肝癌组织中MPDZ基因拷贝数和表达变化及其诊断预后价值分析

目的：探讨MPDZ基因在肝癌组织中的拷贝数和表达变化情况,并评价其与临床病理指标之间的关系以及对肝癌诊断和预后判断的价值。方法：利用TCGA数据库分析MPDZ基因在299例肝癌组织中的拷贝数改变情况及其与表达的关系;同时分析TCGA数据中MPDZ基因在282例肝癌组织和50例癌旁组织中的表达及其与临床病理指标和生存预后的关系。结果：MPDZ基因在肝癌组织中存在明显的拷贝数变异,且拷贝数变异的主要类型为拷贝数缺失（31.44%）;同时MPDZ基因拷贝数缺失后MPDZ mRNA表达下调。MPDZ基因在肝癌组织中的表达显著低于癌旁组织,差异具有统计学意义（P < 0.05）。Kaplan-Meier分析显示,MPDZ基因低表达患者的生存时间短于高表达患者,差异具有统计学意义（Log-rank=12.48,P < 0.05）。受试者工作特征曲线（ROC）分析结果表明,MPDZ基因表达是一个灵敏度和特异度较好的肝癌诊断指标（AUC=0.86）。结论：MPDZ基因拷贝数缺失可能与肝癌的发生有关,MPDZ基因的表达对肝癌的诊断及生存预后判断具有参考价值。     

胃癌患者FHIT、hMLH1、p16、RAR-beta、Reprimo和TIMP3基因的甲基化研究

目的 探究人脆性组氨酸三联体(FHIT)基因、人mut1同源物(hMLH1)基因、p16基因、维甲酸受体(RAR)-beta(RAR-beta)基因、Reprimo基因和基质金属蛋白酶抑制因子3(TIMP3)基因在胃癌及相应的癌旁对照组织中甲基化状态。方法 采用亚硫酸氢钠测序法检测42例临床手术切除的胃癌标本及42例相应癌旁组织标本中FHIT基因、hMLH1基因、p16基因、RAR-beta基因、Reprimo基因和TIMP3基因甲基化水平。结果 胃癌组织及相应癌旁组织之间各基因的平均甲基化率分别为:FHIT基因(1.50%,1.36%)、hMLH1基因(4.77%,0.48%)、p16基因(9.63%,10.36%)、RAR-beta基因(4.75%,4.17%)、Reprimo基因(9.71%,3.76%)与TIMP3基因(18.34%,14.06%)。癌旁对照组织与胃癌组织的Reprimo基因的平均甲基化率具有统计学差异(P＜0.05)。组织分化程度不同的胃癌患者Reprimo基因启动子甲基化率存在统计学差异(P＜0.05)。结论 胃癌中Reprimo基因启动子区胞嘧啶鸟嘌呤二核苷酸岛中存在甲基化现象。Reprimo基因的高甲基化率可以作为胃癌的潜在生物标记物,以便早期发现胃癌。     

外周血USP1基因甲基化与大肠癌预后风险的关系

目的 探讨外周血中去泛素化酶USP1甲基化及临床特征与大肠癌预后风险的关系。方法 采用队列研究,共纳入286例大肠癌患者。使用高分辨率熔解曲线分析法(HRM)检测基因甲基化水平。应用Cox回归模型评估基因甲基化及临床特征与大肠癌预后风险之间的关联。结果 在男性大肠癌病例中,USP1甲基化增加预后不良风险(HR=2.091,95% CI:1.195~3.661,P=0.010)。临床病理特征中,UICC肿瘤分期4期(HR=2.464,95% CI:1.205~5.039,P=0.014)、肿瘤大小超过50mm(HR=1.610,95% CI:1.016~2.550,P=0.043)和组织学非腺型(HR=5.117,95% CI:1.142~22.930,P=0.033)是大肠癌不良预后风险增加的影响因素。结论 UICC肿瘤分期4期、肿瘤大小超过50mm和组织学分型为非腺型会增加大肠癌不良预后风险。外周血USP1基因启动子区甲基化与男性大肠癌预后不良风险增加有关。     

