结外鼻型NK/T细胞淋巴瘤的基因表达谱分析

目的:应用寡聚核苷酸基因表达谱芯片研究鼻型NK/T细胞淋巴瘤基因表达谱的变化.方法:应用包括人类全基因组47 000个转录本的Affymetrix U133plus 2.0 Array基因表达谱芯片,检测3例鼻型NK/T细胞淋巴瘤组织,3例正常鼻黏膜组织的基因表达谱,并对差异基因进行基因功能和路径分析.结果:基因芯片筛选出大量差异表达的基因,显著上调的基因数有912个,下调的基因数有1 174个,一些参与重要细胞功能的基因路径中的多种基因呈现明显的差异表达,包括细胞因子-细胞因子相互作用、自然杀伤细胞介导细胞毒作用、Jak-STAT信号转达通路等.结论:鼻型NK/T细胞淋巴瘤基因表达谱与正常对照组织间存在明显差异,一些基因及其涉及的基因路径的表达失调可能与疾病发病机制相关.     

NAT1、CXCL9、BPI和HLA-DQB1在溃疡性结肠炎中的表达

目的:通过检测寡聚核苷酸芯片结果中表达上调的BPI、CXCL9、NAT1和下调的HLA-DQB1以提高基因芯片的可信度,同时为UC的发病机制、病因诊断及基因治疗的靶点提供一定的依据.方法:采用半定量RT-PCR技术检测这四个基因在21例溃疡性结肠炎(UC)组和21例正常组外周血中的相对表达量.结果:NATI、BPI和CXCL9在UC组表达水平较正常组高,差异有统计学意义(P<0.05),与基因芯片结果吻合;HLA-DQBI在UC组中较正常组中表达上调,与基因芯片结果不相吻合.结论:基因芯片和RT-PCR分析基因表达变化都是可信的,它们在基因表达谱分析、易感基因的筛选研究等都具有极其重要的作用.     

基因芯片研究卵巢癌细胞系HO-8910差异基因表达

目的用基因芯片技术研究人卵巢癌细胞系HO-8910和正常卵巢上皮的基因表达谱,分析其基因表达变化,探讨卵巢癌发生、发展过程中与肿瘤相关的基因群及其功能,有助于从分子水平全面了解细胞癌变机理,为卵巢癌的临床诊断和治疗提供分子标记和靶基因.方法用一步法抽提人卵巢癌细胞和对照正常卵巢组织的总RNA并纯化mRNA;将等量的人卵巢癌细胞及对照组织的mRNA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA链做探针,混合后在含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交.经洗片后用ScanArray 3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用ImaGene 3.0软件对扫描图像进行数字化处理,分析高低转移人卵巢癌细胞系之间及与正常卵巢上皮基因表达谱差异.结果人卵巢癌细胞系HO-8910细胞与正常卵巢上皮比较,差异3倍以上共有355个基因,其中表达上调＞3倍有88个,表达下调＜0.33有267个.差异6倍以上共有75个基因,其中表达上调＞6倍有13个,表达下调＜0.17有62个.结论通过基因谱平行比较表明:人卵巢癌细胞系与正常卵巢上皮细胞基因表达谱存在差异:人卵巢癌细胞系HO-8910细胞与正常卵巢上皮比较差异3倍以上共有355个基因.提示这些基因与卵巢癌的发生和发展有关.本实验说明利用基因芯片对基因表达谱的检测可以为人体卵巢癌的基因诊断、治疗和预防提供新的方向.     

应用寡聚核苷酸芯片检测白血病与其同胞供者的白血病基因表达差异

为了应用寡聚核苷酸基因表达谱芯片研究9对白血病患者／同胞供受者对之间的基因表达谱差异以识别主要的疾病相关基因，将163条白血病／肿瘤发病相关基因组群列入芯片设计，合成寡核苷酸探针，用点样仪点片制成基因芯片。提取病初白血病患者及其供者的骨髓／外周血标本或其相对应的健康同胞供者经G-CSF动员后并经CS-3000细胞分离机采集的浓集的9份外周血造血干细胞的总RNA；分别逆转录并进行寡核苷酸探针杂交。结果表明：与其相应的正常供者配对比较，发现4例ALL患者中存在6条显著差异表达基因，其中上调表达基因5条(RIZ，STK-1，T—cell leukemia／lymphoma 1A，Cbp／p300，Opl8)，下调表达1条(hematopoietic proteoglycan core protein)；5例AML-M4和AML-M，患者中亦存在7条显著差异表达基因，其中上调表达6条(STAT5B，ligand p62 for the Lck SH2，CST3，LTC4S，myeloid leukemia factor 2，epb72)，下调表达1条(CCR5)。结论：选择有高度遗传关联的兄弟姐妹供受者对作为差异研究比照对象，利用寡聚核苷酸基因芯片技术进行疾病基因的筛查，筛查出了13条主要异常基因；进一步确认了上述基因在白血病分子发病机制中的关键性作用。     

肝癌的基因表达谱研究

以基因表达谱芯片对人正常肝及肝癌组织基因表达的差异进行研究比较.将4096条人cDNA用点样仪点在特制的玻片上制备成表达谱芯片;利用肝和肝癌组织的mRNA通过逆转录方法,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种组织的cDNA上,制备成cDNA探针,并与表达谱芯片进行杂交及扫描,重复4次实验,通过计算机数据处理判定基因是否在上述2种组织中有表达差异,筛选出差异表达的基因903条.基因芯片技术可同时定量研究数以千记的基因表达水平,从而鉴定参与肿瘤发生的基因.     

