铜绿假单胞菌耐药基因分析及多位点序列遗传分型

目的 了解2011-2012年深圳市南山区医院病人,各医院、诊所内环境台面涂抹样、医护人员手涂抹样分离的铜绿假单胞菌,抗生素耐药基因分布及基因的遗传多样性。方法 采用聚合酶链反应技术检测铜绿假单胞菌的20种耐药基因:TEM、VEB、CARB、OXA、SHV、PER、GES、GTX、SPM、GIM、IMP、VIM、DHA、oprD、Aac(6')-Ⅰ、Aac(6')-Ⅱ、Aac(3')-Ⅰ、Aac(2″)-Ⅰ、qacE1-sull及Ⅰ类整合子基因。采用多位点序列分子分型方法 进行聚类和克隆分析。结果 检出11种耐药基因:TEM、SHV、IMP、DHA、Aac(6’)-Ⅰ、Aac(6')-Ⅱ、Aac(3')-Ⅰ、Aac(2″)-Ⅰ、qacE1-sull、Ⅰ类整合子及oprD基因,检出率分别为8.1%、6.4%、4.8%、9.7%、4.8%、14.5%、4.8%、56.5%,8.1%,8.1%,oprD基因缺失率为61.2%。52株铜绿假单胞菌检出耐药基因,形成19种耐药基因谱。多位点序列分型方法 将62株铜绿假单胞菌,分为39个ST型,5个克隆群,1个优势克隆群CC244,1个优势独特型ST856。结论 不同类型样本分离菌株携带耐药基因存在差异,部分病人分离株携带多种耐药基因。本研究铜绿假单胞菌具有遗传多样性,存在优势克隆群。     

致病性钩端螺旋体的多位点序列分型研究

目的 通过对致病性钩端螺旋体(简称钩体)多位点序列分型(MLST)分析,了解国内与全球致病性钩体种群结构及其分子进化.方法 应用16SrRNA基因测序和MLST分析方法对不同来源、不同时期国内钩体分离菌株与国际参考菌株进行分析,并与国内7株疫苗株结果平行比较,同时收集已公开的来自不同国家和不同时期1 238株致病性钩体...     

2017-2019年贵州省结核分枝杆菌多位点序列分析及与耐药的相关性

目的了解贵州省2017-2019年结核分枝杆菌分离株的等位基因型别特征及其与耐药的相关性,为贵州省结核病的防治提供科学依据。方法收集贵州省毕节市、安顺市、仁怀市和威宁县4个国家级结核病耐药监测点2017-2019年分离的52株结核分枝杆菌,采用基于7个管家基因位点(recX、rpsl、rmlC、rpmG1、mprA、gcvH、ideR)的MLSA技术进行ST分型。选用异烟肼(INH)、链霉素(SM)、乙胺丁醇(EMB)、利福平(RFP)、卡那霉素(KAM)和氧氟沙星(OFX)6种抗结核药物对52株结核分枝杆菌进行药敏试验,分析菌株耐药与ST型别的相关性。结果52株结核分枝杆菌经MLSA分为11个ST型,其中优势ST型为ST11型(占32.7%)、ST1(占23.1%)和ST5型(占15.4%)。药敏试验显示,52株结核分枝杆菌总耐药率为42.3%(22/52),其中单耐药率为15.4%(8/52),耐多药率为19.2%(10/52),多耐药率为3.8%(2/52)。基于7个管家基因位点的聚类分析和最小间距图分析结果显示,ST2、ST4和ST6型菌株全部为敏感菌株,ST7和ST8型菌株均为多耐药菌株,ST9型菌株均为耐多药菌株,其余ST型由耐药和敏感菌株构成。结论贵州省2017-2019年结核分枝杆菌以ST11、ST1和ST5型为主,ST型呈现多样性。菌株以单耐药和耐多药为主,ST型与耐药具有一定的相关性。     

