基于网络药理学探讨姜黄素对砷诱导心脏损伤的作用机制及PI3K/AKT信号通路验证

目的 基于网络药理学研究姜黄素对砷诱导心脏损伤的作用机制,并用体外实验进行初步验证。方法 采用HERB数据库筛选出姜黄素的靶点,OMIM、GeneCards数据库获取疾病靶点,进而筛选出两者交集靶点;将其导入String数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络;采用Cytoscape 3.7.2软件构建核心靶点网络图：通过DAVID数据库对交集靶点进行GO注释和KEGG通路富集分析;运用AutoDockTools、PyMOL软件对排名靠前的靶点进行分子对接,验证其生物活性。体外实验通过CCK8法检测细胞活力,荧光实时定量（RT-PCR）检测PI3K/AKT通路相关mRNA的表达。结果 筛选出姜黄素的靶点152个,疾病靶点2386个,交集靶点119个,关键靶点5个。主要的信号通路有癌症通路、PI3K/AKT信号通路等。分子对接结果显示,姜黄素与AKT1、MAPK3、JUN有比较强的结合活性。体外实验证明姜黄素对砷引起的心肌细胞损伤有明显改善。结论 研究结果表明姜黄素通过激活AKT信号通路减轻砷诱导的细胞凋亡。     

基于网络药理学和分子对接技术的金卷升板胶囊治疗血小板减少症作用机制探讨

目的 运用网络药理学和分子对接技术预测金卷升板胶囊治疗血小板减少症的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及GeneCards数据库筛选金卷升板胶囊治疗血小板减少症的相关化合物及其靶点。利用Cytoscape 3.9. 1软件构建活性成分-靶点网络;利用String数据库构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络;利用Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Autodock Vina软件进行分子对接。结果 共获得88个活性成分及159个共有靶点;关键通路包括癌症通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物的多配体受体（AGE-RAGE）信号通路及脂质和动脉粥样硬化信号通路等。获得槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇3个重要化合物,以及TP53,AKT1,JUN 3个核心靶点;分子对接最小结合能均小于-5.0 kcal/mol。结论 金卷升板胶囊可能通过槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等关键活性成分,作用于TP53,AKT1,JUN等潜在核心靶点,调控癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路...     

基于网络药理学和分子对接研究广藿香治疗胃癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨广藿香治疗胃癌的活性成分及潜在的作用机制。方法 经TCMSP平台筛选和文献挖掘收集广藿香的主要活性成分,通过GeneCards数据库筛选出胃癌的靶点,利用R语言编程将化合物作用靶点与疾病靶点映射,构建化合物-靶点网络图。应用String数据库、R语言编程结合Cytoscape 软件构建胃癌靶点蛋白相互作用网络并进行分析。应用Metascape网站进行基因本体论（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。应用DS软件对广藿香活性成分与胃癌靶点进行分子对接验证。结果 广藿香中含有7个主要活性成分,对应胃癌的143个靶点,主要通过AKT1、IL-6、EGFR、MMP9、VEGFA、CASP3、MARK1等关键靶点发挥疗效,主要作用途径为癌症途径、IL-17信号通路、铂耐药、NF-κB信号通路、癌症中的转录失调、血管内皮生长因子信号通路等。至少有5个活性成分可与核心靶点AKT1相互作用,其中槲皮素7-O-β-D-葡萄糖苷与AKT1的结合最为稳定。结论 广藿香治疗胃癌具有多靶点和多通路的潜在作用机制。     

镰形棘豆总黄酮抗肾癌分子作用机制的网络药理学初探

目的 利用网络药理学和分子对接方法研究镰形棘豆总黄酮(TFOF)抗肾癌的分子机制。方法 通过SEAdatabase、SwissTarget Prediction和TargetNet数据库预测TFOF的相关靶点。从DisGeNET、NCBI、GeneCards、OMIM和GeneCLip3数据库收集与肾癌相关的靶点,通过靶点映射确定活性化合物作用于炎症的靶点。利用Cytoscape3.7.2软件,构建药物-化合物-疾病-靶点蛋白互作网络图。借助Omicshare和Metascape开放平台对交集靶点进行GO及KEGG富集分析。检测活性化合物对TNF-α诱导特殊转染的人胚胎肾293细胞(HEK-293细胞)中NF-κB抑制率的影响,以验证其抗肿瘤活性。通过Autodock软件对核心化合物和核心靶点进行分子对接验证。结果 靶点映射确定了460个镰形棘豆黄酮类化合物与炎症的共同靶点,其中,关键靶点8个(包括AKT1、TNF、SRC、VEGFA、EGFR等)。KEGG富集结果显示：TFOF的抗炎机制主要为调控cAMP信号通路、癌症中的微小RNA、VEGF信号通路等。分子对接显示核心成分与核心靶点...     

