基于网络药理学和分子对接技术探讨杜仲-续断治疗复发性流产作用机制

目的:采用网络药理学和分子对接技术探讨杜仲-续断治疗复发性流产(RSA)的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)检索杜仲-续断的活性成分和基因靶点.在GeneCards、OMIM和PharmGkb数据库收集RSA疾病靶点,在Cytoscape 3.7.2软件中构建活性成分-靶点网络,基于STRING数据...     

基于网络药理学和分子对接探讨“杜仲-牛膝”药对治疗骨质疏松的分子机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法探讨“杜仲-牛膝”药对治疗骨质疏松的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选杜仲、牛膝含有的活性成分及作用靶点;利用GeneCards、DisGeNET和CTD数据库收集骨质疏松（OP）相关靶点基因;采用Cytoscape 3.8.0软件和STRING数据库进行“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的构建与分析;FunRich3.1.3软件DAVID数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG） 富集分析（P<0.05）;运用Maestro version 11.5对主要活性成分及靶点蛋白进行分子对接。结果:获得“杜仲-牛膝”药对治疗OP的活性成分共42个和133个有效靶点;获得251条GO生物过程和90条相关信号通路,涉及PI3K-AKT、TNF、Wnt、HIF-1、MAPK信号通路等。结论:“杜仲-牛膝”药对可能通过调控细胞增殖、分化与凋亡、骨代谢来治疗OP,具有多成分、多靶点、多系统的特点,为系统阐明“杜仲-牛膝”药对主要成分治疗OP的分子机制提供了参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗肺癌的分子作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究.以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通...     

基于网络药理学及分子对接探讨杜仲叶防治骨质疏松的作用机制

目的：采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果：筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT...     

基于网络药理学和分子对接探讨左金丸治疗肝癌的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制.方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证.结果:共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个.PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点.富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌.分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合.结论:本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考.     

基于网络药理学和分子对接的五苓散治疗肝硬化腹水作用机制探讨

目的：通过网络药理学和分子对接方法探讨五苓散治疗肝硬化腹水的作用机制。方法：使用R软件结合中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、UniProt、GeneCards、OMIM、TTD和DrugBank数据库收集五苓散治疗肝硬化腹水的活性成分和相关靶点。采用Cytoscape 3.8. 0软件筛选关键活性成分并构建中药-活性成分-靶点网络,结合STRING数据库对交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析并筛选出核心靶点,使用R软件进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。利用AutoDock Vina 1.1. 2对核心靶点和度值排名前3位的关键活性成分进行分子对接。结果：五苓散治疗肝硬化腹水有17个靶点,涉及23个活性成分,Cytoscape 3.8. 0软件筛选出β-谷甾醇、(+)-儿茶素、花旗松素、表儿茶素、常春藤皂苷元、3β-乙酰氧基苍术酮等关键活性成分,以及胱天蛋白酶3 (CASP3)、CASP8、热休克蛋白90α (HSP90AA1)、环氧合酶2 (PTGS2)、过氧化氢酶（CAT）和雌激素受体1 (ESR1)等核心靶点。GO分...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探讨罗汉果治疗糖尿病的作用机制。方法：通过TCMSP平台和Swiss Target Prediction数据库筛选出罗汉果的活性成分及其靶点;利用GeneCard、TTD、OMIM数据库筛选出糖尿病潜在靶点;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-疾病-靶点的可视化网络;通过STRING数据库对关键靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行基因本体(GO)功能以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;利用Autodock4和Pymol软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接分析和可视化。结果：筛选出有效成分18种,糖尿病靶点146个。GO功能富集分析得到GO条目572条,KEGG通路富集分析得到信号通路167条。分子对接结果显示β-谷甾醇、山柰酚、罗汉果醇等关键活性成分与原癌基因酪氨酸蛋白激酶(SRC)等关键靶点的亲和力较高。结论：罗汉果通过多靶点、多通路发挥抗糖尿病的作用,其关键活性成分通过与SRC、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK-3)等靶点调节晚...     

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制.通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点.使用Cytoscape软件,构建“活性成分-靶点”网络图,利用STRING平台绘制PP...     