中国汉赛巴尔通体分离株的多位点序列分型分析

目的 了解中国汉赛巴尔通体的遗传背景和流行的常见亚型。方法 对分离到的汉赛巴尔通体应用多位点序列分型方法（Multilocus sequence typing, MLST）,分析它们的分子流行病学特征和系统发育情况。结果 80株汉赛巴尔通体一共分为3个序列型（sequence type, ST）,其中ST1占90% (72/80),ST9占8.75% (7/80),另一个序列型为仅包含一株细菌的ST30;所有3个序列型均属于克隆群1 （clonal complex 1）。结论 与国外汉赛巴尔通体多位点序列分型结果相比,中国的序列型相对集中,说明中国汉赛巴尔通体的变异度和多样性较低,提示其进化相对缓慢。     

四川省鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及流行病学研究

目的 使用多位点可变数目串联重复序列分析方法对四川省鼠疫耶尔森菌进行基因分型研究,为四川省鼠疫防控提供科学依据.方法 选用14+12分级分型方案对四川省历年分离的132株鼠疫菌进行PCR扩增并计算重复拷贝数,通过Bio Numerics对各位点重复数进行聚类分析.结果 四川省青海田鼠鼠疫自然疫源地菌株可被分为5个群9个...     

海南地区类鼻疽伯克霍尔德菌的多位点序列分型

目的 研究海南省类鼻疽伯克霍尔德菌多位点序列类型(STs)多态性,了解该省与其他类鼻疽流行地区菌株间的遗传背景差异方法 选取7个管家基因位点ace、glt B、gmh D、lep A、lip A、nar K、ndh进行PCR扩增、测序,与MLST数据库中的等位基因序列进行比对,确定菌株的序列型结果 18株类鼻疽伯克霍尔德菌属于12个不同的STs,其中ST50有4株,检出率占22.2%,ST58、ST232、ST1094各检出2株,发现一株新STs命名为ST1676结论 海南省类鼻疽伯克霍尔德菌具有高度遗传多样性,gmhD是7个管家基因中变异最大的等位基因,表明gmhD突变可能是该地区菌株STs多样性的原因。     

多位点序列分型方法在嗜麦芽窄食单胞菌分子分型中的应用

目的建立多位点序列分型方法（Multilocus sequence typing,MLST）分析嗜麦芽窄食单胞菌。方法提取嗜麦芽窄食单胞菌基因组DNA,选择文献报道的7个嗜麦芽窄食单胞菌管家基因进行PCR扩增,将目的基因PCR产物测序,测序结果与标准序列比对后上传至数据库（http：／／pubmlst．org／smaltophilia／）,获得相应的7对管家基因组成的等位基因谱和序列分型编码（sequencetypes,STs）,应用MLST方法分析68株嗜麦芽窄食单胞菌ST型的流行病学意义。结果对68株嗜麦芽窄食单胞菌菌株通过多位点序列分型方法分析,所有菌株均为同一新的ST型（sT87）,该结果与现场流行病学的关系一致。结论MLST是一种方便、快速的分子生物学方法,实验室菌株资料可以比较,适用于嗜麦芽窄食单胞菌的进化关系、群体结构和长期的全球分子流行病学研究。     

多位点序列分型及其在寄生虫群体遗传结构分析中的应用

多位点序列分型技术 （Multilocus sequence typing,MLST） 具有分辨率、 敏感性及特异性高等优点。在寄生虫学 研究中, MLST通过扩增多个管家基因进行测序分析和对病原体进行群体遗传结构分析, 可为研究虫种进化等提供更多 的理论依据。本文就MLST技术的原理、 方法和结果分析及其在几种寄生虫遗传结构分析方面的应用进行综述。     

