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相似文献
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1.
目的 基于网络药理学解析紫花牡荆素治疗结直肠癌的分子机制,为紫花牡荆素治疗结直肠癌提供潜在作用靶点和新思路。方法 在Pubchem数据库以及药物靶点预测数据库SwissTarget Prediction获取紫花牡荆素相关潜在作用靶点,借助人类孟德尔遗传病数据库(OMIM)平台检索结直肠癌相关靶点,并将其与紫花牡荆素相关潜在作用靶点在Venny数据库相互映射获得共同靶点;运用STRING数据库构建紫花牡荆素-结直肠癌共同靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;利用DAVID数据库对紫花牡荆素治疗结直肠癌靶点进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因百科全书(KEGG)通路富集分析,并使用Cytoscape 3.8.2软件构建紫花牡荆素通路网络图;利用微生信在线网站绘制KEGG气泡图;通过对紫花牡荆素和关键靶点进行分子对接验证。结果 预测结果显示紫花牡荆素和结直肠癌中的靶点取交集后获得6个共同靶点,其中关键靶点2个,分别是络氨酸蛋白激酶(SRC)和丝氨酸蛋白激酶(ATK1)。GO富集分析涉及生物过程35个、细胞组分2个、分子功能8个。KEGG通路富集筛选得到28个相关通路,主要作用于...  相似文献   

2.
目的 基于网络药理学研究补肾安坤汤治疗早发性卵巢功能不全(POI)的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP),得到药物的有效成分和相关作用靶点;依据Uniprot数据库,找到作用靶点的标准名称;基于Cytoscape软件,得到中药成分-靶点网络图;根据Genecards和OMIM,获得疾病靶点基因;依靠STRING数据库和Cytoscape软件,取得与本病相关的核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络;依靠DAVID数据库、Cluego软件,进行GO富集分析和KEGG富集分析,利用PubChem数据库、Uniprot数据库、AutoDock Tools软件、DS ViewerPro软件,对主要成分与关键靶点进行分子对接。结果 根据筛选条件得到补肾安坤汤150个有效成分和1088个成分作用靶点;检索POI靶点基因2718个,并获得补肾安坤汤药物与疾病共同靶点166个;分子对接结果显示,筛选出的主要化合物与其对应靶蛋白均具有较好的结合活性。GO功能富集分析显示主要涉及细胞表面等;KEGG通路富集分析,共富集出228条通路。结论 补肾安坤汤治疗POI的作用机制,体现了中药多...  相似文献   

3.
目的 探讨白及抗头颈鳞状细胞癌(HNSCC)的潜在靶点和作用机制。方法 从中药TCMSP、Swiss Target-Prediction和SymMap数据库挖掘白及的活性成分及其主要靶点。从TCGA数据库下载HNSCC相关数据集,通过R语言获得HNSCC中的差异表达基因,以STRING数据库和Cytoscape软件构建药物-疾病共同靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),用R软件进行GO和KEGG富集分析,用Autodock软件进行分子对接。通过乙酸乙酯萃取和乙醇提取获得白及提取物,通过CCK-8法检测白及提取物对HNSCC细胞(Cal27)存活率的影响。结果 白及9个主要有效成分对应235个作用靶点。GO和KEGG富集分析发现53条通路受白及调控,包括蛋白质自磷酸化、细胞周期、p53及IL-17信号通路等。分子对接预测发现白及有效成分2,3,4,7-四甲氧基菲与多个靶标具有良好的键合活性。体外细胞实验表明白及提取物处理Cal27细胞48h后,Cal27细胞生长显著抑制,IC50为8.3μg/mL。结论 白及可能通过多种靶点有效抑制HNSCC增殖。  相似文献   

4.
目的 通过生物信息学方法筛选舌鳞状细胞癌的关键基因,并预测其潜在的治疗药物。方法 从GEO数据库中下载GSE34105和GSE13601数据集,并利用limma包筛选DEGs。DAVID数据库对DEGs进行GO及KEGG富集分析。STRING数据库构建PPI网络,并在Cytoscape中进行可视化。“CytoHubba”筛选Hub基因,并利用TCGA数据库、HPA数据库及RT-qPCR进行验证。最后,在Cellminer数据库中筛选Hub基因潜在的治疗药物。结果 共筛选出192个DEGs,其中上调基因84个,下调基因108个。GO富集分析显示,DEGs主要涉免疫反应、细胞外基质分解等生物学过程;KEGG富集分析显示,DEGs主要富集在EMC-受体相互作用信号通路。筛选出IFIT3、OAS2作为Hub基因。预测出布加替尼、艾沙佐米柠檬酸盐及硼替佐米等19种可能靶向作用于舌鳞状细胞癌的药物。结论 通过生物信息学方法筛选出两个Hub基因,并预测其潜在的治疗药物,为研究舌鳞状细胞癌的分子机制及开发治疗药物提供理论基础。  相似文献   

