16S-23SrDNA间隔区序列PCR扩增及探针杂交用于偶然分支杆菌暴发感染的研究

目的　从基因水平上确认福建省南平市注射后偶然分支杆菌暴发感染的致病菌,并建立PCR结合DNA探针杂交快速鉴定偶然分支杆菌的方案。方法 根据偶然分支杆菌16S-23S rDNA间隔区序列,设计合成一段寡核苷酸探针,采用PCR扩增、RFLP和DNA斑点杂交技术,对29株偶然分支杆菌临床分离株进行鉴定。结果 29株偶然分支杆菌临床分离株均被PCR扩增出一条约470bp的DNA条带,DNA探针杂交也出现特异的杂交斑点。结论 16S23SrDNA间隔区序列PCR扩增及DNA探针杂交在基因水平上确认引起此次注射后暴发感染的致病菌为偶然分支杆菌,该方法具有灵敏、特异的特点。     

16S—23S rDNA间隔区序列PCR扩增及探针杂交用于偶然分支杆？…

目的 从基因水平上确认福建省南平市注射后偶然分支杆菌暴发感染的致病菌,并建立ＰＣＲ结合ＤＮＡ探针杂交快速鉴定偶然分支杆菌的方案。方法 根据偶然分支杆菌１６Ｓ－２３Ｓ ｒＤＮＡ间隔区序列,设计合成一段寡核苷酸探针,采用ＰＣＲ扩增、ＲＦＬＰ和ＤＮＡ斑点杂交技术,对２９例偶然分支杆菌临床分离株进行鉴定。结果 ２９例偶然分支杆菌临床分离株均被ＰＣＲ扩增出一条约４７０ｂｐ的ＤＮＡ条带,ＤＮＡ探针杂交也出现特     

16S-23S rDNA内转录间隔区序列寡核苷酸探针鉴定分支杆菌菌种的研究

目的研究以16S-23S rDNA内转录间隔区(intemal transcribed spacer,ITS)序列为靶基因设计分支杆菌菌种寡核苷酸探针,应用PCR-反向杂交技术快速鉴定分支杆菌菌种.方法应用PCR-反向杂交技术检测26种36株分支杆菌标准株,24株分支杆菌临床分离株.结果分支杆菌标准株和临床分离株经PCR扩增,依菌种不同可见一条约340bp～450bp范围DNA片段.探针特异性试验表明,21种寡核苷酸探针除草分支杆菌探针MPH与微黄分支杆菌亦杂交外,其余探针均为特异的.5株结核分支杆菌临床分离株鉴定为结核分支杆菌复合群,19株非结核分支杆菌临床分离株鉴定至种水平.结论 16S-23S rDNA ITS PCR-反向杂交鉴定分支杆菌菌种简便、快速、准确,具有较高应用价值.     

16S-23S rDNA间隔序列PCR与RFLP对分支杆菌临床分离株的鉴定价值

为阐明分支杆菌同种临床分离株不同菌株之间以及与标准株之间１６Ｓ－２３ＳｒＤＮＡ间隔序列是否有差异，以及结核分支杆菌耐药性和１６Ｓ－２３ＳｒＤＮＡ间隔序列有无关系。本文对５８株结核分支杆菌临床分离株（２０株敏感株，３８株耐药株）和淡黄、副偶然、母牛等分支杆菌的临床分离株的１６Ｓ－２３ＳｒＤＮＡ间隔序列进行了扩增，并对扩增产物进行了聚丙烯酰胺凝胶电和琼脂糖凝胶电泳及限制性内切酶ＨａｅⅢ、ＭａｐⅠ消化反应。同种分支杆菌各菌株之间扩增产物及限制性内切酶消化产物均无差异。不同种各株之间均不相同。结果说明同种分支杆菌不同临床分离株１６Ｓ－２３ＳｒＤＮＡ间隔序列没有差异，结核分支杆菌１６Ｓ－２３ＳｒＤＮＡ间隔序列与菌株耐药性没有关系。１６Ｓ－２３ＳｒＤＮＡ间隔序列ＰＣＲ扩增与ＲＦＬＰ分析对分支杆菌临床分离株的鉴定有价值。     

