应用等位基因特异性PCR检测血管紧张素原基因突变

目的:建立检测血管紧张素原(angiotensinogen,AGT)基因2种常见突变的等位基因特异性PCR技术。方法:应用针对AGT基因T174M和M235T这2种常见的突变位点设计的等位基因特异性PCR技术,对海南汉、黎族人群中AGT基因突变类型进行了检测,同时对经上述等位基因特异性PCR检测的样本进行序列测定。结果:在海南汉、黎族人群中,T174M突变位点可检测出TT、TM、MM 3种基因型,M235T突变位点可检测出MM、MT、TT 3种基因型,用等位基因特异性PCR鉴定的AGT基因突变的基因分型结果与序列测定结果完全符合。结论:等位基因特异性PCR技术操作简便,重复性和稳定性好,可作为鉴定AGT基因突变类型的可行方法。     

变性高效液相色谱法在肾上腺脑白质营养不良分子诊断中的应用

目的：目的对4个肾上腺脑白质营养不良（ALD）家系进行基因突变分析。方法：应用变性高效液相色谱（DHPLC）技术检测了4个ALD家系的A／3091基因，并通过核苷酸序列分析确证突变位点。结果：所有患儿的母亲，患儿2、患儿3、患儿4弟弟及其表弟与正常对照的PCR产物混合物。均出现DHPLC洗脱双峰。而正常对照均为单峰，提示相应基因片段存在突变位点。上述出现异源双峰的PCR产物经直接测序．证实了相关突变的存在：患儿1母亲为fs Glu 471突变携带者；患儿2存在S108X突变；患儿3存在R617C突变；患儿4弟弟和表弟均存在A141T突变。结论：DHPLC能有效地检测ABCD1基因突变。并为进—步地基因突变筛查与产前诊断提供依据。     

一代二代联合测序快速鉴定肝豆状核变性及家系溯源研究

目的：探索二代测序筛选和一代测序验证的快速准确诊断罕见遗传病肝豆状核变性的检测方法和流程。方法：提取先证者DNA并构建高通量测序文库后通过二代测序鉴定其可能致病位点;再提取包括先证者在内的该家系13位成员DNA,设计引物并对目标片段PCR扩增后进行双相一代测序验证。结果：先证者的ATP7B基因外显子8中检测出1个杂合错义突变（rs121907990;chr13:51937570）;家系成员共查出3位携带同一杂合错义突变者,先证者ATP7B突变来源于母系。结论：本研究设计的联合二代测序检测与一代测序验证的肝豆状核变性基因突变位点的快速鉴定技术和流程图,可能为罕见遗传病基因突变致病位点提供可借鉴的检测模式,为早期高效精准确诊罕见遗传病提供帮助。     

p53基因突变子175 H、248 W和273 H的定点突变及表达载体的构建

目的：定点诱变合成p53基因突变子进而构建表达载体。 方法：以野生型p53基因为模板,采用PCR体外定点突变技术,设计2对引物,将突变位点设 计在引物上,通过重叠延伸法2次PCR扩增,扩增片段上含有所需要的突变位点,最后将扩 增片段克隆入pcDNA3.1载体中。 结果：在预期位点已经发生突变,p53基因第175位密码子由精氨酸（cgc）突变为组氨酸（cac）,第248位密码子由精氨酸（cgg）突变为色氨酸（tgg）,第273位密码子由精氨酸（cgt）突变为组氨酸（cat）。p53基因突变子表达载体成功构建。 结论：PCR技术诱导定点突变准确、高效。基因突变体的成功构建,为进一步研究该突变位 点奠定了基础。     

