新型甲型H7N9流感病毒血凝素基因进化分析

目的探讨2013年4月流行的新型甲型H7N9禽流感病毒的表面蛋白血凝素(HA)基因的进化,以及氨基酸的变异情况。方法从美国国家生物技术信息中心(NCBI)和全球禽流感基因共享数据库(GISAID)中下载H7N9流感病毒以及有代表性的H7N2、H7N3、H7N7亚型流感病毒的HA基因序列,运用Molecular Evolutionary Genetics Analysis(MEGA)version 5.05软件进行序列分析,用邻接法构建基因进化树;通过氨基酸序列分析HA蛋白受体结合位点、糖基化位点和裂解位点的变化。结果 2013年新型甲型H7N9流感病毒与2011年浙江禽类H7N3流感病毒株(JQ906573.1)的相似性达到95.3%～95.6%;受体结合位点氨基酸发生变异,为Q226L,5个糖基化位点高度保守;HA裂解位点位于aa339和aa340之间,仅有1个碱性氨基酸:R。结论 2013年新型甲型H7N9流感病毒HA基因是由中国禽类H7亚型进化而来,Q226L变异导致的受体结合位点的变化可能是新型流感病毒具有人感染性的原因。     

Human immunogenic T cell epitopes in nucleoprotein of human influenza A (H5N1) virus

1. Two novel HLA-A2.1 specific H5N1 nucleoprotein epitopes(NP373-381 AMDSNTLEL and NP458-466 FQGRGVFEL) capable of activating cytotoxic T-cells in vitro were identified. 2. When the H5N1 nucleoprotein epitopes (NP373-381AMDSNTLEL and NP458-466FQGRGVFEL) were used with the single chain trimer system, they elicited effective cytotoxic T-cell responses against the corresponding nucleoprotein peptide-loaded cells in an HHD transgenic mouse model.     

人感染H7N9禽流感流行特征与防控策略

2013年3月31日中国大陆出现新型禽流感疫情,此次的H7N9禽流感病毒为全球首次发现的新亚型流感病毒,可能由3种流感病毒重组后产生。截至5月31日,我国内地共报告确诊病例131例,死亡39例。而在上海市报告的33例确诊病例中,29例发病于4月6日上海市关闭活禽交易市场前,其余4例发病于关闭后的第一个潜伏期内。33例病例中60岁以上患者占66.7%(22/33);15例死亡病例中,60岁以上患者占80%(12/15);90.91%(30/33)的病例具有可疑的动物或环境暴露史。此次疫情呈散发,虽然出现了2起家庭聚集性病例,但目前还没有明确的人传人的证据。疫情发生后,上海市人民政府适时启动了流感流行应急预案Ⅲ级响应,通过突发公共卫生事件应急响应、关闭全市活禽交易、健康教育、风险沟通等手段,及时有效地控制了疾病的传播。本文分析这次疫情防控工作的得失并提出建议,供今后的防疫工作借鉴参考。     

甲型H1N1流感病毒HA基因的简单重复序列预测

目的:探讨应用ARIMA模型对甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因简单重复序列(simple sequencerepeats,SSRs)的相对丰度和相对密度值进行预测的可行性,为防控流感流行制定措施提供科学依据。方法:应用Eviews 6.0软件对1970～2007年38条同源性相对较高的甲流H1N1流感病毒HA核苷酸序列中SSRs的相对丰度和相对密度进行拟合,建立时间序列模型,用模型对2008～2010年SSRs的相对丰度和相对密度进行预测,并用实际数据评估模型预测效果,进而预测2011年数据。结果:ARIMA模型较好地拟合了既往相对丰度和相对密度的实际序列,对2008～2010年的相对丰度和相对密度的预测也获得了较好的预测效果。结论:ARIMA模型能较好地模拟甲型H1N1流感病毒HA基因中SSRs的相对丰度和相对密度的变动趋势,可用于SSRs相对丰度和相对密度值的短期预测和动态分析。     

