2010—2012年韶关市儿童呼吸道感染病毒病原学分析

目的探讨韶关市儿童常见呼吸道感染的病原学特点和分布特征。方法采集2010年7月至2012年7月因呼吸道感染于粤北人民医院的住院患者呼吸道标本171份,采用荧光定量PCR方法,对呼吸道标本同时进行甲型流感病毒（FluA）,乙型流感病毒（FluB）,腺病毒（ADV）,博卡病毒（BoV）,副流感病毒1型（PIV1）、2型（PIV2）、3型（PIV3）,鼻病毒（HRV）,呼吸道合胞病毒（RSV）,冠状病毒229E、0C43、HKUl、NL63,偏肺病毒（MPV）等14种常见呼吸道病毒核酸检测。结果171份标本中检出阳性标本93份,核酸阳性率为54．4％（93／171）,其中FluA占首位,阳性率为8．2％（14／171）,其他依次为ADV7．6％（13／171）,HRV7．6％（13／171）,PIVI／II／III 7．0％（12／171）,RSV 6.4％（11／171）,FluB5．8％（10／171）,BoV5．3％（9／171）,MPV3．5％（6／171）,冠状病毒（HCoV—OC43／HKUl）2．9％（5／171）。不同性别问患儿呼吸道病毒阳性率差异无统计学意义（P〉0．05）。≥6月龄组阳性率最低（37．5％）,1—3岁年龄组阳性率最高（62．1％）。结论韶关地区儿童发热呼吸道病毒感染病例的病原体以甲型流感病毒、腺病毒和鼻病毒为主。     

成都市流感样病例常见呼吸道病毒流行特征分析

目的 了解成都市流感样病例常见呼吸道病毒感染状况.方法 抽取2014年5月-2015年11月间成都市3个流感监测点采集的流感样病例的临床标本1367份,使用PCR法进检测甲型流感病毒、乙型流感病毒、丙型流感病毒、Ⅰ型副流感病毒、Ⅱ型副流感病毒、Ⅲ型副流感病毒、Ⅳ型副流感病毒和鼻病毒8种病毒及其亚型.结果 1367份标本中共374份8种病毒检测呈阳性,其中19例为混合感染,总阳性检出率为27.36％.阳性检出率夏季最高(32.68％),秋季最低(23.76％),春季和冬季分别为28.01％和31.26％,四季检出率结果有统计学差异(x2=17.334,P＜0.001).19例混合感染的样本,以鼻病毒合并其他病毒感染为主.结论 成都市流感样病例以鼻病毒、甲型和乙型流感病毒感染为主,其次为丙型流感病毒感染,偶发副流感病毒感染.     

2011-2015年北京市海淀区流感监测结果分析

目的 分析2011-2015年北京市海淀区流感病例的流行病学特征,为海淀区流感防控措施调整提供科学依据.方法 对2011-2015年北京市海淀区63家哨点医院流感样病例(Influenza-like illness,ILI)报告数据和2011年9月-2015年8月一家国家级流感监测医院病原学监测标本检测结果进行分析.结果 2011-2015年海淀区63家哨点医院共监测门急诊就诊病例49 228815例,其中ILI 362 410例(占0.74％).5年的流感样病例占门急诊就诊总数的比例(ILI％)不同(x2=1 103.798,P＜0.05).2011-2015年各年龄组中的ILI构成情况每年与其他年份比较均不相同(P ＜0.005).2011年9月-2015年8月四个流感病原学监测季,共采集ILI咽拭子样本4 183件,检出阳性标本766件,总阳性率为18.31％.2013-2014年监测季与2014-2015年监测季流感病毒核酸检测阳性率不同(x2 =6.955,P=0.008),2011-2015年各个监测季中流感病毒型别的构成情况均不相同(P＜0.05),周流感病毒核酸检测阳性率与周ILI数和周ILI％均呈正相关(r=0.579,P＜0.05;r=0.602,P＜0.05).结论 海淀区流感流行特征有一定规律,每年第50周(12月)至第二年第16周(4月)为季节性流感的发病高峰.2014-2015年流感流行较往年相比更为活跃,优势毒株为甲型H3N2型流感病毒.各年度流感优势毒株型别均不相同,具有当年度中此消彼长的流行特点.     