牦牛携带的产志贺毒素大肠杆菌分离株的多位点序列分型研究

目的 对牦牛携带的产志贺毒素大肠杆菌(Shiga toxin-producing Escherichia coli,STEC)进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)分析,了解菌株的遗传进化关系及致病潜力。方法 根据E. coli MLST数据库(http://mlst.ucc.ie/mlst/dbs/Ecoli)提供的MLST方案,对青海玉树牦牛中分离的54株STEC分离株的7个管家基因进行PCR扩增并测序,通过序列比对确定其等位基因及菌株序列型(Sequence type,ST),并使用BioNumerics软件构建最小生成树(Minimum spanning tree,MST),分析牦牛ST型与HUSEC及人源主要流行血清群STEC菌株ST型间的进化关系。结果 54株牦牛STEC菌株呈现高度遗传多态性,可分为31个ST型别,其中包括7个新的等位基因型和17个新的ST型,并存在与HUSEC及主要流行血清群STEC亲缘关系相同或相近的ST型别。结论 青藏高原牦牛携带的STEC具有遗传多样性及一定的特异性,部分菌株具有对人致病的潜力。     

多位点序列分型(MLST)在艾伯特埃希菌鉴定中的应用

目的探讨多位点序列分型技术在新病原艾伯特埃希菌发现与鉴定中的应用。方法采用MLST技术对生鲜肉中分离的30株疑似艾伯特埃希菌的7个管家基因进行PCR扩增、测序、DNAstar软件分析,核酸序列上传至大肠杆菌MLST数据库进行比对,确定其等位基因编号及基因序列型(ST型),并利用MEGA6.0软件Neighbor-joining法构建遗传进化树,与大肠埃希菌、志贺氏菌、艾伯特埃希菌和伤寒沙门氏菌参考菌株进行亲缘性分析。结果30株菌可分为7种新序列型(16株)和4种已知序列型(14株),N-J分析显示与艾伯特埃希菌参考菌株具有高度亲缘性,而与大肠埃希菌、志贺氏菌、弗格森埃希菌和鼠伤寒沙门氏菌存在较大差异。结论MLST在管家基因水平上准确地确定艾伯特埃希菌的种属关系,首次在国内发现艾伯特埃希菌的存在。     

中成药六味五灵片在肝病治疗中的研究进展

[摘要]?六味五灵片（Liuweiwuling tablets, LWWL）作为临床治疗慢性乙型肝炎氨基转移酶升高的一线用药，在保肝降酶方面疗效显著。近年来LWWL临床治疗疾病谱逐步扩展，在药物性肝损伤、非酒精性脂肪性肝病、酒精性肝病、病毒性肝炎、肝纤维化等肝病治疗/肝病病理恢复过程中均显示良好的药效。多项基础研究亦对LWWL在肝病方面的药理作用进行了评价，作用机制主要涉及多个免疫相关通路调控。本文将对LWWL在不同肝病的药理作用及机制、临床应用进展以及药效物质进行综述，从而为LWWL对肝脏疾病的临床治疗发挥更大作用提供证据。     

356例儿童与老年患者呼吸道感染流感嗜血杆菌耐药性对比研究

目的:了解儿童及老年患者呼吸道流感嗜血杆菌(Hi)感染现状及耐药性差异,为Hi感染的预防、诊断、治疗提供帮助。方法:对2011-06-2013-06门诊及住院呼吸道感染儿童及老年患者的呼吸道标本进行细菌培养、菌种鉴定、β-内酰胺酶检测、药敏试验,并对结果进行统计分析。结果:儿童患者Hi的分离率约9.6%,产酶率30.2%;老年患者Hi的的分离率约4.1%,产酶率18.5%。氨苄西林、左氧氟沙星、环丙沙星、氯霉素、复方磺胺甲噁唑的耐药率二者之间差异有统计学意义,对其他抗生素则差异无统计学意义。结论:Hi在儿童和老年呼吸道感染中占重要地位,儿童的感染率而及产酶率远高于老年患者,对氨苄西林的耐药儿童高于老年患者,左氧氟沙星、环丙沙星、氯霉素、复方磺胺甲噁唑的耐药老年患者高于儿童,应根据药敏结果,合理选用抗生素。     

