骨痹方治疗膝骨关节炎的网络药理学机制探讨

目的通过网络药理学探究骨痹方治疗膝骨关节炎(Knee Osteoarthritis,KOA)的药理学机制。方法通过Disgenet数据库搜集KOA靶点;通过TCMSP、TCMID数据库搜集骨痹方各成分作用靶点,使用Cytoscape软件构建成分-靶点网络分析骨痹方的重要成分。借助Genomics平台分析骨痹方和KOA共有靶点,并利用STRING平台构建共有靶点互作网络(Protein-Protein interaction network,PPI network)预测KOA潜在治疗靶点。在Systems Dock WebSite在线平台对重要成分和潜在靶点进行分子对接评估其结合活性。最后,利用Cytoscape软件"ClueGo插件"分析共有靶点KEGG信号通路并构建成分-靶点-通路网络进行可视化分析。结果共筛选出92个KOA靶点;骨痹方共有66种成分,263个靶点。骨痹方重要成分包含槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇和刺芒柄花素等。其中,共有靶点17个,潜在治疗靶点可能有IL-6、TNF、PTGS2。分子对接显示槲皮素、山柰酚和β-谷甾醇与潜在治疗靶点具有较强的结合能力。KEGG通路富集分析提示共有靶点参与IL-17信号通路、TNF信号通路和NF-κB信号通路等22条通路。结论骨痹方中槲皮素、山奈酚和β-谷甾醇等成分很可能通过IL-6、TNF、PTGS2等靶点作用于IL-17信号通路、TNF信号通路和NF-κB信号通路,发挥治疗KOA的作用。故骨痹方治疗KOA的药理学机制可能是通过多组分、多靶点、多通路实现,但需进一步通过基础和临床研究验证。     

网络药理学指导下的疏肝健脾饮治疗乳腺癌作用机制探讨

目的:运用网络药理学方法建立疏肝健脾饮活性成分-作用靶点网络,明确靶点相应的生物功能和作用通路,探讨其与乳腺癌之间相互作用途径,并通过实验验证其正确性。方法:运用TCMSP(中药系统药理学数据库和分析平台)、知网收集疏肝健脾饮组成药物柴胡、薏苡仁、莪术、青皮、茯苓的主要成分及药物潜在作用靶点,并用Cytoscape软件将疏肝健脾饮成分-作用靶点网络可视化,于药物数据库DRUGBANK、OMIO中获取乳腺癌相对应的靶标基因,将两者靶点进行匹配,得到疏肝健脾饮活性成分治疗乳腺癌潜在作用靶点。利用STRING数据库获取蛋白质间相互作用网络,信息导入Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,借助DAVID在线工具进行疾病药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。通过Western blot对HER-2指标进行检测以验证结果的准确性。结果:疏肝健脾饮中柴胡、薏苡仁、莪术、青皮、茯苓活性成分49个,潜在靶标553个,乳腺癌靶标157个,疏肝健脾饮靶标基因与乳腺癌疾病靶标基因的交集基因有17个。GO分析结果显示,生物功能包括性生殖结构发展、调节细胞蛋白质代谢过程、运动的积极调节、对药物的反应、调节RNA代谢过程、DNA依赖性的转录调节、细胞内受体介导的信号通路、调节蛋白质氨基酸磷酸化、调节细胞增殖。信号通路富集结果显示,疏肝健脾饮与乳腺癌交集靶基因的网络主要涉及癌症的途径、粘着力、非小细胞肺癌、ErbB信号通路、结直肠癌、前列腺癌、膀胱癌。其中与乳腺癌相关的主要通路为ErbB信号通路。Western blot结果示疏肝健脾饮能抑制荷瘤祼鼠乳腺癌组织中HER-2蛋白表达,且作用与他莫昔芬相当。结论:疏肝健脾饮治疗乳腺癌是多成分、多靶点共同作用于ErbB信号通路,抑制HER-2表达,从而降低乳腺癌细胞增殖,干预乳腺癌发展。     