基于反向分子对接和网络药理学探讨姜黄素抗肿瘤作用机制

目的：基于反向分子对接和网络药理学探讨姜黄素的潜在抗肿瘤作用机制。方法：借助Pharm Mapper在线服务器,以姜黄素为研究对象,反向分子对接筛选其作用的潜在靶点。利用STRING数据库软件绘制蛋白相互作用网络,并运用Cyto Hubba插件筛选关键靶点。对潜在靶基因进行KEGG通路分析获得与肿瘤机制相关的靶标,进一步采用Cytoscape软件构建姜黄素“化合物-靶点-通路”网络关系图。最后用Autodock Tools 1.5.6对核心靶点进行分子对接验证。结果：反向筛选得到43个与姜黄素具有较高亲和性的人源靶蛋白,KEGG通路富集到17条与肿瘤相关的通路。姜黄素抗肿瘤作用的核心靶标有SRC、EGFR、GSK3B、RXRA,通路富集结果显示姜黄素主要作用于肿瘤、前列腺癌和胃癌通路;其次姜黄素靶标还相对显著的富集在非小细胞肺癌、大肠癌及乳腺癌等癌症通路,主要通过PI3K/Akt、Cytokine-cytokine receptor interaction、Wnt等信号通路发挥抗癌作用。分子对接结果显示姜黄素与核心靶点SRC、EGFR、GSK3B及RXRA均具有较好的结合活性。结论：姜...     

基于网络药理学和分子对接探讨石斛合剂治疗糖尿病的作用机制

目的 运用网络药理学方法探讨石斛合剂治疗糖尿病的作用机制。方法 运用TCMSP、ETCM、BATMAN-TCM数据库及文献报道搜集石斛合剂中的化学成分,并以PharmMapper平台预测化学成分靶点;运用GeneCards、TTD、OMIM、DrugBank筛选糖尿病相关靶点,将获取的化学成分靶点与糖尿病相关靶点取交集得到石斛合剂与糖尿病的共同靶点;利用STRING平台对交集靶点进行PPI网络构建,筛选出核心靶点;利用DAVID数据库对交集靶点进行KEGG富集分析与GO富集分析,应用微生信平台绘图;应用Cytoscape 3.7.2软件构建石斛合剂治疗糖尿病的成分-靶点-通路网络关系图;最后利用AutoDock软件进行分子对接验证。结果从石斛合剂中筛选得到199种活性成分,对应291种潜在靶点。石斛合剂抗糖尿病的核心成分39个,包括表小檗碱、新隐丹参酮Ⅱ、小檗红碱等,核心靶点14个,包括ALB、Akt1、IGF1、EGFR、PPARG、ESR1等。GO富集分析得到179个生物过程（BP）、58个分子功能（MF）、16个细胞成分（CC）,主要涉及凋亡过程的负调控、类固醇激素介导的信号通路...     

基于网络药理学和分子对接技术的银柴胡解热作用机制探讨

目的：采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）和中药分子机制生物信息学分析工具（BATMANTCM）筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果：银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A～D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10 (MAPK10)、蛋白激酶B1 (Akt1)、热休克蛋白90AA1(HS...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桔梗治疗非小细胞肺癌分子机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术探讨桔梗治疗非小细胞肺癌（NSCLC） 的分子机制。方 法：通过中药系统药理学数据库与分析平台数据库（TCMSP） 获得桔梗的化学成分，通过Pharmmapper 和 Swiss Target Prediction 数据库筛选出桔梗的活性成分靶点，在TTD、DrugBank 数据库中获得与NSCLC 相关的 疾病靶点，通过STRING 数据库进行蛋白-蛋白相互作用（PPI） 分析，采用CytoScape 3.9.1 软件构建PPI 网 络，通过DAVID 数据库对桔梗治疗NSCLC 的作用靶点进行基因本体论（GO） 和京都基因与基因组百科全 书（KEGG） 通路富集分析，通过CytoScape 3.9.1 软件构建“成分-靶点-信号”通路网络，利用分子对接验证 桔梗活性成分与核心靶点的结合能力，通过qPCR 技术对核心靶点的基因相对表达量进行体外实验验证。结 果：筛选得到桔梗7 个潜在活性成分，获得35 个桔梗治疗NSCLC 的靶点，通过PPI 网络分析并根据 度（Degree） 值得到6 个核心靶点。GO 功能富集分析得到94 条与生物过程相关条目、26 条与分子功能相关 条目、47 条与细胞组分相关条目，KEGG 通路富集分析得到癌症通路、表皮生长因子受体（EGFR） 酪氨酸激 酶抑制剂耐药性等42 条通路。分子对接结果表明，花旗松素与前列腺素内过氧化合物酶2（PTGS2）、木犀草 素与P-糖蛋白（ABCB1） 和PTGS2、刺槐素与EGFR 等有较好的对接活性。给药24 h 后，与空白对照组相 比，桔梗提取物低剂量组A549 细胞活性下降（P＜0.05），桔梗提取物高剂量组A549 细胞活性低于桔梗提取 物低剂量组（P＜0.05）。qPCR 实验结果显示，与空白对照组相比，桔梗提取物低剂量组A549 细胞中 ABCB1、EGFR、PTGS2 mRNA 表达量均降低（P＜0.05），桔梗提取物高剂量组A549 细胞中ABCB1、EGFR、 PTGS2 mRNA 表达量均低于桔梗提取物低剂量组（P＜0.05）。结论：桔梗的多种活性成分可能通过抑制 ABCB1、EGFR 及PTGS2 等的表达调控癌症通路、EGFR 酪氨酸激酶抑制剂耐药性等信号通路，以治疗 NSCLC。桔梗提取物改善NSCLC 可能存在一定的剂量依赖性。     