5.
《中医学报》2019,(10):2186-2193
目的:通过网络药理学和生物信息学方法探索黄精治疗糖尿病潜在的分子机制,为药食同源类中药治疗糖尿病的开发研究提供理论依据。方法:运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选出黄精发挥治疗作用的活性成分,并检索黄精活性成分的效应靶点,Cytoscape构建黄精活性成分-靶点网络关系图。应用疾病数据库检索与糖尿病发生发展相关的疾病基因靶点。构建黄精活性成分靶点和疾病靶点的蛋白质交互作用关系网络。采用DAVID进行GO和KEGG通路富集分析,运用CytoHubba筛选出黄精治疗糖尿病的潜在关键靶点。结果:TCMSP筛选出黄精发挥治疗作用的活性入血成分12个,经配对分析得到黄精发挥治疗作用的活性成分6个,成分对应的基因靶点190个。运用疾病数据库检索到糖尿病相关疾病靶点基因134个。黄精治疗糖尿病的蛋白关系网络涉及的特征性基因靶点共101个,包含256个作用关系。GO富集分析显示生物学过程涉及细胞分裂、细胞基质黏附、细胞迁移等,分子功能涉及转录辅激活性、蛋白质结合、生长因子活性等;主要分布于细胞表面、细胞质、胞质溶胶、外泌体等位置发挥生理或病理作用。KEGG获得可能发挥作用的信号通路31条,这些信号通路集中在细胞周期、细胞信息传递、癌症信号分子及炎症、免疫应答等区域。CytoHubba工具进行拓扑进一步分析获得黄精治疗糖尿病的关键蛋白靶点10个。结论:黄精可通过黄芩素、谷甾醇等6个活性成分发挥药物治疗作用,其关键作用靶点为IL10、PPARG、CAV1等10个基因,主要分子机制涉及炎症及免疫应答、细胞周期、细胞传递和癌症相关通路。  相似文献   

6.
  目的  结合UPLC/LTQ-Orbitrap-MS技术和网络药理学方法预测桔梗治疗非酒精性脂肪肝病(NAFLD)的作用靶点及潜在的作用机制,并进行相关实验验证,为深入揭示桔梗治疗NAFLD的药效物质及作用机制奠定基础。  方法  通过UPLC/LTQ-Orbitrap-MS技术及中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库筛选桔梗的活性成分;使用Swiss Target Prediction数据库对桔梗的活性成分进行靶点预测;同时通过OMIM、Disgenet、TTD等数据库获取NAFLD靶点;将疾病相关靶点映射到化合物潜在靶点中,获取公共靶点,并将信息导入Cytoscape软件和String在线分析平台分别制作网络图和PPI图,同时进行拓扑学分析;基于R软件使用Bioconductor生物信息软件包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析。构建NAFLD小鼠模型,通过病理染色切片,qPCR实验验证网络药理学富集分析结果。  结果  结合质谱分析与数据库筛选结果,共获得桔梗活性成分13个,药物靶点278个,疾病靶点1 536个,共同靶点83个,涉及PI3K-AKT、胰岛素抵抗、TNF-α、IL-17、JAK-STAT、T细胞受体等信号通路。实验验证显示关键靶基因存在差异性表达。  结论  该研究初步揭示了桔梗治疗NAFLD的活性成分及其作用机制,为后续的深入研究提供了参考价值。   相似文献   

7.
目的采用网络药理学方法研究穿心莲治疗肺炎的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对穿心莲的成分及靶点进行收集,通过比较毒物基因组学数据库(CTD)对肺炎的疾病靶点进行收集,并把收集到的药物靶点与疾病靶点进行匹配;使用Cytoscape建立"药物成分-靶点"网络图和靶点蛋白网络图;基于ClueGO对核心靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;最后,把候选靶点标注于最相关的通路上进行分析。结果通过TCMSP及CTD得到穿心莲治疗肺炎的24种药物成分及71个候选靶点,其中核心靶点45个;GO功能富集分析结果:分子功能(MF)54个、生物学过程(BP)295个及细胞组分(CC)5个,KEGG通路富集分析与筛选后共获得相关通路36条。结论初步分析与预测穿心莲"多成分-多靶点-多通路"治疗肺炎的分子作用机制,为进一步开展其药物成分开发及机制研究提供科学依据。  相似文献   

