食管鳞癌中差异表达的lncRNA的筛选及分析

目的:筛查及分析食管鳞癌中长链非编码RNA(lncRNA)及mRNA的差异表达谱,以及这些差异lncRNAs的功能、互作分子.方法:通过对3对食管鳞癌/癌旁组织的基因芯片筛选及生物信息学分析,预测这些差异表达的lncRNAs潜在靶点、通路,及其与临近编码基因、转录因子的相关性.结果:按FC 值≥2.0且P值≤0.05的标准,共筛选得到癌及癌旁组织差异表达的lncRNA 182个,mRNA 108个,GO聚类和KEGG分析发现差异lncRNAs潜在靶标基因与细胞周期调控、细胞分化、细胞外基质等活性密切相关,进一步生物分析得到lncRNA NONHSAT015779、NONHSAT08197、NONHSAT112918和NONHSAT115190等17个lncRNAs可能与食管鳞癌发生发展密切相关.结论:与癌旁组织相比,lncRNAs在食管鳞癌组织中显示不同的表达模式,这些差异表达的lncRNAs可能在食管鳞癌发生和发展中发挥重要作用.     

基因芯片筛选食管鳞癌患者癌及癌旁组织差异表达基因

 目的 探讨食管鳞癌（ESCC）患者癌组织基因表达谱。 方法 取3例无ESCC家族史的癌及癌旁组织等量混合,抽提RNA,将RNA逆转录合成相应cDNA,以Cy5和Cy3标记cDNA作为探针,在含 有14 000点人类基因组芯片(BiostarH-140s)上进行杂交。用Scanarray 4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用GenePix Pro 3.0软件对扫描图像进行数字化处理和分析。 结果依Ratio(cy5/cy3)>2.0或<0.5的数据项为差异表达的基因共1 855个。含表达序列标签(EST)844个,下调基因378个,上调基 因466个。在1 011个已知功能的基因中,下调基因560个,上调基因451个。包含各类功能基因。同时与6例具有家族史ESCC组织差异基因进行了初步分析。经与NCBI基因库比对,有8个基因相同,且异常表达这与报道相符。 结论 基因芯片是一高效筛选食管癌相关基因的方法。在ESCC的发生、发展中存在着大量异常表达基因。     

人肝细胞肝癌和癌旁正常组织microRNA表达差异的分析

目的比较肝细胞肝癌和癌旁正常组织microRNA的表达差异,为研究肝癌的发病机理提供理论依据。方法用microRNA 微阵列芯片技术研究肝细胞肝癌细胞474种miRNAs表达谱,对比癌旁正常组织筛选差异表达miRNAs。结果获得213个差异表达（P<0.01）的miRNAs分子数据,与配对癌旁正常组织相比,其中上调表达的有116个,如miR-181,miR-21,let-7e等;下调表达的有97个,如miR-199,miR-451,miR-122等。结论miRNA可能成为肝癌的诊断工具,并对研究肝癌的致病机理提供新的理论依据。     

宫颈癌及癌前病变组织中microRNAs的差异表达

目的 寻找与宫颈癌及宫颈癌前病变相关的microRNA。 方法 利用miRNA芯片,筛查宫颈 癌组织、宫颈上皮内瘤变及正常宫颈组织中差异表达的miRNA,并用实时定量RT-PCR在60份宫颈组 织标本中对4个miRNA进行验证。利用生物信息学对部分差异表达的miRNA的靶基因进行功能分析。 结果 与正常宫颈组织比较,宫颈癌及高级别宫颈病变（HSIL）中存差异表达的miRNAs,其中在宫 颈癌中下调最明显的是miR-218（下调倍数为0.175）,上调最明显的是miR-21（上调倍数为5.68）。 实时定量RT-PCR验证结果与miRNA芯片结果基本一致。功能分析显示预测的miR-218及miR-21的靶基 因与肿瘤的生长、侵袭转移有关。结论 宫颈癌及癌前病变中存在异常表达的miRNA,它们在宫颈癌 发生过程中可能起癌基因或抑癌基因的作用。     

microRNA-25高表达的食管鳞癌患者预后研究

目的:研究microRNA-25(miR-25)在食管鳞癌组织中的表达与患者预后的关系。方法:采用Taq-Man探针法,进行实时定量PCR(real-time RT-PCR)检测80例石蜡包埋的食管鳞癌组织及其配对的癌旁正常组织中miR-25的相对表达水平。结果:生存曲线显示,miR-25相对高表达组生存时间较低表达组明显缩短(P=0.0061)。结论:人食管鳞癌组织中,miR-25的过度表达与患者的预后有关。随着研究的进一步深入,miR-25有可能作为判断食管鳞癌预后的一种新的指标应用于临床。     

