,CD2是BKVAN和BKV血症的共同核心基因,这些标志物为肾移植术后BKVAN的诊治提供依据。     

基于TCGA数据库的肾上腺皮质腺癌关键基因挖掘

目的基于TCGA数据库挖掘出肾上腺皮质腺癌(ACC)发病相关的关键基因, 为以后ACC相关的基础以及临床研究提供重要参考依据。方法从TCGA数据库获取150例ACC样本和3例癌旁正常组织样本, 利用R语言软件进行差异表达分析, 利用DAVID在线工具进行GO和KEGG PATHWAY功能富集分析, 最后应用STRING在线检索工具及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选出前10位的hub基因。结果从TCGA数据库共挖掘出1 744个差异表达基因, 包括1 199个表达上调基因和545个表达下调基因, 对其进行GO和KEGG PATHWAY功能富集分析以及功能注释, 获取关键通路信息:差异表达基因(DEGs)主要富集于细胞黏附、膜的组成成分、网格蛋白结合及神经活性配体-受体相互作用, 最后构建PPI网络并筛选得到GNG2、GNG3、GNG4、GNG8、GNB3、BDKRB1、MCHR1、SAA1、ADCY2、LPAR3这10个关键基因。结论本研究发现10个与ACC发生发展相关的关键基因, 这10个关键基因与多种肿瘤的增殖与转移密切相关, 有望成为ACC早期诊...     

乳腺癌新辅助化疗前后肿瘤相关巨噬细胞相关基因变化的生物信息学分析

背景与目的 乳腺癌是全球女性发病率最高的恶性肿瘤,化疗是乳腺癌最重要的治疗方式之一,最近的研究表明,化疗可能通过增强肿瘤微环境中的抗肿瘤免疫力来发挥抗肿瘤效应。因此,本研究通过生物信息学分析明确乳腺癌患者新辅助化疗（NAC）前后肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及相关基因的变化,评估NAC对乳腺癌患者免疫影响。方法 GEO数据库输入“Breast Cancer”,“TAMs”,“Chemotherapy”进行检索,选择人乳腺癌组织的GSE134600数据集进行分析。通过R包（limma函数）筛选乳腺癌患者NAC前后组织样本中差异表达基因（DEGs）。对所有DEGs进行GO功能富集和KEGG通路分析。通过Cytoscape软件对DEGs进行蛋白互作网络可视化,并筛选关键核心基因,通过cBioPortal对10个关键基因进行突变分析。使用R包（CIBERSORT）对GSE134600数据中的免疫细胞分布及相关性进行评估。结果 鉴定出751个乳腺癌NAC前后DEGs（409个上调基因和342个下调基因）。通过GO富集分析DEGs的生物过程（BP）、细胞组分（CC）和分子功能（MF）。在BP中主要富集在I型干扰素（IFN-I）信号通路/病毒应答与防御和病毒生命周期方面;在CC中主要富集在细胞膜的外在成分和细胞膜的细胞质侧方面;在MF中主要富集在细胞因子受体结合、双链RNA结合和脂肽结合方面。KEGG通路富集分析中,DEGs主要富集在甲型H1N1流感、麻疹、丙型肝炎、冠状病毒病COVID-19、NF-κB信号通路、EBV病毒感染、NOD样受体信号通路和阿米巴病信号通路。通过CytoHubba插件筛选出乳腺癌NAC前后TAMs相互作用程度最高的前10个关键基因：IFIT1、ISG15、MX1、MX2、IRF7、RSAD2、IFIT3、IFI35、IFI6、IFITM1。多组学分析发现IFIT1、MX1和MX2主要发生缺失突变,IFIT1主要发生基因深度删除,而MX1和MX2主要发生基因扩增。NAC后乳腺癌组织中M0巨噬细胞、CD8⁺T细胞及M2巨噬细胞含量减少,M0巨噬细胞与记忆性B细胞成正相关（r=0.64）,与未活化的CD4⁺记忆性T细胞呈负相关（r=-0.66）。结论 所发现的乳腺癌患者NAC前后TAMs相关的DEGs与干扰素信号通路密切相关,提示干扰素信号通路在NAC可能通过改变TAMs而发挥重要作用。同时NAC前后M0巨噬细胞发生明显改变,提示化疗可能通过改变M0巨噬细胞分布及免疫功能调节对肿瘤的免疫应答。     

