首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到18条相似文献,搜索用时 156 毫秒
1.
目的:基于网络药理学和生物信息学探讨白头翁汤(BTWT)治疗溃疡性结肠炎(UC)的分子网络调控机制。方法:通过检索中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP),筛选BTWT的入血活性成分和作用靶点;通过GEO数据库获取UC患者与健康人群的显著性差异表达基因;采用Cytoscape构建BTWT活性成分-靶点网络;采用Bisogenet构建BTWT作用靶点蛋白质-蛋白质交互作用(PPI)网络及UC特异性基因PPI网络并提取这两个网络的交集,获得BTWT治疗UC的PPI网络及特征性基因;采用DAVID数据库对BTWT治疗UC的特征性基因进行基因本体(GO)和KEGG信号通路分析;运用Cytohubba筛选BTWT治疗UC的关键靶点。结果:在TCMSP中共检索到与BTWT相关的化学成分247个,依据ADEM参数筛选得到活性成分53个,其中入血活性成分37个,通过检索配对分析,这些成分对应的靶点有643个;从GEO数据库获得UC表达谱数据芯片GSE87466,经过筛选分析得到UC患者特异性表达差异基因279个;进一步分析得到1705个特征性基因参与BTWT治疗UC的过程;GO分析和KEGG通路分析结果表明,BTWT治疗UC主要涉及细胞质、细胞核、细胞连接等分子组成,生物学过程主要包括细胞增殖、迁移和凋亡等,分子功能主要涉及蛋白特异性结合、蛋白酪氨酸激酶活性等;主要富集于MAPK信号通路、趋化因子信号通路、TNF信号通路等;从特征性基因网络中筛选出NTRK1、TP53、APP等10个关键靶点。结论:本研究从网络药理学和生物信息学角度揭示了中药治疗疾病多成分、多靶点和多途径的特点,探究得到BTWT治疗UC的关键靶点及可能分子机制,可为BTWT治疗UC的基础实验与临床研究提供理论依据。  相似文献   

2.
杨锋磊  纪伟 《现代医药卫生》2022,(21):3622-3628+3634
目的 基于网络药理学筛选雷公藤治疗系统性红斑狼疮(SLE)潜在靶点,分析其作用机制。方法设置口服生物利用度(OB值)≥30%、药物相似性(DL值)≥0.18,在TCMSP数据库初步筛得雷公藤有效成分及作用靶点,在Uniprot数据库中将药物靶点处理成标准化基因名,在Genecards、OMIM、TTD、Drugbank数据库检索SLE相关靶点,将雷公藤药物靶点与SLE靶点相互映射,绘制Venny图,获得两者共同作用靶点,绘制“雷公藤-活性成分-潜在靶点-SLE”图;用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)数据分析,将得出的结果导入Cytoscape软件实现可视化显示,筛选核心基因;在David数据库对潜在作用靶基因展开GO、KEGG富集分析。结果 共搜索到雷公藤有效活性成分28个,药物预测靶点150个,疾病靶点1447个,疾病与药物交集靶点82个。根据PPI网络显示,雷公藤治疗SLE的核心靶点有TNF、AKT1、JUN、VEGFA、TP53、CXCL8等。GO富集分析得出,雷公藤治疗SLE生物学过程和功能有细胞因子介导的信号通路、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、炎性反...  相似文献   

3.
目的探讨黄连-蒲公英药对治疗慢性萎缩性胃炎阻断“炎-癌链”的可能机制。方法通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库获取黄连-蒲公英药对的主要活性成分,并用Uniprot数据库矫正靶点,利用人类基因数据库(Gene Cards)筛选慢性萎缩性胃炎的疾病靶点,采用Venny 2.1软件将药物靶点和疾病靶点取交集,获得黄连-蒲公英治疗慢性萎缩性胃炎的作用靶点。采用String数据库和Cytoscape 3.8.2软件绘制蛋白相互作用网络(PPI),使用DAVID 6.8数据库进行潜在基因的基因本体(GO)分析和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并绘制中药-成分-靶点-通路图。结果最终得到黄连-蒲公英药对有效成分17个,交集基因63个,最主要的有效成分为槲皮素、巴马汀、七叶亭、黄连素等,PPI网络图中度值较高的靶点有白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、细胞肿瘤抗原53(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素8(CXCL8)、转录因子AP-1(JUN)、前列腺素G/H合酶2(PTGS2)、Caspase3、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK1)、基质金属蛋白酶(MMP)-9、IL-10。GO富集分析共430个生物学过程;KEGG通路图中与慢性萎缩性胃炎密切相关的有:癌症的途径、TNF信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、细胞凋亡、癌症中的蛋白多糖、核转录因子(NF)-κB信号通路。结论基于“胃脘痈”理论的黄连-蒲公英药对治疗慢性萎缩性胃炎是通过多成分、多靶点、多通路共同阻断“炎-癌链”的进程。  相似文献   

