基于两样本孟德尔随机化分析系统性红斑狼疮与膝关节骨性关节炎的因果关系

目的 采用两样本孟德尔随机化分析方法来研究系统性红斑狼疮与膝关节骨性关节炎发病风险的因果关系。方法获取系统性红斑狼疮和膝关节骨性关节炎的全基因组关联研究（Genome-wide association study,GWAS）数据,将单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）作为工具变量并选择敏感的SNPs进行分析。通过逆方差加权法（Inverse variance weighted,IVW）、加权中位数法（Weighted median,WM）、MR-Egger回归法进行两样本孟德尔随机化分析,以OR值评估系统性红斑狼疮与膝关节骨性关节炎之间的因果关系,并对结果进行异质性和多效性检验。结果 纳入4个SNP位点作为工具变量,随机效应模型IVW法和WM法估计的OR值分别为1.062(95%CI为1.009～1.118,P=0.021)和1.054(95%CI为1.018～1.091,P=0.003),表明系统性红斑狼疮与膝关节骨性关节炎之间存在因果关系。MREgger回归方程截距项为-0.026 8(P=0.798),表明因果估计结果不受基因多效...     

基于两样本孟德尔随机化探究甲状腺功能减退症与膝骨关节炎的因果关系

目的：通过两样本孟德尔随机化方法研究甲状腺功能减退症与膝骨关节炎发病风险的因果关系。方法：获取甲状腺功能减退症和膝骨关节炎的全基因组关联研究（GWAS）数据并进行汇总,两者的数据均来自欧洲人群;将单核苷酸多态性（SNP）作为工具变量（IVs）并选择敏感的SNPs进行分析,通过逆方差加权法（IVW）、加权中位数法（WME）、MR-Egger回归法进行两样本孟德尔随机化分析,将OR值作为标准评估甲状腺功能减退症与膝骨关节炎发病风险的因果关系,通过异质性和多效性检验对得到的结果进行验证。结果：共纳入27个SNPs位点作为IVs,IVW法的OR=4.737,95%CI=[1.038,20.524],P=0.038,表明甲状腺功能减退症和膝骨关节炎之间有因果关系。MR-Egger回归方程截距项为0.001 5(P=0.775),表明该结果不受基因多效性的影响。结论：甲状腺功能减退症与膝骨关节炎存在因果关系,且膝骨关节炎的发病风险随着甲状腺功能减退症发病风险增加而增加。     

基因预测多囊卵巢综合征和肺癌之间的关系：一项两样本孟德尔随机化研究

目的 使用孟德尔随机化(Mendelian randomization, MR)方法来探究在遗传水平上多囊卵巢综合征(PCOS)与肺癌之间的关联性。方法 从IEU GWAS数据库中提取与PCOS相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP),利用GWAS总结结果并进行质控,选择符合条件的SNP。从英国生物库(UK Biobank)获取肺癌(包括小细胞肺癌、鳞状细胞肺癌和肺腺癌)的GWAS数据集。为了防止种群分层偏倚,选取只包括欧洲血统个体的SNP和相应的总结统计数据,用于暴露和结局。采用两样本MR方法评估在遗传水平上PCOS与肺癌之间的关联性;考虑MR结果中的异质性和多效性可能引起的偏倚,使用Cochran’s Q统计量和MR Egger进行评估。结果 在欧洲人群中,在遗传水平上PCOS与肺腺癌的患病风险之间存在关联性[IVW:OR=1.232,95%CI(1.049,1.447),P=0.011];在PCOS与鳞状细胞癌[IVW:OR=0.963,95%CI(0.695,1.334),P=0.821]以及小细胞肺癌[IVW:OR=0....     

