基于加权基因共表达网络分析筛选SCAP基因预测脓毒症发生

目的 拟利用加权基因共表达网络分析（WGCNA）方法筛选出与脓毒症发生、预后相关的关键基因,为今后的研究提供线索。方法 从基因表达（GEO）数据库中通过筛选数据集中样本数大于100,含有脓毒症患者和健康对照组,且有脓毒症患者预后情况数据集,筛选到了两个数据集GSE26378和GSE54514（下载时间：2020年12月28日）,采用WGCNA方法对GSE54514数据集中163例脓毒症患者和健康对照组基因表达进行分析;筛选出与脓毒症发生和预后相关的核心靶基因并分析其功能。结果 GSE54514中男性64例,女性99例;平均年龄55.56岁（标准差17.21岁）;GSE26378中平均年龄53.75岁（标准差3.21岁）。利用GSE54514数据集进行WGCNA算法筛选绿松色（TURQUOISE）模块作为核心模块,通过基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析提示TURQUOISE模块主要涉及RNA调控表达异常和RNA剪切组成等功能。通过对模块中基因深入分析,筛选出了固醇调节元件结合蛋白裂解激活蛋白（SCAP）可以作为核心靶基因。在内部数据集GSE54514中验证SCAP...     

基于加权基因共表达网络筛选糖尿病肾病的关键基因

目的 使用加权基因共表达网络分析探究糖尿病肾病基因的协同共表达,寻找糖尿病肾病发病的潜在关键基因.方法 从GEO数据库下载GSE30122表达谱数据,根据基因的相关性,构建基因共表达模块,并计算模块基因与疾病的相关性,选取与疾病显著相关的关键模块,使用R包clusterprofiler数据库进行GO与KEGG富集分析,...     

差异表达基因联合加权共表达网络分析筛选骨关节炎滑膜中的关键基因

背景:骨关节炎是一种常见的慢性退行性疾病,与年龄具有高度相关性,然而其具体的发病机制尚不明确,在早期诊断和治疗方面存在许多不足.目的:通过生物信息学方法筛选骨关节炎滑膜中的关键表达基因,为寻找诊断骨关节炎的生物标志物及阐明其潜在的发病机制奠定基础.方法:从GEO数据库下载4个骨关节炎滑膜数据集(GSE32317、GSE...     

基于加权基因共表达网络分析和机器学习的瘢痕疙瘩列线图预测模型EI北大核心

瘢痕疙瘩为伤口皮肤结缔组织过度增生引起的良性皮肤肿瘤。精准预测创伤者瘢痕疙瘩患病风险并及时做出早期诊断,对深度管理瘢痕疙瘩和控制其发展具有重大意义。本研究对高通量基因表达综合(GEO)数据库中的4个瘢痕疙瘩数据集进行分析,筛选出瘢痕疙瘩的诊断标志物,并建立列线图预测模型。首先,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)、差异表达分析和蛋白质互作网络中心性算法,筛选出37个核心蛋白质编码基因。随后,利用最小绝对值收敛和选择算子(LASSO)以及支持向量机-递归特征消除(SVM-RFE)两种机器学习算法,从中筛选出4个最具预测能力的瘢痕疙瘩诊断标志物,分别为肝细胞生长因子(HGF)、多配体蛋白聚糖4(SDC4)、外核苷酸焦磷酸酶/磷酸二酯酶2(ENPP2)和Rho家族三磷酸鸟苷酶3(RND3),并通过单基因的基因集富集分析(GSEA)探索可能涉及的生物途径。最后,对诊断标志物进行单因素与多因素逻辑回归分析,并构建列线图预测模型。经内外部验证发现,该模型校准曲线贴近理想曲线,决策曲线优于其他策略,接受者操作特征曲线下面积高于对照模型(最佳截断值为0.588),表明该模型具有较高的校准度、临床收益率以及预测能力,有望为临床诊断提供有效先期手段。     

