成骨细胞与骨髓间充质干细胞DNA甲基化差异的实验研究

目的 观察骨髓间充质干细胞(BMSCs)与成骨细胞(OB)在体外传代培养过程中DNA甲基化的差异,并分析BMSCs与OB成骨表型基因甲基化状态与其mRNA表达的相关性.方法 采用甲基化特异性-聚合酶链反应(MSP)方法检测BMSCs、OB基因组DNA中骨钙素(0C),Osterix(OSX)、Runx2等成骨表型和转录基因与抑癌基因p16的甲基化状态,以逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测上述成骨表型基因的mRNA表达.同时以茜紊红染色法鉴定OB.结果 OC、OSX、Runx2基因在体外培养的各代BMSCs中呈高甲基化.状态,未检出这些基因的mRNA表达;在OB中,OC、OSX、Runx2基因均呈低甲基化状态,且相应基因mRNA均呈阳性表达.p16在BMSCs和OB中均呈低甲基化状态.BMSCs与OB分别在体外稳定培养5代,各代的成骨表型基因的甲基化状态和mRNA表达量的差异均无统计学意义(P值均＞0.05).结论 DNA甲基化模式在BMSCs和OB中呈现出细胞特异性差异,且基因甲基化状态可能控制着相应基因的表型表达.在体外稳定培养、传代的条件下,BMSCs和OB均能呈现基因组稳定的特征,未发生明显的DNA甲基化模式的改变,为临床安全应用BMSCs莫定了理论基础.     

表观遗传学与糖尿病的研究进展

表观遗传是指DNA序列不发生变化但基因表达却发生了可遗传改变,如DNA甲基化。表观遗传可以在细胞分裂过程中遗传影响正常的基因表型,与包括糖尿病在内的许多人类疾病患病相关。此外,MicroRNA(miRNA)作为单链的18～25个核苷酸的小分子RNA,使本已复杂的基因表达调控系统更为错综复杂。通过探讨基因表达两个关键的后续过程:DNA甲基化和miRNA表达,进一步阐述表观遗传学与糖尿病患病风险的相关性。     

DNA甲基化与骨髓增生异常综合征的研究进展

表观遗传学是指在不改变DNA序列的条件下所发生的可遗传基因表达的变化。DNA甲基化是表观遗传修饰中一种最为重要的DNA修饰。通常情况下,基因表达水平与DNA甲基化呈负相关,基因启动子区域甲基化从而导致该基因沉默。骨髓增生异常综合征（MDS）患者DNA异常甲基化与疾病的发生、发展、预后及治疗反应密切相关。文章就DNA甲基化机制及其特点、MDS患者异常甲基化、DNA甲基化在MDS进展中的作用、去甲基化药物的作用机制及其临床应用进行综述。     

DNA甲基化与骨髓增生异常综合征的研究进展

表观遗传学是指在不改变DNA序列的条件下所发生的可遗传基因表达的变化。DNA甲基化是表观遗传修饰中一种最为重要的DNA修饰。通常情况下,基因表达水平与DNA甲基化呈负相关,基因启动子区域甲基化从而导致该基因沉默。骨髓增生异常综合征（MDS）患者DNA异常甲基化与疾病的发生、发展、预后及治疗反应密切相关。文章就DNA甲基化机制及其特点、MDS患者异常甲基化、DNA甲基化在MDS进展中的作用、去甲基化药物的作用机制及其临床应用进行综述。     

环境化学污染与DNA甲基化

DNA甲基化(DNA methylation)是表遗传的主要机制,是由DNA甲基转移酶家族(DNA methyltransferase,DNMTs)以及与之相结合的蛋白复合体来完成的,通过控制基因表达的时空顺序和作用方式,调节生长发育并维持正常生理活动。很多研究表明环境化学污染可能通过改变DNA甲基化而影响了基因的表达,形成新的表型。本文主要综述环境化学污染对DNA甲基化的影响,以期进一步阐明环境化学污染对基因表达的影响。     

