基于网络药理学和分子对接技术探讨葛花-枳椇子治疗酒精性肝损伤的潜在作用机制

目的: 利用网络药理学和分子对接技术对葛花-枳椇子治疗酒精性肝损伤（ALI）的潜在作用机制进行研究。方法: 先利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和Swiss数据库搜集与葛花、枳椇子药材相关的化学成分及作用靶点,并以口服利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18对化合物进行筛选;同时,使用GeneCard、DrugBank数据库获取与ALI相关的靶点,借助韦恩图映射葛花-枳椇子治疗ALI的潜在作用靶点,再采用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用网络及“药材-潜在活性成分-作用靶点”相互作用网络;接着在DAVID和Reactome数据库中对潜在作用靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后,使用AutoDock Vina软件将潜在活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果: 在葛花-枳椇子中,共筛选出21个与疾病相关的潜在活性成分和431个潜在作用靶点,涉及蛋白结合、ATP结合等273种生物功能及磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、TNF信号通路等90条KEGG代谢通路和信号转导、免疫系统等362条Reactome通路。分子对接结果显示,21个潜在活性成分与核心靶点蛋白激酶B（Akt）1、肿瘤蛋白p53（TP53）、IL-6均有较好的亲和力。结论: 本研究结果揭示了葛花-枳椇子治疗ALI的多成分、多靶点、多途径的作用特点,并预测了可能的药效物质、关键靶点和作用通路,为其新药开发和作用机制研究提供了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨石菖蒲治疗阿尔茨海默病作用机制研究

目的 利用网络药理学联合分子对接探讨石菖蒲治疗阿尔茨海默病(alzheimer's disease,AD)的关键分子机制,以期为AD的治疗提供新的作用药物.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库分析石菖蒲的相关化学成分及作用靶点,检索GeneCards、Pharm Mapper、治疗靶标数据库(T...     

基于网络药理学和分子对接探索桂枝茯苓丸治疗卵巢癌的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探索桂枝茯苓丸治疗卵巢癌的主要活性成分和作用机制.方法:使用TCMSP数据库检索并筛选桂枝茯苓丸中每味中药的活性成分,在Uniprot数据库找出药物活性成分的作用靶点,通过Cytoscape软件的Network Analyzer功能筛选出药物的主要活性成分及靶点.使用Genecards...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨茵陈五苓散治疗非酒精性脂肪肝的作用机制

目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探讨茵陈五苓散治疗非酒精性脂肪肝(NAFLD)的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)收集茵陈五苓散中主要化合物成分,使用TCMSP、SWISS、STICH在线靶标预测平台数据库预测和筛选茵陈五苓散中相应化合物靶点,在DisGenet、DrugBank、OMIM及疗...     

基于网络药理学和分子对接研究半夏散治疗慢性咽炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接研究半夏散治疗慢性咽炎的作用机制。方法 用LSP和TCMSP预测半夏散已知有效成分的作用靶点和慢性咽炎疾病靶点,使用Cytoscape3.6.1软件对半夏散进行中药—有效活性成分—靶点网络构建,STRING10.5数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape3.6.1软件进行GO富集分析,KEGG通路注释分析,以及利用AutoDock软件进行分子对接。结果 半夏散中有101个主要有效活性成分,作用于234个靶点蛋白;慢性咽炎有2 289个靶点,得到共同靶点117个。通过KEGG通路分析得到20个有效信号通路,GO富集显示15个生物过程、15个分子功能、15个细胞成分。有3个活性成分与2个关键靶点蛋白有效结合。结论 半夏散治疗慢性咽炎的作用机制是通过对炎症反应进行干预和调节,并对咽部内皮细胞的代谢和功能损伤进行修复。     

基于网络药理学和分子对接探讨虎杖治疗脓毒症的作用机制

【目的】应用网络药理学探讨虎杖治疗脓毒症的作用机制,并通过分子对接技术进行初步验证。【方法】通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和相关文献获取虎杖主要化学成分并预测作用靶标,从GeneCards、OMIM数据库获得脓毒症的疾病靶标,将脓毒症靶标与虎杖有效成分靶标通过R软件处理并绘制韦恩图。利用Cytoscape 3.8.0软件和STRING数据库构建药物-成分-靶标网络、药物-疾病靶标蛋白互作网络（PPI）。对交集靶标进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。最后对核心靶标和有效成分采用分子对接验证。【结果】筛选出虎杖10个药物活性成分和63个潜在作用靶标。活性成分主要为槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇、毒扁豆次碱、大黄酚、儿茶酚、6,8-二羟基-7-甲氧基呫吨酮。TP53、IL6、ESR1、CASP3、HIF1A、VEGFA等是筛选出来的核心靶标。GO富集结果主要集中在氧化应激反应、活性氧代谢过程、凋亡信号通路的调控与负调控等功能。KEGG主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)、晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-R...     