基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗(IR)的分子机制。方法 运用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库,筛选菟丝子的化合物和有效靶点;使用GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库预测IR的相关靶点,并利用Uniprot数据库转换成相应的基因名称;选取Cytoscape软件构建菟丝子—活性成分—靶点网络关系图、String数据库构建靶点蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络;利用David数据库进行GO生物学功能富集分析和KEGG通路富集分析,并绘制柱状图和气泡图;使用Autodocktools软件对活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 获得菟丝子的关键化合物10个、药物靶点207个、疾病靶点1 279个、交集靶点122个,得到JUN、AKT1、TP53、RELA、MAPK1和TNF 6个PPI网络核心分子,网络药理学结果提示菟丝子可能通过TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路和FoxO信号通路等121条信号通路参与调控IR。分子对接结果显示,菟丝子中活性成分槲皮素、苦参碱、β-谷甾醇与核心靶点JUN、TP53、MAPK1和RELA间存在结合位点。...     

基于网络药理学和分子对接技术的银翘清热片治疗上呼吸道感染机制研究

摘要：目的:采用网络药理学和分子对接技术探讨银翘清热片治疗上呼吸道感染的作用机制。方法:依托TCMSP和SwissTargetPrediction数据库检索银翘清热片的化合物和作用靶点,利用GeneCards、OMIM、DisGeNet数据库检索上呼吸道感染的疾病靶点,取药物和疾病的交集靶点作为潜在靶点。通过STRING数据库和Cytoscape软件构建潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,利用R包“clusterProfiler”进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析。采用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点-通路”网络,选择关键化合物和靶点通过Autodock Tool软件进行分子对接。结果:筛选出银翘清热片的化合物494个,作用靶点1 259个。PPI网络显示,肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素6（IL-6）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（AKT1）、白蛋白（Alb）、表皮生长因子受体（EGFR）等为核心靶点。KEGG富集分析显示,C型凝集素受体信号通路、Toll样受体信号通路、甲型流感、新型冠状病毒肺炎（COVID-19）、人类巨细胞病毒感染等为显著富集的通路。分子对接结果显示,共14组化合物与靶蛋白对接效果良好。结论:本研究初步揭示了银翘清热片治疗上呼吸道感染的作用机制,可为后续实验研究和临床应用提供理论基础。     

基于网络药理学探讨丹参抗乙肝病毒的活性成分与作用机制

应用网络药理学方法预测了丹参抗乙肝病毒(hepatitis B virus, HBV)的活性成分和作用机制。首先通过TCMSP、PubChem数据库及文献调研获取丹参的化学成分,通过SwissTargetPrediction和GeneCards数据库分别预测活性成分和HBV感染所对应的潜在作用靶点。使用String数据库构建蛋白互作关系网络、Cytoscape软件将成分-作用靶点网络可视化并进行拓扑学分析、DAVID平台进行GO功能及KEGG通路富集分析、AutoDock Vina软件将丹参关键活性成分与核心靶蛋白进行分子对接。共筛选出38种活性成分,获得疾病-化合物交集靶点178个,富集分析得到405个GO相关条目、68条相关信号通路(涉及T细胞/B细胞受体信号通路、PI3K/AKT信号通路及mTOR信号通路等)。分子对接结果显示,丹参大多数关键活性成分(丹参醌酚Ⅱ、丹参新酮、原儿茶酸、紫草酸和原儿茶醛)与核心靶点(PIK3CA、APP、STAT3、AKT1和mTOR)具有较好的亲和力。更进一步,在HBV复制小鼠模型上考察了丹参代表性活性成分紫草酸的抗HBV活性及对PI3K/AKT和...     