Dowling-Meara型单纯性大疱性表皮松解症一家系角蛋白基因突变研究

目的：研究一家族性Dowling—Meara型单纯性大疱性表皮松解症(EBS)中的遗传基础，分析患者的基因突变及确定EBS的亚型。方法：应用外周血提取DNA、PCR扩增、基因序列分析的方法检测患病家族者的K5和K14的所有外显子区。结果：检测K5基因的所有外显子，未发现突变位点；检测了K14基因的所有外显子，在第一外显子区发现了R125C的突变。两例患者(母亲和女儿)具有相同的突变，而未患病的父亲及正常对照则无此突变。结论：该EBS-DM家系中存在K14基因R125C的突变，角蛋白基因突变的检测是区分EBS-DM患者表型和明确诊断的有效的方法。     

NKX2-1基因突变导致的先天性甲状腺机能低下、新生儿呼吸窘迫和共济失调均属于常染色体显性遗传

目的:针对体检证实有促甲状腺激素水平增高、延续性足月产新生儿呼吸窘迫、持久性共济失调、构音障碍和发育迟滞等病变的两组异父(母)同胞,研究其NKX2-1基因突变情况。方法:采集患者及其未患病同胞的血液样本或口腔拭子,提取DNA样品,对特异性片段进行扩增和序列分析。结果:在患病个体与其母亲和外祖母的DNA序列中,发现NKX2-1基因发生突变, 导致外显子2和3不能相互拼接;但是,在患者的未患病同胞体内,未发现上述基因的突变现象。这种突变以杂合子形式存在,因而,可解释相关疾病的表现型。结论:NKX2-1基因突变体的常染色体显性遗传机制,可造成患者家族内多代多个体发生先天性甲状腺机能减     

家族性颅内动脉瘤的预测和表型

背景:家族性颅内动脉瘤具有遗传异质性,可能由散在的基因点突变导致。目的:比较家族性颅内动脉瘤患者的人口统计学、临床特征及遗传模式的差异。同时通过比较均发生蛛网膜下腔出血(SAH)的亲子对各自的年龄,确定能否对家族性颅内动脉瘤进行预测。方法:建立53个家族性颅内动脉瘤家族的谱系,遗传模式分为常染色体显性遗传或非常染色体显性遗传。对人口统计学和临床特征进行比较。采用Wilcoxon检验对患病亲子对发生SAH时的年龄进行比较。结果:在常染色体显性遗传或非显性遗传模式的家族中,人口统计学和临床特征比较无显著差异。连续两代患病…     

PSD-95基因DNA甲基化在睡眠剥夺相关疾病的作用研究进展

睡眠剥夺(SD)已成为世界各地普遍存在的问题,许多疾病的发生与睡眠不足有关。已经发现表观遗传机制与SD及相关疾病的发生发展密切相关,其中,DNA甲基化是最常见的表观遗传修饰,可影响基因表达。突触后密度蛋白-95(PSD-95)被认为是兴奋性信号传递过程中重要的调节因子,SD后,PSD-95表达降低,表现出情绪改变和认知障碍等精神疾病症状。在慢性应激小鼠中,观察到血清素1A受体启动子区DNA甲基化水平增加,与抑郁症患者前额叶皮层PSD-95表达水平降低有关。然而,PSD-95基因的DNA甲基化水平与抑郁症表型无关。在精神分裂症患者中,SD的长度会加重疾病程度,且PSD-95基因DNA甲基化与精神分裂症有关。此外,结直肠癌的发病风险与SD或昼夜节律紊乱有关,而PSD-95基因DNA甲基化也可能成为治疗结直肠肿瘤的靶点。未来仍需要进一步深入探索PSD-95基因DNA甲基化在SD相关疾病中的作用及调节机制。     