口腔黏膜扁平苔藓差异基因筛选及其通路分析

目的应用基因芯片技术筛选口腔扁平苔藓（OLP）差异表达基因及其相关通路分析。方法分别从15例患者OLP组织和5例健康者口腔黏膜组织中提取总RNA,随后用反转录的方法将两种组织的mRNA分别进行荧光标记,与含有32050个基因的人类基因芯片进行杂交。探针长度为60mer,杂交信号用Genepix4000B扫描仪扫描,用芯片图像分析软件（GenepixProV6.0和Genesring）进行分析。结果经过杂交筛选并与正常组织比较,从32050个基因中筛选出有统计学意义的差异表达基因142个,其中上调表达基因25个,下调表达基因117个。有差异表达的通路8个。与OLP密切相关的通路有参与感染类疾病的幽门螺杆菌感染的上皮细胞信号传导通路（epithelial cell signaling in Helicobacterpylori infection）等。结论应用基因表达谱芯片可初步筛选出OLP差异表达基因和通路,OLP发生、发展过程中存在着多个不同基因及多条功能通路表达调控的改变。     

应用基因芯片技术检测中国成年肥胖者外周血的基因表达谱

背景:肥胖是全世界最常见、花费最大的代谢性疾病,基因及环境因素已经成为肥胖研究的焦点因素之一,基因芯片技术已被用于脂肪组织的研究.目的:采用基因芯片技术,首次测定中国成年肥胖者的外周血基因表达谱.设计:对照观察.单位:北京中医药大学.对象:由北京中医药大学基础医学院于2003-0812004-05组织,按国际体质量标准在北京市工人疗养院筛选5例肥胖者和3例体质量正常者.5例肥胖者中男4例,女1例,年龄(21±1)岁;3例体质量正常者中男2例,女1例,年龄(26±5)岁.所有受试人员对实验方案均知情同意,且得到医院伦理道德委员会批准.方法:取上述受试者的外周血,提取总RNA并进行扩增和标记,用Test3芯片检测受试样品的质量,用U133A芯片进行基因表达谱观察,并将所得数据进行统计学分析,从基因BANK中查出具有显著差异的序列所标志的基因.主要观察指标:基因表达信号值.结果:与体质量正常者相比,肥胖者外周血基因表达谱显著上调的基因有66个,显著下调的基因有28个;其中上调超过2倍的有11个,下调超过2倍的有6个.肥胖者表达上调超过4倍的基因为HLA-DQAl,CRAT,MAPK813和DKFzP434N1923.其中表达上调超过20倍的基因为HLA-DQAI.结论:首次发现肥胖成人的外周血相关基因表达与体质量正常者有明显差异,肥胖与MHC Ⅱ类抗原HLA-DQAl,HLA-DQBl表达密切相关.     

HLA-DM基因多态性及其与变应性鼻炎的相关性

目的:对变应性鼻炎患者作HLA-DM分型,探讨HLA-DM基因与变应性鼻炎遗传易感性的可能关系.方法:采用限制性片段长度多态性方法对69例无亲缘关系的变应性鼻炎病人和91例无血缘关系的健康汉族人作HLA-DM分型.结果:汉族变应性鼻炎患者及正常人DMA、DMB均以DMA*0101和DMB*0101为主,变应性鼻炎患者组DMA和DMB各等位基因和基因型与正常对照组差异无显著性(P＞0.05).结论:本组病例未能证实变应性鼻炎与HLA-DM基因有关联性.     

应用cDNA微阵列分析脊髓损伤后基因表达的差异

背景:基因芯片可以大规模地平行检测分析上千个基因的表达模式,克服了传统的一次实验仅能对单个或数个基因表达水平进行分析的局限.目的:应用含有1 176条人类全长基因的cDNA表达谱芯片,对大鼠急性脊髓损伤模型中基因表达水平的变化进行动态观察.方法:雌性SD大鼠70只随机分成正常对照组、手术对照组、损伤4 h,24 h,3 d,7 d,10 d组7组.损伤组切除T7、T8的椎板,并用钢棒从高处自由落下致脊髓损伤.手术对照组仅进行T7、T8椎板切除.正常组和各损伤组于伤后各时间段,手术对照组于术后3 d取T6～T10段脊髓,提取总RNA,运用AtlasImageTM 2.01软件(Clontech)对放射自显影基因表达谱进行分析,各个处理组与正常组相比,灰度值差异超过3倍的基因定为有表达差异.结果与结论:结果显示共有显著表达差异基因81条,其中表达上调的基因有46条,表达下调的基因有35条,并在国内外首次观察到神经激肽B、神经肽Y、垂体后叶加压素V2受体等数个基因在脊髓损伤中的变化.结果表明利用基因芯片技术结合实验动物模型能大规模、高通量地观察急性脊髓损伤继发性损伤的基因表达谱,筛选疾病相关基因,对进一步阐明疾病在基因水平上的发病机制,有重要的意义.     

丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶抑制剂治疗成人急性白血病的研究

目的应用基因表达谱芯片来检测丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Raf-1抑制剂对急性髓系白血病（AML）细胞基因表达的影响,试图进一步探讨丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Raf-1抑制剂抗白血病细胞增殖的机制。方法利用cDNA基因芯片研究10例成人AML,用两种不同的荧光素cy3和cy5通过逆转录反应将白血病细胞经丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Raf-1抑制剂作用前后的RNA分别标记成两种探针,并与基因表达谱芯片进行杂交,通过计算机扫描分析得出这些基因在经丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Raf-1抑制剂处理前后的表达差异。结果基因表达谱分析两次重复实验结果,最后筛选出包括与细胞凋亡、细胞周期等相关表达差异的基因共20条,其中12条表达上调,8条表达下调。结论结果提示丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶Raf-1抑制剂抗成人急性粒细胞白血病的作用机制与抑制白血病细胞周期和诱导白血病细胞凋亡有很大关系。