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1.
鼻咽癌中EB病毒LMP1基因的序列变异   总被引:6,自引:0,他引:6  
目的 检测广州地区鼻咽癌中EB病毒LMP1基因N-和C-末端区序列变异的热点,并探讨其产生的机制。方法 收集中山大学肿瘤医院未经治疗的鼻咽癌患者鼻咽新鲜活检标本63例。采用巢式聚合酶链反应(PCR)扩增EB病毒LMP1基因N-和C-末端区,用XhoⅠ对N-末端区扩增产物进行酶切分析,并检测C-末端区扩增产物30bp缺失的情况。采用四色荧光末端终止法对4例患者N-和C-末端区的8份扩增产物进行序列分析。结果 63例鼻咽癌组织EB病毒LMP1基因N-和C-末端区有4种序列变异类型:wt-XhoⅠ/wt-LMP1(4例,6.3%)、wt-XhoⅠ&XhoⅠ-loss/del-LMP1(4例,6.3%)、wt-XhoⅠ/del-LMP1(5例,7.9%)和XhoⅠ-loss/del-LMP1(50例,79.5%)。序列分析显示:与B95-8细胞相比较,所有检测的鼻咽癌组织中EB病毒LMP1基因均发生了错义点突变和无义点突变。错义点突变数与无义点突变数之间的比值为2.25(9/4)。结论 广州地区鼻咽癌中EB病毒LMP1基因的序列变异类型以XhoⅠ-loss/del-LMP1占主导。LMP1基因N-末端区XhoⅠ酶切位点的丢失很可能是在C-末端区30bp缺失的基础上发生的。LMP1基因的4种序列变异类型可能代表了鼻咽癌变过程中EB病毒在宿主内演变的4个时相。  相似文献   

2.
肝癌高发区广西隆安县乙型肝炎病毒株全基因序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的 探讨肝癌高发区广西隆安县乙型肝炎病毒(HBV)株的全基因序列是否存在地域特殊性。方法 用套式PCR(nPCR)扩增该县HBV无症状携带者血清HBV全基因,用克隆测序法测序并做同源性对比。结果 本病毒株共3215个碱基,基因型为C,血清型为adw。其P基因区有40处发生碱基点突变,导致11个氨基酸改变;S基因区的前S1、前S2和S基因分别有11、2和3个碱基点突变,分别导致3、1、1氨基酸改变,未发现“a”区突变;X基因区共有6个碱基点突变,导致4个氨基酸改变,其中出现能影响e抗原表达的双突变(nt1762A→T、1764G→A);未发现前C区基因突变,C基因有13个碱基发生突变,导致2个氨基酸改变。本病毒株与越南北部病毒株高于同为C基因型的上海株、北京株、西藏株。结论 未发现肝癌高发区的本例HBV基因C型的隆安株,基因虽有肝癌高发性,但无地域特殊性。  相似文献   

3.
乙型肝炎病毒C基因启动子区准种与变异特点的研究   总被引:17,自引:0,他引:17  
目的 研究乙型肝炎病毒(HBV)C基因启动子区难种与变异的特点。方法 以中国株HBV基因序列为依据,设计特异性聚合酶链反应(PCR)引物,自3例慢性HBV感染患者外周血血清中扩增HBVCP序列,克隆入pGEM Teasy质粒,随机挑选克隆进行DNA测序以确定病毒的变异程度。结果 测序结果发现HBV CP序列高度保守,但在TATA样盒(1—3)可发生多种突变,其中184nt(T→C)位替换突变员为常见;在直接重复序列(DR)I上游存有一缺失突变高发区33.3%(5/15)。结论 CP区内有一缺失高变区,TATA样盒3的变异可能影响前C蛋白的表达。结果 提示HBV长期携带者体内有HBV准种共存。  相似文献   