利用MLST技术对浙江省大肠杆菌O157的分子流行病学研究

目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型（Multilocus SequenceTyping,MLST）方案,对大肠杆菌O157分离株及882364菌株进行MLST分型,确定菌株序列型（Sequence type,ST）;采用DNAsp、eBURST、START2等软件进行分析。结果 30株菌中,27株O157∶H7菌株具备相同序列型（ST-284）,占90%（27/30）,其他3株菌序列型分别为ST-367、ST-125、ST-296。8个管家基因核苷酸多态性（Pi）范围为0.00119（polB）～0.00648（uidA）,putP基因多态性位点比例最高（4.6%）,trpA基因多态性位点比例最低（0.4%）。进化分析结果显示,这些序列型分别属于Group 1及Group 11群。结论浙江省动物源性大肠杆菌O157∶H7的主要序列型为ST-284,与江苏省病人株882364（ST-296）具有同一个进化祖先,提示应加强浙江省大肠杆菌O157病原学监测。     

4株狂犬病街毒的分离及其核蛋白和糖蛋白序列分析

目的以4株狂犬病街毒分离株及我国南北方不同地区狂犬病病毒街毒为研究对象,通过其核蛋白及糖蛋白基因的同源性及进化分析,比较我国狂犬病流行毒株与人用及兽用狂犬病疫苗株间的基因及抗原性差异,为相关疫苗的研究奠定理论基础。方法以直接免疫荧光法(DFA)检测疑似狂犬病的犬脑标本,以乳鼠颅内接种法(MIT)和细胞培养分离技术(CIT)分离狂犬病病毒,并进行TCID50和LD50测定;以RT-PCR法扩增其核蛋白(N)和糖蛋白(G)基因,克隆入T载体并测序后,下载GenBank内已有的狂犬病病毒数据资源,以(Clustal和MEGA3软件)进行基因同源性比对及系统发生分析。结果从广东、河北两省分离到狂犬病病毒街毒4株,分别命名为GN07、WJ07-1、WJ07-2、GC07;序列分析表明4株狂犬病病毒均为基因1型,其N基因与G基因核苷酸的同源性分别为89.5%~99.9%和87.9%~99.9%,其中GN07与WJ07-1、WJ07-2、GC07的同源性较低。与己知的基因1型狂犬病毒相比,WJ07-1、WJ07-2、GC07与湖南、湖北、云南、浙江等地分离株及印度尼西亚分离株核苷酸同源性最高,分别为97.8%~99.4%和92.2%;GN07与CTN疫苗株核苷酸同源性最高,为94.5%。系统发育分析表明,4株病毒与CTN疫苗株同源性较高,与人用狂犬病疫苗3aG、PV株及兽用狂犬病疫苗ERA株和Flury疫苗株的同源性相对较远。适应细胞培养后,四株街毒的LD50和TCID50最高者为GN07,而WJ07-1较低,差别较大。结论4株狂犬病分离株与我国南北方不同地区狂犬病流行毒株的基因和氨基酸序列存在一定差异,在进化关系上分属于不同的分支。     

福建省甲型H1N1流感病毒分离及首例分离株全基因组序列分析

目的分离甲型HIN1流感病毒,分析福建省首例病毒分离株全基因组序列和遗传特征,为研究病毒进化、致病性、流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞和Real—time PCR法进行病毒分离、鉴定;提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其8个基因片段,测定核苷酸序列,利用生物信息软件拼接全基因组序列;分析重要基因位点,利用GENBANK中相关序列对首例病毒分离株A／Fujian／01／2009（H1N1）进行基因进化树分析。结果从82例甲型H1N1流感确诊病例标本中分离出50株甲型H1N1流感病毒,第一代分离阳性率60．98％。在福建省首次获得甲型H1N1流感病毒株及全基因组序列。基因组序列分析证明：该毒株与2009年大流行株高度同源,其基因组存在四源重组现象;氨基酸位点分析其对达菲药物敏感,对金刚烷胺类药物耐药;相对于猪流感代表株A／Swine／Iowa／15／1930（HIN1）存在6个HA抗原决定簇位点变异。结论MD—CK细胞对甲型H1N1流感病毒具有较高敏感性;福建省首例甲型H1N1流感病例分离病毒株与北美流行株高度同源;相对于以往古典型猪流感代表株出现了HA蛋白抗原性漂移;为今后进一步开展甲型H1N1流感病毒分子生物学研究奠定基础。     