基于改进TF-IDF算法的基因通路富集方法

提出一种综合考虑通路局部和全局信息的基因通路富集分析（GIGSEA）方法。首先利用基因相互作用数据,通过基因在通路的局部重要性和在通路数据库的全局特异性计算基因的影响力;然后将基因影响力和表型相关性值融合在一起,计算通路的富集分数;最后通过置换基因富集出统计学显著的通路。将GIGSEA方法运用于肝细胞癌和结肠直肠癌数据集进行风险通路富集,与基因集富集分析方法相比,GIGSEA方法能富集出一些新的相关通路,并排除无关的通路,提高疾病相关通路的富集效果。     

IL-1基因多态性对类风湿关节炎病情及IL-1蛋白表达影响

目的:探讨白细胞介素-1α(IL-1α)和白细胞介素-1β(IL-1β)基因多态性对类风湿关节炎(RA)病情及对IL-1β产生的影响。方法:检测136例RA病人及102例正常人的IL-1等位基因分布,其中72例病人系已明确患病2年内出现关节破坏者,IL-1基因多态性检测采用PCR-RFLP法,同时分析不同类型基因型病人外周血单个核细胞受刺激后分泌IL-1β水平的不同。结果:IL-1α等位基因1、2的频率和携带率在RA组及正常人组无显著差异。IL-1β纯合子等位基因2频率在2年内出现骨侵蚀组明显高于2年内未出现骨侵蚀组,IL-1β纯合子等位基因2携带病人组具有较高的血沉及关节肿胀、压痛指数,从携带IL-1β纯合子等位基因2病人中分离出的外周血单个核细胞经脂多糖刺激后分泌的IL-1β量明显高于其它组病人。结论:RA与IL-1β基因多态显著相关,IL-1β等位基因2促进IL-1β分泌,IL-1β等位基因2的检测可作为预测RA严重性的一个有用指标。     

类风湿关节炎患者关节滑膜液淋巴细胞活化标志的表达及意义

目的:研究类风湿关节炎(rheumatoidarthritis,RA)患者关节滑膜液淋巴细胞活化标志CD69、CD25、CD71、HLA-DR的表达,探讨其在RA致病中的作用。方法:采用流式细胞仪检测RA患者关节滑膜液淋巴细胞活化标志CD69、CD25、CD71、HLA-DR的表达,并设立正常对照组。结果:RA患者关节滑膜液表达CD25和CD71的淋巴细胞与正常对照组相比明显增多(P<0.01);而表达CD69和HLA-DR的淋巴细胞,与正常对照组相比差异无显著性(P>0.05)。结论:关节滑膜液淋巴细胞活化标志的表达增高,在RA发病机制中起着重要的作用。     

沉默PGRN基因对类风湿关节炎滑膜成纤维细胞增殖和凋亡的影响及机制研究

目的：探讨沉默颗粒蛋白前体（PGRN）基因对类风湿关节炎（RA）滑膜成纤维细胞增殖和凋亡的影响及其相关机制。方法：按照脂质体法将siRNA PGRN、siRNA NC转染至RA滑膜成纤维细胞MH7A,记为siRNA NC组、siRNA PGRN组,对照组（Control）未进行转染处理;将siRNA PGRN转染RA滑膜成纤维细胞MH7A后,加入丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路激活剂Anisomycin,记为siRNA PGRN+Anisomycin组。采用qRT-PCR检测各组细胞PGRN mRNA表达水平;噻唑蓝（MTT）、克隆形成实验检测各组细胞增殖能力;流式细胞术检测各组细胞凋亡变化;Western blot检测各组细胞PGRN、细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、增殖细胞核抗原（PCNA）、B细胞淋巴瘤/白血病-2(Bcl-2)、Bcl-2相关X(Bax)蛋白、MAPK通路蛋白表达。结果：与Control组、siRNA NC组相比,siRNA PGRN组内PGRN mRNA及蛋白表达、克隆形成率、存活率明显降低,凋亡率明显升高,Cyclin D1、PCNA、Bcl-...     