基于网络药理学和分子对接技术的白芍治疗抑郁症作用机制探讨

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术探讨白芍治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出白芍的活性成分及相关靶点;使用DisGeNET、GeneCards等数据库筛选抑郁症潜在靶点,得到活性成分与疾病的交集靶点;通过STRING数据库构建活性靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用R语言中CludterProfiler程序包进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-通路网络;通过Discovery Studio 2016软件对核心配体小分子和受体大分子进行分子对接分析。结果:筛选得到白芍相关活性化合物8个,相关靶点77个,白芍与抑郁症的共同靶点67个,β-谷甾醇、山柰酚和蛋白激酶B1 (Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)和孕激素受体(PGR)可能是白芍治疗抑郁症的有效化合物和作用靶点。GO功能富集分析筛选得到生物过程、细胞组成、分子功能分别为2825、189、358条;KEGG富集筛选得到糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)、神经活性配体-受体相互作用、TNF、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt等信号通路;分子对接结果表明,PGR与成分丁子香萜、β-谷甾醇、谷甾醇、芍药二酮和山柰酚均具有良好的亲和力。结论:白芍治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等相关。     

基于网络药理学与分子对接探讨“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接方法探讨中药“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性(AMD)的作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取中药黄芪、当归的有效成分与作用靶点,使用Uniport数据库进行基因ID的注释,在GeneCards、OMIM数据库中查找AMD的相关基因。使用Cytoscape 3.7.2将药物-关键有效成分-疾病靶点网络可视化,在String数据库平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,再利用Metascape基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用AutoDock4.2.6软件对关键靶点蛋白及有效成分进行分子对接验证。结果：通过筛选,得到黄芪-当归有效成分22个,与AMD相关的关键有效成分14个,黄芪-当归与AMD的共同基因靶点52个;PPI中核心基因依次为CASP3、IL6、VEGFA、EGFR、ESR1等;GO功能富集得到1 064个条目,生物学过程主要涉及细胞凋亡、对类固醇激素的反应、活性氧代谢、对脂多糖的反应等;KEGG富集分析后得到119条信号通路,与癌症的通路、流体剪切力与动脉粥样硬...     

基于网络药理学和分子对接探讨冠心宁片治疗心力衰竭作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接的方法,研究中成药冠心宁片治疗心力衰竭（HF）的作用机制。方法：通过TCMSP数据库获取冠心宁片所含中药的活性成分和药物成分的潜在靶点;检索Therapeutic Target Database (TTD)、Drugbank数据库查找与HF相关的疾病靶点;将药物靶点与疾病靶点经过Uniprot数据库校正后取交集基因,得到冠心宁片治疗HF的“成分-靶点-疾病”网络。采用STRING数据库和DAVID数据库对交集基因进行PPI分析、GO富集分析及KEGG信号通路富集分析。最后运用AutoDock Vina、ChemBio3D Ultra、PyMOL等软件对冠心宁片关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果：从冠心宁片中共获得33个药物活性成分,92个药物靶点,TTD、Drugbank数据库获得与HF相关的140个疾病靶点,最终获得16个药物与疾病的交集基因。预测冠心宁片中主要成分有丹参酮ⅡA、二氢丹参内酯、4-亚甲丹参新酮、2-异丙基-8-甲基菲-3,4-二酮、隐丹参酮等,作用于NR3C1、PPARG、MMPs、CHRM2、DRD2等16个HF的靶点基因,通...     

