青海天峻地区人和羊源细粒棘球蚴流行株基因分型及基因多态性研究

目的 解析青海天峻地区人和绵羊细粒棘球蚴流行株的基因型及基因多态性。方法 根据GenBank公布的细粒棘球绦虫线粒体基因组序列,分别针对cox1和nad1基因设计特异性引物,对16份绵羊源和2份人源细粒棘球蚴分离株样品进行PCR扩增、测序及cox1和nad1基因核苷酸序列多态性和单倍型分析。结果 18株细粒棘球蚴分离株均属于G1型。其中cox1基因单倍型共有9种,变异位点16个,单倍型序列之间碱基差异0~5个,变异率达0.31%;nad1基因单倍型共有7种,涉及变异位点共15个,单倍型序列之间碱基差异1~8个,变异率达0.89%。结论 青海天峻地区人和绵羊细粒棘球蚴流行株为G1型,其cox1基因多态性较nad1基因多态性丰富;cox1基因用于细粒棘球蚴分离株间核苷酸多态性分析的分辨率较高。     

辽宁与新疆两地细粒棘球蚴分离株基因型研究北大核心CSCD

目的检测辽宁和新疆人源细粒棘球蚴的基因型及其遗传变异情况,分析不同地理株之间的基因差异。方法分别从两地区肝包虫病患者肝内获取棘球蚴囊,取囊内容物离心沉淀,提取DNA,以细粒棘球绦虫线粒体细胞色素氧化酶(cox1)基因为靶基因设计引物,进行PCR扩增,对扩增产物进行测序,应用NCBI Blast软件和DNAman软件分析测序结果。结果辽宁和新疆人源细粒棘球蚴cox1基因扩增片段为1 838bp,测序后进行NCBI Blast分析,发现100条同源序列,均为细粒棘球绦虫种属;其A,C,G,T含量分别为47.90%、25.13%、9.17%、17.80%和47.84%、25.13%、9.23%、17.80%,两地区分离株cox1基因序列同源性为99.94%,目的基因序列中第64位仅存在一个变异位点,两者的基因型均属于G1亚型。结论辽宁和新疆人源细粒棘球蚴基因型均为G1型,cox1基因同源性高,仅在第64位存在一个变异位点,可为当地人体细粒棘球蚴病的分子流行病学研究及其预防提供参考。     

辽宁省朝阳市细粒棘球病的基因型分析

目的分析本院分离到的人源性棘球蚴的基因型,为辽宁省棘球蚴病的分子流行病学提供资料。方法经外科手术方法从患者肝内获取棘球蚴囊,将囊内容物离心沉淀提取DNA,以细粒棘球绦虫线粒体细胞色素氧化酶(cox1)基因为靶基因设计引物进行PCR扩增,对PCR产物进行测序,测序结果应用Blast进行分析,并与GenBank数据库中序列进行比对。结果 cox1扩增产物及测序的结果提示,本例样本与细粒棘球幼的cox1基因型(AF297617)高度相似,差异性为0.1%,基因型属于G1亚型。并与其他国家的25个分离株序列一致。结论线粒体基因组的cox1基因分析是棘球蚴病诊断和分型的有力工具。辽宁地区首次报道了细粒棘球绦虫的基因型为G1亚型,其序列与国内外的多个分离株保持一致,为棘球蚴病的分子流行病学补充了资料。     

辽宁与新疆两地细粒棘球蚴分离株基因型研究

目的检测辽宁和新疆人源细粒棘球蚴的基因型及其遗传变异情况,分析不同地理株之间的基因差异。方法分别从两地区肝包虫病患者肝内获取棘球蚴囊,取囊内容物离心沉淀,提取DNA,以细粒棘球绦虫线粒体细胞色素氧化酶(cox1)基因为靶基因设计引物,进行PCR扩增,对扩增产物进行测序,应用NCBI Blast软件和DNAman软件分析测序结果。结果辽宁和新疆人源细粒棘球蚴cox1基因扩增片段为1 838bp,测序后进行NCBI Blast分析,发现100条同源序列,均为细粒棘球绦虫种属;其A,C,G,T含量分别为47.90%、25.13%、9.17%、17.80%和47.84%、25.13%、9.23%、17.80%,两地区分离株cox1基因序列同源性为99.94%,目的基因序列中第64位仅存在一个变异位点,两者的基因型均属于G1亚型。结论辽宁和新疆人源细粒棘球蚴基因型均为G1型,cox1基因同源性高,仅在第64位存在一个变异位点,可为当地人体细粒棘球蚴病的分子流行病学研究及其预防提供参考。     

