基于网络药理学和分子对接研究黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接方法分析黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制。方法：通过化源网数据库、中药与化学成分数据库、PubChem数据库以及文献查阅,搜集黄葵胶囊化学成分,运用Swiss ADME数据库筛选出黄葵胶囊活性成分,依据Swiss Target Prediction数据库预测黄葵胶囊各活性成分靶点;通过GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)检索糖尿病肾病疾病相关靶点,利用韦恩图获取黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的关键靶点,通过R3.6.2软件对靶蛋白进行基因本体(GO)生物过程富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Cytoscape 3.7.2软件构建黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的“关键活性成分-重要靶点-通路”网络,最后利用AutoDock进行分子对接,计算最低结合能。结果：黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的核心活性成分为4′,5,7,8-四甲氧基黄酮、槲皮素、没食子酸、原儿茶酸等,核心靶点PIK3R1、PIK3CA、AKT1、SRC、ESR1等,活性成分与关键靶点分子对接的最低结合能均接近-5 kcal/mol。黄葵胶囊治疗糖尿病肾病的作用机制...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨黄葵胶囊治疗肾病综合征的作用机制

目的：基于网络药理学探讨黄葵胶囊治疗肾病综合征的作用靶点及分子机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、PubChem、Swiss Target Prediction数据库及国内外文献检索黄葵胶囊的活性成分,利用GeneCards、OMIM数据库筛选出肾病综合征相关靶点;运用Cytoscape 3.6.1软件构建“成分-潜在靶点”网络,并基于STRING平台构建黄葵胶囊治疗肾病综合征交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络,筛选关键靶点;使用Metascape数据库对潜在靶点进行基因本体论（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。将前3名关键化合物与排名居前3位的关键靶点蛋白利用PyMOL及AutoDock Vina等软件进行分子对接。结果：通过筛选共获得黄葵胶囊有效活性成分16个,潜在靶点358个,与肾病综合征共同靶点93个,其中关键靶点涉及白蛋白（Albumin,ALB）、蛋白丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、表皮生长因子受体（Epidermal Growth Factor Recep...     

黄葵胶囊治疗慢性肾炎50例疗效观察

慢性肾小球肾炎又称慢性肾炎，是指原发于肾小球的一组起病缓慢、病情迁延的免疫性疾病。临床表现为水肿、腰酸、腰痛、疲乏无力、血尿、蛋白尿、高血压等症中的1种或数种。随着疾病的发展，可致慢性肾功能损害，是导致终末期肾衰竭的主要原因之一，预后差，缺乏有效的治疗。笔者2004年6月-2006年6月采用黄葵胶囊治疗慢性肾炎，取得了较好疗效。现报道如下。     

基于网络药理学探讨参芪强心胶囊治疗稳定型心绞痛的作用机制

目的 探讨参芪强心胶囊治疗稳定型心绞痛的作用机制。方法 应用TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM数据库收集参芪强心胶囊的有效成分;利用Genecards、OMIM、TTD、DRUGBANK数据库筛选稳定型心绞痛疾病靶点;利用cytoscape进行网络构建与分析;利用Metascape对核心靶点进行GO和KEGG分析。结果 参芪强心胶囊有118个有效成分、465个靶点,稳定型心绞痛有1761个靶点,240个交集靶点。参芪强心胶囊治疗稳定型心绞痛主要成分为槲皮素、豆甾醇、木犀草素、β-谷甾醇、柚皮素、山奈酚等,核心靶点为RPS3A、HNRNPH1、DDX3X、SRSF3、ANXA2等36个。GO富集分析主要归纳为生物的活性以及信息传递等方面。KEGG富集到的信号通路包括PI3K-Akt信号通路、细胞衰老信号通路、鞘脂信号通路、AMPK信号通路等。结论 参芪强心胶囊是通过多成分、多靶点、多途径治疗稳定型心绞痛的。     

