网络药理学分析二至丸治疗银屑病的潜在机制

目的 使用网络药理学分析二至丸治疗银屑病的有效成分和潜在分子通路。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索二至丸中女贞子和墨旱莲的有效成分,在DisGeNET、GeneCards、Drugbank数据库中检索得到银屑病相关靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集后上传至STRING分析平台,在Cytoscape v3.7.2软件绘制PPI蛋白互作网络并筛选核心作用靶点,在Metascape在线分析平台对交集靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果筛选到女贞子和墨旱莲有效成分23个,作用靶点211个,银屑病靶点2 076个,药物与疾病共同作用靶点118个,核心作用靶点10个,其中包括TNF、AKT1、TP53、JUN、IL-6等基因。GO功能分析主要集中在氮化合物反应、激素反应、脂质反应等,KEGG富集分析显示信号通路主要包括PI3K-Akt、AGE-RAGE、MAPK通路等。结论 二至丸可能通过多成分、多靶点和多途径对银屑病发挥治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨裘氏二藤汤治疗慢性盆腔炎的机制

[目的] 基于网络药理学和分子对接方法,探讨二藤汤的有效成分治疗慢性盆腔炎的机制。[方法] 利用TCMSP和TCMID数据库筛选出二藤汤有效成分及其靶点,运用Uniprot数据库获取标准化的靶点名称,同时,利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。通过GeneCards、OMIM数据库收集慢性盆腔炎靶点,同时,利用Venny 2.1.0获取“药物-疾病”的交集靶点并绘制韦恩图,通过STRING平台构建PPI网络图,并运用Cytoscape 3.7.2软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2对关键靶点和活性成分进行分子对接。[结果] 通过筛选共获得231个活性成分,211个“药物-疾病”交集靶点;GO分析获得2538个条目,分别为2174个BP,233个MF及131个CC条目。KEGG分析得到209条信号通路;分子对接结果显示关键靶点与核心活性成分具有较好的结合活性。[结论]二藤汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性盆腔炎。     

六味地黄丸治疗糖尿病视网膜病变网络药理学与分子对接分析

目的 基于网络药理学研究六味地黄丸治疗糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy,DR)的潜在机制并利用分子对接进行验证。方法 通过TCMSP数据库平台筛选六味地黄丸的有效成分以及相关靶点,通过疾病数据库(GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD数据库)获取DR相关靶标并预测六味地黄丸治疗DR的潜在靶点。通过STRING网站和Cytoscape3.7.2软件绘制“复方活性成分-交集靶点”网络结构,同时建立PPI网络模型并找到关键靶点。对六味地黄丸治疗DR的靶标进行基因本体(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后采用AutoDock软件实现分子对接。结果 (1)获得六味地黄丸活性成分69个,有效成分靶点蛋白203个,DR相关基因3326个,交集靶点121个,核心靶标13个。(2)与DR治疗相关的生物学进程(biological process,BP)包括对脂多糖、氧化应激、化学应激的反应等,KEGG富集分析提示关键的通路涵盖AGE-RAGE、PI3K-Akt、HIF-1信号通路等。(3)分子对接显示槲皮素、薯蓣皂苷、山柰酚、β...     

基于网络药理学探讨自拟桑蚕颗粒治疗2型糖尿病的作用机制

目的:运用网络药理学研究自拟桑蚕颗粒治疗2型糖尿病的作用机制,为新药研发提供支撑。方法:通过文献挖掘和数据库检索得到桑蚕颗粒活性成分及潜在靶点;在GEO数据库中筛选2型糖尿病基因芯片,经差异分析获取差异基因作为疾病靶点。应用Cytoscape3.7.2软件构建中药复方调控网络图。利用Cytoscape3.7.2插件Bisogenet构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),CytoNCA插件对其进行拓扑分析,MCODE插件对PPI核心网络进行功能聚类,应用Bioconductor分别对各功能模块实现GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:研究得到97个活性成分和42个关键靶点,PPI核心网络主要有4个功能模块,GO功能富集分析中生物学过程共涉及1396个条目,细胞组分共涉及113个条目,分子功能共涉及153个条目,KEGG富集分析共涉及17条通路。结论:自拟桑蚕颗粒有效成分可调控2型糖尿病发病重要通路中多个靶点。     

