化橘红rDNA ITS序列特征的初步分析

目的:研究化橘红及其近缘种rDNA ITS区碱基序列的特征及差异。方法:利用PCR产物直接测序,并作序列变异分析。结果:5个植物样品的rDNA ITS序列长度为675bp-683bp,其中5.8S rDNA长度为165bp,编码区较保守。基于K2P参数遗传距离模型构建的化橘红与沙田柚、柑橘rDNA ITS序列遗传距离分别为1.05和2.29。结论:化橘红与其近缘品种rDNA ITS序列有明显的差异。     

不同来源莲rDNA ITS的PCR扩增、克隆及序列分析

目的：通过分析不同来源莲的ITS序列,为莲的鉴别提供DNA分子标记。方法：利用特异性引物进行PCR扩增和克隆、测序技术对莲的rDNA ITS区间碱基序列进行测定,比较其差异。结果：得到参试的11个莲栽培品种的rDNA的ITS及5.8S rDNA全序列,18S和26S rDNA部分序列,共约750 bp。显示了不同产地、不同栽培品种莲的rDNA ITS的差异。结论：本研究为利用ITS区序列差异,鉴别不同来源的莲提供了依据,此法可用于莲种间及真伪品鉴别。     

我国不同地区白木香核糖体DNA内转录间隔区碱基序列分析

目的:研究我国不同地区白木香核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)碱基序列的差异。方法:运用PCR法对白木香的ITS(包括ITS1,5.8S,ITS2)序列扩增后直接测序,用软件CLUSTALX和MEGA分析测序结果。结果:白木香ITS区总长度为680bp,其中ITS1为246bp,5.8S为163bp,ITS2为271bp。ITS序列在白木香种内的变异很小,只有6个变异位点,种内遗传距离为0.0%-1.1%。结论:ITS序列的差异为鉴别不同产区白木香及其近缘种提供了依据。     

太子参及其混伪品的rDNA ITS区序列分析及鉴别

目的：比较太子参与混伪品之间的rDNA ITS碱基序列的差异及其规律，同时为太子参及其混伪品的鉴定提供依据。方法：运用PCR产物直接测序法对太子参及其混伪品的rDNA ITS区（包括ITS1，5、8S，ITS2）碱基序列进行序列测定。结果：测定了太子参及其混伪品的rDNA ITS区序列，其长度为609～631bp不等。ITS1长度范围为218～246bp，5．8S为．154～156bp，ITS2长度范围为230～259bp。直立百部、蔓生百部、宽叶麦冬、细叶麦冬与太子参之间的亲缘关系较近，繁缕稍远，淡竹叶和沿阶草最远。结论：rDNA—ITS可以作为太子参与其混伪品之间的一种分子鉴定方法。     

黄草乌及其混淆品ITS序列的分析鉴别

目的:比较黄草乌及其混淆品滇南草乌ITS序列的差别。方法:分别提取黄草乌及滇南草乌总DNA,进行PCR扩增、扩增产物直接测序,利用DNAStar、ClustalX1.81及MEGA4.0软件进行序列分析。结果:通过对黄草乌及其混淆品的ITS数据矩阵,得到ITS1产生229个一致位点、19个变异位点和13个信息位点;5.8S产生162个一致位点、2个变异位点和1个信息位点;ITS2产生217个一致位点、3个变异位点和1个信息位点。除了5.8S没有碱基的转换和颠换,ITS1存在2个碱基转换和1个颠换,ITS2只存在1个颠换。黄草乌2个居群和滇南草乌3个居群的ITS测序结果经数据矩阵分析后,发现二者ITS2区间第596个碱基处为鉴定二者的稳定的信息位点,黄草乌2个居群的所有样品在此位点的碱基为(C),而滇南草乌3个居群的所有样品在此位点的碱基为(A)。结论:黄草乌与其混淆品滇南草乌的核rDNA的ITS序列存在碱基的差异,有特定的变异位点,且位点变异表现出ITS1大于ITS2,因此,能在分子水平上将二者分开。     

不同产地山药rDNA ITS区序列的比较

目的分析怀山药与其它产地山药的rDNA ITS区序列的差异,为山药的基源鉴定和品质评价提供分子依据。方法采用PCR扩增纯化后直接测序的方法测定不同产地山药的rDNA基因ITS核苷酸序列并作序列同源性分析。结果8种产地山药的ITS1片段长度均为165bp,ITS2片段长度均为158~160bp,5.8S片段长度为均为159bp。8种不同产地的山药ITS1和ITS2区分别有6个和9个碱基变异。结论利用ITS区序列的差异鉴别不同产区的山药提供了依据。     