基于网络药理学和分子对接预测大黄治疗胃癌的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法探讨大黄在胃癌中的抗肿瘤机制。方法 通过TCMSP网站收集大黄的活性成分及对应的靶点,利用肿瘤与癌症基因组图谱（TCGA）数据库、GeneCards网站得到胃癌相关基因,两者取交集,利用Cytoscape软件绘制胃癌-大黄-活性成分-靶点的网络图。通过Metascape网站对交集靶点进行功能、同路富集分析以及蛋白-蛋白相互作用网络分析,利用MCODE算法确定关键基因簇,最后利用分子对接方法找到可能的作用靶点。结果 通过筛选得到大黄的主要活性成分16个,共获得46个治疗胃癌的潜在靶点,京都基因和基因组数据库（KEGG）通路、基因本体论（GO）分类富集分析结果显示,大黄治疗胃癌的机制涉及多个生物学过程,包括凋亡、程序性细胞死亡、MAPK通路调节、细胞周期、PI3K-Akt等信号通路。蛋白-蛋白互作后发现关键基因簇包括BCL2、CASP8、AR、IL1B、CASP3、PRKCA、TP53、CDKN1A、PCNA,主要为凋亡相关基因,进一步分子对接验证了其与对应活性成分之间亲合度均较高,其中PKCNA与芦荟大黄素亲合度最高。结论 大黄治疗胃癌通过多成分、多靶点...     

基于网络药理学和分子对接探讨枳实治疗乳腺癌的作用机制

目的:探讨枳实治疗乳腺癌的有效活性成分及其潜在机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)分析枳实中的化合物,筛选其活性成分和潜在靶标,采用Cytoscape 3.7.2软件对枳实化合物-靶点网络进行构建,...     

基于网络药理学和分子对接分析参附汤治疗房颤的作用机制

  目的  基于网络药理学和分子对接技术,探索参附汤治疗房颤的作用机制。  方法  2020年3—4月通过TCMSP数据库筛选参附汤的活性成分以及相关靶点,并在Uniprot数据库中对相关靶点进行注释并得到基因名;在OMIM和Pharmgkb等数据库,获取房颤相关的靶点;由R软件对房颤及其与参附汤有效成分靶点取交集,获得关键治疗靶点;利用String数据库构建PPI网络,并将结果导入Cytoscape软件中构建“活性成分-作用靶点-疾病”网络和进行拓扑分析,获得核心靶点;随后在DAVID数据库对关键靶点进行GO功能注释及KEGG富集分析,最后通过AutoDock Vina软件对关键成分和核心靶点进行分子对接。  结果  获得参附汤靶点101个,房颤靶点3 219个,交集后获得65个共有靶点,拓扑分析发现NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8是参附汤治疗房颤的核心靶点;GO提示主要靶点涉及电压门控钙通道活性、钙离子传输以及活性氧代谢等生物学过程;KEGG提示主要靶点通过cGMP-PKG、cAMP、钙通道以及PI3K-Akt等信号通路参与治疗房颤;分子对接结果显示核心靶点蛋白与对应参附汤活性成分具有较好的结合稳定性。  结论  参附汤治疗房颤具有“多成分-多靶点-多通路”的作用特点,可能与NFKBIA、RELA、IL1B、JUN、STAT1、MAPK8靶点相关,其具体机制尚需分子生物实验印证。      

基于网络药理学和分子对接探讨黄连治疗高脂血症的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接,研究黄连治疗高脂血症的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄连主要活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库和TargetNet数据库,获取黄连活性成分对应的作用靶点。通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选高脂血症相关靶点。使用Venny2.1汇总化合物靶点和疾病靶点交集基因并绘制韦恩图。运用Cytoscape 3.8.2绘制“黄连-成分-靶点-高脂血症”的网络图。通过STRING构建黄连-高脂血症核心靶点的PPI网络。采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析黄连治疗高脂血症的作用机制。最终对黄连主要活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 获取黄连14个活性成分,关联138个作用靶点。黄连主要涉及脂质代谢过程的调节等生物过程,通过作用核心靶点AKT1、TNF、EGFR等并通过调节AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥降脂作用。分子对接结果证明黄连主要活性成分与核心靶点结合...     

基于网络药理学和分子对接探讨西黄丸治疗结直肠癌作用机制

目的 应用网络药理学和分子对接技术探讨西黄丸治疗结直肠癌的分子机制作用.方法 分别应用系统药理学数据库与分析平台计算系统TCMSP、Stitch数据库、Batman-TCM数据库、Tcmid数据库、Bindingdb数据库、Omim数据库、David数据库、GEO数据库等,分别进行结直肠癌疾病靶点预测及西黄丸药物靶点预...     

基于网络药理学和分子对接探析骨碎补治疗骨关节炎潜在作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接的技术与方法,探讨骨碎补治疗骨关节炎疾病的活性成分和潜在作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库,筛选得出骨碎补的潜在活性成分和相关靶蛋白,采用Genecards、OMIM等数据库预测骨关节炎的作用靶点,运用uniprot数据库查询相对应的基因名称,采用Cyt...     