4.
目的: 通过检测鼻咽癌组织中EB病毒的潜伏膜蛋白LMP1的序列以及LMP1、EBNA1、EBNA2的mRNA表达来探讨EB病毒的感染状态及其表达产物与鼻咽癌的关系。方法: 应用PCR法检测鼻咽癌组织中LMP1 DNA的存在,并对鼻咽癌来源的LMP1和EB病毒永生化狨猴B淋巴细胞系B95-8来源的LMP1进行测序,比较序列的差异。利用巢式RT-PCR检测鼻咽癌组织中LMP1、EBNA1、EBNA2的mRNA表达。结果: 47例鼻咽癌组织均含有LMP1 DNA,所有鼻咽癌来源的LMP1 DNA与B95-8来源的LMP1 DNA序列比较均存在着多个单核苷酸变异,最明显的是XhoⅠ酶切位点的丢失。测序后显示鼻咽癌来源的LMP1 DNA有30个核苷酸的丢失。巢式RT-PCR显示LMP1、EBNA1、EBNA2在鼻咽癌中的mRNA表达率分别为76.6%、80.0%和74.5%。其中EBNA1的表达是由Qp启动的,而B95-8细胞中EBNA1的表达是由Cp启动的。结论: 鼻咽癌中EB病毒的作用途径比较复杂,LMP1、EBNA1、EBNA2等潜伏期基因还有早期裂解基因BARF1均可能参与鼻咽癌的发生发展过程。  相似文献   

5.
目的:获得真全长中国大陆2a型丙型肝炎病毒(HCV)5’非编码区(5’UTR)cDNA,并分析其一级结构和二级结构,为进一步研究其在HCR复制、翻译中的调控机制、开发新的抗HCV药物奠定基础。方法:利用逆转录套式聚合酶链反应(RT-PCR)联合限制性内切酶长度多态性分析(RFLP)初步筛选出1例2a型HCV感染者,采用cDNA末端快速扩增技术(RACE)扩增出一条约800bp的cDNA片段,A-T克隆,用RFLP与PCR鉴定重组子,全自动序列分析仪测定插入子序列,RNAdraw预测二级结构。结果:RACE法获得真全长2a型HCV 5’端序列。5个克隆中,3个克隆含全长5’UTR序列,与HCV-1,HC-C2,HC-J6,HC-J8相比,同源性分别为93.6%-94.4%,92.1%-93.0%,98.8%-99.7%,96.2%-96.5%,与2a型标准株HC-J6相比,21,170,222,247,339位不同,分别为G,A,C,C,T,但这些突变不影响其二级结构。另外2个克隆为5’端缺失突变株,分别缺失54bp和144bp。结论:RACE技术快速、有效、实用,可用效获得病毒基因组的末端序列;依此获得中国大陆2a型HCV的5’UTR cDNA;在感染者血液中存在5’端部分缺失的HCV基因片段。  相似文献   

6.
目的 建立可靠的HLA-Cw基因全长序列的分子克隆和测序技术.方法 设计合成HLA-Cw基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,扩增HLA-Cw基因非翻泽区(untranslated region,5'-UTR)区、8个外显子、7个内含子和3'-UTR区,全长约4.5 kb.PCR产物纯化后进行分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物进行全长双向测序.12份已经AlleleSEQR HLA-Cw测序分型试剂盒进行PCR产物直接测序、基因型已知的样本,分别用TaKaRa LATaq酶和Stratagene Pfu Taq DNA聚合酶进行HLA-Cw基因全长扩增,以及PCR产物分子克隆和序列测定,克隆测序结果分别与PCR产物直接测序结果进行对比分析.结果 PCR扩增获得了特异性目的 片段,测序获得了HLA-Cw基因-962~3576位碱基全长序列.克隆测序结果的对比表明,Pfu酶保真性高于LA Taq酶.比较本文测定的Cw*010201与Cw*07020101等位基因序列,在5'上游-962~-284位碱基区域存在11个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和2个插入(或)缺失多态性位点;3'-UTR下游3067~3576位碱基区域存在11个SNPs和1个插入(或)缺失.结论 建立了HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法,在HLA-Cw基因全长序列分子多态性及表达调控等研究领域,具有广泛应用前景.  相似文献   

