基于网络药理学研究半夏-陈皮-茯苓角药治疗胃癌的分子生物学机制

目的 采用生物信息技术研究半夏-陈皮-茯苓角药治疗胃癌的分子生物学机制。方法 在中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索半夏-陈皮-茯苓角药的全部有效成分及作用靶点,通过GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD、PharmGkb基因库检索胃癌的相关疾病基因,通过R软件绘制疾病-成分Venn图,在利用String数据库生成半夏-陈皮-茯苓角药的PPI网络,最后对核心靶点进行GO和KEGG通路分析。结果 限定筛选条件为OB≥30%、DL≥0.18共得到32个活性化合物,其中半夏13、陈皮5、茯苓14,筛选得到半夏-陈皮-茯苓角药的潜在靶点228个,关键靶点共13个,GO生物过程分析显示参与氧化应激的反应、突触膜、G蛋白偶联的胺受体活性等过程。KEGG结果表明半夏-陈皮-茯苓角药可能通过乙型肝炎、人类免疫缺陷病毒感染、卡波氏肉瘤相关疱疹病毒感染cAMP信号通路、前列腺癌、雌激素信号通路、丙型肝炎等通路调节胃癌。结论 半夏-陈皮-茯苓角药通过调节HIF1A、GSK3B、MAPK8、CASP、CDK2等相关靶点的表达,从而调控细胞凋亡、调控氧化应激等多个方面发挥治疗胃癌的作用。     

基于网络药理学和分子对接的泽泻汤治疗高脂血症作用机制研究

目的 基于网络药理学及分子对接技术,构建泽泻汤治疗高脂血症的成分-通路-靶点网络,探讨其潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）并结合文献,筛选泽泻汤的活性成分;借助TCMSP和PharmMapper数据库筛选泽泻汤活性成分的作用靶点,并建立活性成分靶点库;利用OMIM、TTD、DrugBank、PharmGKB和GeneCards数据库获取高脂血症的相关靶点,并建立疾病靶点库;运用STRING数据库和Cytoscape软件构建成分靶点与疾病靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选得到核心靶点;采用DAVID数据库和OmicsBean平台分别对核心靶点进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析和基因本体（GO）功能分析;最后通过Discovery Studio软件验证泽泻汤中活性成分与髓过氧化物酶（MPO）、基质金属蛋白酶9（MMP9）、凝血因子Ⅱ（F2）、过氧化物酶增殖物激活受体a（PPARA）和哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）5个靶点的结合活性。结果 共挖掘到泽泻汤中16个活性成分及369个潜在成分靶点,与284个高脂血症相关靶点相互映射,并通过PPI网络分析筛选得到16个核心靶点,包括MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等,推测这些靶点可能为泽泻汤治疗高脂血症的核心靶点。同时,分子对接结果显示,泽泻汤中所含的泽泻醇类、大黄素和白术三醇与高脂血症的核心靶点有较强的结合能力。KEGG富集分析发现与高脂血症相关的主要调控通路涉及缺氧诱导因子-1（HIF-1）、胰岛素抵抗、胰岛素信号等。结论 泽泻汤的活性成分可能通过作用于MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等多个高脂血症相关靶点,调节HIF-1、胰岛素抵抗、胰岛素信号通路,从而发挥治疗高脂血症的作用,为后续研究泽泻汤治疗高脂血症的分子机制提供了思路。     

