应用抑制消减杂交技术构建肝癌差异表达基因消减cDNA文库

目的 构建肝癌及癌旁肝细胞差异表达基因的消减cDNA文库。方法 采用新近建立的抑制消减杂交方法,以肝癌组织及癌旁肝组织作为对比材料,分离肝癌组织中差异表达基因的cDNA片段,将其与T载体进行T／A连接构建文库,将连接产物用电穿孔法转化大肠杆菌进行文库扩半后,随机挑取100个白色克隆及菌落PCR进行鉴定。结果 扩增消减cDNA文库获得3000余个白色阳性克隆,随机挑取100个白色克隆用PCR进行扩增,95％的克隆中均有100－600bp的插入片段,这些片段可能是肝癌差异表达基因的cDNA片段。结论 用SSH法及T／A克隆技术成功构建了肝癌与癌旁肝组织差异表达基因消减cDNA文库,该消减cDNA文库的建立为进一步筛选,克隆肝癌差异表达的新基因奠定了基础。     

HCCA1在原发性肝癌中的表达及其意义

目的 对近期克隆的新基因HCCA1与肝癌的相关性进行研究。方法 采用Northern杂交分析HCCA1 mRNA在肝癌中的表达,应用制备的特异性抗体检测其蛋白水平的表达,结合临床及病理学资料进行分析。结果 65例HCC患者在其癌组织中HCCA1 mRNA表达的检出率为90.8％（59／65）,其中91.5%(54/59)患者HCCA1 mRNA在肝癌组织中的表达水平明显高于癌旁组织,有13.8%(9/65)患者在癌旁组织中检测到较弱的HCCA1 mRNA的表达,86.2％（56／65）患者在癌旁组织中未检测到HCCA1 mRNA的,与病理指标的相关性分析表明,HCCA1 mRNA在Ⅲ-Ⅳ级肝癌中的表达水平明显高于Ⅰ-Ⅱ级肝癌,有门脉癌栓形成者的表达水平明显高于无癌栓形成者。免疫组织化学在蛋白水平上证实HCCA1在肝癌中的高表达。结论 HCCA1是一个新的肝癌相关基因,可能在肝癌的浸润和转移中起重要作用。     

肝癌相关新基因BC047440反义真核表达载体构建及鉴定

目的构建肝癌相关新基因BC047440反义真核表达载体.方法提取人肝癌组织总RNA,逆转录酶-多聚酶链式反应(RT-PCR)扩增BC047440基因cDNA序列,经与pMD18-T simple载体连接,筛选、克隆、抽提质粒和双酶切后,将纯化的BC047440基因cDNA序列反向插入真核表达载体pcDNA3.1( )中,筛选、克隆、抽提质粒,从而构建BC047440基因反义真核表达载体pcDNA3.1( )BC047440AS.结果经RT-PCR获得826 bp含限制性内切酶位点的cDNA片段,T载体克隆后经PCR扩增目的片段、测序,确定该片段为BC047440基因cDNA,进而构建反义真核表达载体pcDNA3.1( )BC047440AS,并经PCR扩增目的片段,测序确证.结论成功构建了BC047440基因反义真核表达载体pcDNA3.1( )BC047440AS,为进一步研究该基因功能奠定了基础.通过抑制消减杂交法(suppression subtractive hybridization,SSH)对肝癌组织与癌旁肝组织间差异表达基因进行分离、鉴定,我们发现了1条新的肝癌相关基因cDNA片断(EST)[1],长447 bp,经GenBank检索,90%与已知基因无同源性.进一步采用RACE技术,克隆出该基因的全长cDNA序列[2].经GenBank检索,与近期登录的基因BC047440同源.但该基因是从大脑组织中获得[3],而且国内外少见该基因功能研究的报道.在此基础上,本研究从原发性肝癌组织中克隆了BC047440基因的全长cDNA序列,并构建了其反义RNA真核表达载体,为进一步研究该基因功能奠定基础.     

