类风湿关节炎与骨质疏松症的生物信息学分析

目的 利用生物信息学分析类风湿关节炎（RA）与骨质疏松症（OP）的关系。方法 通过Genecards、OMIM、TTD等数据库查找RA和OP的疾病基因,对两组疾病的基因取交集,将共同基因导入STRING数据库构建蛋白互作（PPI）网络图,使用R软件筛选出PPI网络中的关键基因,利用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。结果 通过检索数据库筛选出RA相关基因5 388个、OP相关基因4 587个,取交集后获得共同靶点基因1 899个,PPI网络图显示IL-6、INS、AKT1、TNF、TP53、VEGFA、EGFR等为RA与OP的共同关键基因,GO富集主要与受体配体活性、细胞因子受体结合、囊泡、T细胞活化、肽分泌的调节等相关,KEGG信号通路包括PI3K-Akt信号通路、JAK-STAT信号通路、破骨细胞分化、细胞凋亡、Th17细胞分化等。结论 所获得RA与OP的共同关键基因和涉及的信号通路,有助于理解两者在疾病过程中的相关性,为药物的研发提供理论参考。     

非酒精性脂肪肝与骨质疏松间的生物信息学关系

目的 通过生物信息学相关技术方法依托相关数据库探讨非酒精性脂肪肝与骨质疏松之间的相互影响机制。方法 分别以骨质疏松及非酒精性脂肪肝为关键词在相关疾病数据库( Disgenet、TTD、OMIM、Drugbank、Genecards)中筛选相关基因,去重整合后将两组预测靶基因进行映射得到关键靶点,通过STRING网站获得靶点PPI互相作用网络,根据degree值筛选出核心靶点并通过 DAVID 数据库进行GO富集分析以及 KEGG 通路分析。结果 通过相关疾病数据库搜索筛选出与骨质疏松症和非酒精性脂肪肝相关靶点分别为 875 个和952个,映射出关键靶点217个,以degree≥36筛选出核心靶点24个并导入 DAVID 数据库获得78项GO富集结果（P<0.05）及78条KEGG信号通路（P<0.05）。结论 IL-6、INS、VEGFA、AKT1等核心靶点作用于乙肝通路、类风湿关节炎通路、TNF通路、IBD通路调控炎症反应及糖脂代谢等生物过程,使骨质疏松及非酒精性脂肪肝互相影响,为临床治疗两种疾病提供了较为科学的理论基础。     

二仙汤防治骨质疏松症的网络药理学研究

目的通过网络药理学分析二仙汤防治骨质疏松症(osteoporosis,OP)的关键靶点,探讨二仙汤防治OP的可能机制及信号通路。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选二仙汤的入血活性成分并预测其作用靶点;利用基因表达数据库(GEO)获取GSE56116基因芯片原始数据,分析二仙汤的治疗靶点;从疾病相关数据库检索已知OP致病基因;通过STRING和Cytoscape软件映射获得二仙汤治疗OP的关键靶点,建立关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行KEGG和GO富集分析揭示其可能的作用机制。结果通过检索TCMSP获得符合筛选标准的二仙汤活性成分84个,21个活性成分预测出145个作用靶点;通过R语言对基因芯片进行分析筛选出84个可能致病靶点,通过疾病相关数据平台获得691个OP相关致病靶点,利用STRING和Cytoscape构建PPI网络筛选出40个关键作用靶点和9个核心作用靶点。KEGG和GO分析结果显示,二仙汤治疗OP的关键靶点主要富集在RNA聚合酶II启动子对转录的正向调节、一氧化氮合酶等生物学进程,主要富集的信号通路为TNF信号通路、低氧诱导因子1信号通路和雌激素信号通路等。结论通过网络药理学方法阐释二仙汤可能通过TNF信号通路和HIF-1信号通路治疗OP,本研究为揭开中药复方治疗疾病的作用机制提供了科学的方法。     

基于网络药理学的“山慈菇-半枝莲”抗肝癌活性成分及作用机制研究

目的 基于网络药理学探讨“山慈菇-半枝莲”药对治疗肝癌的有效靶点及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）数据库检索山慈菇和半枝莲活性成分和相关靶点,在genecards数据库和OMIM数据库获取肝癌相关疾病靶点。运用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”网络,String数据库构建蛋白相互作用网络（protein-protein interaction,PPI）,并通过网络拓扑分析筛选关键成分及核心靶点,最后通过R软件对肝癌靶基因进行GO功能分析和KEGG富集分析。结果 本研究筛选出“山慈菇-半枝莲”活性成分30个,肝癌靶点192个,涉及162个信号通路,进一步筛选得出核心化合物7个,核心靶基因6个,GO富集结果显示肝癌靶基因主要参与DNA转录和蛋白降解、炎症反应、免疫抑制以及血管的生成等生理功能。KEGG富集结果显示AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎信号通路,IL-17、TNF、PI3K-Ak...     