2012-2015年北京市顺义区流感监测结果分析

目的 分析顺义区2012-2015年流感病毒核酸的监测结果,掌握流感流行规律.方法 用实时定量PCR法对采集的流感样病例标本进行核酸检测.结果 2012年9月-2013年8月共检测流感样病例标本1040份,核酸检测阳性标本95例,阳性率为9.13％,高峰出现在12月-次年1月,主要以H3N2和新甲型H1N1流感病毒为主;2013年9月-2014年8月共检测流感样病例标本889份,核酸阳性标本138例,阳性率为15.52％,流行高峰出现在1-3月,以H3N2和甲型H1N1流感、乙型流感病毒为主.在2014年9月-2015年8月共检测流感样病例标本798份,核酸阳性标本151例,阳性率为18.92％,流行高峰出现在2014年11月-2015年4月份,以H3N2和乙型流感为主.检测阳性率最高的为60岁以上人群,其次是5-14岁组.结论 2012-2015年,顺义区新甲型H1N1亚型、H3N2亚型、乙型流感均有流行,且各年度优势毒株不一.     

泸州市流感样病例感染常见呼吸道病毒的流行特征分析

目的 分析泸州市流感样病例感染常见呼吸道病毒的流行特征,为临床鉴别和疾病防控提供参考.方法 选取2014年6月-2016年1月流感哨点流感样病例标本1628例为研究对象,采用荧光定量PCR检测常发呼吸道病毒等,分析其流行特征.结果 1628份标本中,共检测出病毒642份,检出率为39.4％,鼻病毒检出率最高,其次为甲、乙型流感病毒、呼吸道合胞病毒B、腺病毒.夏季呼吸道病毒检出率最高,为13.2％,其次是冬季、春季,秋季检出率最低,不同季节病院检出率差异明显(P＜0.05).不同年龄组呼吸道病毒检出率存在显著差异(P＜0.05),0～4岁儿童病毒检出率最高.共23分标本出现混合感染,其中鼻病毒与其他病毒混合感染19份,其他病毒混合感染4份.结论 泸州市流感样常见呼吸道病毒感染以鼻病毒、甲型和乙型流感病毒为主,不同流行季节病原谱也不一致,应加强呼吸道病毒检测和防治工作.     

烟台233例流感样病例流感阴性的病原体分布及流行特征分析

目的了解烟台市流感阴性的流感样病例中呼吸道病原谱及其流行特征, 为疾病防控和临床诊疗提供参考依据。方法于2020年3月至2021年2月在烟台市国家流感网络实验室监测的所有哨点医院采集了233例流感阴性的流感样病例的鼻咽拭子样本, 使用多重荧光定量聚合酶链式反应法检测22种呼吸道病原体, 分析流行病学特征。结果 233份标本中总病原学检出率为69.96%(163/233), 共检出17种呼吸道病原体, 检测率前三位的病原体是冠状病毒(human coronavirus, HCoV)(32.62%)、鼻/肠病毒(rhinovirus, RhV)/(enterovirus, EV)(17.17%)和嗜肺军团杆菌(legionella pneumophila, LP)(16.74%)。不同年龄组检出率分别为0～15岁组80.28%(57/71)、16～30岁组62.65%(52/83)、31～45岁组68.18%(30/44)、46～60岁组64.28%(9/14)、>60岁组71.43%(15/21), 差异无统计学意义。呼吸道病原体全年均有检出, 以单一病原体携带模式为主(44.21...     

