登革病毒cDNA的生物信息学分析及其Oligo探针设计

目的设计登革病毒诊断芯片的Oligo探针。方法利用BLAST软件对4型登革病毒的cDNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;然后用生物学软件Oligo6.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针。结果获得48条70-mer Oligo探针,用于打印成DNA芯片,进行登革病毒的检测。结论利用BLAST系统和生物学软件Oligo6.0设计登革病毒诊断芯片的探针,是一种简便可行、有效的方法。     

登革病毒cDNA的生物信息学分析及其O1igo探针设计

目的 设计登革病毒诊断芯片的Oligo探针。方法 利用BLAST软件对4型登革病毒的cDNA序列进行序列比对，得到有意义的特异序列；然后用生物学软件Oligo6．0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的Oligo探针。结果 获得48条70-mer Oligo探针，用于打印成DNA芯片，进行登革病毒的检测。结论 利用BLAST系统和生物学软件Olig06．0设计登革病毒诊断芯片的探针，是一种简便可行、有效的方法。     

B19微小病毒70-mer寡核苷酸探针的设计

目的　设计B19微小病毒诊断基因芯片的寡核苷酸探针。方法　以微小病毒B19为例 ,利用BLAST软件对其序列进行比对并获得特异序列 ;利用软件Oligo 6设计特异性高、Tm值接近、长度均一的寡核苷酸探针。 结果　获得 12条 70 mer寡核苷酸探针 ,用于芯片打印及病毒检测。结论　利用BLAST系统和生物学软件Oligo 6可简便而有效地设计诊断芯片探针     

肝炎诊断芯片60-mer长链寡核苷酸探针的设计研究

目的:通过生物信息学软件对易引起慢性肝炎的三种肝炎病毒基因组结构进行分析,设计肝炎病毒诊断分型芯片的寡核苷酸(O ligo)探针。方法:利用BLAST软件对乙型肝炎病毒(HBV)、丁型肝炎病毒(HDV)、丙型肝炎病毒(HCV)6个亚型的DNA及cDNA序列进行序列比对,得到有意义的特异序列;然后用生物信息学软件Array designer 3.0设计特异性高、Tm值相近、长度均一的O ligo探针。结果:获得156条60-m er探针,用于打印成DNA芯片,进行HBV、HDV的联合检测和HCV的基因分型。结论:利用BLAST检索系统和生物学软件Array desig-ner 3.0设计肝炎病毒诊断分型芯片的探针,是一种简便可行、有效的方法。     

用于HIV诊断的Oligo基因芯片研制

目的研制快速筛查诊断HIV病毒的Oligo芯片.方法以HIV-1B亚型U26942全基因组序列为靶序列,利用 DNA Club、Oligo 6.0、BLAST、Alignment等生物信息学软件,设计高度特异、长度均一、具近似熔解温度(Tm)的Oligo探针,并制备成Oligo芯片.B(U26942)、C(U46016)、F(AF075703)、G(AF061640)四种亚型质粒分别经RD-梯度PCR与随机特异性引物PCR,经荧光标记后与芯片杂交,扫描芯片后进行统计学分析.结果与结论获得22条60 mer探针,Oligo芯片特异性、敏感性及稳定性好,为进一步应用提供了条件.     

用于HIV诊断的Oligo基因芯片研制

目的 研制快速筛查诊断HIV病毒的Oligo芯片。方法以HIV-1B亚型U26942全基因组序列为靶序列,利用DNA Club、Oligo 6.0、BLAST、Alignment等生物信息学软件,设计高度特异、长度均一、具近似熔解温度(T_m)的Oligo 探针,并制备成Oligo芯片。B(U26942)、C(U46016)、F(AF075703)、G(AF061640)四种亚型质粒分别经RD-梯度PCR与随机特异性引物PCR,经荧光标记后与芯片杂交,扫描芯片后进行统计学分析。结果 与结论 获得22条60mer 探针,Oligo芯片特异性、敏感性及稳定性好,为进一步应用提供了条件。     

肠道病毒71型60mer寡核苷酸探针的设计

目的 设计肠道病毒71型(EV71)诊断芯片的寡核苷酸探针.方法 使用NCBI获取全基因组序列,利用BLAST系统对基因序列进行比对,获取特异性序列;利用Array designer 4.2对其进行寡核苷酸探针设计.结果 设计出12条60 mer寡核苷酸探针,为芯片的制备做准备.结论 将BLAST系统和Array designer 4.2软件相结合,能快速有效地设计出诊断芯片的探针.     

