H10N8禽流感病毒血凝素中和抗体的结合位点鉴定

目的制备并筛选H10N8型禽流感病毒血凝素蛋白的中和抗体,并对其抗原结合位点进行鉴定。方法采用基因工程技术制备H10N8血凝素蛋白单克隆抗体,通过假病毒微量中和实验筛选中和抗体,ELISA和Western blot实验确定抗体结合血凝素蛋白的区域,Discovery Studio 3.5模拟与对接分析软件预测抗原结合位点,进而研究其在H10亚型内的保守性。结果获得1株具有假病毒中和活性的H10N8单克隆抗体,该抗体的结合表位在HA1上,且具有H10亚型内的保守性。结论成功制备1株中和抗体,为H10N8禽流感疫苗和单克隆药物的研究提供了基础。     

不同来源H9N2亚型禽流感病毒血凝素蛋白生物学分析

目的对不同来源的H9N2亚型禽流感病毒血凝素蛋白进行生物信息学比较分析,以找出重要的生物信息学数据。方法从Genebank的基因数据库中获取18株H9N2亚型禽流感病毒H9血凝素蛋白的核苷酸和氨基酸序列,运用Clustal X,Bioedit等国际通用软件进行氨基酸和核苷酸的序列比对,计算核苷酸及氨基酸的同源性。在线软件Antheprot分析二级结构。结果 H9型血凝素蛋白编码框架长约1683bp,编码含560个氨基酸的多肽。18株H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因同源率为90.6%~99.8%,血凝素蛋白的氨基酸同源率为93.0%~99.4%,多肽序列中有84个变异位点,变异率为15.03%。血凝素蛋白A1和A2裂解序列为位于aa333-aa341的PSRSSR↓GLF序列;其中1株出现A334T变异,另一株则出现R335G变异。H9血凝素蛋白富含潜在α螺旋(25%~27%),β折叠(29%~32%),β转角(25%~27%)及无规则卷曲(17%~19%)等结构;H9型血凝素蛋白受体结合位点是由R100、W161、T163、N191、198(A/V/T)、L202、Y203位氨基酸残基折叠构成。结论 H9N2亚型禽流感病毒血凝素蛋白重要功能结构域的序列和空间结构相对保守稳定。     

CD14的B细胞抗原表位预测

目的预测人CD14抗原的B细胞表位。方法采用生物信息软件和互联网服务器，预测CD14的二级结构，分析CD14表面特性（亲水性、可塑性、可及性和抗原性），再计算平均抗原指数（AI）预测CD14的B细胞抗原表位。结果CD14存在多个潜在的抗原表位，257-271序列（shnslratvnpsapr）的AI（0.04413）明显高于其它序列，305-321序列（sc-nrlnrapqpdelpev）、19-34序列（ttpepcelddedfrc）和115-134序列（ysrlkeltledlkitgtmpp）的AI分别是0.03682、0.03256和0.03025。结论257-271序列（shnslratvnpsapr）是CD14的B细胞优势抗原表位，可用于制备CD14的特异性抗体。     

猪流行性腹泻病毒M蛋白B细胞表位预测分析

目的分析TGEV M蛋白的B细胞表位,为试验确定TGEV M蛋白的B细胞表位和开发TGEV重组亚单位疫苗研究奠定基础 方法以TGEV M蛋白氨基酸序列为基础,分别采用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测M蛋白的二级结构,以及利用在线TMHMM Server v2.0软件分析M蛋白的跨膜区 之后,分别按Kyte-Doolittle,Emini和Jameson-Wolf方案预测TGEV M蛋白的B细胞表位 结果预测结果表明,在TGEV M蛋白N端共同α-螺旋区段为4个 共同的β-折叠区段分别为13个 共同的转角区域分别为7个 柔性区域为12个 M蛋跨膜区3个 结论TGEV M蛋白N端第19～43、103～109、138～155、198～205、220～228和237～257区段内或附近很可能是B细胞表位优势区城。     

脂多糖结合蛋白的B细胞抗原表位预测及其效应初步分析

目的 预测人脂多糖结合蛋白(LBP)的B细胞抗原表位.方法 采用生物信息软件和互联网服务器,预测LBP的二级结构和分析LBP表面特性(亲水性、可塑性、可及性和抗原性),再计算平均抗原指数(AI),预测LBP的B细胞抗原表位.结果 LBP存在多个潜在的抗原表位,247～260序列(FKGEIFHRNHRSPV)的AI(0.040 7)明显高于其他片段,370～379序列(LPSSSKEPVF)和303～325序列(ITDDMIPPDSNIRLTTKSFRPFV)的AI分别是0.033 6和0.029 5.247～260序列是LBP潜在的B细胞优势抗原表位.结论 应用多参数预测到LBP的B细胞抗原表位.     