基于网络药理学探讨通冠胶囊治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的：利用网络药理学方法探讨通冠胶囊对动脉粥样硬化性疾病的作用机制。方法：采用TCMSP 数据库和文献挖掘方法对通冠胶囊的药物化合物及靶点进行筛选;通过GeneCards 及DisGeNET 数据库检索动脉粥样硬化性疾病的相关靶点;通过Cytoscape 3.8.0 软件构建通冠胶囊药物-靶点-疾病网络及核心网络,通过STRING 数据库构建其PPI 网络。截取通冠胶囊作用于动脉粥样硬化性疾病潜在靶点于DAVID 网站进行KEGG 及GO 富集分析。采用R 软件对将上述信号通路、生物学过程、分子功能、细胞组成信息进行可视化处理。结果：共获得通冠胶囊化合物123 个,通冠胶囊药物靶点272 个,对应化合物111 个;动脉粥样硬化性疾病靶点576 个。形成通冠胶囊药物与动脉粥样硬化靶点交集图,共有NR3C1、DPP4、ESR1、MAPK14、PPARG、PTGS2 等61 个共同靶点,相应化合物101 个。PPI 网络中共得到56 个相互连接的节点,288 条边。KEGG 与GO 分析后得到通冠胶囊可能作用于动脉粥样硬化的NOD 样受体信号通路、癌症的途径、VEGF 信号通路等22 条通路。结论：通冠胶囊可通过作用于NR3C1、DPP4、ESR1、MAPK14、PPARG、PTGS2 等61 个共同靶点,调节胰岛素信号通路,发挥抑制炎症反应,调节代谢,抗氧化应激等作用,干预动脉粥样硬化发生及发展进程。     

基于网络药理学探讨葶苈子治疗骨质疏松症的作用机制

目的：通过网络药理学研究葶苈子治疗骨质疏松症的作用机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台中检索葶苈子的有效成分及相关靶点;在Gene Cards数据库、OMIM数据库中检索骨质疏松症的疾病基因靶点;通过Perl脚本找到葶苈子与骨质疏松症的共同基因,使用String网站构建葶苈子与骨质疏松症之间蛋白质-蛋白质相互作用的关系网络;最后利用R软件对葶苈子与骨质疏松症交集基因进行基因本体论（GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：从葶苈子中筛选出9个有效成分,作用于骨质疏松症127个靶点。蛋白质-蛋白质相互作用网络中的核心蛋白有蛋白激酶B(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、白细胞介素（Interleukin,IL）-6、血管内皮生长因子（Vascular Endothelial Growth Factor,VEGF）A、JUN蛋白、IL-1β。基因KEGG富集分析得到与骨质疏松症紧密相关通路主要有晚期糖基化终末产物（Advanced Glycation End Products,AGE）-晚期糖基化终末产物受体（A...     

基于网络药理学的鹿茸治疗骨关节炎作用的机制

目的:利用网络药理学方法探索鹿茸(Cervi Cornu Pantotrichum)在治疗骨关节炎中的作用机制.方法:利用BATMAN-TCM数据库筛选出鹿茸的有效活性成分,挖掘对应的靶点信息.通过GeneCards,在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)得到骨关节炎相关靶点信息.将成分靶点和骨关节炎靶点取交集,使用ST...     

基于网络药理学探讨强心胶囊治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的:基于网络药理学分析预测强心胶囊治疗慢性心力衰竭的作用机制.方法:应用中医药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出强心胶囊所含有效成分和相关靶标蛋白.根据药代动力学ADME参数,以口服生物利用度(OB)≥30％,药物相似性(DL)≥0.18,生物半衰期(HL)≥4.00为条件筛选出活性成分.从数据库Unip...     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗冠心病的作用机制

目的:采用网络药理学方法解析丹参饮治疗冠心病的药理机制。方法:使用中药系统药理学分析平台(TCMSP),检索丹参、檀香、砂仁3味中药的有效成分和作用靶点。使用DisGeNET数据库检索冠心病靶基因。利用Cytoscape软件构建丹参饮化合物-冠心病靶点网络和靶点-通路网络。通过DAVID数据库进行生物功能和信号通路富集分析,预测丹参饮治疗冠心病的作用机制。结果:通过数据库筛选出丹参饮活性成分76个,相应靶基因156个,冠心病靶基因912个,丹参饮治疗冠心病靶点53个,核心作用靶点16个,相互作用节点96个,相互作用关系边838条,涉及生物过程84个,分子功能23个,信号通路11条。结论:丹参饮可能通过多靶点、多信号通路协同治疗冠心病。     