TET酶家族在神经胶质瘤干细胞中的分化调控机制及其潜在治疗靶点的研究进展

神经胶质瘤干细胞（glioma stem cell，GSC）是神经系统肿瘤组织中具有干细胞基本特性的细胞，具有多向分化潜能，其不对称分化导致的表观遗传修饰异质性有望成为基础研究和临床精准治疗的关键因素。TET酶家族被认为是抑癌基因的重要表达产物之一，其功能紊乱与神经胶质瘤发生相关，TET酶家族介导的DNA去甲基化过程及其表观修饰产物是治疗和诊断多形性胶质母细胞瘤（glioblastoma multiforme，GBM）的关键切入点。目前关于TET酶家族在GSC分化调控中的作用结论尚不一致。本文对TET酶家族在GSC分化过程中通过去甲基化调控基因表达的具体机制及其在DNA损伤应答和修复过程的作用加以阐述，进而说明TET酶家族表达缺失对GSC致瘤性和耐药性的影响，并对干预TET酶家族及其上游基因的功能治疗神经胶质瘤进行展望。     

三维和二维培养的脐带间充质干细胞DNA甲基化水平比较

目的 探讨三维培养对脐带间充质干细胞(UC-MSCs)全基因组DNA甲基化状态的影响。 方法 通过贴壁培养法获得UC-MSCs,采用流式细胞术鉴定其细胞表型。采用聚氟乙烯巢状片进行三维培养,吖啶橙荧光观察UC-MSCs在支架上生长情况。采用甲基化DNA免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq)技术检测细胞全基因组DNA甲基化情况。 结果 成功分离培养UC-MSCs并证明其表型符合国际标准,细胞黏附在聚氟乙烯巢状片三维培养体系中且生长良好。MeDIP-Seq结果显示,三维培养后UC-MSCs全基因组DNA甲基化水平较二维培养整体上调。基因本体(GO)分析显示,与二维培养的细胞相比,三维培养的UC-MSCs中上调的差异甲基化基因多参与蛋白质的代谢、膜相关细胞器的组成、酶活性调节等;而下调的差异甲基化基因主要参与囊泡运输和cGMP代谢过程。通路分析显示,三维培养的UC-MSCs中上调的差异甲基化基因多参与RNA转运、神经配体受体活性、Notch信号通路等;下调的差异甲基化基因多参与磷酸肌醇代谢通路和囊泡分泌相关的通路。 结论 三维培养改变了UC-MSCs的DNA甲基化谱,所涉及的甲基化上调基因多参与细胞的迁移和增殖功能。三维培养降低了UC-MSCs的免疫调控和分泌囊泡相关基因的甲基化水平。     

结核感染相关差异基因的甲基化芯片筛选及验证

目的应用甲基化芯片筛选活动性结核患者DNA甲基化水平显著变化的基因。方法①甲基化芯片筛选:纳入9例活动性结核患者、3例潜伏性结核患者和3例健康对照（年龄与性别均匹配）,分别提取人全血单个核细胞DNA并进行亚硫酸盐转化,与Illumina HD 450K Infinium MehtylationBeadChip芯片杂交,比较3组间甲基化差异基因,进行聚类分析,检测甲基化差异片段（DMRs）,对差异基因进行GO和KEGG pathway功能富集分析并与表达芯片进行联合分析,筛选结核感染相关差异基因,用于大样本验证。②大样本验证:收集活动性结核患者与健康对照各60例（年龄与性别均匹配）,分别提取人全血DNA并进行亚硫酸盐转化,使用焦磷酸测序方法对甲基化芯片预测出的结核病相关基因（IFNGR2、PTPN6、CRK1、ATP6V0B、WIF1、DKK1和SFRP1）进行甲基化程度检测;RT-PCR方法进行上述基因mRNA表达检测。结果活动性结核患者与健康对照相比,呈现低甲基化改变的片段占绝大部分,大部分的DMRs位于基因主体区域,其次为转录起始位点上游区域,DMRs分布最少的区域为3′UTR区。GO与Pathway功能富集结果显示,甲基化差异基因的功能主要富集在白细胞分化、凋亡、细胞因子调节及炎症反应等与结核病密切相关的生物过程中。待后续验证的7个结核病相关甲基化差异基因IFNGR2、PTPN6、CRK-1、ATP6V0B、WIF1、DKK1和SFRP1包含32个CpG位点,其中,16个CpG位点显示出统计学差异（P<0.05）,分布于6个基因:PTPN6、WIF1、CRK1、SFRP1、DKK1、IFNGR2。发生高甲基化的基因为PTPN6,发生低甲基化的基因为WIF1、CRK1、SFRP1、DKK1、IFNGR2。SFRP1和CRK-1基因mRNA表达在活动性结核患者中显著升高。结论在结核感染过程中存在基因组DNA的甲基化状态改变,且以低甲基化变化为主。SFRP1基因和CRK-1基因mRNA在结核组中表达上调。SFRP1和CRK-1在结核病发病过程中的作用不可忽视。     