基于网络药理学探讨补中益气汤治疗糖尿病胃轻瘫的作用机制

目的基于网络药理学方法探讨补中益气汤治疗糖尿病胃轻瘫(DGP)的作用机制。方法利用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)数据库获取补中益气汤的活性成分和作用靶点。从GEO数据库、DisGeNET数据库、GenCLiP 3数据库、GeneCards数据库以及TTD数据库收集DGP相关基因。将补中益气汤作用靶点和DGP相关基因取交集,得到补中益气汤治疗DGP的潜在靶点。利用Cytoscape3.7.1软件构建中药活性成分-DGP靶点网络。运用STRING数据库分析交集基因所编码蛋白之间的相互作用,利用Cytoscape3.7.1软件对结果进行可视化。利用Cytoscape3.7.1软件中的ClueGO插件、CluePedia插件分别对交集靶点基因进行基因分类(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及可视化。结果筛选得到补中益气汤的185个活性成分,作用于130个DGP靶点基因,其中关键靶点10个,包括胰岛素(INS)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白介素-6(IL6)、内皮型一氧化氮合成酶(NOS3)和肾上腺素能受体(AR)等。GO和KEGG通路富集分析显示,补中益气汤可能通过抑制凋亡、自噬、氧化应激、炎症反应,调节胰岛素、血糖水平,改善胃肠道平滑肌细胞和Cajal间质细胞损伤,以影响DGP的发生发展。结论本研究初步揭示了补中益气汤可能通过多成分-多靶点-多通路治疗DGP的作用机制。     

基于网络药理学五苓散改善糖尿病肾病作用机制研究

目的基于网络药理学方法探讨五苓散改善糖尿病肾病的作用机制。方法借助TCMSP中药系统药理学分析平台收集五苓散全方5味中药的化合物及有效靶点;利用GeneCards数据库筛选疾病靶点,取交集并绘制维恩图;运用Cytoscape软件构建疾病-药物-活性成分-关键靶点网络;从STRING数据库构建靶点蛋白互作(PPI)网络;进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析。结果获得50个活性化合物,药物靶点29个,疾病靶点2572个,交集靶点21个。PPI网络关键靶点包括CASP3、ESR1、RELA、AR等。GO功能分析主要糖尿病肾病(DN)结合转录激活活性RNA聚合酶II特异性、类固醇激素受体、类固醇结合、核受体活性、转录因子活性直接配体调节的序列特异性DNA结合等相关。通过分析富集的KEGG通路可以发现,糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎、细胞凋亡、甲型流感可能是本方发挥作用的主要信号通路。结论本研究初步预判五苓散可能通过靶向作用关键蛋白和重要通路达到改善糖尿病肾病的效用,有望对中药复方防治糖尿病肾病提供新的证据和研究思路。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨敦煌医方大补肾汤治疗糖尿病肾病的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探讨敦煌医方大补肾汤治疗糖尿病肾病(DN)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Batman-TCM数据库检索大补肾汤中的活性成分及对应靶点，通过DrugBank、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、GeneCards、PharmGkb和TTD数据库检索DN相关靶点；借助Cytoscape 3.7.2构建“中药-成分-靶点”网络图；运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；使用DAVID数据库将获取的核心靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；采用PyMol和AutoDock软件进行分子对接验证。结果 大补肾汤共筛选出活性成分124个，对应靶点238个；DN相关靶点740个，大补肾汤与DN疾病靶点映射共获取83个交集靶点，拓扑分析得到关键靶点24个。富集分析结果显示，涉及74个生物功能，46个细胞功能，92个分子功能；干预流体剪切应力和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、脂质和动脉粥样硬化、癌症等...     