两样本孟德尔随机化分析阑尾切除与结直肠肛管恶性肿瘤发生风险的关系

目的 利用全基因组关联研究（GWAS）分析相关数据,通过两样本孟德尔随机化（MR）评估阑尾切除与结直肠肛管恶性肿瘤发生之间的因果关系。方法 阑尾切除与结直肠肛管恶性肿瘤相关的单核苷酸多态性（SNP）数据来自英国生物数据库（UK Biobank）和GWAS catalog生物数据库,筛选与阑尾切除密切关联的遗传位点作为工具变量,分别以MR-Egger回归法、加权中位数法、逆方差加权法进行MR分析,以P值评价阑尾切除和结直肠肛管恶性肿瘤风险之间的因果关系。结果 最终筛选出15个与阑尾切除相关的SNP位点作为最终工具变量,即rs106520、rs10829663、rs10849448、rs142069498、rs21525、rs2171591、rs224029、rs2326394、rs2780304、rs34236350、rs56259011、rs72827881、rs7649870、rs76896900、rs815430。以三种方法进行MR分析,皆显示P>0.05,阑尾切除与结直肠肛管恶性肿瘤之间没有因果关系,数据之间的异质性和总体多效性不明显。结论 阑尾切除与结直肠肛管恶性肿瘤发生...     

肠道菌群对男性生殖与性健康的因果关系

目的:应用两样本MR方法挖掘211种肠道菌群对男性生殖与性健康的因果关系。方法:采用MiBioGen联盟发布的全基因组关联研究(GWAS)相关遗传变异数据作为肠道菌群的工具变量(IVs),芬兰生物样本库GWAS相关遗传变异数据分别作为男性不育症、畸形精子症、性功能障碍、勃起功能障碍、睾丸功能障碍的IVs。使用逆方差加权法作为MR分析方法,根据效应指标优势比和95%置信区间评估结果,并进行数据敏感性分析。结果:分别发现6种与男性不育症相关、12种与畸形精子症相关、5种与性功能障碍相关、4种与勃起功能障碍、4种与睾丸功能障碍有关的肠道菌群,且数据敏感性分析无异常,因果方向均正确。结论:肠道菌群与男性生殖与性健康密切相关。     

肠道菌群在胆道良性疾病中致病作用的全基因组孟德尔随机化研究

目的通过全基因组孟德尔随机化分析探究肠道菌群和胆道良性疾病的因果关系。方法本研究为回顾性观察性研究。选择MiBioGen联盟中18 340个样本的肠道菌群全基因组关联研究数据作为暴露组, 从FinnGen 联盟R8获取胆道疾病全基因组关联研究数据作为结局组, 包括1 491例原发性硬化性胆管炎、32 894例胆石症、3 770例非结石性胆囊炎和34 461例胆囊炎病例。筛选单核苷酸多态性作为工具变量, 采用孟德尔随机化方法推定暴露与结局的因果关系, 以逆方差加权法作为主要依据, 辅以异质性、多效性和敏感性检验。结果 Coprococcus 2属与胆石症[逆方差加权法(IVW)OR=0.88, 95%CI:0.80～0.97, P=0.012]、广义胆囊炎(IVWOR=0.88, 95%CI:0.80～0.97, P=0.011)风险降低有关;Coprococcus 3属与胆石症(IVWOR=1.15, 95%CI:1.02～1.30, P=0.019)、非胆石性胆囊炎(IVWOR=1.48, 95%CI:1.08～2.04, P=0.016)和广义胆囊炎(IVWOR=1.17, 95%...     

基于孟德尔随机化探究阻塞性睡眠呼吸暂停和男性不育症的因果关系

目的 探讨阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)与男性不育症(MI)之间的关联性,应用两样本孟德尔随机化(MR)方法评估OSA对MI的因果影响。方法 对包含25 062例睡眠呼吸暂停病例、172 050例打鼾病例和313 372名对照的全基因组关联研究(GWAS)以及从FinnGen中提取的男性不育症汇总数据(1 271例病例和119 297例对照)进行两样本MR分析。MR分析以逆方差加权法(IVW)作为主要分析方法,以MR-egger回归、加权中位数法(Weighted median)、简单模型(Simple mode)、加权模式(Weighted mode)等方法作为IVW结果的补充证据,同时进行水平多效性和异质性检验以确保结果的稳定性。结果 使用IVW方法没有发现强有力的证据表明OSA对MI发病率有影响(OR=1.617,95%CI:0.823～3.177,P=0.163),且MR-Egger、Weighted median、Simple mode和Weighted mode方法结果与其一致。结论 大型MR分析提示阻塞性睡眠呼吸暂停与男性不育症之间可能不存在因果关系。     

