HCV 广东株5’NCRc DNA的克隆及序列测定

从广东省１例慢性丙型肝炎病人血清中提取ＨＣＶＲＮＡ，随机引物逆转录为ｃＤＮＡ后用ＨＣＶ５’端非编码区（５’ＮＣＲ）特异引物进行聚合酶链反应（ＰＣＲ）。扩增产物３０２ｂｐ，经补齐和提纯后插入ｐＵＣ１９质粒，获得的重组质粒ｐＵＮ采用双脱氧链终止法测定核苷酸序列，与国内外多个株比较，核苷酸同源性介乎９２．６９％～１００％，其中与ＨＣＶⅡ（１ｂ）型的同源性最大。本文的测序结果可为引物设计提供依据。获得的ＨＣＶｃＤＮＡ在常规ＰＣＲ步骤中用于设立有效的模板对照，对消除假阴性及评估试剂有重要意义。     

HCV 5‘—NCR序列克隆和转录重组质粒构建

选取ＩＶ基因型ＨＣＶ及中国和台湾代表株ＨＣＶ的５’ＮＣＲ区保守序列合成引物，以ＲＴ－ＰＣＲ从输血后非甲非乙型肝炎病人血浆中扩增一段３００ｂｐ的ｃＤＮＡ片段作目的基因，钝端插入ｐＵＣ１９的Ｓｍａ１切点，构建了ｐＵＨＣＶ－ＮＣ重组质粒。对ｐＵＨＣＶ－ＮＣ分别或混合应用ＨＣＶ序列特异的内外引物和载体序列特异的通用引物进行ＰＣＲ扩增，所得产物分子阳均同预期相符；酶切分析查出ＨＣＶ基因所带和克隆位点融合所产     

HCV5’－NCR序列克隆和转录重组质粒构建

选取ＩＶ基因型ＨＣＶ及中国和台湾代表株ＨＣＶ的５’ＮＣＲ区保守序列合成引物，以ＲＴ－ＰＣＲ从输血后非甲非乙型肝炎病人血浆中扩增一段３００ｂｐ的ｃＤＮＡ片段作目的基因，钝端插入ｐＵＣ１９的ＳｍａＩ切点，构建了ｐＵＨＣＶ－ＮＣ重组质粒。对ｐＵＨＣＶ－ＮＣ分别或混合应用ＨＣＶ序列特异的内外引物和载体序列特异的通用引物进行ＰＣＲ扩增，所用产物分子量均同预期相符；酶切分析查出ＨＣＶ基因所带有和克隆位点融合所产生的两个外源ＮｃｏＩ切点也存在；证实ｐＵＨＣＶ－ＮＣ中克隆基因是ＨＣＶ的５’ＮＣＲ序列且插入方向为反向。应用ＢａｍＨＩ和ＥｃｏＲＩ双切出克隆ＨＣＶ基因，粘端插入ｐＳＰ７２的多克隆位点，均建了ｐＳＨＣＶ－ＮＣ转录重组体，对之进行了ＰＣＲ和酶切鉴定。     

显微注射法建立含荧光素酶和HCV-C基因细胞模型

目的 建立带有报告基因的ＨＣＶ５’ＮＣＲ，Ｃ区细胞模型，方法 通过亚克隆技术，重组ＨＣＶ ｃＤＮＡ片段与荧光素酶基因（１ｕｃ）融合的真核表达质粒，经显微注射导入人肝癌细胞Ｈｅｐｇ２，ｇ４１８筛选后检测Ｃ蛋白 表达和荧光素酶活性。结果 成功地将ＨＣＶ５’ ＮＣＲ和Ｃ区ｃＤＮＡ与１ｕｃ融合，并与ｐｃＤＮＡ３载体重组，构了该事例基因的真核表达质粒ｐｃＨＣＶｃｌｕｃ；染ＨｅｐＧ２细胞后获得有效表达，持续１     

HCVC基因部分序列的克隆测序

选取５株ＨＣＶ共有序列合成一时５’端加端引物。上游加端为ＥｃｏＲⅠ切点，下游加端为ＢａｍＨＩ切点。以ＲＴ－ＰＣＲ扩增一长为５７８ｂｐ的ｃＤＮＡ作目的基因，相应酶切后，反向插入ＰＵＣ１８的多克隆位点，构建ｐＵＨＣ－Ｃ重组体。分别或混合应用ＨＣＶ特异内外引物和ｐＵＣ特异通用引物以ＰＣＲ扩增重组体，扩增产物分子片段均同预期一致。测序表明克隆基因与ＨＣＶ－ＣＨＮ最同源，在所测ＣＥ４９７个核苷酸及由之推导的１６０个氨基酸区域内。其核苷酸与氨基酸同源性都是９７．５％。     