KLF6基因在原发性肝癌中的表达

目的 通过研究潜在抑癌基因KLF6在肝细胞癌的表达,探讨KLF6基因作为肝癌抑制基因的可能性.方法 分别用荧光定量PCR、半定量RT-PCR和Western blot方法检测肝细胞癌及癌旁组织中KLF6基因在mRNA及蛋白水平的表达变化.结果 实时荧光定量PCR显示经过看家基因GAPDH标化的KLF6 cDNA 起始浓度,在配对癌旁组织约为肝癌组织的3倍.26例肝癌组织的KLF6 mRNA表达水平与配对癌旁组织相比,差异具有显著性意义(P<0.01).在肝癌细胞株HepG2及Hep3B,KLF6 mRNA的表达亦显著低于正常对照细胞L02(P<0.01).实验还发现,在肝细胞癌中KLF6蛋白表达变化与mRNA表达变化一致,即KLF6蛋白在癌组织及肝癌细胞的表达明显低于癌旁组织及L02(P<0.01).结论 KLF6表达下调可能是肝细胞癌的遗传学改变之一, KLF6基因可能为新的肝癌相关抑癌基因.     

钙磷脂结合蛋白Ⅱ在人肝细胞癌中的表达

目的：应用抑制差减杂交技术（supression subtractive hybridization,SSH）结合cDNA芯片筛选人肝细胞癌中差异表达基因.进一步探讨所筛选出的钙磷脂结合蛋白（annexinⅡ）在肝细胞中的表达及作用.方法：以肝癌组织和非肿瘤肝组织进行SSH,构建正、反向差减杂交文库,差减片断的PCR产物制备cDNA芯片,筛选出肝癌组织中差异表达基因.进一步应用荧光实时定量技术验证芯片结果,免疫组化方法分析annexinⅡ在肝细胞癌和正常肝组织中的表达.结果：成功构建了肝细胞癌差减杂交文库.芯片结果显示annexinⅡ在肝细胞癌中高表达并经荧光实时定量技术证实.免疫组化结果表明annexinⅡ在肝细胞癌和癌旁肝硬化组织中高表达,在正常肝组织中不表达（P＜0.05）.在低分化肝细胞癌中annexinⅡ的表达有增高趋势.结论：SSH方法构建的肝细胞癌差减杂交文库富含肝细胞癌差异表达基因.肝细胞癌中高表达基因annexin Ⅱ可能与肝细胞的恶性转化,肝癌细胞的转移和侵袭能力有关.     

肝癌细胞表达差异cDNA克隆的研究

目的：筛选肝细胞癌(HCC)相关基因，探讨其在HCC发病中的临床意义。方法：用差异显示技术对比研究正常肝组织，胎肝组织，HCC组织及癌旁肝组织之间mRNA的表达差异，以肝癌cDNA片段MRG8．2为探针，对10例HCC及癌旁肝组织进行斑点印渍分析，并通过逆转录—聚合酶链反应(RT—PCR)方法检测这些标本血管内皮生长因子(VEGF)mRNA的表达水平。结果：获得55个HCC差示cDNA片段，其中24个cDNA片段同时表达于HCC和胎肝组织cHCC差示片段MRG98．2在7例HCC标本中表达阳性(7／10)，癌旁肝组织弱表达(2／10)或元表达。VEGFmRNA在7例MRG98．2阳性表达的HCC标本中6例表达上调。结论：胚胎期某些基因的激活与HCC发生有关，差示片段MRG98．2可能是HCC相关的基因片段，其表达与VEGFmRNA一致，并可能与肿瘤浸润转移及顶后不良有关。     

甘油二酯激酶ζ在肝癌组织及肝癌细胞系中的表达

目的研究肝癌组织和人肝癌细胞系中甘油二酯激酶ζ(diacylglycerol kinase,DGKζ)和蛋白激酶C(PKC)的表达及意义。方法应用免疫组织化学和细胞化学法检测DGKζ和PKC在60例肝癌与癌旁组织、10例正常肝组织和体外培养的正常人肝细胞系、癌旁肝细胞系和人肝癌细胞系的表达情况,对肝癌组织中DGKζ和PKC的表达进行相关性分析。结果 DGKζ在正常肝组织呈阴性表达,在癌旁组织肝细胞胞质和肝癌细胞的细胞膜上有阳性表达;肝癌组织中DGKζ的阳性率为86.7%(52/60),显著高于癌旁组织(40/60,χ2=6.708,P=0.010)和正常肝组织(阴性,χ2=33.704,P<0.000 1)。PKC表达在正常肝细胞的胞质和胞核、癌旁组织肝细胞的细胞膜和肝癌组织的胞质或胞膜;肝癌组织中PKC的阳性率为71.7%(43/60),与癌旁组织61.7%(37/60,χ2=1.350,P=0.245)和正常组织100.0%(10/10,χ2=3.742,P=0.104)相比无统计学差异,癌旁组织中PKC的阳性率显著低于正常肝组织(χ2=5.709,P=0.025)。肝癌组织中DGKζ与PKC的表达呈正相关(r=0.296,P=0.022);DGKζ和PKC均主要表达在三种细胞系肝细胞的胞质。结论 DGKζ主要在肝癌组织被激活,可能有抑制肝癌细胞增殖的作用。     