分泌型单链双功能抗体分子间接头的设计及软件分析

目的:利用生物信息学软件分析分泌型抗骨肉瘤单链双功能抗体融合蛋白的二级结构及其理化性质.方法:构建融合蛋白时,先进行连接肽的设计,选用通用酶切位点序列,运用DNA分析软件(DNAssist)和蛋白质分析软件(ANTHEPROT V5)分析预测融合蛋白的氨基酸序列、二级结构及其理化性质.结果:在编码ScFv与TNF的碱基之间引入连接肽,通过酶切位点获得的DNA序列,运用DNAssist核酸序列软件获得了融合蛋白的二级结构,并运用蛋白质分析软件(ANTHEPROT V5)预测了融合蛋白的理化性质.结论:应该充分利用生物信息学软件分析生物学信息,并不断对软件本身进行改进,生物信息学软件可提高药物开发进程,可利用生物信息学和遗传学信息来寻找和开发以基因为基础的药物.     

细小病毒B19诊断芯片探针的制备

目的 制备细小病毒B19诊断芯片探针。方法 利用Primer Premier5．0软件针对细小病毒B19基因保守区域设计PCR引物，纯化扩增产物，克隆鉴定。结果 序列分析表明，扩增片段均为细小病毒B19特异基因。结论 利用PCR扩增产物可制备细小病毒B19诊断芯片探针。     

炭疽杆菌保护性抗原基因芯片探针的制备

目的快速制备炭疽杆菌保护性抗原基因芯片探针。方法根据PubMed上公布的炭疽杆菌保护性抗原的DNA序列设计引物,扩增保护性抗原基因。利用酶切、AT克隆方法快速分析筛选出保护性抗原基因片段的重组子,从而制备成芯片探针。DNA自动分析仪对克隆片段进行序列测定,生物信息学软件对其基因序列进行分析。结果根据炭疽杆菌保护性抗原设计的引物,可以扩增出长2 205 bp的保护性抗原基因,经酶切、AT克隆方法筛选出约7个长度不一的片段,对其片段进行序列测定并进行Blast序列比对得知这些片段均属于炭疽杆菌保护性抗原基因。结论利用PCR扩增产物并结合酶切、AT克隆方法可以快速、简便地制备基因芯片探针。     

含Ⅰ型单纯疱疹病毒包装信号序列片段的分离及扩增子质粒双表达载体的构建

利用基因工程技术分离出含有Ⅰ型单纯疱疹病毒（HSV－1）包装信号序列和HSV－1基因组复制起点序列的片段，表达外源基因所必需的启动子序列以及其下游作为报告基因的lacZ基因片段，构建成质粒型HSV－1载体pHSVL。用脂质体介导的方法可将该质粒转染入经辅助病毒HSV－1tsK株超感染的Vero细胞，并将其包装成HSV－1假型病毒颗粒，可如天然病毒一样再感染传代细胞和神经细胞并在其中进行基因表达。在pHSVL的基础上，我们还构建了一种可同时表达两种外源基因的质粒型疱疹病毒载体pHLCL，即在pHSVL中插入第二个转录单位：HCMVIE启动子和其下游的荧光素酶基因（lucgene），由此获得的pHLCL病毒接种传代细胞证明它可在其中同时表达两种报告基因．本研究成功地构建了两种质粒型HSV－1载体，其独特的基因转移方式使之在神经生理、病理及神经系统疾病的基因治疗的实验研究中都具有广阔的应用前景。     