4.
目的采用生物信息学和网络药理学分析香参丸对溃疡性结肠炎( UC)的分子机制。方法 2023年 1―5月通过中药系统药理学数据库与分析平台( TCMSP)收集香参丸的有效成分及其相关靶点,利用基因表达综合( GEO)数据库筛选 UC相关靶点,将香参丸与 UC的交集靶点信息上传至 STRING并通过 Cytoscape 3.7.2可视化蛋白质相互作用( PPI)网络。使用 Metascape数据库进行 KEGG与 GO通路富集分析并预测香参丸作用 UC的相关通路,并绘制“中药 -成分 -疾病 -靶点 -通路”网络,利用 Autodock进行分子对接。结果结果显示共筛选得到香参丸主要成分 136个、靶点 243个, UC相关靶点 1 750个,香参丸与 UC交集靶点 37个,筛选出关键成分槲皮素、刺芒柄花素、木犀草素以及山柰酚等,关键靶点如 NOS2、PPARG、IL1B、MMP2以及 ICAM1等。分子对接结果提示核心成分与核心靶点结合稳定,平均最低结合能为 .5.598 6 kCal/mol。KEGG与 GO通路富集分析显示香参丸参与多种分子功能和生物过程,其涉及的主要通路有 TNF信号通路、 Toll样受体信号通路、 HIF-1信号通路以及 MAPK信号通路等。结论香参丸可通过多靶点、多通路改善 UC症状,其主要成分槲皮素、刺芒柄花素、木犀草素以及山柰酚等可能通过 TNF信号通路、 Toll样受体信号通路、 HIF-1信号通路以及 MAPK信号通路等作用于 NOS2、PPARG、IL1B、 MMP2等关键靶点。  相似文献   

5.
目的 应用网络药理学的研究方法探索中药复方参麻颈复颗粒治疗脑梗死的物质基础及其作用机制。方法 通过TCMSP数据库、ETCM数据库、中医药资料库检索参麻颈复颗粒中潜在活性成分及作用靶点;OMIM数据库检索脑梗死相关靶蛋白基因,采用交集法获得参麻颈复颗粒与脑梗死的共同靶点基因。运用Cytoscape构建“参麻颈复活性成分-靶点”网络,利用STRING数据库构建PPI网络,采用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。结果 筛选出参麻颈复颗粒的183个潜在有效成分,在TCMSP数据库中筛选到1 785个潜在靶点蛋白,其中与脑梗死有关的作用靶点30个,这些靶点基因主要参与炎症反应和细胞凋亡过程,涉及TNF信号通路、HIF-1信号通路、NF-κB信号通路等。结论 参麻颈复颗粒对脑梗死的治疗作用可能与调控炎症反应、改善受损神经功能、保护脑缺血再灌注损伤有关。  相似文献   

6.
目的 基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗(IR)的分子机制。方法 运用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库,筛选菟丝子的化合物和有效靶点;使用GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库预测IR的相关靶点,并利用Uniprot数据库转换成相应的基因名称;选取Cytoscape软件构建菟丝子—活性成分—靶点网络关系图、String数据库构建靶点蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络;利用David数据库进行GO生物学功能富集分析和KEGG通路富集分析,并绘制柱状图和气泡图;使用Autodocktools软件对活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 获得菟丝子的关键化合物10个、药物靶点207个、疾病靶点1 279个、交集靶点122个,得到JUN、AKT1、TP53、RELA、MAPK1和TNF 6个PPI网络核心分子,网络药理学结果提示菟丝子可能通过TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路和FoxO信号通路等121条信号通路参与调控IR。分子对接结果显示,菟丝子中活性成分槲皮素、苦参碱、β-谷甾醇与核心靶点JUN、TP53、MAPK1和RELA间存在结合位点。...  相似文献   