HCVE＿2／NS＿1基因的PCR检测克隆与序列分析

本文报道了利用ＰＣＲ技术检测了３４例丙型肝炎病毒Ｅ２／ＮＳ１基因的ｃＤＮＡ并与５’非编码区基因的ｃＤＮＡ检测技术进行了比较，应用ｐＵＣ１８质粒对此扩增片段进行了克隆与序列分析，结果表明克隆片段ＨＣＶ－Ｓ１为我国主要流行的ＨＣＶ基围亚型－ＩＩ型，其与ＨＣＶ－ＩＩ型的核苷酸与氨基酸的同源性均在９０％以上，序列分析表明该片段富含脯氨酸和胱氨酸，可能具有复杂的空间构型，且与４个糖基化位点一样保持稳定，另外，在ＨＣＶ－Ｓ１片段的３’端有一３６个核苷酸的区域，其变化可能具有型特异性     

七株急性散发性戊型肝炎病毒部分核苷酸序列分析

比较我国流行性和散发性戊型肝炎病毒（ＨＥＶ）的部分核苷酸和氨基酸序列及其与戊型肝炎流行的关系。方法应用逆转录套式聚合酶链反应法（ＲＴ－ｎＰＣＲ）从急性散发性戊型肝炎病人血清中扩增ＨＥＶ开放读码框架２（ＯＲＦ２）ｃＤＮＡ，并用ＳｅｑｕｅｎａｓｅＶｅｒｓｉｏｎ２．０ＤＮＡ序列分析试剂盒，经双脱氧核苷酸ＤＮＡ链末端终止直接测序法测定ＲＴ－ｎＰＣＲ扩增产物的核苷酸序列。结果从深圳、长春、杭州、西安、北京５个城市４１份急性散发性戊型肝炎病人血清中获得２８株ＨＥＶＯＲＦ２ｃＤＮＡ，对其中７株进行了核苷酸序列分析，表明它们与ＨＥＶ墨西哥株（Ｍ）的同源性为７８．９％～８０．２％；与ＨＥＶ缅甸（Ｂ）流行株（Ｅｐ）的同源性为９３．１％～９５．１％；与ＨＥＶ缅甸（Ｂ）散发株（Ｓｐ）的同源性为９２．３％～９４．２％；与ＨＥＶ中国新疆流行株ＣＨ１．１同源性为９６．５％～９８．９％；７株散发性ＨＥＶ间核苷酸序列的同源性为９５．７％～１００％。结论该７株散发性ＨＥＶ与ＨＥＶ（Ｂ）和ＨＥＶＣＨ１．１核苷酸序列的同源性较高，均属同一亚型。     

庚型肝炎病毒不同地理株5‘端非编码区序列的变异性分析

目的：为明确了解中国不同地区（广东，云南，香港）庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）株５‘端非编码区（ＮＣＲ）序列的差异。方法：采用逆转录巢式聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）技术，从广东省２例，云南省１例，香港３例共６例ＨＧＶ感染者血浆中扩增ＨＧＶ５’ＮＣＲ ｃＤＮＡ片段，为２３８ｂｐ，ＰＣＲ产物纯化后直接经对脱氧链末端终止法测定核苷酸序列。结果：中国ＨＧＶ株间５‘ＮＣＲ相应序列的同源性介乎９２．９３％￣９７．９８     

HCV E2／NS1基因的PCR检测克隆与序列分析

本文报道了利用ＰＣＲ技术检测了３４例丙型肝炎病毒Ｅ２／ＮＳ１基因的ｃＤＮＡ并与５非编码区基因的ｃＤＮＡ检测技术进行了比较，应用ｐＵＣ１８质粒对此扩增片段进行了克隆与序列分析，结果表明克隆片段ＨＣＶ－Ｓ１为我国主要流行的ＨＣＶ基因亚型－ＩＩ型，其与ＨＣＶ－ＩＩ型的核苷酸与氨基酸的同源性均在９０％以上，序列分析表明该片段富含脯氨酸和胱氨酸，可能具有复杂的空间构型，且与４个糖基化位点一样保持稳定，另外，     