基于生物信息学探讨骨质疏松与肥胖的关系

目的通过生物信息学技术方法探讨骨质疏松症与肥胖的相互关系。方法分别以骨质疏松及肥胖为关键词在相关疾病数据库(Disgenet、TTD、OMIM、Drugbank、KEGG)中筛选相关基因,去重整合后将两组预测靶点进行映射得到关键靶点,通过STRING网站获得靶点PPI互相作用网络,根据degree值筛选出核心靶点并通过DAVID数据库进行GO富集分析以及KEGG通路分析。结果通过相关疾病数据库搜索筛选与骨质疏松症和肥胖相关靶点分别为336个和398个,映射出关键靶点56个,以degree≥13筛选出核心靶点15个并导入DAVID数据库获得31项GO富集结果(P0.05)及55条KEGG信号通路(P0.05)。结论 AKT1、IL6、LEP、TNF等核心靶点作用于TNF通路、HIF-1通路、脂肪细胞因子通路、Toll样受体信号通路、胰岛素抵抗信号通路、AMPK信号通路、Fox O信号通路等同时对骨质疏松及肥胖起到调控作用,两种复杂代谢性疾病虽然各自包含众多作用靶点,但仍在分子机制上有着密切联系。应用生物信息学具有较高的置信度和参考价值,为探索疾病间关系提供了新方向与新思路。     

基于网络药理学的三仙汤治疗骨质疏松症作用机制研究

目的通过网络药理学方法探讨三仙汤干预骨质疏松症(OP)的有效成分、作用靶点及信号通路等,从而明确其作用机制。方法应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获得三仙汤中3味药物的化学成分,通过Uniprot数据库,将已筛选出的靶点名称进行标准化。通过Genecards、OMIM数据库检索骨质疏松症的相关靶基因。将药物靶点与疾病靶点取交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白在String网站构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。在Cytoscape软件中绘制药物、疾病、靶基因网络图,并进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,探讨三仙汤治疗骨质疏松症的作用机制。结果通过数据库筛选得到三仙汤的28种有效成分以及与骨质疏松症相关的靶点127个,其中蛋白激酶、白介素6、血管内皮生长因子等基因为PPI网络中的核心基因; GO富集分析显示靶点主要影响核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、蛋白质异二聚活性、血红素结合等生物过程;以及影响AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、前列腺癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、乙型肝炎等信号通路。结论三仙汤中的有效成分通过关键信号通路作用于核心基因,影响细胞分化、凋亡、炎症、氧化应激等多种生物学过程发挥抗骨质疏松的作用,为其后续研究提供了科学依据。     

黄芪-生地治疗糖尿病肾病作用机制的网络药理学研究

目的:应用网络药理学方法探讨黄芪-生地干预糖尿病肾脏疾病(diabetic kidney disease, DKD)的物质基础及作用机制。方法:应用TCMSP及TCMID数据库及结合相关文献筛选黄芪、生地药物成分,运用Swiss Target Prediction分析平台获取活性成分关键靶点,GeneCards数据库获取疾病靶点信息;利用韦恩图获取药物和疾病交集靶点,String数据库对交集靶点进行PPI分析;将交集靶点上传至Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape3.8.2软件构建“成分-靶点-信号通路”网络。结果:共查找符合筛选条件药物成分33个,活性药物靶点263个,疾病靶点756个,药物和疾病交集靶点67个,设定条件下,GO功能富集分析共得到53个条目,涉及分子功能、细胞组成及生物过程,KEGG富集分析筛选18条信号通路,关键靶点VEGFA、JUN、MET、EGFR、IGF等主要富集在肿瘤信号途径、c型凝集素受体信号通路、白介素17信号途径等相关信号通路。结论:黄芪-生地可通过多靶点、多途径干预DKD进展,预测中药潜在作用机制,为进一步...     