Rb2/p130寡核苷酸基因芯片的制备及肺癌手术标本的检测

目的：用基因芯片方法检测肺癌标本中Rb2/p130基因的点突变情况,为肺癌诊断探索快速、准确的基因检测途径。方法：收集肺癌患者的手术标本,提取基因组DNA,检索Rb2/p130基因的DNA序列后,设计并合成探针和引物序列,将探针按一定顺序点样于醛基化玻片,制备成基因芯片。用荧光标记引物对肺癌标本DNA进行PCR扩增,扩增产物与基因芯片杂交,通过对杂交信号的检测判断是否发生热点突变,并用测序方法对突变位点进行验证。结果：在30例用寡核苷酸基因芯片的方法检测的肺癌标本中,Rb2/p130基因突变的检出率为16.67%,其中肺腺癌的突变率为20%（4/20）,肺鳞癌的突变率16.67%（1/6）;在检测过程中发现PCR产物浓度和杂交温度是影响结果的关键因素,对突变位点的测序证实了基因芯片的结果。结论：基因芯片法检测出中国人肺癌组织标本存在Rb2/p130基因突变,但突变率（16.67%）低于西方人（78.5%）。未能检测全部突变位点、标本量小和人种差异可能是低突变率的原因。     

假肥大型肌营养不良一个核心家系DMD基因分析

目的 对临床诊断的假肥大型肌营养不良1例患儿进行基因诊断,同时进行携带者筛查.方法 采用目标区序列捕获及第2代高通量测序技术对假肥大型肌营养不良患儿进行检测,同时采用Sanger测序技术对患者及其父母的基因型进行验证.结果 发现患儿DMD基因第45外显子存在1个纯合无义突变c.6589A＞T（P.Lys2197X）,患儿母亲为杂合突变携带者.结论 本研究发现了一个尚未报道的致病性基因突变位点,同时发现第2代测序技术可以快速准确检测出DMD基因的点突变,具有一定的临床应用价值,为遗传咨询提供准确信息.     

运用多重连接探针检测DMD

目的杜氏肌营养不良是是由于抗肌萎缩蛋白的缺失、重复及点突变所致的一种X-连锁隐性遗传性神经肌肉病。目前运用多重PCR检测此基因热点区可以检测大部分病人的缺失突变,然而多重PCR不能检测非热点区及重复突变,且不能定量分析拷贝数。运用多重连接探针扩增（multiplex ligation—dependent probe amplification,MLPA）检测DMD可为临床诊断及产前诊断提供依据。方法本实验采用的多重连接探针扩增（MLPA）能快速、准确、半定量地分析患者及携带者缺失与重复突变的拷贝数,且检测范围涉及整个基因。结果15例DMD患者9例是由于缺失突变所致,6例未检测到缺失突变及重复突变。其中7例缺失突变病人经“一步到位法”多重PCR验证,2例缺失突变病人经多重PCR未检测到的缺失突变。结论MLPA是一种快速、准确、简便检测缺失及重复突变的方法。利用MLPA能检测所有DMD患者及携带者的缺失和重复突变。     

PCR技术对Wilson病基因进行定点突变的研究

目的：利用聚合酶链反应（PCR）技术对Wilson病（WD）基因进行体外定点突变的研究。方法：采用PCR定点突变技术，首先设计两对引物，将突变位点设计在引物上，通过重叠延伸法两次PCR扩增，扩增片段上含有所需要的突变位点，最后将扩增片段克隆入pRc/CMV载体中。结果：DNA测序表明在预期位点已经发生突变，WD基因第778位密码子由精氨酸（Arg)残基突变为亮氨酸残基（Leu),用PCR定点突变技术成功构建Wilson病基因突变体。结论：PCR技术诱导定点突变准确，高效。Wilson病基因突变体的构建成功，为进一步研究该突变位点导致Wilson病的发病机制和Wilson病蛋白的结构和功能的关系奠定了基础。     

寡核苷酸芯片检测肺癌患者痰标本中p53点突变

目的：用寡核苷酸基因芯片方法检测肺癌患者痰标本中p53基因的热点突变,为肺癌的诊断探索快速、准确的基因检测途径。方法：收集肺癌患者痰标本并提取基因组DNA,用荧光标记的引物对DNA进行p53基因Exon5、Exon7PCR扩增,然后用PCR扩增产物与基因芯片进行杂交,通过对杂交信号的检测,判断是否发生点突变,并用测序方法对部分阳性结果进行验证。结果：在27例肺癌患者痰标本中,p53基因突变的检出率为25．92％,其中小细胞肺癌的突变率为40％（2／5）、肺鳞癌的突变率为26．6％（4／15）、肺腺癌的突变率为14．28％（1／7）,检测到的突变位点有175（2）、248（1）、249（2）,对2例阳性标本的测序证实了基因芯片的结果。结论：寡核苷酸基因芯片法可以快速、准确检测出肺癌患者痰标本中p53基因的点突变,今后可用该法对肺癌患者和高危人群的痰标本进行大规模筛选,提高肺癌的早期诊断率。     