基于网络药理学的消岩汤治疗胃癌机制探讨

[目的]运用网络药理学探讨消岩汤治疗胃癌的作用机制。[方法]通过TCMSP、TCMID和BATMAN-TCM数据库筛选消岩汤的活性成分及作用靶点,后利用Uniprot获取蛋白靶点所对应的基因名称;通过DrugBank、GeneCards、OMIM数据库挖掘胃癌疾病靶点,并筛选出与消岩汤靶点基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.2软件绘制药物-化合物-交集靶点网络图;运用String数据分析平台构建PPI网络,并运用MCODE插件对PPI网络进行Cluster模块分析;运用Metascape数据库进行KEGG富集分析及GO富集分析;运用Kaplan-Meier Plotter数据库探索关键基因靶点对胃癌患者OS的影响,绘制生存曲线。[结果]筛选得到消岩汤活性成分41种、靶点基因266个,胃癌靶基因1 163个,最终获得交集基因116个,剔除不含交集基因的活性成分后得到化合物35种。TP53、JUN、AKT1、MAPK3、RELA、MAPK1、ESR1、MAPK14、IL-6等为消岩汤治疗胃癌的关键靶点。GO富集分析结果显示与凋亡的信号通路、对无机物质的反应、对氧化应激的反应、对化...     

基于网络药理学探讨参苓白术散“异病同治”慢性阻塞性肺疾病和溃疡性结肠炎作用机制

目的通过网络药理学方法探讨参苓白术散对慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)和溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)"异病同治"的作用机制。方法在TCMSP和TCMID数据库检索参苓白术散中10味中药的化学成分和作用靶点,在OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank数据库中查找COPD和UC的疾病靶点,运用Venny 2.1.0工具获取参苓白术散、COPD及UC三者的交集靶点,在STRING数据库中分析蛋白互作关系,并运用Cytoscape 3.7.2软件构建药物活性成分-靶点-疾病网络图以及核心靶点网络图。利用DAVID6.8数据库进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果根据筛选条件检索得到参苓白术散活性成分118个,作用靶点195个,COPD靶点1026个,UC靶点835个,交集靶点52个,GO功能分析得到生物过程115个、细胞组成13个、分子功能22个,KEGG富集分析获得95条信号通路,主要涉及HIF-1信号通路、MAPK信号通路、NF-κB信号通路、TNF信号通路、TCR信号通路、PI3K-Akt信号通路。结论参苓白术散对COPD和UC"异病同治"的主要机制涉及免疫炎症、代谢以及氧化应激相关信号通路,为参苓白术散在临床中治疗COPD和UC提供理论依据。     

基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台获取地榆的有效活性成分及其作用靶点，利用药物靶标数据库、OMIM^?、GeneCards^?数据库获取结直肠癌的相关靶点。将地榆有效活性成分的作用靶点与结直肠癌的相关靶点取交集，获得共同靶点。将有效活性成分和共同靶点导入Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点-疾病”网络。针对共同靶点，使用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络，使用Metascape线上软件进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共筛选出9个地榆有效活性成分，包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等。获得地榆有效活性成分的作用靶点154个和结直肠癌相关靶点1 908个，取交集后获得共同靶点94个。PPI网络显示，地榆治疗结直肠癌的关键作用靶点包括肿瘤蛋白p53、苏氨酸蛋白激酶(AKT)1、Caspase-3、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。GO功能富集分析结果显示，地榆...     

糖肾清Ⅰ号对糖尿病大鼠肾脏保护作用的实验研究

[目的]探讨糖肾清I号对糖尿病肾病大鼠肾脏的保护作用。[方法]将四氧嘧啶所诱导的清洁级Wistar糖尿病肾病大鼠36只,随机分为正常对照组(A组)、糖尿病肾病未干预组(B组)和糖尿病肾病糖肾清Ⅰ号干预组(C组),每组各12只。糖尿病肾病模型成功后开始给予糖肾清Ⅰ号药物干预,8周后收集24h尿液及血标本,处死大鼠后,取肾组织行光镜、电镜、免疫组织化学及分子生物学检查。[结果]糖尿病肾病大鼠肾组织转化生长因子β1(TGF-β1)基因及蛋白水平表达明显增加,尿蛋白增加,肌酐清除率上升;糖肾清Ⅰ号使尿蛋白减少(P<0.01),肌酐清除率降低(P<0.01),TGF-β1基因及蛋白水平表达明显下降,病理学检查显示糖肾清Ⅰ号使糖尿病肾小球硬化减轻。[结论]糖肾清Ⅰ号通过部分抑制TGF-β1的活性而对糖尿病肾脏损害起到保护作用。     

Mechanism of ''Invigorating Qi and Promoting Blood Circulation'' Drug Pair Ginseng-Danshen on Treatment of Ischemic Heart Disease Based on Network Pharmacology