基于网络药理学探究当归补血汤治疗骨质疏松症的分子作用机制

目的基于系统网络药理学方法探讨当归补血汤治疗骨质疏松(OP)的分子作用机制。方法通过TCMSP平台筛选当归补血汤主要化学成分、对应靶点及靶标基因,借助Gene Cards数据库获取OP已知的相关靶点,将药物靶基因映射到疾病靶基因获得当归补血汤作用于OP的预测靶点;利用Cytoscape 3.5.1软件构建有效活性化合物-疾病靶点网络图以及STRING数据库绘制PPI网络,最后借用R 3.6.3软件进行关键蛋白分析,GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果获得当归补血汤有效活性化学成分共17个,关键成分7个,药物作用于疾病的交集靶点130个,关键靶点30个; GO功能分析揭示当归补血汤治疗OP涉及生物功能主要有核受体活性、配体转录因子活性、调控序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、细胞因子活性等; KEGG富集结果显示与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、乙型肝炎、前列腺癌、TNF信号通路等密切相关。结论本研究体现当归补血汤能通过多成分、多靶点、多通路作用于OP,可能与其发挥抗氧化作用和雌激素样作用有关,可为下一步实验验证提供理论基础。     

基于TCGA数据库的肾上腺皮质腺癌关键基因挖掘

目的基于TCGA数据库挖掘出肾上腺皮质腺癌(ACC)发病相关的关键基因, 为以后ACC相关的基础以及临床研究提供重要参考依据。方法从TCGA数据库获取150例ACC样本和3例癌旁正常组织样本, 利用R语言软件进行差异表达分析, 利用DAVID在线工具进行GO和KEGG PATHWAY功能富集分析, 最后应用STRING在线检索工具及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选出前10位的hub基因。结果从TCGA数据库共挖掘出1 744个差异表达基因, 包括1 199个表达上调基因和545个表达下调基因, 对其进行GO和KEGG PATHWAY功能富集分析以及功能注释, 获取关键通路信息:差异表达基因(DEGs)主要富集于细胞黏附、膜的组成成分、网格蛋白结合及神经活性配体-受体相互作用, 最后构建PPI网络并筛选得到GNG2、GNG3、GNG4、GNG8、GNB3、BDKRB1、MCHR1、SAA1、ADCY2、LPAR3这10个关键基因。结论本研究发现10个与ACC发生发展相关的关键基因, 这10个关键基因与多种肿瘤的增殖与转移密切相关, 有望成为ACC早期诊...     

骨质疏松症和动脉粥样硬化机制及“异病同治”分析

目的 通过生物信息学分析骨质疏松症(osteoporosis, OP)和动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)的共同基因，并根据关键基因预测具有防治作用的中药。方法 分别以osteoporosis和atherosclerosis为关键词在疾病数据库(GeneCards、DISEASES、CTD)中筛选相关基因，相互映射后获得疾病共同靶基因，应用Metascape在线网站进行GO及KEGG富集分析，并通过STRING网站和Cytoscape软件获得靶点PPI互作网络；通过CytoHubba插件获得关键基因；最后将关键基因导入医学本体信息检索数据库(Coremine Medical),预测具有防治作用的中药。结果 通过相关疾病数据库分别筛选出OP和AS的相关靶点315个、481个，映射出共同靶点202个。富集分析发现二者共同分子机制主要涉及免疫炎症反应、脂质代谢、PI3K-Akt和MAPK等相关通路。通过CytoHubba获得10个关键基因(包括CD4、 TLR2、 TIMP1、 CCL2、 APOE、GAPDH、NFKBIA、 IL4、 CRP和TGFB1),并预测得到黄...     

