基于网络药理学探讨大柴胡汤治疗高脂血症的潜在作用靶点和机制(英文)

本研究对大柴胡汤治疗高脂血症时的潜在作用靶点及相关信号通路进行了探讨，首先在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索大柴胡汤中柴胡、黄芩、白芍、半夏、枳实、生姜、大枣、大黄8种中药成分,获得大柴胡汤的活性成分。通过TCMSP数据库查找每味中药的活性成分对应的蛋白靶点。在比较毒物基因组数据库(CTD)、人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM)、中医药整合药理学研究平台(TCMIP)检索“高脂血症”英文关键词“hyperlipemia”,得到高脂血症的疾病靶点。将大柴胡汤药物靶点与高脂血症疾病靶点通过在线网站进行对比分析,取交集作为大柴胡汤治疗高脂血症的作用靶点。通过拓扑学分析,根据度值筛选大柴胡汤治疗高脂血症的关键有效成分。将上述分析得到的大柴胡汤治疗高脂血症的基因靶点导入String平台,识别PPI网络中相互作用的关键模块;使用cytohubba插件筛选关键模块的关键(Hub)基因。采用在线数据库平台DAVID对包含基因最多、分值最高的关键模块基因进行富集分析。最终得到大柴胡汤的有效成分116个,靶点294个,此即为大柴胡汤的药物靶点。在CTD数据库、OMIM数据库及TCMIP平台...     

基于网络药理学的黄芩汤治疗溃疡性结肠炎的潜在机制研究

利用网络药理学和系统生物学方法探究黄芩汤治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)分子机制。从中药系统药理学分析平台TCMSP挖掘黄芩汤中4味中药相关的化学成分和作用靶点;通过OMIM数据库、TTD数据库以及GeneCard数据库筛选UC的预测靶点。利用Cytoseape_v3.7.1软件构建化合物-靶点网络;基于STRING数据库,构建黄芩汤治疗UC靶点互作网络,根据拓扑学参数筛选黄芩汤治疗UC的核心靶点。利用Bioconductor中的R包clusterprofile version 3.12.0对疾病与药物交集靶点进行GO (gene ontology)生物学过程富集分析和KEGG (KEGG pathway analysis)通路注释分析。结果发现,黄芩汤化合物-UC靶点网络包含128个化合物和相应靶点141个,核心靶点涉及AKTI、IL6、PTGS2、IL10、IL1β等。GO功能富集分析得到151个GO条目, KEGG富集筛选得到33条和UC有关通路,主要涉及PI3K-AKT信号通路、NF-κB信号通路、TNF信号通路、Toll样受...     

丹参-当归治疗缺血性脑卒中作用机制网络药理学研究

目的 探讨丹参-当归治疗缺血性脑卒中(CIS)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Swiss TargetPrediction数据库获取丹参和当归的活性成分及作用靶点,并通过检索PubMed、中国知网相关文献进行补充;通过GeneCards、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DisGeNET数据库获取CIS的潜在靶点;将丹参-当归治疗CIS的共有靶点导入String 11.0平台,构建活性成分与疾病靶点蛋白的蛋白相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.8. 2软件构建疾病-药物-活性成分-靶点可视化网络;将共有靶点导入DAVID数据库进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用Cytoscape 3.8. 2软件构建活性成分-核心靶点-通路网络;利用AutoDock软件对疾病-药物-活性成分-靶点网络中度值排名前6的核心靶点和活性成分进行分子对接验证。结果 共检索到82种活性成分,其中丹参65个、当归17个,潜在作用靶点787个,疾病靶点671个,共有靶点76个。度值排名前6的活性成分为丹参醇B...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨温阳抗寒汤治疗支气管哮喘的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨温阳抗寒汤治疗支气管哮喘的潜在作用机制。方法 基于中药系统药理学数据库与分析平台TCMSP获取温阳抗寒汤有效活性成分及其靶点,通过Gene Cards、OMIM、Pharm GKB、TTD、Drug Bank数据库获取哮喘相关靶点,将药物靶点与疾病靶点映射得到温阳抗寒汤治疗支气管哮喘的预测靶点。使用Cytoscape软件绘制药物活性成分-靶点网络图,使用String数据库构建蛋白互作网络,使用R语言进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,预测温阳抗寒汤治疗支气管哮喘的作用机制,使用Auto Dock Tools、Autodock vina、Pymol软件进行分子对接预测和部分对接结果可视化。结果 筛选得到温阳抗寒汤作用于支气管哮喘的有效活性成分115个,检索得到支气管哮喘相关的靶点4 802个,温阳抗寒汤与支气管哮喘的交集靶点86个,关键有效成分包括槲皮素、山奈酚、木犀草素、汉黄芩素、黄芩苷、柚皮素等,涉及的核心靶点包括HIF1A、TP53、AKT1、ESR1等。通过GO分析（P <0.05）得到GO条目1 866个,其中包括生物过程（BP）...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨杏贝止咳颗粒治疗感染后咳嗽的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接方法探讨杏贝止咳颗粒治疗感染后咳嗽(PIC)的作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台检索杏贝止咳颗粒的活性成分并预测潜在靶点,根据人类孟德尔遗传综合数据库、GeneCards数据库、Pharm GKB数据库和DrugBank数据库检索PIC相关靶点,并与杏贝止咳颗粒活性成分潜在作用靶点取交集,获得共有靶点;采用Cytoscape 3.8.2构建杏贝止咳颗粒活性成分-靶点-PIC疾病网络图;使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;采用Metascape数据库对共有靶点进行基因本体功能富集分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析,并构建通路-靶点网络图;最后使用AutoDockTools 1.5.6、AutoDock 4.2.6进行分子对接。结果：通过对杏贝止咳颗粒的研究,共获得96个活性成分,有效靶点272个,PIC靶点212个,共有靶点55个,对应于杏贝止咳颗粒82个活性成分;以槲皮素、β-谷甾醇和豆甾醇为重要活性成分,5-羟色胺转运体基因、白细胞介素6、肾上腺素能受体β2、糖皮质激素受体、原癌基因和前列腺素内过氧化物...     

