精准医学时代遗传性疾病的分子诊断

正人类基因组计划的完成标志着人类正式迈进基因组时代,而其得益于测序技术和设备的快速发展,以及费用的不断下降,才使针对个人的基因测序成为现实,人类由此进入精准医学时代。由于人体生殖细胞或受精卵的遗传物质在数量、结构或功能上发生改变(如基因突变或染色体畸变),并引起上代向下代传递的疾病,称为遗传性疾病。遗传性疾病大多属于罕见病,影响了世界总人口的约10%。迄今为止,已知的遗传性疾病超过7 000种     

骨髓增生异常综合征患者基因突变与预后的关系

目的 观察骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome,MDS)患者基因突变特点,探讨其对患者预后的影响.方法 250例MDS患者均采用5-阿扎胞苷治疗,治疗前应用二代测序技术检测MDS患者骨髓中34种髓系肿瘤相关基因突变情况,分析基因突变特点;根据国际预后积分系统(Revised Intern...     

Ig/TCR基因重排与基因突变检测在淋巴瘤诊断中的临床价值

目的 探讨Ig/TCR基因重排和基因突变在淋巴瘤诊断中的应用价值.方法 从227例患者石蜡包埋组织中提取基因组DNA,使用BIOMED-2系统引物和聚丙烯酰胺凝胶电泳法对标本基因组DNA中IGH、IGK、IGL、TCRG、TCRB、TCRD的重排进行分析,并对其中6例疑难病例进行相关基因突变二代测序检测.结果 178例...     

第二代测序技术及其在急性髓系白血病和骨髓增生异常综合征中的运用

第2代测序技术(next-generation sequencing,NGS)悄然取代经典的Sanger测序技术,成为科研人员发掘人类肿瘤疾病遗传学秘密的最实用、最可靠的方法.随着技术的不断更新及完善,进行全基因组测序不再遥不可及.近年来,部分科学家将此项技术运用于血液系统恶性肿瘤的研究,积极推动急性髓系白血病、骨髓增生异常综合征的全基因组测序的进程,期待从源头上找出部分血液系统恶性肿瘤的致病机理.本文就第2代测序技术及全基因组测序、外显子基因组测序和转录基因组测序在急性髓系白血病、骨髓增生异常综合征两种疾病中的运用进行综述.     

分子诊断技术在心血管疾病诊疗中的应用

心血管疾病已成为危害我国人民群众生命和健康的重大疾病。分子诊断技术已取得了长足的发展,可应用于心血管疾病诊的筛查,实现治疗模式向预测、预防及个体化模式的转变。在心血管疾病诊断方面,可针对不同的疾病需求采用不同的分子诊断策略对相关疾病进行诊断,主要包括免疫法检测转录因子、染色体检测、聚合酶链反应法检测外显因子、基因单核苷酸多态性（SNP）检测、基因突变检测、致病基因DNA测序、DNA甲基化检测、miRNA检测等技术。在治疗及疗效监测方面．可应用分子诊断技术进行相关的新药研发、个性化药物治疗、治疗方案选择等。同时,还可以应用于疾病的预后评价。     

基因测序技术及其在肺癌中的应用

基因测序技术是描绘基因组特征的有力工具,可有效检测出导致肿瘤发生、发展的基因突变,在肿瘤发病机制研究、药物治疗靶点筛查、临床诊疗及疾病预防等方面发挥重要作用。肺癌是一种发病率和死亡率极高、预后极差的恶性肿瘤,目前临床存在早期诊断困难、治疗效果不佳等问题。随着新一代基因测序技术的发展,测序时间缩短、费用降低,基因测序技术已成为研究肿瘤致病基因的重要方法。利用基因测序技术筛选肺癌的致病基因,研究肺癌的发病机制,进而指导肺癌的诊疗,可有望改进肺癌的诊疗现状。近年来,关于肺癌基因组测序方面的研究取得了巨大进展,本文就基因测序技术及其在肺癌中的应用作一综述。     

骨髓增殖性肿瘤患者DNA甲基化基因突变及临床特征分析

目的:分析骨髓增殖性肿瘤(MPN)患者DNA甲基化基因突变情况,初步探讨其临床特征.方法:采用二代测序技术检测105例MPN患者[真性红细胞增多症(PV)40例,原发性血小板增多症(ET)65例]的31种MPN相关基因,分析患者DNA甲基化基因突变与临床特征的关系.结果:105例患者中检出15种突变共88个突变,总突变...     

菌阴肺结核患者痰标本中结核分枝杆菌rpoB耐药基因突变的检测

目的 应用套式PCR-DNA测序方法直接检测菌阴肺结核患者痰标本中结核分枝杆菌相关的rpoB基因突变,以期建立一种判定菌阴肺结核患者是否对利福平有无耐药性的方法.方法 采用套式PCR-DNA测序方法直接检测112例活动性肺结核患者和20例非结核性肺部疾病患者痰标本中结核分枝杆菌rpoB基因突变情况.同份痰标本同时做涂片抗酸染色、罗氏培养.结果 112例活动性肺结核患者痰标本39例为菌阴(涂阴培阴),39例菌阴痰中套式PCR扩增18例呈阳性,产物DNA测序2例有rpoB基因突变,位点为第526发生了CAC→GAC突变和第531发生了TCG→TTG突变.20例非结核性肺部疾病患者标本套式PCR扩增均为阴性,特异性100%.结论 套式PCR-DNA测序可望为直接检测菌阴肺结核患者临床痰标本中结核分枝杆菌耐利福平的准确、特异、快速的方法.     