外周血STAT1,STAT3基因启动子CpG岛甲基化状态与大肠癌预后关系的研究

目的 探讨大肠癌(CRC)患者外周血STAT1,STAT3基因启动子CpG岛甲基化状态与大肠癌预后的关系以及影响大肠癌患者预后生存的因素。方法 采用队列研究的方法,对哈尔滨医科大学附属肿瘤医院病理确诊的原发性大肠癌住院患者239例进行生物学采样并随访,通过甲基化特异性高分辨率熔解曲线(MS-HRM)分析STAT1,STAT3基因启动子CpG岛甲基化状态。结果 239例大肠癌患者术后1年、3年和5年的生存率分别为为94.90%、86.00%和67.20%。STAT1,STAT3基因甲基化状态与大肠癌患者术后生存期无关(STAT1:HR=0.85,95% CI:0.55~1.30,P=0.44;STAT3:HR=0.75,95% CI:0.36~1.58,P=0.45),Dukes分期(HR=1.31,95% CI:1.14~1.51,P＜0.01)和术中肠吻合器的使用(HR=1.98,95% CI:1.25~3.14,P＜0.01)是影响大肠癌患者预后的重要因素,Dukes分期为C、D期的患者死亡风险显著高于A、B期(HR=1.31,95% CI:1.14~1.51,P＜0.01),术中使用肠吻合器的患者预后优于没有使用肠吻合器的患者。而性别、年龄、肿瘤位置、肿瘤大体分型、组织学分型、术后化疗与大肠癌的预后无关。结论 Dukes分期是影响大肠癌预后生存的独立因素,术中使用肠吻合器患者预后优于未使用者,外周血STAT1,STAT3基因甲基化状态尚不能作为影响大肠癌患者预后的生物标志物。     

肺癌患者组织样品中p16基因的异常甲基化

目的 分析肺癌患者组织样品中p16基因启动子区域异常甲基化的改变情况,评价该指标作为辅助临床诊断的分子标记物的价值。方法 运用甲基化特异性PCR技术,检测51例原发性肺癌患者的肿瘤组织、外周血血浆和痰标本中p16基因启动子区域的异常甲基化改变。结果 在43例肿瘤组织、36例血浆和39例痰标本中检测到了p16基因异常甲基化。凡在肿瘤组织检出p16基因甲基化阳性的病例,其血浆和(或)痰标本也为阳性;而肿瘤组织p16基因甲基化阴性的病例,其血浆和痰标本也为阴性。将血浆和痰标本的p16甲基化分析与痰细胞学检查相结合,可以发现92．2％的肺癌病例。结论 利用半巢式甲基化特异性PCR进行的血浆和痰标本p16基因甲基化分析,有可能成为辅助肺癌诊断的分子生物学指标。     

痰标本p16和MGMT基因甲基化对肺癌的诊断价值

目的：分析肺癌患者痰标本中p16和MGMT基因启动子区甲基化的改变情况,评价该指标作为肺癌辅助诊断分子标志物的价值。方法：运用甲基化特异性PCR技术,检测77例原发性肺癌患者痰标本和部分对应肿瘤组织(53例),以及30例正常对照者痰标本中p16和MGMT基因启动子区域的甲基化改变。结果：49例(63．6%)肺癌患者痰标本中检测到了pi6基因异常甲基化,34例(44．2%)检测到了MGMT基因异常甲基化,77例患者痰标本中2个基因中至少有1个基因出现甲基化为64例(83．1%),对肿瘤的检出灵敏度较高。长期吸烟史是影响肺鳞状细胞癌痰标本p16(P=0．001)基因启动子区甲基化的因素。随TNM分期增高,肺鳞状细胞癌患者痰标本中p16基因甲基化比例增高(P=0．021)；随TNM分期增高,肺腺癌患者痰标本MGMT基因甲基化比例增高(P=0．023)。对照组正常人痰液标本未发现p16和MGMT基因启动子区甲基化。结论：痰标本中p16和MGMT基因甲基化是临床肺癌辅助诊断的有效生物标志物之一。     