BRCA2基因突变荧光偏振检测方法的建立及优化

目的：建立一种适合于大量标本的基因突变筛查方法.方法：PCR扩增包含BRCA2基因突变位点的片段,经模板指导的荧光素标记碱基掺入反应（Template Directed Dye-terminator Incorporation,TDI）,荧光素标记终止碱基（R110-acyGTp或TAMRA-acyTTP）特异性掺入到检测探针的3′末端,通过检测荧光偏振值（Flourscence Polarization,FP）确定BRCA2基因突变.结果：建立了基于TDI-FP原理的突变检测方法,并对引物、dNTPs浓度、PCR反应循环数等进行了优化,对健康人及乳腺癌患者外周血标本的检测结果与PCR产物直接测序法结果完全吻合.结论：此方法可快速、高通量检测BRCA2基因突变,适用于临床诊断和大量人群筛查.     

MSH6在大肠癌中的种系突变情况及特征荟萃分析

目的了解错配修复基因MSH6在不同形式大肠癌人群中的种系突变频率及特征,提供真正的突变热点。方法收集1997-2005年国内外公开发表的有关文献,提取信息,数据用统计学方法处理。结果MSH6在大肠癌总人群、HNPCC、可疑HNPCC和散发大肠癌人群中的突变频率分别为4.39%、4.23%、5.61%和1.10%;男性、女性大肠癌患者MSH6种系突变频率4.49%、7.00%。碱基插入、缺失、置换分别占22.8%、22.8%、54.5%;女性携带MSH6突变的大肠癌患者平均发病年龄为49.1岁,男性为46.3岁。结论错配修复基因MSH6在不同形式大肠癌人群中的突变率较低;突变种类以碱基置换较多;大肠癌女性发病年龄较男性偏晚。     

乙型肝炎病毒毒株X基因/C基因启动子的热点变异

目的ＨＢＶ／Ｘ基因存在调控ＨＢＶ复制的调节序列,Ｘ基因变异将影响这些调节序列功能,研究中国ＨＢＶ毒株Ｘ基因／Ｃ基因启动子（ＢＣＰ）区的变异情况。方法设计ＢＣＰ下游反义链错配引物,将点突变附近的一个碱基（ｎｔ１７６７）由Ａ→Ｔ,则正好可在ＢＣＰ变异株中引进一个ＢｃｌＩ（Ｔ↓ＧＡＴＣＡ）酶切位点,结合限制性片段长度多态性分析（ＲＦＬＰ）筛检１４３例中国人感染的ＨＢＶ毒株ＢＣＰ区变异,并与前Ｃ区变异比较。结果１１４例血清ＨＢＶＤＮＡ阳性慢性ＨＢＶ感染者,ＢＣＰ区和／或前Ｃ区变异者４９例（４３％）,ＢＣＰ变异者３７例（３２％）。ＢＣＰ变异无论在ＨＢｅＡｇ阳性或阴性慢性肝炎病例的发生率均显著高于慢性ＨＢＶ无症状感染者。ＢＣＰ可与前Ｃ终码变异共存或单独出现。结论在中国ＨＢＶ毒株ＢＣＰ区存在热点变异。ＨＢＶ毒株ＢＣＰ变异可能影响ＨＢＶ前Ｃ基因组ｍＲＮＡ转录,是ＨＢＶ感染持续和肝病变进展的原因之一。     

儿童交替性偏瘫家系ATP1A2基因的检测

目的 对儿童交替性偏瘫(AHC)的家系进行基因检测,查找AHC发病的基因突变点。方法 对1个患儿交替性偏瘫家族的5名成员提取DNA,根据突变区域设计引物,进行PCR扩增,将所得到的DNA产物进行基因测序。结果 用正常ATP1A2基因片段序列和基因测序序列进行比对,基因测序图中在1237c碱基处未见明显双峰,其他位置波形亦无异常双峰,在5个样本中均未发现基因突变点。结论 ATP1A2基因突变与儿童交替性偏瘫发病的联系还有待进一步证实。     