肺癌患者EGFR及KRAS基因突变检测方法的建立和临床应用

目的 本研究拟在评估二代测序(next generation sequencing,NGS)技术在肺癌临床分子诊断中应用的可行性. 方法 本研究选取108例肺癌石蜡包埋样本(formalin fixed paraffin embedded,FFPE),同时进行一代测序(sanger sequencing)和NGS检测样本中EGFR和KRAS基因的突变情况. 结果 在108例肺癌样本中,一代测序检出突变在二代测序中均检出,另外NGS还检测出目标区域外其他突变. 结论 NGS的检测准确性可达到100％.NGS可以应用于肺癌临床分子诊断,同时NGS能给临床提供更详细的基因突变信息,为分子靶向治疗提供依据,更具有市场潜力及应用前景.     

Ion Torrent PGM测序技术在MPN患者临床诊断中的方法学建立

目的:探讨通过自主设计定制的MPN致病相关基因的多重PCR引物试剂盒,使用Ion Torrent PGM第二代测序平台快速和准确地获取MPN患者基因突变信息的可行性和可靠性。方法:收集2015年1月至2015年10月就诊于南方医院血液科,经Sanger测序法检测JAK2V617F+和(或)CALR+、Ph-的10例MPN患者骨髓标本,然后使用Ion Torrent PGM第二代测序复核检测骨髓并对比两种方法结果的一致性。结果:Ion Torrent PGM第二代测序检测JAK2V617F、CALR和MPL就这3个基因而言,所有样本CALR基因52 bp缺失均未被检测出,其余测序结果与Sanger测序结果完全一致。结论:Lon Torrent PGM测序平台检测MPN患者多个基因突变,方法上具有可行性,能满足临床检测需求。本研究方法在1-2 d内可完成23个基因突变检测,具有灵敏、特异、快速、高通量及低成本的优势。     

外显子测序技术在疾病研究中的应用

新一代测序技术的发展为疾病研究带来了新的机遇.在现阶段,外显子测序与全基因组测序相比,不仅费用更低,数据的阐释也更为简单.通过对疾病样本进行外显子组捕获测序,不仅能快速发现罕见遗传疾病的致病基因,也能用于研究多基因引起的常见疾病,如癌症、糖尿病、高血压等,来揭示这些疾病的遗传致病机理.外显子测序技术是当前的热点技术,极...     

骨髓增生异常综合征分子发病机制的新进展

近十年来,人们对于骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes,MDS)分子发病机制的理解以史无前例的速度发展和进步。过去,研究者通过常规分裂中期细胞染色体分析和克隆技术在血液恶性疾病中发现了染色体易位断裂点,从而认识到分子机制在血液恶性疾病发病机制中的重要作用;之后,开始采用常规测序技术,针对单一候选基因进行测序,采用分子核型技术分析对重现性体细胞变异的确认。其中,JAK2和FLT3基因突变检测已被应用于某些疾病的确诊、预后评估、治疗选择等,还被应用于监测微小残留病变。新一代测序技术的出现,大大推进了人们对于MDS进展至急性髓细胞白血病(acute myelocytic leukemia,     

聚合酶链反应-测序技术快速检测耐异烟肼结核分枝杆菌KatG基因突变的研究

目的 应用PCR-DNA测序技术快速检测耐异烟肼结核分枝杆菌分离株KatG基因突变,评价其在检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性方面的应用价值.方法 47株耐异烟肼结核分枝杆菌临床分离株及30株结核分枝杆菌敏感分离株用PCR-DNA测序技术检测KatG基因突变.结果 47株耐异烟肼结核分枝杆菌分离株中,有31株KatG基因检出有突变,突变检出率为66.0%(31/47);30株结核分枝杆菌敏感株检出1株KatG基因突变.结论 PCR-DNA测序技术方法敏感、准确、特异,可快速检测结核分枝杆菌KatG耐药基因突变,有利于耐异烟肼结核分枝杆菌耐药性的快速检测.     