我国4省、自治区细粒棘球绦虫DNA限制性片段长度多态性分析

运用 DNA探针pHD5、pEG18、pSM889 结合 Southern blot 杂交技术对采自我国新疆、青海、甘肃和宁夏等地的羊源细粒棘球蚴与采自青海、甘肃的牦牛源细粒棘球蚴进行了限制性片段长度多态性(RFLP)分析。结果表明我国这些省、自治区采集的羊源细粒棘球蚴彼此之间未见有明显而稳定的杂交条带差异,属于同一虫株。青海和甘肃两省牦牛源细粒棘球蚴彼此之间也未见明显而稳定杂交条带差异,据杂交图谱判断似与羊源细粒棘球蚴属同一虫株。     

细粒棘球蚴(Echinococcus granulosus)CO1与ND1基因序列分析

目的 为了明确内蒙古锡林郭勒盟西乌旗羊株和锡林浩特市人株细粒棘球蚴之间的基因型及其遗传变异情况。方法 利用分子生物学技术对采自两地区细粒棘球蚴的线粒体CO1基因与ND1基因进行了克隆和测序,并运用DNAStar5.0中的MegAlign工具对已测出的序列进行了分析。结果 西乌旗羊株细粒棘球蚴与锡林浩特市人株细粒棘球蚴CO1基因片段和ND1基因片段大小分别均为936 bp和895 bp。西乌旗羊株细粒棘球蚴CO1基因序列与新疆羊株细粒棘球蚴的CO1基因序列同源性为99.3%;锡林浩特市人株细粒棘球蚴CO1基因序列与新疆人株细粒棘球蚴的CO1基因序列同源性为98.6%;且西乌旗羊株和锡林浩特市人株细粒棘球蚴ND1基因与国内外已报道的G1型ND1基因序列完全相同。结论 表明内蒙古上述两地区细粒棘球蚴的同源性很高,且基因型均为G1型,这为内蒙古某些地区细粒棘球蚴流行虫株的确定提供了重要依据,同时也对当地细粒棘球蚴病的预防和控制具有重要意义。     

细粒棘球蚴和多房棘球蚴的随机扩增多态性DNA分析

利用RAPD技术，对细粒棘球蚴和多房棘球蚴两种包虫细虫的基因组DNA进行扩增比较，对7种随机引物进行筛选，结果表明，在本实验条件下，其中3种引物OPB16、OPB11和OPB10的扩增产物可明显地将棘球蚴和泡球蚴在基因水平上区分开来。     

细粒棘球蚴线粒体nad1基因的克隆与序列分析

目的 为完善细粒棘球蚴(Echinococcus granulasus)的分子分类学体系,提供更优化的种间和种内遗传标记基因。方法 在内蒙古地区采集患羊肝脏细粒棘球蚴和肝包虫病患者棘球蚴。采用提取虫体DNA的方法,扩增线粒体NADH脱氢酶1(nad1)基因并进行测序,运用DNAstar5.0软件构建系统发育树并采用MEGA4.0软件进行自居检验。结果 细粒棘球蚴DNA 扩增出的羊株、人株nad1基因序列片段长度为895 bp。羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列与加拿大棘球绦虫的同源性最高,相似性为86.5%;羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列与加拿大棘球绦虫位于同一分支,自展值(Boostrap)最高,为100%。羊株、人株细粒棘球蚴nad1序列所属分支与裂头目、裂头科Diplogonoporus balaenopterae所属分支相隔最远。结论 nad1基因有较高保守性,同时也存在种间差异,可广泛应用于研究细粒棘球绦虫的种间和种内遗传变异。     