SARS病毒S蛋白的B细胞表位预测

目的预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位.方法基于SARS 蛋白基因组序列,采用Kyte-Doolittle的亲水性方案,Emini方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅以对S蛋白的二级结构中的柔性区域的分析,预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位.结果推测最有可能的B细胞表位位于S蛋白N端第91～98区段、第1 121～1 153区段和第185～193区段内或它们的附近.其它,如S蛋白N端第1 050～1 059、752～765、41～50、666～674、264～287、340～348、408～416区段和第424～439区段内或附近也可能存在B细胞表位.结论用多参数预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位,为分子免疫学的深入研究提供线索.     

应用因特网对SARS病毒M蛋白B细胞抗原表位的预测

目的：预测SARS冠状病毒M蛋白的B细胞表位。方法：采用EMBOSS软件结合Hopp＆woods亲水性参数、Janin可及性参数、极性参数、柔韧性参数及二级结构方案对SARS冠状病毒M蛋白的B细胞表位进行了预测，并用吴玉章等已建立的B细胞表位预测方法进行评述。结果：SARS冠状病毒M蛋白B细胞识别的表位可能位于第3～13和153～166位氮基酸等区域内或附近，这2个被预测的表位均含有β—转角和无规卷曲结构。结论：该研究对应用合成肽抗原进行SARS早期诊断研究及相关抗体的制备具有重要指导意义。     

禽冠状病毒M蛋白B细胞抗原表位的预测

目的预测禽冠状病毒(IBV)M蛋白B细胞抗原表位。方法采用SOPMA软件预测IBV M蛋白的二级结构,采用SOSUI软件预测M蛋白的跨膜区,应用Hopp&Woods方案、Janin方案、Zimmerman方案预测IBV M蛋白B细胞表位抗原。结果IBV M蛋白二级结构主要包括α-螺旋和无规卷曲,含量分别为32.89%、31.11%;M蛋白具有3个跨膜区,位于18~40、48~70、77~99位氨基酸;B细胞识别的表位可能位于第186-196位氨基酸区域内或附近,预测的表位均含有β-转角和无规卷曲结构。结论IBVM蛋白的二级结构和抗原表位比较稳定,可利用地方毒株的M蛋白制备基因工程疫苗和单克隆抗体,应用于该病的诊断和防治。     

乙型肝炎病毒e抗原的B细胞表位预测

[目的]预测乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)的B细胞表位.[方法]用Lasergene软件包中的Protean软件和吴玉章的氨基酸抗原指数预测法对HBeAg的氨基酸序列进行分析,预测其B细胞表位.[结果]推测最有可能的B细胞表位位于HBeAg N-端第50～63、85～94区段和第137～146区段内或它们的附近,其他区段如HBeAg N-端第12～18、24～32、37～43、118～124区段和第150～157区段内或它们的附近也可能存在B细胞表位.[结论]用多种方法预测HBeAg的B细胞表位.为制备更好的HBV感染者血清学检测相关诊断用品的研究提供线索.     

1例人感染H10N8禽流感重症患者的护理

<正>H₁₀N₈由不同毒株经过基因重排而产生,是一种新型的禽流感病毒类型,容易感染哺乳动物^[1]。2014年1月25日,江西省南昌市疾病预防控制中心发现1例重症肺炎疑似禽流感病例,经中国疾病预防控制中心进一步检测及国家卫生计生委组织专家会诊,确诊为人感染H₁₀N₈禽流感病例,为全球第二例、江西省成功治愈的首例病例。现将其护理体会报告如下。1临床资料患者,女,56岁,因咳嗽咳痰12d,高热6d,呼吸 更多还原     