一种新的GPⅡb基因540A缺失移码突变引起的血小板无力症

目的:为了明确1例血小板无力症患者发生的分子机制.方法:用40对引物对血小板无力症患者GPⅡ/皿a (αⅡbβ3)基因的45个外显子序列及其剪切点进行全长扩增,用SSCP-聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对扩增产物进行基因突变筛选,将筛选出的PCR产物进行直接测序.结果:患者GPⅡb基因Exon4的PCR产物经SSCP-聚丙烯酰胺凝胶电泳后出现异常条带,PCR产物直接测序显示GPⅡb基因540A缺失导致后面的氨基酸编码发生移码突变.结论:GP Ⅱb基因540A缺失发生移码突变是GP Ⅱb基因的一种新突变,是血小板无力症发病的分子基础之一.     

等位基因特异性PCR检测脂联素基因SNP位点方法的建立

目的:建立等位基因特异性PCR检测脂联素基因与2型糖尿病相关SNP位点的方法.方法:针对脂联素基因G531A,G545C,G11963T,T12194G和T13320C 5个SNP位点设计野生型和突变型特异性引物,第一轮PCR的上游引物或下游引物与等位基因特异性引物进行半巢式PCR.在同一SNP位点如果野生型引物出现扩...     

等位基因特异性引物延伸法在婴儿型和幼儿型神经元蜡样质脂褐质沉积病产前诊断中的应用

Theinfantile (INCL ,NCL1,OMIM :2 5 6 730 )andlate infantile (LINCL ,NCL2 ,OMIM :2 0 4 5 0 0 )neuronalceroid lipofuscinosis (NCLs)areamongthemostcommonchildhoodlysosomallipid proteindisor ders.Theyarecharacterizedbyrapidlyincreasingseverityofseizures ;dete…     

Birth of healthy children after preimplantation diagnosis of β-thalassemia

Background Clinical programs for preventing β-thalassemia are presently based on prospective carrier screening and prenatal diagnosis. This paper report an achievement of a pregnancy with unaffected embryos using in vitro fertilization and embryo transfer (IVF-ET), in combination with preimplantation genetic diagnosis (PGD), for a couple at risk of having children with β-thalassemia.Methods A couple carrying different thalassemia mutations, both a codon 41-42 mutation and the IVS Ⅱ 654 mutation, received standard IVF treatment, with intracytoplasmic sperm injection, embryo biopsiy, single cell polymerase chain reaction (PCR) and DNA analysis. Only unaffected or carrier embryos were transferred to the uterine cavity. After confirmation of pregnancy, a prenatal diagnosis was performed.Results Of a total of 13 embryos analyzed for β-globin mutations, PGD indicated that 2 were normal,3 were affected, and 6 were carriers. Diagnosis could not be made in the other 2 embryos. Three embryos were transferred to the uterus on the third day after oocyte retrieval. Ultrasonography revealed a twin pregnancy with one blighted ovum. The prenatal genetic diagnosis revealed that both fetuses were unaffected, and two healthy boys were born, confirming the results of PGD.Conclusions We developed a single-cell based primer extension preamplification (PEP)-PCR assay for the detection of β-thalassemia mutations. The assays were efficient and accurate at all stages of the procedure, and resulted in the birth of PGD-confirmed β-thalassemia free children in China. PEP was used here in PGD for β-thalassemia.     