基于网络药理学探讨益肾清肝方逆转乳腺癌内分泌治疗耐药机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术,探讨益肾清肝方逆转乳腺癌内分泌治疗耐药的活性成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选益肾清肝方的有效活性成分和作用靶点,利用GEO数据库检索获得乳腺癌内分泌治疗耐药的原始基因表达谱数据（GSE67916）以获取乳腺癌内分泌治疗耐药的相关靶基因,并与活性成分作用靶点相映射以得到共同靶点。通过STRING在线数据库构建益肾清肝方逆转乳腺癌内分泌治疗耐药PPI网络,并借助Cytoscape3.8.2软件筛选关键靶点;通过Metascape平台对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,利用Cytoscape3.8.2软件构建靶点-活性成分-通路相互作用网络,对主要活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出益肾清肝方活性成分122个,与疾病的交集靶点30个,主要涉及ESR1、TP53、STAT3、MAPK1、PGR等。KEGG富集分析显示FoxO、P53、雌激素、PI3K-Akt等信号通路可能是益肾清肝方逆转乳腺癌内分泌治疗耐药的关键信号通路,由靶点-活性成分-通路网络得出β-谷甾醇、木犀草素、山柰酚、槲皮素、苦参碱等是发挥作用的主要活性成...     

健脾化瘀解毒方调节NLRP3 炎症小体活化的生物信息学研究

目的基于生物信息学方法分析健脾化瘀解毒方对核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白3（NLRP3）炎症 小体活化的作用机制。方法通过GEO 数据库公开发表的基因芯片信息获取NLRP3 炎症小体活化的相关基 因,并进行差异基因表达分析。利用中药系统药理分析平台（TCMSP）筛选健脾化瘀解毒方的主要活性成分,并 结合相关文献对其进行适当补充。借助Pubchem 数据库和Swiss Target Prediction 数据库查找主要活性成分的作 用靶基因。绘制韦恩图得到活性成分靶点与差异基因的交集,即健脾化瘀解毒方调节NLRP3 炎症小体活化的 潜在作用靶点;构建健脾化瘀解毒方活性成分-靶点网络及靶蛋白相互作用（PPI）网络,并进行GO 功能及 KEGG 通路富集分析。结果共获得健脾化瘀解毒方9 味中药的93 个主要活性成分,798 个作用靶点;得到 NLRP3 炎症小体活化相关靶点743 个,交集靶基因62 个;关键靶点包括IL-6、VEGFA、TNF、SRC、IL-1β、 PTGS2、BCL2L1、CCND1、FGF2、ICAM1 等;共涉及26 条GO 条目与25 条相关信号通路。结论健脾化瘀 解毒方可能主要通过槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇等活性成分,作用于IL-6、IL-1β、TNF 等核心治疗 靶点,通过PI3K-Akt、HIF-1 及MAPK 等信号通路,调节NLRP3 炎症小体活化来影响细胞焦亡,发挥防治胃 癌前病变的作用。     

网络药理学探究二至丸防治阿尔茨海默病的物质基础与作用机制

该研究采用网络药理学的方法,将阿尔茨海默病的关键靶点与二至丸化合物进行分子对接,通过Cytoscape 3.2.1软件,建立成分-靶点、靶点-信号通路网络模型进行网络分析,探讨二至丸防治阿尔茨海默病的物质基础与作用机制。模拟筛选出来的30个化合物与阿尔茨海默病关键靶点及靶点集中所在的Wnt,MAPK,PI3K-Akt-mTOR 3条信号通路均有很强的相互作用,其中有槲皮素、香叶醇、β-谷甾醇、橙花醇、圣草酚5个成分可通过文献验证,初步揭示了二至丸防治阿尔茨海默病的物质基础及其在3条信号通路上的作用机制。通过网络药理学方法发现,二至丸防治阿尔茨海默病的活性成分可能是槲皮素、香叶醇、β-谷甾醇、橙花醇、圣草酚,其作用机制可能与Wnt,MAPK,PI3K-Akt-mTOR 3条信号通路有关。     