新型甲型H7N9流感病毒血凝素基因进化分析

目的探讨2013年4月流行的新型甲型H7N9禽流感病毒的表面蛋白血凝素(HA)基因的进化,以及氨基酸的变异情况。方法从美国国家生物技术信息中心(NCBI)和全球禽流感基因共享数据库(GISAID)中下载H7N9流感病毒以及有代表性的H7N2、H7N3、H7N7亚型流感病毒的HA基因序列,运用Molecular Evolutionary Genetics Analysis(MEGA)version 5.05软件进行序列分析,用邻接法构建基因进化树;通过氨基酸序列分析HA蛋白受体结合位点、糖基化位点和裂解位点的变化。结果 2013年新型甲型H7N9流感病毒与2011年浙江禽类H7N3流感病毒株(JQ906573.1)的相似性达到95.3%～95.6%;受体结合位点氨基酸发生变异,为Q226L,5个糖基化位点高度保守;HA裂解位点位于aa339和aa340之间,仅有1个碱性氨基酸:R。结论 2013年新型甲型H7N9流感病毒HA基因是由中国禽类H7亚型进化而来,Q226L变异导致的受体结合位点的变化可能是新型流感病毒具有人感染性的原因。     

Human immunogenic T cell epitopes in nucleoprotein of human influenza A (H5N1) virus

1. Two novel HLA-A2.1 specific H5N1 nucleoprotein epitopes(NP373-381 AMDSNTLEL and NP458-466 FQGRGVFEL) capable of activating cytotoxic T-cells in vitro were identified. 2. When the H5N1 nucleoprotein epitopes (NP373-381AMDSNTLEL and NP458-466FQGRGVFEL) were used with the single chain trimer system, they elicited effective cytotoxic T-cell responses against the corresponding nucleoprotein peptide-loaded cells in an HHD transgenic mouse model.     

A broadly neutralizing human monoclonal antibody against the hemagglutinin of avian influenza virus H7N9

Background: The new emerging avian influenza A H7N9 virus, causing severe human infection with a mortality rate of around 41%. This study aims to provide a novel treatment option for the prevention and control of H7N9.Methods: H7 hemagglutinin (HA)-specific B cells were isolated from peripheral blood plasma cells of the patients previously infected by H7N9 in Jiangsu Province, China. The human monoclonal antibodies (mAbs) were generated by amplification and cloning of these HA-specific B cells. ...     

人感染H7N9禽流感流行特征与防控策略

2013年3月31日中国大陆出现新型禽流感疫情,此次的H7N9禽流感病毒为全球首次发现的新亚型流感病毒,可能由3种流感病毒重组后产生。截至5月31日,我国内地共报告确诊病例131例,死亡39例。而在上海市报告的33例确诊病例中,29例发病于4月6日上海市关闭活禽交易市场前,其余4例发病于关闭后的第一个潜伏期内。33例病例中60岁以上患者占66.7%(22/33);15例死亡病例中,60岁以上患者占80%(12/15);90.91%(30/33)的病例具有可疑的动物或环境暴露史。此次疫情呈散发,虽然出现了2起家庭聚集性病例,但目前还没有明确的人传人的证据。疫情发生后,上海市人民政府适时启动了流感流行应急预案Ⅲ级响应,通过突发公共卫生事件应急响应、关闭全市活禽交易、健康教育、风险沟通等手段,及时有效地控制了疾病的传播。本文分析这次疫情防控工作的得失并提出建议,供今后的防疫工作借鉴参考。     

郑州市10例人感染H7N9禽流感病例分析

目的分析郑州市报告的人感染H7N9禽流感病例的临床与流行病学特征。方法收集2017年1～5月郑州市报告的10例人感染H7N9禽流感确诊病例的临床及流行病学资料,采用描述流行病学方法进行分析。结果 10例确诊病例中死亡3例,病死率为30%;病例呈散发,无聚集性疫情报告;病例大多以发热为首发症状,主要临床表现有发热、咳嗽、呼吸困难等,肺部影像学检查表现为一侧或双侧肺炎,4例病人有胸腔积液;就诊次数中位数3次(3～5次),发病到确诊日期间隔中位时间为8 d(6～19 d);均在冬春季节发病;发病年龄平均为52. 1岁,以中老年人为主,男女比例为9∶1,7例病例来自农村地区; 10例病例中8例在发病前2周内有禽类接触史; 295名密切接触者中5人出现低热、咳嗽症状,咽拭子检测结果显示H7N9禽流感病毒核酸均呈阴性。结论中老年男性是人感染H7N9禽流感的高危人群,暂未发现人传人的证据,冬春季是高发季节,活禽市场暴露或活禽接触是人感染H7N9禽流感发病的危险因素。     