基于网络药理学及体外实验验证研究茯苓-白术药对治疗胃癌的作用机制

目的：基于网络药理学及实验验证,探讨茯苓-白术药对治疗胃癌的作用机制。方法：根据口服生物利用度和类药性,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选茯苓-白术药对活性成分,借助Swiss Target Prediction数据库,预测茯苓-白术药对活性成分的潜在靶点。在疾病相关基因数据库（DisGeNET）检索胃癌相关靶点,将2个靶点集导入Cytoscape软件做交集,通过筛选拓扑特征值获取茯苓-白术药对治疗胃癌的核心靶点集,构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。并进行基因本体（GO）及京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。最后,通过体外实验对有效靶点及通路进行验证。结果：茯苓-白术药对含有36个有效活性成分,PPI网络关键靶点主要为MAPK3、PTGS2、EGFR、MAPK8、MAPK14、PPARG、ESR1等。预测茯苓-白术药对活性成分通过“Viral carcinogenesis”“PI3K-AKT signaling pathway”“Proteoglycans in cancer”等信号通路发挥作用。结论：茯苓-白术药对通过多成分、多靶点、多途径治疗胃癌,可通过靶向于PI3K-AKT信号通路及促分裂原活化的蛋白激酶3蛋白表达参与细胞增殖、侵袭,为进一步研究茯苓-白术药对治疗胃癌奠定了坚实基础。     

基于网络药理学和药效实验探究当归贝母苦参丸加味治疗慢性前列腺炎作用机理

目的:基于网络药理学及分子对接技术加以药效实验探究当归贝母苦参丸加味治疗慢性前列腺炎(CP)的作用机制。方法:通过中药系统药理分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)和文献挖掘获得当归贝母苦参丸加味活性成分;运用SwissTargetPrediction数据库进行活性成分靶点预测,同时对TCMSP数据库成分已有靶点加以补充;运用在线孟德尔人类遗传数据库(OMIM)、GeneCards数据库、美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库收集CP相关靶点;运用Cytoscape软件构建中药-活性成分-靶点-通路网络图;运用STRING数据库进行生信分析,构建靶点蛋白-靶点蛋白互作(PPI)网络图,运用CytoNCA筛选核心靶点,并用Cytoscape进行可视化网络展示;运用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;Autodock-Tools、Vina对当归贝母苦参丸加味活性成分和关键靶点蛋白进行分子对接;通过Western Blot法验证活性成分与关键靶蛋白的相互作用。结果:筛选出当归贝母苦参丸加味活性成分67个,包括槲...     

基于网络药理学研究桃仁-红花治疗高脂血症的作用机制

目的:运用网络药理学方法研究桃仁-红花治疗高脂血症的作用靶点和信号通路,进一步分析其治疗高脂血症的物质基础和作用机制.方法:通过Drugbank、TrD数据库收集高脂血症作用靶点;通过中药系统学药理分析平台获得桃仁-红花所含化学成分及预测靶点;运用Cytoscape软件绘制“桃仁-红花活性成分-潜在靶点”网络;应用Cl...     

基于网络药理学探讨黄柏-土茯苓治疗慢性前列腺炎的机制研究

目的：运用网络药理学方法探讨黄柏-土茯苓治疗慢性前列腺炎的作用机制。方法：根据药物性质和口服生物利用度,利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）收集两味药的化合物和有效靶点进行分析,采用Cytoscape 3.9.0构建化合物-靶点网络结构;从GeneCards中获得慢性前列腺炎相关基因的靶点,结合黄柏-土茯苓有效成分对上述靶点进行韦恩分析,并筛选出交集靶点。利用String数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用网络;在DAVID数据库中进行基因本体（GO）功能富集分析和与京都基因和基因组数据库（KEGG）通路富集分析。结果：获得活性化合物36个,药物靶点218个,疾病靶点2 204个,交集靶点157个。获得白细胞介素（Interleukin,IL）-4、IL-6、IL-10、C-C基序趋化因子配体2(C-C Motif Chemokine Ligand2,CCL2)、C-X-C基序趋化因子配体（C-X-C Motif Chemokine Ligand,CXCL）2、CXCL10、肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor,TNF）等48个关键靶点,KEGG通路富集分析...     