酒精、咖啡、绿茶和乳制品的摄入量与前列腺癌的关联：两样本孟德尔随机化研究

目的 采用两样本孟德尔随机化方法探究酒精、咖啡、绿茶和乳制品的摄入量与前列腺癌(PCa)发病之间是否存在因果关系,以期帮助明确PCa的发病风险因素,从而帮助寻求PCa的预防途径。方法 采用全基因组关联研究(GWAS)收集酒精、咖啡、绿茶、乳制品和PCa的数据,采用两样本孟德尔随机化(2SMR)方法探讨上述饮品摄入量与PCa发病风险的因果关联。逆方差加权法(IVW)是本次孟德尔随机化(MR)分析的主要方法。敏感性分析采用加权中位数、MR-Egger回归、MR多效性残差和离群值(MR-PRESSO)检验。结果 咖啡摄入量(OR:0.994,95%CI:0.990～0.999,P=0.014)、绿茶摄入量(OR:0.999,95%CI:0.998～0.999,P=0.036)与PCa发病呈负向因果效应。酒精摄入量(OR:0.997,95%CI:0.990～1.004,P=0.392)和乳制品摄入量(OR:1.025,95%CI:0.983～1.069,P=0.256)与PCa发病风险无因果关联。在加权中位数、MR-Egger回归和留一法分析中,结果均稳健,无异质性和多效性。结论 咖啡摄入量和...     

孟德尔随机化分析在前列腺癌病因学研究中的应用现状与展望

前列腺癌是男性泌尿生殖系统最常见的恶性肿瘤,其发病率和死亡率逐年上升,目前已成为影响男性健康的公共卫生问题。孟德尔随机化(MR)分析近年来被广泛运用于流行病学病因推断上,较一般的观察性研究避免了混杂因素干扰且因果时序清晰,其对疾病危险因素的判断更有助于疾病的早期干预和临床防治。本文综述了MR分析在前列腺癌病因学研究中的应用现状,对维生素D、端粒长度、无机盐类、睾酮水平、脂质与蛋白质、氨基酸、肠道菌群等微观暴露,以及基础疾病、药物使用、饮食因素、生活及行为习惯、青春期发育等宏观暴露与前列腺癌的因果关系进行总结,为从危险因素角度制定前列腺癌防治策略提供了依据。同时,前列腺癌领域的MR分析也具有人群分层存在偏差、数据样本量差异影响结局、纳入汇总数据时存在混杂因素、无法明确暴露影响结局的机制等不足,未来研究应当着重解决这些问题。     

抗生素及质子泵抑制剂经肠道菌群影响肺癌免疫治疗的研究进展

随着免疫疗法的出现,晚期肺癌患者治疗发生了革命性的变化。然而,并不是所有患者都能从免疫治疗中同等获益。近年来,肠道菌群与免疫治疗疗效的联系逐渐受到学者们的关注,在免疫检查点抑制剂治疗过程中,抗生素、质子泵抑制剂等药物的使用会影响患者肠道菌群,进而影响免疫检查点抑制剂的疗效,导致患者预后较差。本篇综述将讨论抗生素和质子泵抑制剂通过影响肠道菌群的多样性,进而降低免疫治疗疗效,以便于临床医师在临床实践中更加合理地使用相关药物,改善患者预后。     

肠道菌群与肠梗阻关系的研究进展

肠道菌群是机体的重要组成部分,正常状态下保持稳态,当机体内外环境发生变化时,肠道菌群的数量及组成亦发生改变,导致菌群失调。肠梗阻是临床常见的急腹症之一,梗阻时肠黏膜屏障破坏,造成菌群失调,而后者可通过影响肠黏膜屏障功能加重肠梗阻,甚至引起多器官功能障碍。中药有助于改善肠黏膜屏障功能,调节肠道菌群,临床常用于肠梗阻的治疗。本文就肠道菌群与肠梗阻的病理生理及其相关治疗作一综述。     