7.
目的 建立可靠的HLA-Cw基因全长序列的分子克隆和测序技术.方法 设计合成HLA-Cw基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,扩增HLA-Cw基因非翻泽区(untranslated region,5'-UTR)区、8个外显子、7个内含子和3'-UTR区,全长约4.5 kb.PCR产物纯化后进行分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物进行全长双向测序.12份已经AlleleSEQR HLA-Cw测序分型试剂盒进行PCR产物直接测序、基因型已知的样本,分别用TaKaRa LATaq酶和Stratagene Pfu Taq DNA聚合酶进行HLA-Cw基因全长扩增,以及PCR产物分子克隆和序列测定,克隆测序结果分别与PCR产物直接测序结果进行对比分析.结果 PCR扩增获得了特异性目的 片段,测序获得了HLA-Cw基因-962~3576位碱基全长序列.克隆测序结果的对比表明,Pfu酶保真性高于LA Taq酶.比较本文测定的Cw*010201与Cw*07020101等位基因序列,在5'上游-962~-284位碱基区域存在11个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和2个插入(或)缺失多态性位点;3'-UTR下游3067~3576位碱基区域存在11个SNPs和1个插入(或)缺失.结论 建立了HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法,在HLA-Cw基因全长序列分子多态性及表达调控等研究领域,具有广泛应用前景.  相似文献   

8.
目的 建立可靠的HLA-Cw基因全长序列的分子克隆和测序技术.方法 设计合成HLA-Cw基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,扩增HLA-Cw基因非翻泽区(untranslated region,5'-UTR)区、8个外显子、7个内含子和3'-UTR区,全长约4.5 kb.PCR产物纯化后进行分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物进行全长双向测序.12份已经AlleleSEQR HLA-Cw测序分型试剂盒进行PCR产物直接测序、基因型已知的样本,分别用TaKaRa LATaq酶和Stratagene Pfu Taq DNA聚合酶进行HLA-Cw基因全长扩增,以及PCR产物分子克隆和序列测定,克隆测序结果分别与PCR产物直接测序结果进行对比分析.结果 PCR扩增获得了特异性目的 片段,测序获得了HLA-Cw基因-962~3576位碱基全长序列.克隆测序结果的对比表明,Pfu酶保真性高于LA Taq酶.比较本文测定的Cw*010201与Cw*07020101等位基因序列,在5'上游-962~-284位碱基区域存在11个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和2个插入(或)缺失多态性位点;3'-UTR下游3067~3576位碱基区域存在11个SNPs和1个插入(或)缺失.结论 建立了HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法,在HLA-Cw基因全长序列分子多态性及表达调控等研究领域,具有广泛应用前景.  相似文献   

9.
目的 建立可靠的HLA-Cw基因全长序列的分子克隆和测序技术.方法 设计合成HLA-Cw基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,扩增HLA-Cw基因非翻泽区(untranslated region,5'-UTR)区、8个外显子、7个内含子和3'-UTR区,全长约4.5 kb.PCR产物纯化后进行分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物进行全长双向测序.12份已经AlleleSEQR HLA-Cw测序分型试剂盒进行PCR产物直接测序、基因型已知的样本,分别用TaKaRa LATaq酶和Stratagene Pfu Taq DNA聚合酶进行HLA-Cw基因全长扩增,以及PCR产物分子克隆和序列测定,克隆测序结果分别与PCR产物直接测序结果进行对比分析.结果 PCR扩增获得了特异性目的 片段,测序获得了HLA-Cw基因-962~3576位碱基全长序列.克隆测序结果的对比表明,Pfu酶保真性高于LA Taq酶.比较本文测定的Cw*010201与Cw*07020101等位基因序列,在5'上游-962~-284位碱基区域存在11个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和2个插入(或)缺失多态性位点;3'-UTR下游3067~3576位碱基区域存在11个SNPs和1个插入(或)缺失.结论 建立了HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法,在HLA-Cw基因全长序列分子多态性及表达调控等研究领域,具有广泛应用前景.  相似文献   