基于网络药理学和分子对接分析白术-茯苓治疗克罗恩病的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接研究白术-茯苓治疗克罗恩病的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）分别检索“白术”“茯苓”,得到活性成分和药物作用靶点,再将蛋白靶点输入UniProt数据库获得相应基因靶点;在GeneCards数据库检索“克罗恩病”作用靶点,药物和疾病作用靶点通过Venny取交集后,借助Cytoscape绘制药物-活性成分-靶点的网络图,通过String、Cytoscape分别进行蛋白质-蛋白质相互作用网络图和筛选核心靶点。通过David和京都基因与基因组百科全书进行富集分析,获得潜在通路和作用靶点的可视化分析。使用AutoDock软件对有效活性成分和关键作用靶点进行分子对接验证。结果：（1）白术-茯苓的有效活性成分共22种,主要成分有苍术酮、白术内酯、常春藤皂苷元、三萜类化合物等;（2）白术-茯苓药对与治疗克罗恩病的共同靶点有15个,关键靶点有前列腺素内过氧化物合酶2(ProstaglandinEndoperoxide Synthase 2,PTGS2)、乙酰胆碱酯酶（Acetylcholinesterase,ACHE）、神经型烟碱乙酰胆碱受体...     

基于网络药理学分析钩藤-白芍治疗小儿抽动障碍的作用机制

目的:运用网络药理学方法探讨钩藤、白芍治疗小儿抽动障碍(TD)的作用靶点及相关信号通路,以明确其作用机制.方法:在TCMSP数据库中检索钩藤、白芍化学成分并筛选作用靶点,并检索相关文献进行补充;从GENECARD、OMIM、TTD及DrugBank数据库检索与抽动障碍相关的疾病靶点,利用Cytoscape 3.7.0软件构建化合物-靶点网络,并筛选核心网络,进行GO功能和KEGG通路富集分析.结果:共筛选出钩藤治疗TD的化合物30种,与之相对应的作用靶点590个;白芍治疗TD的化合物7种,与之相对应的作用靶点81个.活性成分靶点与抽动障碍疾病靶点的交集基因共37个,交集基因的PPI网络共包含节点37个、边198条,平均节点度值为9.89.GO分析结果显示,上述交集基因的分子功能主要包括G蛋白耦联受体活性、儿茶酚胺结合、神经递质受体活性等,生物过程主要涉及腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号、化学突触传递等,细胞组分主要包括突触膜固有成分、突触后膜等.KEGG分析结果显示,信号通路主要涉及神经活性配体-受体相互作用信号通路、钙信号通路、cGMP-PKG信号通路、cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路等.结论:本研究初步验证了钩藤-白芍治疗TD的药理学作用机制,为进一步从细胞生物学层面验证其作用机制奠定了基础.     

基于网络药理学探讨桂枝茯苓丸治疗子宫内膜异位症的作用机制

目的:运用网络药理学研究方法探讨中医经典名方桂枝茯苓丸治疗子宫内膜异位症(EMS)的作用机制.方法:在TCMSP、BATMAN-TCM、TCMID中筛选桂枝茯苓丸的成分和靶点;并通过OMIM、GeneCards数据库检索EMS相关靶点;取交集后得到桂枝茯苓丸和子宫内膜异位症的共同靶点,利用Cytoscape 3.6.1...     

基于网络药理学的叶下珠作用机制分析

目的:采用网络药理学方法,研究探讨叶下珠的药理作用机制。方法:通过文献挖掘、TCMSP和BATMAN-TCM等数据库收集筛选叶下珠中化学成分和对应靶点,运用Cytoscape 3.7.2和STRING数据库构建化合物-靶点网络和PPI网络,筛选叶下珠发挥治疗作用关键成分及靶点。在DisGenet、DrugBank、OMIM等数据库中收集叶下珠候选靶点对应的疾病,构建候选靶点-疾病网络,通过DAVID对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,构建叶下珠关键成分-关键靶点-信号通路-疾病网络,预测探讨叶下珠治疗相关疾病的作用机制。结果:共收集叶下珠化合物356个,筛选154个活性化合物及651个靶标蛋白,PPI网络分析共得到36个候选靶点,对应82个化合物。关键成分有鞣花酸、柯里拉京等10个化合物,获得PTGS2、HSP90AA1、CASP3、ESR1、TNF和AKT1等10个关键靶点,对应结肠肿瘤、再灌注损伤、炎症、脑缺血和腺癌等17种疾病。GO、KEGG和关键成分-关键靶点-信号通路-疾病网络分析结果显示,其主要通过调控癌症信号通路、免疫炎症相关通路及细胞增殖凋亡信号通路等,发挥抗肿瘤、抗...     