成骨分化内源性竞争性lncRNA-miRNA-mRNA网络与核心基因的研究

目的 揭示成骨分化中内源性竞争性长链非编码核糖核酸lncRNA（long noncoding RNA,lncRNA）与下游潜在的微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid,microRNA,miRNA),及信使核糖核酸（messenger RNA,mRNA）的表达关系,构建内源性竞争性lncRNA-miRNA-mRNA网络。方法 选取NCBI基因表达综合数据库基因芯片GSE89330、GSE72429、GSE74837,应用GEO2R获得差异基因(differentially expressed genes,DEGs)、差异lncRNA（differentially expressed lncRNA,DElncRNAs）和差异miRNA （differentially expressed miRNA,DEmiRNAs）。通过DAVID数据库(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)进行DEGs功能富集分析（GO analysis）和KEGG分析（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes analysis）。利用miRWalk在线工具、DIANA在线分析工具lncBASE 2.0预测DEGs的上游潜在靶点和DEmiRNAs的lncRNA潜在靶点,互相比对,利用Cytoscape构建lncRNA-miRNA-mRNA互作网络。应用STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes)、Cytoscape和MCODE(Molecular Complex Detection)软件建立蛋白相互作用网络（PPI network）,计算DEGs 的各个连接度并分析和筛选网络集簇模块,并进行关键基因（hub gene）筛选。结果 共获得186个DEGs,包含81个下调基因和105个上调基因;89个DEmiRNA,包括25个下调miRNA和64个上调miRNA;441个DElncRNA,包括205个下调lncRNA和236个上调lncRNA。最终筛选出84个DEGS和7个DEmiRNA及11个DElncRNAs构建lncRNA-miRNA-mRNA互作网络。对186个DEGs GO分析发现其功能主要富集在炎症反应和血管生成中,其分子功能主要在生长因子活化中。通过PPI网络分析,筛选出两个网络集簇模块,并得到10个关键基因（IL6、CXCL12、CXCL8、CCL2、HGF、LEP、VCAM1、CXCL1、SAA1、FOS）。结论 通过lncRNA-miRNA-mRNA互作网络,预测了新的潜在内源性竞争性lncRNA与下游miRNA-mRNA存在联系。     

基于生物信息学分析鉴定激素性股骨头坏死的关键生物标志物及相关免疫细胞浸润

目的：对激素性股骨头坏死（SIONFH）患者外周血清中的基因芯片数据进行生物信息学分析,探究SIONFH发生的分子机制。方法：通过基因表达综合数据库（GEO）获取SIONFH患者与非SIONFH患者外周血清中的基因表达谱。通过R软件、Perl语言,借助5个疾病相关数据库、基因本体论、基因/蛋白质相互作用关系检索工具、Cytoscape分析软件及DAVID等数据库和分析工具,进行差异表达基因（DEGs）鉴定、功能注释和富集分析,并计算SIONFH患者外周血清中免疫细胞之间的关系。结果：从GEO数据库中下载基因表达序列GSE123568,包括30例SIONFH患者和10例非SIONFH患者。SIONFH组与非SIONFH组比较的外周血清的基因本体论（GO）富集分析中,上调的DEGs在生物学过程中主要富集在免疫反应、细胞防御反应、模式识别受体信号通路、神经炎症反应等方面;在细胞组分中主要富集在分泌颗粒膜、质膜外侧和内溶酶体等方面;在分子功能中主要富集在模式识别受体活性、趋化因子受体活性、免疫受体活性等方面。下调的DEGs在生物学过程中主要富集在组蛋白修饰、共价染色质修饰、肽基赖氨酸修饰和RN...     

基于网络药理学的“山慈菇-半枝莲”抗肝癌活性成分及作用机制研究

目的 基于网络药理学探讨“山慈菇-半枝莲”药对治疗肝癌的有效靶点及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）数据库检索山慈菇和半枝莲活性成分和相关靶点,在genecards数据库和OMIM数据库获取肝癌相关疾病靶点。运用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”网络,String数据库构建蛋白相互作用网络（protein-protein interaction,PPI）,并通过网络拓扑分析筛选关键成分及核心靶点,最后通过R软件对肝癌靶基因进行GO功能分析和KEGG富集分析。结果 本研究筛选出“山慈菇-半枝莲”活性成分30个,肝癌靶点192个,涉及162个信号通路,进一步筛选得出核心化合物7个,核心靶基因6个,GO富集结果显示肝癌靶基因主要参与DNA转录和蛋白降解、炎症反应、免疫抑制以及血管的生成等生理功能。KEGG富集结果显示AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎信号通路,IL-17、TNF、PI3K-Ak...     