10.
目的 建立可靠的HLA-Cw基因全长序列的分子克隆和测序技术.方法 设计合成HLA-Cw基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,扩增HLA-Cw基因非翻泽区(untranslated region,5'-UTR)区、8个外显子、7个内含子和3'-UTR区,全长约4.5 kb.PCR产物纯化后进行分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物进行全长双向测序.12份已经AlleleSEQR HLA-Cw测序分型试剂盒进行PCR产物直接测序、基因型已知的样本,分别用TaKaRa LATaq酶和Stratagene Pfu Taq DNA聚合酶进行HLA-Cw基因全长扩增,以及PCR产物分子克隆和序列测定,克隆测序结果分别与PCR产物直接测序结果进行对比分析.结果 PCR扩增获得了特异性目的 片段,测序获得了HLA-Cw基因-962~3576位碱基全长序列.克隆测序结果的对比表明,Pfu酶保真性高于LA Taq酶.比较本文测定的Cw*010201与Cw*07020101等位基因序列,在5'上游-962~-284位碱基区域存在11个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和2个插入(或)缺失多态性位点;3'-UTR下游3067~3576位碱基区域存在11个SNPs和1个插入(或)缺失.结论 建立了HLA-Cw基因全长序列分子克隆及测序方法,在HLA-Cw基因全长序列分子多态性及表达调控等研究领域,具有广泛应用前景.  相似文献   

11.
12.
Nasopharyngeal carcinoma (NPC) occurs with a striking geographic distribution, it is endemic in certain areas of Southeast Asia and North Africa. NPC is tightly linked to Epstein-Barr virus (EBV), however, only a small subset of EBV genes are expressed, among them the latent membrane protein 1 (LMP1). LMP1 is considered as the main EBV oncoprotein and its 30 bp deleted-variant has been reported to be more prevalent in biopsies of NPC. We have assessed the 30 bp deletion and the XhoI polymorphisms of the BNLF1 gene in 30 peripheral bloods of NPC patients and 62 nasopharyngeal biopsies, 42 being confirmed as undifferentiated nasopharyngeal carcinoma and 20 are normal nasopharyngeal epithelium cells. Our results show that 100% of individuals retained the XhoI restriction site. A rare NPC variant, having a 69 bp deletion in the C-terminus region of the BNLF1 gene, covering the 30 bp deletion, was found in two NPC biopsies. The deleted 30 and 69 bp deleted-variants are significantly (p = 0.006) more frequent in NPC (71.42%) than in control biopsies (52%). In peripheral blood of NPC patients, the deleted-variants (47%) are also lower than in tumor tissues (p = 0.0004), suggesting that the deletion could be associated with a risk of tumor genesis. Direct repeats, located at the extremities of the 30 and 69 bp deletions, should be involved in this process. We propose that other deletions could be found since another similar direct repeat is present at the vicinity of the former ones.  相似文献   

13.
目的 :探讨鼻咽癌细胞凋亡与肿瘤内细胞毒淋巴细胞和LMP 1表达之间的关系。方法 :收集未经治疗的鼻咽癌活检组织 38例 ,采用TUNEL法定量检测鼻咽癌细胞凋亡程度 ,用免疫组化法检测肿瘤细胞LMP 1表达情况和肿瘤内TIA 1+细胞毒淋巴细胞数。结果 :(1) 38例鼻咽癌组织学分为角化性鳞癌 7例 ,非角化性癌 8例 ,未分化癌 2 3例。平均凋亡指数分别为72 3、74 6和 30 7。角化性鳞癌和非角化性癌与未分化癌相比 ,差异有显著性 (P <0 0 5 ) ;(2 ) 38例中LMP 1阳性病例 19例 ,占 5 0 %。除外角化性鳞癌后 ,LMP 1阳性组平均凋亡指数为 5 1 7,高于LMP 1阴性组的 37 3,差异有显著性 (P <0 0 5 ) ;(3)每 10 0 0个癌细胞范围内浸润的TIA 1+细胞数为 3~ 75个 ;在角化性鳞癌中平均 12 ,低于非角化性癌和未分化癌 (平均2 1 4) ,差异有显著性 (P <0 0 5 ) ;除外角化性鳞癌后 ,TIA 1+细胞数多者凋亡指数较高 (r =0 40 47,P <0 0 5 )。结论∶(1)鼻咽癌细胞凋亡程度在不同组织学类型中差异有显著性 ;(2 )鼻咽癌组织内TIA 1+细胞数在不同的组织学类型中有差别 ;(3)非角化性鼻咽癌组织中 ,LMP 1阳性者凋亡指数高 ,TIA 1+细胞数多者凋亡指数高。说明细胞毒淋巴细胞和LMP 1的表达具有促进鼻咽癌细胞凋亡的作用。  相似文献   