食管鳞癌组织中SPARC蛋白表达的临床意义

目的：探讨基质蛋白SPARC在食管鳞癌的增殖、侵润和转移中的作用。方法：应用免疫组化技术研究SPARC在食管鳞癌组织和其相邻的正常粘膜组织的表达差异，同时对蛋白表达进行定位。结果：36例食管鳞癌手术标本中30例SPARC蛋白表达阳性，正常食管上皮组织表达阴性（P〈0．01）。SPARC蛋白在不同分化程度的食管鳞癌组织中的表达阳性率基本相同（P〉0.05），有淋巴结转移的食管鳞癌组织与无淋巴结转移癌组织的表达间有显著差异（P〈0.05）。4例癌组织细胞核有表达，其余均为细胞浆表达。结论：SPARC和食管癌的发生与发展密切相关。食管癌出现转移时SPARC蛋白表达升高。     

人端粒酶hTRT在癌旁黏膜上皮和食管鳞癌组织中的表达及其意义

目的 研究食管黏膜鳞状上皮和食管鳞癌组织中端粒酶hTRT的表达，并探讨其与食管癌发生、发展的关系。方法 应用免疫组化S—P法，观察10例正常食管黏膜、35例癌旁食管黏膜上皮，120例食管癌组织微阵列中端粒酶hTRT的表达情况。结果 正常食管黏膜鳞状上皮细胞末见端粒酶hTRT阳性表达，癌旁黏膜上皮和癌组织端粒酶hTRT阳性表达串分别为94．3％和81．7％。癌组织hTRT的表达与癌组织的组织学分级、浸润深度和淋巴结转移无关(P＞0．05)。结论 端粒酶hTRT的激活表达与食管黏膜上皮的恶性转化密切相关，端粒酶hTRT的重新激活可能在食管癌的组织发生中起关键性作用。     

食管鳞癌组织中肿瘤抑制基因maspin表达的初步研究

目的：探讨食管鳞癌组织中新肿瘤抑制基因ｍａｓｐｉｎ的变化。方法：采用免疫组化ＡＢＣ方法测定食管癌高发区食管癌组织中肿瘤抑制基因ｍａｓｐｉｎ蛋白的表达状况。结果：食管癌组织中ｍａｓｐｉｎ免疫阳性表达率为１０％（３／３０），免疫阳性反应主要位于癌组织的细胞浆中。结论：肿瘤抑制基因ｍａｓｐｉｎ可能在食管癌变过程中起一定作用。     

基于RNA-seq技术的宫颈癌与癌旁组织差异表达基因分析

目的 探讨宫颈癌的发病机制.方法 应用RNA-seq技术分析3对宫颈癌及癌旁组织转录组,利用生物信息方法对差异基因进行基因本体(GO)分析和通路富集性分析.结果 在宫颈癌组织中发现1755个差异表达基因,其中758个基因表达上调,997个基因表达下调.功能富集分析表明,差异基因富集于细胞粘附、DNA损伤有关的信号通路上.且宫颈癌组织中发现RAB22A-BCAS1等融合基因.结论 细胞粘附信号通路、RAB22A-BCAS1融合基因可能与宫颈癌的发生机制有关.     

Notch-1 在人食管鳞癌和癌旁正常组织中的表达及其意义*

目的：研究Notch- 1 在食管鳞癌及癌旁正常组织中的表达,并联系临床病理特征,探讨Notch- 1 在食管癌发生、发展中的作用及其临床意义。方法：收集并保存2008年4 月至2008年9 月四川大学华西医院胸外科手术切除的食管鳞癌及癌旁正常组织（距离肿瘤至少5cm之外的正常食管黏膜组织）标本,利用RT-PCR 方法检测41例食管鳞癌及癌旁正常组织中Notch- 1 基因mRNA 水平的相对表达强度,并分析其与肿瘤侵袭深度（T）、淋巴结转移（N）、TNM分期、分化程度等临床病理特征之间的关系。结果：所有标本中均可见到Notch- 1 的电泳条带,即均检测到Notch- 1 基因mRNA 水平的表达。半定量分析显示食管鳞癌中Notch- 1 的相对表达强度为0.51± 0.37,癌旁正常组织中为0.32± 0.20,两者有显著性差异（t=3.52,P=0.001）。 按照肿瘤侵袭深度（T）、淋巴结转移（N）、TNM分期分化程度等不同的临床病理特征划分亚组后,食管鳞癌与癌旁正常组织中的差异显著性仍然存在。而在食管鳞癌组中,各亚组之间的差异均无统计学意义。结论：Notch- 1 可能在食管鳞癌发生中起作用,而与食管鳞癌病变的进展可能关系不大。     