MAGEA4和EB1蛋白在肺癌组织中的表达及其与临床病理特征及预后的相关性分析

目的 探讨MAGEA4和EB1蛋白在肺癌组织中的表达及其与临床病理特征及预后的相关性。方法 选取2010年3月—2012年5月在我院胸外科行手术切除并经病理证实的肺癌患者136例为研究对象,采用实时荧光逆转录法及免疫组织化学法测定MAGEA4、EB1 mRNA及蛋白的表达水平,采用χ²检验及Cox回归分析探讨其与患者临床病理特征及预后的相关性。结果 肺癌组织中MAGEA4、EB1 mRNA表达水平高于癌旁组织(P＜0.05);肺癌组织中MAGEA4、EB1阳性率高于癌旁组织(P＜0.05);肺癌组织中MAGEA4、EB1蛋白表达高于癌旁组织(P＜0.05);MAGEA4、EB1蛋白阳性表达率与年龄无关(P＞0.05),与肿瘤最大径、病理学分级、TNM分期、浸润深度、淋巴血管间隙浸润、淋巴结转移、复发有关(P＜0.05)。MAGEA4、EB1阴性组3年生存率及总生存期均明显高于MAGEA4、EB1阳性组(P＜0.05)。淋巴血管间隙浸润、淋巴结转移、MAGEA4阳性、EB阳性是肺癌患者预后的独立危险因素(P＜0.05)。结论 MAGEA4和EB1蛋白在肺癌组织中阳性表达率增高,其高表达可能与肺癌的发生发展相关;MAGEA4、EB1蛋白阴性表达的肺癌患者能获得较好的预后。     

甲基丙烯酸环氧丙酯致16HBE细胞恶性转化不同时期METTL9基因甲基化状态分析

目的:分析甲基丙烯酸环氧丙酯(GMA)致人支气管上皮(16HBE)细胞恶性转化不同时期甲基转移酶样基因METTL9甲基化状态及其表达情况,并探讨其意义。方法:收获GMA染毒第10代(早期)、20代(中期)、30代(后期)的16HBE细胞,应用甲基化芯片检测METTL9基因在GMA诱导16HBE细胞恶性转化不同时期的甲基化状态,采用实时荧光定量PCR(qPCR)检测该基因在恶性转化不同时期的表达量,并与同期DMSO溶剂对照组细胞比较。结果:甲基化芯片结果显示,对照组第10代和第20代细胞未发生甲基化,第30代细胞发生甲基化;GMA染毒组16HBE细胞在第10代和第20代METTL9基因均发生甲基化(PeakScore>2),而第30代细胞未见甲基化。qPCR结果显示,与同期溶剂对照组相比,GMA染毒组16HBE细胞在第10代和第20代METTL9基因表达量上调(P<0.05);经甲基化转移酶抑制剂5-氮杂-2′-脱氧胞苷(5-Aza-cdr)处理后,该基因与同代龄GMA组细胞相比,第10代和第30代METTL9基因的表达量水平均上升(P<0.05),第20代表达水平下降(P<0.05)。结论:METTL9基因可作为GMA诱导16HBE细胞发生恶性转化前、中期的一个特异分子标志。     

促进乳腺癌增殖转移和肿瘤干细胞特征的研究

目的 研究Gankyrin在乳腺肿瘤中的表达及其促进肿瘤进展的分子机制。方法 利用数据库研究Gankyrin在乳腺癌中的表达情况,并分析其表达与患者生存的关系。在BT549和MDA-MB-231乳腺癌细胞系过表达和敲减Gankyrin基因后,利用CCK-8、Transwell和流式细胞实验分析细胞增殖、转移和肿瘤干细胞的比例。结果 通过数据库分析显示Gankyrin在乳腺癌组织表达较高(P＜0.01),其高表达与患者的不良预后有关(P＜0.01)。与正常乳腺组织相比,乳腺癌组织中Gankyrin启动子甲基化水平较低(P＜0.01)。通过在乳腺癌细胞中过表达和敲减Gankyrin基因后,表明Gankyrin具有促进乳腺肿瘤细胞增殖和转移的能力,可以维持乳腺癌细胞的肿瘤干细胞特征(P＜0.01)。结论 Gankyrin在乳腺癌高表达与患者的不良预后相关,其可能作为乳腺癌肿瘤标记物。     