2011-2017年河北省甲型H1N1流感流行特征分析

目的掌握河北省甲型H1N1流感的流行特征,为流感防控提供科学依据.方法通过中国流感监测信息系统收集河北省2011年4月至2017年3月流感及流感样病例(influenza-likeillness,ILI)监测数据进行统计分析.结果共检测ILI标本77 008份,甲型H1N1流感病毒核酸阳性2 699份,阳性率3.50％.对2 699例甲型H1N1流感病例进一步分析显示:全省11个地市均有该病例检出,男女比例为1.09:1,各年龄组均可发病,检出率最高的是25～59岁组,最低0～4岁组.2011年11月至2017年3月共出现4次流行,具有明显的季节性,且呈单峰性.各年度均有甲型H1N1流感病例检出,甲型H1N1流感分别是2012-2013、2013-2014和2016-2017年度的优势病原.结论河北省甲型N1N1流感流行具有明显的季节性,冬春季流行,近年来感染以5～14岁年龄组为主.     

2007-2012年北京市流感样病例和流感病原学监测

目的 阐明2007-2012年北京市流行性感冒(流感)流行特征和病原学监测结果.方法 使用“北京市医疗机构传染病监测预警系统”中二级以上医院流感样病例数和百分比的周数据以及流感病原学监测周数据,分析流感样病例发病趋势和流感病毒构成情况.结果 2007-2012年,北京市二级以上医院共监测流感样病例3,045,527例,其中流感样病例百分比2.11％.期间共检测标本49,868件,检出阳性标本8,289件,其中甲型H1N1亚型573件(6.91％)、甲型H3N2亚型2,578件(31.10％)、甲型H1N1流感2,021件(24.38％)、B型Victoria系945件(11.40％)、B型Yamagada系681件(8.22％).各年度流感病毒亚型构成不同:2007-2008年度主要为B型Yamagada系(60.36％)和甲型H3N2亚型(23.68％),2008-2009年度为甲型H1N1亚型(78.63％),2009-2010年度为甲型H1N1流感(40.28％)和甲型H3N2亚型(20.29％),2010-2011年度为甲型H3N2亚型(64.34％)和甲型H1N1流感(23.44％),2011-2012年度为B型Victoria系(57.28％)、B型Yamagada系(20.80％)和甲型H3N2亚型(18.66％),2012-2013年度为甲型H3N2亚型(77.40％)和甲型H1N1流感(20.36％).结论 近年来,甲型H1N1亚型、甲型H3N2亚型、甲型H1N1流感、B型Victoria系和B型Yamagada系均有流行,且各年度优势毒株不一.     

新型冠状病毒巢式PCR检测方法的建立与初步应用

目的:建立一种检测新型冠状病毒的巢式PCR方法,作为实时荧光PCR法检测新型冠状病毒的补充,并探讨该方法在临床样本检测中的初步应用价值。方法:根据新型冠状病毒基因保守序列,利用在线软件设计N、S基因引物,构建巢式PCR反应体系,N基因巢式PCR及产物测序用于定性检测,S基因PCR产物测序用于型别初步鉴定。检测梯度稀释新...     

2010-2012年广州地区人冠状病毒及其亚型分布

目的了解2010—2012年广州地区发热呼吸道感染病人的冠状病毒（HCoV）流行状况和特点,为进一步了解人冠状病毒的流行规律及防控奠定基础。方法收集广州市2010—2012年5家哨点医院共3376例符合要求的发热同时伴随有呼吸道感染症状病人的咽拭子标本及相关临床信息,采用Real—timePCR方法检测冠状病毒的核酸并对其进行主要型别鉴定,从人群分布、月份分布及各型别发病率等方面进行分析。结果3376例发热伴有呼吸道感染症状的病例中,55例为冠状病毒阳性标本,检出率为1．63％。亚型0C43、229E和NL63阳性的标本分别为23、13和19例,阳性率分别为0．68％、0．39％和0．56％,其中SARS、HUKl及EMC亚型未检出。冠状病毒流行高峰为1月（5．33％）,不同月份之间发病率比较差异有统计学意义（xz=38．197,P〈0．01）;阳性率最高年龄组为60。93岁,检出率为2．6％。亚型OC43发病高峰为12—1月,与其他月份比较差异有统计学意义（xL30．054,P〈0．01）,检出率最高的年龄组为60～93岁（1．3％）;229E月分布较为分散,各月份间差异无统计学意义（x：=15．651,P〉0．05）,在各年龄组的分布呈不集中趋势;NL63流行高峰为6-9月,与其他月份比较差异有统计学意义（x2=5．801,P〈0．05）,检出率最高的年龄组为7～17岁（1．03％）。结论广州市2010—2012年冠状病毒流行高峰为1月份。老年组检出率最高;亚型中OC43阳性率最高,NL63次之,229E亚型阳性率最低;0C43流行高峰为冬季,老年组检出率较高;229E流行高峰及感染人群较为分散;NL63流行高峰为夏季,儿童青少年组检出率最高。     