郑州市10例人感染H7N9禽流感病例分析

目的分析郑州市报告的人感染H7N9禽流感病例的临床与流行病学特征。方法收集2017年1～5月郑州市报告的10例人感染H7N9禽流感确诊病例的临床及流行病学资料,采用描述流行病学方法进行分析。结果 10例确诊病例中死亡3例,病死率为30%;病例呈散发,无聚集性疫情报告;病例大多以发热为首发症状,主要临床表现有发热、咳嗽、呼吸困难等,肺部影像学检查表现为一侧或双侧肺炎,4例病人有胸腔积液;就诊次数中位数3次(3～5次),发病到确诊日期间隔中位时间为8 d(6～19 d);均在冬春季节发病;发病年龄平均为52. 1岁,以中老年人为主,男女比例为9∶1,7例病例来自农村地区; 10例病例中8例在发病前2周内有禽类接触史; 295名密切接触者中5人出现低热、咳嗽症状,咽拭子检测结果显示H7N9禽流感病毒核酸均呈阴性。结论中老年男性是人感染H7N9禽流感的高危人群,暂未发现人传人的证据,冬春季是高发季节,活禽市场暴露或活禽接触是人感染H7N9禽流感发病的危险因素。     

A型H1N1流感病毒2009年血凝素蛋白变异分析

目的:通过分析血凝素蛋白的演变规律探讨A型H1N1流感病毒的进化来源及流行特点。方法:利用生物信息学方法,比较A/Mexico/4108/2009(H1N1)毒株和与其相关的22株流感病毒血凝素蛋白序列的进化关系,重点分析A/Mexico/4108/2009(H1N1)毒株相关氨基酸位点的变异情况。结果:A/Mexico/4108/2009(H1N1)血凝素蛋白的蛋白酶剪切位点、受体结合位点以及表面抗原位点都与1918年和1976年暴发的H1N1流感病毒类似,可能涉及H1N1流感病毒在不同宿主间的传播、重组。结论:A/Mexico/4108/2009(H1N1)毒株的病毒毒力、感染性以及免疫原性发生了一定的变异,并且可能在变异过程中发生了向1918年和1976年的H1N1流感病毒的回复突变。     

甲型流感病毒H9N2亚型毒株血凝素基因特性的研究

目的　了解人甲型流感病毒H9N2亚型毒株的来源及从分子生物学角度来弄清不同宿主来源的H9N2亚型毒株间相互关系。方法　病毒在鸡胚中传代 ,从收获的尿囊液中提取病毒粒RNA ,通过逆转录合成cDNA。cDNA通过PCR进行扩增 ,接着PCR产物用纯化试剂盒进行纯化。而后 ,RNA序列测定是采用双脱氧链末端终止和克隆法。最后用MegAlign( 1.0 3版 )和Editseq( 3.69版 )软件进行种系发生学分析。结果　从中国所分离出的H9N2亚型毒株。它们的HA1与HA2间裂解部位的氨基酸序列均为R S S R ,除一株鸽病毒其HA蛋白分子上仅含 7个潜在的糖基化位点外 ,而其余的均含 8个。 6株H9N2毒株HA蛋白分子上氨基酸序列有 2 - 16个不同 ,这些不同分布在 2 4个不同的位点上。近来在中国同时流行着多种HA基因系的H9N2亚型毒株。结论　人甲型流感病毒H9N2亚型毒株可能性最大来自鸡的H9N2毒株 ,而不是来源于鸽的H9N2毒株。但 ,H9N2毒株是否具有人传人能力 ,至今仍不清楚。在中国同时流行着多种HA基因系的H9N2毒株。     

Characterization of hemagglutinin gene of influenza A virus subtype H9N2

Objective　To determine the origin of human influenza A (H9N2) virus and the relationship among H9N2 strains isolated from different hosts, on the basis of molecular biology. Methods　Viruses were passed in embryonated hen eggs, and virion RNA was extracted from allantoic fluid and reverse transcribed to synthesize cDNA. cDNA was amplified by PCR and the PCR product was purified with a purification kit. Afterwards RNA sequence analysis was performed by dideoxynucleotide chain termination and a cloning method. Finally, phylogenetic analysis of the sequencing data was performed with MegAlign (version 1.03) and Editseg (version 3.69) softwares. Results　The amino acid sequences at the cleavage site between HA1 and HA2 domains of H9N2 viruses isolated in China are R-S-S-R. One pigeon strain contains seven potential glycosylation sites on the HA protein molecule, while all others have eight. There are 2 to 15 differences of amino acid sequences distributed at 24 different positions on the HA protein molecules among six H9N2 viruses. The H9N2 viruses with multiple lineages of HA genes were co-circulating in China recently. Conclusion　The highest possibility is that human influenza A (H9N2) virus was derived from Chicken H9N2 virus, and not derived from pigeon H9N2 virus. However, it is still unknown whether the H9N2 virus could transmit from person to person. The H9N2 viruses with multiple lineages of HA genes are co-circulating in China.