WNT4在脑胶质瘤中甲基化下调及抑制恶性胶质瘤细胞增殖的研究

目的 探讨WNT4在脑胶质瘤细胞系和组织中细胞系的表达与甲基化对脑胶质瘤细胞系U87增殖的作用和机制。方法 qRT-PCR和免疫蛋白印迹实验分析WNT4在脑胶质瘤组织中的表达和甲基化及WNT4在脑胶质瘤细胞系中的表达;以胶质瘤U87细胞为本实验研究对象,分别转染慢病毒载体pLVX-Gfp-WNT4(实验组)和pLVX-Gfp-NC(对照组);细胞增殖和克隆形成实验分析WNT4基因对细胞增殖的影响;免疫蛋白印迹法验证WNT4对Wnt/β-catenin信号通路的影响。结果 与正常人星形胶质细胞相比,WNT4 mRNA在脑胶质瘤细胞系中的表达下调(P＜0.001),与正常脑组织相比,WNT4 mRNA和蛋白在脑胶质瘤组织中表达下调(P＜0.001);脑胶质瘤分级越高WNT4 mRNA表达越低(P＜0.001),高表达WNT4 mRNA患者的预后好(P＜0.001);WNT4在脑胶质瘤中甲基化程度明显高于正常脑组织。过表达WNT4后细胞活性和增殖能力受到抑制(P＜0.001);恢复WNT4表达后Wnt/β-catenin信号通路及其下游细胞因子明显受到抑制。结论 WNT4在人脑胶质瘤组织中表达甲基化下调,通过抑制Wnt/β-catenin信号通路参与脑胶质瘤的进展。     

Hypermethylation of p16INK4a in Chinese lung cancer patients: biological and clinical implications

Promoter hypermethylation of the p16INK4a gene was investigated in 111 cases of tumor tissue, as well as in 136 circulating plasma and 95 sputum samples from Chinese patients with primary lung cancer, using a modified protocol of semi-nested methylation-specific-PCR (MSP). The results showed hypermethylated p16 sequence in 80.2% of tumor tissues and frequencies of 75.7 and 74.7% in plasma and sputum specimens, respectively. Among the patients, 50 cases of matched plasma, sputum and tumor tissue from the same individual were analyzed. Of these, hypermethylation of the p16 promoter was detected in 84.0% of the tumor tissues, with frequencies of 72.0 and 76.0% in the corresponding plasma and sputum, respectively. Notably, only patients whose tumor tissue showed hypermethylation of p16 exhibited the same aberrant methylation in their sputum and/or plasma. Hypermethylation of p16 in sputum and plasma samples may provide a more sensitive approach to molecular diagnosis of lung cancer than relying on conventional cytological analysis. Our data show that a combination of cytological analysis of sputum and examination of p16 hypermethylation in sputum and plasma identified 92.0% (46/50) of the lung cancer patients studied, offering an effective means of early detection of lung cancer.     

TMEM196基因在肺癌中的甲基化修饰与表达调控

目的:分析TMEM196基因在肺癌组织中的甲基化情况以及甲基化发生对TMEM196基因表达的影响。方法:采用MSP方法检测肺癌组织、癌旁正常对照组织及肺癌细胞株TMEM196基因甲基化率;用去甲基化药物5-氮-2'-脱氧胞苷(5-aza-dC)处理肺癌细胞后,采用RT-PCR法检测TMEM196 mRNA表达水平。 结果:肺癌组织中TMEM196基因甲基化发生率为57%(28/49),而正常对照组织中该基因甲基化发生率为0(0/20)。TMEM196基因甲基化与肿瘤的分化程度(P=0.012)和临床分期显著相关(P=0.007),而与患者的年龄、性别、吸烟以及肿瘤的病理分类无显著相关(P>0.05)。TMEM196基因在肺癌细胞株H1975和H1650中高甲基化且表达缺失,去甲基化药物(5-aza-dC)处理细胞后TMEM196 mRNA表达明显升高,说明TMEM196基因表达可能受甲基化调控。结论:TMEM196基因甲基化与肺癌的发生发展密切相关,推测该基因通过DNA甲基化失活参与了肿瘤的发生。     

肺癌组织样本和血液样本EGFR基因检测对比研究

目的：研究肺腺癌患者不同样本EGFR基因检测结果的异同,以更精准地反映患者体内EGFR突变情况。方法：收集2016年7月—2017年12月收治的Ⅲ～Ⅳ期经病理确诊为肺腺癌患者175例,175例均有血浆样本,其中119例同时有活检组织样本,12例同时有胸水沉渣细胞样本。采用突变扩增系统(ARMS)-聚合酶链式反应(PCR)方法对收集到的活检组织样本、胸水沉渣细胞样本和血液样本进行EGFR基因检测,分析不同类型样本间结果的差异,以及与患者临床病理指标的关系。结果：联合检测的EGFR基因突变总阳性率较单纯血液样本阳性率提高了8.6%,较单纯组织样本提高了3.1%。EGFR突变在不同的性别(χ²=3.451,P=0.045)、肿瘤直径(χ²=8.911,P=0.002)、T分期(χ²=17.567,P=0.000)、淋巴结转移(χ²=18.511,P=0.000)、转移站数(χ²=3.341,P=0.047)和远处转移(χ²=10.874,P=0.001)组间的差...     

