2019年陕西省三带喙库蚊中淡色库蚊浓核病毒的分离与鉴定

目的:本研究对2019年陕西省三带喙库蚊标本中分离的病毒(SX1943)进行病毒学和分子生物学鉴定。方法:蚊虫研磨液接种组织培养细胞,对分离物进行病毒学和病毒分子遗传学分析。结果:在2019年于陕西省采集的三带喙库蚊标本中获得1株病毒分离物(SX1943),将该病毒接种至C6/36细胞后第3天发生明显细胞病变,表现为细...     

中国尖音库蚊复合组蚊虫的抗性动态和遗传多样性研究

本文通过采用生物测定、蛋白质电泳和等位酶分析等方法对4个地理种群尖音库蚊复合组蚊虫(Culex pipiens comples)的抗性水平、群体中酯酶基因表型分布和种群遗传多样性进行了研究.抗性检测结果表明,4个库蚊种群对敌敌畏、对硫磷、氯菊酯和溴氰菊酯的抗性较高,对残杀威、巴沙和胺菊酯的抗性较低.4个种群抗性大小是:山东淄川>湖北沙市>广东茂名>北京沙河,淄川种群蚊虫对敌敌畏抗性为66.7倍.酯酶电泳结果中,沙市和茂名2个库蚊种群酯酶表型多态性最高,淄川库蚊种群多态性最低,过量表达的B1比率占100%.种群遗传多样性研究表明,每位点平均等位基因数(A)为1.92,平均多态位点百分率(P)为52.78%,平均预期杂合度(He)为0.130,群体间遗传分化系数(Fst)值为0.368,平均基因流Nm=1.52,说明4个种群有较丰富的遗传多样性,群体之间存在相当多的遗传多样性,种群间的基因交流较低,遗传分化较大,表明与地理位置存在一定对应关系.     

2018年和2019年汕头市登革病毒 E基因分子特征比较分析

目的:分析汕头市2018年和2019年登革病毒主要流行毒株的分子特征,探讨两年间该市登革热呈现截然不同的流行态势的内在原因,同时了解病毒的传播特点和途径,为登革热疫情的防控提供决策依据。方法:对2018年和2019年检测到的共872例核酸阳性样本进行病毒核酸含量判定、 E基因扩增和序列测定,并构建系统进化树...     

云南省新分离蚊浓核病毒的分子特征研究

对云南省新分离的14株浓核病毒进行基因序列测定和分析,以了解浓核病毒基因组结构及特性.用浓核病毒基因组扩增引物(DNV3F,DNV3R),RT-PCR扩增片段,PCR产物直接测序,拼接后获得基因序列.通过Clustal X(1.8)、DNAStar、GeneDoc (3.2) 等生物学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析...     

中国尖音库蚊复合组（Culex pipiens Complex）生物分类学的研究──幼虫形态特征的数值分析

本文报道了１９９０年采自我国２１个不同地区的尖音库蚊复合组四龄幼虫形态分类的数值分析结果，经过多因素相关与回归分析发现，呼吸管指数与纬度、经度之间存在着正相关的关系，而呼吸管１－Ｓ第一对毛分枝数和第二对毛分枝数与纬度、经度之间存在着负相关的关系，并建立了上述分类特征与纬度、经度的多元直线回归方程。另外，综合上述三个分类特征，对典型的尖音库蚊、谈色库蚊和致倦库蚊进行了多元判别和典型变量分析。     

2015—2019年南京市HIV-1 CRF07BC毒株流行特征及分子进化分析

目的了解2015—2019年南京市HIV-1 CRF07_BC的流行史、进化模式和传播特征, 为精准防控该毒株的传播提供科学依据。方法对南京市319例HIV-1 CRF07_BC患者的pol区基因序列扩增测序并构建最大似然树。使用MCMC(Markov Chain Monte Carlo)算法生成MCC树(Maximum Clade Credibility tree), 使用BSP(Bayesian Skyline Plot)法重塑有效人口规模数变化趋势。采用成对基因距离法构建分子网络探究其传播特征。结果 319名HIV-1 CRF07_BC感染者中, 95.0%为男性, 多性伴(2个及以上)比例达82.8%, 仅4.4%病例自报一直使用安全套, 男男同性性行为(MSM)为最主要的感染途径(77.4%)。进化树结果显示, HIV-1 CRF07_BC呈现两大流行簇:Cluster1和Cluster2, Cluster1以MSM感染病例为主, Cluster2以异性性行为感染病例为主。Cluster1和Clu...     