7.
目的 基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗乳腺癌的机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)查询三七的有效成分及作用靶点,通过Dis GeNET平台查询乳腺癌靶点。对药物作用靶点和疾病靶点的交集进行蛋白质相互作用网络(PPI)分析、基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 筛选出三七有效成分8种包括槲皮素、人参皂苷rh2和β-谷甾醇等,与其相对应的靶点有182个。乳腺癌相关靶点539个,药物与疾病交集靶点54个。PPI分析得出肿瘤蛋白P53(TP53)、蛋白激酶B1(AKT1)和雌激素受体1(ESR1)等可能是三七治疗乳腺癌的核心靶点。三七核心成分均能与上述核心靶点有较好的结合活性。GO富集分析和KEGG富集分析显示,三七通过518个GO条目、128条通路发挥乳腺癌的治疗作用。结论三七通过多种有效成分、多靶点、多通路发挥乳腺癌的治疗作用。  相似文献   

8.
目的 运用网络药理学技术探究知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的活性成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过TCMSP数据库、TCM-ID数据库和BATMAN-TCM数据库,筛选知柏地黄丸的有效活性成分和作用靶点,利用GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库和GEO数据库检索获得乳腺癌内分泌治疗耐药的相关靶基因,并与活性成分作用靶点取交集得到共同靶点;通过String 11.5数据库构建知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的蛋白质互作(PPI)网络,并借助Cytoscape 3.8.2软件的CytoNCA插件筛选核心靶点;通过Metascape基因功能注释分析工具对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用Cytoscape 3.8.2软件构建药物活性成分–靶点–通路相互作用网络,获取核心活性成分。结果 共筛选出知柏地黄丸活性成分80个,与疾病的交集靶点117个,主要涉及肿瘤蛋白p53(TP53)、蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL6)、雌激素受体1(ESR1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)等。KEGG通路富集分析显示磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/Akt、MAPK、核因子-κB(NF-κB)、雌激素等信号通路可能是知柏地黄丸治疗乳腺癌内分泌耐药的关键信号通路,由药物活性成分–靶点–通路网络得出槲皮素、山柰酚、脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等是发挥作用的核心活性成分。结论 知柏地黄丸中的槲皮素、山柰酚、脱水淫羊藿素、β-谷甾醇、薯蓣皂苷元等核心活性成分,能够作用于TP53、Akt1、TNF、IL-6、ESR1、MAPK1等多个关键靶点,调节PI3K-Akt、MAPK、NF-κB、雌激素等信号通路,发挥治疗乳腺癌内分泌耐药的作用。  相似文献   

9.
摘要:目的:应用网络药理学研究琥珀散治疗子宫内膜异位症的作用靶点、活性成分、信号通路等,从而探讨琥珀散治疗子宫内膜异位症的作用机制。方法:应用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库及文献检索对琥珀散中10味中药主要化学成分进行筛选。采用Pubchem、HIT、SwissTargetPrediction、SEA数据库,对筛选出的化合物进行靶点预测。用DisGeNET、Drugbank、TTD、GSE6364、GSE7305数据库,对子宫内膜异位症进行靶点预测。将药物靶点与疾病靶点进行交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白。运用STRING平台构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型;用Cytoscape 3.7.2软件分别绘制中药-成分网络、成分-靶点网络,进一步筛选核心网络,进行拓扑分析;利用生物信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能注释富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Cytoscape软件构建琥珀散"有效成分-药物靶点-疾病靶点-信号通路"拓扑网络,确认可能的关键靶点和主要通路。结果:从琥珀散中筛选出190个化合物成分,与子宫内膜异位症关联最强的11个核心靶点;同时筛选出与琥珀散关键成分相关的主要信号通路7条;在此基础上构建了琥珀散的成分-靶点、成分-子宫内膜异位症靶点及相关信号通路的共同表达网络,发现琥珀散可能通过抗黏附、侵袭、种植等多靶点、多途径发挥对子宫内膜异位症的治疗作用。结论:从多角度探索了琥珀散治疗子宫内膜异位症的作用机制,揭示了琥珀散的药理作用,为其后续的实验研究及临床疗效指标的筛选提供了方向。  相似文献   