基于网络药理学和分子对接研究黄芩治疗白癜风的作用机制

目的 利用网络药理学方法研究黄芩治疗白癜风的作用靶点和机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选得到黄芩中的活性成分及其作用靶点,通过SwissTargetPrediction数据库检索补充各个活性成分的作用靶点;通过OMIM、GeneCards数据库获取白癜风的相关靶点,与活性成分作用靶点取交集;将黄芩活性成分和白癜风的交集靶点导入String数据库构建靶点间的蛋白相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape 3.9.1软件,构建"黄芩-活性成分-白癜风靶点"网络并筛选核心靶点;使用Metascape数据库对潜在作用靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用AutoDockTools 1.5.7软件进行分子对接验证并使用PyMol软件对结果进行可视化处理。结果 共筛选得到黄芩素、汉黄芩素、刺槐素、木蝴蝶素a、表小檗碱、去甲汉黄芩素、5,7,4''-三羟基-8-甲氧基黄酮等36个活性成分,作用于3 868个潜在靶点,白癜风相关靶点1 349个,黄芩-白癜风的交集靶点113个;PPI网络分析得到肿瘤蛋白P53(TP53)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-6(IL-6)、胱天蛋白酶3(CASP3)、雌激素受体(ESR1)共8个核心作用靶点;GO和KEGG富集分析显示,黄芩治疗白癜风主要涉及胰腺癌、内分泌抵抗、神经营养素信号通路、细胞凋亡、乙型肝炎、细胞衰老等信号通路。分子对接结果显示黄芩素、汉黄芩素、刺槐素、木蝴蝶素a、表小檗碱、去甲汉黄芩素、5,7,4''-三羟基-8-甲氧基黄酮7个核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论 黄芩可能通过调控内分泌、神经、细胞衰老和凋亡以及炎症等方面发挥治疗白癜风的作用,为后续研究黄芩治疗白癜风提供参考。     

平喘止咳方治疗慢性阻塞性肺疾病的网络药理学与分子对接研究

目的 基于网络药理学探讨平喘止咳方治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的分子机制。方法 以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为筛选条件,通过TCMSP数据库获取平喘止咳方的主要活性成分及其作用靶点;通过GeneCards,OMIM,DisGeNET数据库获取COPD的主要作用靶点;通过Venn 2.0. 2数据库得到平喘止咳方和COPD的共有靶点,并通过Cytoscape 3.8. 0软件构建活性成分-共有靶点网络,根据度值筛选核心成分;利用String数据库进行蛋白互作网络（PPI）分析,并借助Cytoscape 3.8. 0软件,根据度值筛选核心靶点;利用DAVID数据库对共有靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。最后,采用Autodock Vina软件对核心成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 共筛选得到平喘止咳方的活性成分216个及相应靶点286个,与586个COPD靶点取交集,得到89个共有靶点。其中,核心成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-胡萝卜素、汉黄芩素、黄芩素等;核心靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白细胞介素6(IL-6)、信号...     