Methylation profile in tumor and sputum samples of lung cancer patients detected by spiral computed tomography: a nested case-control study

We evaluated the aberrant promoter methylation profile of a panel of 3 genes in DNA from tumor and sputum samples, in view of a complementary approach to spiral computed tomography (CT) for early diagnosis of lung cancer. The aberrant promoter methylation of RARbeta2, p16(INK4A) and RASSF1A genes was evaluated by methylation-specific PCR in tumor samples of 29 CT-detected lung cancer patients, of which 18 had tumor-sputum pairs available for the analysis, and in the sputum samples from 112 cancer-free heavy smokers enrolled in a spiral CT trial. In tumor samples from 29 spiral CT-detected patients, promoter hypermethylation was identified in 19/29 (65.5%) cases for RARbeta2, 12/29 (41.4%) for p16(INK4A) and 15/29 (51.7%) for RASSF1A. Twenty-three of twenty-nine (79.3%) samples of the tumors exhibited methylation in at least 1 gene. In the sputum samples of 18 patients, methylation was detected in 8/18 (44.4%) for RARbeta2 and 1/18 (5%) for both RASSF1A and p16(INK4A). At least 1 gene was methylated in 9/18 (50%) sputum samples. Promoter hypermethylation in sputum from 112 cancer-free smokers was observed in 58/112 (51.7%) for RARbeta2 and 20/112 (17.8%) for p16, whereas methylation of the RASSF1A gene was found in only 1/112 (0.9%) sputum sample. Our study indicates that a high frequency of hypermethylation for RARbeta2, p16(INK4A) and RASSF1A promoters is present in spiral CT-detected tumors, whereas promoter hypermethylation of this panel of genes in uninduced sputum has a limited diagnostic value in early lung cancer detection.     

肺癌患者外周血血浆中p16基因异常甲基化的检测

目的 分析肺癌患者外周血血浆中p16基因启动子区异常甲基化发生情况,探讨血浆中p16基因异常改变作为肺癌临床辅助诊断分子生物学标志物的可能性。方法 利用半巢式甲基化特异性PCR技术,检测了137例肺癌患者血浆和112例相对应肿瘤组织DNA p16基因的异常甲基化情况。结果 在血浆和肿瘤组织中的p16基因甲基化检出率分别为75．2％和80．4％;其中鳞癌、腺癌、腺鳞癌和小细胞肺癌患者血浆标本的阳性率分别为77．9％,65．1％,75．1％和91．7％。血浆DNAp16基因甲基化仅在肿瘤组织存在同样甲基化的病例中被检出。血浆和肿瘤组织中,p16基因的甲基化异常改变与肿瘤的分期、分型无明显相关性。结论 分析血浆DNA的p16基因异常甲基化有可能成为辅助肺癌诊断的有效方法之一。     

外周血白细胞PDE4C基因甲基化及环境因素交互作用与乳腺癌发病的关系

目的 探讨外周血白细胞中磷酸二酯酶4C(PDE4C)基因甲基化和环境因素的交互作用与乳腺癌发病的关系。方法 采用病例对照研究,选择2010年10月—2014年12月纳入的402例乳腺癌病例和470例对照作为研究对象,使用特异性DNA甲基化修饰的定量PCR方法检测PDE4C基因的甲基化水平。应用叉生分析、多因素Logistic回归,分析基因甲基化水平及其和环境因素的交互作用与乳腺癌发病的关系。结果 未发现PDE4C甲基化与乳腺癌的发病有显著关联。高频次/摄入量的粗粮、蔬菜、葱属性植物、禽肉、牛奶及经常运动可降低乳腺癌的发病风险;高频次/摄入量的猪肉,以及月经周期不规律、心理应激指数偏高可增加乳腺癌的发病风险。PDE4C高甲基化与食用葱属性植物大于3次/周有显著的联合作用(OR=0.373,95% CI:0.208~0.668,P=0.001)。结论 PDE4C基因高甲基化不是乳腺癌发病的独立危险因素,其与环境因素的联合作用影响乳腺癌的发病风险。