固本解毒方调控肺腺癌免疫微环境的分子机制研究及实验验证

目的：通过网络药理学探究固本解毒方干预肺腺癌免疫微环境的作用机制,并通过动物实验验证。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)等数据库筛选出固本解毒方的候选化学成分及其相关靶点,利用疾病靶点数据库获取肺腺癌及肿瘤免疫微环境的相关靶点,取交集后获得潜在作用靶点;运用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析数据库(STRING)建立PPI网络,以Cytoscape软件构建“中药-活性成分-靶点”网络图。最后,通过分子对接及动物实验进行结果验证。结果：共获得固本解毒方的候选活性成分251种,潜在作用靶点217个;中药的核心有效成分包括槲皮素(Quercetin)、β-谷甾醇(Beta-sitosterol)等,关键潜在作用靶点为促分裂原活化的蛋白激酶1(MAPK1)、促分裂原活化的蛋白激酶3(MAPK3)、信号转导及转录激活因子3(STAT3)、促分裂原活化的蛋白激酶14(MAPK14);所涉及的主要信号通路主要包括磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)、促分裂原活化的蛋白激酶(MAPK)等信号通路;分子对接结果显示Beta-sitosterol与各核心潜在作用靶点均...     

基于网络药理学探讨小柴胡汤抗肺癌作用机制

目的:运用网络药理学方法构建小柴胡汤多成分-多靶点-多通路的相互作用网络,探究其抗肺癌的作用机制。方法:利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)中药分子机制综合数据库(TCMID)和文献获取小柴胡汤的有效活性成分;运用Pharm Mapper的反向药效团匹配方法对潜在靶标进行预测,利用自开发软件TCMKD1. 0进行"肘点法"筛选优化,通过检索药物靶标数据库(TTD),人类孟德尔遗传数据库(OMIM),Gene Cards等数据库及查阅文献筛选出肺癌相关靶点;进而构建化合物-靶点网络、蛋白互作(PPI)网络、靶点-通路网络;通过STRING数据库进行靶点信息的注释;通过Cytoscape 3. 6软件构建小柴胡汤成分-靶点-通路网络。结果:得到小柴胡汤中162个有效活性成分,涉及71个抗肺癌靶点和11个相关通路;拓扑网络分析后得到槲皮素(quercetin),人参皂苷Rh2(ginsenosideRh2),芒柄花黄素(formononetin),β-谷甾醇(β-sitosterol)等96个重要成分,表皮生长因子受体(EGFR),血管内皮生长因子(KDR),半胱氨酸蛋白酶-3(Caspase-3),丝裂原活化蛋白激酶(MAPK1),肝细胞生长因子(MET)等28个关键靶点,非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer),小细胞肺癌(small cell lung cancer),ErbB信号通路(ErbB signaling pathway),VEGF信号通路(VEGF signaling pathway)等61条核心通路。结论:研究结果表明小柴胡汤抗肺癌的活性成分可能是槲皮素,人参皂苷Rh2,6-姜烯酚,芒柄花黄素,β-谷甾醇等,其作用机制可能与ErbB signaling pathway,MAPK signaling pathway,VEGF signaling pathway等通路有关,该研究为深入阐述小柴胡汤抗肺癌作用机制提供依据。     