人DNA MTase反义基因转染诱导E-Cadherin基因启动子区域去甲基化

目的：观察人DNA MTase反义基因转染对肝癌细胞系SMMC－7721E－Cadherin基因启动子区域甲基化状态的影响。方法：采用脂质体法将已构建的包含正，反义DNA MTase基因片段的真核表达载体转染入肝癌细胞系SMMC－7721；用甲基化特异的PCR法检测E－Cadherin基因启动子区域甲基化状态的改变，结果：PCR法扩增外源性NeoR基因证实用脂体法成功将重组载体转染入细胞，甲基化特异的PCR法检测显示转染反义DNA MTase基因片段的SMMC－7721细胞中的E－Cadherin基因启动子区域呈现去甲基化状态。结论：人DNA MTase反义基因片段可诱导E－Cadherin基因启动子区域去甲基化，实验结果有助于进一步了解DNA MTase在肝癌发展中的作用。     

基于基因芯片技术的高原红细胞增多症基因组DNA甲基化差异分析

目的 利用全基因组DNA甲基化芯片技术,发现与高原红细胞增多症(HAPC)相关的甲基化基因。方法 纳入4例男性HAPC患者和5例匹配的高原健康男性,利用外周静脉血提取基因组DNA,利用Illumina 850 k甲基化芯片检测并比较两组样品的DNA甲基化位点差异分布及甲基化水平差异基因,并对相关基因进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,探讨甲基化差异基因的潜在功能。结果 共发现差异甲基化位点96 360个,差异甲基化基因24 054个。GO功能富集分析提示,生物过程的正向调控、细胞质和解剖结构发展是差异甲基化基因的主要功能。KEGG信号通路分析提示,差异甲基化基因参与了代谢通路、癌症通路和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路。结论 DNA甲基化的异常变化可能参与了HAPC的发生,甲基化位点可作为HAPC早期诊断和预警的标志物。     

基于生物芯片检测结直肠癌相关基因的甲基化

摘 要:【目的】 应用微矩阵基因芯片技术筛选结直肠癌甲基化基因?【方法】 分别提取6对结直肠癌组织和癌旁正常组织DNA,超声破碎及甲基化DNA富集后与甲基化芯片(NimbleGen human DNA Methylation 3 × 720K CpG)进行杂交,杂交信号经扫描等处理后采用生物信息学对检测结果进行分析?并对筛选出来的基因进行验证?【结果】 一共发现有2 296个高甲基化基因,其中有293个基因无文献报道?生物信息学分析显示,所有的甲基化基因随机分布在24对染色体上?聚类分析结果显示,某些在细胞分裂和肿瘤发生发展中起重要作用的生理过程中存在大量甲基化差异基因,如DNA修复,细胞周期和侵袭等?初步验证发现,Opmcl基因在结直肠癌组织及癌旁正常组织中存在甲基化差异?【结论】 在结直肠癌中运用DNA甲基化芯片进行甲基化基因筛查是一种有效的方法?     

