云南省陇川县HIV—1流行毒株膜蛋白基因C2—V3区序列测定…

使用ＰＣＲ对２１份采集于１９９５年中的云南陇川县ＨＩＶ－１阳性静脉吸毒者外周血单个核细胞（ＰＢＭＣｓ）样品进行扩增，从１７份样品中获得了ＨＩＶ－１膜蛋白（ｅｎｖ）基因的核酸片段，并对其Ｃ２－Ｖ３及邻区４５０个核苷酸序列进行了测定和分析。研究结果表明，１７份陇川样品中存在Ｂ和Ｃ两种亚型的ＨＩＶ－１毒株序列，各亚型内的基因离散率分别为４．７％和３．３％。与Ａ￣Ｅ参考亚型及部位Ｂ和Ｃ亚型代表株序列相比较     

鼻咽癌细胞株SUNE1中EB病毒LMP1全基因克隆及部分？…

目的 研究广东地区鼻咽癌（ＮＰＣ）细胞株ＳＵＮＥ１中ＥＢ病毒ＬＭＰ１基因的结构特征。方法 利用聚合酶链反应从ＳＵＮＥ１细胞基因组中扩增ＬＭＰ１全长ＤＮＡ,并克隆到ｐｃＤＮＡ３载体中,采用Ｓａｎｇｅｒ双脱氧末端终止法测定ＳＵＮＥ－ＬＭＰ１ ３个外显子及２个内含子覆盖的序列,并与病毒原型Ｂ９５－８－ＬＭＰ１进行比较分析。结果 克隆到ｐｃＤＮＡ３中的ＳＵＮＥ１－ＬＭＰ１全基因长度为２．６ｋｂ,测序长度为     

登革2型病毒04株5‘和3’末端的序列分析

目的 观察登革２型病毒０４株（Ｄ２－０４）基因组５’和３’末端序列。方法 从Ｄ２－０４感染的Ｃ６／３６细胞中提取总ＲＮＡ,以该ＲＮＡ为模板,利用ＲＡＣＥ法,分别扩增Ｄ２－０４株的５’和３’末端ｃＤＮＡ片段。将其分别与ｐＧＥＭ－Ｔ载体连接得到含有５’端５３５ｂｐ和３’端５０３ｂｐ ｃＤＮＡ的重组质粒,并测定上述ｃＤＮＡ插入片段的序列。将Ｄ２－０４的５’和３’端非编码区的核苷酸序列与其它登芏２型毒株进     

鼻咽癌细胞株SUNE1中EB病毒LMP1全基因克隆及部分序列的测定

目的　研究广东地区鼻咽癌（ＮＰＣ） 细胞株ＳＵＮＥ１ 中ＥＢ病毒ＬＭＰ１ 基因的结构特征。方法　利用聚合酶链反应从ＳＵＮＥ１ 细胞基因组中扩增ＬＭＰ１ 全长ＤＮＡ,并克隆到ｐｃＤＮＡ３ 载体中,采用Ｓａｎｇｅｒ 双脱氧末端终止法测定ＳＵＮＥ１ＬＭＰ１ ３ 个外显子及２ 个内含子覆盖的序列,并与病毒原型Ｂ９５８ＬＭＰ１ 进行比较分析。结果　克隆到ｐｃＤＮＡ３ 中的ＳＵＮＥ１ＬＭＰ１ 全基因长度为２－６ ｋｂ,测序长度为１３１２ ｂｐ,与Ｂ９５８ＬＭＰ１ 比较,核苷酸与氨基酸的同源性分别为９８－５ ％ 和９６ ％ ,核苷酸及氨基酸变异主要在第３ 外显子,但无Ｃ端３４３～３５２ 密码子３０ 个碱基的缺失,第１ 外显子上有ＸｈｏⅠ酶切位点的丢失。结论　广东地区ＮＰＣ细胞株ＳＵＮＥ１ 中,病毒ＬＭＰ１ 基因与原型株之间尽管致瘤性存在差异,但仍具有较高的同源性。提示ＮＰＣ细胞中ＬＭＰ１ 的致瘤特征可能并非由于ＬＭＰ１ 基因某些特定核苷酸突变所致     

