应用基因芯片技术筛选肝硬化相关基因

目的:探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝硬化相关基因群表达中的作用.方法:按TRIzol法抽提肝硬化及正常肝脏组织总RNA,分离纯化两种组织的mRNA.经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA合成探针,与基因芯片(涵盖18 400个转录本,代表14 500个明晰的基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析,比较二种组织基因表达谱差异.结果:2例肝硬化组织与正常肝脏组织相比,有1424条基因(9.82%)共同表达差异,其中共同上调基因980条和共同下调基因444条.对1424条共同差异表达基因作了初步功能分类,这些基因与肝硬化的发病机制存在相关性.结论:基因表达谱芯片技术可以筛选出肝硬化表达异常的相关基因群,对其进一步研究有助于认识肝硬化的发病机制.     

应用基因芯片技术筛选肝细胞癌相关基因

目的:探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝细胞癌(HCC)相关基因群表达中的作用。方法:TRIzol法抽提2例HCC及正常肝脏组织总RNA,分离纯化两种组织的mRNA;逆转录合成掺入生物素标记的cDNA合成探针,与基因芯片(涵盖了18400个转录本,代表了14 500个明晰的基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析,比较2种组织基因表达谱差异。结果:2例HCC组织与正常肝脏组织相比,有2756条基因(19.01%)共同表达差异,其中共同上调基因1772条和共同下调基因984条,对2756条共同差异表达基因作了初步功能分类,这些基因与HCC的发病机制存在相关性。结论:基因表达谱芯片技术可以筛选出HCC表达异常的相关基因群,有助于认识肝癌的发病机制。     

基因表达谱芯片技术筛选XTP1基因转染细胞差异表达基因

目的 应用基因芯片技术,检测乙型肝炎病毒(HBV)X蛋白(HBxAg)反式激活基因XTP1的表达对肝母细胞瘤细胞系HepG2基因表达谱的影响,进一步阐明XTP1蛋白可能的分子生物学功能。方法 设计并合成XTP1基因序列特异性的引物,应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增XTP1基因片段,以常规的分子生物学技术将获得的XTP1编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列的测定,构建真核表达载体pcDNA3．1(-)-XTP1。以脂质体转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取mRNA,逆转录为eDNA,与转染空表达载体pcDNA3．1(-)的HepG2细胞进行cDNA芯片分析。结果 构建的表达载体经过限制性内切酶分析和。DNA序列测定,证实准确无误。提取高质量的mRNA,逆转录为cDNA,进行cDNA芯片分析。在1152个基因表达谱的筛选中,发现有3个基因表达水平显著上调,24个基因表达水平显著下调。结论 应用基因表达谱芯片成功筛选了XTP1转染细胞后差异表达基因,为进一步阐明XTP1蛋白可能的生物学功能提供依据。     

应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因

目的:利用基因芯片技术筛选胃腺癌组织和癌旁正常组织间的差异表达基因．方法:分别抽取胃腺癌组织和癌旁正常组织的总RNA．采用逆转录的方法,制成cDNA链, 并以两种荧光Cy5和Cy3标记后作为探针,与含有14 784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交．以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,并用计算机处理和分析．结果:在14 784条基因中,4例胃腺癌组织和癌旁正常组织共同差异表达基因29条,其中上调基因10条,下调基因19条,上调的基因中有2 条功能信息不明．结论:胃腺癌发生过程中有多基因的参与,胃腺癌与癌旁正常组织共同差异表达的29条基因可能与胃癌的发生、发展有关．     

应用抑制消减杂交技术筛选大肠癌相关基因

大肠癌是我国常见的消化道恶性肿瘤,其死亡率也呈增长趋势.研究显示,大肠癌发生过程是一个多步骤、多因素、涉及到多种基因及产物的相互作用.但至今尚未发现与大肠癌发生发展有关的特异性基因.本课题利用抑制消减杂交（suppression subtractive hybridization,SSH）构建大肠癌与癌旁组织的消减cDNA文库,系统分离差异表达基因,并分析这些基因的功能,以期筛选到新大肠癌相关基因,为进一步明确大肠癌发生发展的分子基础及临床大肠癌的诊治提供研究基础.     