表观遗传学甲基化的方法在无创性产前诊断中的应用

正表观遗传是指DNA序列不发生变化但基因表达却发生了可遗传的改变,即基因型未发生变化而表型却发生了改变,且这种改变在发育和细胞增殖过程中能稳定传递。DNA甲基化是最常见的表观遗传修饰方式,DNA甲基化是在DNA甲基化转移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核昔酸5'端的胞嘧啶转变为5'甲基胞嘧啶,它并不改变基因序列,而是通     

卵巢癌组织和血清中RASSF1A基因甲基化的检测及临床意义

目的：检测卵巢肿瘤组织和血清中Ras相关区域家族1A（Ras association domain family 1A,RASSF1A）基因启动子区异常甲基化,并探讨其与卵巢癌的关系。方法：收集新鲜的卵巢癌组织及其对应的血清标本67例,采用半巢式甲基化特异性PCR技术分别检测肿瘤组织DNA和血清游离DNA中RASSF1A基因启动子异常甲基化情况。结果：卵巢癌患者血清和癌组织中RASSF1A基因甲基化的检出率分别为28.4%和40.3%。卵巢良性肿瘤组织和血清以及健康志愿者血清中均未发生RASSF1A基因甲基化。癌组织中RASSF1A基因的甲基化状况与血清中出现RASSF1A基因甲基化关系密切（P＜0.01）;卵巢癌患者血清和癌组织中RASSF1A基因的甲基化改变与肿瘤的临床分期、细胞分化程度、组织学类型无明显相关性（P＞0.05）;与淋巴结转移密切相关（P＜0.01）。结论：检测血清DNA 的RASSF1A基因异常甲基化有可能成为辅助卵巢癌诊断的有效方法之一。     

RAPD技术及其在肿瘤研究领域中的应用

遗传标记是一类易于识别．遵循孟德尔遗传模式．具有个体特异性或其分布规律具有种系特征的表型特征或遗传物质，早期的遗传标记涉及的基因位点数目少，多态水平低，随着分子生物学和分子遗传学的发展，多态性丰富的DNA分子遗传标记大量出现并被广泛应用。1990年Williams和     

非小细胞肺癌患者血清死亡相关蛋白激酶基因启动子甲基化的分析

目的：分析非小细胞肺癌（NSCLC）患者血清中死亡相关蛋白激酶（DAPK）基因启动子区域甲基化的改变状况及其临床意义。方法：运用甲基化特异性PCR技术，检测65例NSCLC组患者血清DAPK基因启动子区域甲基化的改变情况，并分析与临床病理资料的关系。结果：NSCLC组患者血清DAPK基因甲基化检出率为30．8％（20／65），而对照组未检出，DAPK基因甲基化检出率与NSCLC病理类型、分期及转移状态无明显相关性。结论：DAPK基因启动子区域异常甲基化是NSCLC早期辅助诊断的分子标记物之一。     

DNA甲基化在强直性脊柱炎发病机制中的研究进展

强直性脊柱炎(AS)是一种慢性炎症性自身免疫性疾病,主要累及脊柱、骶髂关节和四肢。AS的确切原因和发病机制尚不明确,发病因素涉及遗传、感染、环境、免疫等多个因素。针对遗传因素的研究发现,一些与AS相关的基因没有发挥出它们在AS中被预估的遗传力,该差异可以被表观遗传解释。DNA甲基化常被描述为一种“沉默”的表观遗传标记,在多种自身免疫病的发生和发展中发挥作用。近些年来,DNA甲基化在AS中的研究热度逐渐增高,已有多种DNA甲基化类型以及相关基因位点的DNA甲基化状态被鉴定出来。该综述旨在汇总主要参与AS发生和发展的DNA甲基化的类型,重点关注其如何参与AS的发生和发展,并总结潜在的与疾病相关的基因位点的DNA甲基化状态及其参与到AS的发病机制。