甲1(H1N1)亚型流感病毒相变异分子生物学基础的研究

目的 阐明甲１（Ｈ１Ｎ１）亚型株相变异的分子生物学基础。方法 病毒ＲＮＡ经逆转录合成ｃＤＮＡ,利用聚合酶链反应（ＰＣＲ）进行扩增,产物纯化,采用双脱链末端终止法进行核苷酸序列测定,最后用ＤＮＡ ＳＴＡＲ公司出口的分析软件ＭｅｇＡｌｉｎｇ（１．０３版）和Ｅｄｉｔｓｅｑ（３．６９版０对核苷酸序列进行分析。结果 见不到“Ｏ”、“Ｄ”相毒株ＨＡ１蛋白分子间有特殊氨基酸的差异。但１９９５年前后毒株在－２,－     

A／鹅／广东／2／96（H5N1）流感毒株7和8RNA节段核苷酸？…

目的 弄清Ａ／鹅／广东／２／９６（Ｈ５Ｎ１）毒株ＲＮＡ７和８核苷酸全序列及它们与Ａ／ＨＫ／１５６／９７（Ｈ５Ｎ１）毒株ＲＮＡ７和８之间的内胡关系,并为今后流感病毒Ｍ和ＮＳ基因研究打下基础。方法 病毒粒ＲＮＡ经逆转录合成ｃＤＮＡ,经聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增,产物纯化,采用双脱氧链末端终止法进行核苷酸序列测定。     

我国急性散发性戊型肝炎病毒部分核苷酸序列分析

用逆转录套式聚合酶链反应（ＲＴ－ｎＰＣＲ）自深圳、长春、杭州等地４１份急性散发性戊型肝炎病人血清中获得２８株ＨＥＶｃＤＮＡ，对其中３株ＨＥＶｃＤＮＡ的ＯＲＦ２基因片段，用荧光法直接测定其核苷酸序列，并与戊型肝炎病毒墨西哥株（Ｍ）、缅甸株（Ｂ）和新疆流行株（ＣＨ１·１）进行了比较，结果该３株散发性ＨＥＶ与Ｍ株的核苷酸序列同源性分别为８０．２％、７９．９％和７９．４％；与Ｂ流行株的同源性为９５．５％、９３．９％和９５．１％；与散发株的同源性为９３．４％、９２．３％和９３．８％；与ＣＨ１·１的同源性为９７．０％、９６．５％和９５．９；表明该３株散发性ＨＥＶ与ＨＥＶ（Ｂ）和ＣＨ１·１的核酸序列同源性较高，可能属同一亚型。     

丙型肝炎病毒1b型NS5 A区基因结构变异与α干扰？…

目的 观察丙型肝炎患者丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）１ｂ型基因组部分ＮＳ５ Ａ区核苷酸,氨基酸的变异情况并探讨其与α干扰素疗效的相关性。方法 患者干扰素治疗前,中,后留血标本,用聚合酶链反应（ＰＣＲ）扩增ＨＣＶ病毒ＮＳ５ Ａ区部分基因片段并用直接测序法测序。与ＨＣＶ－Ｊ株及ＨＣＶ－河北株（ＨＣＶ－ＨＢ）比较核苷酸及氨基酸序列的同源性,根据α干扰素疗效分析ＨＣＶ１ｂ是否存在干扰素敏感决定区。     