16s～23s rDNA间隔区序列聚合酶链反应鉴定术后龟分支杆菌暴发感染

目的　从基因水平上确认深圳市某医院术后暴发感染的致病菌,并建立一套快速的ＰＣＲ方法鉴定龟分支杆菌脓肿亚种。方法　根据分支杆菌的１６ｓ～２３ｓｒＤＮＡ间隔区序列,设计合成一对引物和龟分支杆菌脓肿亚种ＤＮＡ探针,采用ＰＣＲ 和ＤＮＡ 斑点杂交技术,对５３ 株龟分支杆菌脓肿亚种临床分离株进行ＰＣＲ扩增和ＤＮＡ杂交。在此基础上,采用１６ｓ～２３ｓｒＤＮＡＰＣＲ扩增体系检测２５９份临床标本,对部分标本做ＤＮＡ探针斑点杂交反应。结果　５３ 株龟分支杆菌脓肿亚种临床分离株均被扩增出一条特异的３８０ ｂｐ ＤＮＡ 带和出现特异的杂交斑点。２５９ 份临床标本,ＰＣＲ 扩增阳性率为６０－６％ 。结论　在基因水平上确认此次引起院内术后暴发感染的致病菌为龟分支杆菌脓肿亚种。１６ｓ～２３ｓｒＤＮＡＰＣＲ扩增检测体系灵敏、特异,能鉴定龟分支杆菌。     

16S—23S rDNA间隔序列PCR与RELP对分支杆菌临床分离株的鉴定价值

为阐明分支杆菌同种临床分离株不同菌株之间以及与标准株之间１６Ｓ－２３Ｓ ｒＤＮＡ间隔序列是否有差异，以及结核分支杆菌耐药性和１６Ｓ－２３Ｓ ｒＤＮＡ间隔序列有无关系。本文对５８株结核分支杆菌临床分离株（２０株敏感株，３８株耐药株）和淡黄、副偶然、母牛等分支杆菌的临床分离株的１６Ｓ－２３Ｓ ｒＤＮＡ间隔序列进行了扩增，并对扩增产物进行了聚丙烯酰胺凝胶电泳和琼脂糖凝胶电泳及限制性内切酶ＨａｅⅢ、Ｍｓｐ     

分支杆菌临床分离株的16S-23S rRNA基因转录间隔区的序列分析

目的　建立鉴定分支杆菌分离株的 16S - 2 3SrDNA转录间隔区 (internaltranscribedspacer ,ITS)序列分析的方法 ,用该方法对临床分离株进行鉴定。方法　对从重庆某医院分离的 2 9株分支杆菌菌株分别进行了PCR扩增 ,得到它们的16S - 2 3SrDNAITS片段 ,并测定所得到片段的DNA序列。用DNA分析软件将所获得的序列与GenBank的分支杆菌序列相比较 ,计算种间相似性 ,并用序列构建分支杆菌菌株的系统发育树 ,对分离株进行鉴定。结果　在ITS序列分析中 ,有 10株的序列分别与结核分支杆菌复合群 (Mycobacteriumtuberculosiscomplex ,MTC)、戈登分支杆菌 ,脓肿分支杆菌的序列完全一致。依据完全一致的序列可以准确鉴定这些临床分离株为相应的种 ;4株 16SrDNA序列分析不能准确鉴定的分离株中其中 3株(M 4、M 5、M 12 )鉴定为戈登分支杆菌 ,1株 (M 2 3)鉴定为脓肿分支杆菌。部分分离株的的ITS序列在GenBank序列检索中无完全一致的匹配序列 ,这些不同的序列之间的相似程度为 2 7.1%～ 99.2 %。用临床分离株的ITS序列与其最相似的已知分支杆菌的ITS序列构建的系统发育树 ,菌株分群与 16SrDNA序列构建的系统发育树的分群基本一致。结论　分支杆菌的16S - 2 3SrDNAITS序列比 16SrDNA序列有更大的多样性 ,该序列分析可作为     

16S～23S rDNA内转录间隔区序列分析及其在分支杆菌鉴定中的应用价值

目的：研究16S－23SrDNA内转录间隔区（internal transcribed spacr,ITS)序列在分支杆菌鉴定中的应用价值。方法：应用PCR－直接测序法对22例30株分支杆菌参考菌株和16株分支杆菌临床分离菌株16S－23SrDNA ITS测序。对所测定序列以及GenBank所报道的有关序列用Clustal程序（MegAlign Package[Windows Version4.01]；DNASTAR，Madson,Wis)处理分析，计算种间相似性，用PHYLIP Package构建分支杆菌菌种聚类分析树状谱。结果：除结核分支杆菌复合群（MTC）菌种（结核分支杆菌、牛分支杆菌、非洲分支杆菌和田鼠分支杆菌）16S－23SrDNA ITS序列完全一致外，其它分支杆菌菌种间核苷酸排列顺序及长度变异较大，种间相似性为30．4％－86．5％，聚类分析树状谱能将各分支杆菌菌种相分离，结果表明16S－23SrDNA ITS序列分析能将MTC与非结核分支杆菌（NTM）相鉴别，能将NTM鉴定至种的水平。结论：16S－23SrDNA ITS可做为分支杆菌鉴定的靶基因。     