实时荧光定量PT-PCR检测肝细胞癌中PTCH基因的表达

目的 探讨PTCH基因在肝细胞癌组织中的表达及其与肝癌病理分级的关系.方法 提取手术切除18例不同病理分级的人肝癌、癌旁组织和6例胆管结石手术切除的正常肝组织中的总RNA并逆转录为cDNA.应用实时荧光定量RT-PCR法观察人肝细胞癌组织与癌旁组织中PTCH基因的相对表达水平,以及观察人正常肝组织中PTCH基因的表达水平.结果 PTCH在所测18例肝细胞癌组织与癌旁组织中均有表达,在6例正常肝组织中不表达,且在病理分级为Ⅰ和Ⅱ级的癌组织中PTCH的mRNA表达水平显著高于癌旁组织(P<0.01),而在病例分级为Ⅲ级的癌组织中PTCH的mRNA表达水平显著低于癌旁组织(P=0.024).结论 随着肝癌恶性程度的增加PTCT的mRNA表达量呈递减趋势,提示PTCH可能参与了肝细胞的早期癌变过程.     

实时荧光定量RT-PCR检测肝细胞癌中删基因的表达

目的探讨PTCH基因在肝细胞癌组织中的表达及其与肝癌病理分级的关系。方法提取手术切除18例不同病理分级的人肝癌、癌旁组织和6例胆管结石手术切除的正常肝组织中的总RNA并逆转录为cDNA。应用实时荧光定量RT-PCR法观察人肝细胞癌组织与癌旁组织中PTCH基因的相对表达水平,以及观察人正常肝组织中PTCH基因的表达水平。结果PTCH在所测18例肝细胞癌组织与癌旁组织中均有表达,在6例正常肝组织中不表达，且在病理分级为Ⅰ和Ⅱ级的癌组织中PTCH的mRNA表达水平显著高于癌旁组织（P〈0．01），而在病例分级为Ⅲ级的癌组织中PTCH的mRNA表达水平显著低于癌旁组织（P=0．024）。结论随着肝癌恶性程度的增加PTCH的mRNA表达量呈递减趋势，提示PTCH可能参与了肝细胞的早期癌变过程。     

肝细胞癌组织中血管内皮生长因子-C的表达

目的:探讨肝细胞癌组织中血管内皮生长因子(VEGF)- C的表达。方法:应用免疫组织化学方法检测 43例肝细胞癌及癌旁组织,24例正常肝组织中VEGF -C的表达。结果:肝癌、癌旁和正常肝组织中VEGF -C阳性表 达率分别为72.1%(31/43)、23.3%(10/43)和12.5%(3/24),肝癌组织与癌旁组织VEGF -C表达率差异有统计学 意义(χ2=5.82,P<0.05)。癌组织中VEGF -C的表达与门静脉癌栓、肝门淋巴结转移和复发有关(P<0.05)。结 论:VEGF -C与肝细胞癌侵袭转移相关。     

脑胶质瘤患者全长新基因的获得及初步研究

目的 探讨基因芯片技术获取正常成人脑组织与人脑胶质瘤中差异表达的基因,并对其中一条基因进行初步研究。方法 抽提正常成人脑组织与人脑胶质瘤组织中的mRNA来制备探针,经杂交、洗涤后,通过计算机观察两者表达谱的差异情况,对507E08克隆子进行了Northern印迹、原位杂交、生物信息学分析和染色体定位。结果 通过4次基因芯片筛选,获得15条与胶质瘤相关的新基因,经Northern印迹证实507E08基因在人正常脑组织中低表达,而在人脑胶质瘤中高表达。原位杂交得到相同的结果。BLASTn和BLASTx分析显示,507E08基因为全长新基因,长度为2002bp,共编码203个氨基酸。本基因命名为人核糖体蛋白L14．22。该基因定位于14号染色体上D14S1066和D14S265Marker之间。结论 用基因芯片筛选正常脑组织与人脑胶质瘤差异表达的基因,具有样品用量少,高质量,高速度,高敏感等特性。507E08基因可能是与人脑胶质瘤形成有关的一条全长新基因。     