10.
《中国药房》2019,(22):3090-3095
目的:探讨牛膝治疗骨质疏松(OP)的潜在有效成分及作用机制。方法:利用中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)筛选牛膝的有效成分,并收集其对应的作用靶点;使用疾病基因综合数据库(DisGeNET)检索与OP相关的靶点;使用TBtools 1.0绘图软件绘制韦恩图,筛选牛膝有效成分与疾病OP的交集靶点;采用Cytoscape 3.6.1软件和STRING数据库进行"药物-成分-疾病-靶点"网络和蛋白质相互作用(PPI)网络的构建与分析,通过DAVID生物信息学资源数据库进行KEGG通路富集分析。结果:共筛选出牛膝有效成分19个,有效成分与疾病OP的交集靶点有32个。"药物-成分-疾病-靶点"网络中,含节点45个[牛膝、OP节点各1个,有效成分11个(19个有效成分中有8个无对应的OP靶点),交集靶点32个]、边119条,其中槲皮素、山柰酚、汉黄岑素、黄芩苷、大黄藤素等为该网络中较为重要的有效成分。PPI网络中,含节点31个(32个交集靶点中有1个与其余蛋白不关联)、边212条,其中白细胞介素6(IL6)、雌激素受体1、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、IL8、MAPK14等为该网络中的核心靶点。KEGG富集通路共67条,涉及类风湿性关节炎、乙型肝炎、Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、Janus激酶/信号传导及转录激活因子信号通路、核因子κB信号通路等。结论:牛膝中治疗OP的潜在有效成分主要包括槲皮素、山柰酚、汉黄岑素、黄芩苷等,其作用机制可能与参与细胞分化和凋亡、代谢、炎症反应等途径有关,具有多成分、多靶点、多系统的特点。  相似文献   

11.
目的 基于网络药理学方法探讨生姜治疗类风湿关节炎(RA)的可能分子作用机制。方法 通过TCMSP平台筛选生姜主要活性成分,利用UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行转化为基因名,经Cytoscape 3.8.2软件构建网络图;在GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库中检索“rheumatoid arthritis”,获取RA疾病靶点,制作韦恩图获取生姜药物成分和RA共同靶点,并进行蛋白质相互作用(PPI)网络分析、基因本体论(GO)功能富集及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用分子对接技术预测有效成分与靶点的潜在结合活性。结果 获取生姜5个成分及55个潜在靶点,RA疾病4 836个相关靶点,生姜与RA共同靶点26个,PPI网络中自由度靠前的3个靶点基因为前列素内环氧化物合成酶2(PTGS2)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3),GO功能富集分析和KEGG通路分析分别得到185个结果和59条信号通路。结论 生姜治疗RA具有多成分、多靶点效应,并涉及多条信号通路,这可能通过PTGS2、JUN、CASP3等靶点调控炎症反应、免疫调节作用治疗RA。  相似文献   

12.
目的运用计算机网络药理学技术预测桃核承气汤治疗脓毒症心肌功能障碍的作用靶点和信号通路,进一步分析其防治脓毒症心肌功能障碍的基础和作用机制。方法运用中药系统药理学成分分析平台Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (TCMSP)数据库获取桃核承气汤的有效成分及作用靶标基因,从GeneCards数据库收集脓毒症心肌功能障碍的靶标基因,将两者取交集后得到疾病-药物蛋白靶基因,运用STRING构建蛋白质间相互作用网络,并通过Cytoscape软件将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出作用的关键基因。借助Webgestalt在线工具进行疾病-药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并可视化展示。最后利用CTD数据库并结合文献学习,获取关键基因于脓毒症心肌功能障碍的疾病治疗作用。结果桃核承气汤的135个化合物中有64成分通过20个靶点与脓毒症心肌功能障碍相互关联。其中AKT1、HMOX1、JUN、TNF、IL1B、MAPK14、NOS3、PPARG、ICAM1、NOS2、VCAM1、STAT1等关键基因主要通过调控炎症反应、促进细胞存活、抗细胞凋亡、参与能量代谢、病原识别、毒物代谢等路径,在质膜、细胞膜、吞噬细胞、线粒体自噬等分子反应中发挥作用。结论网络药理学方法科学预测桃核承气汤防治脓毒症心肌功能障碍的关键靶标及其参与的相关通路,提示该方剂对脓毒症心肌功能障碍的防治作用为多靶点、多通路、多选择的复杂机制,并且多与抗炎、抗细胞凋亡、促进细胞存活等机制相关。  相似文献   