不同种群蒲公英的内转录间隔区（ITS）序列及其亲缘关系分析

 目的对20个不同种源蒲公英样品内转录间隔区（ITS）序列进行序列测定与分析,分析其遗传关系。方法用特异引物进行PCR扩增,扩增产物纯化后,用PCR产物直接测序法测序。用DNASRTAR软件分析测序结果。结果各样品的内转录间隔区序列总长为711bp,ITS1、5.8S、ITS2序列长度分别为225、262、226bp。5.8S区较为保守,ITS1和ITS2碱基频率差异显著。结论内转录间隔区序列分析技术可用于蒲公英不同种群的亲缘关系分析。     

不同产地何首乌的ITS序列研究

目的研究不同产地何首乌的ITS片段遗传差异性,分析该片段在何首乌道地性的DNA分子鉴别和野生资源品种的鉴定及种质资源研究中的意义。方法从来自不同原产地的何首乌中提取总DNA,以核基因组ITS通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序。结果各样品rDNA的ITS及5.8S rDNA完全序列,18S和26S rDNA部分序列,共约648bp,其中ITS1长度为195bp,5.8S长度为164bp,ITS2长度为189bp。序列间共有17个变异位点。结论ITS序列可对何首乌的道地性做出鉴别,对野生资源品种的鉴定具有较好的分辨性。     

F型、H型居群的铁皮石斛rDNAITS区序列差异及SNP现象的研究

目的 :研究铁皮石斛主产区F型和H型居群rDNAITS碱基序列的差异。方法 :运用PCR直接测序法对广西、贵州、云南铁皮石斛主要居群的rDNAITS区 (包括ITS1,5 .8SrDNA ,ITS2 )碱基序列进行了序列测定。结果 :在铁皮石斛各居群中 ,F型居群与H型居群植株的rDNAITS区碱基序列有 2个位点差异 ,且变异分别发生在ITS1区及 5.8S区内。研究表明 :铁皮石斛居群内部rDNAITS区的差异与植物生活型的差异呈一定的相关性 ,H型居群的铁皮石斛是F型的变种。在F型与H型居群间 ,其 5.8SrDNA区存在单核苷酸多态 (SNP)现象。首次报道了铁皮石斛ITS区的碱基序列 ,ITS区总长度为 634bp ,其中ITS1为 231bp ,5.8S为 163bp ,ITS2为 240bp。结论 :rDNAITS区碱基序列的比较分析进一步证明铁皮石斛F型居群与H型居群间具有显著的差异性。     

金铁锁不同居群rDNA ITS序列分析

目的分析金铁锁不同居群的核糖体ITS碱基序列,为鉴别不同产地金铁锁提供分子依据.方法使用1对引物18P1和26P2进行ITS基因的PCR扩增并测序.结果12个居群金铁锁的ITS1片段长度为225~229 bp,ITS2片段长度为166~170 bp,5.8S片段长度为261~264 bp.云南昆明、丽江、个旧、鹤庆和四川盐源5个居群的ITS序列碱基完全一致,云南宣威、会泽、中甸、保山、四川木里、西藏林芝等7个居群的ITS序列则有不同的变化,碱基变异数目(包括5.8 S编码区)为1~4个.结论经过比较分析,rDNA ITS区碱基序列在分布于云南中部、四川西南端等居群与云南西部、西北端、西藏东南部、四川西南部居群具有各自相应的指纹特征,可以作为相应居群的鉴别依据.     

甘肃野生秦艽rDNA ITS区序列分析

目的:比较研究甘肃不同地区4种野生秦艽rDNA ITS碱基序列的差异及其规律,寻找秦艽组药材之间的分子鉴别方法。方法:对rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序,运用Clustal X,MEGA3等软件对ITS区序列进行分析。结果:不同地区秦艽、麻花秦艽、小秦艽及黄管秦艽的ITS长度为800 bp,ITS1,5.8S和ITS2序列长度分别为290,170,340 bp。根据两者序列以邻接法建立分子系统发生树。结论:ITS序列可以作为野生秦艽分子鉴定的依据。     