肝癌内高表达新基因的部分cDNA克隆

目的寻找人肝癌相关的基因。方法应用Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交技术，对表达序列标记（ＥｘｐｒｅｓｓｅｄＳｅ－ｑｕｅｎｃｅｔａｇｓ，ＥＳＴ）基因克隆进行筛选，以得到的基因片段为探针，筛选人胎肝ｃＤＮＡ文库。结果得到一个在肝癌内高表达的ＥＳＴ基因片段。进一步筛选人胎肝ｃＤＮＡ文库，得到一命名为ＦＬ６的ｃＤ－ＮＡ克隆，核苷酸序列测定表明，ＦＬ６长度为１４６４个碱基，检索最新版本ＧｅｎｅＤａｔａｂａｓｅｓ（ＥＭＢＬ９６．６），未发现同源基因。实验结果还显示该基因在胎儿各组织内有不同的表达特性。结论该基因可能与细胞的增殖、癌变过程相关。     

乙型肝炎病毒X抗原转导细胞差示表达全长基因C2的克隆及初步？…

目的 克隆乙型肝炎病毒Ｘ抗原（ＨＢｘＡｇ）相关肝癌差示表达基因并做功能研究。方法 （１）用逆转录病表达ＨＢｘＡｇ细胞模型。（２）用抑制差减杂文做基因差示表达分析。（３）做ＲＮＡ印迹分析（Ｎｏｒｔｈｅｒｎｍ Ｂｌｏｔ）及原位分子杂交筛选基因探针。（４）用５＇和３＇迅速未扩增法（ＲＡＣＥ ＰＣＲ进行全长基因序列扩增，并进行体外蛋白翻译及制备抗体，做蛋白质印迹（Ｗｅｓｔｅｒｎ Ｂｌｏｔ）分析。（５）进行     

Renal cell carcinoma related novel gene, GYLZ-RCC18: cloning and functional studies

目的：克隆肾癌相关新基因GYLZ-RCC18的全长,并探讨其功能。方法：应用SMART RACE技术克隆GYLZ-RCC18的全长,应用逆转录PCR的方法检测其在肾癌组织和细胞系中的表达特点,以及与肾癌组织分级、分期的关系,通过转染GYLZ-RCC18的反诳寡核苷酸阻断其表达,观察其对肾癌细胞系生命体征的变化。结果：GYLZ-RCC18全长约3.5kb（基因号：BE825133）。GYLZ-RCC18在肾癌特异高表达,正常肾表达量极低甚至不表达,两表达量差别1-9倍之间;GYLZ-RCC18在高分级、高分期肾癌中表达明显高于低分级、低分期肾癌的表达。转染反义基因可明显抑制GRC-1的生长、降低其增殖活性、减少核分裂、并诱导其持续性凋亡。结论：本研究表明GYLZ-RCC18是肾癌发生发展密切相关的重要新的癌基因,它的表达与肾癌细胞的生存、增殖、抗凋亡发展密切相关,它的成功克隆为今后肾癌分子机制研究提供了新的理论依据。     

A novel full-length gene of human ribosomal protein L14.22 related to human glioma

Background This study was undertaken to obtain differentially expressed genes related to human glioma by cDNA microarray and the characterization of a novel full-length gene. Methods Total RNA was extracted from human glioma and normal brain tissues, and mRNA was used as a probe. The results of hybridization procedure were scanned with the computer system. The gene named 507E08 clone was subsequently analyzed by northern blot, bioinformatic approach, and protein expression. Results Fifteen differentially expressed genes were obtained from human glioma by hybridization and scanning for four times. Northern blot analysis confirmed that the 507E08 clone was low expressed in human brain tissue and over expressed in human glioma tissues. The analysis of BLASTn and BLASTx showed that the 507E08 clone was a novel full-length gene, which codes 203 amino acid of protein and is called human ribosomal protein 14.22 gene. The nucleotide sequence had been submitted to the GenBank?with the accession number of AF329277. After expression in E.coli., protein yielded a major band of apparent molecular mass 22 kDa on an SDS-PAGE gel. Conclusions cDNA microarray technology can be successfully used to identify differentially expressed genes. The novel full-length gene of human ribosomal protein 14.22 may be correlated with the development of human glioma.     