孟加拉国输入芜湖2型登革病毒E基因分子特征

目的 确定1例由孟加拉国输入芜湖的登革热病例及登革病毒(dengue virus, DENV)的E基因分子特征。方法 提取患者血清标本核酸,使用Real-time RT-PCR方法进行DENV核酸通用及1/2/3/4血清型筛查。测定E基因完整序列,采用MEGA7.0软件构建E基因系统进化树,并进行E基因核苷酸和氨基酸序列比对分析。结果 患者血清呈现2型DENV核酸阳性。E基因序列系统进化分析显示属于Cosmopolitan基因型,与2014年马来西亚输入中国台湾分离株(D2/Malaysia/1408aTw)同源性最高,核苷酸同源性为99.60%,氨基酸同源性为99.80%,有6处核苷酸差异(42：G→A; 141：G→A; 490：G→A; 516：A→G; 954：A→G; 1344：C→T),1处氨基酸差异(164：V→I)。E蛋白拥有弱毒株特征位点E126-E和强毒株特征位点E383～385-E-P-G。结论 输入型患者为2型DENV感染且该病毒起源于马来西亚。     

2011—2020年福建省手足口病相关柯萨奇病毒A2型分子流行病学特征分析

目的研究福建省2011—2020年手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)相关的柯萨奇病毒A2型(coxackievirus A2, CV-A2)流行病学及病毒基因组特征。方法利用描述性流行病学方法对2011—2020年福建省疾病预防控制中心实验室收集的HFMD相关CV-A2病例进行流行病学特征分析。采用Mega X和Simplot 3.5.1等软件对一代测序获得的VP1基因和二代测序获得的全基因组进行系统进化分析和重组分析。结果 2011—2020年福建省HFMD相关CV-A2病例35例, 以1～2岁幼儿(28/35)为主, 男女性别比2.5∶1(25/10)。VP1区基因系统进化树显示, 福建省内CV-A2流行株存在两种基因亚型, 即C1和D1基因亚型, 仅1株(2019FJPT064)属于C1基因亚型, 其余27株为D1基因亚型。其中, 4株2011—2012年分离株为D1基因亚型cluster 1分支, 另外2株2011—2012年分离株及2012年后的分离株均属于D1基因亚型cluster 2分支。6株福建CV-A2毒株全基因组长度在7...     

三种库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(ITS2)序列测定与系统进化分析

对广东省野外采集的库蚊属中2个亚属中的3种库蚊,褐尾库蚊Culex fuscanus(Lutzia、路蚊亚属)、二带喙库蚊Cx.bitaeniorhynchus和致倦库蚊Cx.pipiens quinquefasciatus(Culex、库蚊亚属)进行核糖体DNA第二内转录间隔区(ITS2)序列测定,并与GenBank中已知库蚊属中路蚊亚属、库蚊亚属、新库蚊亚属和黑蚊亚属的11种和伊蚊属1种蚊虫的ITS2进行序列分析。结果表明:褐尾库蚊与同亚属的非洲蚊种(Culex tigripes)亲缘关系最近,基因同源性为65.27%;库蚊亚属的二带喙库蚊与伪杂鳞库蚊基因同源性为75.87%;致倦库蚊与尖音库蚊复合组内淡色库蚊的基因同源性97.13%。在所选库蚊中,黑蚊亚属与伊蚊最接近,其次是新库蚊亚属和路蚊亚属的蚊虫。在库蚊属4个亚属中,路蚊亚属与库蚊亚属有更近的亲缘关系,这也印证了库蚊亚属某些幼虫与路蚊亚属幼虫具有相似习性的遗传基础。系统进化关系分析结果与经典分类学分类系统接近一致,但库蚊亚属的进化可能更具多样性。     