太子参脱病毒苗的核糖体ITS序列研究

目的研究太子参脱病毒苗与外界苗rDNAITS区碱基序列的异同。方法运用PCR直接测序法对9种太子参脱病毒苗和4种外界苗的rDNAITS区（包括ITS1、5．8S、ITS2）碱基序列进行了序列测定。结果太子参脱病毒苗与外界苗的5．8S碱基序列完全一致，变异位点基本上位于ITS1的起始端与ITS2的终止端，其中江苏溧阳和安徽宣城的脱病毒苗变异位点较多。使用UPGMA法构建了系统发生树，从分子生物学角度说明了它们之间的内在联系。结论rDNAITS碱基序列的比较分析从分子水平上进一步阐明了脱病毒苗的遗传稳定性。     

伞形科常用中药品种rDNA序列特征及其标记方法研究

目的:探讨伞形科27种常用中药指纹图谱鉴定的分子特征标记,探索筛选标记方法。方法:扩增伞形科27种植物的rDNA序列,限制性内切酶消化,聚丙烯电泳,其中6个品种测定rDNA序列。结果:PCR获得的rD-NA序列片段包括ITS1、ITS2、5.8S全长序列以及18S、26S部分序列。将PCR产物经限制性内切酶MSPⅠ消化后的电泳图,27个品种出现了16种特征性图谱,其中有11个品种的图谱与其他品种不相同;经限制性内切酶HaeⅢ消化后出现5种特征性图谱,其中有3个品种的图谱不与其他品种相同。6个品种经测序,获得了长度为652~656bp的基因序列。根据rDNA序列构建的相似系统树,限制性内切酶消化电泳图相同的三组品种,序列相似度高。结论:rDNA序列特征是伞形科中药鉴别的有效分子标记,序列测定法优于限制性内切酶切片长度多态性的分子标记方法。     

长江中下游地区菱属植物的DNA分子鉴别

目的 对野生菱和栽培菱种rDNA ITS片段进行分析，探讨该片段在两大群体中的系统学及鉴别研究意义。方法 对菱的rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序，运用clustal、Mega 2．0等软件对ITs区进行序列分析鉴别。结果 获得rDNAI TS1、ITS2和5．8S rDNA完整序列，10个居群菱的ITS1与ITS2序列的长度分别为234～236 bp和220～221 bp，5．8S区均为164bp，不同居群的碱基差异为0．22％～2．94％。变异位点数为16个，信息位点数6个。用NJ法根据ITS序列数据构建系统发生树。结论 尽管菱属各居群间rDNA ITS的差异百分率较小，其亲缘关系较近，但根据ITS序列的特征可以很好地鉴别野生菱、栽培菱，菱属植物有可能都起源于同一种野生类居群。     

中药南五味子及其混淆品绿叶五味子果实的ITS序列分析

目的 :比较研究不同产地南五味子的基源植物华中五味子及混淆品绿叶五味子的rDNAITS碱基序列的差异及其规律 ,寻找南五味子和绿叶五味子果实之间的分子鉴别方法。方法 :PCR直接测序 ,PAUP 4.0b10软件进行对位排列分析 ,采用邻接法 (neighbor joiningmethod)构建邻接 (NJ )系统树。 结果 :华中五味子ITS长度范围为 691～692bp ,ITS1和ITS2分别为 282bp和 246～247bp ;绿叶五味子ITS长度范围为 694～695bp ,ITS1和ITS2分别为 285～286bp和 246～247bp。不同产地华中五味子与绿叶五味子在ITS1有 3个稳定的信息位点。NJ树中 ,产于鸡公山 3个居群的绿叶五味子和天目山的1个居群及引用的 2条绿叶五味子ITS序列聚为一支 ,bootstrap支持率为 68%。 结论 :rDNAITS序列可作为中药南五味子与混淆品绿叶五味子的一种良好的分子标记。     

刺革菌科4种药用真菌的ITS区序列分析

目的对刺革菌科桦褐孔菌、缝裂木层孔菌、松针层孔菌及鲍姆木层孔菌4种药用真菌rDNA ITS片段进行分析,探讨该片段在中外同类真菌的系统学及鉴别研究意义。方法对这4种药用真菌的rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序,运用Clustal X、Mega3.1等软件对ITS区序列进行分析。结果获得rDNA ITS1、ITS2和5.8SrDNA完整序列,桦褐孔菌、缝裂木层孔菌、松针层孔菌、鲍姆木层孔菌的ITS1序列长度范围为244~324bp,ITS2序列长度范围为229~274bp。以圆瘤孢多孔菌(DQ200923)为外类群,用分子进化遗传分析软件得到了包括这4种药用真菌及GenBank中3个与这4种中3种相应真菌的ITS序列的系统发育树。这一分析结果与来自形态学的鉴别结果相吻合。结论ITS序列可作为这4种药用真菌分子鉴定的依据。