应用基因芯片技术筛选肝细胞癌相关基因

目的:探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝细胞癌(HCC)相关基因群表达中的作用。方法:TRIzol法抽提2例HCC及正常肝脏组织总RNA,分离纯化两种组织的mRNA;逆转录合成掺入生物素标记的cDNA合成探针,与基因芯片(涵盖了18400个转录本,代表了14 500个明晰的基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析,比较2种组织基因表达谱差异。结果:2例HCC组织与正常肝脏组织相比,有2756条基因(19.01%)共同表达差异,其中共同上调基因1772条和共同下调基因984条,对2756条共同差异表达基因作了初步功能分类,这些基因与HCC的发病机制存在相关性。结论:基因表达谱芯片技术可以筛选出HCC表达异常的相关基因群,有助于认识肝癌的发病机制。     

基因芯片在肝细胞癌相关基因筛选中的初步研究

目的探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝细胞癌相关基因群表达中的作用。方法采用美国Affymetrix公司的U133A2．0基因表达谱芯片，按一步法抽提肝细胞癌及正常肝脏组织总RNA，分离纯化两种组织的mRNA；经逆转录合成掺人生物素标记的cDNA合成探针，与芯片杂交和严格洗片后，用荧光扫描仪扫描芯片荧光信号图像，分析肝细胞癌及正常肝组织中差异表达的基因。结果在18400条基因中，肝细胞癌组织与正常肝脏组织间有2756条（14．98％）存在差异表达的基因，其中上调基因1772条和下调基因984条，对2756条差异表达基因作了初步功能分类，这些基因与肝细胞癌的发病机制存在相关性。结论基因表达谱芯片技术可以筛选出肝细胞癌表达异常的相关基因群，对其进一步研究有助于认识肝细胞癌的发病机制。     

肝癌发生过程中的差异基因表达

目的:应用寡核苷酸芯片研究正常肝脏、慢性乙型肝炎、肝硬化及肝癌的基因表达谱,筛选肝癌相关基因.方法:分别对正常肝组织及肝炎、肝硬化和肝癌组织进行总RNA抽提并纯化,反转录得到cDNA,生物素标记cRNA探针,分别与含有19378个已知基因的寡核苷酸芯片进行杂交,Gene Scanner 3000激光系统扫描,GenePix Pro3.0分析软件读取处理杂交信号.结果:在慢性乙型肝炎、肝硬化及肝癌组织中,筛选出共同差异表达基因81个,其中持续上调表达基因53个,持续下调表达基因数28个.结论:寡核苷酸基因表达谱芯片能够快速筛选出肝癌相关基因,有多种基因共同参与肝癌发生的整个过程.     

DNA微阵矩技术研究肝纤维化差异基因表达谱变化

应用DNA微阵矩技术研究乙型肝炎肝硬化组织差异基因表达谱改变,以寻找肝纤维化相关基因,探讨肝纤维化的发病机理。抽提正常肝组织和肝硬化组织中的mRNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机扫描分析正常肝组织和肝硬化组织基因表达谱的差异情况。在10000个候选基因中,筛选出99条差异表达基因,表达上调的有45条,表达下调的有54条。其中未知基因9条。因此基于DNA微阵矩技术的肝纤维化基因表达谱分析能够高通量筛选与肝纤维化发生发展相关的基因。     

移植雄性骨髓的雌性小鼠肝组织肝再生相关基因的信号通路

目的:探讨骨髓形成肝细胞的分子机制.方法:采用移植♂骨髓的♀小鼠模型,♀Balb/c小鼠随机分为模型组和正常对照组,选用小鼠基因表达谱寡核苷酸芯片,利用反转录酶合成掺有荧光标记的cDNA探针,将探针与基因表达谱芯片杂交观察小鼠肝组织基因表达谱的变化,筛选样本之间杂交信号比值有差异表达的基因.采用生物信息学方法分析模型组中小鼠肝组织再生相关基因的信号通路变化规律.结果:♀小鼠在移植♂骨髓6 mo后肝组织的基因表达谱显著不同,对照组相对于正常组的差异表达基因有865条,已知功能基因有447条,其中上调基因92条,下调基因355条.与肝再生相关基因信号通路涉及HGF,TGF-β,Focal Adhesion,JAK-Stat,VEGF等信号通路,他们相关基因的上调表达促进肝细胞的增殖分化.TGF-β信号通路中相关基因下调,抑制信号通路的激活,减弱肝再生的负性作用,利于肝细胞的增殖分化.结论:♀小鼠移植♂骨髓后的肝组织基因表达谱显著变化,有可能通过其肝再生相关基因的信号通路激活或抑制调节肝再生.     