基于网络药理学和分子对接技术的白芍治疗抑郁症作用机制探讨

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术探讨白芍治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出白芍的活性成分及相关靶点;使用DisGeNET、GeneCards等数据库筛选抑郁症潜在靶点,得到活性成分与疾病的交集靶点;通过STRING数据库构建活性靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用R语言中CludterProfiler程序包进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-通路网络;通过Discovery Studio 2016软件对核心配体小分子和受体大分子进行分子对接分析。结果:筛选得到白芍相关活性化合物8个,相关靶点77个,白芍与抑郁症的共同靶点67个,β-谷甾醇、山柰酚和蛋白激酶B1 (Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)和孕激素受体(PGR)可能是白芍治疗抑郁症的有效化合物和作用靶点。GO功能富集分析筛选得到生物过程、细胞组成、分子功能分别为2825、189、358条;KEGG富集筛选得到糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)、神经活性配体-受体相互作用、TNF、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt等信号通路;分子对接结果表明,PGR与成分丁子香萜、β-谷甾醇、谷甾醇、芍药二酮和山柰酚均具有良好的亲和力。结论:白芍治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等相关。     

基于网络药理学探讨疏肝消脂方干预酒精性脂肪肝病的作用机制

目的:筛选疏肝消脂方主要活性成分,预测活性成分的作用靶点,探讨疏肝消脂方干预酒精性脂肪肝(AFLD)的多成分、多靶点、多通路作用机制。方法:检索BATMAN-TCM和TCMSP数据库,收集疏肝消脂方的活性成分及靶点。从GeneCards、OMIM等数据库收集AFLD的作用靶点,并与疏肝消脂方活性成分靶点取交集;用STRING数据库构建蛋白相互作用网络图(PPI);使用Cytoscape软件构建疏肝消脂方活性成分-靶点网络图,并利用CytoNCA插件对该网络进行拓扑属性分析,筛选出核心靶点。采用DAVID数据库对筛选到的核心靶点进行GO(基因本体)功能富集分析和KEGG(京都基因和基因组百科全书)信号通路富集分析,并通过R语言实现可视化分析。结果:疏肝消脂方筛选获得活性成分203种,对应靶点678个,AFLD相关靶点1 784个,交集靶点278个。核心靶点主要关联AFLD中的氧化应激、蛋白质结合、对脂多糖反应等生物过程,并且参与肿瘤坏死因子信号通路、脂质和动脉粥样硬化、MAPK信号通路等,以上生物过程和信号通路介导疏肝消脂方干预AFLD潜在作用机制。结论:疏肝消脂方通过MAPK等信号通路...     

基于网络药理学探讨止嗽散治疗喉源性咳嗽的作用机制

目的：利用网络药理学探讨止嗽散治疗喉源性咳嗽的作用机制。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对止嗽散的主要成分及作用靶点进行筛选和挖掘;利用Cytoscape 3.7.2软件,构建中药成分-靶点网络图;以GeneCards平台挖掘喉源性咳嗽的相关靶点;运用STRING数据库构建止嗽散治疗喉源性咳嗽的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;进行拓扑分析并筛选出止嗽散治疗喉源性咳嗽的核心靶点;利用David数据库对药物、疾病交集靶点进行富集分析。结果：止嗽散药物-成分-靶点-疾病网络图包含152个有效成分,相对应靶点155个;喉源性咳嗽相关靶点1 176个。其中β-谷甾醇、槲皮素、木犀草素、豆甾醇、山柰酚等可能是止嗽散治疗喉源性咳嗽的关键成分,涉及TP53、VEGFA、IL6、MAPK、JUN、TNF、EGF等14个核心靶点。基因本体(GO)生物过程分析涉及一氧化氮生物合成过程的正调控、细胞外间隙、基因表达的正调控、细胞外区、脂多糖介导的信号通路等。京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析提示这些靶点参与TNF信号通路、NOD样受体信号通路、FoxO信号通路、To...     