基于网络药理学探讨二陈汤治疗肥胖的作用机制及实验验证

目的:基于网络药理学探究二陈汤治疗肥胖的分子机制,并采用ZDF自发性肥胖模型大鼠对关键信号通路进行验证。方法:通过TCMSP数据库筛选二陈汤的活性成分;STITCH及SwissTargetPrediction数据库获取活性成分的潜在靶点;OMIM及DisGeNet数据库收集肥胖治疗靶标。将病药重合靶点导入String数据库得到靶点间的相互作用关系,利用网页级别算法筛选其中的关键靶点。通过DAVID数据库对重合靶点进行KEGG及GO富集分析。最后采用ZDF大鼠白色脂肪组织对关键通路进行验证。结果:二陈汤包含135种活性成分和203个潜在靶点,其中106个与肥胖相关,TP53、MAPK8、AKT1、IL-6、MAPK1等8个靶点在PPI网络中起到关键调控作用。动物试验表明,1.52、4.57、13.71 g/kg二陈汤均可显著减轻ZDF大鼠的体质量,4.57、13.71 g/kg二陈汤可显著降低腹围,4.57 g/kg二陈汤可显著降低TG、TC以及FSI水平,1.52、4.57 g/kg二陈汤显著降低HOMA-IR指数(P<0.05或P<0.01)。Western blot结果显示4.57 g/kg二陈汤可上调白色脂肪组织PI3K蛋白及升高p-AKT/AKT的比值,降低p-JNK/JNK比值(P<0.05或P<0.01)。结论:二陈汤通过调节脂质代谢、参与脂质转运、缓解脂肪组织炎症及胰岛素抵抗等途径发挥治疗肥胖的作用。     

骨痹方治疗膝骨关节炎的网络药理学机制探讨

目的通过网络药理学探究骨痹方治疗膝骨关节炎(Knee Osteoarthritis,KOA)的药理学机制。方法通过Disgenet数据库搜集KOA靶点;通过TCMSP、TCMID数据库搜集骨痹方各成分作用靶点,使用Cytoscape软件构建成分-靶点网络分析骨痹方的重要成分。借助Genomics平台分析骨痹方和KOA共有靶点,并利用STRING平台构建共有靶点互作网络(Protein-Protein interaction network,PPI network)预测KOA潜在治疗靶点。在Systems Dock WebSite在线平台对重要成分和潜在靶点进行分子对接评估其结合活性。最后,利用Cytoscape软件"ClueGo插件"分析共有靶点KEGG信号通路并构建成分-靶点-通路网络进行可视化分析。结果共筛选出92个KOA靶点;骨痹方共有66种成分,263个靶点。骨痹方重要成分包含槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇和刺芒柄花素等。其中,共有靶点17个,潜在治疗靶点可能有IL-6、TNF、PTGS2。分子对接显示槲皮素、山柰酚和β-谷甾醇与潜在治疗靶点具有较强的结合能力。KEGG通路富集分析提示共有靶点参与IL-17信号通路、TNF信号通路和NF-κB信号通路等22条通路。结论骨痹方中槲皮素、山奈酚和β-谷甾醇等成分很可能通过IL-6、TNF、PTGS2等靶点作用于IL-17信号通路、TNF信号通路和NF-κB信号通路,发挥治疗KOA的作用。故骨痹方治疗KOA的药理学机制可能是通过多组分、多靶点、多通路实现,但需进一步通过基础和临床研究验证。     

基于网络药理学探讨柴胡三参汤治疗缺血性心律失常的作用机制

目的:探讨柴胡三参汤治疗缺血性心律失常多靶点、多通路的作用机制。方法:在TCMSP平台筛选柴胡三参汤活性成分,在PubChem和Swiss Target Prediction数据库进行靶标预测;在GeneCards数据库检索缺血性心律失常的靶点;构建韦恩图得到药物与疾病共同靶点;在STRING构建蛋白互作网络图(PPI);在Cytoscape软件得到各靶点的degree值,建立簇状条形图;进行GO生物功能注释和KEGG通路富集分析。结果:本研究共挖掘到柴胡三参汤215种活性成分及1319个作用靶点、疾病靶点120个、药物-疾病共同靶点43个,共同靶点主要富集在221个生物过程、14条信号通路上。结论:柴胡三参汤可能主要是通过调节白蛋白(ALB)、白细胞介素-6(IL-6)、AKT丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、一氧化氮合成酶3(NOS3)、肿瘤坏死因子(TNF)、血管紧张素I转化酶(ACE)、Serpin家族E成员1(SERPINE1)、激肽原1(KNG1)等靶点,调控钙、Toll样受体、细胞凋亡、mTOR、VEGF等信号通路,发挥调控细胞凋亡、抑制炎症反应、免疫调节、恢复心肌血流、清除自由基等作用治疗缺血性心律失常。     