基于网络药理学探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制

目的：利用网络药理学的方法探讨丹参-红花药对治疗冠心病的作用机制。方法：运用TCMSP网络数据库对丹参-红花两味药主要有效成分及作用靶点进行筛选和挖掘,利用Cytoscape3.7.2软件,构建中药成分-靶点网络图;以OMIM在线分析平台挖掘冠心病的相关作用靶点,基于STRING数据库构建丹参-红花治疗CHD的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,然后进行拓扑分析,筛选出丹参-红花治疗冠心病的核心靶点。利用Metascape数据库对药物-疾病交集靶点进行生物通路及富集分析。结果：丹参-红花成分-靶点网络图包含87个有效成分,相对应靶点1 693个;核心靶点涉及TNF、白细胞介素-1B（IL-1B）、髓过氧化物酶（MPO）、血管细胞黏附蛋白1（VCAM1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、基质金属蛋白酶3(MMP3)等。结论：丹参-红花治疗冠心病主要靶点参与与流体剪切应力与动脉粥样硬化、活性氧代谢过程、DNA结合转录因子活性的正调控、蛋白质复合物装配的正调控、细胞活化的调节等相关,其中聚集在流体剪切应力与动脉粥样硬化的靶点最多。     

基于网络药理学探讨桂枝茯苓丸治疗糖尿病肾病的作用机制

目的：通过网络药理学的方法探讨桂枝茯苓丸治疗糖尿病肾病（Diabetic Nephropathy,DN）的信号通路及其可能的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）检索桂枝茯苓丸中桂枝、茯苓、牡丹、赤芍、桃仁5味中药的有效活性成分,并用Perl软件得出药物作用靶基因,应用Uniprot数据库将药物靶点规范为相应的基因名称;在Genecards数据库、人类孟德尔遗传数据库中输入“diabetic nephropathy”,获取DN的疾病靶点基因。通过R软件获取药物-疾病的交集作用靶点,采用Cytoscape 3.2.1软件绘制成分-靶点-疾病可视化网络图,利用STRING数据库及Cytoscape 3.2.1软件得到靶点蛋白质-蛋白质相互作用（Protein-protein Interaction,PPI）网络图,并进一步对关键靶点进行基因本体论（Gene Ontology,GO）功能富集分析、京都基因与...     

基于网络药理学麻黄治疗肺炎的作用机制研究

目的基于网络药理学分析麻黄治疗肺炎的作用机制。方法使用TCMSP数据库收集麻黄的活性成分及靶点,通过uniprot网站筛选基因名称。使用Genecards及OMIM数据库筛选肺炎相关基因并与麻黄靶基因取交集。使用string网站构建蛋白互网络(PPI网络),并使用Cytoscape软件构建"麻黄-靶蛋白-靶基因-肺炎"网络,最后使用RGUI软件中CludterProfiler包进行GO富集分析和KEGG代谢通路分析。结果筛选麻黄靶点及靶基因得到21个成分的234个靶基因名称,与肺炎相关基因取交集后得到101个公共靶基因。"麻黄-靶蛋白-靶基因-肺炎"网络中degree值超过10的基因有PTGS1、NCOA2,麻黄成分有quercetin、kaempferol、luteolin、naringenin、beta-sitosterol、Stigmasterol。PPI网络中degree值50以上的有白细胞介素-6(IL-6)、表皮生长因子受体(EGFR)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶(CASP3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、有丝分裂原激活蛋白激酶(MAPK8)、Myc原癌基因蛋白(MYC)。GO富集和KEGG富集发现麻黄-肺炎体系中生物过程参与最多,且细胞凋亡通路、TNF信号通路、PI3K-Akt通路、P53信号通路是主要参与的信号通路。结论麻黄-肺炎体系存在着多分子、多靶点、多通路的作用机制。麻黄可能是通过调控IL-6、细胞凋亡通路、TNF信号通路、PI3K-Akt通路、P53信号通路等干预体内多种生物过程的方式治疗肺炎。     

泽泻汤治疗梅尼埃病作用机制的网络药理学探讨

目的:通过网络药理学方法探讨泽泻汤治疗梅尼埃病(Meniere Disease,MD)的作用机制.方法:利用SymMap、TC-MSP、TCMID、BATMAN-TCM等中医药数据库及TargetNet药物-靶点谱在线计算平台,获取泽泻汤有效成分及作用靶点;通过OMIM、Gene Cards、TTD、CTD等疾病基因数...     