食管鳞状细胞癌差异性表达circRNA的初步筛选和分析

目的：构建食管鳞状细胞癌的 circRNA 表达谱 ,分析差异性表达的 circRNA。方法：标本取自 2018 年 6 月至2019年2月在江苏大学附属金坛医院胸外科住院的3例食管鳞状细胞癌手术患者,利用高通量测序技术构建circRNA表达谱,检测3对食管鳞状细胞癌组织和癌旁组织中差异表达的circRNA,并运用GO和KEGG技术分析这些circRNA涉及的生物学作用和相关的信号通路。结果：通过构建的表达谱分析比较食管鳞状细胞癌组织与癌旁组织circRNA的表达水平,共发现了905个差异表达的circRNA,其中404个表达上调、501个表达下调,hsa_circ_0004390是上调倍数最大的circRNA（FC=7.9712）,novel_circ_0012687是下调倍数最大的circRNA（FC=5.8796）。GO和KEGG分析表明,这些circRNA可能涉及癌细胞的细胞周期、细胞组分、蛋白质结合作用等生物学过程和Hippo、cGMP-PKG等信号通路。结论：食管鳞状细胞癌组织circRNA表达谱分析得到的高度显著差异表达的circRNA似可以作为食管鳞状细胞癌潜在的生物标志物。     

基于基因芯片技术新疆汉族食管鳞癌差异表达mRNA的筛选

目的 食管癌是全球常见的的恶性肿瘤,新疆为发病率较高的地区之一.本研究旨在完善新疆汉族食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)基因表达谱,进一步了解ESCC的发生、发展机制,提供与ESCC的预防、诊断及治疗相关的新的生物标志.方法 收集2014-11-03-2015-09-25新疆石河子大学医学院第一附属医院兵团内镜中心6例汉族中分化ESCC患者的癌组织和癌旁正常组织(距癌组织＞5 cm).利用基因芯片技术检测新疆汉族ESCC的差异表达基因.结果 共筛选出汉族ESCC差异表达的mRNAs 335个,其中有138个表达上调的mRNAs和197个表达下调的mRNAs,差异倍数(fold change,FC)≥2且P＜0.01,这些基因涉及多种生物学功能及通路.结论 利用基因芯片技术基于人类全基因谱筛选了新疆汉族ESCC差异表达基因,完善了新疆汉族ESCC基因谱,为ESCC的诊断及预后的进一步研究打下基础.     

MicroRNA-381 increases radiosensitivity in esophageal squamous cell carcinoma

Background: Radiation resistance poses a major clinical challenge in treatment of esophageal squamous cell carcinoma (ESCC). However, the mechanisms of radioresistance has not been fully elucidated. Since accumulating evidence demonstrates that aberrant expression of microRNAs (miRNAs) contributes to cancer sensitivity to radiation, we aimed to identify miRNAs associated with radioresistance of ESCC. Methods: In this study, we used GeneChip miRNA Array to perform an comparison of miRNAs expression in tissues from primary ESCC and recurrent ESCC in situ after radiotherapy. Differential expressions of miRNAs were comfirmed by quantitative Real-Time PCR in tissues and six ESCC cell lines. Cell radiosensitivity were determined by colony formation assay. Functional analyses of miRNA-381 in ESCC cells growth and metastasis were performed by MTT and Transwell Assays. In vivo assays of the functions of miRNA-381 were performed in tumor xenografts. Results: One miRNA candidate, miRNA-381, was found to be downregulated in radiation resistance tissues and cells. Enforced expression of miRNA-381 increased radiosensitivity of ESCC cells and promoted nonaggressive phenotype including decreased cellular proliferation and migration. In contrast, inhibition of miRNA-381 in ESCC cells promoted radiation resistance and development of an aggressive phenotype. In vivo assays extended the significance of these results, showing that miRNA-381 overexpression decreased the tumor growth and the resistance to radiation treatment in tumor xenografts. Conclusions: Together, our work reveals miRNA-381 expression as a critical determinant of radiosensitivity in esophageal cancer cells.     