^99Tc—MDP治疗类风湿关节炎的应用研究

目的：评价应用导向治疗剂──99锝-亚甲基二膦酸盐（99Tc-MDP）治疗类风湿关节炎（RA）的效果．方法：RA患者51例,99Tc-MDP静脉注射．每日1支,10支为一个疗程．结果：治疗RA总有效率有82．4％,显效率25.5％,有效率56．9％,无效率17．6％．疗效的高低依次为轻、中、重度患者（X2-12．68P＜0．005）．长期服用强的松同时用99Tc－MDP治疗的4例患者,2例撤退了强的松,2例减少了用量．治疗过程中未发现任何不良反应．结论：应用99Tc－MDP治疗RA有一定的临床价值．     

加权基因共表达网络与机器学习算法确定宫颈癌中免疫浸润相关的基因签名与预后分析

目的:本文旨在利用基因共表达与机器学习算法开发和验证与免疫浸润有关的多基因预后签名,以改善宫颈癌(CC)患者的预后预测.方法:从TCGA数据库下载CC患者表达和临床数据并进行预处理.将利用miRWalk2.0的12个数据库得到的靶基因与R语言中分析得到的差异表达基因交集作为候选基因.通过加权基因共表达网络(WGCNA)...     

基于生物信息与机器学习分析类风湿关节炎疾病特征基因与免疫细胞的关系

目的：利用生物信息学与机器学习方法探求类风湿关节炎（RA）的发病机制、特征基因与免疫浸润表现,并寻找特征基因与免疫细胞的相关性。方法：从GEO数据库获取RA相关芯片,利用R语言分析基因差异,并对其进行GO与KEGG富集分析;使用机器学习方法,即LASSO回归与SVM-RFE法筛选疾病特征基因,运用ROC曲线与样本芯片检测特征基因准确性,利用CIBERSORT算法分析RA免疫浸润情况,并分析特征基因与免疫细胞的相关性。结果：GSE12021和GSE55235共获得90个差异基因,包含64个上调和26个下调差异表达基因;GO分析共得到主要条目209个,主要涉及机体白细胞激活、淋巴细胞活化、B细胞受体信号通路等;KEGG分析显示趋化因子信号通路、IL-17信号通路、Toll样受体信号通路、PPAR信号通路等通路与RA密切相关;机械学习方法筛选出IGHM、SLAMF8、CXCL10、FNDC4、AIM2、EGR1、AKR1B10等10个关键基因,ROC曲线与样本芯片检测疾病特征基因为IGHM、SLAMF8、CXCL10、AIM2、AKR1B10;免疫浸润结果显示RA滑膜组织与正常组织中的浆细胞...     

云克(~(99)Tc-MDP)治疗类风湿关节炎的疗效分析

目的　应用99Tc -MDP治疗类风湿性关节炎 ,探讨其临床应用方式及疗效 .方法　应用该药的两种制剂对临床确诊的类风湿关节炎 137例进行治疗 ,根据不同剂型分为单纯静脉推注法 ;单纯静脉滴注法和混合注射法 3种 ;并以病变关节功能受累情况及临床表现分为重、中、轻 3类 ,分别评价其治疗效果 .结果　 137例类风湿关节炎患者中显效 34例 (2 4.8% ) ;有效 82例 (5 9.8% ) ;无效 2 1例 (15 % ) ;总有效率 84.7% .静脉滴注法早期疗效反应及效果明显早于推注法 .静脉推注法治疗效果的反应在 1～ 2个疗程以后 .结论　云克使用简便、安全、疗效满意、副作用少 ,值得临床推广应用 ;对不同病情患者 ,选择不同剂型和给药方式有利于提高疗效     

IL-17F 基因多态性与类风湿关节炎发病风险关系的Meta 分析

目的:探讨白介素17F(IL-17F)基因多态性rs763780 和rs2397084 与类风湿关节炎(RA)易感性的关系。方法:计算机检索中国学术期刊全文数据库、万方数据库、中国生物医学文献数据库、Pubmed、Embase 以及Web of Science 中已发表的与RA 和IL-17F 基因多态性相关文献,进行Meta 分析。结果:纳入的5 项研究共收集RA 患者1 174 例(其中rs763780 含1 174 例,rs2397084 含985 例),正常对照966 例(rs763780 含966 例,rs2397084 含766 例)。Meta 分析结果显示,rs763780 与RA 密切相关(C vs.T:OR=1.74,95%CI =1.01-2.98,P =0.04;CC vs.TT:OR=3.17,95% CI =1.21-8.35,P =0.02;CT vs.TT:OR=1.80,95%CI =1.21-2.66,P =0.004;CC+CT vs.TT:OR=1.96,95% CI =1.35-2.83,P<0.001;CC vs.CT+ TT:OR=2.97,95%CI =1.13-2.66,P =0.03)。根据人种进行亚组分析发现,在欧洲人群中rs763780 与RA 密切相关,差异具有统计学意义。未发现rs2397084 与RA 之间的相关性。结论:IL-17F rs763780 是RA 的危险因素,IL-17F rs2397084 与RA 易感性是否有关仍不明确。     