中国株HGV部分基因的分子克隆与核苷酸序列分析

采用ＲＴ－ＰＣＲ对广东地区３３例肝炎病人血清进行ＨＧＶＲＮＡ检测，结果２例（６．１％）阳性。对其中１株输血后ＨＧＶ（ＣＨ－３）基因组５＇端非翻译区（５＇ＵＴＲ）进行分子克隆与测序，并分别与Ｌｉｎｎｅｎ等报道的２株ＨＧＶ（ＰＮＦ２１６１，Ｒ１０２９１）和Ｌｅａｒｙ等报道的ＧＢＶ－Ｃ相比较，其核苷酸序列的同源性分别为８９．２％、８８．７％、８７．１％。本研究首次证实我国华南地区存在ＨＧＶ感染。ＨＧＶ高度保守区５＇ＵＴＲ的分子克隆与核苷酸序列的测定对开展ＨＧＶ感染的基因诊断具有重要意义。     

Ⅲ型中国株丙型肝炎病毒E2/NS1基因的克隆与序列分析

目的构建插入Ⅲ型中国株丙型肝炎病毒Ｅ２／ＮＳ１基因片段的真核表达载体，分析该基因片段的核苷酸一级结构。方法利用逆转录套式ＰＣＲ扩增Ⅲ型中国株丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）Ｅ２／ＮＳ１基因片段，通过定向克隆将其克隆到真核表达载体ｐｃＤＮＡ３上，采用双脱氧链终止法测定其核苷酸序列。结果构建出含有Ⅲ型中国株丙型肝炎病毒Ｅ２／ＮＳ１基因片段的克隆，该区基因片段的核苷酸一级结构和Ⅲ型日本株ＨＣＶ（ＨＣ－Ｊ６）的同源性为８８．３７％，Ⅱ型中国株ＨＣＶ（ＨＣ－Ｃ２）的同源性为７０．６９％，其推定的氨基酸同源性分别为８９．２９％和７５．５５％。结论基因的核苷酸一级结构在同一基因型中有较高的同源性，而不同基因型之间的同源性则相对较低。对不同基因型之间Ｅ２／ＮＳ１基因一级结构的研究将有助于ＨＣＶ疫苗的研制。     

庚型肝炎病毒不同地理株5'端非编码区序列的变异性分析

目的：为明确了解中国不同地区（广东、云南、香港）庚型肝炎病毒（ＨＧＶ）株５′端非编码区（ＮＣＲ）序列的差异。方法：采用逆转录巢式聚合酶链反应（ＲＴＰＣＲ）技术,从广东省２例、云南省１例、香港３例共６例ＨＧＶ感染者血浆中扩增ＨＧＶ５′ＮＣＲｃＤＮＡ片段,为２３８ｂｐ,ＰＣＲ产物纯化后直接经双脱氧链末端终止法测定核苷酸序列。结果：中国ＨＧＶ株间５′ＮＣＲ相应序列的同源性介乎９２９３％～９７９８％,与国外分离株比较,同源性介乎８６３６％～９１９２％。结论：中国ＨＧＶ株间５′ＮＣＲ相应序列的同源性较大,与国外分离株的同源性较小;碱基变异在序列中呈散在分布,部分区段变异较大;ＨＧＶ核酸变异与地域因素有关。     

中国株HGV部分基因的分子克隆与核苷酸序列分析

采用ＲＴ－ＰＣＲ对广东地区３３例肝炎病血清进行ＨＧＶＲＮＡ检测，结果２例（６．１％）阳性，对其中１株输血后ＨＧＶ（ＣＨ－Ｓ）基因组５端非翻译区（５′ＵＴＲ）进行分子克隆与测序，并分别与Ｌｉｎｎｅｎ等报道的２株ＨＧＶ（ＰＮＦ２１６１，Ｒ１０２９１）和Ｌｅａｒｙ等报道的ＧＢＶ－Ｃ相比较，其核苷酸序列的同源性分别为８９．２％，８８．７％，８７．１％，本研究首次证实我国华南地区存在ＨＧＶ感染，ＨＧＶ高度保     

山东省HCV分离株C 区及NS5 区核苷酸序列分析

①目的 探讨山东省丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）分离株Ｃ区、ＮＳ５区的核苷酸序列及其基因型别。②方法 以ＲＴ－ｎｅｓｔ－ＰＣＲ方法从１例临床ＨＣＶ感染者血清中分别扩增出ＨＣＶＣ区（４３２ｂｐ）及ＮＳ５区（３１９ｂｐ）的基因片段,将其克隆于Ｔ载体上,以双脱氧末端终止法自动测序并进行序列分析。③结果 该分离株与ＧｅｎＢａｎｋ中５０多个１ｂ型分离株同源性均在９０％以上,其中Ｃ区与中国北京的１ｂ型株ＨＣＵ６３３７     