基于网络药理学探析祛瘀解毒方治疗结直肠癌的机制

目的利用网络药理学探析祛瘀解毒方治疗结直肠癌的机制。方法从中药系统药理学分析平台收集组方药物的活性成分及靶点,与Genecards网站收集的CRC相关靶点取交集后,筛选出祛瘀解毒方治疗CRC的潜在靶点,利用Cytoscape软件绘制中药-活性成分-靶点网络图并分析出该网络的核心成分,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶蛋白互作网络并分析出该网络的核心靶点,利用R语言中clusterProfiler包对基因进行基因本体分子功能和京都基因与基因组百科全书通路富集分析,最后通过分子对接探讨核心成分与核心靶点之间的相互作用情况。结果祛瘀解毒方治疗CRC的核心成分可能为槲皮素、木犀草素、汉黄芩素,核心治疗靶点可能为TP53、AKT1和ALB,与CRC相关的通路涉及细胞增殖、细胞凋亡、血管生成、内分泌、肿瘤免疫、MicroRNA和耐药性等方面。分子对接表明AKT1、ALB与槲皮素、木犀草素、汉黄芩素相互作用较强。结论该研究表明祛瘀解毒方治疗CRC的多成分、多靶点、多通路作用机制,可为今后阐明祛瘀解毒方治疗CRC的具体机制提供思路。     

基于网络药理学探讨川椒方治疗过敏性结膜炎的作用机制

目的通过网络药理学探讨川椒方治疗过敏性结膜炎(AC)的作用机制。方法在中药系统药理学数据库(TCMSP)和中医药百科全书数据库(ETCM)中获取川椒方的活性成分和作用靶点,并按照药代动力学参数进行筛选。基于GeneCards数据库和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)获取AC的相关靶点;并获取川椒方治疗AC的关键靶点,构建关键靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并对关键靶点进行GO富集分析、KEGG通路富集分析、模块分析。结果共得到川椒方活性成分85个,预测靶点508个,其中川椒方治疗AC的关键靶点183个。PPI网络中度值最高的靶点包括:白细胞介素6 (IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF-α)、蛋白激酶B(Akt1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等。GO富集分析分别得到生物过程(BP)条目1,981个,细胞成分(CC)条目71个,分子功能(MF)条目160个。KEGG富集分析共筛选得到160条信号通路。模块分析共得到7类模块。结论川椒方中主要含有的成分是槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等,可能通过作用于IL-6、TNF-α、VEGFA、AKT1等关键靶点,调控AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、NF-κB信号通路来调节炎症免疫等过程,从而发挥治疗AC的作用。     

基于网络药理学探究痤疮合剂治疗痤疮作用机制

目的 基于网络药理学技术探索痤疮合剂治疗痤疮的作用机制。方法 依托中药系统药理学数据库(TCMSP)和中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选痤疮合剂的活性化合物和作用靶点;通过人类基因信息数据库(GeneCards)检索痤疮的疾病靶点;应用Cytoscape软件构建药物活性化合物-疾病-靶点互作网络;运用STRING平台搭建蛋白质间相互作用网络(PPI);利用DAVID数据库预测靶点的基因本体(GO)基因功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过Autodock vina 1.1.2软件进行活性成分与核心靶点之间的分子对接。结果 筛选得槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇等176个化合物,主要涉及白细胞介素-6(IL-6),血管内皮生长因子A(VEGFA)等56个核心靶点,通过癌症信号通路(Pathways in cancer)、肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway)、低氧诱导性因子1信号通路(HIF-1 signaling pathway)等通路发挥治疗作用。结论 基于网络药理学的方法,该研究初步探究了痤疮合剂...     

基于网络药理学探索半夏泻心汤治疗胃癌的作用机制

目的运用网络药理学研究半夏泻心汤治疗胃癌的物质基础与潜在作用机制。方法基于多源在线数据库收集半夏泻心汤化学成分集,筛选化学活性成分,运用化学相似性找靶,垂钓半夏泻心汤潜在靶点,同时通过多源在线数据库整合的方法获取胃癌的相关靶点,匹配半夏泻心汤、胃癌靶点,选取重合的靶点作为半夏泻心汤治疗胃癌的关键靶点,将虚拟筛选的靶点进行GO富集分析及相关信号通路注释,采用Cytoscape软件构建网络。结果收集半夏泻心汤953种化学成分,筛选出164种有效成分,前五位的活性成分为β-谷甾醇、豆甾醇、槲皮素、谷甾醇、山奈酚,与胃癌靶点关联度较强的分别为槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、吴茱萸次碱、黄柏酮。获取83个重合靶点,GO富集分析预测半夏泻心汤治疗胃癌主要涉及细胞凋亡、细胞增殖、肿瘤微环境和机体内环境四个方面。通过KEGG获取23条信号通路,其中PI3K-Akt、MAPK、NF-kappa B可能是其发挥抗肿瘤癌作用的主要通路。结论预测半夏泻心汤通过参与增殖、凋亡、神经内分泌免疫等机制发挥抗胃癌作用,其物质基础可能是β-谷甾醇、槲皮素、山奈酚。     