食管鳞状细胞癌差异表达基因的生物信息学分析

目的:应用生物信息学方法挖掘食管鳞状细胞癌(ESCC)的相关基因,探讨其发病机制,为ESCC诊断和靶向治疗提供依据。方法:从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载基因芯片数据集GSE100942和GSE17351,利用其分析工具GEO2R筛选ESCC的差异表达基因(DEGs)。运用数据库DAVID进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape软件和STRING数据库构建相互作用网络和关键基因模块,挖掘ESCC靶基因。进一步通过ONCOMINE和UCSC数据库的临床组织样本证实靶基因与ESCC的关系。结果:共筛选出80个DEGs,富集分析显示差异基因在细胞分裂、胶原纤维组织、有丝分裂胞质分裂、纺锤体、中间体等方面存在显著富集。共挖掘出11个ESCC靶基因,经证实均在临床ESCC组织样本中存在显著高表达。其中NUSAP1、KIF20A、DEPDC1、TTK、CCNB1、NCAPG、AURKA这7个靶基因尚未在ESCC中有研究。结论:通过生物信息学挖掘出的与ESCC相关的7个新靶基因,可能是未来研究ESCC发病机制、临床诊断和治疗的重要靶点。     

MicroRNA-203在人食管鳞癌组织和细胞中的表达及其基因的甲基化状态

目的：检测人食管鳞状细胞癌（esophageal squamous cell carcinoma, ESCC）组织及细胞中MicroRNA-203(miR-203)的表达及其基因的甲基化状态,探讨miR-203在ESCC发生及发展中的作用。方法：选取河北医科大学第四医院2008—2011年间手术切除的83例ESCC原发灶组织及癌旁组织标本,实时定量PCR与甲基化特异性PCR（methylation specific PCR,MSP）分别检测其miR-203的表达及其编码基因的甲基化状态。用DNA甲基化转移酶抑制剂5-氮杂-2’-脱氧胞苷（5-aza-2’-deoxycitydine, 5-Aza-dC）处理食管癌细胞系（TE1、TE13、YES-2、EC109、T.TN）,实时定量PCR与MSP分别检测5-Aza-dC处理对食管癌细胞中miR-203的表达及其基因甲基化状态的影响。结果：五种食管癌细胞中miR-203的表达均相对较低,且呈高甲基化状态。5-Aza-dC处理后,miR-203的表达均显著升高（ P <0.05或 P <0.01）;YES-2细胞中miR-203编码基因的甲基化程度显著降低,其余4种细胞均转变为非甲基化状态。miR-203在ESCC组织中的表达显著低于癌旁组织（0.54±0.11 vs 1.00±001, P <0.01）,启动子区甲基化率显著高于癌旁组织\[62.65%（52/83) vs 7.23% (6/83）, P <0.01\],并且两者均与TNM分期和组织分化程度有关（ P<0.05）。发生miR-203编码基因甲基化的ESCC组织中miR-203的表达显著低于未发生甲基化的ESCC组织（ P <005）。结论： miR-203在ESCC组织与细胞中呈低表达,与食管鳞癌的发生、发展有关,且其启动子区甲基化可能是导致其表达沉默的机制之一。     

AHNAK2蛋白在食管鳞癌中的表达及其临床意义

目的： 探讨AHNAK2蛋白在食管鳞状细胞癌中的表达情况及其对预后判断的意义。方法：应用组织微阵列免疫组织化学技术(TMA-IHC)研究129例食管鳞状细胞癌中AHNAK2蛋白的表达情况及其与临床病理指标之间的相关性。结果：AHNAK2蛋白在食管鳞癌组织中的表达率显著高于癌旁组织(P = 0.023),不表达、弱表达、中度表达和强表达的肿瘤比例分别为24.8% (32/129)、28.7%(37/129)、17.0%(22/129)和29.5%(38/129),且随着分化程度的升高,该蛋白的表达率也随之增高(P = 0.004)。Kaplan-Meier生存分析显示,AHNAK2蛋白表达阴性患者术后生存时间短于表达阳性的患者(P = 0.027)。通过多因素回归分析发现,AHNAK2蛋白是一个独立预后因素(P = 0.018,HR = 0.461,95% CI：0.243～0.877)。结论：AHNAK2蛋白在食管鳞癌中表达上调,且与分化程度相关,有可能作为食管鳞癌预后判断的分子标志物。