1994-2006年深圳市分离的B型流感病毒分子进化研究

目的 通过对深圳市分离的B型流感病毒HA1分子系统进化分析,初步了解深圳市B型流感病毒的流行变异规律.方法 选取深圳市1994-2006共13年间分离的50株B型流感毒株,通过RT-PCR将其HA1基因片段扩增后进行序列解析,然后,通过MEGA等软件对序列进行分子进化分析.结果 1994-2006年间深圳市流行的B型流感病毒分为Yamagata和Victoria两个亚系,两系的毒株分别是不同年份的主要流行株.两个亚系的HA1分子具有1个糖基化位点的差异,在4个抗原决定簇区域也分布有多个氨基酸位点的变异.结论 1994-2006年间深圳市B型流感病毒的两个亚系分别在不同年份主导流行,但变异均比较缓慢.

Abstract：

Objective To study the prevalence and variation of influenza B viruses of Shenzhen. Methods Fifty strains influenza B viruses in Shenzhen from 1994 to 2006 were selected. HA1 gene were amplified by RT-PCR and sequenced. Phylogenetic analysis of HA1 was conducted by MEGA program. Results The influenza B viruses of Shenzhen were divided into Yamagata and Victoria lineage. The two lineages prevailed respectively in different years from 1994 to 2006. The variance of glycosylation site and some mutations of antigenic determinants were detected in the two lineages. Conclusion The viruses of Yamagata and Victoria lineage prevailed respectively in different years in Shenzhen but the mutation rates of the two lineages were slowly.     

江苏省2011年乙型流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子流行特征

目的 分析2011年江苏省乙型流感病毒的血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子流行特征.方法 选择13株2011年江苏省不同地区、不同流行时间的乙型流感毒株进行全基因组测序,通过生物信息学方法对HA、NA分子流行特征进行分析.结果 13株乙型流感毒株中,10株属于Victoria系,3株属于Yamagata系.10株Victoria系毒株的NA基因来源于Yamagata系病毒,是基因重配流行株.与疫苗株相比,10株Victoria系毒株和3株Yamagata系毒株的HA蛋白分别在197和196位增加一个糖基化位点.结论 2011年江苏省乙型流感Victoria系和Yamagata系病毒同时流行,其中重配的Victoria系病毒占优势.     

2019年广州本地登革热病例血清型分布及病毒全基因组进化分析

目的:对2019年广州本地登革热病例血清型分布和病毒全基因组进化特征进行分析,为登革热防治提供科学依据。方法:应用登革病毒血清型特异性荧光PCR试剂盒进行分型,操作步骤按照试剂盒说明书严格进行;分离培养的病毒采用Illumina平台进行全基因组序列测定;从ViPR网站下载部分代表性序列,用MEGA7.0软件进行病毒系统...     

2018年杭州市登革热流行病学及病原特征研究

目的:了解2018年杭州市登革热疫情的流行病学及病原特征。方法:应用RT-PCR方法检测血清标本中的登革病毒核酸及其型别,并对阳性标本进行病毒分离、 E基因扩增、序列测定及进化分析;描述病例的时间、人群和地区分布特征。 结果:2018年杭州市共检测登革热病例80例,其中输入性病例55例,本地病例2...     

2018-2019年辽宁省甲型流感病毒流行株HA基因进化与疫苗株匹配度分析

目的分析辽宁省2018-2019年甲型流感毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因,计算并评估流行株与疫苗株的匹配度。方法选取2018-2019年49株甲型流感毒株进行测序,对HA基因进行进化分析;研究抗原表位、糖基化位点及受体结合位点变异情况;采用Pepitope模型对流行株与疫苗匹配度进行分析。结果2018-2019年流感流行季为11月份至次年3月份,主要流行型别为新甲型H1N1亚型。经进化分析,新甲型H1N1流行株属于6B.1分支,与当年疫苗株属于同一分支;季节性H3N2毒株分布在3C.2a分支上,与2018-2019年疫苗株处于同一分支,但2019-2020年疫苗株位于3C.3a分支。部分毒株在抗原表位及受体结合位点上发生了突变。若干毒株与疫苗株相比,糖基化位点发生了增加或缺失,并未出现新的糖基化位点。使用Pepitope模型对疫苗效力从分子水平进行评估,本年度新甲型H1N1流感疫苗效力及2019-2020年疫苗株预测效力均能达到较为理想的效果。但是季节性H3N2疫苗株与本年度流行株匹配度低,计算出的疫苗效力半数以上为负值。2019-2020年H3N2亚型疫苗株效力有待进一步观察。结论2018-2019年辽宁省甲型H1N1流行株发生了一定程度的变异,H3N2亚型流行株与2018-2019年疫苗株匹配度低。应密切关注流行株的基因变异情况并及时更新疫苗株。     