二代测序在AML/MDS诊治中的应用研究

目的:采用二代测序(next generation sequencing,NGS)检测AML/MDS相关基因突变,分析各基因在AML和MDS中的突变情况及NGS的敏感性,评估基因突变作为MRD监测及疾病进展预测的可行性。方法:标本取自2015年8月至2016年6月在哈尔滨血液病肿瘤研究所诊治的初发AML(68例)和MDS(57例)患者,采用上海源奇生命科技有限公司的AML/MDS-NGS芯片检测22个相关基因突变。结果:TET2是AML(55.9%)和MDS(56.1%)中突变率最高的基因,在AML中突变率次之的基因为CEBPA(11.8%)、DNMT3A(7.4%)、C-KIT(7.4%)和FLT3(7.4%),在MDS中为U2AF1(10.5%)和SRSF2(10.5%)。除TP53和CEBPA基因外,其他基因均有特定突变位点。复检的5例AML患者缓解时与初发时相比,FLT3、C-KIT和CEBPA基因突变均转阴,而伴随的TET2基因突变率无明显变化,而5例MDS患者缓解与初发时各基因的突变率无明显变化,其中3例MDS患者发生了疾病进展,疾病进展时出现新的基因突变,但缓解后基因突变率也无明显变化。结论:AML和MDS中均有其特定突变基因和突变位点,一些基因突变如CEBPA等可作为AML中MRD监测的有效指标,但在MDS中仅可用于预后及疾病进展评估。     

Noonan综合征合并先天性心脏病及房性心律失常一例报告及文献复习

目的 报告1例RAF1基因突变致Noonan综合征(NS)的临床特征,增加对RAF1基因突变表型谱的认识.方法 收集患儿的临床资料,包括病史特点、相关实验室检查和家族史等.采用外显子捕获的方法对患儿及其父母进行全外显子高通量测序,并进行生物信息学分析,通过Sanger测序对高通量测序结果进行验证.结果 患儿女,9岁,发...     

基因突变的检测技术及进展

基因突变检测技术在临床诊断治疗领域和遗传学领域均有着很大的价值。现今常用的检测基因突变的方式是通过简便操作初步确定突变基因位置再结合准确测序最终找出突变点。本文对直接测序法、错配的化学切割分析、单链构象多态分析、核糖核酸酶切法、变性梯度凝胶电泳等检测技术的发展作出简单评价。     

二代测序技术检测家族性偏瘫型偏头痛患儿的基因突变

目的:采用二代测序技术检测1例因可逆性左侧肢体无力伴随头痛、呕吐而诊断为家族性偏瘫型偏头痛患儿的外显子基因组,探讨其分子遗传发病机制。方法:用二代测序技术检测患儿的外显子基因组,并用Sanger测序技术对筛选出的可疑位点进行双向及父母来源验证,应用蛋白质功能预测软件对新生突变位点进行生物信息学分析。结果:该患儿CACNA1A基因第28号外显子存在c.4552G>A(p.G1518R)突变,为未见报道的新突变,父母该位点正常。在100例健康人对照者中均未检测到该突变,排除其为多态性位点。蛋白质功能预测软件预测为“有害”,且在进化上高度保守。结论:采用二代测序技术检出家族性偏瘫型偏头痛家系1个新的CACNA1A基因突变,为临床诊断和遗传咨询提供了重要线索。     

基因突变对造血干细胞移植后MDS患者预后评估作用的研究进展

骨髓增生异常综合征(MDS)是一组起源于造血干细胞,以血细胞病态造血,高风险向急性髓系白血病转化为特征的难治性血细胞质、量异常的异质性疾病。造血干细胞移植是治愈该病的唯一方法,但是其复发及相关并发症所致的移植失败率很高。高通量测序技术的发展较全面地揭示了MDS的基因突变谱系,发现80%以上的MDS患者至少伴有1种基因突变,且突变基因类型与MDS患者的临床表型及预后关系密切。本文就MDS相关突变基因、突变基因对MDS患者的预后及突变对移植后患者预后的影响等研究最新进展进行综述,以便更好地建立相关预测模型及指导治疗。     

基于二代测序技术的常染色体隐性遗传性多囊肾病家系胚胎植入前遗传学分析

目的 探讨二代测序(NGS)技术在常染色体隐性遗传性多囊肾病(ARPKD)家系胚胎植入前遗传学检测(PGT)中的应用价值.方法 选取1个ARPKD家系,采用Sanger测序调查家系成员多囊肾/多囊肝病变1(PKHD1)基因突变情况.以PKHD1基因编码区为目标区域,在基因上下游2 M区域内选择120个高密度紧密连锁的单...     

广东地区200例正常人耳聋基因突变数据库的建立

目的 通过对200例广东地区正常人进行耳聋基因突变筛查,获得耳聋相关基因突变检测的数据库,初步筛出良性等位基因突变位点,以在对广东地区人群进行耳聋基因突变检测或筛查时,降低数据分析的时间和增加对结果的风险预测能力.方法 提取在广东地区收集到的200例正常男女样本(男女比例为1∶1)的外周全血DNA,运用Ampliseq扩增技术以及Life Technologies耳聋基因检测引物池构建基因文库后进行下一代测序,确保每一个样本的测序结果获得足够的数据量,然后分析耳聋基因突变位点. 结果 建立了使用Life Technologies耳聋基因检测引物池构建基因文库的实验体系;经过数据比对,筛选出200例样本中突变率高达80％ ～ 100％的良性等位基因突变点. 结论 通过对测序结果的分析处理,筛除了针对广东地区人群突变率高但是不致病的良性耳聋基因突变位点,为今后广东地区人群的耳聋基因突变筛查提供参考.