单纯疱疹病毒2型泛素化新型DNA疫苗构建

目的构建单纯疱疹病毒2型(HSV-2)早期表达蛋白感染细胞蛋白(ICP)27强制泛素化的DNA疫苗表达质粒。方法利用聚合酶链反应(PCR)技术从人基因组DNA和HSV-2基因组中分别扩增出泛素全长基因和HSV-2、ICP27 377-459,PCR鉴定后酶切连接获得融合基因片段,插入真核表达质粒pcDNA3．1载体中,构建出重组真核表达质粒Ub-ICP-pcDNA3．1,并对其进行测序鉴定。结果构建的重组质粒Ub-ICP-pcDNA3．1克隆基因插入方向正确,与预期序列完全一致。结论成功构建了HSV-2早期表达蛋白ICP27强制泛素化DNA疫苗。     

短发夹RNA表达载体对2型单纯疱疹病毒UL54基因的干扰效应

目的研究短发夹核糖核酸（shRNA）表达载体对2型单纯疱疹病毒（HSV-2）UL54基因的干扰效应。方法针对HSV-2 UL54基因,构建5个靶向HSV-2 UL54基因的短发夹RNA重组表达载体（shRNA1081、shRNA1092、shRNA1276、shRNA1407、shRNA1508）,同时设计不针对任何基因的序列为阴性对照组（阴性对照组）及不加任何重组表达载体的空白对照（空白对照组）。重组表达载体通过脂质体转染人胚胎肾细胞（HEK293）后接种HSV-2,48 h后利用荧光定量RT-PCR检测各组细胞UL54 mRNA的表达水平,终点滴定法测定HSV-2子代病毒滴度。结果荧光定量RT-PCR结果示,与空白对照组相比,shRNA1081、shRNA1407和shRNA1508能够降低HSV-2 UL54 mRNA的表达水平（P均〈0.01）;对UL54基因的抑制率在阴性对照组（加shRNA NC）、shRNA1081组、shRNA1407组、shRNA1508组分别为7%、69%、56%及55%,以shRNA1081组为最高。终点滴定法结果示,与空白对照组比较,shRNA 1081组、shRNA 1407组、shRNA 1508组病毒滴度不同程度下降（P均〈0.01）。结论成功构建UL54 shRNA重组表达载体,shRNA1081、shRNA1407、shRNA1508能在体外细胞水平上不同程度地干扰HSV-2 UL54基因表达,从而抑制HSV-2在HEK293细胞中的复制。     

检测痕量单纯疱疹病毒Ⅱ型荧光定量PCR方法的建立

目的 建立一种高敏感度的检测痕量单纯疱疹病毒Ⅱ型(HSV-2)DNA的实时荧光定量PCR方法,为针对HSV-2潜伏感染的治疗性疫苗和抗病毒药物疗效提供一个评价方法。方法 依据HSV-2糖蛋白D(gD)基因序列,使用序列比对软件,选取其保守区序列设计引物及TaqMan探针并进行筛选;以gD基因重组质粒pcDNA3-HSV-2 gD作为标准模板,对该检测方法的反应条件进行优化,提高其检测特异性、敏感度和重现性。结果 该检测方法特异性好,检测的最低拷贝数可达到2个拷贝,线性范围为2×10⁰~2×10⁸拷贝/反应,是普通PCR敏感度的10³倍。该检测方法组间和组内变异系数均低于5%,说明该检测方法具有良好稳定性。结论 本研究建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法用于检测痕量HSV-2 DNA具有特异、敏感、定量和重现性好的优点。     