基于网络药理学和药理实验的活血祛湿方治疗脂肪肝作用机制研究

目的：分析活血祛湿方的有效活性成分及其治疗脂肪肝的分子机制。方法：分别通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards数据库查找活血祛湿方中10味中药的有效活性成分及其靶点蛋白和人类脂肪肝相关的作用靶点,构建有效活性成分-疾病靶点的网络图;通过String数据库进行构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Metascape数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;最后使用分子对接技术和药理实验对有效活性成分和靶点进行验证。结果：经过筛选,活血祛湿方中的槲皮素、山柰酚、木犀草素、柚皮素以及异鼠李素等多个关键活性成分,可能通过作用在信号转导与转录激活因子3、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶、细胞肿瘤抗原p53、转录因子AP-1等核心基因表达的蛋白上参与脂肪肝的治疗。KEGG富集分析所涉及的信号通路包括白细胞介素-17(IL-17)、前列腺癌、缺氧诱导因子-1(HIF-1)、非酒精性脂肪肝、促分裂原活化的蛋白激酶(MAPK)信号通路等。结论：活血祛湿方可通过多成分、多靶点、多通路的复杂作用机制发挥抗炎和应对氧化应激的作用,进而...     

复方龙掌胶囊治疗急慢性软组织损伤药理作用的研究

目的：研究复方龙掌胶囊治疗急慢性软组织损伤的药理作用。方法：采用家兔软组织损伤模型。蛋清致大鼠足跖肿胀模型。大鼠急性“血瘀证”模型及冰乙酸致小鼠腹腔毛细血管通透性增高及热板法镇痛试验等。结果：复方龙掌胶囊高，中，低剂量组可使家兔软组织挫伤部位肌组织变性坏死减轻；抑制大鼠足跖肿胀和小鼠腹腔毛细血管通透性增高；提高小鼠痛阈值；能明显降低血瘀证大鼠全血粘度，血浆粘度，还原粘度及红细胞压积，使血沉减慢。结论：复廓 龙掌胶囊治疗急慢性软组织损伤与其抗炎，镇痛及活血散瘀作用有关。     

基于网络药理学与分子对接探讨土茯苓治疗银屑病的作用机制

目的：采用网络药理学方法,探索中药土茯苓治疗寻常型银屑病的“成分-靶点-通路”的调控网络,探讨其作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)结合文献报道,筛选土茯苓的活性成分及作用靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)数据库、PharmGkb数据库及DrugBank数据库筛选出寻常型银屑病的相关疾病靶点。运用R语言将药物成分匹配疾病靶点,通过复杂可视化网络平台Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络数据库(STRING)构建靶蛋白PPI网络,找出关键基因,对成分-疾病的交集基因进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：网络分析显示,15个活性成分共涉及有效靶点325个,86条作用通路,预测出12个活性成分、114个靶点蛋白和20条关键通路与寻常银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论：土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等相关靶点起...     

基于网络药理学的复方苁蓉益智胶囊治疗血管性痴呆的分子机制研究

目的：对复方苁蓉益智胶囊(Compound Desert Cistanche Intelligence-improving Capsule)治疗血管性痴呆(VaD)的药理作用机制进行探讨。方法：基于网络药理学和分子对接的方法,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取复方苁蓉益智胶囊中各药物的活性成分,并通过SwissTarget Prediction数据库预测药物活性成分的作用靶点;通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DrugBank数据库获取血管性痴呆的疾病靶点。通过STRING 11.0数据库和Cytoscape 3.8.2构建蛋白质相互作用(PPI)网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块及核心网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,采用Cytoscape 3.8.2构建“药物-活性成分-靶点-通路”网络图,采用分子对接技术对PPI网络及“药物-活性成分-靶点-通路”网络图结果进行验证。结果：筛选出35个主要活性成分,涉及134个靶点,其中主要活性成分包括亚美罂粟碱(Armepav...     