类风湿关节炎脂肪酸代谢相关基因的生物信息学鉴定与验证

背景:研究表明,脂肪酸代谢基因与类风湿关节炎发展紧密相关,因此基于脂肪酸代谢基因探索类风湿关节炎发病进展具有重要的临床意义。目的:探究脂肪酸代谢基因是否可以作为预测类风湿关节炎进展的可靠生物标志物。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载与滑膜组织相关的基因数据,应用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,对其使用Cytoscape进行生物学注释(GO基因本体论)和信号通路富集分析(KEGG京都基因与基因组百科全书)。从分子特征数据库(MSigDB)筛选脂肪酸代谢相关基因,使用套索算法和支持向量机的递归特征消除算法筛选潜在生物标志物。通过CIBERSORT算法评估正常人和类风湿关节炎患者的免疫细胞浸润水平。最后,在GSE77298使用受试者工作特征曲线验证脂肪酸代谢相关基因的表达水平。结果与结论:①确定了361个类风湿关节炎差异表达基因,其中13个与报告的脂肪酸代谢相关基因重叠;②基于机器学习算法筛选出5个基因,受试者工作特征曲线显示有5个基因(PCK1、PDK1、PTGS2、PLA2G2D、DPEP2)可以预测类风湿关节炎的发展;③CIBERSORT算法结果表明上述5个基因和活化肥大细胞、中性粒细胞、静息肥大细胞、记忆性静息CD4^(+)T细胞浸润水平密切相关;④受试者工作特征曲线显示,PLA2G2D和PCK1具有较高的诊断价值;⑤提示脂肪酸代谢相关基因表达特征可作为预测类风湿关节炎临床结果的潜在生物标志物,可进一步提高类风湿关节炎预测的准确性。     

云南人群中PTPN22和PADI4基因多态性与类风湿关节炎的关联研究

目的 探讨云南人群PTPN22和PADI4基因的7个SNP多态与类风湿关节炎易感性的相关性.方法 选取192例类风湿关节炎患者和288名正常人进行病例对照研究.分别用PCR-RFLP法检测PTPN22基因的rs33996649和1858位点、PADI4基因的rs11203366和rs874881位点,用焦磷酸测序法检测PADI4基因的rs1635579、rs2428736和rs2240340共7个SNP位点的基因型.结果 在7个SNP位点中,PADI4基因的rs2240340位点的等位基因频率和基因型频率在病例组和对照组间差异有统计学意义(P＜0.05).结论 在云南人群中PADI4基因的rs2240340多态性与类风湿关节炎的易感性存在相关性.     

类风湿关节炎大鼠滑膜细胞的类肿瘤样增生与相关基因表达的关系

目的:探讨佐剂性关节炎(AA)大鼠滑膜细胞的类肿瘤样增生和相关基因表达的机制。方法:将Wistar大鼠随机分两组,每组10只,并应用弗氏完全佐剂诱发大鼠AA实验性模型,定期观测踝关节肿胀度至第40天。分别取AA模型组和正常对照组大鼠踝关节进行组织切片,用HE染色后观察病理学变化。取大鼠膝关节滑膜组织体外进行原代细胞培养,用MTT比色法检测大鼠滑膜细胞的增生。同时采用RTPCR法,检测模型组及正常对照组大鼠滑膜组织中相关基因Cmyc和ODCmRNA的转录水平。结果:①体外培养的AA模型组大鼠关节滑膜细胞的增殖显著高于正常组大鼠(P<0.01),并呈类肿瘤样增生。②AA模型组大鼠关节滑膜组织中,Cmyc和ODCmRNA的转录水平明显高于正常对照大鼠(P<0.01)。结论:AA模型组大鼠关节滑膜细胞的类肿瘤样增生,可能与其相关基因Cmyc和ODCmRNA的转录水平增高有关。     