8.
裘铠杰  马晨阳  王捷  王海彪 《现代实用医学》2022,(5):570-574+556+701
目的 通过网络药理学和体外实验的方法,探讨藤梨根治疗肝细胞癌的有效成分和可能机制。方法使用药物数据库筛选出藤梨根的主要成分和靶点蛋白,利用疾病数据库挖掘肝细胞癌疾病靶点。筛选并标准化处理药物和疾病靶点,使用FunRich 3.1.3软件计算交叉核心基因,绘制韦恩图;将核心基因导入Cytoscape 3.8.2软件构建靶点网络图,通过STRING 11.0数据库构建蛋白质互作网络,通过Metascape数据库进行富集分析。对主要成分和关键靶点,利用Swiss Dock平台进行分子对接。最后通过MTT实验、侵袭实验、划痕实验和Western blot实验验证藤梨根对肝癌细胞的抑制作用。结果 本研究筛选出藤梨根治疗肝细胞癌的主要有效成分有4种:槲皮素、β-谷甾醇、芦荟大黄素、儿茶素;作用靶点86个;蛋白质互作网络中主要的基因是TP53、AKT1、MAPK1、JUN及RELA等。藤梨根治疗HCC可能的生物过程是:凋亡信号通路、对无机物质的应答等。参与的主要信号通路有:肿瘤信号通路、乙肝相关通路等。各主要成分与AKT1靶点表现出极佳的对接活性。细胞实验证实了藤梨根水提取物可以抑制肝癌细胞的增殖、...  相似文献   

9.
目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探究大黄素治疗骨质疏松的作用机制。方法 利用Pubchem数据库获取大黄素的化学代表结构,借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索获得大黄素的分子靶点,利用DisGenNet数据库获取骨质疏松的治疗相关靶点,利用Venny 2.1.0网站构建维恩图筛选大黄素潜在靶点与骨质疏松共有靶点,导入Cytoscape3.2.1软件构建“大黄素-靶点”网络图,采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析大黄素治疗骨质疏松的作用机制,筛选结合能较低的靶标蛋白。结果 通过TCMSP数据库共检索到31个大黄素靶点,此外从DisGenNet中获得1084个骨质疏松作用靶点,其中共有靶点14个,采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO分析与KEGG功能富集分析,大黄素可能通过调节IL-17信号通路、MAPK信号通路、肿瘤坏死因子信号通路和PPAR信号通路治疗骨质疏松。结论 大黄素能通过多途径、多靶点发挥抗骨质疏松的作用,并可能通过HSP90AA1、SLC2A1、PPARG和MYC等...  相似文献   

10.
目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨熟地黄-山茱萸药对治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease, AD)的活性成分和潜在分子机制。方法 通过TCMSP数据库、SwissTargetPrediction平台、GeneCards和DisGeNET数据库及查阅文献收集并获取熟地黄和山茱萸的主要化学成分、作用靶点及AD疾病的相关靶点。将疾病靶点与药物靶点取交集获得熟地黄-山茱萸药对治疗AD的潜在靶点,将这些交集靶点导入STRING数据库,建立蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络。利用Cytoscape软件对PPI网络进行拓扑分析并提取核心靶点,利用CytoNCA插件计算度值,筛选出药对的关键成分。通过Metascape平台进行GO和KEGG通路富集分析,并构建“中药-相关关键成分-关键靶点-通路”网络,然后使用AutoDock Vina和PyMOL软件对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果 筛选出熟地黄-山茱萸药对治疗AD的10个关键成分、718个药物靶点和450个疾病靶点,药物与疾病的共同靶点120个。PPI网络最终...  相似文献   

11.
探讨运用网络药理学与分子对接技术,分析自拟益气活血方治疗糖尿病肾病(DN)的有效成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过多个公共数据库获得益气活血方中活性成分的潜在靶点及DN的疾病靶点,并获得交集靶点,对交集靶点进行GO和KEGG分析,蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析与网络构建;利用Autodock vina软件对重要成分及关键靶点进行分子对接。结果 网络药理学分析获得有效活性成分78个、成分靶点223个、疾病靶点1002个、交集靶点81个、关键靶点15个。富集的 KEGG 通路有胰岛素抵抗、 PI3K-Akt 信号通路等。分子对接结果显示山柰酚、木樨草酸等成分对大部分靶点具有亲和力。结论 益气活血方可能通过调节炎症与细胞自噬、促进ECM蛋白的降解、调节外周组织对胰岛素的敏感性及胰腺β细胞的增殖和凋亡等作用机制达到治疗DN的作用  相似文献   