基于“活性成分-作用靶点-通路”网络葛根抗缺氧作用生物机制研究

目的应用网络药理学技术,构建葛根抗缺氧作用的"活性成分-作用靶点-通路"网络,阐述葛根抗缺氧作用生物机制。方法基于化学成分数据库及Linpinski 5规则筛选葛根活性成分;Swiss target prediction及Genclips预测葛根抗缺氧作用靶点,String构建靶点交互作用网络并分析其关键靶点;DAVID数据库富集作用靶点的代谢通路,Cytoscape构建"活性成分-作用靶点-通路"网络,阐述葛根抗缺氧作用的生物机制。分子对接技术对分析结果进行可靠性验证。结果发现葛根抗缺氧主要活性成分34个,主要是异黄酮类、酚类化合物;作用靶点44个,其中ESR1,PTGS2,EGFR,NOS3,AR是关键靶点,作用靶点涉及一氧化代谢通路、5羟色胺突触通路、缺氧诱导因子信号通路等12条通路。分子对接结果显示多数活性成分与关键靶点具有结合作用。"活性成分-作用靶点-通路"网络显示葛根异黄酮、酚类活性成分通过疾病靶点,调控一氧化代谢通路、5羟色胺突触、HIF-1信号等通路。结论葛根异黄酮、酚类活性成分可能通过ESR1,PTGS2,EGFR等靶点调节缺氧诱导因子信号、一氧化氮代谢、5羟色胺等通路发挥抗缺氧作用。     

基于网络药理学和反向分子对接的西红花抗肿瘤作用机制研究

目的 运用网络药理学和反向分子对接技术探讨西红花抗肿瘤的作用机制。方法 通过检索文献和从中药系统药理学数据库（TCMSP）获取西红花的主要化学成分,利用PharmMapper服务器预测西红花活性成分的潜在靶点,通过UniProt数据库将西红花潜在靶点转换为对应的靶标基因,与GeneCards、OMIM和TTD数据库获得的肿瘤相关靶点进行映射分析,得到西红花抗肿瘤的潜在作用靶点。采用Cytoscape软件构建西红花“活性成分-靶点-疾病”相互作用网络,通过String数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,并利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用AutoDock、Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出西红花中槲皮素、山柰酚、异鼠李素、苦番红花素和西红花苷Ⅰ等9个活性成分,可能作用于AKT1、CCND1、MMP9、EGFR、TP53等37个关键靶点,涉及P53信号通路及TNF信号通路等。分子对接显示可通过氢键、疏水作用等产生稳定结合。结论 初步探讨了西红花抗肿瘤的主要活性成分、关键靶点及通路,提示可通过诱导细胞凋亡等方式发挥抗肿瘤作用,为后...     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

基于网络药理学和动物实验探讨柠檬苦素抗肝纤维化的作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨柠檬苦素治疗肝纤维化的作用机制,并运用分子对接和动物实验进行验证。方法 首先,利用SwissTargetPrediction、GeneCards和DisGeNet等数据库筛选柠檬苦素和肝纤维化的靶点,并运用微生信网站获得柠檬苦素与肝纤维化的共同靶点。然后运用STRING数据库和Cytoscape软件构建共同靶点的蛋白质相互作用网络,并利用CytoNCA插件筛选核心靶点;使用Metascape数据库对共同靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,以预测其可能的作用机制。最后运用AutoDock Vina软件对柠檬苦素与核心靶蛋白进行分子对接验证,并将网络药理学预测结果进行动物实验验证。结果 预测结果表明柠檬苦素可能作用于AKT1、VEGFA、HIF1A等86个靶点,参与激素应答、蛋白磷酸化、血管生成等生物过程和PI3K/AKT通路、HIF-1通路、VEGF通路等与肝纤维化相关的信号通路。蛋白质相互作用分析结果显示核心靶点包括AKT1、VEGFA、HIF1A、PIK3CA等11个靶点。分子对接结果表明柠檬苦素与AKT1、VEGFA、HIF1A 3个核心靶蛋白具...     