13.
目的 基于网络药理学和分子对接探讨二妙散治疗宫颈人乳头瘤病毒(HPV)感染作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台检索二妙散的有效成分和作用靶点;GeneCards、OMIM数据库检索宫颈HPV感染相关疾病靶点。将药物有效成分作用靶点与疾病靶点取交集;利用STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape3.8.2软件对PPI进行拓扑分析;将潜在作用靶点导入DAVID数据库进行基因本体功能(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用AutoDock Tools 1.5.7软件和Pymol软件对核心作用靶点与有效成分进行分子对接及可视化。结果 获得二妙散有效成分28个,作用靶点为221个,筛选出核心靶点5个,包括蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、雌激素受体α(ESR1)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)。GO富集分析显示,潜在作用靶点与细胞增殖的正向调节、细胞凋亡过程的负调控、转录的正调控、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程有关;KEGG富集分析结果包括磷脂酰肌醇...  相似文献   

14.
目的:探讨清爽膏治疗银屑病的药效物质基础及其作用机制.方法:通过网络药理学方法,借助于中药系统药理学数据库与分析平台检索清爽膏中3味中药的活性化合物和作用靶点,通过GeneCards数据库检索银屑病的相关靶点,构建韦恩图,得到清爽膏治疗银屑病的作用靶点,应用Cytoscape 3.7.0软件构建"药物-化合物-靶点"网...  相似文献   

15.
16.
目的采用网络药理学方法,科学阐释肾康注射液治疗慢性肾功能衰竭(CRF)的作用机制。方法通过TCMSP数据库获取肾康注射液的活性成分、潜在药物靶点,通过OMIM、TTD、GeneCards数据库获得CRF的相关靶点,并结合相关软件进行网络药理学分析,包括蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)、基因本体(GO)分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析。结果从TCMSP数据库共筛选得到肾康注射液活性成分96个,包括槲皮素、山柰酚、木犀草素等核心成分,涉及相关基因靶点244个。PPI网络涉及93个药物靶点,度值排名前10的核心靶点分别是AKT1、VEGFA、IL6、TNF、TP53、MAPK1、CASP3、EGF、MMP9、EGFR。GO功能分析共获得710个条目(P<0.05),KEGG通路富集得到112条信号通路(P<0.05),包括PI3K-Akt、TNF、HIF-1等信号通路。结论肾康注射液治疗CRF是多成分、多靶点、多通路的综合效应。  相似文献   

17.
目的 基于网络药理学方法分析鱼腥草Houttuynia cordata治疗病毒性肺炎的分子生物学机制,并对其防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可行性进行评估。方法 采用在线数据库TCMSP、PubChem Search、Swiss target prediction、Genecards、OMIM获得鱼腥草活性成分、成分靶点及疾病靶点信息。借助Cytoscape3.7.1软件构建鱼腥草活性成分-病毒性肺炎作用靶标网络,将靶蛋白运用String10.0数据库进行蛋白质相互作用(PPI)网络分析,通过DAVID 6.8数据库进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果 从鱼腥草中共筛选出16个主要活性成分,共涉及到311个靶点,与病毒性肺炎相关的靶点64个。从PPI网络分析中发现关键靶点为IL2、TNF、AKT1、JUN、VEGFA、MAPK8、CXCL8、PTGS2等。GO和KEGG通路富集分析发现,鱼腥草治疗病毒性肺炎可能与细胞因子受体结合、细胞因子活性、受体配体活性、磷酸酶结合、蛋白磷酸酶结合、内肽酶活性、生长因子受体结合、肿瘤坏死因子受体超家族结合、丝氨酸型内肽酶活性等73个GO功能有关,涉及到TNF信号通路、IL-17信号通路、C型凝集素受体信号通路、卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒感染、甲型流感、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、人巨细胞病毒感染、NOD样受体信号通路等130个信号通路。结论 鱼腥草针对病毒性肺炎具有多成分、多靶点、多机制的显著治疗作用,并且推测能够通过调节与抗炎、抗病毒、免疫调节有关的生物通路对COVID-19进行防御和治疗。  相似文献   

18.
目的 探讨益母草治疗神经损伤的作用机制.方法 检索中药系统药理学数据库(TCMSP)和中药分子机制的生物信息学数据库(BATMAN-TCM)获取益母草的活性成分,然后从SwissTargetPrediction(STP)和TCMSP数据库中收集和预测候选化合物的作用靶点.利用疾病靶点标准化数据库(Uniprot)获取益...  相似文献   

设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号