基于网络药理学与分子对接的黄芩-白芍治疗慢性结肠炎的研究

摘要：目的:探讨黄芩-白芍药对治疗慢性结肠炎的作用机制。方法:采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）对黄芩、白芍活性成分进行收集、筛选,并对活性成分潜在靶点进行预测与筛选,用Cytoscape 3.6.1软件构建活性成分-潜在靶点网络;用DisGeNET数据库预测慢性结肠炎的作用靶点,将其导入蛋白质相互作用网络数据库（STRING 11.0）分析其靶点蛋白质-蛋白质的相互作用（PPI）,导入Cytoscape 3.6.1软件构建慢性结肠炎相关的PPI网络。用Merge工具将黄芩-白芍药对活性成分-作用靶点网络与慢性结肠炎的靶点PPI网络进行合并,构建黄芩-白芍药对活性成分-潜在靶点网络。用ClueGo插件进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,并绘制活性成分-作用靶点-信号通路作用网络。选取PPI网路度值前3的蛋白与黄芩-白芍共有成分以及成分靶点网络度值靠前的10个成分进行分子对接验证,在Protein Data Bank数据库中检索获得受体蛋白白细胞介素6（IL-6）、过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARg）、肿瘤坏死因子（TNF）,利用PyMOL 2.3.4软件对受体蛋白进行去水、去配体等操作,采用AutoDockTools软件对12个受体蛋白进行加氢、平衡电荷等修饰,用Grid程序对每个受体蛋白进行处理,利用AutoDock Vina 1.1.2对3个受体蛋白与10个主要配体小分子分别进行分子对接,通过结合能评分对受体与配体的结合进行初步验证。结果:得到黄芩-白芍药对治疗慢性结肠炎潜在活性成分31个,作用靶点11个,分别为对氧磷酶1（PON1）、芳香烃受体（AhR）、过氧化氢酶（CAT）、纤维连接蛋白1 （FN1）、前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）、磷酸肌醇-3-激酶（PIK3CG）、PPARg、趋化因子CCL2、肿瘤蛋白p53（TP53）、IL-6、TNF。GO功能富集分析得到有8条生物学过程,KEGG通路注释分析获得肌萎缩性脊髓侧索硬化症（ALS）、白细胞介素-17信号通路（IL-17 signaling pathway）、糖尿病并发症中的糖基化终产物和受体信号通路（AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications）、疟疾（malaria） 4条信号通路。结论:黄芩、白芍治疗慢性结肠炎主要作用靶点为IL-6、PPARg、TNF,结合最紧密的成分分别为黄芩素、β谷甾醇、谷甾醇,主要作用通路为IL-17信号通路。     

白头翁汤治疗溃疡性结肠炎的分子网络调控机制

目的：基于网络药理学和生物信息学探讨白头翁汤（BTWT）治疗溃疡性结肠炎（UC）的分子网络调控机制。方法：通过检索中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP），筛选BTWT的入血活性成分和作用靶点；通过GEO数据库获取UC患者与健康人群的显著性差异表达基因；采用Cytoscape构建BTWT活性成分-靶点网络；采用Bisogenet构建BTWT作用靶点蛋白质-蛋白质交互作用（PPI）网络及UC特异性基因PPI网络并提取这两个网络的交集，获得BTWT治疗UC的PPI网络及特征性基因；采用DAVID数据库对BTWT治疗UC的特征性基因进行基因本体（GO）和KEGG信号通路分析；运用Cytohubba筛选BTWT治疗UC的关键靶点。结果：在TCMSP中共检索到与BTWT相关的化学成分247个，依据ADEM参数筛选得到活性成分53个，其中入血活性成分37个，通过检索配对分析，这些成分对应的靶点有643个；从GEO数据库获得UC表达谱数据芯片GSE87466，经过筛选分析得到UC患者特异性表达差异基因279个；进一步分析得到1705个特征性基因参与BTWT治疗UC的过程；GO分析和KEGG通路分析结果表明，BTWT治疗UC主要涉及细胞质、细胞核、细胞连接等分子组成，生物学过程主要包括细胞增殖、迁移和凋亡等，分子功能主要涉及蛋白特异性结合、蛋白酪氨酸激酶活性等；主要富集于MAPK信号通路、趋化因子信号通路、TNF信号通路等；从特征性基因网络中筛选出NTRK1、TP53、APP等10个关键靶点。结论：本研究从网络药理学和生物信息学角度揭示了中药治疗疾病多成分、多靶点和多途径的特点，探究得到BTWT治疗UC的关键靶点及可能分子机制，可为BTWT治疗UC的基础实验与临床研究提供理论依据。     