全基因组寡核苷酸芯片筛选与胰腺癌相关的基因信号通路

背景：胰腺癌的发病率有所上升,且缺乏诊断标记物和治疗措施。近年研究表明,基因信号通路在胰腺癌发病中起重要作用。目的：探讨与胰腺癌相关的基因信号通路。方法：6例经病理证实的胰腺癌及其癌旁组织纳入研究。抽提总RNA．合成两种组织探针,探针荧光标记和纯化后,与Agilent全基因组寡核苷酸芯片进行杂交,对差异基因进行生物信息学分析,筛选与胰腺癌相关的信号通路。结果：差异基因的KEGG Pathway分析发现肾细胞癌通路分类对胰腺癌最具生物学意义,其中TGFβ3、EPASI、PIK3R3、EGLN1、PGF、ETS1、VEGFB、CREBBP和PIK3R5九个关键基因的表达有显著差异（P〈0．05）。结论：胰腺癌发病与肾细胞癌通路激活密切相关,可能为胰腺癌的研究提供新的思路。     

应用表达谱芯片技术筛选HBeAg反式调节基因

目的 筛选与克隆HBeAg反式调节基因，了解其在体内的调节功能线索及机制。方法 以分子生物学技术构建HBeAg的真核表达载体pcDNA3．1(-)-HBeAg，转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1(-)为平行对照，制备转染后的细胞裂解液，提取mRNA。应用基因表达谱芯片技术对差异表达mRNA进行检测和分析。结果 HBeAg表达质粒pcDNA3．1(-)-HBeAg经酶切鉴定和DNA测序鉴定正确。经基因表达谱芯片分析，5种基因的表达水平上调，7种基因的表达水平下调。结论 筛选到一些与细胞信号传导、免疫调节、蛋白翻译合成、肿瘤、神经系统发生相关的HBeAg反式调节的靶基因。     

烟雾病免疫相关基因研究

目的通过分析烟雾(moyamoya)病患者外周血液淋巴细胞和正常人外周血液淋巴细胞免疫相关基因表达的差异，探讨烟雾病的发病机制。方法分别采集烟雾病患者和正常人血液标本各22份，提取烟雾病患者和正常人外周血液淋巴细胞的总RNA，将mRNA逆转录为cDNA，用Cy5和Cy3标记作为探针，与含有492个基因的自身免疫和炎症反应基因芯片进行杂交，以Scan Array 4000荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号，用计算机进行处理和分析。结果烟雾病患者外周血液淋巴细胞和正常人血液淋巴细胞比较，差异表达2倍以上的基因共有32个，其中19个基因表达增加，13个基因表达降低。结论烟雾病发生与患者的免疫相关基因异常有关。     

表达谱基因芯片技术及其在兽医学上的应用

20世纪90年代初兴起的人类基因组计划(HGP),其研究重点现已从结构基因组迈向了功能基因组的研究。揭示生命的本质。阐明基因的功能是后基因时代的重要任务。随之而产生的基因芯片(genecKp)技术,为功能基因组学研究提供了强有力的手段。由于基因芯片具有高通量和平行检测等特点。所以该技术自1989年提出并取得国际专利以来。已经在基因组测序、基因表达及功能分析、     

应用基因微阵列技术筛选法乐四联症相关基因

目的观察法乐四联症(TOF)相关基因的表达变化.方法使用Biostar'80s型人类基因表达谱微阵列初步筛选TOF和室间隔缺损患者右心室心肌的差异表达基因.结合初筛实验、网上孟德尔人类遗传数据库及心脏基因表达数据库的查询结果,遴选补充至500条目标基因.应用3张定制的1000点人类基因微阵列,双重点样,分别筛选TOF(组)25例、不伴有先天心脏畸形的引产胎儿(FETAL组)5例、右室双出口(组)5例、室间隔缺损(组)15例患者,检测右心室流出道肌肉中的差异表达基因,进行生物信息学分析.采用实时荧光定量聚合酶链反应技术验证微阵列结果.结果用Biostar 80s微阵列发现186条差异表达基因,用定制微阵列则分别发现104条(TOF/FETAL)、13条(TOF/右室双出口)和315条(TOF/室间隔缺损).剔除结果可能不可靠者(179条),根据差异表达特征,将剩余基因归人14个相关基因群.实时荧光定量聚合酶链反应证实,胰岛素样生长因子结合蛋白3、I型胶原α2链蛋白与Ⅲ型胶原α1.链蛋白3个基因的差异表达与微阵列结果相一致.结论应用基因微阵列技术进行高通量并行分析,可确定与TOF相关的基因表达谱.胶原家族成员及胰岛素样生长因子结合蛋白3可能与TOF的发生发展过程密切相关.     