基于网络药理学探讨柚皮苷治疗骨质疏松症的潜在机制

目的基于网络药理学探讨柚皮苷治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的潜在机制。方法根据TCMSP数据库、Swiss Target Prediction数据库和Uniprot数据库得到柚皮苷的结构及其靶点,利用Gene Cards、OMIM数据库获取OP相关靶点,将交集靶点输入到STRING数据库以获取蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)信息,借助Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络、"柚皮苷-交集靶标-骨质疏松"网络,并使用Cytoscape 3.7.2软件、R软件进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果筛选得到柚皮苷105个作用靶标,其中与OP相关靶标44个,GO功能富集分析获得607个结果(P0.05),KEGG通路富集分析获得43个结果,其中相关信号通路有11条(P0.05),涉及p53、IL-17、NF-κB、Estrogen、Prolactin等信号通路。结论柚皮苷可能通过多靶点、多通路调节炎症反应、细胞周期和激素代谢来治疗OP。     

加味大承气汤活血攻下法治疗肠梗阻的网络药理学研究

目的:基于网络药理学的方法探讨加味大承气汤治疗肠梗阻(Intestinal obstruction)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库(TCMSP)来获得加味大承气汤所含中药的主要化学成分,并收集其相对应的靶点;肠梗阻的疾病靶点来源于GeneCards、DrugBank、Home-OMIM-NCBI 数据库。使用Draw Venn Diagrams 工具获得交集基因。结合Cytoscape3.7.1 对所得的交集基因进行PPI 分析、GO 与KEGG 通路富集分析。结果:共获得加味大承气汤活性化学成分121 个,药物靶点1478 个;利用GeneCards、DrugBank、Home-OMIM-NCBI 数据库获得疾病靶点147 个;通过Draw VennDiagrams 工具获得交集基因24 个交集基因;通过PPI 蛋白作用网络及网络拓扑分析,EGFR(表皮生长因子受体)在网络连接程度较高;通过GO 富集分析发现:主要参与了对营养水平的反应、平滑肌细胞增殖的调控、平滑肌细胞增殖等生物学过程;通过KEGG 通路富集分析发现:主要涉及PI3K-Akt 信号通路、JAK-STAT 信号通路以及HIF-1 信号通路等。结论:加味大承气汤活血攻下法治疗肠梗阻是多靶点、多途径的,本次研究为进一步研究其作用机制提供依据。     

枸杞子治疗骨质疏松症的分子机制

目的 运用网络药理学方法分析枸杞子治疗骨质疏松症的药理学机制。方法 从TCMSP分析平台上获取枸杞子药物的活性成分及潜在的作用靶点,运用Citespace3.7.1软件绘制“有效成分-靶点”网络图;同时分别在OMIM、Drugbank和Genecards三种数据库平台上获取骨质疏松疾病的相关基因,并取并集作为疾病的潜在作用靶点。将枸杞子和骨质疏松疾病的潜在作用靶点取交集,得到中药-疾病共同作用靶点。运用STRING数据分析平台对共同作用靶点进行PPI网络分析,利用cytohubba插件选取前20位显著性基因并取交集即可得到核心基因。对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富分析,而后使用R语言软件对上述的富集结果进行可视化绘图。结果 共筛选获得枸杞子中主要有效成分36个,其中主要核心有效成分有槲皮素、黄豆黄素、β-谷固醇、豆甾醇、谷甾醇α1。活性成分所对应的靶点基因有117个,其中核心基因16个：IL-6、JUN、TNF等。GO富集所得的生物过程主要与调控成骨细胞和破骨细胞的增殖、分化有关。KEGG信号通路富集结果提示,枸杞子治疗骨质疏松疾病作用集中于IL-17、TNF、AGE-RAGE、MAPK等信号通路。结论 枸杞子可能通过多种有效成分、多靶点作用于免疫炎性反应、细胞分化等多方面来发挥抗骨质疏松症的作用。     

基于GEO数据库的IgA肾病的关键差异基因分析

目的:基于GEO数据库初步挖掘、分析探讨IgA肾病的差异基因,为治疗IgA肾病提供新的靶点。方法:在GEO数据库中检索有关IgA肾病的相关芯片,根据样本数量及芯片类型,筛选出符合条件的芯片,借助R语言软件筛选出符合条件的差异基因,构建蛋白质-蛋白质相互作用关系网络(PPI),利用Cytoscape软件与R语言软件对差异基因进行拓扑分析,找出核心基因,并利用后者对差异基因进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果:检索GEO数据库确定序列号为GSE93798的芯片,利用R语言分析筛选出417个差异基因,通过String数据库构建PPI网络,利用Cytoscape软件与R语言软件拓扑分析得到20个核心基因;通过R语言软件对差异基因进行GO富集分析得出差异基因主要是通过细胞外基质结构组成、长链脂肪酸转运蛋白活性、有机酸结合、羧酸结合等途径表达的,KEGG信号通路则主要富集在PPAR信号通路、色氨酸代谢信号通路、精氨酸和脯氨酸代谢信号通路和由叶酸构成的碳池信号通路上。结论:利用生物信息学相关知识分析GEO数据库的原始基因芯片数据,可以获得芯片的内在生物学信息,通过多靶点、多通路途径挖掘IgA肾病可能存在的发病机制,为日后研究治疗该病提供合理思路与理论依据。     