常见分枝杆菌不同株16S-23S rRNA转录间隔区序列分析

目的 分析常见分枝杆菌不同株之间的因型,为临床分离株的鉴定提供参考序列.方法 用16S-23S rRNA转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列分析法对94株由德国微生物和细胞保藏中心(DSMZ)引进的常见分枝杆菌进行种内不同株的基因型分析,并分别与12株国际标准株对比.通过种内不同株间同源性序列比对,绘制16S-23S rRNA ITS序列聚类分析树状谱,使用DNAStar的MegAlign软件计算株间相似性百分比.结果 成功完成上述共106株菌株的16S-23SrRNA ITS测序,发现除胞内分枝杆菌(4株)、鸟分枝杆菌(4株)、海分枝杆菌(6株)和马尔摩分枝杆菌(2株)各有一个基因型且与标准株相同外,其他分枝杆菌均可分为数个不同基因型.结论 16S-23S rRNA ITS序列分析可以根据种内各株的不同基因型将分枝杆菌鉴定到株,是分枝杆菌基因型分析的可靠方法.     

16s—23srDNA间隔区序列聚合酶链反应鉴定术后龟分支杆 …

目的 从基因水平上确认深圳市某医院术后暴发感染的致病 ,并建立一套快速的ＰＣＲ方法鉴定龟分支杆菌脓肿亚种。方法根据分支杆菌的１６￣２３ｓｒＤＮＡ间隔区序列,设计合成卫对引物和龟分支杆菌脓肿亚种ＤＮＡ探针,采用ＰＣＲ和ＤＮＡ斑点杂交技术,对５３株龟分支杆菌脓肿亚种临床分离株进行ＰＣＲ扩增和ＤＮＡ杂交。在此基础上,采用１６￣２３ｓｒＤＮＡＰＣＲ扩增体系检测２５９份标本,对部分标本做ＤＮＡ探针斑点杂交反     

基因扩增结合探针杂交和巢式聚合酶链反应检测痰结核分支杆菌的比较研究

基因扩增结合探针杂交和巢式聚合酶链反应检测痰结核分支杆菌的比较研究陈志敏汪天林张在珍应用聚合酶链反应（ＰＣＲ）结合Ｓｏｕｔｈｅｒｎ转移、光敏生物素标记ＤＮＡ探针杂交（ＳＢＨ）及巢式ＰＣＲ技术进行了结核分支杆菌的实验与临床应用比较研究。材料与方法（１）...     

复方PCR用于分支杆菌菌种鉴定的初步研究

目的 寻找新的、快捷简便的分支杆菌菌种鉴定技术，进一步提高临床结核病诊断的水平。方法 将3套分支杆菌基因组DNA的不同标记引物同时放入一个体系中，并在同一退火温度下进行PCR扩增，通过对扩增产物的不同带型进行分析，对已知标准株和部分临床株进行菌种鉴定。结果 复方PCR方法可将结核复合群中的结核分支杆菌、牛结核分支杆菌与非结核分支杆菌一次性地区分开，特异性达到100％，灵敏度为10ng／反应。结论 复方PCR技术是一种有效而又简捷的分支杆菌诊断方法，可用于临床上分结核与非结核分支杆茵或分支杆菌与非分支杆菌的初步区分。     

复方PCR用于分支杆菌菌种鉴定的初步研究

目的　寻找新的、快捷简便的分支杆菌菌种鉴定技术,进一步提高临床结核病诊断的水平。方法 将3套分支杆菌基因组DNA的不同标记引物同时放入一个体系中,并在同一退火温度下进行PCR扩增,通过对扩增产物的不同带型进行分析,对已知标准株和部分临床株进行菌种鉴定。结果 复方PCR方法可将结核复合群中的结核分支杆菌、牛结核分支杆菌与非结核分支杆菌一次性地区分开,特异性达到100%,灵敏度为10ng/反应。结论 复方PCR技术是一种有效而又简捷的分支杆菌诊断方法,可用于临床上分结核与非结核分支杆菌或分支杆菌与非分支杆菌的初步区分。     

16S～23SrDNA间隔区分析在分枝杆菌鉴定中的应用研究

分枝杆菌有一百多种,其中一部分对人和动物有致病作用。分枝杆菌引起的疾病,其临床表现、体征和Ｘ线影像酷似结核病,但治疗方案又不完全相同,因此,菌种鉴定对于结核病的临床诊断和流行病学调查是至关重要的。菌种鉴定的方法很多,如生物学和细胞生化实验、核酸探针杂交及枝茵酸的高效液相色谱等各有一定的优点。１６Ｓ～２３ＳｒＤＮＡ间隔区序列片段较长,且种间同源性低,比常用的保守序列信息量大,应用于菌种鉴定具有一定的优越性。我们对分枝杆菌这一区段进行了系统的研究,以期在基因水平上建立一种对分枝杆菌快速鉴定的方案;应…     