类风湿关节炎滑膜组织cDNA文库的构建及自身抗原的筛选和鉴定

目的 通过SEREX（serological analysis of recombinant cDNA expression library）技术对类风湿关节炎滑膜组织cDNA文库进行初步筛选,得到新的类风湿关节炎自身抗原.方法 利用SMART技术构建类风湿关节炎患者滑膜组织cDNA文库,并对该文库进行SEREX筛选,获得特异性结合阳性克隆,对阳性克隆同源性分析.然后进行酶联免疫吸附实验（ELISA）验证,分析该阳性克隆对于类风湿关节炎诊断临床敏感度和特异度.结果 构建cDNA文库滴度约为6.89×10^6 pfu/mL,筛选文库获得12个阳性克隆,同源性分析3个阳性克隆插入片段为已知蛋白,分别是：Filaggrin、SERPINE2和p68.进行血清学初步验证,抗-Filaggrin和抗-SERPINE2具有高敏感度和低特异度,而抗-p68具有高敏感度和高特异度.结论 抗-Filaggrin、抗-SERPINE2和抗-p68对于类风湿关节炎的诊断具有不同的敏感度和特异度.     

云南地区汉族人群PSMB8、PSMB9及TAP2基因多态性与类风湿关节炎的关联研究

目的 研究云南汉族人群中PSMB8、PSMB9及TAP2基因多态性与类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的相关性.方法 应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性法对177例RA患者及288名健康对照PSMB8基因的rs2071543、rs55745125、rs138635403位点和PSMB9基因的rs17587多态性位点进行基因分型,应用多聚酶链反应扩增阻碍系统法对TAP2基因的rs2228396多态性位点进行基因分型.计算基因型及等位基因频率.采用Epi Info 7软件计算上述多态位点在RA组及正常对照组之间的比值比(OR值).结果 rs138635403及rs17587位点的等位基因及基因型频率在RA组和对照组间差异有统计学意义(P＜0.05),其中RA组rs17587的GG基因型频率(0.672)高于对照组(0.524)(OR=1.862,95％CI:1.261～2.749).结论 云南汉族人群PSMB9基因的rs17587位点多态性与RA存在关联.     

生物信息学分析导致类风湿关节炎性别差异的关键基因与信号通路北大核心CSCD

目的:通过生物信息技术分析探讨类风湿关节炎(RA)发病机制中性别间生物学差异的关键基因和通路。方法:从GEO数据库中获取GSE55457、GSE55584、GSE12021中正常男女性滑膜样本和RA男女性患者滑膜样本的基因表达数据,将数据整合并使用R软件对差异表达基因(DEGs)进行鉴定。使用在线工具DAVID数据库对DEGs进行GO分析和KEGG分析。使用Cytoscape 3.6.0构建DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),并进行模块分析。结果:男性组高表达基因416个,低表达基因336个,女性组高表达基因744个,低表达基因309个。在男性RA发病中,IL-6、MYC、EGFR、FOS和JUN被认为是关键基因;在女性RA发病中,IL-6、ALB、PTPRC、CXCL8和CCR5被认为是关键基因。结论:生物信息学分析筛选出的差异基因分别参与男性和女性RA疾病进展的不同机制,为RA发病机制的探究提供了理论依据。     

活化血小板对类风湿关节炎滑膜炎症和增生影响的实验研究

类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种以关节滑膜慢性炎症病变为主的自身免疫性疾病[1]。RA软骨和关节破坏的主要原因是成纤维样滑膜细胞的类肿瘤样增生、新生血管翳侵蚀、过量分泌的炎性细胞因子及基质金属蛋白酶(matrix metallo-proteinases,MMP)[2-4]。临床观察发现不少活动期甚至部分缓解期的RA患者血小板升高,血液黏稠度增加;而伴有血小板升高的RA患者往往治疗效果较差,病情易反复发作,同时出现血栓性疾病的风险也