基于网络药理学对龟甲抗骨质疏松的作用机制研究

目的 运用网络药理学探讨龟甲治疗骨质疏松（osteoporosis,OP）的作用机制。方法 通过中药系统药理学成分分析平台（BATMAN-TCM）数据库及文献获得龟甲活性化合物,再通过TTD、Drugbank 、DisGeNET、OMIM数据库获取OP疾病相关靶点,取二者交集得到龟甲-OP疾病靶点。采用在线分析工具Metascape对龟甲治疗骨质疏松靶基因进行基因本体论（gene ontology,GO）及京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。结果 获得龟甲成分共40个（氨基酸类、脂肪酸类、酯类、甾醇类、其他类）,龟甲-OP疾病交集靶点15个（UGT2B17、PTGS2、SLC22A6、SLC22A10、PTGER2、SRC、COMT、TNF 、ESR1、CYP19A1、ESR2、AR、PGR、ITGB3、FPDS）。龟甲活性化合物关键靶点的KEGG富集分析表明其主要与神经活性配体-受体相互作用、氨酰- tRNA生物合成、谷氨酸能突触等信号通路相关。龟甲抗骨质疏松靶基因GO富集分析表明其主要与对类固醇激素的反应、上皮细胞增殖的调控、脂质定位的调节等相关,KEGG通路富集结果解释15个基因主要与类固醇激素生物合成、甲状腺素信号途径、癌症的途径信号通路相关。结论 龟甲治疗OP的作用机制呈多靶点、多途径的特性,不仅影响骨代谢相关途径,还可影响体内多种代谢途径。     

基于网络药理学探讨二至丸治疗慢性肾脏病的作用机制

目的:采用网络药理学的方法探讨二至丸治疗慢性肾脏病(CKD)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库收集二至丸的有效成分及靶点,构建化合物-靶点网络;使用DisGeNET、OMIM、DrugBank数据库收集CKD的作用靶点,获得药物与疾病的交集靶点后,使用在线STRING数据库进行分析,构建PPI网络图,获取核心靶点蛋白,利用Metascape数据库对交集靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果:共收集到23个有效成分,包括槲皮素、木樨草素等,药物靶点蛋白211个,疾病基因905个,49个共同靶点,主要作用于IL6、VEGFA、IL1B等20个核心靶点,涉及活性氧代谢过程、细胞因子介导的信号通路等1 491条GO富集功能和剪切应力与动脉粥样硬化通路、AGEs-RAGE介导信号通路、IL-17信号通路等97条KEGG信号通路。结论:二至丸治疗CKD具有多途径、多靶点作用的特点,为今后进一步药理研究及临床试验提供参考。     

桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的网络药理学和分子对接研究

目的 运用网络药理学和分子对接的技术,研究桃红四物汤作用于骨质疏松性骨折的潜在作用机制。方法 检索TCMSP,获取桃红四物汤药物的有效成分、潜在靶点,运用GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET数据库收集骨质疏松性骨折的相关靶点,获取药物和疾病的交集靶点,并通过Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络图,筛选出药物关键成分。将交集靶点上传到STRING数据库,并绘制PPI网络图,筛选核心靶点;并使用Metascape数据库进行交集靶点的GO以及KEGG通路的富集分析。最后运用AutoDock Tools1.5.6和Pymol2.4.1软件,分子对接关键成分与核心靶点。结果 桃红四物汤与骨质疏松性骨折的交集靶点有152个,“药物-成分-靶点-疾病”网络图及PPI提示IL6、JUN、AKT1、MAPK1、TNF可能是桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的关键靶点。GO富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点的生物功能主要涉及炎症免疫、细胞增殖分化、细胞凋亡等方面。KEGG通路富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点主...     