无辅助病毒HSV-1载体介导LacZ基因在培养皮层神经元中的表达

目的:探讨无辅助单纯疱疹病毒(herpes simplex virus type-1,HSV-1)载体的包装及其介导LacZ基因在体外培养神经元表达的作用, 解决该载体系统在包装及体外培养神经元应用中的有关问题.方法:将一组含HSV-1基因组的粘粒以限制性内切酶Pac Ⅰ酶切、纯化后,与含LacZ和酪氨酸羟化酶(tyrosine hydroxylase,TH)及神经微丝(neurofilament,NF)嵌合启动子的HSV-1质粒DNA在脂质体作用下,共转染2-2细胞;在34 ℃条件下培养72 h,收获病毒颗粒.将含病毒颗粒的上清液,加入BHK细胞培养液中,继续培养24 h后,加X-gal染液作用4 h,观察表达LacZ基因的蓝染细胞.取培养第3天的胚胎大鼠大脑皮层神经元,加入含病毒颗粒的培养液,过夜后更换新鲜培养液,分组继续培养1,7和14 d,进行X-gal染色,光镜下观察.结果:包装形成的病毒颗粒感染BHK细胞,24 h后可见表达LacZ基因的蓝染细胞;感染培养第3天的皮层神经元,继续培养1,7和14 d后均可见蓝染神经元.结论:无辅助病毒包装系统能够使含TH-NF嵌合启动子的HSV-1载体形成有效的病毒颗粒,并且在体外培养神经元中持续稳定地表达外源基因,为在神经系统进行基因转移和基因功能研究提供了有效的工具.     

单纯疱疹病毒1型糖蛋白B基因疫苗的构建

目的：构建用于治疗和预防单纯疱疹病毒性角膜炎的核酸疫苗,探讨单纯疱疹病毒1型糖蛋白B(HSV-1gpB)基因作为基因疫苗的可能性。方法：利用PCR技术从HSV-1 SM44毒株基因组中扩增出编码HSV-1gpB去除N端部分信号肽序列(39 bp)的基因片断（2 673 bp）,定向插入真核表达质粒pcDNA3载体中,构建出重组真核表达质粒pcDNA-gpB,并对其进行酶切分析、PCR鉴定及测序鉴定。 结果：双酶切重组质粒pcDNA-gpB,电泳可见两条带,分别为目的基因（2 700 bp）和线性质粒pcDNA3（5 400 bp）; 以重组质粒pcDNA-gpB为模板进行PCR扩增,在2 700 bp位置扩增出特异的产物;测序结果表明,克隆基因插入方向正确,与GenBank中登录的HSV-1 F株gpB基因序列比较,同源性达99.5%。 结论：利用PCR技术从HSV-1 SM44株基因组中扩增出编码HSV-1gpB去除N端部分信号肽序列（39 bp）的基因片断（2 673 bp）, 成功地构建了HSV-1基因疫苗pcDNA-gpB。     

Detection of herpes simplex virus type 1 in rheumatic valvular tissue

Background Rheumatic heart disease (RHD) is the most important sequela of rheumatic fever (RF):evidence that streptococcal infection is aetiological is prominent, but sometimes contradictory. Acute HSV-1 infection in mouse leads to carditis and valvulitis whereas recurrent infection results in inflammatory granulomatous lesions that resemble Aschoff bodies. Cells containing HSV-1 inclusions or virus infected giant cells appear similar to Anitschkow cells or Asehoff cells respectively. We hypothesized that HSV-1 infection also may be involved in RHD.Methods Formalin-fixed, paraMn-embedded valvular tissue samples from 32 patients with RHD were investigated for evidence of HSV-1 infection. HSV-1 antigen was detected by immunohistoehemistry, using HSV-1-specific monoclonal and polyclonal antibodies. HSV-1 glyeoprotein D gene sequences were amplified by nPCR,using β-globin gene amplification in the same samples as internal control. Valvular tissue from 5 cases of sudden death and 3 cases died of neisseria meningitis without a history of valvular disease was used for comparison. HSV-1-infected lung tissue was used as positive control.Results HSV-I antigens were detected in valvular tissues from 21 of 32 (65.6%) patients. Fifteen of these 21 (46.9% of cases), but no antigen-negative sample, were positive also for HSV DNA. Nueleotide sequence of PCR products was homologous to the targeted region of the HSV-1 glycoprotein D gene. HSV-1 antigen was present also in one case of sudden death but viral DNA was not found in any tissue sample from tile comparison group. Results from reagent and positive controls were as anticipated.Conclusions This is the first study to show the presence of HSV-1 antigen and genomic DNA in valvular tissues from patients with RHD and provides evidence for an association of HSV-1 infection with some cases of rheumatic valvular disease.     