细粒棘球绦虫原头蚴mRNA测序及表达谱分析

目的 通过对细粒棘球绦虫原头蚴的mRNA的测序及表达谱分析,初步建立起细粒棘球绦虫原头蚴的表达谱数据库,了解细粒棘球绦虫原头蚴基因表达及蛋白构成情况,为全面了解细粒棘球绦虫原头蚴生物学特征及寄生虫与宿主之间的关系奠定基础并为新的诊断方法、筛选新的药物靶点和疫苗候选分子选择提供理论依据。方法 用TRIZOL法提取人源细粒棘球绦虫原头蚴的总RNA,构建细粒棘球蚴的转录组测序文库,Illumina的solexa测序平台对RNA进行测序并进行生物信息学分析。结果 测序结果去杂后得到2G数据,通过从头拼接我们得到18 569个contig,这些contig的总长度为71 329 bp,contig平均长度为384 bp,最小的contig长度为201 bp,最大contig长度为4 618 bp,N50(覆盖50%所有核苷酸的最大序列重叠群的长度)为384 bp。预测得到unigene为9 029条,将这9 029条基因与NCBI的nr数据库做blast比对,最终有7 441条unigene具有同源比对信息。结论 根据GO分析可以发现,共有10 550条unigene与数据库中的基因有较高同源性,且较多的unigene可以与多条基因相对应,一共建立了10 550条对应关系。通过与KEGG数据库进行比对分析,细粒棘球绦虫原头蚴的转录组中有4 731条unigene得到注释,这4 731个得到注释的基因位于241条代谢通路中,这些代谢通路分别与代谢过程,基因信息过程,环境相关过程,细胞过程及与人类疾病相关。     

新疆株细粒棘球绦虫不同发育阶段95抗原基因克隆及序列分析

目的研究细粒棘球绦虫95抗原(Eg95)基因在新疆株细粒棘球绦虫不同发育阶段的表达及其基因序列差异。方法根据Eg95基因序列设计引物,用PCR方法分别从新疆株细粒棘球绦虫3个不同发育阶段(原头蚴、六钩蚴和成虫)所构建的cDNA文库中克隆获得Eg95目的基因,将其克隆至pUCm-T载体、测序并进行序列分析。结果从3个不同发育阶段的新疆株细粒棘球绦虫cDNA文库中均克隆出Eg95基因,其基因片段长度为402bp,同源性比对分析(BLAST)结果表明,所克隆的新疆株Eg95基因与GenBank中的Eg95基因序列一致。结论Eg95基因在新疆株细粒棘球绦虫不同发育阶段均有表达,其基因序列无差异。     

单核细胞增生性李斯特氏菌种、株随机扩增DNA多态性研究

目的　分析单核细胞增生性李斯特氏菌种、株基因组DNA多态性 ,为其分型、鉴定提供理论依据。方法　应用随机扩增多态性DNA技术对李斯特氏菌基因组DNA进行扩增 ,根据DNA指纹图谱分析单核细胞增生性李斯特氏菌种、株的遗传多样性 ,同时构建相似性系数矩阵和树状图。结果　不同序列的随机引物扩增的RAPD图谱的多态性程度不同 ,其中单一引物P-7与复合引物P-1P-3 、P-4P-9扩增产生的指纹图谱对单核细胞增生性李斯特氏菌种、株均具有良好的区分能力。由该 3种引物扩增的RAPD图谱计算出的相似性系数矩阵及由此构建的聚类树状图均能得到李斯特氏菌的系统发育关系。结论　RAPD技术可用于李斯特氏菌的快速鉴定。     

细菌DNA图谱分析幽门螺杆菌阳性病人治疗后的复发和再感染

目的：分析和比较幽门螺杆菌（Ｈｐ）感染病人前和治疗后胃内分离到的细菌ＤＮＡ图谱。方法：用随机扩增多形态ＤＮＡ技术（ＲａｎｄｏｍａｍｐｌｉｆｉｅｄｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡ，ＲＡＰＤ）检测９对Ｈｐ菌株，多聚酶链反应采用１０个碱基对的随机引物。结果：不同Ｈｐ菌株ＤＮＡ图谱显示极大差异性。６对细菌ＤＮＡ图谱治疗前与治疗后相同，提示病人感染同一细菌，１对细菌ＤＮＡ图谱治疗前与治疗后相似，提示病人体内Ｈｐ的ＤＮＡ经抗生素治疗后可能发生变异，２对细菌ＤＮＡ图谱治疗前与治疗后显著不同，提示病人感染不同细菌。结论：Ｈｐ感染病人经抗生素治疗转阴后若又重复感染，多数情况是病人感染同一Ｈｐ菌株，有少数病人再感染不同株Ｈｐ。     

Molecular tracking of the lineage of strains of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor associated with a cholera outbreak in Andaman and Nicobar Islands, India