鹅流感病毒2/96-H5N1亚型毒株RNA1-3及RNA5节段核苷酸全序测定

目的　明确广东鹅流感病毒２９６Ｈ５ Ｎ１ 亚型毒株ＲＮＡ１３ 和ＲＮＡ５ 节段核苷酸全序列及其所编码蛋白的氨基酸序列,以及这些基因节段与香港禽流感病毒１５６９７Ｈ５ Ｎ１ 亚型毒株相应节段间的关系。方法　病毒粒ＲＮＡ经逆转录合成ｃＤＮＡ,经聚合酶链反应（ＰＣＲ） 扩增,产物纯化,采用双脱氧链末端终止法进行核苷酸序列测定。结果　广东鹅流感病毒２９６Ｈ５ Ｎ１ 亚型毒株ＲＮＡ１３ 和ＲＮＡ５ 节段长度分别为２３４１,２ ３４１ ,２ ２３３ 和１５６５ 个核苷酸。它们分别编码ＰＢ２（ 含７５９ 个氨基酸）,ＰＢ１（ 含７５７个氨基酸） ,ＰＡ（ 含７１６ 个氨基酸） 和ＮＰ蛋白（ 含４９８ 个核苷酸） 。这些蛋白与香港禽流感病毒１５６９７Ｈ５ Ｎ１ 亚型毒株相应蛋白氨基酸序列的同源性分别为９６－４％ ,９７－２％ ,９７－３ ％ 和９７－０％ 。结论　本毒株ＲＮＡ１３ 和ＲＮＡ５ 节段长度分别为２ ３４１,２ ３４１,２ ２３３ 和１ ５６５ 个核苷酸,它们与香港１５６９７Ｈ５ Ｎ１ 亚型毒株间存在着差异     

广州地区散发性戊型肝炎病毒基因片段序列分析

目的对广州地区散发性戊型肝炎病毒（ＨＥＶ）作基因片段序列分析。方法用逆转录套式聚合酶链反应（ＲＴ－ｎｅｓｔｅｄＰＣＲ）检测了８例广州地区散发性戊肝患者粪便和血清中的ＨＥＶＲＮＡ，其中３例粪便阳性。对阳性ＰＣＲ产物进行基因克隆、核酸序列分析。结果广州地区Ｇ１、Ｇ２、Ｇ３株与缅甸株（Ｂ）、巴基斯坦株（Ｐ）、墨西哥株（Ｍ）、中国新疆株（Ｃｈ１．１）和广州血清株（Ｇ－９）的核苷酸和氨基酸的同源性均值分别为８０．６７％和８８．６０％（Ｂ）、８１．２５％和８９．２０％（Ｐ）、７７．４５％和８４．８１％（Ｍ）、８１．２５％和８９．２０％（Ｃ）、９７．８５％和９６．２０％（Ｇ）。结论广州ＨＥＶ株有一定程度的变异。     

海南岛两株甲病毒基因组3′末端核苷酸序列的克隆与分析

目的　从分子水平鉴定海南省分离的两株甲病毒 (HBb17和M1病毒 )。方法　采用RT-PCR方法 ,分别扩增两株病毒基因组的 3′末端核苷酸序列 ,扩增产物经亚克隆 ,筛选重组子并测定核苷酸序列对序列进行分析。结果　HBb17和M1病毒分别扩增出约 1 6kb和 1 3kb的特异片段。序列分析表明 ,在 3′末端非翻译区HBb17病毒与罗斯河病毒 (国际标准株T48病毒 )核苷酸同源性为99 % ,M1病毒与鹭山病毒 (SAG)同源性为 98% ;两病毒结构基因的E1区序列 ,HBb17病毒与罗斯河病毒核苷酸 (氨基酸 )同源性为 99% (99% ) ,M1病毒与鹭山病毒核苷酸 (氨基酸 )同源性为 97% (99% ) ,M1病毒与盖塔病毒同源性为 94% (98% )。结论　序列分析表明 ,海南岛分离的HBb17病毒属于罗斯河病毒 ,M1病毒可能是鹭山病毒或盖塔病毒的变异株     