丙型肝炎病毒基因高变区（E1,E2／NS1）的分子克隆及基因型鉴定

对广东省一个患血血清中的丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）基因高变区进行分子克隆及基因型鉴定。采用微粒吸附法提取ＨＣＶ ＲＮＡ，随机引物逆转录后进行聚合酶链反应（ＰＣＲ）。所用引物位于Ｅ１，Ｅ２／ＮＳ１区，扩增产物８０６ｂｐ，产物提纯后定向插入ｐＢＶ２２０质粒载体，重组体转染ＤＨ５α菌株，筛选菌落经增殖后碱变性法提取质粒，再通过ＰＣＲ及酶切法鉴定阳性克隆。我们还用酶切法对此株克隆的基因型作了初步鉴定，证明属于     

HCV 定量 RT-PCR 竞争性参比标准的构建

将克隆的ＨＣＶ５’ＮＣＲ序列反向插入ｐＳＰ７２的ＥｃｏＲＶ切点，构建一种能转录ＨＣＶ－ＲＮＡ的质粒ｐＳｎｃ－２。以ＲＴ－ＰＣＲ从抗ＨＥＶＩｇＭ阳性病人血浆中扩增一段２３８ｂｐ的ＨＣＶ－ｃＤＮＡ，反向插入ｐＳｎｃ－２中克隆的５’ＮＣＲ序列的ＮｃｏⅠ切点，构建插入突变型ＨＣＶ－ｃＤＮＡ重组体ｐＳｎｃ－ｅ。应用限制性酶切和ＰＣＲ对这两种重组质粒进行了鉴定，为ＨＣＶ－ＲＮＡ的定量ＰＣＲ提供有用的内参照模板。     

丙型肝炎病毒基因高变区（E1，E2／NS1）的分子克隆及基因型鉴定

对广东省一个患者血清中的丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）基因高变区进行分子克隆及基因型鉴定。采用微粒吸附法提取ＨＣＶＲＮＡ，随机引物逆转录后进行聚合酶链反应（ＰＣＲ）。所用引物位于Ｅ１，Ｅ２／ＮＳ１区，扩增产物８０６ｂｐ，产物提纯后定向插入ｐＢＶ２２０质粒载体，重组体转染ＤＨ５α菌株，筛选菌落经增殖后碱变性法提取质粒，再通过ＰＣＲ及酶切法鉴定阳性克隆。我们还用酶切法对此株克隆的基因型作了初步鉴定，证明属于１组Ⅱ型。     

一株庚型肝炎病毒NS3区和NS5区部分基因序列的分析

用ＲＴ－ＰＣＲ的方法从非甲、乙、丙、丁、戊型肝炎病人血清中检测到一株庚型肝炎病毒（ＧＢＶ－Ｃ／ＨＧＶ）。其中扩增ＮＳ３区基因采用５６例循环周期减温ＰＣＲ方法；扩增ＮＳ５区基因采用３５个循环周期的正常ＰＣＲ方法。并对其ＰＣＲ产物进行了克隆测序。在ＮＳ３区，样品与ＧＢＶ－Ｃ和ＨＧＶ的核苷酸序列同源性分别为８４．２％和８９．９％；而在ＮＳ５区样品与ＨＢＶ－Ｖ和ＨＧＶ的核苷酸同源性分别为９４．９％和９８．     

HCV定量RT—PCR竞争性参比标准的构建

将克隆的ＨＣＶ５‘ＮＣＲ序列反向插入ｐＳＰ７２的Ｅｃｏ ＲＶ切点，构建一种能转录ＨＣＶ－ＲＮＡ的质粒ｐＳｎｃ－２。以ＲＴ－ＰＣＲ从抗ＨＥＶ ＩｇＭ阳性病人血浆中扩增一段２３８ｂｐ的ＨＣＶ－ｃＤＮＡ反向插入ｐＳｎｃ－２中克隆的５’ＮＣＲ序列的ＮｃｏＩ切点，构建插入突变型ＨＣＶ－ｃＤＮＡ重组体ｐＳｎｃ－ｅ。     

PCR检测丙型肝炎病毒感染各高危人群

用ＰＣＲ方法克隆了中国丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）感染者的５’端非编码区（５’－ｎｏｎｃｏｄｉｎｇｒｅｇｉｏｎ，５’－ＮＣＲ）序列，并根据此序列合成引物检测我国ＨＣＶ各高危感染人群的病毒复制情况，结果显示ＨＣＶＲＮＡ在慢性丙型肝炎患者的血清标中的阳性率为８１．８％（９／１１），在ＨＣＶ抗体阳性的血液透析患者血清标本中的阳性率为６３．６％（７／１１），在ＨＣＶ抗体阳性的献血员血清标中的阳性率为２０％（４／