A large outbreak of acute watery diarrhoea involving all age groups of mongoloid tribal aborigines occurred during October-November, 2002 in the Nancowry group of Andaman and Nicobar Islands in the Indian Ocean. Twenty-one of the 67 stool samples from 67 patients were positive for toxigenic Vibrio cholerae O1, serotype Ogawa biotype El Tor, which showed striking similarity in its antibiogram with some of the strains of V. cholerae O1 Serotype Ogawa biotype El Tor isolated in Kolkata. The Nancowry and Kolkata isolates were compared with molecular tools involving random amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprinting, ribotyping and pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). RAPD fingerprinting and ribotyping techniques revealed that all the V. cholerae strains associated with the outbreak in these islands were clonal in nature and identical to a population of isolates obtained from Kolkata since 1993. PFGE could discriminate within these Kolkata isolates further and established that a particular subtype of this population reached the remote Nancowry islands and was responsible for the outbreak.     

黏质沙雷菌随机扩增多态性DNA法基因分型及意义

目的 探讨黏质沙雷菌（SM）随机扩增多态性DNA（RAPD）法基因分型及意义。方法 以优化的反应体系及单一随机引物AV15对临床分离的109株SM进行RAPD分析并按指纹图上DNA条带数及片段大小绘制基因分型图谱。结果 109株SM共得78种RAPD型。结论 RAPD法可用于SM的基因分型。     

Isolation of a single strain of Helicobacter pylori from the antrum and body of individual patients

OBJECTIVES: This study aimed to determine intra-patient colonization patterns of Helicobacter pylori strains based on DNA fingerprinting and antibiotic susceptibility. METHODS: Two biopsies, one from the antrum and one from the body of the stomach, were taken from 97 patients. Prior informed consent was obtained. The status of cagA gene of H. pylori strains was analysed by using the polymerase chain reaction (PCR) technique, while DNA fingerprints were generated by PCR-based, random amplified polymorphic DNA (RAPD) fingerprinting. The antibiotic susceptibility of the H. pylori isolates was examined by the disk diffusion method. RESULTS: A total of 51 pairs of H. pylori strains were isolated from both antrum and body specimens of 51 patients. This included two patients who were endoscoped twice because of treatment failure. All strains were positive for cagA gene by PCR. These 51 patients were found to harbour a single strain of H. pylori with identical or highly similar DNA profiles by PCR-based RAPD fingerprinting. In four of the 51 pairs, the DNA patterns of H. pylori from antrum and body showed minor differences, while three pairs of strains with different metronidazole sensitivities showed identical DNA fingerprints. Interestingly, the two treatment failure patients remained colonized with the strains that had the same RAPD fingerprinting patterns before and after treatment. CONCLUSION: The present study demonstrates that a single H. pylori strain colonizes a single stomach. However, this single genotypic strain may exhibit different metronidazole susceptibility in different parts of stomach.     

随机扩增的多态性DNA分析在Hp菌株鉴定中的应用

目的:建立一种快速准确鉴定不同Hp菌株的RAPD分析方法,并评价其在区分Hp复发和再感染中的应用价值。方法:用苯酚—氯仿方法提取Hp DNA,以一个10nt的寡核苷酸为引物,建立Hp PCR扩增体系,所得PCR产物以2％琼脂糖凝胶电泳分析(RAPD分析),以50株临床分离的Hp菌株检测该方法的重复性。对4例十二指肠溃疡伴Hp感染者在三联治疗前后及根除后一年内再现的Hp菌株进行RAPD分析,鉴别复发和再感染。结果:(1)同-Hp菌株于不同时间进行的2次RAPD分析,所得的PCR产物完全一致,说明该方法具有良好的可重复性。(2)50株不同的Hp菌株各产生不同的RAPD图谱,可按此图谱的不同将它们区分开来。(3)对4例十二指肠溃疡伴Hp感染者在治疗前及治疗后1年再现的菌株的RAPD分析,发现3例患者的菌株具有相同的RAPD图谱,证实为原菌株的复发,而1例患者的菌株则产生不同的RAPD图谱,推测为新菌株的再感染。4例患者随访1年均为十二指肠溃疡复发。结论:RAPD分析只需单一的随机引物,方法简便、快速、经济、重复性好,可用于区分不同来源的Hp菌株,特别对治疗前后再现的菌株复发和再感染的鉴别更具临床应用价值。     