基于网络药理学探讨交泰调脉方治疗冠心病作用机制

目的:基于网络药理学探讨交泰调脉方治疗冠心病的潜在作用机制。方法:检索中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得交泰调脉方的成分和靶点,并使用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)、疾病关联数据库(GAD)、药物靶标数据库(TTD)、疾病相关的基因与突变位点数据库(DisGeNET)等疾病数据库获得冠心病相关靶点。通过取交集得到交泰调脉方治疗冠心病的潜在作用靶点,导入Cytoscape3.7.2软件构建"方药-成分-靶点"网络。借助STRING数据库和Cytoscape3.7.2软件进行蛋白互作分析,并筛选关键靶点和子模块,最后使用DAVID数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,使用Reactome数据库进行Reactome富集分析,并制作"药物-成分-靶点-通路"图。结果:共获得交泰调脉方成分405个,作用于冠心病的潜在靶点146个,包括6个子模块和10个关键靶点。交泰调脉方治疗冠心病的主要成分为槲皮素、甘氨酸、β-谷甾醇、(R)-氢化小檗碱、芹菜素等,通过调控缺氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、神经活性配...     

“茵陈-栀子”药对治疗小儿胆道闭锁的网络药理学探讨

目的 通过网络药理学的方法探究“茵陈-栀子”药对治疗小儿胆道闭锁(BA)的潜在机制。方法 运用网络数据库对“茵陈-栀子”有效成分及BA靶点进行检索筛选。运用作图软件构建“茵陈-栀子”药对的“成分-靶点”和胆道闭锁-通路-靶点网络图。利用STRING数据库构建茵陈-栀子药对治疗胆道闭锁的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,利用Cytoscape3.9.1软件依据Degree值筛选核心靶点。最后,通过Metascape数据库对药物-疾病公共靶点进行生物过程及通路富集分析。结果 在茵陈-栀子药对中共筛选出28个与BA相关的活性成分和96个潜在作用靶点;经“Netework-Analyze”分析以“degree值>30”为条件筛选出16个核心靶点;分别是AKT1、EGFR、HSP90AA1、ESR1、HIF1A、MTOR、SIRT1、MDM2、MMP9、BCL2L1、ATM、PPARG、PIK3CA、AR、JAK2、NOS3。茵陈-栀子有2个共同成分,分别是quercetin(槲皮素)、beta-sitosterol(β谷甾醇)。涉及与胆道闭锁相关的通路有Pathways in ca...     

基于网络药理学探讨柴胡疏肝散治疗乙型肝炎相关性肝癌的机制

目的：运用网络药理学方法探讨柴胡疏肝散治疗乙型肝炎相关性肝癌的作用机制。方法：通过TCMSP平台筛选柴胡疏肝散活性成分及药物靶点,利用已知肝癌数据库（Onco DB.HCC数据库和Liverome数据库）及GEO数据库筛选出乙型肝炎相关性肝癌的疾病靶点,用String构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并筛选关键靶点,运用生物信息学方法对潜在靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。利用GEPIA数据库对关键靶点进行生存预后分析。结果：获得柴胡疏肝散治疗乙型肝炎相关性肝癌的有效成分116个,潜在靶点17个,关键活性成分为槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素;关键靶点为雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)、细胞色素P450 3A4酶（Cytochrome P450 Family 3 Subfamily A Member 4,CYP3A4）、醌氧化还原酶1[NAD(P)H Quinone Oxidoreductase 1,NQO1]。共涉及482个生物过程、5种细胞成分、57个分子功能,主要富集于12条信号通路。预测柴胡疏肝散主要通...     