Objective: Using network pharmacology to explore the mechanism of the ''invigorating qi and promoting blood circulation'' drug pair Ginseng-Danshen (Salvia miltiorrhiza) on treatment of ischemic heart disease (IHD). Methods: The chemical constituents of ginseng and Danshen drug pair were identified by searching the Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP), and the potential targets of the pair were identified. The pharmacodynamics of the pair was analyzed using network pharmacology. The targets of IHD were identified by database screening. Using protein-protein interaction network, the interaction targets of Ginseng-Danshen on IHD were constructed. A "constituent-target-disease" interaction network was constructed using Cytoscape software, Gene Ontology (GO) term enrichment analysis and biological pathway enrichment analysis were carried out, and the mechanism of improving myocardial ischemia by the Ginseng-Danshen drug pair was investigated. Results: Seventeen active constituents and 53 targets were identified from ginseng, 53 active constituents and 61 targets were identified from Danshen, and 32 protein targets were shared by ginseng and Danshen. Twenty GO terms were analyzed, including cytokine receptor binding, cytokine activity, heme binding, and antioxidant activity. Sixty Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) signaling pathways were analyzed, including phosphatidylinositol 3-kinase-serine-threonine kinase (PI3K-AKT) signaling pathway, p53 signaling pathway, interleukin 17 signaling pathway, tumor necrosis factor signaling pathway, and the advanced glycation end product (AGE)-the receptor for AGE (RAGE) signaling pathway in diabetic complications. Conclusion: The specific mechanism of Ginseng-Danshen drug pair in treating IHD may be associated with improving the changes of metabolites inbody, inhibiting the production of peroxides, removing the endogenous oxygen free radicals, regulating the expression of inflammatory factors, reducing myocardial cell apoptosis and promoting vascular regeneration.     

基于网络药理学和分子对接探讨当归建中汤治疗痛经的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨当归建中汤治疗痛经的有效成分、潜在靶点及作用通路,阐述其作用机制.方法:通过TCMSP网站建立当归建中汤有效成分与靶点数据库,利用CTD、DisGeNET、Drugbank数据库筛选痛经相关的靶点,对药物靶点与疾病靶点取其交集,利用STRING数据库构建PPI蛋白作用关系,clus...     

黄葵胶囊联合缬沙坦治疗早期糖尿病肾病的临床疗效及安全性观察

[目的]观察早期糖尿病肾病患者口服黄葵胶囊联合缬沙坦胶囊治疗的临床疗效及药物安全性。[方法]选取早期糖尿病肾病患者80例,并随机分为观察组与对照组,每组40例。两组患者均给与常规基础治疗,观察组患者给与口服黄葵胶囊联合缬沙坦胶囊进行治疗,对照组患者给与缬沙坦胶囊进行治疗,连续用药疗程均为3个月。比较两组患者治疗前后尿微量白蛋白排泄率（UAER）、血清尿素氮（BUN）及肌酐（Scr）的变化等,进行对比分析。[结果]观察组治疗前后UAER、Scr、BUN比较,差异有统计学意义;对照组治疗前后UAER、BUN、Scr比较,差异有统计学意义。观察组治疗后UAER较对照组降低更为明显（P<0.05）,两组治疗后BUN和Scr下降程度差异不明显（P>0.05）。[结论]使用黄葵胶囊联合缬沙坦胶囊治疗早期糖尿病肾病,两者具有较好的协同作用。     

复方丹参滴丸联用金水宝胶囊治疗2型糖尿病肾病早期的临床观察

[目的]探讨复方丹参滴丸联用金水宝胶囊对2型糖尿病肾病早期微量白蛋白尿的影响。[方法]68例早期2型糖尿病肾病患者随机分为2组,联合用药组35例,开搏通组33例。测定患者治疗前后24h尿微量白蛋白排泄率(UAE)及内生肌酐清除率(C_Cr)。[结果]联合用药组降低UAE,总有效率为94.3%,明显优于开搏通组的60.6%,P<0.05。联合用药组的C_Cr明显低于开搏通组,P<0.01。[结论]复方丹参滴丸与金水宝胶囊联合治疗早期糖尿病肾病,可降低尿微量白蛋白和内生肌酐清除率,延缓糖尿病肾病发展,效果显著。     