14.
鼻咽癌细胞株SUNE1中EB病毒LMP1全基因克隆及部分?…   总被引:4,自引:0,他引:4  
目的 研究广东地区鼻咽癌(NPC)细胞株SUNE1中EB病毒LMP1基因的结构特征。方法 利用聚合酶链反应从SUNE1细胞基因组中扩增LMP1全长DNA,并克隆到pcDNA3载体中,采用Sanger双脱氧末端终止法测定SUNE-LMP1 3个外显子及2个内含子覆盖的序列,并与病毒原型B95-8-LMP1进行比较分析。结果 克隆到pcDNA3中的SUNE1-LMP1全基因长度为2.6kb,测序长度为  相似文献   

15.
Liu Q, Han A, You S, Yang Q, Liang Y, Dong Y. The association of genomic variation of Epstein–Barr virus BamHI F fragment with the proliferation of nasopharyngeal carcinoma. APMIS 2010; 118: 657–64. To investigate the f variant of Epstein–Barr virus (EBV) in nasopharyngeal carcinogenesis, we detected the f variant in primary nasopharyngeal carcinoma (NPC), metastatic carcinoma of the lymph node (LN), and chronic inflammation of the nasopharynx from the Guangdong region. Meanwhile, we analyzed the relationship between the f variant of EBV and LMP1, Fascin, pStat3, p53, Bcl‐2, and Ki‐67 expression in NPC. The results showed that the f variant of EBV was found in 11 cases of primary NPCs with LN metastasis, 12 LN metastases, and 18 primary NPCs without LN metastasis. However, only one demonstrated the F/f variant in 50 cases of chronic inflammation of the nasopharynx. The expression rate of LMP1, Fascin, pStat3, p53, Bcl‐2, and Ki‐67 in NPC with the f or F/f variant was higher than that with the F prototype. Furthermore, there was a significantly positive correlation between the f variant of EBV and Ki‐67 expression (p < 0.05). Our study suggests that the f variant of EBV may be closely related to nasopharyngeal carcinogenesis.  相似文献   