基于网络药理探讨四妙散治疗骨性关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学探讨四妙散治疗骨性关节炎(OA)的作用机制。方法:从中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中检索四妙散中黄柏、苍术、薏苡仁、牛膝的活性成分,以口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18为条件进行筛选,通过Uniprot数据库进行靶点预测;通过TTD、Drugbank、CTD、Gencards、OMIM、PharmGKB、GAD、KEGG数据库获取OA的相关靶标,并进一步对药物和疾病靶点相映射得到四妙散治疗OA的潜在靶点,运用Cytoscape和STRING软件构建“中药-成分-靶点”与蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,筛选可能发挥治疗作用的重要成分及靶点,并对相关靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析获知其潜在的作用机制。结果:从四妙散中共筛选出活性成分67个,包括槲皮素、豆甾醇、β-谷甾醇、汉黄芩素、非洲防己碱等,与骨关节炎相关的作用靶点524个,包括TNF、IL6、MAPK1、PTGS2、MAPK8等。四妙散主要通过调节TNF信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体、Toll样受体信号通路等发挥治疗骨关节炎的作用。结论:本研究运用网络药理学预测了四妙散治疗OA可能的活性成分、关键靶点及作用通路,体现了中药治疗疾病具有“多成分、多靶点、多途径”的特点,为其药效物质基础和作用机制研究提供了理论基础。     

基于网络药理学与分子对接探讨青风藤干预膝骨关节炎的作用机制

目的：应用网络药理学与分子对接技术探讨青风藤治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制。方法：从TCMSP数据库中提取青风藤的化学成分，获得药物靶点及疾病相关基因，筛选交集靶点，获得青风藤治疗KOA的作用靶点。对交集靶点及相关信号通路利用数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过分子对接平台进行分子对接。结果：获得青风藤化合物主要化学成分6种、疾病基因643个、药物与疾病交集靶点11个。网络分析结果显示，青风藤通过调控肿瘤信号通路、糖尿病并发症中的糖基化终末产及其受体信号通路(AGE-RAGE)、细胞凋亡信号通路、肿瘤抑制蛋白p53信号通路(p53)、血清素突触信号通路等作用于前列腺素G/H合酶1(PTGS1)、前列腺素-内过氧化物酶合酶2(PTGS2)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、转化生长因子β-1前蛋白(TGFB1)、胱天蛋白酶3(CASP3)等关键靶点，通过干预细胞凋亡、抑制炎症等发挥治疗KOA的作用。分子对接结果显示，青风藤核心成分β-谷甾醇(beta-sitosterol)、青藤碱(Sinome...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨驱痛散治疗急性腰扭伤的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术探讨驱痛散治疗急性腰扭伤的作用机制。方法：使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)得到药物的活性成分和作用靶点,利用人类基因数据库(Genecards)获得与药物有关疾病的靶点信息,结合该信息利用在线韦恩图获得药物-疾病的韦恩图和共同基因,运用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分和靶点基因网络,利用Bisogenet和CytoNCA插件以度值(DC)>61和介度中心数(BC)>600为筛选条件筛选构建蛋白相互作用(PPI)网络获取核心靶标,运用ClueGO插件,显著性筛选P<0.01对靶点进行生物过程和通路富集分析。经AutoDock Vina进行分子对接预测。结果：共探索出驱痛散的有效活性成分145种,潜在靶点238个,急性腰扭伤疾病靶点10 866个,得到共同靶点230个。核心成分为槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、芦荟大黄素等。这些共同作用靶点主要富集于894个生物过程和131条信号通路上,涉及磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、FoxO信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、Toll样受体信号通路(Toll...