钠-葡萄糖协同转运蛋白-2抑制剂心肾保护作用机制的网络药理学研究

目的 基于网络药理学研究钠-葡萄糖协同转运蛋白-2抑制剂（SGLT-2i）心肾保护的作用机制。方法 通过相关数据库搜索SGLT-2i与疾病相关的靶点,应用STRING 11.5数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,使用CytoHubba插件得到关键靶点,利用Metascape数据库进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,利用CB-Dock平台进行分子对接。结果 共预测SGLT-2i靶点450个,获得疾病靶点1 221个,交集靶点54个,关键靶点为丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、表皮生长因子受体（EGFR）、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（AKT1）等。KEGG结果显示,关键通路可能是糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物-糖基化终产物受体信号通路、酪氨酸蛋白激酶-信号转导和转录激活因子信号通路等。分子对接显示,SGLT-2i与关键靶点结合能力较好。结论 本研究初步推测了SGLT-2i多靶点、多通路的心肾保护作用机制,这为该类药物心肾保护机制提供了新的认识。     

基于网络药理学及分子对接技术挖掘陈皮理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的作用机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术挖掘陈皮通过理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的关键有效成分及作用靶点与通路，以探究其可能的药效物质基础及潜在的分子机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台对陈皮主要化学成分及相关作用靶点进行收集。从GeneCards数据库中检索理气、代谢相关脂肪性肝病相关靶点，对理气靶点、代谢相关脂肪性肝病靶点与药效靶点进行映射，得出陈皮理气功效治疗非酒精性脂肪肝的功效靶点。将功效靶点输入STRING数据库中得出蛋白相互作用（PPI）网络，并用Cytoscape 3.9.0软件进行可视化。通过DAVID数据库进行基因本体（GO）与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。筛选出陈皮关键活性化合物和靶基因后，进行分子对接，预测活性化合物与核心靶点的结合，得出其可能作用的分子机制并构建“化合物–靶点–通路”网络图。结果 陈皮中共有63种活性成分和540个相应靶点，理气靶点580个，代谢相关脂肪性肝病靶点478个。最终筛选获得56个关键靶点和16个重要的信号通路，包括磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B1（Akt）信号通路、Ras信号通路、胰岛素信号通路、腺苷酸活化蛋白激酶（AMPK）信号通路、核因子-κB（NF-κB）信号通路等。陈皮理气功效治疗代谢相关脂肪性肝病的主要成分为川陈皮素、柚皮素、橙皮苷等，关键靶点为Akt1、过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR）α、PPARγ、表皮生长因子受体（EGFR）等。分子对接显示柚皮素、川陈皮素、柚皮苷分别与Akt1、PPARγ、原癌基因c（JUN）、雌激素受体α（ESR1）、PPARα结合良好。结论 陈皮中的柚皮素、川陈皮素、柚皮苷可能为其发挥理气功效的主要活性成分，能够多靶点、多途径地调控氧化应激、炎症反应、脂质代谢等生物效应过程治疗非酒精性脂肪肝，为陈皮在临床上治疗非酒精性脂肪肝的深入研究提供理论基础和科学依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨丹参治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 利用网络药理学、分子对接技术，筛选并分析丹参治疗缺血性脑卒中（CIS）的关键化合物、作用靶点、生物学功能及信号通路，阐述其可能的作用机制。方法 使用TCMSP数据库检索丹参的活性成分及作用靶点，在GeneCards、NCBI和OMIM数据库中获取CIS的靶点，并将药物和疾病交集后的靶点输入STRING数据库，构建蛋白质相互作用网络，利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络。通过Bioconductor进行GO功能富集和KEGG通路分析。采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2将得到的关键活性成分和核心靶点进行分子对接，运用Pymol和Ligplot软件对结果进行可视化。结果 从丹参中共筛选出65个活性成分和108个对应靶点，以及CIS交集后获得靶点87个，其中度值大于50的靶点有6个，包括AKT1、IL6、FOS、VEGFA、MAPK1、EGFR，即本研究的核心靶点。GO功能富集分析得到GO条目124个（P<0.05），KEGG通路富集分析筛出134条信号通路（P<0.05），以PI3K-AKT信号通路所占靶点数目最多。构建的药物-化合物-作用靶点-疾病网络显示，木犀草素、丹参酮Ⅱ_A等活性化合物在整个网络中发挥着关键作用；分子对接结果显示，木犀草素、丹参酮Ⅱ_A与6个核心靶蛋白均具有较好的亲和力（结合能远小于-5 kJ/mol）。结论 丹参的主要活性化合物，包括木犀草素、丹参酮Ⅱ_A等，可作用于AKT1、IL6、FOS、VEGFA、MAPK1、EGFR等核心靶点，共同参与调节PI3K-AKT等多条信号通路，发挥抑制细胞凋亡、抗炎、神经保护等作用，可能是丹参治疗CIS的潜在机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨陈皮治疗阿尔茨海默病的作用机制（英文）