钦州市4304例地中海贫血基因诊断结果

目的 了解地处南方沿海地区的钦州市人群地中海贫血突变基因构成比.方法 以来医院进行产前检查的孕妇夫妻中,夫妻一方或双方地中海贫血筛查阳性,自愿进行地中海贫血产前基因分析者为研究对象.基因型确诊运用PCR法或PCR结合反向点杂交(RDB)技术进行地中海贫血常见突变分析.结果 在4304例筛查人群中,经基因诊断后,确诊为地中海贫血基因携带者3 033例,检出α地中海贫血基因携带者1 848例,β地中海贫血基因携带者904例,β地中海贫血复合α地中海贫血基因携带者281例.3种常见α地中海贫血缺失型基因的突变频率是:--SEA占63.22％;-α3.7占12.45％,-α4.2占7.14％;3种常见的α地贫非缺失型基因的突变频率是:ααWS/αα占5.35％、ααcS/αα占3.8％,ααQS/αα占1.46％;检出13种β基因突变类型,其中7种常见β基因突变类型的构成比是:41-42M占44.64％,17M占22.79％,-28M占9.9％,654M占7.85％,βBE占6.92％.71-72M占4.22％,IVS-1-1M占1.56％,其他均在1％以下.此次检测还发现了形式多种的复合型地中海贫血基因携带者,除α地贫复合β地贫基因携带者外,还有各种缺失型复合非缺失型地贫基因携带者,如-SEA/ααCS,-α4.2/ααWS,-α3.7/ααCS9,-SEA/ααWS,-α3.7/ααWS,-αα4.2/ααCS,-α3.7/ααQS等基因型.结论 本研究获得了地处我国南方沿海的广西钦州市人群的地中海贫血基因突变谱的分布特点,为钦州市开展地贫人群遗传咨询、产前诊断和预防计划提供了有价值的资料.     

自建两轮PCR法对低载量HBV DNA S区基因的扩增及实验条件优化

目的 探究低载量HBV DNA S区基因扩增的可行性并对实验条件进行优化,为隐匿性HBV感染(OBI)患者HBV DNA S区基因突变检测提供依据.方法 采用传统巢式PCR和自建两轮PCR方法扩增6例低HBV DNA载量(100～200 IU/mL)和22例更低HBV DNA载量(20～99 IU/mL)的血清样本中HBV DNA S区基因,并对引物序列、引物量、PCR产物模板稀释倍数、退火温度、PCR反应循环数、PCR总反应体系等条件进行优化.PCR扩增产物经琼脂糖凝胶电泳后,切割目的条带凝胶进行克隆测序,然后对克隆测序结果进行核酸序列BLAST比对确认.结果 设计3对巢式PCR引物(P1～P3),扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化后,6例低HBV DNA载量的血清样本中仅2例经巢式PCR扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,22例更低HBV DNA载量样本无一例扩增成功.自建两轮PCR法设计了P4～P15共12对引物,扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化并筛选出P13为最佳引物后,6例低HBV DNA载量的血清样本全部扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列;15例(15/22,68.18％)更低HBV DNA载量的样本扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,经PCR产物克隆测序均证实为HBV DNA S区基因,该15例样本中HBV DNA载量最低为20.1 IU/mL.结论 基于引物P13自建的两轮PCR法更适用于低载量HBV DNA S区基因的扩增,扩增效率和特异性均优于传统巢式PCR;扩增产物可进一步应用于OBI者HBV DNA S区基因序列突变分析.     

产前基因检测杜氏肌营养不良

目的 产前基因检测杜氏肌营养不良症(Duchenne muscular dystrophy,DMD)家系胎儿.方法 利用性别决定基因SRY引物PCR和羊水细胞培养染色体核型分析确定3例DMD家系胎儿性别,采用mPCR技术对3个DMD家系成员外周血及胎儿羊水和脐静脉血进行DMD基因内18个外显子位点扩增,STR-PCR结合聚丙稀酰胺凝胶技术对DMD基因3'端及基因内的44、45、49、50内含子的(CA)n短串联重复序列引物进行扩增,进行家系连锁分析和产前基因诊断.结果 共检出4例胎儿,其中2例单胎和1例双胎之甲胎为男性,之乙胎为女性.3个DMD家系2个检出为非缺失型,1个为缺失型.4例胎儿均继承了与同代先证者相同的母源致病单体型,除1例双胎之女胎为风险基因携带者外,其余3例男胎均为DMD风险胎儿,3例患儿母亲均为杂合型.结论 STR多态连锁分析不仅适用于常见缺失突变检测未发现缺失的DMD患者,同样适用于缺失型DMD患者的产前基因检测.