基于网络药理学和分子对接探讨炙黄芪拮抗阿霉素心肌损伤的机制研究

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪拮抗阿霉素心肌损伤多成分-多靶点-多途径的整体药理作用特征和具体机制,并选取JNK和凋亡信号通路进行细胞水平实验验证。方法:以网络药理学为手段,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选黄芪的活性成分,并结合PharmMapper获取其对应的靶点;通过GeneCards、OMIM、DrugBank和PharmGKB数据库检索阿霉素心肌损伤相关靶点;对交集靶点通过STRING数据库与Cytoscape软件构建黄芪有效成分-靶点网络及蛋白质-蛋白质互作网络并依据拓扑学分析进行核心网络筛选;通过R软件对核心网络基因进行GO和KEGG富集分析;利用Cytoscape软件构建信号通路-靶点网络并根据连接度筛选核心靶点;利用AutoDock软件进行目标成分与关键靶点的分子对接,采用PyMOL软件对最优结果进行可视化。采用Western blot法验证炙黄芪对阿霉素诱导的AC16细胞JNK、c-Jun、c-Fos蛋白表达及其磷酸化水平和凋亡相关蛋白Caspase-3、BAX和BCL-2表达与活化的调控作用。结果:筛选出黄芪活性成分33个,对应280个无重靶点;获得阿霉素心肌损伤相关基因1 368个;二者交集靶点为138个,映射了黄芪25个有效成分;黄芪有效成分-靶点网络中靶点最多的前10位成分为槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素、7-O-甲基异丁香酚、异鼠李素、毛蕊异黄酮、(Z)-1-(2,4-二羟基苯基)-3-(4-羟基苯基)丙基-2-烯-1-酮、黄芪甲苷I、黄芪甲苷IV、3,9-二-O-黄芪紫檀烷。由STRING数据库对交集靶点构建的PPI网络经拓扑学筛选得到了包括MAPK8、MAPK1、AKT1、MAPK14等23个靶点构成的核心PPI网络;对核心网络靶点的GO分析得到1 806个条目,KEGG分析共富集到包括MAPK信号通路、TNF信号通路、凋亡信号通路等137条通路。信号通路-靶点网络结果显示,MAPK8、MAPK1、AKT1、MAPK14为具有最高连接度的核心靶点。分子对接显示,黄芪靶点最多的前10位有效成分与4个核心靶点的结合能均<-7.0 kcal/mol。炙黄芪400、500μg/mL可明显增加损伤的心肌组织的存活率,Western blot结果显示,与阿霉素组相比,给予炙黄芪处理后损伤的心肌细胞p-JNK/JNK、p-c-Jun/c-Jun、p-c-Fos/c-Fos、BAX和cleaved-Caspase-3/Caspase-3表达明显下调(P<0.05或P<0.01),BCL-2表达明显上调(P<0.05)。结论:黄芪可通过多种机制拮抗阿霉素心肌损伤,其多种成分通过作用于MAPK信号通路中多个核心基因而抑制心肌细胞凋亡,这可能是黄芪发挥对阿霉素损伤心肌保护作用的主要机制。     

基于网络药理学及分子对接技术分析远志治疗原发性失眠作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术分析远志治疗原发性失眠（PI） 的作用机制。方法：通过 Herb、Batman-TCM 数据库筛选远志的化合物,用Swiss Target Prediction、SEA 及Batman-TCM 数据库行主要 活性成分潜在靶点筛选,同时在Gene Cards、NCBI 基因、TTD 数据库筛选疾病相关靶点。将远志的主要活性 成分靶点与疾病靶点输入Venny2.1 行交集处理,筛选两者的共同靶点,运用Cytoscape3.8.0 软件构建“药物- 成分-疾病-靶点”PPI 网络并行拓扑分析。使用RStudio4.0.3 软件行基因本体（GO） 功能富集与京都基因和基 因组百科全书（KEGG） 通路富集分析,使用Discovery Studio 软件将远志主要活性成分与疾病核心靶点进行分 子对接。结果：筛选出远志中含有金丝桃苷、α-菠甾醇、芦丁、槲皮素等9 种主要活性成分,261 个药物潜 在作用靶点,与2 600 个PI 相关疾病靶点取交集后获得87 个共有靶点。拓扑分析筛选到白细胞介素-6（IL-6）、 肿瘤坏死因子（TNF）、人环磷酸腺苷反应元件结合蛋白1（CREB1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、丝裂 原活化蛋白激酶3（MAPK3） 等36 个关键靶点。GO 功能富集分析得到BP 条目1 302 项、MF 相关条目101 项、 CC 相关条目63 项;KEGG 通路富集分析筛选到神经活性配体-受体相互作用、γ-氨基丁酸（GABA）、磷脂酰 肌醇3-激酶/蛋白激酶-B（PI3K-Akt）、环磷酸腺苷（cAMP）、TNF 等79 条信号通路;分子对接显示远志主要 活性成分与疾病核心靶点亲和力均良好。结论：远志能够通过多成分、多靶点、多通路的协同作用影响机体的 神经代谢、氧化应激及炎症反应,从而发挥治疗PI 的作用。     