贵州地区不同人群TTV核酸检测及部分核苷酸序列分析

目的 了解贵州地区TTV感染状况，分析TTV贵州株的基因特点。方法 以公布的TTV第1读码区序列设计两对寡核苷酸引物，用套式聚合酶链反应法(nested—PCR)检测贵州地区不同人群血清中TTV核酸(TTV DNA)，并对3份TTV DNA阳性血清的PcR产物，用直接测序法测定核苷酸序列。结果 62例正常人，37例志愿献血员，50例血液透析患者，107例静脉药瘾者及139例肝病患者血清中TTV DNA阳性率分别为6．45％(4／62)，8．1％(3／37)，26.0％(13／50)，25.23％(27／107)和16.55％(23／139)。在肝病组中，重型肝炎、肝硬化、肝癌患者的TTV DNA阳性率分别为35.71％(5／14)，14．15％(15／106)和15．79(3／19)。测定的282个核苷酸中，3株贵州株的同源性均高于99％，与日本株N22相比，同源性都为98％。结论 贵州存在TTV感染，血透患者中有较高的TTV感染率，TTV可能是重型肝炎的病原因子，3株贵州株可能为同一基因型。     

7株TT病毒部分核苷酸及氨基酸序列分析

目的 了解TT病毒（Transfusion transmitted virus,TTV）在我国的流行情况,研究我国TTV株序列特点。方法 采用半巢式聚合酶链反应（PCR）扩增TTVDNA,PCR阳性扩增产物直接测序。结果 我国7例TTVDNA株部分序列与日本株相比,核苷酸及氨基酸同源性分别为64．7％－98．4％及62．7％－96．4％;7株间的核苷酸及氨基酸同源性分别为63．5％－98．4％及60．2％－96．4％,分别属于两种型及其中一型中的两种亚型。结论 我国存在TTV并可能存在多种TTV基因型。     

我国首次分离巴泰病毒的分子生物学鉴定

目的对从云南蚊虫中分离的YN924病毒进行分子生物学鉴定,从分子生物学水平明确其分类地位。方法扩增YN924病毒的S片段并测序,通过ClustalX(1.8)、Phylip、Treeview(3.2)软件对S片段的序列进行分析,并构建种系发生树;对S片段编码产物N蛋白及NSs蛋白的氨基酸顺序进行分析。结果用两对引物均可从YN924病毒扩增出产物,序列分析发现S片段与巴泰病毒(X73464)的同源性最高,为96.4%;N蛋白、NSs蛋白的氨基酸顺序与巴泰病毒的同源性分别为99.1%和98%。结论从云南分离的YN924病毒属于巴泰病毒,我国首次对该病毒进行分子生物学鉴定。     

浙江东方田鼠分离汉坦病毒株S基因的克隆和序列分析

目的对国内首次从东方田鼠分离到的汉坦病毒（HV）ZT10S基因克隆进行序列分析。方法参考GenBank发表的汉坦病毒核蛋白基因序列，设计合成一对引物，提取分离株ZT10细胞培养物的总RNA，对ZT10S基因进行RT-PCR扩增，产物经琼脂糖电泳分析，呈现一条约1．7kb的条带，回收纯化后，将其克隆至pGEM．T载体中，然后进行核苷酸序列的测定及分析。结果与4株SEO型病毒（SR-11、R22、Gu03、8610）核苷酸和氨基酸同源性分别为87．9％～96．0％和96．9％～97．9％，与HTN型病毒株76-118的核苷酸和氨基酸同源性分别为71．3％和81．9％，与其他型汉坦病毒的同源性均很低，表明此分离株ZT10为SEO型汉坦病毒。结论为进一步研究其进化和变异提供了有利条件，也为生产SEO型汉坦病毒特异性核蛋白抗原，免疫血清学诊断试剂的制备和分子生物学研究奠定了基础。     

Genetic stability of Ross River virus during epidemic spread in nonimmune humans

We have examined the rate of evolution of Ross River virus, a mosquito-borne RNA virus, during epidemic spread through tens of thousands of nonimmune humans over a period of 10 months. Two regions of the Ross River virus genome were sequenced: the E2 gene (1.2 kb in length), which encodes the major neutralization determinant of the virus, and 0.4 kb of the 3'-untranslated region. In the E2 gene, a single nucleotide change was selected which led to a predicted amino acid change at residue 219. No changes were selected in the 3'-untranslated region. By comparison with rates of evolution reported for non-arthropod-borne RNA viruses, the rate for Ross River virus is surprisingly low. We identify three features of the Ross River virus replication and transmission cycle which may limit the rate of evolution of arthropod-borne viruses in the field.     