新生儿咽拭子检测在诊断单纯疱疹病毒先天性感染中的意义

目的以巢式PCR检测新生儿脐带血中单纯疱疹病毒1型(HSV-1)gD基因和HSV-2 gG基因并用测序确认的结果为参比,分析利用新生儿咽拭子检测相应病毒基因在诊断新生儿HSV先天性感染中的意义。方法采集顺产新生儿抗凝脐带血35份,同时采集咽拭子35份。采用检测HSV-1 gD基因和HSV-2 gG基因的PCR法检测新生儿脐带血和咽拭子标本DNA,阳性扩增结果确认后,比较咽拭子检测与脐带血检测结果,以及咽拭子检测特异性、灵敏度、阳性预测值和阴性预测值4个指标,分析新生儿咽拭子检测能否为诊断HSV先天性感染提供依据。结果 35份脐带血中HSV-1阳性率28.6%(10/35),咽拭子HSV-1阳性率25.7%(9/35),两者差异无统计学意义。脐带血中HSV-2阳性率22.8%(8/35),咽拭子HSV-2阳性率28.6%(10/35),两者差异无统计学意义。HSV-1两种标本检测一致率68.6%;HSV-2两种标本一致率77.1%。咽拭子HSV-1、HSV-2检测灵敏度分别为40.0%和62.5%,特异性分别为80.0%和84.6%,阳性预测值分别为44.4%和50.0%,阴性预测值分别为76.9%和88.0%。结论以新生儿脐带血单核细胞中HSV-1 gD基因和HSV-2 gG基因检测结果为参比,新生儿咽拭子检测与脐带血检测具有较高的一致性,表明咽拭子检测用于新生儿HSV先天性感染诊断具有重要的临床应用价值。     

大鼠MeCP2基因HSV-1型反义表达载体的构建与鉴定

目的以真核表达载体单纯疱疹病毒Ⅰ型(Herpes simplex virus type 1,HSV-1)质粒型载体(pHSV)作为表达载体,构建大鼠MeCP2基因反义表达载体.方法用PCR方法扩增出大鼠MeCP2 cDNA部分片段,将其反向插入表达载体pHSV,并以PCR、酶切电泳以及DNA测序等方法对重组质粒进行鉴定.结果经过PCR、酶切电泳以及DNA测序,鉴定出连接方向和插入序列正确的反义表达载体.结论成功构建了大鼠MeCP2基因HSV-1型反义表达载体,为进一步研究该基因的功能打下了基础.     

佛山市登革2型病毒流行株结构基因序列测定及分析

目的对我国登革2型病毒1993年广东省佛山市流行株GD06/93结构蛋白基因进行序列测定及分析,追踪其地域来源、基因组结构与致病性的关系,为研究开发登革病毒新型疫苗奠定基础。方法根据登革2型国际标准株NGC序列,设计2对重叠引物,RT-PCR扩增,分别克隆到pMD18-T载体,转化受体菌DH5α,挑取阳性克隆进行PCR、酶切鉴定及序列测定。结果GD06/93株结构基因序列长度为2325bp,编码775个氨基酸。与其它登革2型病毒株TSV01、Taiwan-1008DHF、NGC、44、ThD2_0038_74、ThNH81/93、gd08/98、04、Cuba165/97及S1进行比较,其核酸序列同源性分别为97%、96%、95%、95%、95%、94%、94%、92%、92%、91%。结论GD06/93病毒株的结构基因序列与已发表的其它登革2型病毒株同源性很高。在比较的6株登革2型病毒株中,GD06/93株与同期在澳大利亚流行的TSV01株同源性最高。