基于网络药理学和分子对接对金丝桃苷抗肝癌作用机制

目的 采用网络药理学的方法,对金丝桃苷抗肝癌的作用机制进行探讨。方法 使用过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、药物基因相互作用数据库（DGIdb）、毒性与基因比较数据库（CTD）及SwissTargetPrediction数据库预测金丝桃苷的作用靶点。利用基因数据库（GeneCards）、在线人类孟德尔遗传病数据库（OMIM）等5个数据库,获得肝癌疾病相关靶点。二者取交集,即金丝桃苷抗肝癌作用靶点。采用在线注释及可视化整合分析工具（DAVID v2021q4）进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。Cytoscape 3.6.1软件构建作用靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选出核心作用靶点,并对金丝桃苷与核心作用靶点亲和力进行分子对接验证。细胞活力实验观察金丝桃苷抗肝癌的作用;划痕实验观察金丝桃苷对肝癌细胞迁移的作用;实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time PCR）、蛋白免疫印迹法（Western blot）检测金丝桃苷对关键靶基因胱天蛋白酶-3（Caspase-3）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）mRNA及蛋白表达的影响。结果 共获得金丝桃苷抗肝癌的相关基因45个,并筛选出核心靶基因6个。KEGG途径分析富集的信号通路包括凋亡信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路及癌症信号通路等。分子对接显示核心靶基因Caspase-3、TNF、雌激素受体1（ESR1）、MAPK3、过氧化氢酶（CAT）及环加氧酶2（PTGS2）与金丝桃苷亲和力较好,尤其与Caspase-3与MAPK3具有强烈的结合活性。另外细胞实验显示,与空白组比较金丝桃苷能减低肝癌细胞活力（P<0.05）,抑制肝癌细胞迁移,同时升高Caspase-3 mRNA表达（P<0.05）,降低MAPK3 mRNA表达（P<0.05）。结论 金丝桃苷抗肝癌作用通过影响Caspase-3、TNF、ESR1、MAPK3、CAT、PTGS2等核心靶点,共同干预凋亡信号通路、TNF信号通路及癌症信号通路等,以达到抗肝癌的作用。     

我国动物药资源供给现状及可持续发展的思考

本文回顾了动物药在驯化养殖、替代品研究等产业发展中取得的成果和进展,明确驯化养殖是保障动物药供给的主要途径,替代品的研发与产业化发展可以有效解决野生资源枯竭和养殖尚未成功的情况下中医临床无药可用的难题。     

基于网络药理学和分子对接分析探讨消炎退热合剂干预新型冠状病毒肺炎的可行性

目的:运用网络药理学和分子对接法分析消炎退热合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可行性。方法:借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)和Pubchem数据库检索消炎退热合剂中大青叶、蒲公英、紫花地丁、甘草的化学成分和作用靶点。通过UniProt、GeneCards等数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.7.2构建化合物-靶点(基因)网络,采用R软件包(3.6.2)的Cluster profiler包对交集靶点进行GO (Gene Ontology)生物信息学富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制,采用ChemOffice软件将筛选出的18个核心化学成分与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果:化合物-靶点网络包含4种药材,117个化合物和相应靶点498个,与疾病靶点144个交集后,筛选出关键的核心化合物18个,对应的疾病靶点27个,关键靶点涉及肾上腺素能受体β2抗体(ADRB2)、前列腺素过氧化物合酶1(PTGS1)、凝血酶原(F2)、肿瘤坏死因子(TNF)、肾素(REN)及血管紧张素转化酶(ACE2)等。GO功能分析得到GO条目910个(P0.05)。其中生物过程(BP)条目867个,细胞组成(CC)条目6个,分子功能(MF)条目37个。KEGG通路富集筛选到10条信号通路(P0.05),主要涉及cAMP信号通路、病毒蛋白与细胞因子受体间相互作用、肿瘤坏死因子信号通路、细胞因子相互作用受体通路、肾素-血管紧张素系统等。分子对接结果显示靛蓝、β-谷甾醇、γ-谷甾醇、十八碳二烯酸、亚油酸甲酯及高丽槐素6个核心化合物与ACE2结合力和临床推荐用药氯喹的相近。结论:消炎退热合剂中的活性化合物靛蓝、β-谷甾醇、γ-谷甾醇、十八碳二烯酸、亚油酸甲酯及高丽槐素可能通过与ACE2结合,且可能通过作用于ADRB2、PTGS1、F2、TNF、REN等靶点调节多条信号通路,通过以上结果预测该复方对COVID-19具有潜在的干预作用。