用基因表达谱芯片研究人正常胃和胃癌中与发育相关基因的价值

用8464条人cDNA制成表达谱芯片,利用胃和胃癌组织的mRNA,通过逆转录方法将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两组cDNA上,利用这种cDNA探针与表达谱芯片进行杂交后扫描,通过计算机分析判定基因是否在上述组织中存在差异表达,结果示在197条与生长发育相关的基因中,存在差异表达的共10条,上调的8条（0．095％）,下调的2条（0．024％）,应用这种方法识别出的基因对胃癌的诊断和治疗具有重要的潜在价值。     

应用基因芯片研究康莱特对人胰腺癌Patu-8988细胞的凋亡诱导作用

目的 探讨康莱特注射液诱导人胰腺癌细胞(Patu-8988)凋亡过程中相关基因表达的变化。方法 通过流式细胞仪Annexin V／PI双染法研究康莱特诱导Patu-8988细胞凋亡的过程，应用基因芯片技术分析加药前后凋亡相关基因的表达差异，并以Western印迹对部分基因蛋白产物表达进行验证。结果康莱特对Patu-8988细胞的凋亡诱导作用呈时间依赖性。康莱特作用24h后，在96条有关凋亡的目的基因中共有17条基因表达发生大于3倍的显著变化，其中表达上调基因12条，下调基因5条。Western印迹表明P53、Bcl-2、Bax、Caspase-3等蛋白表达改变与基因芯片结果一致，同时Caspase-3底物多聚ADP核糖多聚酶被降解。结论 康莱特可使Patu-8988细胞中多个凋亡相关基因的表达发生改变，进一步揭示了其诱导胰腺癌细胞凋亡的作用机制。     

基因芯片在肺癌发生相关基因筛查中的应用

目的 研究人肺癌发生相关基因表达谱,探讨肺癌发生的分子机制。方法 选取1280个与肿瘤相关的基因克隆。制备成肿瘤相关cDNA芯片。提取人肺癌组织以及相应正常组织RNA,反转录后标记为cDNA探针,与cDNA芯片杂交,经扫描及Quantarray3．0软件分析后比较两种组织中的差异表达基因。结果 共筛查出差异表达基因52条。其中表达上调基因35条,下调基因17条;按照基因功能可分为运输载体,代谢相关基因、细胞信号转导分子、细胞骨架、转录调控因子以及未知功能基因。结论 基因芯片可用于肺癌相关基因表达谱的筛查,为明确肺癌发生机制提供重要参考。     

基因表达谱芯片在胰腺癌组织差异表达相关基因筛选中的应用

目的：探讨基因表达谱芯片技术筛选胰腺癌组织和癌旁正常组织基因表达谱差异的可行性。方法应用Agilent公司生产的包含27958条DNA的基因芯片检测4例胰腺癌患者胰腺癌组织和癌旁正常组织的基因表达谱,筛选差异表达基因,并用半定量RT-PCR法检测差异基因CD151、S100A4、TIMP-3和NME3表达情况。结果共筛选出46条基因表达谱差异基因,其中26条表达上调、20条表达下调。差异基因CD151、S100A4、TIMP-3和NME3的表达情况与基因表达谱芯片检测结果一致。结论基因表达谱芯片技术可以筛选出胰腺癌组织差异表达相关基因,为胰腺癌分子标志物研究提供了可靠依据。     

Identification of the differential expressive tumor associated genes in rectal cancers by cDNA microarray

AIM： To identify tumor associated genes of rectal cancer and to probe the application possibility of gene expression profiles for the classification of tumors.
METHODS： Rectal cancer tissues and their paired normal mucosa were obtained from patients undergoing surgical resection of rectal cancer. Total RNA was extracted using Trizol reagents. First strand cDNA synthesis was indirectly labeled with aminoallyl-dUTP and coupled with Cy3 or Cy5 dye NHS mono-functional ester. After normalization to total spots, the genes which background subtracted intensity did not exceed 2 SD above the mean blank were excluded. The data were then sorted to obtain genes differentially expressed by ≥ 2 fold up or down in at least 5 of the 21 patients.
RESULTS： In the 21 rectal cancer patients, 23 genes were up-regulated in at least 5 samples and 15 genes were down-regulated in at least 5 patients. Hierachical cluster analysis classified the patients into two groups according to the clinicopathological stage, with one group being all above stage Ⅱ and one group all below stage Ⅱ.
CONCLUSION： The up-regulated genes and downregulated genes may be molecular markers of rectal cancer. The expression profiles can be used for classification of rectal cancer.     