基于网络药理学和分子对接法探索玉屏风散治疗非小细胞肺癌作用机制研究

目的:通过网络药理学和分子对接法,分析玉屏风散治疗非小细胞肺癌的作用机制。方法:检索相关文献和TCMSP数据库,查询玉屏风散的化学成分和作用靶点,查询Genecards、OMIM、DisGeNET、Drugbank等疾病数据库,以"non-small cell lung cancer"为关键词搜索疾病相关靶点,选取与玉屏风散靶点的交集靶点作为研究靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,进一步通过拓扑参数筛选出治疗核心靶点,并进行GO分析和KEGG信号通路富集分析,最后加以分子对接验证。结果:筛选得到玉屏风散37个活性成分,与疾病共同靶点146个,核心靶点44个。GO分析和KEGG分析表明核心靶点参与影响血管生成、细胞增殖等多种生物过程,作用于AGE-RAGE、IL-17、TNF、MAPK等多种信号通路,分子对接显示核心化合物与靶点具有良好的对接活性。结论:网络药理学分析显示玉屏风散治疗非小细胞肺癌涉及多靶点,多通路作用机制,药物与靶点具有良好的对接活性,可为后续试验研究提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨减味膈下逐瘀汤治疗非酒精性脂肪肝作用机制研究

目的：基于网络药理学分析减味膈下逐瘀汤治疗非酒精性脂肪肝（non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD）的关键化合物及其作用靶点和通路,以探索其治疗作用的分子机制。方法：利用GEO-Datasets搜集、筛选患病与正常情况下的差异基因,并绘制热图和火山图,通过TCMSP平台和Drugbank数据库检索减味膈下逐瘀汤中诸药的活性化合物,设定OB≥30%和DL≥0.18为阈值,筛选潜在的活性化合物及作用靶点。构建减味膈下逐瘀汤和NAFLD差异基因分子靶点图,利用STRING数据库获取PPI网络和网络拓扑参数,导入Cytoscape对其进行可视化分析,筛选核心调控基因,同时使用SwissDock平台将筛选得到的主要活性成分与靶点进行分子对接。通过DAVID进行GO生物功能富集分析和KEGG代谢通道富集分析,确定主要通路。结果：通过筛选后得到差异基因377个（127个上调基因及250个下调基因）,减味膈下逐瘀汤活性化合物225个,308个对应靶点;筛选得到关键靶标14个,对应化合物168个,关键靶点涉及MYC、FOSL2、FOS等。GO功能富集分析结果显示减味...     

基于网络药理学和分子对接探究五指毛桃治疗重症肌无力的作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接技术预测五指毛桃治疗重症肌无力(Myasthenia Gravis, MG)的活性成分和靶点,并探讨其潜在的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库平台(TCMSP)、SwissADME、OMIM、GeneCards等数据库获取五指毛桃作用靶点及MG的疾病靶点间的交集靶点,利用STRING数据库平台解析各靶点间的相互作用、构建PPI网络图。利用Cytoscape 3.9.0软件进行“活性成分-疾病靶点”网络分析,在此基础上采用David数据库进行GO与KEGG基因功能富集分析。筛选出五指毛桃关键活性成分和靶基因后,利用Autodock vina和PyMol软件将活性成分与重要靶点进行分子对接,验证结合活性。结果:从五指毛桃中筛选出具有作用靶点的8个有效活性成分,预测得到TNF、IL6、EGFR、IL1B等8个五指毛桃治疗重症肌无力的可能蛋白靶点,通过介导TNF、Toll样细胞受体、PI3K-Akt、MAPK等信号通路,产生抗炎、提高自身免疫能力的作用,从而达到对抗重症肌无力的发生及进展,且初步验证得到成分与靶点间活性皆较为良好。结论:通过网络药理学和分子对...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨五皮饮治疗荨麻疹的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究五皮饮治疗荨麻疹的作用机制。方法 首先利用BATMAN-TCM数据库检索五皮饮有效活性成分。利用OMIM、Drug Bank、PharmGkb、GeneCards、KEGG、DisGeNET、CTD 7个数据库检索关于荨麻疹疾病的相关靶点。其次在Cytoscape 3.7.0软件中构建中药-活性成分-作用靶点网络和中药-活性成分-作用靶点-疾病网络,并基于STRING数据构建五皮饮治疗荨麻疹靶点高置信度互作网络;同时根据拓扑分析参数筛选出治疗荨麻疹的核心靶点。随后基于Metascape数据库对交集靶点基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。最后使用AutoDock软件对关键药物成分与核心靶点进行分子对接。结果 共检索中药复方五皮饮药物有效成分21种,靶点基因738个,检索荨麻疹疾病靶点共730个,共交集117个靶点基因,筛选后得到11个核心靶点基因。GO富集分析显示,五皮饮主要参与细胞凋亡和增殖、炎性反应、对细胞外刺激反应等生物过程;KEGG富集分析结果显示,中药复方五皮饮与磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/丝氨酸（Akt）和丝裂原活化蛋白激酶...