miR-26b-5p通过下调MKNK2/eIF4E信号通路抑制胰腺癌细胞的增殖及侵袭

目的：筛选胰腺癌（PC）侵袭相关微小RNA(miRNA,miR),验证其生物学功能和调控的信号通路,为胰腺癌的诊治提供新的分子标志物和靶点。方法：通过基因表达综合数据库（GEO）的miRNA表达谱数据集GSE71533和GSE85589,分析miR-26b-5p的差异表达;利用癌症基因组图谱数据库（TCGA）,分析miR-26b-5p对PC患者总生存率的影响。采用TargetScan数据库识别miR-26b-5p的靶基因集。通过细胞功能实验,验证miR-26b-5p对PANC-1细胞增殖、迁移和侵袭的影响。利用基因本体（GO）和KEGG通路富集分析,揭示miR-26b-5p靶基因的功能,并通过蛋白印迹（Western blotting）实验验证miR-26b-5p靶向的信号通路。结果：在GSE71533和GSE85589数据集,相对于正常组织和对照组血浆,miR-26b-5p在PC组织和PC患者血浆明显低表达（9.65±0.10 vs 10.18±0.07,P <0.001;0.67±0.18 vs 0.79±0.24,P=0.017）。TCGA-胰腺癌生存分析结果显示,miR-...     

胃癌枢纽基因的筛选和预后分析

目的:运用生物信息学方法探讨胃癌的预测指标和治疗靶点,并分析其与预后的关系。方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载3个微阵列数据集(GSE13911、GSE33651、GSE79973),运用GEO2R筛选出胃癌样本与正常组织样本间的差异表达基因,通过基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析对差异基因进行功能和通路注释,同时使用STRING和Cytoscape构建蛋白互作网络(PPI),筛选出枢纽基因,结合Kaplan-Meier plotter数据库对筛选出的枢纽基因进行预后分析。结果:共筛选出135个差异表达基因,其中68个上调,67个下调。GO分析结果表明差异表达基因主要参与信号转导、钙离子结合、细胞外外泌体等生物学过程。KEGG分析显示差异基因主要富集的通路包括PI3K/Akt信号通路、ECM受体相互作用、黏着斑。经PPI分析筛选得出COL1A1、COL1A2、COL4A1、FN1、THBS1、CD44、COL2A1、COL4A2、CXCL8、COL5A1为枢纽基因,生存分析显示除THBS1的上调,其余基因的差异表达均影响胃癌患者的总体生存率。结论:所筛选的枢纽基因的异常表达可能参与胃癌的发生发展过程,与胃癌患者的预后密切相关,可以作为潜在的预测指标和治疗靶点为胃癌的进一步研究提供依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨张氏腰痛方治疗腰椎间盘退变的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接的方法探讨张氏腰痛方治疗腰椎间盘退变（LIDD）的分子生物学机制。方法：通过检索数据库,筛选张氏腰痛方的活性成分和作用靶点,以及LIDD的相关基因。通过R软件筛选张氏腰痛方治疗LIDD的共同靶基因,构建“药物-成分-靶点-疾病”网络以及共同靶基因的蛋白质相互作用网络,同时挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。关键靶基因进行GO功能富集分析与KEEG通路富集分析,以揭示这些靶基因的潜在生物学功能和通路。结果：共筛选出202个有效成分和164个共同靶基因,包括10个核心靶基因。富集分析结果表明,张氏腰痛方治疗LIDD的靶点主要作用于晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、细胞凋亡和低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等。这些生物过程主要参与炎症反应、氧化应激和细胞凋亡的调控。分子对接结果显示,张氏腰痛方治疗LIDD的主要活性成分divaricatol、槲皮素、O-乙酰基哥伦比亚苷元、紫堇灵、黄芪紫檀烷苷与核心靶点TNF、AKT1、白细胞介素-6、TP53、血管内皮生长因子A具有良好的结合能力。结论：本研究初步证实了张氏...     

威灵仙治疗癌性疼痛“成分-靶点”网络机制探索

目的 运用网络药理学方法探索中药威灵仙治疗癌性疼痛“药物成分-作用靶点-信号通路”的作用网络及其潜在调控机制。方法 采用中药系统药理学数据库网络平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）并结合研究报道筛选威灵仙的药物活性成分及作用靶点,通过人类基因信息网站（GeneCards）与在线数据库（Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM）筛选出癌性疼痛的疾病靶点,对药物成分与疾病靶点进行匹配并构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。构建靶蛋白互作网络,利用R语言绘制柱状图找出关键基因,进行基因Symbol与基因ID转换,并对“成分-疾病”的交集基因进行GO及KEGG通路富集分析。结果 本次研究筛选到威灵仙28种潜在有效成分,33个潜在作用靶点。通过生物信息学分析,主要通过胆碱能突触通路、神经活性受体配体相互作用通路、“细胞凋亡-多物种”通路等信号通路发挥治疗癌性疼痛的作用。结论 威灵仙中皂苷类、甾醇类、黄酮及多元酚类...