随机扩增DNA用于结核分支杆菌指纹鉴定的初步研究

为寻找结核分支杆菌株特异标记物,采用随机扩增ＤＮＡ(ＲＡＰＤ)鉴定结核分支杆菌指纹,并对部分感染源进行了同源性分析。材料与方法　标准菌株为结核分支杆菌Ｈ37Ｒｖ93009、Ｈ37Ｒｖ、Ｈ37Ｒｖ、Ｈ37Ｒｖ9320及Ｈ37Ｒａ。临床株6株,其中取自母女患者各1株,另4株来自一组暴发流行的肺结核患者(同居外来民工)。分离采用琼脂培养基[1];所有临床株经生化等证实为结核分支杆菌。(1)ＤＮＡ提取:采用标准酚氯仿纯化法(略)和煮沸冻融法及碱洗法等粗提法。碱洗法以05ｍｏｌ/ＬＮａＯＨ 05ｍｏｌ/Ｌ柠檬酸钠混合物1ｍｌ与菌落3～5ｍｇ放入15ｍｌＥｐ…     

16S rRNA基因突变与结核分支杆菌耐链霉素的研究

我们已证实大多数结核分支杆菌耐链霉素（ＳＭ）是由于其核糖体Ｓ１２蛋白编码基因（ｒｐｓＬ）错义突变所致［１］，在此基础上，通过聚合酶链反应（ＰＣＲ）单链构象多态性（ＳＳＣＰ）和ＰＣＲ直接测序法（ＤＳ）进一步研究其１６ＳｒＲＮＡ编码基因（ｒｓ）的突变...     

套式PCR扩增SSU rDNA特定片段检测云南金平县疟原虫感染的研究

目的：采用套式PCR系统诊断、鉴别人体疟原虫感染。方法：采用已建立的套式PCR系统扩增SSUrDNA特定片段检测云南金县恶性疟镜检阳性患者的6份血样，并设阳性与阴性对照。结果：间日疟原虫、恶性疟原虫和三日疟原虫感染血样中分别扩增出104bp、102bp和115bp预期大小的特定扩增带。正常人血、人源弓形虫、杜氏利什曼原虫DNA及灭菌双蒸水均未产生特异扩增带。6份血样中检出4份p.v.、p.f.和p.m.的混合感染1份p.v.和p.f.及1份p.f.和p.m.的混合感染。结论：该系统特异、灵敏、稳定，在诊断疟疾的同时可准确地判定混合感染，对疟疾的诊断、大规模流行病学研究及疫情监控等具有实际应用价值。     

套式PCR扩增SSU rDNA特定片段检测云南金平县疟原虫感染的研究

目的　采用套式 PCR系统诊断、鉴别人体疟原虫感染。　方法　采用已建立的套式 PCR系统扩增 SSU r DNA特定片段检测云南金平县恶性疟镜检阳性患者的 6份血样 ,并设阳性与阴性对照。　结果　间日疟原虫、恶性疟原虫和三日疟原虫感染血样中分别扩增出 10 4 bp、10 2 bp和 115 bp预期大小的特定扩增带。正常人血、人源弓形虫、杜氏利什曼原虫 DNA及灭菌双蒸水均未产生特异扩增带。 6份血样中检出 4份 P.v.、P.f.和 P.m.的混合感染 ,1份 P.v.和 P.f .及 1份 P.f .和 P.m.的混合感染。　结论　该系统特异、灵敏、稳定 ,在诊断疟疾的同时可准确地判定混合感染 ,对疟疾的诊断、大规模流行病学研究及疫情监控等具有实际应用价值。     

应用扩增直接重复序列DNA片段对泰国结核分支杆菌菌株基因差异的研究

背景:发展并使用一种用于研究结核分支杆菌基因差异的聚合酶链反应(PCR)设计:结核分支杆菌H_(37)Rv的两个多态性DNA片段被鉴定和测序。然后引物被设计以用于对两个多态性片段同时进行扩增。该方法被用于研究179例临床结核菌分离株,这些菌株以前曾用IS6110的Southern杂交鉴定。结果:两个多态性片段均含有直接重复序列。其中一个片段的直接重复序列位于α-异丙基苹果酸酯合成酶基因的编码序列之间。179个菌株的两个片段经过扩增后,PCR产物的40个型能够被鉴定。该方法能够将38个IS6110单带菌株区分为23个型。属于北京家族的菌株中的大多数具有与H_(37)Rv相同的PCR产物。Nonthaburi组成员的PCR产物彼此间是相似的。结论:这些结果符合北京家族和Nonthaburi组成员起源于两个共同祖先的假说。该PCR方法可能有助于对含IS6110单拷贝的结核菌菌株进行区分。