敦煌医方大泻肺汤对肺炎的体外活性及其作用机制的化学生物信息学分析

目的 利用化学生物信息学探讨敦煌医方大泻肺汤防治肺炎的有效性、作用机制及功效组配伍特点。方法 通过细胞实验研究大泻肺汤冻干粉溶液对肺上皮细胞增殖活性的影响。根据药味功效将方子分为清热、化痰、养阴3个功效组。利用TCMSP数据库和文献检索获取大泻肺汤化学成分,并在Swiss Target Prediction数据库预测其作用靶点。借助DrugBank、TTD、Genecards及DisGeNET数据库检索肺炎疾病靶点。采用STRING数据库和Cytoscape构建交集靶点互作网络和“药味-成分-靶点-通路”网络,DAVID数据库进行KEGG通路富集分析,分析功效分组配伍规律的科学内涵。利用Schr?dinger软件进行分子对接评估靶点-化合物亲和力,分子动力学模拟探究动态分子机制。结果 细胞实验显示大泻肺汤能够维持肺上皮细胞增殖、逆转LPS诱导的肺上皮细胞线粒体活性降低和减少细胞凋亡。复杂网络分析结果显示大泻肺汤3个功效组富集的通路主要分布于炎症调节和降低气道黏液高分泌2个模块,各模块间通过共有靶标基因联结又各有侧重。分子对接结果显示化合物槲皮素、黄芩素、异鼠李素等可能是大泻肺汤起效的多...     

赤芍、白芍的LC-MS色谱峰与细胞抑制率的谱效关系研究

目的确定川赤芍、赤芍、白芍抑制脂多糖(LPS)诱导大鼠肺泡巨噬细胞NR8383过度激活的"药效成分组"。方法以川赤芍、赤芍、白芍不同提取物LC-MS图谱峰面积及其抑制LPS诱导的NR8383细胞活力增强为基础,采用偏最小二乘回归法,对LC-MS图谱和抑制细胞增殖的内在联系进行谱效分析。结果 LC-MS图上的X11、X6、X1、X2、X9、X3这6个成分组成的"药效成分组"对川赤芍、赤芍、白芍抑制NR8383细胞增殖药效的贡献较大。结论 "药效成分组"的研究显示,同基源的赤芍、白芍在抑制LPS诱导的NR8383细胞增殖方面具有相同的化学成分(X1、X2、X9、X3),但同时也有某些成分(X11、X6)仅能在赤芍中检测到,这提示不同的化学成分及含量差异可能是造成赤芍、白芍功效不同的物质基础。     

白芍的高效液相色谱指纹图谱研究

利用HPLC-DAD方法，研究白芍的高效液相色谱指纹图谱，为科学评价及有效控制其质量提供可靠方法。测定了28批白芍药材样品，并应用LC-MS，MS/MS技术指认指纹图谱共有模式中共有峰的归属。结果表明，28批白芍样品得到的色谱指纹图谱有11个共有峰，并指认了9个峰，分别为(+)-儿茶素，没食子酸甲酯，芍药内酯苷，芍药苷，四没食子酰葡萄糖，没食子酰芍药苷，五没食子酰葡萄糖，牡丹皮苷I和苯甲酰芍药苷。可见，白芍的指纹图谱特征性及专属性强，可结合含量测定用于全面控制白芍的质量。     

不同炮制方法对白芍质量的影响

目的：通过测定白芍及其炮制品中芍药苷和芍药内酯苷的量,探讨不同炮制方法对白芍质量的影响。方法：采用高效液相色谱方法,Diamonsil C18色谱柱（250mm×4．6mm,5um）,流动相为乙腈-0．05％磷酸溶液（14：86）,检测波长230nm,柱温：35℃。结果：芍药苷的量：生品〉酒制品〉醋炒品〉麸炒品〉清炒品〉土炒品〉酒麸制品;芍药内酯苷的量：土炒品〉麸炒品〉酒制品〉醋炒品〉清炒品〉酒麸制品〉生品。结论：白芍经炮制后芍药苷的量均有所下降,而芍药内酯苷的量均有所升高。     

赤芍片提取工艺的研究

目的:筛选赤芍片水煎提取的最佳工艺条件。方法:应用正交试验得到最佳提取条件。结果:赤芍加水首次10倍量,煎煮2小时。第二次加水8倍量,煎煮1小时。结论:此提取条件最佳。     