基于网络药理学及实验验证探究参芪解郁方治疗产后抑郁症的作用机制

目的：基于网络药理学及动物实验分析参芪解郁方治疗产后抑郁症(PPD)的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和Uniprot数据库对参芪解郁方药物进行成分和靶点的处理收集,再借助GeneCards数据库对疾病靶点进行收集,与药物靶点取“药物-疾病”交集,获得核心靶点,使用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。运用Metascape平台进行基因本体(GO)与京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。最后通过造模和药物对大鼠进行干预后,予以旷场实验、强迫游泳实验和蔗糖水消耗实验进行行为学评估,再利用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测各组大鼠血清白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平。结果：筛选到57个参芪解郁方相关活性成分,对应产后抑郁症的潜在作用靶点103个,关键成分有槲皮素、β-谷甾醇、植物甾醇等,核心靶点涉及IL-6、TNF、IL-1β等,主要通过磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)、雌激素、T细胞抗原受体等通路发挥药效。动物实验显示参芪解郁方可以提高大鼠...     

基于网络药理学探讨温胆汤加减治疗慢性肾衰竭的作用机制

目的：基于网络药理学探讨洪钦国教授运用温胆汤加减治疗慢性肾衰竭的潜在药理作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取温胆汤加减的化学成分、蛋白靶点;在GeneCards数据库上检索慢性肾衰竭相关疾病靶点。将药物所得靶点和疾病相关靶点进行映射交集,初步获得温胆汤加减治疗慢性肾衰竭的潜在作用靶点。运用String平台绘制温胆汤加减治疗慢性肾衰竭的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,最后在Metascape数据库平台进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：经过筛选,从温胆汤加减中可得到活性化合物54种,涉及与慢性肾衰竭相关的靶点81个,药物主要活性成分有β-谷甾醇（Beta-sitosterol）、槲皮素（Quercetin）、大黄酸（Rhein）,关键核心靶点包含TNF、JUN、AKT1、IL6、RELA、TP53、MAPK1、VEGFA等。KEGG通路主要有AGE-RAGE、JAK-STAT、NF-κB、IL-17、HIF-1等信号通路。结论：洪钦国教授的经验方温胆汤加减通过多成分、多靶点、多通路发挥对慢性肾衰竭的治疗作用,其潜在机制可能涉及抗炎、抗肾纤维化等通路。     

基于网络药理学探究丹参治疗慢性肝炎的作用机制

目的：运用网络药理学的方法预测丹参治疗慢性肝炎的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选丹参的有效成分;输入Pharm Mapper数据库获得相应基因;检索GeneCards数据库获得慢性肝炎的靶点基因;利用R语言3.6.3截取交集网络获得潜在靶点;使用Cytoscape3.7.2将“中药-化合物-靶点-疾病”网络可视化处理;在STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用DAVID数据库对候选靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路注释。结果：获得丹参中65个活性化合物、109个不重复的靶标信息、89个慢性肝炎治疗靶点。GO功能富集得到GO条目48个（P<0.05）,其中生物过程(BP)条目1 796个,细胞组分(CC)条目73个,分子功能(MF)条目130个;KEGG通路富集得到88条信号通路（P<0.05）。结论：丹参中的有效成分异隐丹参酮(Isocryptotanshi-none)、1,2,5,6-tetrahydrotanshinone、丹参醌新酮Ⅰ(MiltiononeⅠ)、二氢丹参内酯(Dihydrotanshinlactone)、4-methylenemiltirone、丹参酮Ⅱa(TanshinoneⅡa)、木犀草素等可能作用于ADRB2、OPRM1、PTGS1、CA2、PTGS2等关键靶点通过调控Hepatitis B、IL-17 signaling pathway、Hepatitis C、T cell receptor signaling pathway、PI3K/AKT signaling pathway等干预了活性氧代谢过程、循环系统血管功能、氧化应激反应、凋亡,从而发挥治疗慢性肝炎的作用。