基于生物信息技术探究骨碎补-金银花治疗糖尿病足的作用机制

目的：通过网络药理学及动物实验研究骨碎补-金银花治疗糖尿病足的作用机制。方法：通过TCMSP网站获取骨碎补-金银花的药物成分及作用靶点,将靶点通过uniprot统一基因名称;通过GeneCards查询糖尿病足的疾病靶点,利用venny 2.1获取交集靶点。将交集靶点导入STRING进行分析并使用Cytoscape构建PPI网络图。将交集靶点导入Metascape分析GO富集和KEGG富集。并通过Cytoscape软件构建"成分-靶点-通路"网络图。依据Degree分别筛选PPI中前4位基因靶点,并通过动物实验验证骨碎补-金银花干预糖尿病足大鼠动物模型后血清中靶蛋白表达差异。结果：骨碎补-金银花32个有效成分调节148个疾病靶点治疗糖尿病足,其中甾醇、豆甾醇、木樨草素、山奈酚等是核心成分,JUN、TP53、蛋白激酶B(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）3是至关重要的靶点。基因功能注释分析结果显示,与氧化应激、膜筏、膜微区、质膜筏、激酶结合、蛋白激酶结合等相关。KEGG分析结果提示骨碎补-金银花主要参与MAPK、PI3K/Akt等信号通路。动物实验证实糖尿病足大鼠血清JUN、TP5...     

基于网络药理学挖掘玉米须干预糖尿病的机制研究

[目的] 运用网络药理学挖掘玉米须干预糖尿病的主要活性成分及其潜在靶标,探讨玉米须对糖尿病的干预机制。[方法] 运用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选玉米须活性成分的作用靶标。运用人类表型术语集（HPO）,毒性与基因比较数据库（CTD）筛选糖尿病的靶标。采用STRING软件构建玉米须干预糖尿病的中药-疾病靶标网络。[结果] 得到12个活性成分和92个关键靶标,涉及糖尿病的靶标有8个。预测主要与AKT1,INSR,PRKACA等靶标有关。主要参与胰岛素信号通路和AMPK信号通路等途径。[结论] 玉米须可能通过调节AKT1和INSR蛋白参与胰岛素信号通路或AMPK信号通路对2型糖尿病起效,相关靶点及通路和现有的文献报道较为一致,可为其药用、食用的进一步开发提供参考依据。     

基于网络药理学探讨膜肾协定方治疗特发性膜性肾病的机制

目的采用网络药理学方法探讨膜肾协定方治疗特发性膜性肾病(IMN)的分子机制。 方法应用BATMAN-TCM、TCMSP、TCMID、Swiss Target Prediction、CNKI等数据库收集膜肾协定方相关成分及靶点。应用GeneCards数据库和CTD数据库筛选IMN的靶点;通过在线Venn获得复方-疾病的共同靶点。使用STRING数据库在线预测共同靶点的相互作用,并使用R studio的cluster Profiler包对所筛选靶点进行GO和KEGG通路分析。通过Cytoscape软件绘制膜肾协定方成分调节的网络图。 结果发现膜肾协定方中34个成分,通过作用于PIK3CB、MAPK14、MAPK8、MAPK11等靶点,经Hepatitis B、AGE-RAGE信号通路、cAMP信号通路、FoxO信号通路等177条通路参与调节细胞凋亡、脂质代谢、氧化应激等进程来治疗特发性膜性肾病。 结论膜肾协定方通过多成分作用多靶点,调节多条信号通路发挥对特发性膜性肾病的治疗作用。     

糖尿病肾病中医治疗用药规律分析

[目的]探讨糖尿病肾病(DN)中医治疗用药规律。[方法]通过以"糖尿病肾病"为主题词,"中医药治疗"、"中药治疗"、"中医治疗"为副主题词,检索"中国期刊网全文数据库"2002-2007年的医学数据,最终经筛选实际进行分析文献129篇,对其进行用药规律的初步归纳和一般统计方法进行分析。[结果]发现129篇中医药治疗的文献报道中,共用中药274味,使用频次前10位的药物分别为黄芪、茯苓、山药、丹参、山茱萸、白术、泽泻、当归、大黄、制附子。[结论]糖尿病肾病用药是以补益、健脾药和活血、清利药为主,兼及其他,在具体用药上又各具特点。