2011-2012年深圳市呼吸道腺病毒分子分型及其流行特征

目的了解2011—2012年深圳地区致病性呼吸道腺病毒（AdV）的病原体基因亚型和遗传进化及其流行特征．分析深圳地区呼吸道腺病毒的流行规律和传播途径。方法收集2011年1月至2012年12月深圳地区31个流感样病例监测哨点2822份样本,先用荧光定量PCR方法筛查流感样病例,筛查后的阴性样本进一步进行呼吸道腺病毒等13种常见呼吸道病毒的核酸检测。对检测出的109份腺病毒阳性标本进行病毒分离,感染Hep-2受体细胞后共获得71份AdV稳定细胞毒株,用腺病毒六邻体基因作为靶基因,扩增其中的50份腺病毒阳性标本,纯化扩增产物后直接用于序列分析,在GenBank上进行序列比较,确定其病毒亚型并进行系统进化分析。结果2011—2012年深圳市腺病毒感染患者的高发年龄段人群为小于7岁的儿童,1～2岁婴幼儿发病率最高;4-6月和10—12月为每年发病高峰期。在2822份流感样病例咽拭子标本中,经定量PCR方法确定为AdV核酸阳性共109份,核酸阳性率为3．86％,从109份核酸阳性样本中分离病毒7l份,病毒分离率为68．93％。50份分离的呼吸道腺病毒分子分型结果为1型AdV6例,占12％;2型AdV4例,占8％;3型AdV27例,占54％;4型AdV3例,占6％;5型AdV4例,占8％;7型AdV5例,占10％;另外有复合型AdV（HAdV—un）1例,占2％。结论近两年来深圳地区呼吸道Adv感染以3型为主,腺病毒引起的呼吸道疾病主要发生在每年的4—6月,感染人群主要是1~2岁婴幼儿。     

2008年甘肃省新分离乙脑病毒的分子生物学特征

目的 对2008年甘肃省新分离乙脑病毒的PrM和E基因区段进行序列测定和分析,明确新分离病毒的基因型别并对E基因序列的分子特征进行分析.方法 对新分离乙脑病毒的PrM和E基因区段进行PCR扩增并测定序列.使用ClustalX2.09、MegAlign和Mega4软件对核苷酸和氨基酸序列进行分析并绘制系统发生树.结果 系统进化分析结果显示6株病毒均为基因Ⅰ型乙脑病毒,并且与2001和2002年越南分离株、2004年日本分离株及2004年我国四川省分离株进化关系较近.新分离株与减毒活疫苗株SA14-14-2相比,E基因核苷酸同源性为87.5%～87.9%,氨基酸同源性为96.8%～97.2%.新分离株与疫苗株在E基因区段存在11处共同位点的氨基酸差异.结论 2008年甘肃省分离的乙脑病毒均为基因Ⅰ型乙脑病毒,新分离株E基因氨基酸序列与疫苗株相比有部分差异,但均不属于决定抗原性的关键位点.     

2017—2019年广州市柯萨奇病毒A6分子流行病学特征分析

目的:了解广州市手足口病的病原谱,对柯萨奇病毒A6 (coxsackievirus A6, CV-A6)型肠道病毒进行分子流行病学特征分析。方法:采用逆转录荧光定量PCR法对2017年5月至2019年12月各哨点医院及区疾病预防控制中心上送的手足口样本进行EV-A71、CV-A16、CV-A6及总肠道病毒检测。挑选CV...