孟德尔随机化探索骨密度与膝关节骨性关节炎的因果关联

目的 采用孟德尔随机化分析方法,探讨骨密度与膝关节骨性关节炎的因果关联。方法 利用全基因关联研究的数据进行分析,暴露因素为骨密度,包含全身骨密度、腰椎骨密度、股骨颈骨密度、足跟骨密度、前臂远端骨密度、前臂骨密度,结局变量为膝关节骨性关节炎。采用IVW法、MR-Egger法、WM法、Simple Mode法、Weighted Mode法进行孟德尔随机化分析,并进行异质性检验、敏感性分析、多效性分析。结果 全身骨密度IVW结果显示OR(95%CI)为1.08(1.02～1.14);腰椎骨密度IVW结果显示OR(95%CI)为1.09(1.01～1.18);股骨颈骨密度IVW结果显示OR(95%CI)为1.15(1.04～1.28);足跟骨密度IVW结果显示OR(95%CI)为1.04(0.99～1.08);前臂远端骨密度IVW结果显示OR(95%CI)为1.07(1.00～1.15);前臂骨密度IVW结果显示OR(95%CI)为0.97(0.86～1.10)。全身骨密度、腰椎骨密度、股骨颈骨密度的异质性检验均不存在异常变量,敏感性分析均显示稳健,且均未发现多效性。结论 全身骨密度、腰椎骨密...     

肠道菌群与肝癌的发病机制

我国肝癌发病率高,新发病例占全球46.7%,死亡病例占47.1%。肝癌发病与肝炎病毒、黄曲霉素、饮酒等危险因素相关。近年对肠道菌群研究日渐深入,显示肠道菌群在肝癌发生、发展中的作用。本文从菌群移位、肠源性内毒素血症和细菌代谢产物变化探讨肝癌与肠道菌群的关系,并从益生菌、粪便菌群移植、抗生素以及Toll样受体4拮抗剂途径探索经肠道菌群治疗肝癌的新思路。     

骨质疏松症患者肠道菌群多样性分析

目的探讨原发性骨质疏松患者肠道菌群的多样性变化。方法收集原发性骨质疏松患者7例与健康对照组7例的粪便样本,提取肠道菌群DNA,16S rRNA基因扩增,Illumina平台测序。对测序结果进行物种注释、多样性分析、物种差异分析。结果原发性骨质疏松患者肠道菌群在纲、目、科、属、种、分类操作单位水平的菌群种类要多于对照组,且两组人群在纲、目、科、属、种、分类操作单位水平的肠道菌群种类有一定的重叠性;Alpha多样性指标中的赵氏指数及艾森指数在两组间差异具有统计学意义(P0.05),香农指数及辛普森指数在两组间差异无统计学意义(P0.05);Beta多样性中的层级聚类能够将两组样本进行鉴别区分;骨质疏松组与对照组样本在门、科、种分类水平的部分肠道菌群含量存在差异(P0.05),芽单胞菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、芽单胞菌科、丛毛单胞菌科、厌氧绳菌科、毛螺菌、优杆菌等肠道菌群在骨质疏松患者中所占比例要大于正常对照组(P0.05)。结论 16S rRNA测序有助于分析原发性骨质疏松患者的肠道菌群多样性变化,为研究肠道菌群与骨质代谢的关系提供理论依据。     