12.
目的:利用网络药理学和分子对接技术对四妙散治疗糖尿病周围神经病变(diabetic peripheral neuropathy, DPN)作用机制进行研究,为后续研究提供依据与参考。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP, http://tcmspw.com/tcmsp.php)筛选四妙散的有效成分和作用靶点。在GeneCards(https://www.genecards.org)和OMIM(https://www.omim.org/)数据库筛选DPN发病相关靶基因。在R软件中计算出四妙散有效成分治疗DPN的潜在作用靶点,并构建药理作用网络。构建潜在作用靶基因蛋白互作网络(PPI),分析其基因本体功能(GO)和京都基因与基因组百科全书通路(KEGG)富集情况,筛选并对接关键活性成分与靶基因。结果:从TCMSP数据库筛选出9个苍术的有效成分,37个黄柏的有效成分,20个牛膝的有效成分,9个薏苡仁的有效成分,去重后共41个有效化学成分。筛选出DPN疾病相关靶基因1839个,发现四妙散治疗DNP共对应71个潜在作用靶蛋白。根据PPI、GO和KEGG富集结果,发现靶基因AKT1和...  相似文献   

13.
郝丽娜  郝丽莎 《海南医学》2022,(17):2185-2191
目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨丹参治疗黄褐斑的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、UniProt数据库获得丹参的活性成分以及潜在靶点基因。应用GeneCards、DisGeNet数据库检索黄褐斑相关作用靶点。应用Venny2.1.0获得丹参治疗黄褐斑的作用靶点。将作用靶点导入STRING数据库构建蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。应用DAVID数据库进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。运用CytoScape 3.8.2软件构建丹参治疗黄褐斑的成分-靶点-通路网络,并筛选核心靶点,利用PyMOL及AutoDock Vina软件,对重要化合物进行分子对接验证。结果 剔除无对应的靶基因信息后,筛选获得丹参有效活性成分58个,分子靶点105个,获得黄褐斑靶点基因51个。通过Venny处理获得7个共同靶点,分别为血管内皮生长因子A (VEGFA)、前列腺素G/H合酶2 (PTGS2)、雌激素受体1 (ESR1)、雌激素受体2 (ESR2)、孕酮受体(PGR)、诱导型一氧化氮合酶...  相似文献   

14.
目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨冠心Ⅲ号方治疗冠心病潜在分子机制.方法 通过查询TCMSP数据库获取冠心Ⅲ号方的活性成分及作用靶点,通过TTD数据库、OMIM数据库、GeneCards数据库、DrugBank数据库、PharmGkb数据库获取治疗冠心病的作用靶点,使用Venn Diagram取药物和疾病共有交集靶...  相似文献   

15.
目的基于咽肾相关理论运用网络药理学研究探讨金银花治疗IgA肾病(IgAN)的关键靶点及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出金银花的有效活性成分及潜在靶标,通过Genescard、OMIM数据库搜集IgA肾病的疾病靶标,并运用Uniprot数据库查询靶点蛋白相对应的基因名称。利用Cytoscape 3.6.0构建金银花治疗IgA肾病的药物-成分-靶点-疾病的网络,利用String数据库网络构建金银花与IgA肾病靶点蛋白相互作用网络,并运用R软件对关键靶点进行基因本体论(GO)和KEGG信号通路富集分析,进一步探讨金银花治疗IgA肾病的作用机制和疗效。结果获得23个活性成分和365个潜在靶点基因,其中66个与IgA肾病的靶基因重叠,包括白介素6(IL-6)、白蛋白(ALB)、血管内皮生长因子(VEGF)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、前列腺素G/H合酶2(PTGS2)等。基因富集分析结果提示金银花可能主要涉及免疫调节、炎症反应、氧化应激、细胞凋亡等生物学过程以发挥治疗IgA肾病的作用。结论基于网络药理学研究,初步揭示了金银花治疗IgA肾病的活性成分及潜在靶点,为进一步研究金银花治疗IgA肾病的作用机制提供依据和理论支撑。  相似文献   