Ross River virus 26 s RNA: complete nucleotide sequence and deduced sequence of the encoded structural proteins

The complete sequence of the 26 S RNA of Ross River virus (T48 strain) has been obtained and from this the amino acid sequences of the encoded structural proteins have been deduced. These include a basic capsid protein and two envelope glycoproteins. The nucleotide sequence was obtained by chemical sequence analysis of both single-stranded and double-stranded cDNA made to RNA and the sequence data so obtained was rapidly aligned by making use of the protein homology found among the alphaviruses. The polyprotein precursor encoded by the 26 S RNA of Ross River virus is 75% homologous to that of Semliki Forest virus and 48% homologous to that of Sindbis virus. The extent of homology is not uniform within a protein or between proteins and this is discussed with respect to the possible function of the various polypeptide domains in the virus life cycle. In each case the putative attachment site of the amino proximal carbohydrate chains of the three glycoproteins is conserved, whereas the attachment site of a second chain, if present, is not conserved. The 3'-untranslated region of Ross River virus RNA is 524 nucleotides long. It contains a sequence of about 50 nucleotides in length which is present in four copies but which is not shared with other alphaviruses examined.     

广东省登革病毒的分子流行病学研究

目的 通过对广东省90年代以来流行的登革病毒分子流行病学研究,初步了解我国毒株的可能来源,方法 采用RT－PCR方法扩增广东省不同年份分离的登革病毒（DEN）1型和2型NS1部分基因片段,然后进行克隆测序,测序后的基因片段与国际上已知的多个DEN1和DEN2相应的序列进行比较,并以核苷酸的差异在6％以上作为基因亚型分型的标准。结果 ①广州1991年分离的DEN1（GD03／91）与潮洲995年分离的DEN1（GD23／95）同源性很高,为97％,属同一基因亚型,而两者与从潮洲997年分离的DEN1（GD14／97）同源性均为93％,分属不同的基因亚型。基因系统树分析提示：GD03／91和GD23／95可能来自东南亚或瑙鲁等地,GD14／97可能来自新加坡。②佛山19934昕分离的DEN2（GD06／93）和南海市1998年分离的DEN2（GD01／98）同源性为93％,分属不同的基因亚型。基因系统树分析提示：GD01／98与泰国流行株ThNH-P28/93株共享序列非常接近,核苷酸同源性为98%,氨基酸同源性为100％,因此推测GD01／98可能来源于泰国。结论 广东省90年代以来流行的登革热来源于不同的传染源。     

中国人4型登革病毒E基因部分片段的cDNA克隆与序列分析

１９９３年１０月广东省发生登革热的流行，我们从其中一个病人血清中扩增到４型登革病毒（ＤＶ４）包膜蛋白基因（Ｅ）的部分ｃＤＮＡ片段，对其进行了分子克隆及序列测定。ＤＶＲＮＡ经随机引物逆转录后用ＤＶ４特异的引物扩增，获得４２１ｂｐ的产物，补齐和提纯后插入ｐＵＣ１８和ｐＵＣ１９质粒载体，采用双脱氧链末端终止法测定核苷酸序列，与同型ＤＶ代表株比较，同源性达到９３７２％，与不同型ＤＶ的同源性介乎６１２６％～６４４０％，而与同属的乙型脑炎病毒比较，同源性只有４０３１％。比较推导的氨基酸序列后发现一个含有１２个氨基酸的保守区，可能是黄病毒属中具有重要生物学功能的部位。