北京市2007-2010年风疹病原学监测

目的 对北京地区风疹病原学进行监测.方法 收集风疹疑似病例血清标本和尿液和(或)咽拭子,用于血清学检测和病毒分离.病毒分离物和临床标本中的核酸利用real-time PCR方法进行检测.结果 2007-2010年,共收集99个风疹疑似病例血清标本和临床标本,血清学确诊55个病例(56%),病毒分离确诊51个病例(52%).回顾性检测疑似风疹病例及尿液和(或)咽拭子核酸,共确诊72个风疹病例(73%).分离的风疹病毒基因型主要为1E基因型.结论 北京地区主要流行的风疹病毒为1E基因型别.

Abstract：

Objective To clarify the pathogen for rubella in Beijing from 2007 to 2010. Methods Beijing Center for Disease Preventipn and Control ( CDC ) collected the specimens (including blood, urine and throat swab specimens) frqm clinically diagnosed rubella cases for serological test and virus isolation. The nucleic acid of rubella virus in clinical specimens and isolations was detected by real-time PCR. Results Fifty-five out of 99 blood specimens were positive for anti- rubella IgM. Fifty-one out of 99 clinically diagnosed rubella cases were confirmed as rubella cases by virus isolation. Seventy-two were confirmed as rubella virus infections with real-time PCR method for detecting the nucleic acid of rubella virus in clinical specimens. Compared with the sequences of reference strains of rubella virus, all of detected rubella virus belonged the IE gene type. Conclusion This study indicates that IE gene type virus was the predominant endemic rubella virus in Beijing.     

深圳市流感样病例感染常见呼吸道病毒的流行特征分析

目的 了解深圳地区急性呼吸道感染患者中15种常见呼吸道病毒及其亚型的感染状况.方法 于2012年10月-2013年9月在深圳市两家流感监测哨点医院采集了1603例流感样病例的咽拭子样本,应用荧光定量PCR方法检测15种常见呼吸道病毒及其亚型,分析病例流行病学特征.结果 1603份标本中共检出呼吸道病毒阳性801份,阳性率为49.97％.鼻病毒的检出率最高,为15.53％(249/1603),其它检出率较高的病毒为甲型流感病毒(12.10％,194/1603)、呼吸道合胞病毒B型(6.8％,109/1603)、腺病毒(5.24％,84/1603)、副流感病毒3型(2.87％,46/1603)、间质肺病毒B型(2.37％,38/1603)、乙型流感(1.37％,22/1603)和冠状病毒OC43型(1.06％,17/1603).呼吸道病毒总阳性率3月份最高,11月份最低.各种病毒的流行季节不同,鼻病毒夏季高发,呼吸道合胞病毒在冬春季和夏季流行,腺病毒在冬季和夏季高发.0-4岁和5-14岁组儿童的呼吸道病毒阳性率(分别为60.4％和49.3％)高于其它年龄组.结论 深圳地区存在多种呼吸道病毒流行,鼻病毒、甲型流感病毒、呼吸道合胞病毒和腺病毒为主要病原体,其流行季节各不相同,低年龄组儿童为呼吸道病毒感染的高危人群.     