甲型H1N1流感病毒HA基因的简单重复序列预测

目的:探讨应用ARIMA模型对甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因简单重复序列(simple sequencerepeats,SSRs)的相对丰度和相对密度值进行预测的可行性,为防控流感流行制定措施提供科学依据。方法:应用Eviews 6.0软件对1970～2007年38条同源性相对较高的甲流H1N1流感病毒HA核苷酸序列中SSRs的相对丰度和相对密度进行拟合,建立时间序列模型,用模型对2008～2010年SSRs的相对丰度和相对密度进行预测,并用实际数据评估模型预测效果,进而预测2011年数据。结果:ARIMA模型较好地拟合了既往相对丰度和相对密度的实际序列,对2008～2010年的相对丰度和相对密度的预测也获得了较好的预测效果。结论:ARIMA模型能较好地模拟甲型H1N1流感病毒HA基因中SSRs的相对丰度和相对密度的变动趋势,可用于SSRs相对丰度和相对密度值的短期预测和动态分析。     

A型H1N1流感病毒2009年血凝素蛋白变异分析

目的:通过分析血凝素蛋白的演变规律探讨A型H1N1流感病毒的进化来源及流行特点。方法:利用生物信息学方法,比较A/Mexico/4108/2009(H1N1)毒株和与其相关的22株流感病毒血凝素蛋白序列的进化关系,重点分析A/Mexico/4108/2009(H1N1)毒株相关氨基酸位点的变异情况。结果:A/Mexico/4108/2009(H1N1)血凝素蛋白的蛋白酶剪切位点、受体结合位点以及表面抗原位点都与1918年和1976年暴发的H1N1流感病毒类似,可能涉及H1N1流感病毒在不同宿主间的传播、重组。结论:A/Mexico/4108/2009(H1N1)毒株的病毒毒力、感染性以及免疫原性发生了一定的变异,并且可能在变异过程中发生了向1918年和1976年的H1N1流感病毒的回复突变。     

Characterization of hemagglutinin gene of influenza A virus subtype H9N2

Objective　To determine the origin of human influenza A (H9N2) virus and the relationship among H9N2 strains isolated from different hosts, on the basis of molecular biology. Methods　Viruses were passed in embryonated hen eggs, and virion RNA was extracted from allantoic fluid and reverse transcribed to synthesize cDNA. cDNA was amplified by PCR and the PCR product was purified with a purification kit. Afterwards RNA sequence analysis was performed by dideoxynucleotide chain termination and a cloning method. Finally, phylogenetic analysis of the sequencing data was performed with MegAlign (version 1.03) and Editseg (version 3.69) softwares. Results　The amino acid sequences at the cleavage site between HA1 and HA2 domains of H9N2 viruses isolated in China are R-S-S-R. One pigeon strain contains seven potential glycosylation sites on the HA protein molecule, while all others have eight. There are 2 to 15 differences of amino acid sequences distributed at 24 different positions on the HA protein molecules among six H9N2 viruses. The H9N2 viruses with multiple lineages of HA genes were co-circulating in China recently. Conclusion　The highest possibility is that human influenza A (H9N2) virus was derived from Chicken H9N2 virus, and not derived from pigeon H9N2 virus. However, it is still unknown whether the H9N2 virus could transmit from person to person. The H9N2 viruses with multiple lineages of HA genes are co-circulating in China.     

禽流感病毒H5N1血凝素基因在昆虫细胞中的表达及鉴定

目的 应用杆状病毒-昆虫细胞表达体系克隆及表达禽流感病毒H5Nl血凝素H5抗原,鉴定其抗原性和生物活性.方法 PCR扩增禽流感病毒H5全长基因序列,克隆、转化制备重组杆状病毒Bacmid质粒,通过转染昆虫细胞制备重组杆状病毒进行蛋白表达.采用细胞免疫荧光、Western blotting和血凝试验分别对表达的蛋白进行抗原性和生物活性分析.结果 在昆虫细胞中成功表达禽流感病毒重组his-H5蛋白,其相对分子质量约为64 000,与豚鼠红细胞能够发生凝集反应,免疫荧光与Western blotting结果提示该重组蛋白能够与禽流感病毒H5标准血清中的抗体特异性结合.结论 经杆状病毒-昆虫细胞表达系统获得的重组his-H5抗原具备天然的生物活性和抗原性,该方法为进一步研究禽流感病毒血凝素抗原生物学特性以及制备亚单位疫苗、相关抗体奠定了基础.