基于网络药理学研究夏枯治疗甲状腺癌作用机制

目的 运用网络药理学分析夏枯草治疗甲状腺癌分子机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)查找夏枯草的有效成分和药物作用靶点,通过Gene C...     

基于网络药理学和分子对接探讨泽泻三萜抗肝纤维化的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法探究泽泻三萜成分抗肝纤维化的潜在作用机制.方法 根据数据库筛选及文献调研选取以泽泻三萜中8种活性成分为研究对象,利用Swiss Target Prediction网络平台预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获取与肝纤维化有关的靶点,借助Cytoscape 3.7.2软...     

基于网络药理学当归黄柏治疗慢性前列腺炎的作用机制研究

目的:基于网络药理学方法探讨当归-黄柏治疗慢性前列腺炎(chronic prostatitis,CP)的作用机制.方法:应用中药系统药理学分析平台(TCMSP)并结合文献检索,筛选当归-黄柏中的活性成分与作用靶点,利用Uniprot数据库对靶点进行校正,应用GeneCards、OMIM数据库筛选疾病CP靶点,应用R语言...     

基于网络药理学的"土茯苓-金银花"药对治疗类风湿关节炎作用机制研究

目的 运用网络药理学方法筛选"土茯苓-金银花"药对治疗类风湿关节炎(RA)的有效成分和作用靶点,探究其主要成分-核心靶点-疾病的复杂网络关系.方法 通过中药系统药理学平台(TCMSP)收集"土茯苓-金银花"药对的活性成分及作用靶点;通过GeneCards及OMIM、Drugbank数据库收集RA的疾病相关基因,构建"核心成分-核心靶点-核心通路"网络并筛选出"土茯苓-金银花"药对治疗RA的核心靶点,然后进一步行蛋白互作网络分析(PPI)、GO生物功能注释、KEGG通路富集分析.结果 ①在TCMSP数据库初步提取土茯苓化学成分75种,金银花化学成分240种,经ADME筛选后共获得土茯苓15种,金银花23种活性成分,包括紫杉酚、槲皮素、山萘酚、香茅醇、豆甾醇等.土茯苓主要成分作用靶点基因252个,金银花主要成分作用靶点基因352个.②在GeneCards数据库、OMIM的两个数据库、Drugbank数据库检索得到671个RA靶点.③土茯苓、金银花与RA的共同靶点基因55个.PPI网络分析发现JUN、AKT1、IL-10、VEGFA、TNF等可能是"土茯苓-金银花"药对治疗RA的关键靶点.④在DAVID数据库提交基因序列,得到富集分析结果KEGG Pathway 96条信号通路,"土茯苓-金银花"药对治疗RA主要参与的信号通路包括TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等.GO富集分析包括生物过程(BP)355条结果,涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控、炎症反应、对脂多糖的反应、脂多糖介导的信号通路、平滑肌细胞增殖的正调控、血管生成、细胞对脂多糖的反应、血管新生的正调控、以DNA为模板的转录正调控等;细胞成分(CC)27条结果,分子功能(MF)50条结果,主要涉及酶结合、细胞因子活性、转录因子结合、相同的蛋白质结合、蛋白质结合、序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、蛋白磷酸酶2A结合、转录激活子活性,RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区域序列特异性结合、肿瘤坏死因子受体结合等.结论 "土茯苓-金银花"药对的主要活性成分通过TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等信号通过参与RA发病的炎症反应,从而发挥了缓解RA病情的临床作用.本研究初步探究了"土茯苓-金银花"药对治疗RA的作用靶点和作用通路,为进一步更深入地挖掘其治疗RA的作用机制奠定了基础.