16.
A 30-bp deletion in the Epstein-Barr virus (EBV) latent membrane protein 1 (LMP1) gene has been reported in nasopharyngeal carcinoma and EBV-associated malignant lymphomas. Information on this deletion in EBV-associated gastric carcinoma (EBVaGC) is limited. The association of gastric carcinoma (GC) with EBV was examined by EBV-encoded RNA (EBER) in situ hybridization in 510 patients from Japan and 80 patients from Brazil. We studied the prevalence of 30-bp LMP1 gene deletion in EBVaGC in Japan (29 cases) and Brazil (four cases) in comparison with the corresponding EBER1-positive metastatic lesions in lymph nodes (10 cases) and EBV-infected reactive lymphocytes from dissected nonmetastatic lymph nodes (22 cases), microdissected non-neoplastic gastric mucosa of EBVaGC (five cases), and EBV-nonassociated GC (25 cases). We studied the status of the LMP1 gene by Southern blot hybridization of polymerase chain reaction products obtained after amplification with primers flanking the site of the deletion. We also performed EBV typing and LMP1 protein immunohistochemistry. EBV DNA was amplified by polymerase chain reaction in 30 of 33 EBVaGC cases, 8 of 10 metastatic carcinomas, 14 non-neoplastic tissues from 27 EBVaGC cases, and 12 of 25 non-EBV-associated GC cases with EBER1-positive lymphocytes. The 30-bp LMP1 gene deletion was observed in 23 of 26 (88.5%) cases of EBVaGC from Japan and two of four (50%) cases of Brazilian EBVaGC as compared with EBER1-positive reactive lymphocytes from 11 of 14 (78.6%) EBVaGC cases and 9 of 12 (75%) cases of non-EBV-associated GC. The variant type (the 30-bp deletion variant or nondeleted wild type) of LMP1 gene was the same among reactive lymphocytes, primary and secondary lesions of EBVaGC in all cases for which all three tissue types were studied (six of six). There was no correlation between the presence of the 30-bp deletion with depth of cancer invasion or presence of metastasis. Type A was detected in all available EBV-positive cases. The similar high incidence of 30-bp deletion in LMP1 gene in both carcinoma cells and reactive lymphocytes in EBVaGC cases suggests that this deletion may not be relevant to the pathogenesis of EBVaGC.  相似文献   

17.
目的 探讨人疱疹病毒6 型(HHV6) 与鼻咽癌(NPC) 发病的关系。方法 采用聚合酶链反应(PCR) 和原位杂交同时检测正常鼻咽组织和NPC 癌前鼻咽组织以及NPC 组织中HHV6 和EBVDNA 的存在情况。采用免疫组化检测36 例NPC 组织的EBVLMP1 蛋白表达。结果 在42 例NPC组织、21 例鼻咽癌前病变组织中,经PCR检出HHV6 DNA,阳性率分别为30-9% (13 例) 和4-7 %(1 例) 。EBVDNA为95-2% (40 例) 和66-6 % (14 例)。27 例正常鼻咽组织未检出HHV6 DNA,EBVDNA为25-9% (7 例)。经ISH,仅在13 例PCRHHV6 DNA阳性的NPC组织中检出11 例阳性,36 例NPC组织、10 例鼻咽癌前病变组织ISHEBVDNA 阳性。NPC组织的EBVLMP1 蛋白阳性率为47-2 %(1736)。结论 鼻咽癌组织中存在HHV6 感染,提示HHV6 感染与NPC有关。HHV6 感染与EB病毒LMP1 蛋白表达上调呈正相关,提示在NPC 的发生中HHV6 可能直接参与和( 或) 通过上调EBVLMP1 的表达而起一定作用  相似文献   

18.
目的:研究EBV-LMP及二甲基亚砜(DMSO)对人鼻咽癌(NPC)细胞体外生长分化的影响。方法:以人高分化鼻咽癌细胞株(CNE1)为对象,采用电穿孔基因转染技术,将重组EBV-LMP表达质粒转染CNE1细胞,以载体质粒转染及CNE1细胞为对照,用细胞体外增殖实验、流式细胞仪和免疫组化等方法,观察细胞生长分化的变化情况。结果:EBV-LMP在体外可明显促进CNE1细胞的增殖,实验组与空白组及阴性对照组比较P<0.01,实验组S期细胞明显增多,细胞角蛋白表达显著下降(P<0.05),有向低分化鳞癌发展倾向;DMSO诱导后CNE1细胞增殖力明显下降(P<0.01),细胞角蛋白表达显著增高(P<0.01);LMP可明显抑制DMSO对CNE1细胞的诱导分化作用,转染细胞诱导后增殖力和角蛋白表达无显著改变(P>0.05)。结论:DMSO可在一定程度上诱导CNE1细胞分化;EBV-LMP对CNE1细胞生长有明显的促进作用,可抑制细胞分化及降低细胞对终末分化信号的反应,有助于深入研究NPC的发生机理及防治  相似文献   

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