基因表达谱芯片在胰腺癌组织差异表达相关基因筛选中的应用

目的：探讨基因表达谱芯片技术筛选胰腺癌组织和癌旁正常组织基因表达谱差异的可行性。方法应用Agilent公司生产的包含27958条DNA的基因芯片检测4例胰腺癌患者胰腺癌组织和癌旁正常组织的基因表达谱,筛选差异表达基因,并用半定量RT-PCR法检测差异基因CD151、S100A4、TIMP-3和NME3表达情况。结果共筛选出46条基因表达谱差异基因,其中26条表达上调、20条表达下调。差异基因CD151、S100A4、TIMP-3和NME3的表达情况与基因表达谱芯片检测结果一致。结论基因表达谱芯片技术可以筛选出胰腺癌组织差异表达相关基因,为胰腺癌分子标志物研究提供了可靠依据。     

乙型肝炎病毒相关的肝硬化患者外周血单个核细胞基因表达谱的研究

目的分析乙型肝炎病毒（HBV）相关的肝硬化患者外周血单个核细胞的基因表达谱，探索慢性HBV相关的肝硬化形成的分子机制。方法应用含14 000条人体cDNA的微阵列芯片和来自外周血单个核细胞的标记cDNA，分析了10例慢性HBV相关肝硬化患者和10例健康人基因表达谱。通过应用GenePix 4000B扫描仪和ImaGene3．0分析软件比较Cy5标记的慢性HBV相关肝硬化来源cDNA与Cy3标记的健康人来源cDNA的杂交结果，获得个体基因的相对表达比值。结果和14 000条基因中，差异表达的基因有199条，占1．42％。其中108条基因表达水平上调，91条基因表达水平下调。这些差异表达的基因主要为细胞信号转导．细胞周期和代谢、凋亡及炎症相关类基因。结论HBV相关肝硬化发病过程中，发观众多基因的差异表达，为进一步阐明慢性HBV相关的肝硬化形成的分子机制提供基础。     

应用基因表达谱芯片研究多囊肾组织基因表达的变化

目的应用基因芯片技术研究多囊肾与正常肾组织基因表达谱的差异,比较其表达水平的不同,为多囊肾病发病机制的研究提供线索. 方法按一步法抽提多囊肾组织和正常对照肾组织的总RNA并纯化mRNA;将4 096种人类基因PCR产物用Cartesian Pixsys 7500点样仪按微矩阵排列制成基因芯片;将等量的多囊肾组织和正常肾组织mRNA分别逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,混合后与上述基因芯片杂交.用Scan Array 5000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用软件进行数字化处理和分析后比较两种组织基因表达谱的差异. 结果在多囊肾组织与正常肾组织中存在414个差异表达基因,其中119个基因在多囊肾组织中低表达,295个基因在多囊肾组织中高表达. 结论本研究从多囊肾组织中筛选出大量的差异表达基因,说明这些基因可能参与了多囊肾病发生及发展过程,从而为下一步研究发病机制提供了更多的靶基因.     

基因芯片在肺癌发生相关基因筛查中的应用

目的 研究人肺癌发生相关基因表达谱，探讨肺癌发生的分子机制。方法 选取1280个与肿瘤相关的基因克隆。制备成肿瘤相关cDNA芯片。提取人肺癌组织以及相应正常组织RNA，反转录后标记为cDNA探针，与cDNA芯片杂交，经扫描及Quantarray3．0软件分析后比较两种组织中的差异表达基因。结果 共筛查出差异表达基因52条。其中表达上调基因35条，下调基因17条；按照基因功能可分为运输载体，代谢相关基因、细胞信号转导分子、细胞骨架、转录调控因子以及未知功能基因。结论 基因芯片可用于肺癌相关基因表达谱的筛查，为明确肺癌发生机制提供重要参考。     

急性主动脉夹层与正常对照主动脉组织基因的差异表达

目的通过组织芯片技术分析急性主动脉夹层患者主动脉组织差异表达基因探讨主动脉夹层发病的分子机制。方法取急性主动脉夹层患者及健康对照（各4例）的主动脉组织,通过组织芯片筛选急性主动脉夹层患者和健康对照差异表达的基因。利用生物信息学技术分析差异表达的基因参与的信号通路。结果实主动脉组织芯片分析结果显示,急性主动脉夹层患者与正常对照差异表达大于2倍的基因有129个,其中83个基因表达下调,46个基因表达上调。差异表达的基因主要编码与细胞、细胞外基质粘附相关的蛋白。信号通路分析显示,主动脉夹层中受影响最大的两条通路是粘附斑和肌动蛋白骨架调节相关通路。结论通过组织芯片分析筛选到的急性主动脉夹层差异表达基因可能参与了主动脉夹层的病理过程,为研究其致病机制奠定了荩础。