基于多基原及系统聚类分析研究赤芍标准汤剂的指纹图谱

目的： 建立赤芍标准汤剂的HPLC双波长指纹图谱，区分不同基原赤芍指纹图谱，采用相似度、SPSS系统聚类分析和主成分因子分析，对赤芍标准汤剂的类别及成分进行分析研究，全面、快速地为其质量评价提供重要依据，保证赤芍标准汤剂原质原味。方法： 采用高效液相色谱法-双波长及梯度洗脱法，建立赤芍标准汤剂对照指纹图谱以及川赤芍、白芍特征图谱；色谱条件为：以十八烷基硅烷键合硅胶为填充剂，以乙腈为流动相A，0.05%磷酸溶液为流动相B，检测波长：前25 min为210 nm，之后换为230 nm，柱温30℃。结果： 建立了赤芍标准汤剂对照指纹图谱，确定8个共有特征峰，指认了4个峰。使用指纹图谱区分了川赤芍、白芍与赤芍不同基原之间的特征性成分。通过系统聚类分析，将15批不同产地样品聚为3类，共提取两大主成分，累积方差贡献率高达86.176%。结论： 不同基原、产地之间的赤芍标准汤剂存在一定差异。通过指纹图谱方法和化学计量学方法可以快速对基原、类别、成分进行分析，具有化学成分的追溯性，对不同基原原料及终端产品进行原质源头保证，可为赤芍配方颗粒的全面质量控制和质量评价提供重要参考依据。     

中药赤芍抗内毒素活性的实验观察

目的：通过提取中药赤芍中抗内毒素（LPS）活性的有效成分,进行药理学观察,探讨赤芍抗内毒素活性的内在机制。方法：将常规中药化学分离技术与生物传感器相结合,分离赤芍抗LPS的有效成分,应用酶联免疫吸附试验（ELISA）法和鲎试验法检测该有效成分对LPS的中和作用。结果：赤芍中抗LPS的有效成分具有较强的中和LPS的活性．该有效成分能够在体外实验中显著抑制由LPS介导的培养细胞系释放TNF-α。结论：中药赤芍中存在高活性的抗LPS有效成分．该成分可以LPS为靶点,应用常规中药化学分离技术与生物传感器相结合的方法进行快速、有效地提取分离。     

赤芍提取物对实验性脑缺血大鼠的保护作用研究

目的:研究赤芍提取物对实验性脑缺血大鼠的保护作用。方法:采用颈内动脉线栓法复制大鼠大脑中动脉闭塞(MCAO)模型,灌胃给予不同剂量的赤芍提取物,观察药物对模型动物的保护作用;测定大鼠脑组织梗死重量、脑指数及对其神经症状评分。结果:赤芍提取物治疗给药能显著减轻MCAO模型大鼠脑组织梗死重量,在240、120、60、30mg·kg-1剂量范围内呈一定的剂量依赖性,同时赤芍提取物能降低脑指数并显著改善MCAO模型大鼠异常的神经症状;赤芍提取物预防给药可以降低MCAO模型大鼠脑组织梗死重量百分比,在240～30mg·kg-1剂量范围内有一定的剂量依赖性,同时也能降低MCAO模型大鼠的脑指数并显著改善梗死后大鼠异常的神经症状。结论:赤芍提取物对MCAO模型大鼠的缺血性脑损伤有一定的保护作用。     

野生赤芍和栽培芍药的芍药苷、苯甲酸含量测定

目的:对野生赤芍和栽培芍药的芍药苷及苯甲酸含量进行比较研究。方法:采用RP-HPLC法同时测定芍药苷和苯甲酸的含量。结果:野生赤芍中芍药苷和苯甲酸的含量范围为34.50~85.00 mg.g-1和0.47~2.19 mg.g-1;栽培芍药中芍药苷和苯甲酸的含量范围为17.83~54.34 mg.g-1和0.50~8.39 mg.g-1。结论:野生赤芍和栽培芍药的芍药苷和苯甲酸含量都具有明显差异。     

赤芍药理作用的研究进展

赤芍为毛茛科植物芍药或川赤芍的干燥根,具有清热凉血、通经及清肝消痈的功效。本文通过调研国内杂志及近十年的国外杂志,对赤芍的药理作用及其在中药复方中的应用进行了总结,为其研究开发治疗心脑血管疾病及其他疾病的药物提供有价值的参考。     

HPLC法测定赤芍饮片中芍药内酯苷及芍药苷的含量

目的建立同时测定赤芍中芍药内酯苷和芍药苷含量的方法。方法采用高效液相色谱法。色谱柱:LichrosphereC18(4.6mm×250mm,5μm);流动相:甲醇-水(35∶65);流速:1.0mL.min-1;柱温:30℃;检测波长:230nm。结果芍药内酯苷和芍药苷分别在0.00788~0.15760μg(r=0.9999)和0.08356~1.67120μg(r=0.9999)范围内线性关系良好,平均加样回收率分别为93.85%和96.58%。结论该法快速、简便、准确、专属性强,可用于赤芍饮片的质量控制。