Etiological characteristics of influenza-like illness in Jiangsu province from 2012 to 2016

Influenza-like illness (ILI) is an acute respiratory infection caused by various pathogens. However, the epidemiologic characteristics of ILI pathogens in Jiangsu province are unclear. To better understand the ILI etiology, the characteristics of the pathogens from nasopharyngeal swab samples of patients with ILI collected from 2012 to 2016 in 6 hospitals in Jiangsu province were studied. The pathogens, including influenza virus, respiratory syncytial virus (RSV), rhinovirus (HRV), adenovirus (ADV), herpes simplex virus (HSV), human coronavirus (hCoV), Streptococcus pneumoniae and Haemophilus influenzae, were detected by real-time PCR. At least one pathogen was identified in 1 334 of the patients (40.23%). Among viruses, HRV, influenza A virus (Flu A), ADV and RSV were the most frequently detected. ADV was the only pathogen that was distributed evenly in different years and regions (P>0.05). The etiological distribution varied in different age groups. Streptococcus pneumoniae was the most common pathogen in co-infections with a co-detection rate of 64.57% (319/494). The spectrum of etiologies could help to estimate disease burden and provide guidance for vaccination.     

Phylogenetic analysis of human metapneumovirus from New York State patients during February through April 2010

Background

Human metapneumovirus (hMPV) is the second leading cause of lower respiratory infection (LRI) in children around the world and has been linked to LRI in multiple studies. Currently, hMPV is classified into 2 major subtypes (A and B), each with 2 subgroups (1 and 2).

Objective

To determine which hMPV genotypes were present in NYS patients with influenza-like illness (ILI) from February through April 2010, during a period of unusually heightened activity.

Study design

Specimens were collected from February through April of 2010 from patients presenting with ILI who were previously confirmed as positive for hMPV by real-time RT-PCR. A 700 base pair region of the hMPV fusion (F) gene was amplified, sequenced and resulting sequences aligned. A phylogenic tree was constructed based on prototype strains, and the partial F gene sequences obtained in this study.

Results

Bi-directional sequence was obtained from 30 patient samples and included in the phylogenic analysis. Specimen sequences grouped into hMPV genotype A2a (16), A2b (9), B2 (4) and B1 (1). No A1 genotypes were found.

Conclusion

Previously, reports have demonstrated that genotypes A1, A2, B1 and B2 circulate every season, usually with one dominant strain. In contrast, late in the 2009-2010 respiratory season, 4 of the 5 recognized genotypes of hMPV were isolated from NYS ILI patients, and by sequencing a larger portion of the fusion gene, we were able to identify the A2a and A2b genotypes.     

Middle East respiratory syndrome coronavirus not detected in children hospitalized with acute respiratory illness in Amman,Jordan, March 2010 to September 2012

Hospitalized children < 2 years of age in Amman, Jordan, admitted for fever and/or respiratory symptoms, were tested for Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV): MERS-CoV by real-time RT-PCR (rRT-PCR). This was a prospective year-round viral surveillance study in children <2 years of age admitted with acute respiratory symptoms and/or fever from March 2010 to September 2012 and enrolled from a government-run hospital, Al-Bashir in Amman, Jordan. Clinical and demographic data, including antibiotic use, were collected. Combined nasal/throat swabs were collected, aliquoted, and frozen at –80°C. Specimen aliquots were shipped to Vanderbilt University and the Centers for Disease Control and Prevention (CDC), and tested by rRT-PCR for MERS-CoV. Of the 2433 subjects enrolled from 16 March 2010 to 10 September 2012, 2427 subjects had viral testing and clinical data. Of 1898 specimens prospectively tested for other viruses between 16 March 2010 and 18 March 2012, 474 samples did not have other common respiratory viruses detected. These samples were tested at CDC for MERS-CoV and all were negative by rRT-PCR for MERS-CoV. Of the remaining 531 samples, collected from 19 March 2012 to 10 September 2012 and tested at Vanderbilt, none were positive for MERS-CoV. Our negative findings from a large sample of young Jordanian children hospitalized with fever and/or respiratory symptoms suggest that MERS-CoV was not widely circulating in Amman, Jordan, during the 30-month period of prospective, active surveillance occurring before and after the first documented MERS-CoV outbreak in the Middle East region.