本研究通过网络药理学和分子对接阐明陈皮(Citri Reticulatae Pericarpium, CRP)治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的作用机制。首先,在陈皮中筛选出98个有靶点的化合物和628个相关成分靶点,在疾病数据库中检索得到2483个AD靶点。随后,构建CRP-AD交叠靶点图和蛋白互作(PPI)网络图,对PPI网络图进行拓扑属性分析得到66个与CRP治疗AD密切相关的靶点,对66个靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,靶点在多条生物途径富集,包括松弛素信号通路、钙信号通路、HIF-1信号通路和IL-17信号通路。最后,对靶点和CRP活性成分进行分子对接验证,CRP的活性成分(黄烷酮、橘皮素、黄酮醇、香芹酚、紫苏醛)与靶点通过氢键连接,结合能小于0 kg/mol。本研究采用网络药理学和分子对接的方法系统的揭示了陈皮治疗阿尔茨海默病的作用机制,为以后科研以及临床研究提供理论依据。     

基于配体共同特征探究胃复春干预FD“物质-靶点-效应”

目的：基于胃复春已发表入血成分及计算机结构化学技术，探究胃复春治疗功能性消化不良（FD）核心“物质-靶点-效应”。方法：基于已发表胃复春入血成分信息，采用网络药理学筛选胃复春干预FD核心通路，通过“通路-靶点”互作筛选关键靶点，基于配体共同特征构建关键靶点药效团模型并优化。将靶点模型与对应化合物进行筛选、预测活性，结果采用分子对接进一步验证。结果：获取胃复春入血成分77个，化学结构分析结果显示以二萜类化合物为主，其次为黄酮类皂苷、三萜类化合物等。网络药理学分析结果显示，胃复春通过干预PI3K-Akt、钙离子、神经活性配体-受体相互作用、EGFR酪氨酸激酶、胆碱能突触等通路起效，“通路-靶点”互作显示核心靶点有EGFR、HTR2、MTOR、CHRM1/2/3、MYC、PIK3CA、AKT1、NOS3等，药效团筛选及分子对接验证显示，异金雀花素、人参皂苷Rb1、人参皂苷Rf、Melissoidesin U、MelissoidesinO、Pomiferin F、橘皮素、冬凌草素等为潜在起效物质，通过调节内脏高敏、胃肠动力及改善情绪状态治疗FD。结论：本研究基于公开胃复春复方入血成分，通过分子...     

基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤治疗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤防治乳腺癌的分子机制。方法 利用数据平台筛选八珍汤活性成分,利用数据库筛选乳腺癌相关靶点。以软件构建“药物-化合物-靶点”网络,并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果 筛选出八珍汤有效成分2 336个,潜在靶点211个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、柚皮素、山柰酚与关键靶点ATK1、CASP3具有良好亲和力。结论 初步明确八珍汤治疗乳腺癌的作用机制是通过山柰酚、槲皮素、柚皮素等活性成分作用于AKT1、CASP3等关键靶点。     