基于网络药理学和分子对接挖掘黑骨藤治疗强直性脊柱炎的作用机制

目的：运用网络药理学技术研究黑骨藤治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法：通过检索文献和TCMSP数据库获取黑骨藤的活性成分信息。疾病靶点基因由DISGENET数据库和GeneCards数据库获得,通过瑞士目标预测数据库预测药物成分靶点,借助cytoscape软件构建“中药-化合物-靶点”网络,使用STRING在线平台下载靶点相互作用数据,构建PPI蛋白相互作用网络,挖掘核心靶点;运用DAVID平台对所预测核心靶点网络中的蛋白进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析。最后将筛选出的主要活性成分与核心靶点在pymol、autotool等软件下完成分子对接。结果：筛选出黑骨藤12个有效成分及422个药物靶点,与强直性脊柱炎交集靶点71个,其主要成分有异丙基二烯酚、汉黄芩素、山奈酚等,核心靶点是STAT3、MAPK1、MAPK14、JAK2、JAK1等。GO功能和KEGG通路分析获得主要通路：参与生长激素信号通路JAK-STAT级联反应、JAK-STAT级联、STAT蛋白的酪氨酸磷酸化、Th17细胞分化、Th1和Th2细胞分化等。分子对接显示,成分与靶点都可有效结合,汉黄芩素与JAK1结构最优。...     

基于基因表达汇编数据库的外周血中脊柱椎间盘退行性变诊断标志物的生物信息学分析

目的 通过生物信息学分析椎间盘退行性变（IDD）相关的差异表达基因（DEG）,寻找疾病的新型诊断标志物。方法 通过基因表达汇编（GEO）数据库GSE124272、GSE150408数据集下载IDD相关的外周血样本芯片数据,筛选出IDD组和正常组之间的DEG。使用DAVID在线数据库对DEG进行基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集,然后利用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并获取关键基因,并利用GSE23130数据集中的纤维环样本芯片数据进行验证。利用GSE124272、GSE150408数据集中的数据,采用受试者工作特征（ROC）曲线评估外周血中关键基因的诊断效能。结果 联合分析后筛选出597个DEG,包含363个上调基因和234个下调基因。GO功能富集分析发现DEG主要参与细胞黏附、细胞凋亡、趋化作用和细胞迁移等功能,KEGG分析发现DEG主要参与细胞外基质受体相互作用和癌症中的信号通路。PPI网络分析筛选出17个关键基因,经验证获得RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C这4个基因,ROC曲线分析显示这4个基因对IDD诊断效能显著,曲线下面积分别为0.763、0.741、0.710、0.702。结论 RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C或可成为IDD的新型诊断标志物,为该病进一步的功能研究提供理论依据。     

基因差异表达谱及WGCNA构建骨质疏松症miRNA-mRNA调控网络

目的 通过基因差异表达谱及加权基因共表达网络分析（WGCNA）方法构建并分析骨质疏松症相关的miRNA-mRNA调控网络,全面阐释骨质疏松症的发病机制。方法 首先在GEO数据库中获取微阵列数据集,进行差异分析及WGCNA分析,获取差异miRNA和临床相关性最高的模块基因,并取交集。预测潜在上游转录因子及下游靶基因。同时,获取差异表达mRNA并与预测靶基因取交集得到关键miRNA目标靶基因,进行目标靶基因GO和KEGG通路富集分析。通过String获取目标靶基因PPI关系文件,然后通过Cytoscape构建并分析miRNA-mRNA网络。结果 共得到6个与骨质疏松症疾病相关的关键miRNA,其中2个差异性上调、4个差异性下调,其主要转录因子为SP4、LHX3、NFIC、MYC和VSX2。通过将预测得到的关键miRNA靶基因和差异表达mRNA取交集,获得目标靶基因52个。GO和KEGG富集分析显示目标靶基因涉及多个生物学进程及通路,其中趋化因子信号通路、P53信号通路值得关注。结论 骨质疏松症miRNA-mRNA表达是通过多途径、多靶点进行调控的,hsa-mir-4500、CDKN1A、MAP2K7组成其核心调控网络。本研究为深入探讨骨质疏松症的分子机制提供了新的思路,发现了新的潜在靶点,对阐明其发病机制及防治药物的开发具有重要的指导意义。