Molecular profiling of hepatocellular carcinomas by cDNA microarray

Hepatocellular carcinoma (HCC) is one of the most common cancers in the world. Conventional diagnosis and treatment of this malignancy have been dismal and should be complemented by novel tools. The development and progress of HCC are believed to be caused by the accumulation of genetic changes resulting in altered expression of thousands of cancer-related genes, which can be measured by globe genetic analysis. Gene expression profiling of HCC has been employed to elucidate hepatocarcinogenesis and disclose molecular mechanisms underlying complex clinical features. Identifying phenotype-associated genes/profiles has impacts on current diagnosis and management strategy of HCC. In spite of some pitfalls of this technology and challenges in improving the research process, scrutinous validation of profiling data of HCC combined with other approaches will eventually benefit the patients.     

应用人类全基因组寡核苷酸芯片筛查自身免疫性肝炎相关基因

为研究自身免疫性肝炎发病过程中基因表达改变与免疫反应的关系,我们采用人类全基因寡核菅酸芯片筛查自身免疫性肝炎差异表达基因,并对结果进行聚类分析,筛选出与疾病关系最密切的基因功能群,为进一步阐明发病机制,寻找致病基因提供参考。     

Discriminate gene lists derived from cDNA microarray profiles of limited samples permit distinguishing mesenchymal neoplasia ex vivo

Background Mesenchymal neoplasia comprises a heterogeneous group of tumors with over 200 benign neoplasms and 100 sarcomas. Currently, tumors are classified using histologic and immunocytologic characteristics, with diagnostic error rates reported as high as 40% of cases. As a feasibility study, our goal was to generate a preliminary discriminatory gene list for selected mesenchymal tumors, including sarcomas. This technique may enable an eventual molecular classification schema based on expression profiles that can complement current clinical and pathologic diagnostic procedures in mesenchymal tumors.Methods cDNA microarray analyses were preformed on connective tissue tumors obtained at time of surgical resection or biopsy. Messenger RNA (mRNA) from four general tumor classes was competitively hybridized against a human dermal fibroblast cell line comparator and the resulting gene expression profiles processed by ANOVA and linear discriminate analysis.Results The tissue classification involved 18 patients with malignant peripheral nerve sheath tumors, giant cell containing tumors, benign spindle cell lesions, or Ewings family of tumors. Lymph nodes from two patients served comparative purposes. Twenty-five differentially regulated genes considered most variable among the five tissue classes were identified. The tissues were segregated into five classes by linear discriminate analysis.Conclusions Linear discriminate analysis of cDNA gene expression profiles partitioned mesenchymal tumor classes, even when constrained by limited sample sizes.     

应用基因芯片技术对乙型肝炎病毒DNA聚合酶反式调节基因的研究

目的应用基因表达谱芯片(基因芯片)技术检测乙型肝炎病毒DNA聚合酶(HBVDNAP)三个功能域[(N末端蛋白(TP),逆转录酶DNA多聚酶(PR),核糖核酸酶H(RNaseH)]的表达对肝母细胞瘤细胞HepG2基因表达谱的影响,进一步阐明HBVDNAP对肝细胞基因表达的调节机制及其生物学功能。方法以常规分子生物学技术分别构建真核表达载体pcDNA3.1()TP,pcDNA3.1()PR和pcDNA3.1()RNaseH,以脂质体转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取mRNA,逆转录为cDNA,与转染空白表达载体pcDNA3.1()的HepG2细胞进行DNA芯片分析。结果TP有111条基因表达水平上调,88条基因表达水平下调。PR有79条基因表达水平上调,90条基因表达水平下调。RNaseH有113条基因表达水平上调,109条基因表达水平下调。结论应用基因芯片成功筛选HBVDNAP三个功能域蛋白转染细胞后的差异表达基因,为进一步研究HBVDNAP的反式激活作用及免疫调节机制提供了新的依据。