大鼠肝再生中1个表达上调新基因的克隆表达及分析

目的　克隆肝再生相关新基因。方法　以抑制性消减杂交得到的1个EST为模板制备探针,运用Southern印迹方法,从构建的再生肝76 h c DNA文库中调取了它的c DNA全长,并利用基因原核表达技术,表达并纯化出它的蛋白产物,制作了该蛋白的兔源多抗,分别用所制该基因的探针,采用点杂交技术检测了0～76 h的再生肝材料。结果　获得了1个新基因全长,BL AST检索结果为1未知功能基因,暂时命名为liver regeneration relatedprotein(L RRP) ,大鼠基因组数据库中检索结果证实L RRP位于19q12且由4个外显子和3个内含子组成,递交Gen Bank获登录号为AY0 98917。表达纯化出了它的融合蛋白产物,并得到了它的多克隆抗体。点杂交结果也证实了基因在肝切除后76 h明显上调。结论　L RRP基因全长的克隆和它的高效多克隆抗体的获得为进一步研究该基因的功能奠定了基础。     

抑制性消减杂交法构建甲状腺癌差异表达基因文库

目的：筛选并克隆在甲状腺癌组织与正常甲状腺组织之间差异表达的基因。方法：(1)应用抑制性消减杂交(SSH)进行基因差示表达分析,构建人甲状腺癌组织与正常甲状腺组织之间差异表达的cDNA消减文库;(2)克隆、鉴定甲状腺癌组织特异性高／低表达的基因;(3)登录Genbank,运用Blastn程序进行同源性分析。结果：成功构建了高消减效率的人甲状腺癌cDNA消减文库,对其中数个克隆的插入cDNA片段进行测序,经检索Genbank表明,正向SSH产物中有3个片段与来源于结肠上皮腺癌和Lung Epidermoid carcinoma的EST有100％同源性,提示它们来自恶性肿瘤相关基因。反向SSH产物中有5个片段为未知新序列,提示它们可能来自于在甲状腺癌中特异性低表达的新基因。结论：通过抑制性消减杂交技术,构建了人甲状腺癌cDNA消减文库,为下一步筛选鉴定甲状腺癌特异性基因及其全长克隆、功能研究等工作打下了基础。     

增强子结合蛋白家族的新基因HP8的部分cDNA克隆

探讨人的增强子结合蛋白（Ｃ／ＥＢＰ）相关基因。方法以大鼠Ｃ／ＥＢＰｃＤＮＡ为探针，筛选人胎盘ｃＤＮＡ文库。结果得到一个含有１９７５碱基命名为ＨＰ８的ｃＤＮＡ克隆，其中１～６０４位碱基属编码区。经基因数据库查对未发现同源基因。该基因编码的蛋白Ｃ－末端含有亮氨酸拉链结构（ｌｅｕｃｉｎｅ ｚｉｐｐｅｒ ｓｔｒｕｃｅｕｒｅ）和Ｃ／ＥＢＰ功能区（Ｃ－末端６０个氨基酸）同源性高达９７％，而上游编码区则与Ｃ／ＥＢＰ及其已知家族同源性很低，表明该基因属Ｃ／ＥＢＰ基因家族新成员。基因组Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交证实该基因为单拷贝基因。在１４种胎儿组织中显示小肠、皮肤高表达，肾上腺中度表达，肝、肺、肾、甲状腺、胆囊低表达。在３例正常成人肝组织中仅１例低表达，而在５对肝癌及癌旁肝组织中显示２例癌组织及１例癌旁组织高表达。结论以上结果提示该基因可能与细胞增殖有关。     

肿瘤转移相关基因的表达谱研究

目的：运用基因表达谱芯片技术对肿瘤转移相关基因的表达谱进行研究。方法：对临床切除的肝癌和胰腺癌组织及相应的对照正常组织进行总ＲＮＡ抽提,纯化后的ｍＲＮＡ进行逆转录制备杂交探针,应用ＢｉｏＤｏｏｒ４０９６和ＢｉｏＤｏｏｒ１２８００的全长基因ＤＮＡ芯片筛选与肝癌和胰腺癌转移相关的基因。杂交后的信号用ＳｃａｎＡｒｒａｙ３０００扫描,结果用ＩｍａＧｅｎｅ３．０软件分析。结果：对肝癌和胰腺癌基因表达谱进行分