Optimization of random amplified polymorphic DNA techniques for use in genetic studies of Cuban Triatominae

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique is a simple and reliable method to detect DNA polymorphism. Several factors can affect the amplification profiles, thereby causing false bands and non-reproducibility of assay. In this study, we analyzed the effect of changing the concentration of primer, magnesium chloride, template DNA and Taq DNA polymerase with the objective of determining their optimum concentration for the standardization of RAPD technique for genetic studies of Cuban Triatominae. Reproducible amplification patterns were obtained using 5 pmoL of primer, 2.5 mM of MgCl2, 25 ng of template DNA and 2 U of Taq DNA polymerase in 25 microL of the reaction. A panel of five random primers was used to evaluate the genetic variability of T. flavida. Three of these (OPA-1, OPA-2 and OPA-4) generated reproducible and distinguishable fingerprinting patterns of Triatominae. Numerical analysis of 52 RAPD amplified bands generated for all five primers was carried out with unweighted pair group method analysis (UPGMA). Jaccard's Similarity Coefficient data were used to construct a dendrogram. Two groups could be distinguished by RAPD data and these groups coincided with geographic origin, i.e. the populations captured in areas from east and west of Guanahacabibes, Pinar del Río. T. flavida present low interpopulation variability that could result in greater susceptibility to pesticides in control programs. The RAPD protocol and the selected primers are useful for molecular characterization of Cuban Triatominae.     

幽门螺杆菌感染个体中菌株基因多态性的研究

幽门螺杆菌(H.pylori)感染的临床结局与宿主易感性、环境因素和菌株的基因多态性相关。了解感染个体中菌株的基因多态性，有助于阐明H.pylori感染的影响因素、致病机制和治疗后复发等问题。目的：研究同-H.pylori感染个体中的菌株是否存在基因多态性。方法：分别从14例临床H.pylori感染者的胃窦活检标本中分离、培养H.pylori,从每例菌株中分离出10个单克隆菌株。从分离自另7例患者胃窦和胃体活检标本的配对菌株中各分离出1个单克隆菌株。采用随机扩增多态性DNA(RAPD)指纹分析方法检测H.pylori菌株的基因多态性。结果：分离自不同感染个体的H.pylori菌株的RAPD指纹图有显著差异。大多数来自同一胃活检部位或同一感染个体的单克隆菌株的RAPD指纹图相同或十分相似，仅少数单克隆菌株的指纹图存在差异。结论：不同H.pylori感染个体所携带菌株的基因型存在显著多态性，同一个体携带的H.pylori菌株基因型相对均一。     

幽门螺杆菌二种形态的研究

目的对幽门螺杆菌（Ｈｐ）的两种形态进行研究。方法采用细菌培养、电镜观察及ＰＣＲ扩增的ＤＮＡ多形性印迹分析等技术,观察幽门螺杆菌二种形态的转变。结果随着培养时间的延长,Ｈｐ逐渐由螺旋状体转变为圆球体。发生Ｌ型变异圆球体可分为二类,一类具有鞭毛且细胞膜完整,这一类圆球体可能具有活性;另一类圆球体系退行性变。Ｈｐ圆球体与螺旋状体的ＤＮＡ谱十分相似,并且两者都分泌过氧化氢酶、碱性磷酸酶及酸性磷酸酶。结论Ｈｐ圆球体仍具有螺旋状体的诸多生物学共性,至少部分圆球体可能具有活性。因而,在Ｈｐ的传播及相关疾病的治疗复发过程中起重要作用。     

安徽省不同血吸虫病流行区湖北钉螺遗传差异性研究

目的研究安徽省不同血吸虫病流行区湖北钉螺的遗传差异性。方法采集宁国市有螺无病地区和芜湖市有螺有病地区的湖北钉螺,提取其头足部基因组DNA,用7条GC含量不同的随机引物进行RAPD扩增,根据扩增产物琼脂糖凝胶电泳的DNA带型,比较两地湖北钉螺基因组DNA的遗传差异性,并计算其遗传距离。结果两地区湖北钉螺PCR产物呈多态性,扩增产物中除具有相同的DNA条带外,又具有各自独特的DNA条带,扩增片段共享度F值为0.603,DNA条带亮度也有不同。两地湖北钉螺遗传距离为0.387。结论安徽省不同血吸虫病流行区湖北钉螺基因组DNA存在较大的遗传差异。