登革4型病毒深圳分离株E基因序列测定及其系统发生分析

目的对深圳市2005年从登革热患者急性期血液中分离到的1株登革病毒进行型别鉴定,从分子水平分析分离株的生物学特征,追踪其可能的地域来源。方法用C6/36细胞培养增殖病毒株SZ0524,收集病毒液。用逆转录-半套式PCR(RT-semi-nested-PCR)方法和荧光PCR方法对其进行型别鉴定。扩增病毒E基因后进行序列测定,并与不同国家和地区的登革病毒株进行同源性比较和进化树分析。结果深圳市登革病毒分离株用4型特异性引物扩增出392bp的特异性条带,荧光PCR进一步证实了分离的病毒株为登革4型病毒。SZ0524与登革病毒4型国际标准株H241株在E基因上核苷酸同源性为99.7%,而与登革病毒1、2、3型国际标准株HAWAII、NGC、H87同源性分别为57.0%、59.2%和56.2%。基因进化树显示SZ0524株与D4-73NIID株和D4-61NIID株亲缘关系最近,其次为H241,在进化树的同一分支上,属基因Ⅰ亚型。结论从分子水平证明从深圳市登革热患者血清中分离到的毒株确为DEN-4型病毒。结合流行病学调查资料,证实此病例为输入性感染病例,该毒株最有可能来源于东南亚一带。     

Ⅱ型猪链球菌浙江分离株cps2J、ef、mrp基因的克隆及序列分析

目的阐明浙江省猪链球菌分离株的血清型分型,分析其与国内外其他猪链球菌Ⅱ型（SS2）菌株 cps2J、ef、mrp毒力基因的差异。方法参照GenBank上已发表的cps2J、ef、mrp毒力基因序列,设计引物 ,对6株浙江省猪链球菌分离株进行cps2J、ef、mrp全基因克隆及序列测定,并与国内外其他分离株的基 因序列进行比较。结果cps2J、ef、mrp基因的完整开放阅读框（ORF）分别为999bp、2532bp、3771bp,各 自编码333、843、1256个氨基酸。经对cps2J、ef、mrp毒力基因的序列比较与系统进化分析,6株浙江分 离株均分布在SS2发生群中,与国内外其他SS2菌株cps2J、ef、mrp基因核苷酸的同源性均较高,分别为 98.39%～100.0%、99.6%～100.0%和99.4%～100.0%,分离的年代和地区对基因的同源性和系统进化分支影 响不大。结论6株浙江省猪链球菌分离株为2型菌株,cps2J、ef、mrp基因序列非常保守,与GenBank上国 内及欧洲SS2菌株中相应序列有很高的同源性,可能有着相同的起源。     

建国后首次登革热暴发分离的2株登革4型病毒prM和E基因序列测定及其系统发生分析

目的对建国后1978年广东佛山首次暴发登革热流行时从患者急性期血液中分离到的两株登革4型病毒（78-42、78—56）进行其分子特征研究并了解其可能来源。方法用Vero细胞培养1978年分离自广东佛山登革热病人的78—42、78—56两病毒株，RNA抽提后RT-PCR法扩增prM、E区基因，克隆至pGEM-TEasy载体后测序；利用DNASTAR软件预测其氨基酸序列并与其他国内外登革4型病毒株序列比较；运用CLUSTALX1．83和MEGA3．1软件绘制系统发生树。结果78—42、78—56两株高度同源，prM、E基因序列和氯基酸序列与其他登革4型病毒同源性很高并证实为登革4型毒株，与印度尼酉亚和马来西亚分离株同属基因ⅡA亚型，核苷酸同源性与印尼ID1973株最高。结论78-42、78—56两新分离病毒株为建国后首次分离到的登革4型毒株，其来源最可能来自印度尼西亚。