东亚地区人群糖尿病与前列腺癌风险的孟德尔随机化研究

目的:通过孟德尔随机化(MR)探讨东亚地区人群糖尿病(1型与2型)与前列腺癌的因果关系。方法:孟德尔随机化是一种基于遗传变异的因果推断方法,其基本原理是利用自然界中的随机分配的基因型对表型的影响来推断生物学因素对疾病的影响。该研究使用与糖尿病相关的遗传变异基因作为工具变量来改进推断,患者数据来源于GWAS数据库的汇总关联结果。在个体的样本中估计了工具变量(SNPs)与1型、2型糖尿病的相关性并筛选出强相关SNPs,同时排除与前列腺癌相关的SNPs。筛选完毕后进行进一步的敏感性分析以及研究结果的可视化,检验糖尿病与前列腺癌之间的因果关系。结果:我们的MR分析发现,基因测定的2型糖尿病与前列腺癌因果关系比值比(OR)=1.0039,95%置信区间(CI)=(1.0008,1.0071),P=0.013,而1型糖尿病由于筛选出的SNPs较少,未能进行相关后续分析。结论:研究结果表明,在孟德尔随机化假设下,东亚地区人群中,基因预测的2型糖尿病与前列腺癌的发生存在负因果关系,1型糖尿病由于工具变量数量限制,与前列腺癌因果关系不明。     

便秘患者肠道菌群变化的研究

为探讨便秘患者肠道菌群的变化,本研究对比30例便秘患者与30例非便秘者粪便涂片中革兰阴性杆菌（G^-杆菌）、革兰阳性杆菌（G^＋杆菌）、G^-球菌、G^-球菌及杆／球菌比例等情况。结果显示,与非便秘者相比,便秘患者G^＋杆菌明显减少,杆／球菌比例明显降低,P〈0．05;G^-杆菌、G^-球菌、G^＋球菌及G^-杆／G^＋杆、G^-球／G^＋球比例无明显变化,P〉0．05。结果表明,便秘患者肠道菌群发生了一定变化,其发生可能与肠道菌群失调有关。     

慢性肾脏病与肠道菌群相关性研究进展概述

中国慢性肾脏病(chronic kidney disease,CKD)发病率高,呈逐年增长趋势,目前尚无根治手段,积极探索CKD进展的危险因素是目前肾脏病领域的研究重点.近年越来越多学者指出,肠道菌群变化与CKD发生发展存在一定相关性,肠道微生态平衡对人体健康有着举足轻重的作用,而CKD患者肠道黏膜受损后可引起肠道菌群...     

肠道菌群与系统性红斑狼疮相关性的研究进展

随着DNA测序技术的不断发展,肠道菌群的研究如火如荼地展开,逐渐成为当下研究热点.肠道菌群不仅参与代谢和营养吸收,也影响着人体的免疫.现就肠道菌群对系统性红斑狼疮发生机制的影响及其在治疗中的应用等方面进行综述,以期为系统性红斑狼疮病机的研究及诊治提供新的思路.     

大肠癌术前肠道准备对术后肠道菌群变化的影响

研究口服肠道抗生素对大肠癌患者术后肠道菌群及肠道功能恢复的影响.将68例大肠癌患者随机分为两组:非口服抗生素组35例、口服抗生素组33例.观察两组患者首次排气时间、腹胀发生率、3度肠道菌群失调发生率、腹腔感染发生率、切口感染发生率、吻合口漏发生率、术后便涂片杆/球等指标.大肠癌术前非口服肠道抗生素对患者的术后的肠道菌群影响小且对肠道功能恢复有一定的促进作用,口服肠道抗生素并不能减少术后常见并发症的发生,但对于3度肠道菌群失调发生率的影响有待于进一步的研究.     

高原缺氧环境下肠道菌群紊乱与肠道疾病的研究进展

<正>青藏高原以其高海拔、低氧分压、强紫外线及寒冷干燥的气候为特点,其中低氧分压对人体损害尤为严重^[1]。对于初入高原的新兵而言,低氧分压导致的急性高原反应可通过吸氧缓解,而对于肠道菌群紊乱引起的肠道疾病大多较为隐匿,且进展缓慢,易被忽视,待出现肠道症状时,疾病进展便可能具有不可逆性^[2],极大影响了高原部队的战斗力。尽管国内外有报道在模拟高原低氧分压环境下动物肠道菌群的紊乱与疾病之间存在密切关系^[3-5],但对于长期地处高原低氧分压环境的人群尚无深入研究。低氧分压、肠道菌群改变与肠道疾病之间的关系及低氧分压诱发肠道疾病的机制仍有待进一步探索。