基于网络药理学从线粒体自噬途径探讨八味沉香散抗缺血性心脏病的作用机制北大核心CSCD

目的基于网络药理学结合分子对接技术及细胞实验验证,探讨八味沉香散经线粒体自噬途径抗缺血性心脏病(ischemic heart disease,IHD)的潜在机制。方法利用Swiss target prediction平台预测八味沉香散入血成分靶点;从GeneCards、NCBI、OMIM数据库中筛选缺血性心脏病、线粒体自噬相关靶点;取三者交集得到八味沉香散经线粒体自噬途径抗缺血性心脏病的潜在靶点。构建“成分-疾病-潜在靶点”网络及蛋白质相互作用网络,分别进行网络分析筛选出关键活性成分和核心靶点,并进行分子对接。利用DAVID数据库进行GO富集及KEGG富集分析。构建H9C2细胞缺氧模型,考察八味沉香散含药血清对H9C2细胞存活率、自噬水平及关键通路相关蛋白表达的影响。结果筛选得到八味沉香散经线粒体自噬途径抗IHD的关键活性成分9种,核心靶点8个;分子对接结果显示关键活性物质和核心靶点均有较好的结合活性。KEGG结果显示八味沉香散经线粒体自噬途径抗IHD的作用可能与EGFR、PI3K-Akt、MAPK、FoxO等信号通路有关。细胞实验结果表明八味沉香散可增加缺氧条件下H9C2细胞的细胞活性,明显降低细胞中LC3、p62的蛋白相对表达量,升高p-PI3K/PI3K、p-AKT/AKT的蛋白相对表达量。结论八味沉香散可能通过槲皮素、山奈酚、柚皮素、去氢二异丁香酚等活性成分作用于AKT1、STAT3、MAPK3,EGFR等多个靶点调控线粒体自噬发挥抗缺血性心脏病的作用,其具体机制可能与PI3K-AKT信号通路相关。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨京尼平苷治疗脑缺血的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接方法研究京尼平苷治疗脑缺血潜在作用机制。方法 通过PubChem、PharmMapper、GeneCards、OMIM数据库分别对京尼平苷和疾病的靶点进行预测,借助Venny 2.1.0工具将二者取交集获取共有靶点,通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,随后通过Cytoscape 3.7.2软件对核心靶点进行网络拓扑分析;基于核心靶点基因开展基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）基因富集分析。利用AutodockTool软件对所筛选的核心靶点分别与京尼平苷进行分子对接。结果 通过STRING数据库构建交集靶点的PPI网络,获得173个交集靶点,包括酪氨酸蛋白激酶（SRC）、蛋白激酶B1（AKT1）、热休克蛋白90α家族A级成员1（HSP90AA1）、PIK3R1、表皮生长因子受体（EGFR）等。京尼平苷治疗脑缺血可能通过调控磷脂酰肌醇-3-羟激酶（PI3K）–蛋白激酶B（Akt）信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末化产物（AGE）–晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、Ras信号通路等多种信号通路发挥治疗脑缺血的作用。结论 预测了京尼平苷治疗脑缺血的潜在作用机制,为后续实验研究提供理论依据和研究方向。     

基于“网络药理学-分子对接-实验验证”的儿童清咽解热口服液抗上呼吸道感染的分子机制研究

目的 探讨儿童清咽解热口服液治疗上呼吸道感染的潜在机制。方法 分别从TCMSP和Swiss Target Prediction数据库中提取儿童清咽解热口服液组方药物的潜在生物活性成分和相应的靶点,疾病靶点从GeneCards数据库中获取。通过Cytoscape软件构建"中药材-化合物-靶点"网络,并通过STRING web平台分析蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。在DAVID平台上进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）功能富集分析,利用Maestro软件进行分子对接。采用RAW264.7细胞进行体外Western blottitng和免疫荧光实验验证。结果 共筛选儿童清咽解热口服液组方药材含有的41种有效化合物,177种成分和疾病的共同靶点。其中,黄芩苷、柴胡皂苷、槲皮素、鱼腥草素等是重要的活性化合物。PI3K、Akt、EGFR、MAPK3、GRB2、PIK3R1等是关键靶点。PI3K/Akt信号通路、HIF-1信号通路和FOXO信号通路被认为是3条重要的信号通路。相关成分、靶点和通路与抗炎、抗病毒和免疫调节有关。分子对接结果提示,筛选的12个关键靶点可与大多数主要活性化合物紧密结合。Western blotting和免疫荧光实验结果显示,儿童清咽解热口服液可以抑制PI3K和Akt的蛋白表达,与网络药理学的预测结果一致。结论 儿童清咽解热口服液主要通过调节PI3K/Akt等信号通路发挥治疗儿童急性上呼吸道感染的作用。