16.
目的 利用网络药理学方法探索鸦胆子抗肿瘤有效成分、潜在靶点及通路,探讨其“多成分-多靶点-多通路”的抗肿瘤作用机制。方法 ①从中药系统药理学数据库和分析平台中筛选出鸦胆子潜在的15个活性成分,根据DrugBank获取这15个活性成分的158个潜在靶分子。②利用String数据库构建这些靶分子的蛋白质-蛋白质相互作用网络,其中节点度值最高的基因JUN定义为核心基因,利用癌症和肿瘤基因图谱分析其在多个肿瘤中的作用。③利用R语言Cluster profiler包将这些靶分子进行基因功能分析和基因功能富集分析。结果 获取了鸦胆子潜在的15个活性成分,158个潜在靶分子及活性成分-靶蛋白网络,并发现了其在多种肿瘤、多种成分、多种通路有着不同的比重和作用。结论 网络药理学方法可为解析鸦胆子多成分、多靶点、多通路、多肿瘤的关系网络,阐述其抗肿瘤的分子机制提供思路和方法,为其临床应用提供相应的理论依据。  相似文献   

17.
目的 运用网络药理学与分子对接的方法探索金银花-黄芪药对治疗骨髓炎可能的作用机制,为临床用药提供科学依据.方法 在TCMSP平台内检索金银花、黄芪的生物活性成分并进行筛选,同时在蛋白质数据库和相关基因数据库中检索骨髓炎的潜在靶点,构建Venny图寻找共同靶点;运用Cytoscape软件构建"药物成分-靶点-疾病"复杂网...  相似文献   

18.
目的 借助网络药理学联合分子对接技术探讨高良姜治疗抑郁症的作用机制。方法 通过TCMSP数据库 检索高良姜有效成分及靶点,使用GeneCards数据库获取抑郁症疾病靶点基因,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1 软 件构建PPI网络图并获取蛋白互作关系,筛选出高良姜治疗抑郁症的核心靶点;借助David数据库对相交靶点进行GO功 能分析以及KEGG通路富集分析,得到高良姜治疗抑郁症的潜在作用通路。结果 筛选出高良姜 13 种活性成分和 169 个高良姜治疗抑郁症的潜在作用靶点,包括JUN、MAPK1、AKT1、RELA、ESR1、IL6、MAPK14、MAPK8、RXRA等核心 靶点;GO功能解析得到 654 个生物相关过程、85 个细胞组分及 147 个分子功能;KEGG富集解析获得 171 条相关通路, 分子对接验证了核心靶点与高良姜主要成分具有较强结合力。结论 高良姜可通过多个靶点、多条通路治疗抑郁症。  相似文献   

19.
目的通过网络药理学及分子对接技术探究清肺饮治疗支气管哮喘的物质基础及分子作用机制。方法借助TCMSP检索清肺饮中麻黄、葛根、苦杏仁、知母、甘草、僵蚕、石膏的化学成分和作用靶点,在Genecards、OMIM数据库搜索关于哮喘疾病的靶点,通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape 3.7.1构建药材-化合物-靶点网络,将交集靶点输入到String数据库进行分析,构建核心靶点的蛋白质-蛋白质互作网络,并通过DAVID对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,最后通过Autodock软件对网络中度值较高的药物成分与核心作用靶点进行分子对接验证。结果清肺饮药材-化合物-靶点网络共含有活性成分133个,对应作用靶点121个;PPI蛋白互作网络结果筛选得到了14个核心靶点;GO富集分析得到GO条目252个,其中生物过程(BP)条目116个,细胞组成(CC)条目44个,分子功能(MF)条目92个,KEGG通路富集筛选得到79条信号通路。分子对接结果显示,豆甾醇、异鼠李素与哮喘潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清肺饮治疗支气管哮喘具有多成分...  相似文献   

20.
目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探究香加皮治疗牙周炎的有效成分和作用靶点及其作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库(TCMSP)、中医药百科全书(ETCM)和中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)检索筛选香加皮有效作用成分及靶点,并通过Swiss Target Prediction数据库检索预测成分的作用靶点。应用人类基因信息数据库(GeneCards)和DisGeNET数据库获取牙周炎相关靶点,将药物与疾病靶点进行韦恩分析获得共同靶点。利用Cytoscape 3.8.2软件构建“成分-靶点”网络,基因相互作用数据库(STRING)构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行关键基因筛选以及MCODE聚类分析,利用DAVID数据库进行基因本体(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析,通过Cytoscape 3.8.2软件构建香加皮“药物-成分-靶点-通路”网络,利用分子对接技术验证药物成分与靶点蛋白对接情况。结果 筛选得到香加皮有效...  相似文献   

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